Génétique 1 - Cours de Génétique et Génomique Humaine, Bachelor 1ère Année

Génétique et génomique humaine, bachelor, 1ère année Bachelor page de cours moodle : https://moodle.unige.ch/course/view.php?id=1917 GENOME ET VARIABILITE La variabilité des génomes individuels humains Partie 1 (2 x 2h, C. Borel, session 1 et 2 agenda) Types et origine des variants Partie 2 (...

Génétique et génomique humaine, bachelor, 1ère année Bachelor page de cours moodle : https://moodle.unige.ch/course/view.php?id=1917 GENOME ET VARIABILITE La variabilité des génomes individuels humains Partie 1 (2 x 2h, C. Borel, session 1 et 2 agenda) Types et origine des variants Partie 2 (2h, C. Borel, session 3 agenda) Conséquences phénotypiques Partie 3 (1h, C. Borel, session 4 agenda) Source de la diversité humaine HEREDITE Les modes de transmission des maladies génétiques Partie 1 (2h, M. Neerman-Arbez, session 5 agenda) Mendélienne monogénique autosomique Partie 2 (1h, M. Neerman-Arbez, session 6 agenda) Liée au chromosome X et mitochondriale Partie 3 (2h, C. Borel, session 7 agenda) Complexe des maladies multifactorielles Génétique et génomique du cancer (2h, T. Nouspikel, session 8 agenda) La médecine de précision/personnalisée (1h, C. Borel, session 9 agenda) TD Génétique humaine (2h, ½ volée, M. Neerman-Arbez, C. Borel) 4 FORUMS 2  GENOME ET VARIABILITÉ Partie 1 Cours de 1ère année Bachelor, médecine Génétique et génomique humaine Christelle Borel, PhD, P.D. Source: https://www.genome.gov/imagegallery/viewimage/?imageID=27782139976, 040917  UNIQUEMENT PENDANT LE COURS Web.speakup.info Site web: https://web.speakup.info/room/join/28927 Numéro de salle speakup: 28927 Clé adm: nx86-f- User ID: clmjcb5t76590707q7euuf5tcp 4 I’M NOT A LOOK-ALIKE François Brunelle: chasseur de sosies Strangers That Look Like Twins FRANÇOIS BRUNELLE – Photographe 5 Depuis 1999, il se consacre à son projet : Je ne suis pas un sosie! il a ainsi fait se rencontrer des personnes qui ne se connaissaient pas, mais qui partageaient une ressemblance remarquable. Comment ces traits sont-ils contrôlés/déterminés ? L’ ADN, la molécule qui constitue le génome humain, est le support moléculaire de l’hérédité. 6  ADN nucléaire 2 x 3,2 x 109 pb / noyau car cellule diploïde 2 x 23 chromosomes / noyau RAPPEL ADN mitochondrial (ADN mt) noyau 103-104 molécules ADNmt / cellule 16569 pb / molécule ADNmt cf. cours M. Neerman-Arbez Lymphocyte – microscopie électronique 7 pb: paire de base (anglais: base pair, bp)  Noyau 2 Noyau 1 Cellule 2 Cellule 1 8 Microscopie électronique https://www.sciencephoto.com/media/117425/view/human-chromosomes-and-nucleus-sem Web.speakup.info A quel moment l’ADN est-il compacté sous forme de chromosomes ? A- l’ADN est toujours sous forme de chromosomes B- pendant la métaphase C- pendant l’interphase D- pendant la méiose E- je ne sais pas Correct : B et D 9 https://www.kartable.fr/ressources/svt/cours/les-divisions-cellulaires-des-eucaryotes/50741 LE GENOME: diploïde versus haploïde RAPPEL Diploïde versus haploïde ADN Equivalent nombre de chromosomes Diploïde 2 génomes 23 paires de chromosomes (6.4 x 109 pb ) (2n=46) Haploïde 1 génome 23 chromosomes (cellules de la lignée germinale: gamètes) (3.2 x 109 pb ) (n=23) Diploïde 2 génomes 23 paires de chromosomes (6.4 x 109 pb ) (2n=46) http://cfnz.org.nz/wp-content/uploads/2015/12/CFnone_gendiag-219x300.jpg, 160717 Génome diploïde = 1 génome d’origine maternel (haploïde) + 1 génome d’origine paternel (haploïde) un génome humain diploïde = 6.4 x 109 pb (6.4 Gigapb) un génome humain haploïde (gamète) = 3.2 x 109 pb (3.2 Gigapb) 10 pb: paire de base (base pair, bp en anglais) Web.speakup.info Question 1- L’ADN nucléaire d’un adipocyte est: Question 2- L’ADN nucléaire d’un érythrocyte est: Question 3- L’ADN nucléaire d’un gamète (spermatozoïde, ovule) est: Question 4- L’ADN nucléaire d’une cellule souche est: Une réponse à sélectionner: Code correct: A: inexistant Q1- C B: haploïde Q2- A C: diploïde Q3- B D: je ne sais pas Q4- C 11 Un premier moyen pour se repérer dans le génome humain La formule chromosomique La boussole 12 Utiliser la formule chromosomique pour se repérer exemple avec le chromosome X télomère = pter bras court = p Numéro de chromosome Bras : q et p Numéro de la région, la bande, la sous-bande centromère = q10 (p10) Xp11.3 bras long = q Chromosome bras région bande Sous-bande télomère = qter 13  Réaliser le caryotype d’une personne VISUALISATION 37°c - culture MARQUAGE DES CHROMOSOMES Les protocoles de marquage comportent 2 étapes: (chromosome banding) Etape 1: dénaturation des protéines de l’ADN -> digestion enzymatique par la trypsine Étalement sur lame Etape 2- Coloration au Giemsa des séquences ADN rendues + mitogènes des noyaux avec accessibles à l’étape 1 ↑ nombre cellules chromosomes métaphasiques Coloration de bandes appelées « G » + colchicine (colcémide) -> bloque en métaphase le cycle cellulaire des cellules + solution hypotonique (détruit membrane cellulaire) Centrifugation + fixation des noyaux Created with BioRender.com cellules 14 Bandes G colorées 15 Les 3 types de chromosomes selon la position du centromère (index centromérique) Métacentrique Taille bras p = taille bras q Submétacentrique Taille bras p < taille bras q Acrocentriques Bras p quasi inexistant Chromosomes 13, 14, 15, 21, 22 16 Identifier les chromosomes et les classer index centromérique -> reconnaître les types de chromosomes taille -> classement du plus grand au plus petit 1-22 homologie du profil des bandes -> constituer les paires 44 autosomes (1-22) 2 gonosomes (X, Y) Exemple de caryotype: 46, XY Exemple de caryotype: 46, XX 17 Web.speakup.info Le chromosome 14 est: Une réponse à sélectionner: A- Métacentrique B- Submétacentrique C- Télomérique D- Acrocentrique E- Subtélocentrique F- Télocentrique G- je ne sais pas Code correct: D 18 Un second moyen pour se repérer dans le génome humain Les coordonnées génomiques Les coordonnées GPS 46° 12' 15.807" N 6° 8' 35.368" E 19  La séquence référence du génome humain (haploïde) est connue et disponible Universelle et publique Réalisation: Mélange d’ADN génomique extrait à partir du sang de plusieurs individus puis séquencé avec plusieurs techniques. -> disponible sur des bases de données: www.ucsc.org, ensembl.org, NCBI… The Human Genome Project (1990-2001) RAPPEL 20 TGAGTAGCTAGGGCTACAGACACACACCACCATGCCTAGCTAATTTTATTTTATTTTATTTTATTTTTTGAGACAGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGTGCGATCTTGGCTCACTGGAACCTCTGCTGCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCTGCCACTGTGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATCTTGGCCAGGCTTGTCTTGAACTCCTGACCTCGTGATCCACTCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCACGCCTGGCCACCTACCTAATTTTTAATT TTTTTGTAGAGACAGGGTCTCACTACGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGTTCTCAAACAATCCTCCTGCCTCGGACACCCCAAGTGCAGGGATTACAGGCATGAGTCATTGCAGCTGACCTGTATATATGATTTTTAGTATATGTAAATATACATATTTATTAAATGTAAATATAAATATAAATGTGTGGAGTGATATCCATTGAAATGTTAAACATAGTTCTCAGTGGTACAACTACAGGTGATTTCTCTTTTCTTATTTCTGGTTTTCTGTGTTTTCCAAATTTCTTGAAATGTGTCTTCTGTAATCAGAAATAAAAGTTATTAGTAACAACAGTCTTCCACTGGTACAAGTGCTTATTGGATAAAAGTC CCACTTCTAAGCATGATACTCACAACTTTTAGGTTAATAGCCTTTGTCACCTTGCCATATACATCTGATCCAGCCACTCACACCATTCCTGAGATATATTTTGTTCCTTTGTGCCTAAATCATTGTGCATGCAGATCCATCTTCCTGGAACACCTATAACCATTTCTTAGTCCTGTGAAATCCTACTTACATCCTTCATAGCCTAGCATGTATGTCATTTATTTGGTCAAGGGTGAGTTGGTTGTTCTCTTGAATGTACTGCCATATGACGTGGTGTGATTTCAATTGTAGCACCAAGCTCATTGCAATATTAATTCGTTTGTCATTCTCCCATGTAGGATGTTTGAAGTAGTTTCTAACACAGAGATTATACTCAAT AAATATTTATTAGATAAATAAATGAATAAGGGAATAACAAATGCCTTTGTCTCATTTTAAAATACTTTCATTGTTAGCTACCCATATAATAAAAAACTAAAAGCAGTAGTTTTCAAGCATGATTGTTTATGTATGCCTTAAAAGAATTTTGAAAACCTATGTACCCCTGACACACTTTTAAGTTAACTTATAAATTTTTCAACATAGTTTTAAGTGGTGGCAAATGATGTAGTTTCTTGTGTATTTTAAACTGCTTAAGTATGCTATACATGGATTTCTTCAAAACCCTGAAGCTGCAGTTTCAGTGCATTCAATTTATGGAAAAGAAATTAATTTATAAAATTGGTTCTTATTGTCAAGTCAATCAGCTAAATATAA CTTGCTTTCTGTCAGGAAAAGTCTGACTTTAAAATACAGATAAGTAATAACTATTATTAATTAATTAAATTATTAAAATTAAAATAATTAAATAATTTGTTAATTAAAATGCCTTATTCCCCTACTTATTTCTGCAATTTGACTCTAAGAATAGATAGGACATGTAGATTGCCTTAGGTTTGAAATCTGGGTGAAATAAGATACTGCCTCCTTCAGTATTTCTGCCTTTGCTTTTATGGGAGCCTCTTTCAAGAAAAAGTCATTCTCTCATGGTCCCTTTGTTTGAGTCCCAGAGGTTTTCCTACTCCAGAAAGTGCAACGTAGTGAGACTAGTACTATACTCCCTTGCATGGTAAGTGAGAAGGCTGTCTGTATA AAATGAGGGAAGGACTCATGAGAGGGAAGTAGGTCAGGAGAAATGATAGGTTCTCAGGCAGGTTAATTTTAGGAAAGAGTGAATAGAGTCCCTTAAAACAAGGTGCATCTGCTTCCTCCTGATCAATCTTTAGGACTGTTTACTTTGATTTGAAGACCACTATGCTAAAGCTTCCCACGGGGGCAATAGTGAGGCAAGGAATTTTTAAAAGGGAATTACTTCTTCGTAGCTACTTTTGTGAAATGAATTCATTTGAATTATCTGGCAATCTCTTCATATTTATATTCAACAATAATTACTTAAAGAAATGCTTTGAGCTTCTCAGAGGAGGGTGCTACCAGTGTGATGGAGTAGAATTCAGATTTGGG TAGTGACTTTAAAGCTGTGTGACTTTAGTCATTTAACTGCTGAGTCACAGTCTACAGCTTTGAAAGAGGAGGATTATAAAATCTATCTCATGTTAATGCTGAAGATTAAATAATAGTGTTTATGTACCCCGCTTATAGGAGAAGAGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTATACATGTATGTATTCAGTCTTTACTGAAATTAAAAAATCTTTAACTTGATAATGGGCAAATATCTTAGTTTTAGATCATGTCCTCTAGAAACCGTATGCTATATAATTATGTACTATAAAGTAATAATGTATACAGTGTAATGGATCATGGGCCATGTGCTTTTCAAACTAATTGTACATAAAACAA GCATCTATTGAAAATATCTGACAAACTCATCTTTTATTTTTGATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTTTTAACAGGGATTTGGGGAATTATTTGAGAAAGCAAAACAAAACAATAACAATAGAAAAACTTCTAATGGTGATGACAGCCTCTTCTTCAGTAATTTCTCACTTCTTGGTACTCCTGTCCTGAAAGATATTAATTTCAAGATAGAAAGAGGACAGTTGTTGGCGGTTGCTGGATCCACTGGAGCAGGCAAGGTAGTTCTTTTGTTCTTCACTATTAAGAACTTAATTTGGTGTCCATGTCTCTTTTTTTTTCTAGTTTGTAGTGCTGGAAGGTATTTTTGGAGAAATTCTTACATGAGCATTA GGAGAATGTATGGGTGTAGTGTCTTGTATAATAGAAATTGTTCCACTGATAATTTACTCTAGTTTTTTATTTCCTCATATTATTTTCAGTGGCTTTTTCTTCCACATCTTTATATTTTGCACCACATTCAACACTGTATCTTGCACATGGCGAGCATTCAATAACTTTATTGAATAAACAAATCATCCATTTTATCCATTCTTAACCAGAACAGACATTTTTTCAGAGCTGGTCCAGGAAAATCATGACTTACATTTTGCCTTAGTAACCACATAAACAAAAGGTCTCCATTTTTGTTAACATTACAATTTTCAGAATAGATTTAGATTTGCTTATGATATATTATAAGGAAAAATTATTTAGTGGGATAGTTTTTTGA GGAAATACATAGGAATGTTAATTTATTCAGTGGTCATCCTCTTCTCCATATCCCACCCTAAGAACAACTTAACCTGGCATATTTGGAGATACATCTGAAAAAATAGTAGATTAGAAAGAAAAAACAGCAAAAGGACCAAAACTTTATTGTCAGGAGAAGACTTTGTAGTGATCTTCAAGAATATAACCCATTGTGTAGATAATGGTAAAAACTTGCTCTCTTTTAACTATTGAGGAAATAAATTTAAAGACATGAAAGAATCAAATTAGAGATGAGAAAGAGCTTTCTAGTATTAGAATGGGCTAAAGGGCAATAGGTATTTGCTTCAGAAGTCTATAAAATGGTTCCTTGTTCCCATTTGATTGTCATTTT AGCTGTGGTACTTTGTAGAAATGTGAGAAAAAGTTTAGTGGTCTCTTGAAGCTTTTCAAAATACTTTCTAGAATTATACCGAATAATCTAAGACAAACAGAAAAAGAAAGAGAGGAAGGAAGAAAGAAGGAAATGAGGAAGAAAGGAAGTAGGAGGAAGGAAGGAAGGAAAGAAGGAAGGAAGTAAGAGGGAAGCAGTGCTGCTGCTGTAGGTAAAAATGTTAATGAAAATAGAAATTAAGAAAGACTCCTGAAAGGCAATTATTTATCAATATCTAAGATGAGGAGAACCATATTTTGAAGAATTGAATATGAGACTTGGGAAACAAAATGCCACAAAAAATTTCCACTCAATAAATTTGG TGTCAGGCTGGGTGCAGTGGCTCACACTTGTAATCCTAGCACTTTTGGAGGCAGAGGCAGGTGAATTGCTTGAGTCCAGGAGTTTGAGACCAGCGTGGGCAACATGGCAAACCCCACCTCTACAAAAAACACAAACAAAAGAAAATAGCTGGGTGTGGTGGTGTGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCACCTGAGCCTGAGAAGTGGAGGCTGCAGTGAGCCATGATTGCACCACTGTACCCTAGCCTAGGTGATAGGCTCAAAAAAAAAAAAAATTGGTGTTTGCAATGCTAATAATACAATTTGGTTGTTTCTCTCTCCAGTTGTTTTCCTACATACGAA ACAGCTTTTAAAACAAAATAGCTGGAATTGTGCATTTTTTCTTACAAAAACATTTTCTTTCTTAAAATGTTATTATTTTTCTTTTATATCTTGTATATTATTACTAGCAGTGTTCACTATTAAAAAATTATACTATAGGAGGGGCTGATACTAAATAAGTTAGCAATGGTCTAAACAAGGATGTTTATTTATGAAAAGGTAGTAATTGTGTTTCATAGAATTTTTAAAATTAATTCTGCGTATGTCTTCAAGATCAATTCTATGATAGATGTGCAAAAATAGCTTTGGAATTACAAATTCCAAGACTTACTGGCAATTAAATTTCAGGCAGTTTTATTAAAATTGATGAGCAGATAATTACTGGCTGACAGTGCAGTT ATAGCTTATGAAAAGCAGCTATGAAGGCAGAGTTAGAGGAAGGCAGTGGTCCCTTGGGAATATTTAAACACTTCTGAGAAACGGAGTTTACTAACTCAATCTAGGAGGCTGCCTTTTAGTAGTATTAGGAATGGAACACTTTATAGTTTTTTTTGGACAAAAGATCTAGCTAAAATATAAGATTGAATAATTGAAAATATTAACATTTTAAGTTAAATCTTACCCACTCAATACAATTTGGTAATTTGTATCAGAAGCTTAAAAGATAACCTAATAGTTCTTCTACTTCTATAACTTACCCAAATATGTTTGCAGAGATCTTATGTAAAGCTCTTCATTATAACACTGCTTTCAGGAGCCAAAAATTGGGTGG GGGAGCCCCATAAATGTTGAATAATAGGGGTTTGATTAGATAAATTTTGGTGTAGTTCTATAATGGCGTGTTATTCAGCCAATAAAAGGTTTGTTAAAGAATGACTGTGACGGATGTATATGATATACTCTTAAGTGAATAAAGAGTTACAAAATGTTATGTACAAGTTACAAAATGTATGTACATTATGATCCATTTTTCATAAAATCATATGTATGTATATATGTGTGTCTGGAAGGATAAATTTATCAAGTTGTTATCTCTGAAATTTTGGGTATATTTTATATTTCTAGATTTTCTGTTACTTTGTTACTTTACTGATAAAGTAATAACGTTGTTGACTTTTGTCACTCTCCCCTATTAATAATCATCTAGGCTGC AAAAGGATCATGTCTTCTTTATTTTTATATTCCAAGGACTGTCAACAAGTGCCTAGCACTTGACAGGTATATTATAGAAATTTAACTGAATATCTTTAGGAAATAGATTTTTGTTTGTAGTTGTTCTAGTCTACATTAAATGTCTTGCGCTTATGAAACTTCCTTGAATTATTTTAGTGAAGCAATATTAGTATAGAATTTTGCATCACTGGATGCCCTTGACTGAAAGCTGGCTTATGGCATCTCACCAGTGTGTGGGGAGTTTCAGTCCTTCTGTTGTCTGCATCACAGCTGAAGCAGTGCTGTTGCTGACAATTCCTGACACCACCTTGTCTCTATTATTGATCATTGCCTCACTATGGTACTGAGTTTTAG CTTATTCTTGTAATAACTGGGACTCATATGTATAGAATAAGCTATTAGCTCACGTTTTTGCTTGCTTTTTATACAGAATACATGTCTGCAAATAGTTTTATCAATATTTTGGAATTTTGGGAGATATGAAGTTAAAAACATCATTGAATATATATATATACACACACACATATATATATGACACTATACATGATTTATTTTATTTAATTTTTAAAATTTTATTCTTTTTAGAGATTAGGTCTTACTCTGTCACCCAGGCTGAACTTCAGTGGTGTGATCATAGCTCACTGTAACCTTGAACTCCTGGGCTCAATTGACCTTTCCGCTTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGTTTATAGGCATGAGCCACTGTGTCTGGTCCA ATATGCATATATATATTTTTAACCTGGATTATCAGAGCTATATTGTGTTTAGGTTTATAAAGCTGTACTATGTGAAAATATCACTTCTAGGTTTAATTTTGTACAAAGGAATTTTATATAGAAATGAGGTAATTCAGATTTTTTCCCATGTAATAAGAATTGTAAAATTTACTGAAACAAACATCAAAAAGATATCTGTTACATGACCTTCCTTTCTTTTGAATATATTTCAGGTGATATTATTTATTAAAATTTAAAAATGAAAATTAAAATATATAAAAAGTTGAAAATTATTCCTTTCTTTACTGTCTCTCATCTGTCCATTTTCCATTCTCCTGCATTCCCTCATCCAACCAAGGTAGCCAATCCAGGTAACTTTTTT TAGTATCTTCCCAGAGATGTTTCTCTCTATATATATAATCAATATACATTTTTTATTATTCCCCACCTCTCTTTTTATGTAACAATATGCAGAGTTTTGCTTCTTGCTTTTCCCACTATCTTGGACAACTTTCCATATTCAAAGCACAGAGGACTTGCACATATGTTCAGACTGCTGAATATTTCTGTCTCTCCCCTGCCATTCATATGTTGAAATCCTAATTCCCAAGGTGATGGTATTGCAGGGTGGGGCCTTTGGGAGGTGATTAGTCCATGAGGGTGAAGTCTTTAGTAAATGAGATTAGTGTCTTTATAAAAGAAACCTTAGAGAGACCCTCACACCTTAGAGAGACCCTCACCCCTTTCTGCCATGTGA GAACACAGCAGGAAGACAGCTGGCTATCCAGGATTCAGGAGTCTCTTAGCAGACCCAAATCTGCTGGCACCTTGATCTTGGACTTCCCAGCCTCCAGAACTGTGAGAAATAAATTCCTGTTGTTTATAAGCCACACAGTTCATGGTATTTTGTTATAGCAGCCTGAACAAGGACACACACACACACACACACACATGCACACACATTTAAATAGATGCATAGTATTCTATCATATGGATGGATATTCTATGATATAATGAATCACTATTGATTGACATTTGGGTTGTTTCCAATATTTTGTTAACACAAAGAACAACACTACAAATAACTTTATATACATATCATTTAGCACATCTGCAATTGTATCAGTAGG 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TGCCTCTCTCCTTATTTCCTTTTATACAAATATTTCCCCTAATAAATCCATGCACATTTAATACCATTTTGCTATTTGCAACCTGCAGGTCCTGGACTAACACAGTTCTATACATTGCATTACCATTCTCTAGAGTGGGATCTTTTGTTGTAGAGAGTTTTAAAATTTTTATGTAGTCACTTTTATCCATATTTTTCTTTATGGTTTATATTTTTGTGTCTTCTCTTTAACACATCTTTTCTAGCAGAATTCATAAATATATTATTCTATATTGCCAAAAGTTTGAAAGTTGCAATCATTAGAATTAATTTTTGTATATTGTGTAAGTTAAGAATCTAATTTTATTGTTTTTCATTGGAAAGCCATTTGTCCCAAGATAATTT TTTAGTAGTCCCTCCTTCCCCTATTGTCATTCTGACATATTTTTTCTAGGTTCCGATCTATGCATGTGTTTCTTTATGGAAGAGTTGGCCCTTTGTATCTTTGAGTTTCAAATCCATGGATTCAATCAACCACAGATAGAAAATATTTAGAAAAGCGTCAGAATTGAACATGTACATACATTTTGCTTGTCATTATTCCCTAAACAATATAGTATAACAACTATTTATGTAGGATTTACATTGTATTAGGTATTGTAAGTAATCTAGAGATGATTTAAAGTATACAGGAAGATGTGCATATGTTACATGCAAATACTACCCCATTTATATAAGGGTCTTGAGCATTCATGGATTTTGGTATCCACAGAGAGTCCTGGA ACCAATTCCCCACAGATGCCAAGGCACAACTGTATTTATTCTATCATCTACTTGTTTAATCTCACATCAGTATCTACTTTTGAAATAACAATAACTTTATTATTTAACTTTTTTTATTACTTAGGATTAGAGAATTTCCTCTGGTGAGGCATCATAGTGTCTCAAGCTGGCCATAAAGACAAGTGAGGGCTAGGATCGGTAAGACTGGGCAGAGGAAGATACAACAGATCTCCTATGCATGAAGCAAAAGTGCAGCTCAGAAGCCAGCTCTTTCATTAAGTTGTCCTCTATACCCTCACTAGATTGTAAGCTCTTGAAATGAGAGGCTATACCTTAATTGTCTCTGTTATCTAAAATACTTCCACTCACTGCTT GGAACATATTGCCTGCAATAATTAAGCTTGCCCTGGCTCCCAAAGCATAGAGCAAATCACACTCCTCCCCTTGCCTTTGAGAAGCTCACAGTCTTCGAAGGTAGAGATATGTGAACAGATAAGAAAATGGATGACAGGAGAACAGAAACGCATGACTGTCAGAGAAGTCATTGGAGACTTTACAGAGGAAATTAAATTTTTATTGATCTTGAAAGAGTTTGCCAGATGAAGTAGAGGACAGGCATTTTAGACAAAGGGAACAGGAAATGTGAAAACACAAAGTGATGGAAGTCATGGTGAGTTTGGAGAACTATAAAACTTCAATGTGGCTGAAGGGTAAGGTGGATATAGAGGAGTGCTGG GAGGTGAGGCTGAAGAAATAAGCTAGGAAATGTCTTTTTATGCCATTTTTTAAAGTTTGGACTTTATTCTGAAGTTCACATGGATCCAATATTTTTTGTTTTGTGTTGTTTTAAGCAGAAGCGTGACATGATCAGCTTGAATGATGAACAACTTGAATTGTTTAAAGTGGATCACACAGTCTACTGTTTTACAGTTATTCTTTGACCAAGATATTCTTTATTAACTGAGGAAAAAAAGGGCTTTCCTGAATTTTGCAGTCATGGGATATATGATAAGCATTCTTGATTTATCATCTTCAATCCTGTTACATAACATAATAACCATTGTTATGAAAGAAAATAATCATCCCCTTTTACTTATGCAGGATTACCTTT AGCAATGCTTTCCTCAGTATTATCTAATGGCCTATAAAATGTGACTTTCATTTGCAAATACAGTACATCTAACAAGAACTTACCACAGCTGCTATGCAAAATACCAATACAATTGACCCTTGGACAATGTGGGGGTTAGGGGTGCTGATTCCCCATGCAGTTGAACATGTTACATAACATAATACATAACCATTGTTATTATGTAACAGGATTGAAAATGATAAATCTTTGGAAAGTGGGGCAAATGAATTCTTATGAATTCCATATCTTCCACATGTGTTTTACTTTTTTGATAAGAAGTAGTAACCTAGTTCAGAAAGAAAATAATCATCCCCTTTTACTTATGCAGGATTTCCATCGTGGCATGGCCAGTG Les coordonnées génomiques à partir de la séquence référence du génome humain chr1:11,102,837-11,267,747 (hg18) chromosome (chr) position du début / “start position” position de fin / “end position” numéro d’assemblage + numéro (1-22, X, Y, M) (nombre le plus petit) (nombre le plus grand) du génome M: mitochondrie (versions, assemblages, assembly, build): - T2T CHM 13v2,0/hs1 = jan. 2022 - GRCh38=hg38=dec. 2013 - GRCh37=hg19=feb. 2009 - NCBI36=hg18=mar. 2006 - NCBI35=hg17=may. 2004 - NCBI34=hg16=jul. 2003 22 chr1: 169 552 333 – 169 555 333 (hg18) Chr1:169 552 333-169 552 333 (hg18) AGGCAATTATCCTAGGAATGCAAGGCTGGTTTGATATTTGAAACATCAATCAATATAATGTACCATATTAACAAACTAAAAATGAAAAAAAACCCTCAACAAATGCAGAACAAGTATTTTACAAAAT CCAACATTTATTTCTAACAAAAACACTCAGCAACATAGGAATAGATGAGAACTTCCTCAACCTGACAAAAGCATCTATGGAAAATTTACAGTTAACATCATATTTAATGGTGAAAGAGTACTTTCCC CCAACATCAGAAACAAGACAAGGATGTATGCTCTCACATTTCTACCCAACATTGTATTGGAAGTTCTAGCCAGCGGAACAAGACAAGGAAAAAGAAAAATGGTAGGCCTCCAGATGGGAAAAAAAGC AAAATTGTCTTTATTCACAGACAGCATGATGTATATAGAAAACCTGATGGACTCCACAAAAAAAGTACTAGAACTAATGAATTTGGCAAGGTTACAGCATTCAAGAGAAATATTTAAAAAATCAATT GTATTTCTTCATGCTAGCAATGAACAACATGAAATGAAAATAAAACAATACAACTTAAGTAAAAATATAAAAGCCAGGAAATCTATTGCTGTTTATTAGAAATGCACCTAGTATTTGCATATATGCA TATATAAATACAGGGTGATGGTGATGTATTTGAATATATCTGACTTACAGTTGTCTAAGTAACAATTTGGATCCAGAAGTCTTTTTTTTTTTTAAGATTCAGGAGGTACACGTTAAGGTTGGTTAAT GGGTATATTGTGTGTTGCTGAGGATGAGGTTTGGTCTTCTATTAATCCCACCACCCAAGTAGTGAATATAGTACCTAATAGGTAGTTTTTCAACCCTTGACCCCTCCTTGCCTCCTCCCCTTTGGAT TCTCTAGTGTCTATTTTTAACTGAGCATCCCAGCCTCAAAATGCATTTTAAAACTTTTTTTCCTTTCTTGTTTTCAGCTTTGAAACATATTTTGAAATGCTTTGTTTCTACTTTTCCCACCAGGCAC TTCAATGAACAGTGCTTGCTTATCTAATTATGTGCTTGCTTAGGTAATCCAGGGGCCAATTTTGAAACAAACCAGGCAGAGAGATACAGCTCCCACTTAGGGGTAGTTATGAACAGTTAACCTACCA CTACCAGGCCAAAGTCAGGATGAGGCAAACCAGACCTTCTGGACAGGCAATTTCTCAAGATAACCATTGAAACAAGTCATGCAGACCTGCACCCTCGGGCAACACTCCTGCATATTTCCCACACCTT TTCCTTCTTAAACCCCTTCATTTAGCCCAAAAAGTTGGAATGGTCTTTTGAAGGCATGAGCCTGGCCATTCTCCAATTGCTAGCATTTGATAAATAAAATTACTTTCCTTTCACCACATCTCGTTTC TCCTATTCTTGGTTTATGGGCAGCCAGCAGCTGGACTTGAGCAAGTTACCTATTGTTTTCATCTTTATATGCATGTGTACCCAATGGGTAGCTCTGACGGATAAGTGAGAACATGTGGCATTTGGTT TCCTTTTTTCTTTTTTCTATTTCTACATTAATTCATTTAGGATAATGGCCTCCAGCTGCATGCGTGCTGCTGCAAAGGACATGGTTTCTTTTTTATGGCTGTATAGTATTCCATGACCTATATGTGG CATATTTTCTTTATCCACTCTTGAGTTGATGGGCACATAGGTTGGTTCTATATCTTTGTAACAGTGGGGGTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTGTACTGTCACACAGGCTGTAGTGCAGTGGTACAATC ATGGCTCACCGCAGCCTCAACCTCCCAAGCCCAAGCAATTCTTCCACCTTAGCCTCCCAGGTAGCTGAGACCACAGGCATGTGTCACCACACCTGACTAAATTTTTTATTTTTGTAGAGATGGAGTC TCTGTATGTTGTCCAGGCTGGTCTCAAACTCTTGGCCTCTAGCGAGCCTCCCAGCTAGGCCTCCCAAAGGGCTGGGATTATGGGCATGAGCCACCATGCCCAGCTGCTATTGTGAATGGTGCTGTGA TAAACATAATGAGTGCAGTGTCTTTTTGGTAGAATGGTTTATTTTCCTTTGGGTATATACTCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTAATTCTAGTTTTAGTTCTTTGAGAAATCTCCAAACTGT TTTCCACAGTGGTTTAACTAATTTACCTTCTGCCAGCAGTGTACGTTTCCCTTATCTCTGCAGCTTCACCAACATGTTATTTTTTGACTTTTAATTATTTTTTTGAGAAGAAGCCTCACTCTGTCAC CTAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTGGGATTACAGGCGCCTGCCACTGCACCTGGCTAAT TTTTGTATTTTTAGTAGACACTGGGTTTCACCATCATGGCCAGGCTGGTCTTGACCTCCTGACTTTGGAATCCACCTTCCTTGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCG GCCTGACTTTTTAATAATAGCCATTCTGAAGGGTGTGAGATGGTACCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATCTCTGATGAGTAGTGATGTTGAGTACTTTTTCATGTTTCTTGACTGCTTGTATGTCTT TTTTTTTTTTGAGAAGTGACTGTTTATGTCCTTTGCCTACTTTTTAATGAGGTTATTTTTCTTATCGATTTAAGTTCCTTATAGAGCCTGGATATTTAGTCCTTTGTTGGATGCATAGTTTGCAAAT ATTTTCTCCCATTCTGCTGATAGTTTCTTTTGCTGTGAAGAAGCTCTTTAGTTTAATTAGGCTCCACTTGTCAAATTTTGTTTTTGTTGCATTTGCTTTTGAGAACTTAGTCATAAATTCTTTGCAT AGGGTAAGGTCCAGAAGAGCATTTCCTAGTTTTTCTTCTAGGATTTTTGTAGTTTGAAATCTTGCATTTAAGTCTTTAATCCATCTTGAATTGATTTCTGCATATGGTAAGAGGTAGGGATCCAGTT TCATTCTTCTGCATGTGGGTATCCGGTTTTCCCAGTGCCATTTACTGAATAGGGTATCCTTTCCCCACTGTTTATTTTTGTTGACTTTGTTGAAGATTAGTTGGTTGTTGGT Chr1:169 555 333-169 555 333 (hg 18) Chr1:169 555 243 - 169 555 243 (hg 18) 23 I- Comparons nos génomes et analysons nos différences 24  A une position (locus) donnée du génome: 4 possibilités: A, G, T ou C Séquence référence 5’……CTGTATTCCTTGCCTGTCCAGGGAT……3’ L’allèle référence est T L’individu 1 a deux allèles T. Le génotype de l’individu 1 à ce locus est homozygote TT allèle maternel 5’……CTGTATTCCTTGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAACGGACAGGTCCCTA……5’ allèle paternel 5’……CTGTATTCCTTGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAACGGACAGGTCCCTA……5’ L’individu 2 a un allèle C et un allèle T. Le génotype de l’individu 2 à ce locus est hétérozygote CT allèle maternel 5’……CTGTATTCCTCGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAGCGGACAGGTCCCTA……5’ allèle paternel 5’……CTGTATTCCTTGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAACGGACAGGTCCCTA……5’ L’individu 3 a deux allèles C. Le génotype de l’individu 3 à ce locus est homozygote CC allèle maternel 5’……CTGTATTCCTCGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAGCGGACAGGTCCCTA……5’ allèle paternel 5’……CTGTATTCCTCGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAGCGGACAGGTCCCTA……5’ GENOTYPE : information des 2 allèles d’une personne; Homozygote= l’allèle maternel est identique à l’allèle paternel, Hétérozygote= l’allèle maternel est différent de l’allèle paternel LES ALLELES ne sont pas que des versions d’un gène. 25  A tête reposée …. Vidéo* explicative d’un ALLELE réalisée par vos collègues Vidéo* explicative du GENOTYPE réalisée par vos collègues 26 *Le contenu de ces vidéos est à titre indicatif pour vous aider à mieux maîtriser ces termes  A la position chr1: 169549811 On trouve C ou T dans cette population (référence: T) Individu 1…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… homozygote TT allèle 1 5’……CTGTATTCCTTGCCTGTCCAGGGAT……3’ le génotype de chaque individu à cette position 3’……GACATAAGGAACGGACAGGTCCCTA……5’ ҉ Vous devez être capable de déterminer allèle 2 5’……CTGTATTCCTTGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAACGGACAGGTCCCTA……5’ Individu 2………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… homozygote TT allèle 3 5’……CTGTATTCCTTGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAACGGACAGGTCCCTA……5’ allèle 4 5’……CTGTATTCCTTGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAACGGACAGGTCCCTA……5 Individu 3……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… homozygote CC allèle 5 5’……CTGTATTCCTCGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAGCGGACAGGTCCCTA……5’ allèle 6 5’……CTGTATTCCTCGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAGCGGACAGGTCCCTA……5 Individu 4…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… hétérozygote TC allèle 7 5’……CTGTATTCCTTGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAACGGACAGGTCCCTA……5’ allèle 8 5’……CTGTATTCCTCGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAGCGGACAGGTCCCTA……5 Individu 5………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… homozygote CC allèle 9 5’……CTGTATTCCTCGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAGCGGACAGGTCCCTA……5’ allèle 10 5’……CTGTATTCCTCGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAGCGGACAGGTCCCTA……5 Individu 6………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………… homozygote CC Dans une population donnée allèle 11 5’……CTGTATTCCTCGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAGCGGACAGGTCCCTA……5’ allèle 12 5’……CTGTATTCCTCGCCTGTCCAGGGAT……3’ 3’……GACATAAGGAGCGGACAGGTCCCTA……5’ etc. 27 Des différences dans la séquence de nos génomes chr1: 169 552 333 – 169 555 333 (hg19) (gène du facteur de coagulation V) chromosome 1 – individu 1 chromosome 1 – individu 2 CAAAAGCATCTATGGAAAATTTACAGTTAACATCATATTTAATGGTGAAAGAGTACTTTCCCCCAACATCAGAAAC CAAAAGCATCTATGGAAAATTTACAGTTAACATCATATTTAATGGTGAAAGAGTACTTTCCCCCAACATCAGAAAC AAGACAAGGATGTATGCTCTCACATTTCTACCCAACATTGTATTGGAAGTTCTAGCCAGCGGAACAAGACAAGGAA AAGACAAGGATGTATGCTCTCACATTTCTACCCAACATTGTATTGGAAGTTCTAGCCAGCGGAACAAGACAAGGAA AACCGATGATGATGATTAAGAAAAATGGTAGGCCTCCAGATGGGAAAAAAAGCAAAATTGTCTTTATTCACAGACA AACCGATTAAGAAAAATGGTAGGCCTCCAGATGGGAAAAAAAGCAAAATTGTCTTTATTCACAGACAGCATGATGT GCATGATGTATATAGAAAACCTGATGGACTCCACAAAAAAAGTACTAGAACTAATGAATTTGGCAAGGTTACAGCA ATATAGAAAACCTGATGGACTCCACAAAAAAAGTACTAGAACTAATGAATTTGGCAAGGTTACAGCATTCAAGAGA TTCAAGAGAAATATTTAAAAAATCAATTGTATTTCTTCATGCTAGCAATGAACAACATGAAATGAAAATAAAACAA AATATTTAAAAAATCAATTGTATTTCTTCATGCTAGCAATGAACAACATGAAATGAAAATAAAACAATACAACTTA TACAACTTAAGTAAAAATATAAAAGCCAGGAAATCTATTGCTGTTTATTAGAAATGCACCTAGTATTTGCATATAT AGTAAAAATATAAAAGCCAGGAAATCTATTGCTGTTTATTAGAAATGCACCTAGTATTTGCATATATGCATATATA GCATATATAAATACAGGGTGATGGTGATGTATTTGAATATATCTGACTTACAGTTGTCTAAGTAACAATTTGGATC AATACAGGGTGATGGTGATGTATTTGAATATATCTGACTTACAGTTGTCTAAGTAACAATTTGGATCCAGAAGTCT CAGAAGTCTTTTTTTTTTTTAAGATTCAGGAGGTACACGTTAAGGTTGGTTAATGGGTATATTGTGTGTTGCTGAG TTTTTTTTTTTAAGATTCAGGAGGTACACGTTAAGGTTGGTTAATGGGTATATTGTGTGTTGCTGAGGATGAGGTT GATGAGGTTTGGTCTTCTATTAATCCCACCACCCAAGTAGTGAATATAGTACCTAATAGGTAGTTTTTCAACCCTT TGGTCTTCTATTAATCCCACCACCCAAGTAGTGAATATAGTACCTAATAGGTAGTTTTTCAACCCTTGACCCCTCC GACCCCTCCTTGCCTCCTCCCCTTTGGATTCTCTAGTGTCTATTTTTAACTGAGCATCCCAGCCTCAAAATGCATT TTGCCTCCTCCCCTTTGGATTCTCTAGTGTCTATTTTTAACTGAGCATCCCAGCCTCAAAATGCATTTTAAAACTT TTAAAACTTTTTTTCCTTTCTTGTTTTCAGCTTTGAAACATATTTTGAAATGCTTTGTTTCTACTTTTCCCACCAG TTTTTCCTTTCTTGTTTTCAGCTTTGAAACATATTTTGAAATGCTTTGTTTCTACTTTTCCCACCAGGCACTACAA GCACTTCAATGAACAGTGCTTGCTTATCTAATTATGTGCTTGCTTAGGTAATCCAGGGGCCAATTTTGAAACAAAC TGAACAGTGCTTGCTTATCTAATTATGTGCTTGCTTAGGTAATCCAGGGGCCAATTTTGAAACAAACCAGGCAGAG CAGGCAGAGAGATACAGCTCCCACTTAGGGGTAGTTATGAACAGTTAACCTACCACTACCAGGCCAAAGTCAGGAT AGATACAGCTCCCACTTAGGGGTAGTTATGAACAGTTAACCTACCACTACCAGGCCAAAGTCAGGATGAGGCAAAC GAGGCAAACCAGACCTTCTGGACAGGCAATTTCTCAAGATAACCATTGAAACAAGTCATGCAGACCTGCACCCTCG CAGACCTTCTGGACAGGCAATTTCTCAAGATAACCATTGAAACAAGTCATGCAGACCTGCACCCTCGTTTCTACAT TTTCTACATTAATTCATTTAGGATAATGGCCTCCAGCTGCATGCGTGCTGCTGCAAAGGACATGGTTTCTTTTTTA TAATTCATTTAGGATAATGGCCTCCAGCTGCATGCGTGCTGCTGCAAAGGACATGGTTTCTTTTTTATGGCTGTAT TGGCTGTATAGTATTCCATGACCTATATGTGGCATATTTTCTTTATCCACTCTTGAGTTGATGGGCACATAGGTTG AGTATTCCATGACCTATATGTGGCATATTTTCTTTATCCACTCTTGAGTTGATGGGCACATAGGTTGGTTCTATAT GTTCTATATCTTTGTAACAGTGGGGGTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTGTACTGTCACACAGGCTGTAGTGCAGTGG CTTTGTAACAGTGGGGGTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTGTACTGTCACACAGGCTGTAGTGCAGTGGTACAATCAT TACAATCATGGCTCACCGCAGCCTCAACCTCCCAAGCCCAAGCAATTCTTCCACCTTAGCCTCCCAGGTAGCTGAG GGCTCACCGCAGCCTCAACCTCCCAAGCCCAAGCAATTCTTCCACCTTAGCCTCCCAGGTAGCTGAGACCACAGGC ACCACAGGCATGTGTCACCACACCTGACTAAATTTTTTATTTTTGTAGAGATGGAGTCTCTGTATGTTGTCCAGGC ATGTGTCACCACACCTGACTAAATTTTTTATTTTTGTAGAGATGGAGTCTCTGTATGTTGTCCAGGCTGGTCTCAA TGGTCTCAAACTCTTGGCCTCTAGCGAGCCTCCCAGCTAGGCCTCCCAAAGGGCTGGGATTATGGGCATGAGCCAC ACTCTTGGCCTCTAGCGAGCCTCCCAGCTAGGCCTCCCAAAGGGCTGGGATTATGGGCATGAGCCACCATGCCCAG CATGCCCAGCTGCTATTGTGAATGGTGCTGTGATAAACATAATGAGTGCAGTGTCTTTTTGGTAGAATGGTTTATT CTGCTATTGTGAATGGTGCTGTGATAAACATAATGAGTGCAGTGTCTTTTTGGTAGAATGGTTTATTTTCCTTTGG TTCCTTTGGGTATATACTCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTAATTCTAGTTTTAGTTCTTTGAGAAATCTC GTATATACTCAGTAATGGGATGGCTGGGTCAAATGGTAATTCTAGTTTTAGTTCTTTGAGAAATCTCCAAACTGTT CAAACTGTTTTCCACAGTGGTTTAACTAATTTACCTTCTGCCAGCAGTGTACGTTTCCCTTATCTCTGCAGCTTCA TTCCACAGTGGTTTAACTAATTTACCTTCTGCCAGCAGTGTACGTTTCCCTTATCTCTGCAGCTTCACCAACATGT CCAACATGTTATTTTTTGACTTTTAATTATTTTTTTGAGAAGAAGCCTCACTCTGTCACCTAGGCTGGAGTGCAGT TATTTTTTGACTTTTAATTATTTTTTTGAGAAGAAGCCTCACTCTGTCACCTAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATC GGCACAATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTG TTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAATAGCTGGGATTACAG GGATTACAGGCGCCTGCCACTGCACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGACACTGGGTTTCACCATCATGGCCA GCGCCTGCCACTGCACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGACACTGGGTTTCACCATCATGGCCAGGCTGGTCT GGCTGGTCTTGACCTCCTGACTTTGGAATCCACCTTCCTTGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCA TGACCTCCTGACTTTGGAATCCACCTTCCTTGGCCTCCCAAAATGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCCG CTGTGCCCGGCCTGACTTTTTAATAATAGCCATTCTGAAGGGTGTGAGATGGTACCTCATTGTGGTTTTGATTTGC GCCTGACTTTTTAATAATAGCCATTCTGAAGGGTGTGAGATGGTACCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATCTCTGAT ATCTCTGATGAGTAGTGATGTTGAGTACTTTTTCATGTTTCTTGACTGCTTGTATGTCTTTTTTTTTTTTGAGAAG GAGTAGTGATGTTGAGTACTTTTTCATGTTTCTTGACTGCTTGTATGTCTTTTTTTTTTTTGAGAAGTGACTGTTT TGACTGTTTATGTCCTTTGCCTACTTTTTAATGAGGTTATTTTTCTTATCGATTTAAGTTCCTTATAGAGCCTGGA ATGTCCTTTGCCTACTTGTTAATGAGGTTATTTTTCTTATCGATTTAAGTTCCTTATAGAGCCTGGATATTTAGTC TATTTAGTCCTTTGTTGGATGCATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCATTCTGCTGATAGTTTCTTTTGCTGTGAAGA CTTTGTTGGATGCATAGTTTGCAAATATTTTCTCCCATTCTGCTGATAGTTTCTTTTGCTGTGAAGAAGCTCTTTA AGCTCTTTAGTTTAATT GTTTAATT 28  Génome référence Individu 1 Individu 2 2 copies 3 copies (gain) 1 copie (perte) Nombre de copie Chr 6 maternel Chr 6 paternel 29 Adapté à partir de : https://www.thelancet.com/article/S1474-4422(08)70048-6/fulltext 0.96% d’un génome humain diffère par sa séquence d’un autre génome humain , nous sommes donc tous et toutes identiques à 99.04%. E. Eichler et al., 2019, NEJM 99.04% 98-99% 30 N’oublions pas que la différence est une richesse ! Nous sommes tous et toutes différent-es parce que nous sommes tous et toutes uniques. 31 Photo : https://fr.freepik.com/ 25.08.2021 32 Web.speakup.info Parmi cet échantillonnage de la population suisse, combien d’allèles différents comptez-vous ? Une réponse à sélectionner: A- 2 B- 6 C- 24 D- je ne sais pas Réponse: 2 33 Web.speakup.info Dans la population suisse, à la position chr15: 45687 (hg19), deux allèles sont détectés A ou un G (l’allèle référence est A). Quels sont les génotypes possibles dans la population suisse à ce locus ? Une réponse à sélectionner: A- 1 homozygote, 2 hétérozygotes B- 2 homozygotes, 2 hétérozygotes C- 1 homozygote, 1 hétérozygote D- 2 homozygotes, 1 hétérozygote E- je ne sais pas Réponse: D 34 Fréquences des allèles (fréquence allélique) dans la population générale (exemple du variant: rs6025) De tous les pays confondus De différents continents AFR: continent africain, AMR: continent américain, EAS: Asie de l’est, SAS: Asie du sud, EUR: Europe C: 0.994 (4978) T: 0.006 (30) La fréquence de l’allèle mineur (MAF, minor allele frequency) dans la population générale de tous les pays confondus est de 0.01 pour rs6025 La fréquence de l’allèle mineur (MAF, minor allele frequency) dans la population générale du continent américain est de 0.01 pour rs6025 35 Web.speakup.info Parmi cet échantillonnage de la population suisse, quel est l’allèle majoritaire (majeur)? Une réponse à sélectionner: A- allèle T B- allèle A C- allèle G Réponse: C T x5 D- allèle C C x7 E- je ne sais pas Quel est l’allèle minoritaire (mineur)? Une réponse à sélectionner: A- allèle T B- allèle A Réponse: C C- allèle G T x5 D- allèle C C x7 E- je ne sais pas 36 Haplotype Dans une population donnée, à une position donnée du génome individu 1 5’... AACACGCCAGTTCAACTGACCGTAACGTACTTCGGGGTCGTCAGTCAAACGTCCCAGGAGTCGACCG...3’ individu 1 5’... AACAAGCCAGTTCAACTGACCGTAACGTACTTCGGGGTCGTCAGTCAAACGTCCCAGGAGTCTACCG...3’ individu 2 5’... AACACGCCAGTTCAACTGACCGTAACGTACTTCGAGGTCGTCAGTCAAACGTCCCAGGAGTCTACCG...3’ individu 2 5’... AACACGCCAGTTCAACTGACCGTAACGTACTTCGCGGTCGTCAGTCAAACGTCCCAGGAGTCTACCG...3’ individu 3 5’... AACATGCCAGTTCAACTGACCGTAACGTACTTCGGGGTCGTCAGTCAAACGTCCCAGGAGTCTACCG...3’ individu 3 5’... AACAAGCCAGTTCAACTGACCGTAACGTACTTCGTGGTCGTCAGTCAAACGTCCCAGGAGTCTACCG...3’ individu 4 5’... AACACGCCAGTTCAACTGACCGTAACGTACTTCGGGGTCGTCAGTCAAACGTCCCAGGAGTCGACCG...3’ individu 4 5’... AACAAGCCAGTTCAACTGACCGTAACGTACTTCGGGGTCGTCAGTCAAACGTCCCAGGAGTCTACCG...3’ Haplotype de l’individu 1 : CGG Haplotype de l’individu 1 : AGT Haplotype de l’individu 2 : CAT Haplotype de l’individu 2 : CCT 8 haplotypes au total Haplotype de l’individu 3 : TGT et 6 haplotypes différents Haplotype de l’individu 3 : ATT Haplotype de l’individu 4 : CGG Haplotype de l’individu 4 : AGT 37 Web.speakup.info Quelles sont les réponses fausses : A - A la position indiquée, le génotype de l’individu 1 est AC B - A la position indiquée, l’haplotype de l’individu 1 est AC C - L’haplotype de l’individu 1 pour cette séquence d’ADN est CAT D - L’haplotype de l’individu 1 pour cette séquence d’ADN est CCT E - L’individu 1 a deux haplotypes différents : CAT et CCT F- On a 2 haplotypes car on hérite du génome de notre mère et de notre père. G - Les 2 haplotypes à une position donnée de notre génome sont donc différents. H - je ne sais pas individu 1 5’... AACACGCCAGTTCAACTGACCGTAACGTACTTCGAGGTCGTCAGTCAAACGTCCCAGGAGTCTACCG...3’ individu 1 5’... AACACGCCAGTTCAACTGACCGTAACGTACTTCGCGGTCGTCAGTCAAACGTCCCAGGAGTCTACCG...3’ Réponses: B et G 38 Web.speakup.info En comparant les 4 allèles des individus 1 et 2 et l’allèle de référence (T), veuillez donner les numéros des allèles contenant un variant / une variation. Séquence référence 5’……CTGTATTCCTTGCCTGTCCAGGGAT……3’ Individu 1 Allèle 1 : 5’……CTGTATTCCTTGCCTGTCCAGGGAT……3’ Allèle 2 : 5’……CTGTATTCCTTGCCTGTCCAGGGAT……3’ Individu 2 Allèle 3 : 5’……CTGTATTCCTGGCCTGTCCAGGGAT……3’ Allèle 4 : 5’……CTGTATTCCTTGCCTGTCCAGGGAT……3’ A- allèle 1 B- allèle 2 C- allèle 3 D- allèle 4 E- je ne sais pas Réponse : allèle 3 39 II- Les types de variants 40 Les différentes variations en fonction de leur taille Les anomalies chromosomiques Les disomies uniparentales Les variations structurelles >50pb (SV) CNV insertion inversion translocation réarrangements complexes Les répétitions Les variants 50 ans) Trisomie 18 0,01 ……… (esp. vie < 1 an) Trisomie 13 0,04 ……… (esp. vie < 1 an) Suisse (2022): 82 371 naissances vivantes 48 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0987798317300993 Fréquences des anomalies numériques fœtales 15:100 des grossesses sont des fausses couches 7-8:100 des grossesses sont avec une anomalie numérique Résultats d'analyses fœtales par caryotype (France, 2018) DYSGONOSOMIES 47, XXY 2 47, XXX 1 45,X 15 autres 1 TRISOMIES Trisomie 21 109 Trisomie 18 37 Trisomie 13 15 triploïdies 7 autres anomalies 45 aucune anomalie détectée par caryotype 768 49 D’après https://rams.agence-biomedecine.fr/sites/default/files/2020-09/200720_DPN2018_RAMS2020%20VF.pdf Les anomalies numériques peuvent apparaître à différents moments de la vie - constitutionnelle (héritée des parents, anomalie de la lignée germinale, homogène) - acquise (non héritée, anomalie somatique post-zygotique, non homogène) Constitutionnelle Acquise Anomalie dans un des gamètes des parents Anomalie absente des gamètes des parents (anomalie dans une des lignées germinales) (non héritée) Anomalie dans toutes les cellules de l’embryon Anomalie qui apparaît dans une cellule de l’embryon (homogène) Anomalie dans tous les tissus Anomalie qui est restreinte à un type de tissu (non homogène) 50 Les anomalies numériques acquises et mosaïcisme post-zygotique zygote 51 Les anomalies numériques Spécification selon: le type de chromosome: - Autosome (ex: trisomie 21) - Gonosome (ex: monosomie X) le moment d’apparition de cette anomalie: - Constitutionnelle (anomalie présente dans les gamètes) - Acquise/somatique (anomalie post-zygotique) le nombre de cellules avec l’anomalie: - Homogène (présente dans tout le zygote) - Mosaïcisme le type cellulaire avec l’anomalie: - Somatique - Germinale (gamètes) 52  Exemple d’une monosomie X acquise en mosaïque (dysgonosomie acquise en mosaïque) post-zygotique zygote 46,XX 45,X 53 2- Les disomies uniparentales Définition: la présence de deux chromosomes homologues hérités d’un même parent 54 Les disomies uniparentales (DUP, UPD) anglais Situation sans UPD chez l’enfant mère père chr20 chr20 OU OU OU chr20 chr20 chr20 chr20 55 Les disomies uniparentales (DUP, UPD) anglais Situation sans UPD chez l’enfant Situation 1 avec UPD chez l’enfant Situation 2 avec UPD chez l’enfant mère père mère père mère père chr20 chr20 chr20 chr20 chr20 chr20 chr20 chr20 chr20 Enfant avec une UPD20 Enfant avec une UPD20 56 (origine maternelle) (origine paternelle) Les disomies uniparentales - maternelle ≠ paternelle - isodisomie (chromatides identiques) ≠ hétérodisomie mère père 1 2 3 4 chr20 chr20 3 situations possibles 3 situations possibles avec disomie uniparentale maternelle chez l’enfant avec disomie uniparentale paternelle chez l’enfant 1 2 1 1 2 2 3 4 3 3 4 4 chr20 chr20 chr20 chr20 chr20 chr20 hétérodisomie isodisomie hétérodisomie isodisomie maternelle maternelle paternelle paternelle 57 Web.speakup.info Un enfant avec une hétérodisomie maternelle du chromosome 20 a hérité : (plusieurs réponses possibles) A- des chromosomes 20 de ses 2 grands-mères B- des chromosomes 20 de ses grand-parents maternels C- des chromosomes 20 de sa mère D-je ne sais pas Code correct: C et B maternel paternel grand grand grand grand - mère - père - mère - père * * GRANDS-PARENTS ** PARENTS mère père ** ENFANT Hétérodisomie maternelle 58 A suivre … 59