ENTEROBACTERIES PHARMACIE (PDF)

Pr SORAA NABILA ENTEROBACTERIES Médecin Microbiologiste Professeur d’ Enseignement Supérieur en Microbiologie Chef de service du Laboratoire de Microbiologie au CHU Med VI Marrakech STREPTOCOQUES Directrice du C...

Pr SORAA NABILA ENTEROBACTERIES Médecin Microbiologiste Professeur d’ Enseignement Supérieur en Microbiologie Chef de service du Laboratoire de Microbiologie au CHU Med VI Marrakech STREPTOCOQUES Directrice du Collège de Spécialité en Biologie Médicale - FMPM [email protected] STAPHYLOCOQUES ACINETOBACTER BAUMANNII PSEUDOMONAS AERUGINOSA LISTERIA MONOCYTOGENES RICKETTSIES MYCOBACTERIES ENTEROBACTERIES Pr SORAA NABILA OBJECTIFS Savoir l’ Epidémiologie de l’agent pathogène : habitat, réservoirs, mode de transmission Reconnaître les Principales manifestations cliniques Déterminer les Principaux caractères bactériologiques (morphologie, Gram, type respiratoire, caractères culturaux...), Déterminer les Principes de base du diagnostic bactériologique : les caractères qui permettent leur identification Savoir le Profil de Sensibilité aux antibiotiques 2 PLAN Pouvoir pathogène : manifestations cliniques Epidémiologie : Réservoir – mode de transmission – facteurs de virulence – mode de diffusion Caractères bactériologiques : morphologiques – culturaux – antigéniques – profil de sensibilité aux antibiotiques Diagnostic bactériologique Prévention Les bactéries intestinales jouent un rôle important : Dans le développement du Système immunitaire Permettent de résister à la colonisation par des bactéries exogènes pathogènes C’est un réservoir de bactéries potentiellement pathogènes au contact immédiat de l’hôte.  Famille des Bactéries Commensales du Tube digestif Enterobacteriaceae Effet barrière / Réservoir (> 140 espèces) Espèces pathogènes Bactéries isolées dans l’environnement spécifiques Plante , sol , eau Espèces Bactéries Pathogènes pathogènes opportunistes  Genre Espèces Escherichia E.Coli Shigella S.dysenteriae, S.sonnei, S bodyii, S flexnerii Salmonella S.Enterica (6 sous types, pls sérotypes) Klebsiella K.pneumoniae, K.oxytoca, K.ozaenae, K.rhinoscleromatis. Enterobacter E.cloacae, E.aerogenes, E.sakazaki… Serratia S.marcescens…. Proteus P. mirabilis, P. vulgaris, P.penneri et P.myxofaciens. Providencia P.rettgerii, P.stuartii, P.alcalifaciens et P.rustigianii. Morganella M. morganii Citrobacter C. freundii, C. koseri,…. Hafnia H.Alvei Yersinia Y.pestis, Y.enterocolitica,Y.pseudotuberculosis Erwinia E.carotovora, E.amylovora, E.americana…  Serratia Escherichia Proteus Shigella Providencia Salmonella Morganella Klebsiella Citrobacter Enterobacter Yersinia Escherichia Serratia Proteus Shigella Espèces pathogènes spécifiques Providencia Salmonella Morganella Espèces pathogènes opportunistes Klebsiella Citrobacter Enterobacter Yersinia Escherichia coli Première bactérie du microbiote digestif aérobie Bactérie commensale de l’intestin Flore de Barrière Espèces pathogènes : Infections intestinales : Diarrhées ( ECEP – ECEI – ECET – ECEH – ECEA) Infections extra intestinales : urinaire – bactériémie …  E. coli Entéro-pathogènes : EPEC - EAEC E. coli Entéro-hémorragique ECEH (O157H7) Diarrhée aqueuse Colite hémorragique - Diarrhée sanglante Enfant de moins de 2 ans - GE infantile Production de toxines shiga like Epidémique E. coli Entéro-toxinogènes : ETEC Diarrhée aqueuse Diarrhée de l’enfant (PEVD) E. coli Entéro-invasifs - ECEI Diarrhée dysentérique « glairo sanglante » + Fièvre Diarrhée des voyageurs (tourista) Invasion de la muqueuse intestinale Toxines LT – ST +pili d’adhésion Shigella Bactérie virulente et invasive Diarrhées invasive chez l’ Homme Syndrome dysentérique +++ Dysentérie bacillaire : Forme la plus sévère Shigella dysenteriae Toxine dysentérique ou shiga toxine Enterotoxique et neurotoxique Autres espèces : Shigella sonnei, S. boydii et S. flexneri Gastro entérites infectieuses Salmonella Salmonella Typhi et Paratyphi Réservoir strictement humain Maladie infectieuse potentiellement mortelle Salmonelles majeures Maladie à déclaration obligatoire Salmonella Typhi et Paratyphi PEVD ( Hygiène précaire ) Fièvre typhoïde Transmission oro fécale Bactériémies (à point de départ lymphatique) Salmonelles mineurs : Gastro entérites individuelles Gastro entérites collectives (TIAC) Yersinia pestis La Peste : maladie réémergente République démocratique du Congo Tanzanie Chine Pérou Madagascar En 2020, une centaine de cas de peste bubonique se sont déclarés en République Démocratique du Congo, et une vingtaine en Mongolie et en Chine. Les années 1347-1351 ont éprouvé l'Europe : la pire pandémie de son Histoire : au moins un tiers de la population européenne est morte des suites de ce que l'on a plus tard appelé la peste noire. Escherichia Serratia Shigella Proteus Espèces pathogènes spécifiques Salmonella Providencia Klebsiella Morganella Espèces pathogènes opportunistes Enterobacter Citrobacter Yersinia Espèces pathogènes opportunistes : Occasionnellement pathogènes Proteus, Klebsiella, Enterobacter, Serratia, Citrobacter….. Correspondent aux espèces commensales de notre organisme ou à des bactéries de l'environnement Jouent un rôle pathogène à l'occasion d'une diminution des résistances de l'organisme ou lors d'un déséquilibre de la flore commensale (antibiothérapie)… Infections urinaires , méningites , bactériémies , péritonite …  Infections de l’arbre urinaire : primitives ou iatrogènes Infections intestinales Infections abdominales d’origine digestive : péritonite – abcès appendiculaire – suppurations génitales Infections respiratoires Infections cutanées : ulcères Infections osseuses Infections néonatales : Escherichia coli à antigène capsulaire K1 Bactériémies Méningites Choc endotoxinique : choc septique II. Epidémiologie Réservoir Strictement humain (Salmonella Typhi et Paratyphi) Hôtes constants du tube digestif de l'homme et de l'animal Environnement (Témoin de contamination fécale) II. Epidémiologie Mode de transmission Transmission directe voire endogène (Infections urinaires , bactériémies) Transmission indirecte : par l’eau et les aliments souillés (Infections intestinales liées au péril fécal) (Aliments à risque : produits laitiers, œufs (mayonnaise), viande, volaille, charcuterie) Transmission par manu portage ou à travers des dispositifs médicaux contaminés II. Epidémiologie Mode de diffusion Sporadique Epidémique : Gastroentérites Toxi-infections alimentaires Infections nosocomiales III. Caractères bactériologiques Morphologiques Caractères généraux communs Culturaux Antigéniques Biochimiques Facteurs de virulence  Caractères morphologiques Bacilles à Gram négatif (2-4 µ X 0,6 µ) Mobiles (péri triches) ou immobiles (Klebsiella – Shigella ) Capsulés (Klebsiella) 23  Croissance facile milieux usuels Caractères culturaux En 18 à 24 h Croissance : 35°C à 37 °C Aéro – anaérobie facultatifs Aspect des colonies sur gélose Muqueuse Lisse et régulières (2mm) Rugueuses - tapis Trouble uniforme en milieu liquide Caractères biochimiques Grande diversité enzymatique nécessitant une identification biochimique Caractères communs : Fermentent le glucose Réduisent les nitrates en nitrites Dépourvus d’ Oxydase Caractères différentiels : profil métabolique de chaque espèce Caractères antigéniques Antigènes O = Ag de paroi Antigènes H = Ag flagellaires Antigènes K = Antigène de capsule ou d'enveloppe (E. coli - Shigella – Salmonella – Citrobacter) Antigènes O = Ag de paroi Fraction polyosidique : spécificité antigénique Core central : Polysaccharide de base Fraction lipidique : Lipide A (endotoxine) Propriété toxique : Choc endotoxinique Facteurs de Virulence Capsule : s’oppose à la phagocytose Protéines de la membrane externe - LPS Systèmes de captation du Fer Des adhésines : fixation aux cellules épithéliales Toxines : endotoxines – entérotoxines – cytotoxines IV. Diagnostic bactériologique Diagnostic direct Prélèvement : site de l’infection Cytologie : Réaction inflammatoire Examen à l’état frais : Forme , mobilité Examen direct Mise en culture Identification bactérienne Antibiogramme Examen direct Culture Salmonella : Colonies rondes à surface lisse , noirâtres sur milieux spécifiques E. Coli : Colonies rondes à bords réguliers , surface lisse lactose positive ! Identification bactérienne Bacille à Gram négatif Oxydase négatif Disques en papier imprégnés par un réactif Salmonella  Identification biochimique par Automate Identification par Spectrométrie de masse Maldi Toff Identification moléculaire par PCR Identification biochimique Séquençage de l’ARN 16S par Galerie API pour identification bactérienne Identification antigénique Tests d’agglutination sur lame Pour Sérogroupage de Salmonella :Ag somatique O, Ag flagellaire H , Ag Vi pour S. Typhi ex : S. typhi O9 Hd Vi - S. enteritidis O4,5 Hg/ H1 Pour confirmation d’une identification biochimique de Shigella Pour Sérotypage d’ E.coli Méningites néonatales (K1 ou non ), ECEP : ( ex : 055 B5) Recherche E.C.E.H , E.C.E.I: laboratoires spécialisés Une souche bactérienne est dite résistante à un ATB quand elle est capable de se développer en présence d’une concentration élevée d’antibiotique Antibiogramme Résistance naturelle des entérobactéries aux bêtalactamines Détection des résistances acquises Résistance par Imperméabilité Modification de la cible Résistance par Efflux  Mesures d’hygiènes collectives Prévention Lutter contre le péril fécal Diagnostic et traitement des malades Dépistage des porteurs sains Contrôle bactériologique de l’eau et des aliments Distribution de l’eau potable Suivi du personnel cuisinier Mesures d’hygiène individuelles Salmonella typhi : Vaccin injectable constitué par l’Antigène VI purifié de Salmonella typhi Voyageurs, militaires, soignants Prévention de l’hospitalisme infectieux CONCLUSION Entérobactéries : place importante en bactériologie médicale Diagnostic direct facile : isolement et identification Fréquence de multi résistance : antibiogramme systématique Emergence de souches multi résistantes responsables d’infections nosocomiales en milieu hospitalier