Etude des bactéries - Cours d'Immunologie et microbiologie - Nicolas Faucher PDF

Livre base du cours : Immunologie et microbiologie - Nicolas Faucher Introduction 2. Etude des bactéries 3. Etude des virus 4. Etude des parasites 5. Défenses de l'organisme 6. Méthodes diagnostiques courantes NOTIONS À CONNAITRES : Connaître l’orig...

Livre base du cours : Immunologie et microbiologie - Nicolas Faucher Introduction 2. Etude des bactéries 3. Etude des virus 4. Etude des parasites 5. Défenses de l'organisme 6. Méthodes diagnostiques courantes NOTIONS À CONNAITRES : Connaître l’origine d’une maladie Maîtrise des notions d'asepsie Connaître le microbiote normal et le distinguer des microbiotes transitoires Protéger les patients des microorganismes potentiellement pathogènes du personnel soignant Protéger le personnel soignant des microorganisms potentiellement pathogènes des patients Evaluation Q2 en question ouvertes - Bien apprendre les glossaires INTRODUCTION I. LES MICROORGANISMES Les microorganismes sont des êtres vivants invisibles à l'œil nu. La plupart d’entre eux ne sont pas nuisibles et jouent des rôles essentiels dans les écosystèmes. Cependant, certains sont pathogènes et peuvent causer des infections ou des maladies chez les humains. 1 - Les bons et les mauvais micro organismes Ses micro-organismes vivent en symbiose dans l’organisme créant une relation mutualiste Il existe également la relation parasitisme. Ils ont un rôle de: protection, stimulent le système immunitaire, aide à la digestion, production de métabolites importants (vitamines K.). exemple: escherichia coli: située dans l'intestin, ce sont des acides gras qui produisent la vitamine K. Les microorganismes pathogènes peuvent provoquer des infections (ex. la grippe, le SIDA…) II. LES DOMAINES DU VIVANT Le vivant est classé en trois domaines dérivant de LUCA : les bactéries, les archées, les eucaryotes. Certains microorganismes sont non-vivants ( virus, prions) Les microorganismes sont divisés en deux classifications: - Les micro-organismes vivants: procaryotes et eucaryotes, les amibiases, toxoplasme. - Les microorganismes non-vivants: acaryotes qui ne peuvent se reproduire. Deux types de cellules se distinguent: Les cellules procaryote: cellule sans noyaux, ni de membrane nucléaire et d’organite (ex: les bactéries) Les cellules eucaryotes: cellule avec noyau contenant un filament d’ADN. III. LA NOMENCLATURE BINOMIALE La nomenclature binomiale: désignation par un double nom, avec le nom du genre et de l’espèce. Ex : Classification d’Escherichia coli Majuscule pour le genre, minuscule pour l‘espèce, caractère italique Certains micro-organismes comme E. coli. sont classés selon des sérotypes en fonction de leur antigène (Ag) spécifiques. IV. LE MICROBIOTE Le microbiote est l’ensemble des micro-organismes dans un lieu donné (intestin, peau, muqueuse), il joue un rôle dans la protection contre les infections et dans la digestion de substance non digérées par les enzymes. Dans l’air il y a moins de nutriment qui permet la vie des microorganismes raison pour laquelle ils sont plus nombreux sur terre et dans l’eau. Il existe différents microbiotes tous plus riches en nombre et en diversité. Les bactéries deviennent résistantes à de nbr antibio, ils ne sont plus efficaces à cause d’un usage abusif de ceux-ci, on se sert des souches résistantes au antibio. V. MICROBIOTE NORMAL/ TRANSITOIRE Le microbiote normal: réside de manière permanente dans certaines zones du corps (ex. peau, flore intestinale…), il contient très peu de microorganismes pathogènes. Le microbiote transitoire:microbiote composé de microorganismes présents de manière temporaire car il entre par hasard en contact avec notre organisme, mais ne trouvent pas là un milieu favorable à leur développement car le microbiote va créer un effet barrière du microbiote et ainsi empêcher son installation grâce au bactériennes. Les déséquilibres dans le microbiote peuvent rendre certaines bactéries opportunistes (Clostridioides difficile), qui devient pathogène en cas de déséquilibre. TUYAU - LES RÔLES DU MICROBIOTES RÉSUMÉ: 1.Protection contre les microorganismes nuisibles 2. Digestion de substances non digérées par les enzymes humaines 3. Stimulation du système immunitaire 4. Effet barrière du microbiote :pH vaginal 3,8-4,5 (lactobacillus) prévient de vaginoses Production de bactéricines 5. Production de métabolites: vitamine K 6. Probiotiques : inoculum de bactéries vivantes LA NOTION D'ASEPSIE Les soignants doivent appliquer des mesures d’asepsie pour se protéger et protéger leurs patients contre les infections en limitant la propagation des microorganismes. Une hygiène rigoureuse des mains est essentielle pour éviter la transmission. VI. L’ORIGINES DES AGENTS PATHOGÈNES Une infection est causée par la colonisation de l’organisme par un microorganisme pathogène qui se multiplie et cause une maladie. Types d’infection: Endogène: causées par des microorganismes déjà présents dans le corps qui deviennent pathogènes en cas de déséquilibre. Exogène: causées par des microorganismes extérieurs, souvent contractés dans l'environnement ( ex. infections nosocomiales). VII. Besoins microbiens Les microorganismes ont des conditions de croissances spécifiques comme: La température (ex. les bactéries mésophiles prolifèrent à des températures modérées, les psychrotrophes prolifèrent entre 0 et 30°). L’oxygène (20-21% dans l'air): certains microorganismes sont aérobics stricts (nécessite de l'oxygène - un), d’autres sont anaérobies stricts (meurent en présence d’oxygène - quatre) aérotolérante (trois), anaérobies facultatifs (vive avec ou sans O² - deux), microaérophiles (aime les milieu pauvre en O² dernier - cinq). Le pH: chaque bactérie a un pH optimal de croissance (acide, neutre ou alcalin). L’Humidité: importante pour leur croissance. L'osmolarité: une pression osmotique trop élevée (en soluté) risque de les déshydrater. La composition du milieu ( matière organique ou énergétique) à ressource limités, avantage la croissance des microorganismes au détriment des autres (compétition). Pour ne pas qu’ils prolifèrent ont fait en sorte que le milieu où ils se trouvent s’éloigne de leurs conditions optimales de prolifération. VIII. Relations symbiotiques (Dia 27) Les microorganismes entretiennent des relation symbiotiques avec l'hôte: Le mutualisme: effet bénéfique pour les deux parties, état de relation équilibré (E. coli dans les intestins). Le commensalisme: effet nul, un organisme bénéficie sans nuire à l’autre, état de relation équilibré. Le Parasitisme: effet négatif, le microorganisme profite au détriment de l'hôte, état de relation déséquilibré (salmonella). Exercice:( Livre base du cours : Immunologie et microbiologie - Nicolas Faucher) Distinguer le type de relation symbiotique selon que la bactérie se trouve soit sur sa peau ou dans son sang? Réponses: Quand la bactérie se trouve dans le sang, parasitisme. Quand la bactérie se trouve sur la peau, il n'y a rien qui indique le type de relation symbiotique. En posant le cathéter lors du processus transitoire dans le vaisseaux sanguins on a un introduit une bactérie. Microorganisme étudiés dans le cadre de ce cours: Enterobius vermicularis (25/09/24) Escherichia Coli : bactérie vue au microscope électronique à balayage (bacille) Lactococcus : bactérie vue au microscope électronique à balayage, ronde (coque) Toxoplasma : protozoaire, eucaryote Penicillium: champignon (mycene) Hépatite A: virus. Mucor : champignon Enterobius vermicularis: oxyure (vers) Sarcoptes scabiei: arthropodes  CHAPITRE II. ETUDE DES BACTÉRIES I. Les bactéries ( domaine bacteria) Cellules procaryotes, sans noyaux, ni organites, ADN, situé dans le cytoplasme précisément dans le nucléoïde, elles ont une paroi de peptidoglycane, Elle se multiplie par scissiparité. II. Morphologie bactérienne Les bactéries d’une même espèce présentent la même forme et adoptent le même arrangement. Après prélèvement et coloration, on utilise un microscope électronique à balayage afin d'identifier quelle type de bactérie est à l’origine d’une infection, elles sont identifiables par des tests de coloration de Gram-positive et Gram-negative. CONNAÎTRE LE TABLEAU DES FORMES BACTÉRIENNES COURANTES: Bacille: bâtonnet droit et incurvé coccobacille: ovale coque: rond vibrion: bâtonnet regroupé en virgule spirille: forme de spirale spirochète : cellules longues en tire-bouchon Elle se distinguent également par leur arrangement: En paires (diplobacille, diplocoques) Chaînette (streptobacille, streptocoque) grappe (staphylocoque) en cube (tétrade, sarcine). III. Principaux groupes de bactéries pathogène: 1. Coloration Gram-positives pathogènes (violet) Permet de distinguer deux grands groupes de bactéries (streptocoques et staphylocoques) déterminé en fonction du type de paroie. 1.1 Streptocoques: Formes arrondies en forme de chaînette, bactéries anaérobies facultatives, responsable de nombreuse infection: Streptococcus mutans: il va produire des molécules acides qui attaquent l’émail des dents. Streptococcus pneumoniae : pneumonie. Streptococcus pyogènes: angines. Streptocccocus du groupe B (SGB): asymptomatique chez 30% des adultes et peut provoquer des problématique chez la femme enceinte. Plusieurs streptocoques font partie du microbiote normal de l’humain. 2. Entérocoques: Présents dans le microbiote humain, ils sont résistants hors du corps humain, et sont responsables de nombreuses infections nosocomiales, résistants aux Souche ERV et à plusieurs antibiotiques de maladies nosocomiales. 3. Les staphylocoques (“grappes des sphères”) Nombreuses espèces dans le microbiote humain, ce sont des bactéries anaérobies facultatives. S.epidermidis (non pathogène): microbiote normal, si cette bactérie attaque un tissu interne elle peut provoquer une endocardite. S.Aureus (staphylocoque dorée): souches résistantes SARM et SARV, responsable d'impétigo et d’anthrax (bouton de furoncle), abcès, toxi-infection alimentaire et syndrome du choc toxique. 5. Le syndrome du choc toxique: Issus des protections hygiéniques, due à leur composition chimiques toxiques et avec l’accumulation de sang dans le tampon et/ ou cup, le staphylocoque peut proliférer et produire de grande quantité de toxine qui vont circuler dans le sang et provoquer des défaillance d’organe vitaux: il va y avoir un toxi-infection qui commence par de la fièvre (qui sera minimiser), la température augmentera mais un diagnostic mal posé peut conduire à la mort Cette toxine provoque une défaillance du système cardio-respiratoire. Chapitre 1 - Question de consolidation: Le microbiote est un entité en constante évolution due au multiple micro organisme qui vivent à différents endroits du corps. Il y a un grand nombre de micro organismes qui y vivent et qui en cas de dérèglement peuvent provoquer une infection, ou bien cela peut être provoqué par un micro organisme extérieur. Coques Gram-négatives- bacilles Gram-positifs-bacilles Gram-négatifs- bactéries spiralées