Etude des bactéries PDF

**Livre base du cours : *[Immunologie et microbiologie - Nicolas Faucher]*** Introduction 2\. Etude des bactéries 3\. Etude des virus 4\. Etude des parasites 5\. Défenses de l\'organisme 6\. Méthodes diagnostiques courantes ------------------------------------------- **[NOTIONS À CONNA...

**Livre base du cours : *[Immunologie et microbiologie - Nicolas Faucher]*** Introduction 2\. Etude des bactéries 3\. Etude des virus 4\. Etude des parasites 5\. Défenses de l\'organisme 6\. Méthodes diagnostiques courantes ------------------------------------------- **[NOTIONS À CONNAITRES : ]** ------------------------------------------- - - - - - Evaluation Q2 en question ouvertes - INTRODUCTION I. Les microorganismes sont des êtres vivants invisibles à l\'œil nu. La plupart d'entre eux ne sont pas nuisibles et jouent des rôles essentiels dans les écosystèmes. Cependant, certains sont pathogènes et peuvent causer des infections ou des maladies chez les humains. **1 - Les bons et les mauvais micro organismes** Ses micro-organismes vivent en symbiose dans l'organisme créant une relation mutualiste Il existe également la relation parasitisme. Ils ont un **rôle** de: protection, stimulent le système immunitaire, aide à la digestion, production de métabolites importants (vitamines K.). ***Ex***: escherichia coli: située dans l\'intestin, acides gras qui produisent la vitamine K. Les microorganismes pathogènes peuvent provoquer des infections (ex. la grippe, le SIDA...) **[II.] [LES DOMAINES DU VIVANT]** Le vivant est classé en **trois** domaines dérivant de LUCA : les bactéries, les archées, les eucaryotes. Certains microorganismes sont non-vivants ( virus, prions) Les microorganismes sont divisés en deux classifications: - - **Deux types de cellules** se distinguent: Les cellules **procaryote**: cellule sans noyaux, ni de membrane nucléaire et d'organite (ex: les bactéries) Les cellules **eucaryotes**: cellule avec noyau contenant un filament d'ADN. **[III]. [LA NOMENCLATURE BINOMIALE]** La nomenclature binomiale: désignation par un double nom, avec le nom du genre et de l'espèce. Ex : Classification d*'E*scherichia coli Majuscule pour le genre, minuscule pour l'espèce, caractère *italique* Certains micro-organismes comme E. coli. sont classés selon des sérotypes en fonction de leur antigène (Ag) spécifiques. **[IV.] [LE MICROBIOTE]** Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes dans un lieu donné (intestin, peau, muqueuse), il joue un rôle dans la **protection** contre les infections et dans la **digestion de substance non digérées par les enzymes**. +-----------------------------------------------------------------------+ | Dans l'air il y a moins de nutriment qui permet la vie des | | microorganismes raison pour laquelle ils sont plus nombreux sur terre | | et dans l'eau. | | | | Il existe différents microbiotes tous plus riches en nombre et en | | diversité. | | | | Les bactéries deviennent résistantes à de nbr antibio, ils ne sont | | plus efficaces à cause d'un usage abusif de ceux-ci, on se sert des | | souches résistantes au antibio. | +-----------------------------------------------------------------------+ **[V.] [MICROBIOTE NORMAL/ TRANSITOIRE]** Le microbiote normal: réside de manière permanente dans certaines zones du corps (ex. peau, flore intestinale...), il contient très peu de microorganismes pathogènes. Le microbiote transitoire:microbiote composé de microorganismes présents de manière temporaire car il entre par hasard en contact avec notre organisme, mais ne trouvent pas là un milieu favorable à leur développement car le microbiote va créer un effet barrière du microbiote et ainsi empêcher son installation grâce au bactériennes. Les déséquilibres dans le microbiote peuvent rendre certaines bactéries opportunistes (Clostridioides difficile), qui devient pathogène en cas de déséquilibre. +-----------------------------------------------------------------------+ | **TUYAU - LES RÔLES DU MICROBIOTES RÉSUMÉ:** | | | | 1.Protection contre les microorganismes nuisibles | | | | 2\. Digestion de substances non digérées par les enzymes humaines | | | | 3\. Stimulation du système immunitaire | | | | 4\. Effet barrière du microbiote :pH vaginal 3,8-4,5 (lactobacillus) | | prévient de vaginoses | | | | Production de bactéricines | | | | 5\. Production de métabolites: vitamine K | | | | 6\. Probiotiques : inoculum de bactéries vivantes | +-----------------------------------------------------------------------+ **[LA NOTION D\'ASEPSIE]** Les soignants doivent appliquer des mesures **d'asepsie** pour se protéger et protéger leurs patients contre les infections en limitant la propagation des microorganismes. Une hygiène rigoureuse des mains est essentielle pour éviter la transmission. **[VI.] [L'ORIGINES DES AGENTS PATHOGÈNES]** Une **infection** est causée par la colonisation de l'organisme par un microorganisme pathogène qui se multiplie et cause une maladie. **[Types d'infection:]** **Endogène**: causées par des microorganismes déjà présents dans le corps qui deviennent pathogènes en cas de déséquilibre. **Exogène**: causées par des microorganismes extérieurs, souvent contractés dans l\'environnement ( ex. infections nosocomiales). **[VII.] [Besoins microbiens]** Les microorganismes ont des conditions de croissances spécifiques comme: - - - - - - Pour ne pas qu'ils prolifèrent ont fait en sorte que le milieu où ils se trouvent s'éloigne de leurs conditions optimales de prolifération. **[VIII.] [Relations symbiotiques (Dia 27)]** Les microorganismes entretiennent des relation symbiotiques avec l\'hôte: Le **mutualisme**: effet **bénéfique** **pour les deux** parties, état de **relation** **équilibré** (E. coli dans les intestins). Le **commensalisme**: effet **nul**, un organisme **bénéficie sans nuire à l'autre,** état de **relation équilibré.** Le **Parasitisme**: effet **négatif**, l**e microorganisme profite** au détriment de l\'hôte, état de **relation déséquilibré (salmonella).** ***Exercice***:( *Livre base du cours : Immunologie et microbiologie - Nicolas Faucher*) Distinguer le type de relation symbiotique selon que la bactérie se trouve soit sur sa peau ou dans son sang? **Réponses**: Quand la bactérie se trouve dans le sang, parasitisme. Quand la bactérie se trouve sur la peau, il n\'y a rien qui indique le type de relation symbiotique. En posant le cathéter lors du processus transitoire dans le vaisseaux sanguins on a un introduit une bactérie. **[Microorganisme étudiés dans le cadre de ce cours (25/09/24)]** Escherichia Coli : bactérie (bacille) Lactococcus : bactérie ronde (coque) Toxoplasma : protozoaire (eucaryote) Penicillium: champignon (mycene) Hépatite A: virus. Mucor : champignon (mycene) Enterobius vermicularis: oxyure (vers) Sarcoptes scabiei: arthropodes **CHAPITRE II. ETUDE DES BACTÉRIES** **I. Les bactéries ( domaine bacteria)** Cellules procaryotes, sans noyaux, ni organites, ADN, situé dans le cytoplasme précisément dans le nucléoïde, elles ont une paroi de peptidoglycane, Elle se multiplie par scissiparité sur une zone donnée si elle possède les conditions favorables à leur croissance, reconnaissable par sa forme, son arrangement et sa couleur. Une colonie de bactéries est un rassemblement de bactéries, visible à l\'œil nu. **II. Morphologie bactérienne** Les bactéries d'une même espèce présentent la même forme et adoptent le même arrangement. Après prélèvement et coloration, on utilise un microscope électronique à balayage afin d\'identifier quelle type de bactérie est à l'origine d'une infection, elles sont identifiables par des tests de coloration de Gram-positive et Gram-negative. **CONNAÎTRE LE TABLEAU DES FORMES BACTÉRIENNES COURANTES:** - - - - - -  Elle se distinguent également par leur arrangement: - - - - **III. Principaux groupes de bactéries pathogène:** 1. Permet de distinguer deux grands groupes de bactéries (streptocoques et staphylocoques) déterminé en fonction du type de paroie. **1.1 Streptocoques:** *Formes arrondies en forme de chaînette, bactéries anaérobies facultatives, responsable de nombreuse infection:* - - - - Plusieurs streptocoques font partie du microbiote normal de l'humain. **2**. **Entérocoques**: Présents dans le microbiote humain, ils sont résistants hors du corps humain, et sont responsables de nombreuses infections nosocomiales, résistants aux Souche ERV et à plusieurs antibiotiques de maladies nosocomiales. **3. Les staphylocoques ("grappes des sphères")** Nombreuses espèces dans le microbiote humain, ce sont des bactéries anaérobies facultatives. S.epidermidis (non pathogène): microbiote normal, si cette bactérie attaque un tissu interne elle peut provoquer une endocardite. S.Aureus (s*taphylocoque dorée*): souches résistantes **SARM et SARV**, responsable d\'impétigo et d'anthrax (bouton de furoncle), abcès, toxi-infection alimentaire et syndrome du choc toxique. **4. Le syndrome du choc toxique:** Issus des protections hygiéniques, due à leur composition chimiques toxiques et avec l'accumulation de sang dans le tampon et/ ou cup, le staphylocoque peut proliférer et produire de grande quantité de toxine qui vont circuler dans le sang et provoquer des défaillance d'organe vitaux: - - - **5. Principaux groupes de bactéries Cocci Gram-négatives pathogènes (rose) (30/09/24)** - bactérie ronde en paire et rose identifiable après prélèvement d'une ponction lombaire dans le liquide céphalorachidien, il sera examiné en laboratoire et mis en évidence. On peut établir une suspicion de méningite (inflammation des méninges qui sont trois membranes qui recouvrent l'encéphale et la moelle épinière). - - - **6**. **Principaux groupes de bactéries en forme de bacilles, Gram-positives pathogènes (violet)** - - - *Clostridium perfringens* ➤ gangrène gazeuse (patients diabétiques \> les bactéries aimant le sucré, elle entre à l'endroit touché et vont produire des toxines qui mangent la chair). On place alors le membre touché dans un endroit avec une pression en oxygène élevée. *Clostridium botulinum* ➤ empoisonnement alimentaire grave (1 mg peut tuer un 1 millier de hamster): le botulisme causé par une TOXINE libérée par les bactéries. Effet neurotoxique paralysant les tissus nerveux, puissant et mortel. (Précautions pour la préparation de conserves car les endospores résistent à la cuisson normale). La toxine botulique peut provoquer des troubles alimentaire (NON \> -2ans) *Clostridium tetani* ➤toxine tétanique responsable du Tétanos (exotoxine). - -  **6.1 Clostridioides:** - +-----------------------------------------------------------------------+ | Un antibiotique détruit le microbiote d'une personne malade, il va | | aux toilettes, tire la chasse sans baisser la lunette des toilettes, | | les gouttes vont dans l'air et vont se placer sur la brosse à dent. | | | | L'antibiotique ayant tué le microbiote normal, la bactérie va | | proliférer, qd elle ne se trouve pas ds un terrain qui lui convient, | | elle crée des endospores (résistances) qui permet à la bactérie de | | résister dans une milieu hostile. Ses endospore reste sur la brosse à | | dent puis l'estomac et les intestins et de la elle va germer et se | | multiplier. | +-----------------------------------------------------------------------+ - - - - **6.2 Bacillus** - - - - **7. Coloration bacilles Gram-négatives pathogènes (rose)** - - LA PLUPART DES SOUCHES NE SONT PAS PATHOGÈNES Certains sérotypes sont pathogènes : - - - - - - - - - - - - - - - *Bordetella pertussis* agent de la coqueluche = maladie infantile qui peut être prévenue par un vaccin. - - **8. bactéries spiralées** - - - - **8.1 La syphilis** MST causée par la bactérie treponema pallidum, transmise par voie sexuelle, écorchures sur les muqueuses du vagnin, chancre, contacts cutannés, piqûres, coupures, transfusion sanguine, transmission de la mère-enfant. Il y a une phase d'incubation de 2 - 6 semaines et trois stades. Le stade d'incubation (1): chancre sur les organes génitaux, gonflement des ganglions lymphatiques (adénopathie). Le stade secondaire (2): éruption cutanée avec taches rouges, fièvres, fatigue, mal de tête, douleurs musculaires, chute des cheveux, méningites, hépatites. Stade tertiaire (3): complication psychiatriques, complication neurologique (paralysie, démence) insuffisance aortique. Afin de prévenir la maladie: consulter et suivre les recommandations du médecin, éviter tout contact sexuel non protégé et effectuer un test dépistage du VIH. Traitement: antibiotique à base de pénicilline. **8.2 Chlamydiae** - - - - - - **Apprendre le schéma de la structure bactérienne éléments constants et facultatifs (Dia. 29) - TUYAU** **9. La membrane plasmique** - - - - - **10. La paroi bactérienne** - - \- Maintien de la forme de la bactérie \- Résistance à la pression osmotique Milieu hypo-osmotique: lorsque l'osmolarité de la solution est faible, l'eau à tendance à entrer en grande quantité dans le cytoplasme par rapport à ce qui sort de la bactérie, ce qui peut la faire gonfler. Une paroi cellulaire en bon état permet de résister à la pression trop élevée mais si la paroi est fragilisée, elle peut se rompre et mener à la mort de la bactérie. (***Ex***. dans ces conditions les globules rouges exploserait). Milieu iso-osmotique: lorsque la solution est d'osmolarité semblable à celle de la bactérie, l'osmose s'effectue autant vers l\'intérieur que vers l\'extérieur de la cellule, il ne s'exerce alors aucune véritable pression osmotique. Milieu hyperosmotique: l'eau sort de la bactérie (flux net d'eau vers l\'extérieur) la membrane plasmique tend à se détacher de la paroi. **10.1 La paroi bactérienne est soit Gram-positive, soit Gram-négative (Dia. 32-34)** **[10.1.1 La paroi cellulaire gram-positive (violet):]** Épais manteau de peptidoglycane + acides teichoïques qui participent au maintien de la structure de la paroi + différentes protéines (adhérence, facteurs de virulence, protéines de transport,\...) Peptidoglycanes = chaînes de disaccharides reliés par des peptides **[10.1.2 La paroi cellulaire Gram-négative (rose):]** - - - -  **11. L'endotoxine** A faible concentration, l'endotoxine est un puissant stimulant de la réponse​ inflammatoire.​ A forte concentration, Le lipide A déclenché une réponse inflammatoire systémique (généralisé) : - Après un test antibiotique, la libération de l'endotoxine est due à la libération de la bactérie. Chapitre 1 - Question de consolidation: Le microbiote est un entité en constante évolution due au multiple micro organisme qui vivent à différents endroits du corps. Il y a un grand nombre de micro organismes qui y vivent et qui en cas de dérèglement peuvent provoquer une infection, ou bien cela peut être provoqué par un micro organisme extérieur.