BIO 1101 - La structure de l'ADN - PDF

Summary

Ce document présente un aperçu de la structure de l'ADN, en se concentrant sur les atomes, les liaisons chimiques et les molécules. Il explique des concepts tels que la structure de base des molécules, la formation de liaisons covalentes (polaires et non polaires), ainsi que le concept plus global de la polymérisation. Le document est un support de cours et pas un examen.

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BIO 1101 Chapitre 1 : La structure de l'ADN 1. Les atomes, liaisons chimiques et molécules Atome : - Veut dire indivisible. - Est la plus petite unité possédant les propriétés d'un élément (chaque élément est constitué d'un type d'atome qui lui est propre) - Constitué de + de 200 pa...

BIO 1101 Chapitre 1 : La structure de l'ADN 1. Les atomes, liaisons chimiques et molécules Atome : - Veut dire indivisible. - Est la plus petite unité possédant les propriétés d'un élément (chaque élément est constitué d'un type d'atome qui lui est propre) - Constitué de + de 200 particules dont le neutron, le proton (+) et électron (-) - Son noyau est formé à l'aide du neutron et du proton Les électrons autour d'un noyau atomique sont organisés en couches ou niveaux d'énergie. Chaque couche correspond à un nombre quantique principal ( n ) (1, 2, 3, etc.). Chaque couche ( n ) est divisée en sous-couches (s, p, d, f).  La dernière couche voir le dernier niveau d'énergie, est la couche de valence. La couche de valence : - permet des interactions entre les atomes et des liaisons chimiques - peut avoir maximum 2 ou 8 électrons Utilisez la formule ( 2n\^2 ) pour déterminer le nombre maximal d'électrons que la couche peut contenir. - Pour ( n = 1 ) : ( 2 \\times 1\^2 = 2 ) électrons. - Pour ( n = 2 ) : ( 2 \\times 2\^2 = 8 ) électrons. - Pour ( n = 3 ) : ( 2 \\times 3\^2 = 18 ) électrons. - Pour ( n = 4 ) : ( 2 \\times 4\^2 = 32 ) électrons. - Le nombre de protons = au nombre d'électrons pour un atome donné - Ce n'est pas l'équivalent d'être énergétiquement stable (- de mouvement = + de stabilité) La formation d'une liaison chimique entre 2 atomes dégage de l'énergie ( - de mouvement) Briser une liaison, il faut fournir de l'énergie (les 2 atomes retournent à leur mouvement initial) Les liaisons **covalentes** sont des types de **liaisons chimiques** où **deux atomes** **partagent des électrons**. Elles peuvent être classées en deux catégories principales : **Liaisons covalentes non polaires** : Dans ce type de liaison, les **électrons** sont **partagés de manière égale entre les atomes**. Cela se produit généralement lorsque les atomes impliqués ont des électronégativités similaires.  **Liaisons covalentes polaires** : Ici, les électrons sont partagés de **manière inégale** entre les atomes, car l'un des atomes a une électronégativité plus élevée que l'autre. Cela crée une distribution inégale de la charge électrique, avec une partie de la molécule légèrement positive et l'autre légèrement négative.  Les chaînes carbonées : - Sont formées par des atomes de carbone reliés entre eux par des liaisons **covalentes non polaires** - Servent de base pour la formation de diverses molécules organiques. - Les atomes de carbone peuvent s'associer entre eux par des liaisons doubles, simples, triples et finissent par former des **chaînes parfois longues et rectilignes, ramifiées ou cycliques (Ce sont les squelettes des macromolécules biologiques)** - Forment ces squelettes - **Peuvent faire des liens avec d'autres molécules (ex : formation de tissus, de groupements fonctionnels)** Les diverses propriétés d'une molécule organique dépendent des autres atomes qui s'y lient. L**es groupements fonctionnels sont les groupements d'atomes qui participent le plus aux réactions chimiques des molécules organiques**. Ils contiennent des liaisons covalentes polaires et ils sont parfois ionisés. [[Une **liaison ionique** est un type de liaison chimique où un ou plusieurs électrons sont transférés d'un atome à un autre, créant ainsi des ions de charges opposées qui s'attirent mutuellement^1^](https://www.alloprof.qc.ca/fr/eleves/bv/sciences/les-liaisons-covalente-et-ionique-s1070)[^2^](https://fr.wikipedia.org/wiki/Liaison_ionique)]. Quel est l'avantage de posséder des liaisons covalentes polaires, par rapport aux liaisons covalentes non polaires ? **Pour l\'équilibre énergétique= efficacité= stabilité entre les molécules= bon fonctionnement** Les liaisons covalentes polaires peuvent rendre les molécules plus réactives. [[La différence de charge partielle crée des sites réactifs sur la molécule, facilitant les réactions chimiques^2^]](https://bing.com/search?q=avantage+des+liaisons+covalentes+polaires+par+rapport+aux+liaisons+covalentes+non+polaires). Une macromolécule : - Structure 3D dont la forme dépend de la séquence - Les différents monomères se lient par des liaisons covalentes - La structure 3D est stabilisée par des liaisons covalentes et non covalente La **survie de la cellule** **dépend** des **nombreuses interactions entre les molécules qui la composent**. En général, elles vont interagir ensemble par des **liaisons non covalentes**. \+ les deux molécules s'assemblent bien (la complémentarité), + elles forment des liens non covalents entre elles. ¬. Ce sont des **interactions de faible énergie**, mais elles peuvent être nombreuses 1956= Création du dogme central ![](media/image5.png) 2. La structure de l'ADN - Sucre + base azotée + gr. Phosphate - Peut avoir entre 1 à 3 P (mono, di, triphosphate) - Molécule organique Nucléoside : - Sucre + base azotée - Molécule organique La différence entre ADN et ARN réside dans le sucre. Purines : -  Incluent deux des bases azotées de l'ADN et de l'ARN : l'adénine (A) et la guanine (G) - Production d'énergie Pyrimidines : - Cytosine et Thymine Uracile remplace la thymine dans l'ARN. ![](media/image7.png) La polymérisation d'ADN nécessite un apport en nucléotides (3-p). Mais pourquoi ? Car : -  La polymérisation de l'ADN nécessite de l'énergie. Cette énergie est fournie par l'hydrolyse des deux groupes phosphate supplémentaires présents dans les dNTPs (nucléotide). [[Lorsque ces groupes phosphate sont libérés, ils fournissent l'énergie nécessaire pour la formation de la liaison phosphodiester^2^]](https://fr.wikipedia.org/wiki/ADN_polym%C3%A9rase). -  Les nucléotides, spécifiquement les désoxyribonucléotides triphosphates (dNTPs), sont les unités de base qui sont ajoutées au brin d'ADN en croissance. [[Chaque nucléotide fournit un groupe phosphate pour former la liaison phosphodiester avec le nucléotide précédent, ce qui est crucial pour l'élongation de la chaîne d'ADN^1^]](https://www.ecole-adn.fr/uploads/2011/10/cours-PCR-C-SIATKA-COMPLET.pdf) - Les ADN polymérases utilisent les nucléotides pour vérifier et corriger les erreurs pendant la réplication. [[La complémentarité des bases nucléotidiques permet à l'ADN polymérase de s'assurer que chaque nucléotide ajouté est correct, minimisant ainsi les erreurs dans la séquence d'ADN^3^]](https://www.studysmarter.fr/resumes/biologie/svt/adn-polymerase/) Fonctions des nucléotides : - Les nucléotides sont une source d'énergie chimique via la liaison entre les groupements phosphate facilement hydrolysable. Exemple : ATP - Association avec différents groupements chimiques pour former des coenzymes. - Molécules de signalisation intracellulaire ou second messager. ![](media/image9.png) La polymérisation : - L'ADN est un polymère (macromolécule composée de plusieurs monomère) de nucléotides. La polymérisation se fait grâce à **la formation du lien phosphodiester** qui **relie les deux sucres de deux nucléotides différents via le groupement phosphate** - Nécessite une enzyme (**polymérase=** synthèse des acides nucléique comme ADN et ARN ) et un apport en **nucléotides triphosphate** Chaque nouveau nucléotide est ajouté sur **le carbone 3'**(sucre) du nucléotide précédant et une molécule du **pyrophosphate est libérée**. Le **pyrophosphate** (PPi) est un composé chimique formé par la condensation de deux molécules de phosphate. [[Il joue un rôle crucial dans divers processus biochimiques, notamment dans le transfert d'énergie au sein des cellules^1^](https://fr.wikipedia.org/wiki/Pyrophosphate)[^2^](https://en.wikipedia.org/wiki/Pyrophosphate)]. [[Il est souvent produit lors de l'hydrolyse de l'ATP]](https://en.wikipedia.org/wiki/Pyrophosphate) ¬ **La polymérisation se déroule du 5' vers 3**' (flèche verte ) La charge négative à pH neutre sur le gr. p. confère une charge globale négative à l'ADN une fois la molécule polymérisée. Polymérisation perdu deux phosphates qui va être libéré = charge négative de l\'adn Les liaisons phosphodiesters entre les nucléotides assurent la polymérisation de la charpente sucre-phosphate d'un brin d'ADN. ![](media/image11.png) Les chaines de nucléotides ont a leurs extrémités **un groupe phosphate C5'** et un **groupe hydroxyle libre C3',** a partir duquel l'élongation, peut se poursuivre. Comme les sucres sont identiques mais que les bases diffères alors **la séquence est identifiée avec les bases du 5' vers 3'** Adénine -- thymine (A-T) : 2 liens H Cytosine- Guanine (C-G) : 3 liens H Les liaisons hydrogènes assurent la formation de la structure secondaire bicaténaire de l'ADN. **Liaisons H sont faibles, mais leur grand nombre donne beaucoup de stabilité à l'ensemble.** **La complémentarité des bases azotées est essentielle à la réplication de l'ADN**. ![](media/image13.png) c\) Les caractéristiques de l'ADN **La complémentarité et l'effet antiparallèle** Pour **former des ponts H** entre les nucléotides (leurs bases) : o Il faut avoir un **couple compatible**: A ne peut lier que T (avec 2 liens H), et G ne peut lier que C (avec 3 liens H) o Même dans les couples compatibles, les liens H ne se forment que si l'orientation des deux nucléotides est **antiparallèle** (c'est à dire C5' de l'un en face du C3' de l'autre). **Chaines hélicoïdales** **Les sillons majeurs et mineurs sont formés à cause de l'angle entre 2 liens glycosidiques d'un couple de nucléotides.** ![](media/image15.png) ![](media/image17.png) **1.3. La dénaturation et l'hybridation** **Dénaturation: perte de la structure quaternaire, tertiaire ou secondaire présente dans la forme « native» de la molécule.** **Les nucléotides sont assemblés par des liens covalents phosphodiesters forts Les chaînes antiparallèles sont maintenues ensemble par des liens H faibles** Si on c**hauffe** (ou applique un traitement alcalin) une **molécule d'ADN double brin**(bicaténaire): on **brise les liens H** et on obtient 2 chaînes à un brin(monocaténaire) ayant leurs liens phosphodiesters intacts = **la dénaturation.** Lorsque la température redescend, les brins se réassocient selon la complémentarité de leurs bases ¬ **l'hybridation** (renaturation)= réformation des liens H L'hybridation peut se faire entre les deux brins initiaux OU, avec d'autres molécules monocaténaires d'ADN ou d'ARN ajoutées dans la solution : **l'hybridation est possible entre un brin de départ et un brin ajouté.** **Cette propriété permet de détecter la présence d'une séquence spécifique dans un échantillon.** ![](media/image19.png) ![](media/image21.png) **Température d'hybridation : C'est la température à laquelle les brins d'ADN s'apparient. Si la température est trop basse, les brins peuvent s'apparier de manière non spécifique, c'est-à-dire avec des séquences qui ne sont pas parfaitement complémentaires. Si la température est trop élevée, les brins ne s'apparieront pas du tout.** **Température de dénaturation : C'est la température à laquelle les deux brins d'ADN se séparent. Plus cette température est élevée, plus les liaisons entre les bases complémentaires sont fortes.** **Spécificité de l'hybride : Cela signifie que les brins d'ADN s'apparient uniquement avec leurs séquences complémentaires exactes.** **Donc, la phrase signifie que plus la température d'hybridation est élevée (proche de la température de dénaturation), plus l'appariement entre les brins d'ADN sera spécifique. [[En d'autres termes, à des températures élevées, seuls les brins parfaitement complémentaires s'apparieront, ce qui augmente la spécificité de l'hybridation^1^](https://fr.wikipedia.org/wiki/Hybridation_de_l%27ADN)[^2^](https://www.supagro.fr/ress-tice/PCR/1/co/hybridation.html)]** ![](media/image23.png) ![](media/image25.png) ![](media/image27.png)

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