Techniques de Prélèvement et Analyses d’Urine - 2024 - Camille MOUCHART PDF

Camille MOUCHART 2024 CHAPITRE 7 : TECHNIQUES DE PRÉLÈVEMENT ET ANALYSES D’URINE 1. PRÉLÈVEMENT Les prélèvement doivent se faire avant antibiothérapie pour éviter les biais car si il y a une présen...

Camille MOUCHART 2024 CHAPITRE 7 : TECHNIQUES DE PRÉLÈVEMENT ET ANALYSES D’URINE 1. PRÉLÈVEMENT Les prélèvement doivent se faire avant antibiothérapie pour éviter les biais car si il y a une présence d’antibiotiques les microorganismes ne pousseront pas sur un milieu. Il faut prélever dans un pot stérile et minimum 10 ml si possible. Il existe plusieurs systèmes de prélèvements du plus simple au plus délicat et le niveau de précision monte dans le même sens. On peut prélever la miction naturelle par, par exemple une litière hydrofuge (n’absorbe pas les molécules). Les inconvénients de cette litière est qu’elle n’est pas stérile, qu’il faut un temps d’attende (le chat daigne bien faire pipi) et il faut être là au moment où il fait pipi pour prélever car sinon les MO de l’urine émise par l’animal vont augmenter et est exposé plus longtemps a des aérocontaminant. On peut aussi aider par une compression manuelle de la vessie. On récolte l’urine avec un recopiant qu’on retransvase dans un petit pots stérile. Cette méthode permet d’éviter le 1e tiers et pas d’attente mais reste pour autant non stérile. On évite ainsi les premiers jet (plutôt récolter le 2e et 3e tiers) car il contient les bactéries qui sont dans les méat urinaire. Les bactéries on accès à ses derniers. On auras donc une concentration bien plus élevé que ce qu’il se passe réellement dans la vessie et en prendre une conclusion erroné. Attention qu’il y auras quand même des bactéries du méat urinaire dans la suite de l’urine mais bien moins importante. Il faut juste en tenir compte. On peut aussi prélever par cathétérisation/urètre après désinfection du méat (éliminer les 1e jets). Cette méthode est plus intrusive. L’utilisation d’un cathéter introduit dans les méats urinaire (remonter les voie urinaire) implique, quand même, un prélèvement des première bactéries à éliminer. Il faut que l’animal soit anestésier. Enfin la cystocentèse écoguidée est le prélèvement d’urine en introduisent une aiguille à travers la peau (donc pas comme le cathéter qui remonte les voie urinaire) directement dans la vessie. Il n’y a donc plus d’influence des bactéries dans les méats urinaire qui influence la concentration en bactéries dans l’urine. 1 Camille MOUCHART 2024 2. TRANSPORT/STOCKAGE Après le prélèvement , l’urine dois être mise en culture en moins de 30 min. Si cela n’est pas possible on peut le conservé réfrigérées (4°C) et l’envoyées dans les 24 heures. Le froid ralenti le métabolisme des bactéries et donc leurs multiplication (leurs influence sur le concentration réels en microorganismes dans l’urine). Attention, elle n’arrête pas la multiplication donc pas plus de 24h. Enfin on peut encore prélevées dans un milieu de transport avec bactériostatique (acide borique). On peut dès lors le conserver 48h. Cette méthode stop la croissance des microorganisme sans les tue. Il n’y a que la chaleurs pour les tuer 3. BACTÉRIES PATHOGÈNES FRÉQUENTES La bactérie la plus souvent rencontrer lors des infection urinaire est l’Escherichia coli (N°1). On peut aussi retrouver des Klebsiella pneumoniae et autres coliformes (Enterobacter sp., Serratia sp.), des Proteus mirabilis et et Proteus vulgaris ou encore des Staphylococcus aureus, Staphylococcus intermedius et coagulase -, ou l’Enterococcus sp. Il y en a bien sur d’autres qui peuvent aussi provoque des infection. On constate que, la plus par des infections urinaire sont causé par des bactéries intestinaux car les système urinaire et digestif sont à proximité l’un de l’autre. En d’autre mots, c’est la proximité géographique qui explique que les infections urinaires sont due à des bactéries de la flore commensal (naturel) intestinal. La région du périnée est porche de la région anal. Rappelons-nous que les bactéries ne sont pas pathogène quand il sont là ou il faut mais si elle ne sont pas dans la bonne région, ils le deviennent. Si je bois un Enterococcus sp. je ne serais pas malade mais si il passe dans la mauvaise région, j’aurais des symptômes. Attention que les Staphylococcus sp. ne sont pas très courante dans l’intestin. 4. ANALYSES 4.1. EXAMENS MACROSCOPIQUES La premier étape de l’analyse, sont les examens macroscopiques. Dans cette étape on porte l’attention sur plusieurs caractéristiques : La couleur normale : Jaune très pale a plus intense. L’intensité dépend du temps ou le prélèvement a été effectué. Le matin, l’urine est plus concerté. On préfère prélever le matin afin de ne pas trop avoir une urine diluer. L’intensité dépend aussi du niveau d’hydratation. L’urine n’est pas aussi concentré après 3 vers d’eau. D’autre pathogène autres que bactérien peuvent influencer ou encore une présence de sang à cause d’une infection grave. L’urine seras dès lors plus orange brune. Le coté jaune dépend de l’urée. La turbidité normale : limpide. Si l’urine est trouble, elle pourrais contenir des leucocytes, bactéries, mucus, cristaux. Une urine trouble n’est pas normal. La densité au réfractomètre 2 Camille MOUCHART 2024 La tigette/bandelette urinaire pour évaluer le pH, la présence de leucocytes, le taux de protéines, le taux de glucose et le taux d’hémoglobine,... Cela se base sur une variation de couleurs évaluer a base d’une échelle. Le glucose diminue si il y a une infection bactérienne car les bactéries la consomme. C’est donc un bonne indicateur d’infection bactérienne. 4.2. EXAMENS MICROSCOPIQUES Après les examens macroscopiques, on passe aux examens microscopiques. On observe différentes caractéristiques : La microflore, après coloration. La coloration de Gram colore (presque) tous et donc aussi des levures, des globules blanc, etc. Les cristaux sont chimique et peuvent signer un dysfonctionnement dans le système rénal mais n’est pas nécessairement lié à une infection. Cellules de l’animal : o Épithéliales : trop pourrait indiquer que l’épiderme de la vessie est abimer. o GB1 : signe d’infection. o GR 2 : signe d’hémorragie. o Spermatozoïdes : chez le mâle, signe de potentiel lésion au niveau des canaux déférents etc. Après centrifugation car la centrifugation permet de sédimenter tous ce qui est plus lourd que l’urine. Tous ce regroupe dans le fond du tube, le culot. C’est alors concentré au fond. On n’analyse pas une infections urinaire après une centrifugation car la concentration est différentes après. 4.3. CULTURE → DÉNOMBREMENT ET IDENTIFICATION 1. Isolement et numération a. Öse calibrée de 10 μl : öse spécial dont la boucle nous permet de prélever 10 microlitre d’urine. b. Ensemencement en ‘sapin’ 2. Chromogène polyvalent (+ GS+ANC) 3. Autres tests: Gram, catalase,..., galeries, Maldi tof 1 GB = Globules Blancs 2 GR = Globules Rouges 3 Camille MOUCHART 2024 LE MILIEU POLYVALENT CHROMID CPS ELITE C’est une milieu : Solide Polyvalent Différentiel → chromogène (colonies vont générer une couleur propre à eux) Le milieu possède plusieurs substrats enzymatiques chromogènes incolores pour mettre en évidence une enzyme. Si enzyme est « adaptée », il y a alors un clivage et une libération du groupement chromogène. On observera alors une couleur (de la colonie). Milieu polymicrobien → toutes les bactéries retrouvée dans une urines vont pousser Fonction et lecture : Mise en évidence de 4 caractéristiques biochimiques : β-galactosidase + → colonies rose β-glucuronidase + → colonies bordeaux foncé Groupements chromogènes β-glucosidase + (~ esculinase) → colonies vert/bleu Tryptophane désaminase + → milieu brun orangé → Groupements non chromogènes Si la bactéries possède l’enzyme, il va libérer le groupement chromogène, initialement lié au substrat enzymatique, et ce groupement va donner la couleurs. En ce qui concerne la couleurs, il pourrais il y avoir un mélange de couleurs ou encore incolore si la bactéries ne possède aucune de ses trois enzymes. La couleurs est visible dans la colonies (et non le milieu). L’enzyme tryptophane désaminase qui dégrade du tryptophane, lui ne se mets pas en évidence grâce à un substrat chromogène. ESCHERICHIA COLI β-galactosidase + et β-glucuronidase + → colonies rouges à bordeaux → Fin de l’identification PROTEUS SP. Tryptophane désaminase + → colonies brunâtres + halo On ne sait pas distinguer les deux espèces connus différentes. De plus que ce n’est pas le seul qui donne cette aspect-là sur ce milieu. Il faut donc une suite à l’identification. 4 Camille MOUCHART 2024 KLEBSIELLA ET AUTRES COLIFORMES (QUE ESCHERICHIA COLI) β-galactosidase + β-glucosidase + possible → colonies vertes (voire bleutées) On ne sait pas distinguer les espèces connus différentes. De plus que ce n’est pas le seul qui donne cette aspect-là sur ce milieu. Il faut donc une suite à l’identification. ENTEROCOCCUS SP. β-glucosidase + → colonies turquoises On ne sait pas distinguer les espèces connus différentes. De plus que ce n’est pas le seul qui donne cette aspect-là sur ce milieu. Il faut donc une suite à l’identification. En conclusion, peu importe l’intensité du vert ou du bleu il faut quand même continuer/prolonger l’identification (à contrario du bordeaux). SUITE DE L’IDENTIFICATION En conclusion, peu importe l’intensité du vert ou du bleu il faut quand même continuer/prolonger l’identification (à contrario du bordeaux). Enterococcus sp.: β-glucosidase + → turquoise → Gram KES: bêta-galactosidase +, β-glucosidase + → verdâtre → Gram → galerie Proteus sp.: tryptophane désaminase + → milieu brunâtre (toutes les bactéries brunatre sont BG - donc inutile de faire une coloration de gram) → indole o si + → galerie o si - → Proteus mirabilis Staphylococcus sp. → roses pâles/jaune → Gram → catalase, Staph- latex,... 4.4. ANTIBIOGRAMME Attention a la standardisation ! Milieu gélosé Mueller Hinton Suspension 0,5 Mac Farland / sérum physiologique (9g/l NaCl) Ensemencement massif / écouvillon stérile Dépôt des AB distance 15mm bord / bord Incubation Mesure du diamètre des ZI Lecture : S, R ou SFP 5