Vloeibare bacterie cultuur PDF

**Voltage** - SDS - 200V (45 tot 60 min ) - Western blot - 30V (overnacht) - Agrarose gel - 100v - - **Bijlage 2: Chemicaliënlijst** +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | **Experiment** | **chemicaliën** | **Componenten** |...

**Voltage** - SDS - 200V (45 tot 60 min ) - Western blot - 30V (overnacht) - Agrarose gel - 100v - - **Bijlage 2: Chemicaliënlijst** +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | **Experiment** | **chemicaliën** | **Componenten** | **Werking/ | | | | | Functie** | +=================+=================+=================+=================+ | **Gramkleuring* | Kristalviolet-o | | Kleurt de | | * | plossing | | peptidoglycaanl | | | | | aag | | | | | van bacteriën | | | | | paars aan. | | | | | Zowel gram | | | | | positieve als | | | | | gram negatieve | | | | | bacteriën | | | | | hebben een | | | | | peptidoglycaan | | | | | laag, maar bij | | | | | Gram-negatieve | | | | | bacteriën wordt | | | | | deze kleurstof | | | | | er uiteindelijk | | | | | weer | | | | | uitgewassen. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Jodium-oplossin | | Is een | | | g | | fixatiemiddel: | | | | | het vormt met | | | | | kristalviolet | | | | | een | | | | | kristalviolet-j | | | | | odiumcomplex. | | | | | Dit complex is | | | | | beter bestand | | | | | tegen het | | | | | uitwassen. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Ontkleurings-vl | 70% ethanol | Ethanol lost | | | oeistof | | het | | | | | buitenmembraan | | | | | van de | | | | | Gram-negatieve | | | | | bacteriën op en | | | | | wast het | | | | | kristalviolet-j | | | | | odiumcomplex | | | | | gemakkelijk uit | | | | | de dunne | | | | | peptidoglycaanl | | | | | aag. | | | | | Hierdoor | | | | | verliezen de | | | | | Gram-negatieve | | | | | bacteriën hun | | | | | paarse kleur. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Fuchsine-oploss | | Zorgt ervoor | | | ing | | dat de gram | | | | | negatieve | | | | | bacteriën | | | | | roze/rood | | | | | kleuren na de | | | | | alcoholbehandel | | | | | ing. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | **Katalase | H~2~O~2~ 3% | | Gebruikt om de | | assay** | | | aanwezigheid | | | | | van katalase te | | | | | bepalen. | | | | | Katalase breek | | | | | waterstofperoxi | | | | | de | | | | | af, waarbij het | | | | | wordt omgezet | | | | | in water en | | | | | zuurstof. De | | | | | productie van | | | | | zuurstof zorgt | | | | | voor het | | | | | ontstaan van | | | | | bellen. | | | | | Bellenvorming | | | | | is dus een | | | | | indicatie van | | | | | katalase | | | | | activiteit. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | demiwater | | Dient als | | | | | negatieve | | | | | controle. Zorgt | | | | | voor zekerheid | | | | | dat eventuele | | | | | belvorming in | | | | | H~2~O~2~ door | | | | | katalase | | | | | veroorzaakt | | | | | wordt en niet | | | | | door externe | | | | | factoren (als | | | | | geen | | | | | bellenvorming | | | | | in demiwater). | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | **16s rRNA | Demiwater | | Oplosmiddel | | amplificatie | | | | | met PCR** | | | | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Primer | Forward primer | De forward en | | | oplossing | (5 µM) en | reverse primers | | | | Reverse primer | binden aan het | | | | (5 µM) | template DNA, | | | | | zodat | | | | | DNA-polymerase | | | | | kan binden. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | PCR Master mix | Taq buffer, Taq | Taq-polymerase | | | | polymerase, | is een | | | | dNTP mix, | DNA-polymerase | | | | MgCl~2~, H~2~O | dat bestand is | | | | | tegen hoge | | | | | temperaturen. | | | | | Taq buffer | | | | | zorgt ervoor | | | | | dat het | | | | | taq-polymerase | | | | | goed kan | | | | | werken. dNTP's | | | | | worden in het | | | | | nieuwe | | | | | DNA-streng | | | | | ingebouwd. | | | | | MgCl~2~ is een | | | | | co-factor voor | | | | | DNA-polymerase. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Agarose | | De hoeveelheid | | | | | agarose in een | | | | | gel bepaald de | | | | | grootte van de | | | | | poriën in de | | | | | gel. Bij kort | | | | | DNA is er een | | | | | hogere agarose | | | | | concentratie | | | | | nodig en vice | | | | | versa. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | 1X TBE | Tris, Boraat, | Tris fungeert | | | (Tris-borate-ED | EDTA | als buffer om | | | TA) | | de pH stabiel | | | | | te houden met | | | | | een pKa van | | | | | 8,1. Boraat | | | | | draagt bij aan | | | | | de | | | | | geleidbaarheid | | | | | van de | | | | | elektrische | | | | | stroom. EDTA | | | | | bindt met o.a. | | | | | Mg^2+^, die | | | | | essentieel zijn | | | | | voor de | | | | | activiteit van | | | | | DNase. Hiermee | | | | | wordt voorkomen | | | | | dat DNase het | | | | | DNA degradeert | | | | | tijdens de | | | | | elektroforese. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Ethidiumbromide | | Dit is een | | | | | fluorescerende | | | | | kleurstof. Het | | | | | is erg toxisch | | | | | en mutageen en | | | | | moet dus met | | | | | handschoenen | | | | | worden | | | | | behandeld. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | 6X Orange G | | Kleurstof | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | 1kb DNA-marker | | Mengsel van | | | | | verschillende | | | | | DNA-fragmenten | | | | | met bekende | | | | | lengtes. | | | | | Gebruikt als | | | | | referentie | | | | | ladder. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | **Plasmide-conj | Acceptor-suspen | | E. Coli (stam | | ugatie** | sie | | 7). Door de | | | | | docent | | | | | gekweekt. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Donor-suspensie | | Bacteriestam 3. | | | | | Eigen vloeibare | | | | | culture. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Selectiemedium[ | Methionine-stoc | Methionine | | | ^1^](#fn1){#fnr | koplossing, | wordt als | | | ef1 | Tetracycline-st | voedingsstof | | |.footnote-ref} | ockoplossing, | gebruikt, omdat | | | | 2X SV-medium | de acceptorstam | | | | | methionine | | | | | behoeftig is. | | | | | De acceptorstam | | | | | is gevoelig | | | | | voor | | | | | tetracycline. | | | | | Tetracycline | | | | | wordt | | | | | toegevoegd, | | | | | zodat alleen de | | | | | geconjugeerde | | | | | acceptorbacteri | | | | | ën | | | | | overleven. Zie | | | | | voor "2X | | | | | SV-medium" het | | | | | kopje media. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | 2X water-agar | | Wordt | | | | | toegevoegd aan | | | | | het | | | | | selectiemedium, | | | | | zodat het | | | | | medium een | | | | | vaste vorm | | | | | krijgt. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | **Rifampicine | Rifampicine-sto | Rifampicine | Rifampicine is | | resistentie-ont | ckoplossing | concentratie | een | | wikkeling** | | van 2 g/L | antibioticum | | | | | dat | | | | | DNA-afhankelijk | | | | | e | | | | | RNA-polymerase | | | | | remt. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | 2X Water-agar | | Een medium waar | | | | | de bacteriën | | | | | zicht zelf aan | | | | | vast hechten en | | | | | waar we de | | | | | voedingstoffen | | | | | in oplossen. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | **MIC-assay met | 10 g/L | | Antibioticum | | MBC-assay** | Kanamycine | | | | | stockoplossing | | | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | **DNA-plasmide | Oplossing I | 0,9% glucose, | 23 mM Tris/HCl | | isolatie met | | 23 mM Tris/HCl | pH 8,0 is een | | restrictie | | pH 8.0, 10 mM | buffer, met als | | analyse**[^2^]( | | EDTA | functie de | | #fn2){#fnref2 | | | cellen heel te | |.footnote-ref} | | | houden. Glucose | | | | | zorgt ervoor | | | | | dat de | | | | | oplossing | | | | | isotoon wordt. | | | | | Daarnaast | | | | | buffert glucose | | | | | bij een pH 12,3 | | | | | hiervan is de | | | | | functie dat de | | | | | pH niet hoger | | | | | dan 12,5 wordt | | | | | (wat het | | | | | plasmide DNA | | | | | kan | | | | | beschadigen). | | | | | | | | | | Door EDTA wordt | | | | | Mg^2+^ uit de | | | | | oplossing | | | | | weggevangen; | | | | | DNase werkt dan | | | | | niet meer. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Oplossing II | 0.12 M NaOH 1% | SDS breekt het | | | | SDS | celmembraan van | | | | | de bacteriën | | | | | af. SDS is | | | | | echter niet | | | | | heel effectief | | | | | tegen de | | | | | celwand. NaOH | | | | | hydrolyseert de | | | | | peptidoglycaan | | | | | bindingen in de | | | | | celwand, wat | | | | | leidt tot een | | | | | minder compacte | | | | | celwand en | | | | | makkelijkere | | | | | toegang van de | | | | | SDS tot het | | | | | celmembraan. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Oplossing III | 3M KAc en 11.5% | Kalium (K^+^) | | | | azijnzuur | wordt gebruikt | | | | | om de eiwitten | | | | | te verwijderen | | | | | door een | | | | | onoplosbaar | | | | | zout te vormen | | | | | met DS^-^ dat | | | | | gebonden is aan | | | | | het eiwit. | | | | | Azijnzuur wordt | | | | | toegevoegd | | | | | zodat het pH | | | | | wordt verlaagd, | | | | | waardoor de | | | | | hybridisatiesta | | | | | p | | | | | mogelijk is. | | | | | | | | | | Acetaat buffert | | | | | op een lage pH | | | | | (rond 4,76) | | | | | zodat de pH | | | | | niet te laag | | | | | wordt. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Oplossing IV | fenol/ | Fenol | | | | | denatureert de | | | | chloroform - | eiwitten door | | | | 1:1 | ze hydrofoob te | | | | | maken. | | | | | Chloroform is | | | | | een stof met | | | | | een hogere | | | | | dichtheid dan | | | | | water, waardoor | | | | | de organische | | | | | stoffen hierin | | | | | oplossen en dus | | | | | makkelijker te | | | | | scheiden zijn. | | | | | | | | | | Hydrofobe | | | | | lipiden worden | | | | | opgelost door | | | | | het fenol en | | | | | chloroform. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Oplossing V | 10 mM Tris-HCl | RNase wordt | | | | pH 8.0, 0.1 mM | toegevoegd om | | | | EDTA, 20 µg/mL | resterende RNA | | | | RNase | af te breken. | | | | | EDTA wordt weer | | | | | toegevoegd om | | | | | te voorkomen | | | | | dat DNase het | | | | | DNA afbreekt. | | | | | Tris wordt weer | | | | | als buffer | | | | | gebruikt. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | 96% ethanol | | Door het | | | | | toevoegen van | | | | | ethanol zal DNA | | | | | neerslaan, | | | | | waardoor het | | | | | vervolgens kan | | | | | worden | | | | | gescheiden. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | 70% ethanol | | Zouten die | | | | | eventueel | | | | | aanwezig zijn, | | | | | lossen op in | | | | | 70% ethanol. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | MiliQ | (extra schoon) | Oplosmiddel | | | | demi-water | | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | 10x buffer | | Zorgt voor | | | BamHI | | optimale | | | | | omgeving | | | | | restrictie-enzy | | | | | m. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | BamHI | | Een | | | | | restrictie-enzy | | | | | m | | | | | die op een | | | | | specifiek | | | | | restrictiesite | | | | | knipt. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | **Beta-lactamas | 9% running | Demiwater, | De running gel | | e | gel[^3^](#fn3){ | acrylamide/ | zorgt voor de | | aanwezigheid | #fnref3 | | scheiding van | | met western |.footnote-ref} | bisacrylamide | eiwitten. | | Blot, Coomassie | | (40%), 1.5 M | Demiwater dient | | Blue kleuring | | Tris/HCl pH | als | | en | | 8.8, SDS 10%, | oplosmiddel. | | eiwitdetectie** | | ammonium | | | | | persulfaat (10% | Acrylamide en | | | | APS), TEMED | bisacrylamide | | | | | vormen de | | | | | matrix van de | | | | | gel: acrylamide | | | | | vormt lange | | | | | ketens en | | | | | bisacrylamide | | | | | zorgt voor | | | | | cross-links | | | | | tussen deze | | | | | ketens. | | | | | Tris/HCl wordt | | | | | weer als buffer | | | | | gebruikt. Het | | | | | zorgt voor een | | | | | hogere pH, | | | | | waardoor | | | | | glycine | | | | | negatief | | | | | geladen is en | | | | | sneller door de | | | | | gel zal | | | | | migreren dan de | | | | | eiwitten. | | | | | | | | | | SDS bindt aan | | | | | de eiwitten, | | | | | waardoor ze | | | | | denatureren en | | | | | negatief | | | | | geladen worden. | | | | | Hierdoor zullen | | | | | de eiwitten | | | | | uitvouwen en | | | | | lineair worden | | | | | en niet | | | | | gescheiden | | | | | worden op basis | | | | | van hun vorm of | | | | | lading. | | | | | | | | | | Ammonium | | | | | persulfaat is | | | | | een vrije | | | | | radicaal die | | | | | het | | | | | polymerisatiepr | | | | | oces | | | | | van acrylamide | | | | | en | | | | | bisacrylamide | | | | | in gang zet, | | | | | wat leidt tot | | | | | het uitharden | | | | | van de gel. | | | | | | | | | | TEMED | | | | | stimuleert de | | | | | vorming van | | | | | vrije radicalen | | | | | uit ammonium | | | | | persulfaat en | | | | | werkt dus als | | | | | katalysator | | | | | voor de | | | | | polymerisatie. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | 5% stacking | Demiwater, | De eiwitten | | | gel[^4^](#fn4){ | acrylamide/ | worden in de | | | #fnref4 | | stacking gel | | |.footnote-ref} | bisacrylamide | geladen. Het | | | | (40%), 0.5 M | doel van deze | | | | Tris/HCl pH | gel is om de | | | | 6.8, SDS 10%, | eiwitten te | | | | ammonium | concentreren. | | | | persulfaat (10% | | | | | APS), TEMED | Zie voor uitleg | | | | | componenten de | | | | | running gel. | | | | | Verschil tussen | | | | | running gel en | | | | | deze gel: | | | | | | | | | | De concentratie | | | | | acrylamide/ | | | | | bisacrylamide | | | | | is lager in | | | | | deze gel. Dit | | | | | zorgt voor | | | | | grotere poriën, | | | | | hierdoor kunnen | | | | | de eiwitten | | | | | ongehinderd | | | | | bewegen, zodat | | | | | alle eiwitten | | | | | tegelijkertijd | | | | | bij de running | | | | | gel aankomen. | | | | | | | | | | De pH van deze | | | | | gel is lager | | | | | (pH6.8 in | | | | | plaats van | | | | | 8.8). Dit zorgt | | | | | ervoor dat | | | | | glycine | | | | | neutraal | | | | | geladen is, | | | | | waardoor het | | | | | trager door de | | | | | gel migreert | | | | | dan de andere | | | | | eiwitten. | | | | | Hierdoor | | | | | ontstaat er een | | | | | soort | | | | | ionenfront dat | | | | | de eiwitten | | | | | helpt te | | | | | concentreren en | | | | | stapelen | | | | | voordat ze de | | | | | running gel | | | | | bereiken. | | | | | Daarentegen | | | | | zorgt de lage | | | | | ervoor dat | | | | | Cl­^-^ ionen | | | | | (uit Tris/HCl) | | | | | juist een | | | | | negatiever | | | | | lading krijgen | | | | | en juist | | | | | sneller gaan | | | | | migreren. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | 1X TGS | 25mM Tris, | Tris wordt hier | | | | 190mM glycine, | weer als buffer | | | | 0.1% SDS | gebruik. In TGS | | | | | heeft Tris een | | | | | pH van ongeveer | | | | | 8,3. | | | | | | | | | | Glycine zorgt | | | | | ervoor dat alle | | | | | eiwitten | | | | | tegelijktijdig | | | | | de running | | | | | buffer bereiken | | | | | (zie uitleg | | | | | stacking gel). | | | | | | | | | | SDS bindt aan | | | | | eiwitten om ze | | | | | gedenatureerd | | | | | te houden. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | TCA | Trichloorazijn | Denatureert en | | | | | precipiteert | | | | | eiwitten. Het | | | | | zorgt voor een | | | | | verlaging van | | | | | de pH, waardoor | | | | | de eiwitten | | | | | zullen | | | | | neerslaan. Dit | | | | | zorgt ervoor | | | | | dat de | | | | | supernatant | | | | | verwijderd kan | | | | | worden. Hiermee | | | | | worden | | | | | ongewenste | | | | | verontreiniging | | | | | en | | | | | verwijderd en | | | | | worden de | | | | | eiwitten | | | | | geconcentreerd. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Aceton | | Zorgt ervoor | | | | | dat TCA wordt | | | | | verwijderd. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | 4X Laemmli | 0.5M Tris/HCl | Tris/HCl | | | sample buffer | pH 6.8, 10% | buffert bij een | | | (LSB) | (w/v) SDS, 10% | pH van 6,8. | | | | glycerol, 14M | | | | | 2-mercaptoethan | SDS zorgt | | | | ol, | ervoor dat alle | | | | 0.4% | eiwitten een | | | | broomfenolblauw | uniforme | | | | | negatieve | | | | | lading krijgen. | | | | | | | | | | Glycerol zorgt | | | | | ervoor dat het | | | | | monster | | | | | zwaarder wordt | | | | | dan TGS: dit | | | | | voorkomt dat de | | | | | sample | | | | | verspreidt of | | | | | mengt met het | | | | | TGS. | | | | | | | | | | 2-mercaptoethan | | | | | ol | | | | | verbreekt | | | | | disulfidebrugge | | | | | n | | | | | binnen | | | | | eiwitten. | | | | | | | | | | Broomfenolblauw | | | | | is een | | | | | kleurstof, | | | | | hierdoor kan de | | | | | voortgang van | | | | | de | | | | | elektroforese | | | | | gemonitord | | | | | worden. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Tris Base | | Verhoogt het | | | | | pH, waardoor | | | | | het mengsel | | | | | blauw kleurt. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Pageruler | | Marker | | | prestained | | | | | (Plus) | | | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | 1X blotbuffer | 10x blot | Is voor de | | | | buffer, Water, | Western Blot | | | | methanol | nodig. | | | | | | | | | | Water zorgt | | | | | voor het juiste | | | | | volume en | | | | | concentratie. | | | | | Methanol zorgt | | | | | voor een | | | | | gedeeltelijk | | | | | apolair milieu. | | | | | Tris werk als | | | | | pH buffer. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | methanol | | Wordt gebruikt | | | | | om het | | | | | PVDF-membraan | | | | | te bevochtigen. | | | | | Dit membraan is | | | | | namelijk | | | | | hydrofoob en | | | | | kan pas | | | | | blotbuffer | | | | | opnemen nadat | | | | | het bevochtigd | | | | | is met | | | | | methanol. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Coomassie | | Bindt aan de | | | Blue-oplossing | | eiwitten die in | | | | | de gel | | | | | gescheiden | | | | | zijn. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Destain-oplossi | | Verminderd | | | ng | | achtergrondkleu | | | | | ring. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Blokbuffer 1 | 4% BSA in TBS-T | BSA werkt als | | | | (tris-buffered | blokkeringsmidd | | | | Saline -- Tween | el: | | | | 20) | het bevat | | | | | albumine dat | | | | | bindt aan | | | | | niet-specifieke | | | | | bindingsplaatse | | | | | n | | | | | op het | | | | | membraan. | | | | | Hierdoor kunnen | | | | | geen andere | | | | | moleculen | | | | | binden, wat | | | | | anders tot | | | | | achtergrondruis | | | | | of valse | | | | | positieven kan | | | | | leiden. Voor | | | | | TBS geldt: Tris | | | | | werkt als pH | | | | | buffer en | | | | | buffered saline | | | | | is een zout dat | | | | | voor een | | | | | isotone | | | | | oplossing | | | | | zorgt. | | | | | | | | | | Tween 20 (T) is | | | | | een surfactant | | | | | dat de | | | | | hydrofobische | | | | | interacties | | | | | tussen albumine | | | | | en de | | | | | antilichamen | | | | | voorkomt. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Blokbuffer 2 | 0.4% BSA in | Zelfde werking | | | | TBS-T | als hierboven, | | | | | maar dan met | | | | | een lagere | | | | | concentratie | | | | | BSA. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | Anti-TEM-bla | 1:1000 | Primair | | | | | antilichaam | | | | | gericht op | | | | | beta-lactamase. | | | | | Het is | | | | | polyklonaal en | | | | | opgewekt in | | | | | konijnen. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | GAR-AP | 1:3000 verdund | Secundair | | | | in blokbuffer 2 | antilichaam dat | | | | | bindt aan | | | | | primair | | | | | antilichaam. | | | | | Dit antilichaam | | | | | is verkregen | | | | | door een geit | | | | | te enten met | | | | | antilichamen | | | | | afkomstig van | | | | | konijnen. | | | | | | | | | | Dit antilichaam | | | | | is geconjugeerd | | | | | aan een enzym. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | PBS (phosphate | | PBS wordt | | | buffered | | gebruikt als | | | saline) | | was buffer: het | | | | | zorgt ervoor | | | | | dat ongebonden | | | | | antilichamen | | | | | verwijderd | | | | | worden. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | AP-substraat | Solution A en B | Buffer die | | | | in AP-buffer | ervoor zorgt | | | | met een | dat de | | | | verhouding van | omstandigheden | | | | 1:100 | optimaal | | | | | blijven. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | **Media** | Bouillonagar | | Gebruikt voor | | | (LB), plaat en | | het groeien van | | | vloeibaar | | bacteriekolonie | | | | | s | | | | | in | | | | | verschillende | | | | | experimenten. | | | | | | | | | | LB-medium is | | | | | rijk aan | | | | | voedingsstoffen | | | | | en stimuleert | | | | | snelle | | | | | bacteriële | | | | | groei. Het is | | | | | een | | | | | niet-selectief | | | | | medium: het | | | | | ondersteunt de | | | | | groei van veel | | | | | verschillende | | | | | soorten | | | | | bacteriën en is | | | | | dus universeel | | | | | bruikbaar. | | | | | | | | | | Op een LB-plaat | | | | | wordt er agar | | | | | aan toegevoegd | | | | | zodat het een | | | | | vaste vorm | | | | | krijgt. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | 20% Melkplaat | 20% | Gebruikt voor | | | | melkoplossing | protease | | | | in agar-medium | activiteit | | | | | meting. | | | | | Melkplaten | | | | | bevatten een | | | | | hoog gehalte | | | | | aan (grote) | | | | | eiwitten, wat | | | | | belangrijk is | | | | | voor het | | | | | detecteren van | | | | | protease | | | | | activiteit. | | | | | | | | | | Hierbij is 20% | | | | | melkoplossing | | | | | toegevoegd aan | | | | | het | | | | | agar-medium. | | | | | Deze | | | | | concentratie | | | | | zorgt voor de | | | | | juiste balans | | | | | tussen | | | | | voldoende eiwit | | | | | om protease | | | | | activiteit te | | | | | kunnen | | | | | detecteren, | | | | | maar niet een | | | | | te hoge | | | | | concentratie, | | | | | zodat de | | | | | bacteriën nog | | | | | wel goed kunnen | | | | | groeien. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | SCMM | | Gebruikt voor | | | | | het secundair | | | | | metaboliet | | | | | experiment. | | | | | | | | | | Dit medium is | | | | | speciaal | | | | | gemaakt voor | | | | | Schizophyllum | | | | | commune. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ | | SV medium | | Gebruikt in het | | | | | plasmide | | | | | conjugatie | | | | | experiment. | | | | | | | | | | Is een arm | | | | | medium. Het is | | | | | een goed | | | | | selectiemedium | | | | | waarop bepaalde | | | | | bacteriën | | | | | geselecteerd | | | | | kunnen worden, | | | | | door zelf één | | | | | voedingsstof en | | | | | één | | | | | antibioticum | | | | | toe te voegen. | +-----------------+-----------------+-----------------+-----------------+ **\ ** ::: {.section.footnotes} ------------------------------------------------------------------------ 1. ::: {#fn1} Zelf samengesteld uit de bestanddelen (zie voor exacte hoeveelheid bestanddelen het protocol).[↩](#fnref1){.footnote-back} ::: 2. ::: {#fn2} Chemicaliën voor de onderdelen "Agarosegel gieten" en "Gel-elektroforese" staan onder het experiment "16s rRNA amplificatie met PCR" vermeld.[↩](#fnref2){.footnote-back} ::: 3. ::: {#fn3} Zelf samengesteld uit de bestanddelen (zie voor exacte hoeveelheid bestanddelen het protocol).[↩](#fnref3){.footnote-back} ::: 4. ::: {#fn4} Zelf samengesteld uit de bestanddelen (zie voor exacte hoeveelheid bestanddelen het protocol).[↩](#fnref4){.footnote-back} ::: :::