Infections gastro-intestinales (2024) PDF

Groupe de Recherche sur Service de Microbiologie l’Adaptation Microbienne Laboratoire de Bactériologie (GRAM EA2656) Hôpital Charles Nicolle...

Groupe de Recherche sur Service de Microbiologie l’Adaptation Microbienne Laboratoire de Bactériologie (GRAM EA2656) Hôpital Charles Nicolle UFR Santé CHU de ROUEN Université de Rouen Normandie Infections gastro-intestinales Pr Martine Pestel-Caron 17 Septembre 2024 [email protected]  Introduction A. Diarrhées bactériennes A.1 Physiopathologie – Mécanisme toxinogène Diarrhée sécrétoire ou syndromes entérotoxinogènes (ou cholériformes) – Mécanismes entéro-invasifs Diarrhée inflammatoire ou Syndromes entéro-invasifs (ou dysentériformes) A.2 Etiologies A.3 Traitement A.4 Prévention B. Diarrhées virales C. Toxi-infections alimentaires D. Gastrites à Helicobacter pylori 2  Introduction - Indisposition gastrique → déshydratation, dénutrition → décès Sujets fragilisés : nourrissons, sujets âgés - 4ème cause de mortalité dans le monde - Diarrhée : 3 selles molles à liquide/24h depuis < 14j infection  origine fonctionnelle, toxique, inflammation, tumeur, mdt, endocrinienne… - Transmission fécale – orale TD animaux → eau, aliments → animal, homme directe ou indirecte (manuportage entre individus)  Incidence = f(eau, chaîne du froid)   : cas sporadiques, épidémiques, endémiques 3  Introduction (II) - Bactéries (infection alimentaire) Ou Toxines préformées (intoxication alimentaire, ± collective) durée incubation / clinique - 2 mécanismes : Libération d’une toxine → troubles fct sécrétoire sans lésion anatomique intestin grêle proximal Toxi-infection Invasion → troubles fct absorption. Sd dysentérique : atteinte épithéliale (côlon) puis lésions de la muqueuse, destruction structures villositaires. Sd gastroentéritique : atteinte tissu sous muqueux (grêle) 4 A- Diarrhées bactériennes - A.1 Physiopathologie Mécanisme TOXINOGÈNE Fixation à la surface épithélale sans destruction Diarrhée sécrétoire, Sd cholériforme Action de la toxine au niveau grêle proximal sans lésion anatomique Mécanismes ENTÉRO-INVASIFS Envahissement des cellules épithéliales, Diarrhée Multiplication jusqu’à destruction, inflammatoire, Extension des lésions de proche en proche (côlon++) Sd dysentérique → Réaction inflammatoire intense → Sang, glaires, pus → fièvre Traversée entérocyte et muqueuse SANS destruction Pénétration tissu lymphoïde sous-muqueux et mésentérique Fièvre typhoïde, Multiplication macrophages → Réaction inflammatoire Yersiniose Atteinte grêle ++ Sd gastroentéritique Fièvre fréquente, risque bactériémie (ID,drépanocytaire) 5 (Tsolis Nature Rev Microb 2008) A- Diarrhées bactériennes - A.1 Physiopathologie Sd cholériforme Vibrio cholerae, ECET Gastro-entérite « banale » ECEP, EAggEC S. aureus, B. cereus, C. difficile AVEC destruction des cellules Shigella sp. ECEI, ECEH SANS destruction des cellules Fièvre typhoïde, Campylobacter jejuni, Yersiniose, Salmonella sp, Yersinia enterocolitica Sd gastroentéritique 6 A- Diarrhées bactériennes - A.1 Physiopathologie Mode entérotoxinogène : syndrome cholériforme (choléra) - adhérence : pili (gènes plasmidiques) → muqueuse duodénum, jéjunum - production locale d’entérotoxine (pompes ioniques des entérocytes) → diarrhée aqueuse profuse, apyrétique possibles vomissements abondants → pas de lésion de muqueuse, pas de bactériémie Vibrio cholerae, E. coli ECET (Turista) V. parahaemolyticus Aeromonas… agents de GE 7 A- Diarrhées bactériennes - A.1 Physiopathologie Mode entéroinvasif : syndrome dysentériforme - invasion de muqueuse colique 1 → muqueuse et sous-muqueuse colique → multiplication intra-cellulaire - ulcérations avec réaction inflammatoire → diarrhée fébrile selles glaireuses, sanglantes, mucopurulentes 2 + dleurs abdominales, épreintes 3 coliques, ténesme anal 4 → possible bactériémie Shigella dysenteriae, Shigella sp. E. coli EIEC, ECEH Salmonella, Campylobacter Yersinia 8 A- Diarrhées bactériennes - A.1 Physiopathologie A.2 Etiologies 2.1 Syndromes entérotoxinogènes 2.1.1 Le choléra : Vibrio cholerae - pays pauvres, « mains sales » 1,4 à 4,3 millions de cas dans le Monde (Afrique, Asie) 28 000 à 142 000 décès dans le Monde  post-Haïti (> octobre 2010); catastrophes sanitaires 16 cas importés (Amérique, Asie) en F. entre 2010-2018 - pandémies O1 (7° pandémie depuis 1961) - épidémies strictement humaines V. cholerae sérogroupe O1 (Yémen depuis 2016) → biovar cholerae → biovar El Tor (7°) V. cholerae sérogroupe O139 (Inde, Bangladesh) autres sérovars = cas sporadiques - clinique → contamination voie orale → implantation grêle → début brusque sans prodrome, diarrhée aqueuse profuse 9(8-15L/j) → déshydratation +++  entérotoxine cholérique ss-u B → liaison récepteurs cell. → pénétration de ss-u A ss-u A → activation adénylatecylase Activation permanente de l’adénylcyclase Production +++ d’AMPc intra-entérocytes Sécrétion active de Cl-, HCO3- Inhibition absorption du Na+ Déséquilibre osmotique fuite hydro-électrolytique massive 10 A- Diarrhées bactériennes – A.2 Etiologies – 2.1.1 Choléra - Traitement : - réhydratation +++ - AB seulement si cas sévère : selon profil de sensibilité locale tétracyclines (doxycycline 1j), F-quinolones (CIP), AZT (1j) - Prophylaxie : - isolement des malades; décontamination des selles et vomissements par eau de Javel - mesures générales d’hygiène: mains, aliments - vaccination : antiO1, personnel de santé avant séjour professionnel en pays d’épidémies - Assainissement : - Traitement des eaux usées et purification eau de boisson 11 A- Diarrhées bactériennes – A.2 Etiologies – 2.1 Syndromes entérotoxinogènes 2.1.2. Vibrio parahaemolyticus Vibrion halophile ; fruits de mer Poisson cru → Japon 2.1.3. E. coli ETEC (ECET) - adhérence au grêle (pili CFA = colonization factor Ag) - entérotoxines plasmidiques LT (type AB) et ST → diarrhée aqueuse infantile (pays émergents) → turista 2.1.4. Aeromonas sp (A. hydrophila) Eaux douces pays tempérés poissons, amphibiens et reptiles 12 A- Diarrhées bactériennes – A.2 Etiologies – 2.1 Syndromes entérotoxinogènes 2.1.5. Clostridioides (ex Clostridium) difficile - 20-30% diarrhées associées à antibiothérapie - BGP sporulé anaérobie strict - Portage asymptomatique → 20-70% enfants < 1 an → 1-3 % adultes (> patients hospitalisés) - déséquilibre de flore de barrière (ATB large spectre) (C3G) → souches toxinogènes (cytotoxine B + entérotoxine A) → diarrhée hydrique fébrile, CPM,pendant ou dans les 3 mois post-AB infections nosocomiales (spores), épidémiques - diag : - détection Ag dans les selles GDH puis détection toxines A et B (ELISA-toxines libres) - PCR gènes gdh et toxines 13 Caractéristiques des principales espèces toxinogènes Bactéries Incubation Contamination ETEC, EAggEC 3h à 9j Eau, aliments S. aureus 2-4h Aliments, porteurs Bacillus cereus 8-20h Aliments V. cholerae 2-3j Eau, aliments, porteurs V. parahaemolyticus 12-18h Coquillages, fruits de mer Aeromonas hydrophila 12-18h Eau, aliments Clostridium perfringens 8-12h Aliments Clostridium botulinum 2-48h Aliments C. difficile 4-9j après début AB (e-Pilly 2022) A- Diarrhées bactériennes – A.2 Etiologies – 2.1 Syndromes entérotoxinogènes 2.2. Syndromes dysentériformes = entéro-invasifs 2.2.1. Infections à Shigella pénétration barrière intestinale (côlon) interaction avec macrophages puis destruction, ulcérations → RI : afflux de PN, transmigration des PN entre entérocytes invasion de bactéries dans la sous muqueuse - S. dysenteriae → dysenterie bacillaire (PVD) Fièvre 40°C + sd dysentérique ± atteintes neurologiques - autres Shigella → entérites infectieuses sérogroupes O S. sonnei S. flexneri S. boydii Phénomène entéro-invasif, sans bactériémie 15 A- Diarrhées bactériennes – A.2 Etiologies – 2.2 Syndromes entéro-invasifs 2.2.2. Infections à E. coli * E. coli EIEC (Shigella) : pays émergents - invasion cellulaire (gènes ipa : invasion plasmid Ag) passage intercellulaire (protéines Ics) pas d’Ag H - dysenteries proches des shigelloses (Asie, Amérique latine) * E. coli EHEC (O157H7 et autres) - réservoir ++ = bovins - adhésion étroite et shiga-like toxines (SLT, stx1 et 2) - diarrhée /colite hémorragique sporadiques/épidémiques → syndrome hémolytique et urémique (SHU) (viande hachée) → IRA - Amérique du Nord, Japon, Europe Diag = PCR gènes de virulence 16 2.2.3 Infections à Salmonella - > 2000 sérotypes (AgO et AgH) intestin animaux (oiseaux, volailles, bovins…) personnel filière agro-alimentaire et portage sain chez homme - fièvres typhoïdes : S. Typhi, S. Paratyphi A B ou C porte d’entrée digestive → bactériémie → endotoxinémie → cycle entéro-hépatique - salmonelloses non typhoïdiques : entérocolite - sérovars variés : S. Typhimurium, S. Enteritidis œufs, ovo-produits lait, produits laitiers ; fruits de mer aliments peu ou pas cuits : volailles, viande → toxi-infection alimentaire collective → gastro-entérite - physiopathologie adhésion, pénétration intracell., survie ds macrophages parfois bactériémie (sujet âgé, fragilisé) → métastase (ostéo-articulaire) 17 A- Diarrhées bactériennes – A.2 Etiologies – 2.2 Syndromes entéro-invasifs 2.2.4. Yersinia enterocolitica - contamination - aliments conservés à basse T° - animaux de compagnie (chats, chiens, rongeurs, ferme) - manifestations cliniques : diarrhée inflammatoire + dleurs abdo ± Sd post-infectieux 18 A- Diarrhées bactériennes – A.2 Etiologies – 2.2 Syndromes entéro-invasifs 2.2.5. Infections à Campylobacter TD animaux sauvages et domestiques (oiseaux, volailles, bovins, ovins, chiens) → zoonose BGN incurvé S (vol de mouette), mobile, micro-aérophile, oxydase + 2ème cause de gastro-entérite bactérienne en F. ; pic saisonnier = été 19 (european food safety authority Campylobacter) A- Diarrhées bactériennes – A.2 Etiologies – 2.2 Syndromes entéro-invasifs 2.2.5. Infections à Campylobacter C. jejuni +++ - contamination alimentaire (volailles, lait cru) ou animaux compagnie - enfant et adultes - incubation : 2 à 5j - diarrhée aqueuse puis muqueuse, sanglante ou purulente ♂ >>♀ → syndrome Guillain-Barré (polyradiculonévrite; parenté Ag avec gangliosides axonaux) - rétablissement spontané en 3-4j Diagnostic = 1-milieu sélectif à base de sang (Skirrow/Buztler) ou de charbon (Karmali) 48h - 37°C - atm micro-aérophile 2- PCR dans les selles - R aux FQ (59%) et aux tétracyclines (46%) Prévention : bonnes pratiques d’hygiène en cuisine (eau, alimentation, ains) 20 cuisson à cœur volaille, bœuf, porc  Réservoirs, voies de transmission, manifestations cliniques 21 (Kaakoush CMR 2015) IBD : inflammatory bowel diseases ; IBS : irritable bowel syndrome A- Diarrhées bactériennes A.3 Traitement des diarrhées bactériennes : selon mécanisme - Toxinique : ré-équilibrage électrolytique +++ - Invasif : réhydratation (IV, per os) Antibiothérapie  symptomatologie (I et durée)  risques de bactériémie (Salmonella, selon terrain à risque de complication)  intensité excrétion fécale en phase aiguë (choléra, shigellose, collectivités) Indications : - mécanisme invasif en particulier si terrain à risque : âges extrêmes, DI, drépanocytose, prothèse cardiovasculaire/ostéoarticulaire, anévrysme aorte - diarrhées cholériformes sévères : turista chez sujet fragile, choléra Modalités - dès les 48 premières heures - le plus svt probabiliste - 3 à 7j hors bactériémie 22 (Pilly) Traitement AB probabiliste des diarrhées aiguës AZT : 1ère intention FQ : diffusion intracellulaire, excrétion fécale mais émergence R (Salm, Campylo, Shigella ; Asie) Sd cholériforme ou Sd cholériforme ou gastroentéritique non sévère gastroentéritique sévère* ou TT symptomatique sur terrain à risque de complication** ou Sd Pas d’antibiothérapie dysentéritique fébrile*** AZT (1j ou 3j) ou FQ (3j) Antipéristaltiques contre-indiqués Fièvre > 38,5°C et/ou selles > 6/j **< 3 mois ou ID *** sauf pour ECEH Nitrofuranes intestinaux (nifuroxazide …) : non indiqués dans diarrhées invasives (Pilly) 23 Traitement AB des diarrhées bactériennes documentées Bactérie AB 1ère Durée (j) Alternatives intention Shigella AZT 3 CIP; C3G IV si forme sévère Salmonella non AZT 3; CIP; Typhi 7j si ID ou C3G IV si forme enfant 21j – Dose unique sur 1h (bezlotoxumab) – 12h (tigécycline)  C. difficile Algorithme de prise en charge 1er épisode 1er récurrence >2 récurrence 1er choix Fidaxomicine PCS1 + Bezlo2 TMF3 PCS1 2ème choix Vancomycine Fidaxomicine PCS1 + Bezlo2 standard ou pulsée 1er choix Fidaxomicine Haut risque de récurrence 2ème choix PCS1 + Bezlo2 Traitement standard non disponible Métronidazole Vanco « pulsée » Vanco « pulsée » Vancomycine ou fidaxomicine. Voie orale impossible: Forme grave administration locale +/- métronidazole IV ou tigécycline Forme grave et compliquée et/ou Vancomycine ou fidaxomicine. Approche multidisciplinaire avec réfractaire avis chirurgical. Évaluation TMF3 et tigécycline si réfractaire 1 Prise en charge standard ; 2 Bezlotoxumab ; 3 Transplantation microbiote fécal  Prévention des ICD Dépistage et Précautions complémentaires contact Dépistage en cas de diarrhée pour patients hospitalisés >3j Isolement en chambre individuelle Signalisation sur porte Tenue de protection (blouse, gants) Hygiène des mains (SHA), gestion des excreta, gestion du linge et des déchets Bionettoyage des chambres (détergent désinfectant sporicide ou eau de javel) A.4 Prévention IGI autres agents que C. difficile - hygiène : eau alimentation mains - TIAC (DO) : hygiène des personnel et des installations de la chaine alimentaire (production → consommation) 28 B. Diarrhées virales 65 à 80% des gastro-entérites en pays développés ; diarrhée cholériforme Enfants +++ Nausées, vomissements, dleurs abdominales, diarrhée + signes généraux modérés Evolution généralement brève et bénigne mais déshydratation chez enfant < 2 ans et personnes âgées avec comorbidités, ID Contexte épidémique + fièvre faible ou absente + absence de dysenterie - Rotavirus (virus à ARN) - 50% gastro-entérites jeune enfant ( 40-45 ans et/ou dysphagie/amaigrissement, anémie - ATCD d’ulcère sans preuve d’éradication - Anémie ferriprive ou carence B12 sans étiologie - Purpura thrombopénique immunologique FDR K gastrique Lymphome gastrique du MALT Sérologie Intervention bariatrique prévue NEGATIF POSITIF ou douteux Pas d’infection active Biopsies gastriques (anapath + bactériologie) En absence de gastroscopie ou d’ATBG POSITIF NEGATIF Pas d’infection active Etude de la sensibilité aux antibiotiques Traitement probabiliste Traitement guidé  Techniques en Bactériologie A. Recherche directe Selles/Biopsies en milieu de transport Ag dans les selles (avant TT, contrôle TT) Cultures des biopsies identification : uréase, SM → ATBg - CMI sur MH sang ou MH-F - Clarithromycine, Lévofloxacine ; tétracycline, rifampicine ± PCR sur biopsies ARNr 16S et cagA, gènes R (23% R clarithro, 17% R FQ) Compléments : - Recherche Ag fécal performante pour le diagnostic mais non remboursée - Détection R par PCR non remboursée - Tests à faire ≥ 4 semaines après arrêt des AB et ≥ 2 semaines après arrêt anti-sécrétoires Techniques en Bactériologie (II) B. Recherches indirectes 1. Sérologie Autres indications : - ulcère hémorragique, atrophie gastrique - utilisation récente AB ou anti-sécrétoires positif 2. Test respiratoire à l’urée marquée au C13« breath test » ingestion urée 13C → 13CO (air expiré) 2 achat en Phie, fait en labo privé → efficacité TT Pas d’information sur S/R aux antibiotiques  Traitement d’une infection à Helicobacter pylori Avoir démontré la présence de l’infection avant Traitement non urgent ; à différer en cas de grossesse ou d’allaitement Guidé si possible en fonction de la RAB (clarithromycine) À défaut d’ATBg, TT probabiliste Succès lié à information et implication du patient : adhésion et prise du TT complet; nécessaire coordination entre gastro-entérologue et médecin traitant (gastroscopie, biopsies, ATBg) (HAS 2017, 2021) IPP + 2 AB 10j (= IPP + Pyléra) (à jeun, au moins 4 semaines après arrêt des AB et au moins 2 semaines après arrêt IPP) 38 Avis spécialisé (CNR) Traitement probabiliste en absence d’ATBg * (HAS 2017, 2021) * Si allergie BL ou prise antérieure de macrolide (au moins 4 semaines après arrêt des AB et au moins 2 semaines après arrêt IPP) (au moins 4 semaines après arrêt des AB et au moins 2 semaines après arrêt IPP) Avis spécialisé (CNR) 39  A retenir Aspect clinique – Syndrome cholériforme (toxinique) – Syndrome dysentériforme (invasive) – Diarrhée banale, aspécifique Conditions de survenue – Caractère isolé ou collectif – Voyage? – Prise récente de mdts (AB?) – Aliments des 48 dernières heures? – Acquise à l’hôpital ? (C. difficile, Rotavirus) Principales étiologies – Enfant : ECEP, Rotavirus, Norovirus – Diarrhée cholériforme TIAC : S. aureus (vomissements ++), B. cereus, C. perfringens Séjour tropical : ECET (turista), choléra (exceptionnel) Post-AB = C. difficile – Diarrhée aiguë fébrile ± dysentérique TIAC : Salmonella non Typhi, Campylobacter, Yersinia, ECEH Séjour tropical : Shigella (fièvre ++), ECEI Principaux agents de TIAC (DO) S. aureus, Salmonella non typhiques, Shigella sp., ECEH, C. jejuni 40 A retenir (II) Diagnostic biologique (AEMIP) Tests directement réalisés sur les selles : – recherche Ag par immunochromatographie C. difficile, Campylobacter, Ag viraux – PCR multiplexe Mise en culture et identification des bactéries pathogènes – Coproculture ED : Leucocytes, hématies, bactéries? Culture : milieux sélectifs des BGN (Hektoen), milieux spécifiques (SS, Campylobacter, C. difficile, Yersinia) + bouillon d’enrichissement au sélénite ou tétrathionate ou MK Identification biochimique et/ou SM ± recherche de FDV : immunochromatographie/EIA (C. difficile) ou moléculaire (entéropathovars de E. coli, C. difficile) – Hémoculture (si diarrhée + Sd infectieux : mécanisme entéro-invasif) Traitement selon mécanisme et étiologie Toxinique + diarrhée à ECEP, virales : réhydratation Entéro-invasif : réhydration ± AB : AZT ou FQ puis AB adapté 41  Ex de PCR multiplexe syndromique (https://www.biomerieux.fr/diagnostic-clinique/biofirer-filmarrayr-gastrointestinal-panel-gi) 43