Virologie Morpho, Clinique, Diagnostic, Traitement, Prévention PDF

Virologie I. SARS-CoV-2 Morphologie - virus à ARN monocaténaire linéaire de polarité + - capside hélicoïdale - enveloppé Réservoir : chauve souris Culture : OUI Clinique - symptômes courant o fièvre o toux sèc...

Virologie I. SARS-CoV-2 Morphologie - virus à ARN monocaténaire linéaire de polarité + - capside hélicoïdale - enveloppé Réservoir : chauve souris Culture : OUI Clinique - symptômes courant o fièvre o toux sèche o fatigue - symptômes moins courant o perte gout et/ou odorat → SIGNE PATHO-PNEUMONIQUE = caractéristique de la maladie o congestion nasale o conjonctivite o mal de gorge o mal de tête o syndrome grippaux Diagnostic Traitement   préventif : evusheld  curatif o xevudy o paxlovid o velkury  autres médicaments destinés à prévenir le passage en soins intensifs o dexaméthasone” o tocilizumab o analirna Prévention - vaccination o types de vaccin  ARN messager  à veteur viral  bivalents à ARN messager  monovalent à protéine recombinante o cible : protéine spike - Gestes barrières. - II. Virus influenza Morphologie - ARN segmenté polarité négatif - Capside : hélicoïdale - Enveloppé Réservoir : mammifère et oiseaux Cultivable : oui Clinique  incubation courte  début brutale  symptômes o forte fièvre o asthénie o myalgies o céphalées  guérison spontanée en 1 à 2 semaines  évolution épidémique et saisonnier  complication du o virus o surinfection bactérienne o décompensations pathologie chronique Traitement  symptomatique  antalgique + antipyrétique  /!\ A PROSCRIRE AINS ET CORTICOIDE  antiviral spécifique o inhibiteur de la neuraminidase :  oseltamivir  zanamivir Prévention - transmission : Vaccination - intérêt : o protéger o réduire le risque de complications grave o réduire la mortalité - recommandation o 65 ans o femme enceinte o pathologie chronique o obèse - effets secondaires o locaux  douleur  oedème  érythème o généraux  malaise  céphalée  fièvre  myalgie o rare : syndrome Guillain-Barré - 4 souches o 2 souches A  A/H1N1  A/H3N2 o 2 souche B III. Virus Respiratoire Syncytial Morphologie - ARN simple brin, linéaire de polarité négative - Capside : hélicoïdale - Enveloppé Réservoir : humain Cultivable : OUI Clinique : BRONCHIOLITE du nourrisson  incubation : 2-4 jours   physiopathologie : o rhinite, infection respiratoire haute o diffusion aux bronchioles (heure) o inflammation forte o obstruction bronchiolaire  symptômes o dyspnée o toux irritative o fièvre modérée o difficultés d’alimentation o agitation résultant de l’hypoxie o insuffisance respiratoire possible  hospitalisation si o bronchiolite chez nourrisson o pneumopathie grave  complication immédiate o insuffisance respiratoire aigue o risque d’apnée o mort subite o aggravation pathologie sous-jacente  complication à distance o récidive o hyper-réactivité bronchique transitoire Traitement  nouveau-née et nourrisson o nirsevimab o prophylaxie : palizumab  adulte fragile  o oxygénothérapie o ribavirine inhalée o vaccin arexvy IV. VIH Morphologie  ARN simple brin, linéaire, polarité -  Dimère = 2 molécule ARN identiques  transcriptase inverse  capside : conique  enveloppé Culture oui Phase de l’infection clinique 1. primo-infection = phase aiguë de la réplication virale et dissémination du virus dans les tissus lymphoïdes o symptomatique dans 50% o symptômes dans les 10 à 15 jours → durée = 2 semaines   pseudo grippal  cutanéo-muqueuses  ganglionnaires  digestives  neurologiques o anomalie biologique Domaine pathologie thrombopénie leucopénie hématologie neutropénie lymphopénie sd mononucléosidique hépatiques hépatite aigue cytolytique 2. phase asymptômatique 3. phase symptômage (SIDA) o LTCD4+ < 200/mm3 o faiblesse et dysfontionnement du SI → maladies infectieuses opportunistes graves  virales (zona, CMV, …)  bactérienne (mycobactéries)  parasitaires (toxoplasmose, cryptococcose, …) Diagnostic Traitement → étapes précoces  inhibiteurs d’attachement o fostemsavir o ibalizumab  antagoniste du co-récepteur CCR5 o maraviroc (MCV)  inhibiteur de fusion o enfuvirtide  inhibiteurs de capside o lenacapavir → inhibiteurs e la TI  inhibiteurs nucléosidiques de la TI (INTI) o zidovudine o lamivudine o eemtricitabine o abacavir  inhibiteur nucléosidique de translocation de la TI (INTTI) o islatravir   inhibiteurs non nucléosidiques de la TI (INNTI) o efavirenz o nevirapine o etravirine o rilpivirine o doravirine  inhibiteurs nucléotidique de la TI (INTI) o tenofovir disoprocyl fumarate (TDF) o ténofovir alafenamide fumarate (TAF) → étapes tardives  inhibiteurs de l’intégrase o raltegravir o elvitegravir o dolutegravir o cabbotegravir o bictegravir  inhibiteurs protéase (IP) o lopinavir o atazanavir o tipranavir o darunavir  V. Hepatites 1. Hépatite B Morphologie  Virus à ADN circulaire bicaténaire polarité négative  Capside : icosaédrique  Enveloppé : déterminant antigénique de surface Culture : OUI Clinique - Incubation : 30 à 180 jours (moyenne : 90 jours). - Symptômes :  Forme aiguë (70% asymptomatiques) : Fièvre, asthénie, douleurs abdominales, ictère.  Forme chronique (5-10% des cas) : Hépatite chronique → cirrhose → carcinome hépatocellulaire.  - Complications :  Hépatite fulminante (rare, 0,1-0,5%).  Hépatocarcinome chez les porteurs chroniques. Diagnostic - Marqueurs virologiques : o AgHBs (infection) o AgHBe (réplication) o Ac anti-HBc IgM (infection aiguë) o ADN VHB (quantification de la charge virale). - Tests complémentaires : Suivi de l'atteinte hépatique (ASAT, ALAT, échographie- Doppler, élastométrie pour la fibrose). - Stratégie : En cas de dépistage positif à l’Ag HBs, recherche d’IgM anti-HBc pour différencier phase aiguë/chronique, et quantification de l’ADN VHB pour évaluer la charge virale. Traitement - Médicaments :  Analogues nucléos(t)idiques : Ténofovir, entécavir, traitement de première intention en France.  IFN-PEG : Utilisé dans certains cas, mais avec de nombreuses contre-indications. - Suivi post-traitement : Surveillance tous les 3 à 6 mois en cas d’interruption pour prévenir la réactivation. Prévention - Vaccination : Immunité protectrice obtenue dans 95 à 98% des cas. Vaccins monovalents ou combinés pour les enfants et populations à risque (professionnels de santé, adolescents). - Hygiène et éducation : Mesures pour les porteurs chroniques, sécurité des dons de sang et organes. 2. Hépatite C Morphologie  Virus à ARN monocaténaire non segmenté de polarité positive  Capside : icosaédrique   Enveloppé Culture : OUI Clinique - Incubation : 2 semaines à 6 mois (moyenne : 7 semaines). - Symptômes : o Souvent asymptomatique (75%). o Forme aiguë : Asthénie, ictère rare. o Forme chronique : Fatigue chronique, cirrhose. - Complications : o Cirrhose (20-30% des cas chroniques). o Hépatocarcinome. Diagnostic - Sérologie : Anticorps anti-VHC, avec une fenêtre sérologique de 12 semaines. - Biologie moléculaire : RT-PCR quantitative pour mesurer la charge virale et suivre le traitement. - Génotypage : Essentiel pour orienter le traitement et prévoir la réponse thérapeutique. Traitement  Antiviraux à Action Directe (AAD) : Efficace avec un taux de guérison > 95%. o Classes d’AAD :  Inhibiteurs de protéase (-prévir) : ex. Grazoprévir, Glécaprévir.  Inhibiteurs de la protéine NS5A (-asvir) : ex. Lédipasvir, Elbasvir.   Inhibiteurs de l’ARN polymérase (-buvir) : Sofosbuvir, Dasabuvir. o Traitements : Epclusa® (Sofosbuvir/Velpatasvir) et Maviret® (Glécaprévir/Pibrentasvir).  Suivi : Recherche d’ARN du VHC 12 semaines après traitement pour confirmer la guérison. Prévention  Réduction des risques : Actions de prévention dans les soins médicaux et pour les personnes à risque (toxicomanes, HSH).  Objectif d’élimination : OMS 2030, France 2025, avec des actions de prévention, de dépistage et un accès au traitement universel. 3. Hépatite A Morphologie  virus à ARN monocaténaire de polarité positive  capside : icosaédrique Réservoir = HUMAIN Culture : OUI Clinique - Incubation : 2 à 6 semaines. o Excrétion fécale : Maximale en fin d'incubation, diminue avec l’apparition des symptômes. - Symptomatique : o Cytolyse hépatique o Fièvre o Diarrhées o Ictère o Urines foncées. - Asymptomatique : Fréquent, surtout chez les enfants. - Forme fulminante : Rare mais grave (mortalité élevée). Diagnostic   Indirect : Sérologie IgM anti-HAV (diagnostic aigu).  Direct : RT-PCR pour ARN viral dans sang/selles (usage spécialisé).  Transaminases sériques : Élevées en cas de cytolyse. Prévention  Hygiène : Lavage des mains, cuisson des aliments.  Vaccination : o Inactivé, monovalent ou combiné (VHB ou typhoïde). o Séroconversion : 98-100%, protection estimée à 20 ans. 4. Hépatite E Morphologie  virus ARN monocaténaire de polarité positive  Capside : icosaédrique  non enveloppé Réservoir : humain et porcin Clinique  Aiguë : o Majoritairement asymptomatique. o Symptomatique (hépatopathie sous-jacente, grossesse).  Chronique : o Virémie > 3 mois chez immunodéprimés. o Pas de réactivation, persistance virale active Diagnostic  Indirect : IgM anti-VHE (aiguë), IgG persistants.  Direct : ARN viral par RT-PCR (sang/selles). Prévention  Hygiène : Lavage des mains, cuisson des viandes.  Collective : Traitement des eaux, dépistage des dons de sang.  Vaccin : Disponible uniquement en Chine (zones hyperendémiques). VI. Virus entériques 1. Rotavirus Morphologie - ARN double brin segmenté (11 segments). - Capside : Triple couche - Enveloppe : Absente Clinique  Incubation : 24-72 heures.  Symptômes : o Diarrhées liquides abondantes, sans sang ni mucus. o Vomissements importants. o Fièvre modérée. o Déshydratation rapide, surtout chez les jeunes enfants.  Complications : Déshydratation sévère → hospitalisation. Diagnostic  Biologique : o Recherche des antigènes viraux dans les selles (immunoenzymologie, ELISA). o RT-PCR pour une détection sensible (en cas d’épidémie ou études épidémiologiques). Traitement  Pas de traitement antiviral spécifique.  Réhydratation orale (solution de réhydratation orale).  Réhydratation intraveineuse en cas de déshydratation sévère. Prévention  Vaccination : o Type : Vaccin oral vivant atténué. o Vaccins disponibles :  Rotarix® : 2 doses (à 2 et 4 mois).  RotaTeq® : 3 doses (à 2, 3 et 4 mois). o Efficacité : Réduction de 85-95% des formes graves de diarrhée. o Administration avant 6 mois pour éviter les cas rares d’invagination intestinale.   Hygiène : o Lavage des mains systématique. o Désinfection des surfaces contaminées. 2. Norovirus Morphologie - ARN simple brin, polarité positive - Capside : Simple, très résistante aux agents chimiques et physiques - Enveloppe : Absente Clinique  Incubation : 12-48 heures.  Symptômes : o Vomissements brutaux (souvent prédominants). o Diarrhées modérées. o Céphalées, douleurs abdominales, myalgies. o Fièvre modérée.  Complications : Rare, sauf chez les immunodéprimés ou personnes âgées (déshydratation). Diagnostic  RT-PCR dans les selles (technique de référence en cas d’épidémie).  Pas de tests antigéniques largement disponibles. Traitement  Pas de traitement spécifique.  Réhydratation orale ou intraveineuse selon les besoins. Prévention  Pas de vaccin disponible.  Mesures d’hygiène :  o Lavage des mains au savon. o Désinfection des surfaces (eau de Javel). o Isolement des cas pendant 48 heures après disparition des symptômes. 3. Astrovirus Morphologie - ARN simple brin, polarité positive. - Capside : Simple - Enveloppe : Absente Clinique  Incubation : 3-4 jours.  Symptômes : o Diarrhées légères à modérées. o Fièvre basse, nausées. Diagnostic  Recherche d’antigènes ou RT-PCR dans les selles. Traitement  Réhydratation symptomatique. Prévention  Hygiène (mains, surfaces, eau potable). 4. Adénovirus entériques Morphologie - ADN double brin. - Capside : Icosaédrique - Enveloppe : Absente Clinique  Incubation : 8-10 jours.  Symptômes : o Diarrhées prolongées (7-14 jours). o Fièvre, vomissements possibles. Diagnostic  Immun enzymologie (ELISA) ou PCR dans les selles. Traitement  Réhydratation symptomatique. Prévention  Hygiène stricte (mains, désinfection des surfaces).  Pas de vaccin spécifique contre les souches entériques.  VII. Herpesviridae Morphologie  Virus à ADN bicaténaire, linéaire : o 2 segments (1 long « L » + un court « S ») o Réplication dans le noyau  Capside à symétrie icosaédrique  Tégument : structure protéique fibrillaire entre l’enveloppe et la capside  Enveloppés Culture = possible 1. Cytomégalovirus (HHV-5/CMV) Cliniques  Immunocompétents (IC) : o Syndrome mononucléosique (fièvre, fatigue, myalgies, céphalées). o Complications rares : Guillain-Barré, pneumopathies, colite.  Immunodéprimés (ID) : o Manifestations sévères : Choriorétinite, pneumopathie, ulcérations gastro- intestinales, encéphalite. o Chez les greffés : risque élevé de réactivation ou de primo-infection grave. Diagnostic   Direct : o PCR quantitative pour mesurer la charge virale. o Isolement en culture cellulaire (aspect en « banc de poisson »).  Indirect : o Sérodiagnostic : IgM pour infection récente, séroconversion IgG pour primo- infection. o Mesure de l’avidité des IgG (utile pour dater une infection chez la femme enceinte). Traitements 1. Inhibiteurs de l’ADN polymérase virale : o Ganciclovir, Valganciclovir, Foscarnet (toxicité rénale/hématologique). 2. Inhibiteurs spécifiques : o Létermovir (Prévention des réactivations chez les greffés). 3. Surveillance : o Évaluation de la charge virale pour suivre l’efficacité thérapeutique. Prévention  Sélection de donneurs CMV négatifs pour greffes.  Administration d’IgG riches en Ac anti-CMV.  Vaccins à l’étude : Vaccins vivants atténués, recombinants. 2. Epstein-Barr Virus (HHV-4) Cliniques  Immunocompétents (IC) : o Mononucléose infectieuse (MNI) :  Incubation de 4 à 6 semaines.  Symptômes : Fièvre, angine, adénopathies, asthénie prolongée, cytolyse hépatique.   Guérison spontanée en 2-3 semaines, asthénie persistante.  Immunodéprimés (ID) : o Lymphomes associés (Burkitt, Hodgkin), carcinome du nasopharynx. o Syndrome lymphoprolifératif (SL) lié à l’EBV. Diagnostic  Biologique : o Hyperlymphocytose, cytolyse hépatique modérée.  Virologique direct : o PCR pour détecter l’ADN viral (suivi des ID).  Indirect (sérologique) : o AC non spécifiques : AC hétérophiles (MNI-test). o AC spécifiques : IgM anti-VCA (précoce), IgG anti-EBNA (persistance à vie). Traitements 1. Mononucléose infectieuse (MNI) : o Repos, antalgiques, corticoïdes en cas de complications. o Éviter les Aminopénicilline (rash cutané). 2. Syndrome lymphoprolifératif (SL) : o Rituximab (AC anti-CD20), chimiothérapie type CHOP, radiothérapie. o Immunomodulation pour restaurer la réponse T cytotoxique. 3. Herpès Simplex Virus (HSV) Caractéristiques  Types : o HSV-1 : Herpès labial, oculaire, encéphalite. o HSV-2 : Herpès génital, néonatal. Cliniques  HSV-1 : o Herpès labial : Bouton de fièvre, récidives fréquentes. o Herpès oculaire : Kératite (risque de cécité). o Encéphalite : Aiguë, rare mais grave.  HSV-2 : o Herpès génital : Lésions ulcérées douloureuses, récidives. o Herpès néonatal : Formes graves (encéphalite, septicémie). Diagnostic  Direct : PCR (prélèvements de lésions, LCR).  Indirect : Sérologie (IgG/IgM). Traitements  Antiviraux : o Aciclovir (ZOVIRAX®), Valaciclovir (ZELITREX®), Foscarnet en cas de résistance. o Formes graves : Aciclovir IV.  Prophylaxie : Préservatifs, césarienne en cas d’herpès génital actif. 4. Virus Varicelle et Zona (VZV) Cliniques  Varicelle : o Éruption vésiculeuse diffuse, prurit. o Complications : Surinfection bactérienne, encéphalite, pneumonie.  Zona : o Douleurs localisées (névralgies), éruption unilatérale. o Complications : Algies post-zostériennes, dissémination viscérale. Diagnostic  Clinique : Éruption vésiculeuse typique.   Biologique : PCR, sérologie (IgG/IgM). Traitements  Symptomatique : Antiseptiques, antihistaminiques.  Antiviraux : o Aciclovir, Valaciclovir : Réduction des douleurs et des complications.  Prophylaxie : o Vaccination (VARIVAX®, ZOSTAVAX®). o Immunoglobulines pour les sujets à risque (immunodéprimés, nouveau-nés). 5. HHV-6 Clinique :  Roséole infantile (6e maladie) : Fièvre puis éruption cutanée.  Réactivations : Pneumopathie, encéphalite (ID). Diagnostic : PCR (sang, LCR).  VIII. Rougeole Morphologie  Virus à ARN monocaténaire de polarité négative (6 à 10 gènes)  Capside : hélicoïdale  Enveloppé (enveloppe lipoprotéique) Réservoir = humain Culture = OUI Clinique - Incubation = 10 à 14 jours - Contagiosité = 5 jours autour de l’éruption - Phase invasive → 2-4 jours o symptômes  fièvre 38.5°C  catarrhe oculo-respiratoire  asthénie  AEG o signe de Köplik = point blanchatres entourés d’un halo inflammatoire en regard es molaires supérieurs - Eruption maculopapuleuse non prurigineuse o 14jours après contage  o visage → extrémités o 5-6 jours - Complications - Système respiratoire : - bronchite - pneumonie - Œil : o conjonctivite o ulcération cornéenne (rare) - Oreille : otite (surinfections ++) - Système digestif : o diarrhée o hépatite - SNC : o convulsions fébriles o encéphalite post infectieuse, o panencéphalite subaiguë sclérosante o encéphalite à inclusions rougeoleuses Diagnostic - direct = recherche ARN viral o prélèvement  salive  nasopharynx  urine  sang total o détection pendant la virémie → 3-5 jours < éruption < 10-12 jours o analyse séquence génomique par CNR  identification génotype viral  diagnostic différentiel  suivi épidémiologique - indirect = recherche Ac anti rougeoleux o prélèvement  salive  sang o IgM  début jusqu’à 60 jours après  diagnostic rougeole si positif  faux positif si  autres éruption morbiliforme (IgM rubéole, anti-parvivurys)  vaccination récente o IgG  apparition en décalage Vaccination - Objectifs de la vaccination   Au minimum, 95% de couverture vaccinale pour empêcher la circulation virale et interrompre à terme la transmission du virus  Augmenter la couverture vaccinale en administrant 2 doses avant l’âge de 2 ans o 5 à 10 % des personnes vaccinées ne répondent pas à la première dose. o 90 % des personnes n’ayant pas répondu à la première dose répondent à la deuxième dose.  Actuellement, couverture à 95% pour la première dose et 80% pour la second IX. Papillomavirus Morphologie  ADN bicaténaire circulaire superenroulé 7 à 8 kb  Capside : icosaédrique  Non enveloppé  Diamètre : 45 à 55 nm  Polypeptides au pouvoir transformant Réservoir : humain Culture : NON Clinique - HPV de la peau  verrues cutanées  épidermodusplasie verruciforme (EV) o lésions cutanées polymorphes à haut risque d’évolution vers des cancers - HPV muqueuses  Anogénitale o Condylomes acuminés (HPV-6, HPV-11) : lésions récidivantes o Lésions de l’anus (++ chez HSH VIH+), vulve, vagin, pénis‐ Lésions du col de l’utérus  seules les infections persistantes par un HPV à haut risque peuvent évoluer vers un cancer (HPV-16)  Dépistage par frottis cervico-utérin  LSIL : Lésions intraépithéliales de bas grade  HSIL : Lésions intraépithéliales de haut grade  ASC-H : Atypie ne permettant pas d’exclure une lésions haut grade  ASC-US: Atypie de nature indéterminé - HPV des voies aériennes supérieures  Lésions oropharyngées  Papillomes laryngées (HPV-6 et 11) récidivants, chez l’enfant‐   Carcinomes de l’oropharynx Diagnostic - Prélèvements  Cellules recueillies dans des milieux dédiés à la cytologie en phase liquide  Cellules recueillies dans d’autres milieux de transport  Dispositif d’auto-prélèvement  Urines  Fragments biopsiques  frottis cervico-utérin - Détection ADN viral  Hybridation en phase liquide avec capture d’hybrides  PCR temps réel avec génotypage partiel (HPV16 + HPV18  HPV45)  Techniques avec génotypage complet : o PCR + hybridation inverse o puces à ADN o PCR multiplex o NGS Traitement - Pas de traitement antiviral spécifique - Symptomatiques - Verrues cutanées & condylomes  Topiques : o Podophyllotoxine 5% o Imiquimod 5%  Cryothérapie à l’azote liquide - Lésions du col utérin  Cryothérapie  Electrocoagulation  Conisation   Chimiothérapie/Radiothérapie  Vaccin thérapeutique en cours d’essai - Lésions laryngées :  Exérèse chirurgicale, injection locale d’interféron (?)  Vaccin thérapeutique en cours d’essai - Vaccination o Gardasil 9:  Nonavalent : HPV 6,11,18 + HPV 31,33,45,52,58  Produit par des levures  Vaccination initiée : o Entre 11 et 13 ans révolus : 0 et 6 mois o Entre 14 et 19 ans révolus : 0, 2 et 6 mois o HSH jusqu’à 26 ans : 0,2 et 6 mois o Cervarix:  A utiliser uniquement chez les filles  Vaccin bivalent : HPV 16 et 18  Produit par des baculovirus  Vaccination initiée : o Entre 11 et 14 ans révolus : 0 et 6 mois o Entre 15 et 19 ans révolus : 0,1 et 6 mois