Exam Paper: ED 1 - TIAC, Infections Digestives, IST, IU PDF

UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 UE / ENSEIGNANT : UE20 Agents infec6eux, hygiène (bactériologie) DATE : 13/10/2023 GROUPE : BADRA Ibrahim, LE GUEN Nathanaël, KHALIFA Omar REMARQUES : pas de changement....

UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 UE / ENSEIGNANT : UE20 Agents infec6eux, hygiène (bactériologie) DATE : 13/10/2023 GROUPE : BADRA Ibrahim, LE GUEN Nathanaël, KHALIFA Omar REMARQUES : pas de changement. ED 2 : TIAC, Infections Digestives, IST, IU Table des ma*ères PARTIE 1 : TOXI-INFEXTIONS ALIMENTAIRES COLLECTIVES Défini9ons 5 Défini&on TIAC 5 Fréquence et condi&ons de survenues 5 Sources et voies de transmission 5 Processus toxinique – incuba&on courte (1-12 heures) 5 Processus invasif – incuba&on prolongée (12-72 heures) 5 Gravité 6 Manifesta9ons cliniques 6 TIAC d’expression diges&ve (majorité des cas) 6 TIAC d’expression neurologique 6 Diagnos9c microbiologique 6 Coproculture (processus invasif) 6 Recherche de l’entérotoxine (processus toxinique) 6 Principes de préven9on 6 Hygiène 6 Surveillance et contrôles 6 TIAC diges9ve : bactéries principalement impliquées 6 Salmonella enterica sérotype non typhi (Enteri&dis, Typhimurium) 7 Staphylococcus aureus 7 Clostridium perfrigens 7 1 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Bacillus cereus 8 Campylobacter spp. 8 Escherichia coli entérotoxinogènes (ETEC) 8 Aeromonas hydrophila 8 TIAC neurologique : bactéries principalement impliquées 9 Clostridium botulinum 9 Listeria monocytogenes 10 PARTIE 2 : INFECTIONS DIGESTIVES A) Généralités : Écosystème diges9f 11 B) Défini9ons 12 C) Physiopathologie 12 Mécanisme sécrétoire 12 Mécanisme entéro-invasif 12 D) Clinique 13 E) Diagnos9c bactériologique 13 I- Shigellose 15 Épidémiologie 15 Bactériologie 15 Clinique et traitement 15 II- Salmonellose 16 Épidémiologie 16 Bactériologie 17 Clinique : Salmonellose diges&ve 17 Traitement 17 III- E.Coli 18 Épidémiologie 18 Bactériologie 18 E.Coli 18 IV- Yersinia enterocoli/ca 19 Épidémiologie 19 Bactériologie 19 Clinique et traitement 19 2 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 V- Campylobacter 20 Épidémiologie 20 Bactériologie 20 Clinique et traitement 20 VI- Vibrio Cholerae 21 Épidémiologie 21 Bactériologie 21 Clinique et traitement 21 VII- Clostridium difficile 22 Épidémiologie 22 Clinique 22 Diagnos&c bactériologique 22 Traitement 23 PARTIE 3 : LES IST Généralité sur les IST 24 Défini&on 24 Probléma&que 24 Epidémiologie 25 Classifica&on 26 E&ologies 26 E9ologies bactériennes 27 Neisseria gonorrhoeae (gonocoque) 27 Epidémiologie 27 Clinique 28 Diagnos6c bactériologique 28 Traitement 29 Chlamydia trachoma&s 30 Généralités 30 Clinique 30 Complica6ons 31 Qui dépister/diagnos6quer ? 31 Pourquoi dépister ? 32 3 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Epidémiologie récente 32 Diagnos6c bactériologique 33 Traitement 34 Mycoplasmes uro-génitaux (pas au programme de l’ECN) 35 Généralités 35 Clinique 35 Diagnos6c 35 Résistances 36 Treponema pallidum (syphilis) 36 Le retour ! 36 Stades cliniques 37 Clinique de la syphilis congénitale 38 Dépistage de la syphilis congénitale (HAS 2017) 38 Diagnos6c direct 38 Diagnos6c indirect 39 Situa6ons 40 Diagnos6c biologique de la syphilis congénitale 40 Interpréta6on de la sérologie 40 Traitement 41 IST tropicales 41 Le chancre mou 41 La donovanose 41 Conclusion / take-home message 41 PARTIE 4 : INFECTIONS URINAIRES I- Généralités 42 1- Épidémiologie 42 2- Physiopathologie 42 3- Agents causals 42 4- défini&ons 43 5- Terminologie 43 6- Signes cliniques 44 II- Diagnos9c bactériologique 45 Principes généraux 45 4 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 1- Bandelece urinaire 45 2- Examen Cyto Bactério Urinaire 45 3- Examen complémentaires 48 III- Traitement 48 1- Principes généraux 48 2- An&biothérapies 48 3- IU masculines = à risque de complica&ons 49 1- IU de l’enfant 50 2- IU de la femme enceinte 50 Partie 1 : Toxi-infections Alimentaires Collectives Item n°175 (ECN) : Risques sanitaires liés à l’eau et à l’alimenta/on. Toxi-infec/ons alimentaires. A) Définitions 1. Définition TIAC - Appari/on d’au moins 2 cas d’une symptomatologie en général diges6ve dont on peut rapporter la cause à une même origine alimentaire. - Regroupement des cas dans le temps et dans l’espace 2. Fréquence et conditions de survenues - En 2018 : 1630 foyers de TIAC déclarés en France, affectant 14 742 personnes - Repas familiaux ou restaura/on collec/ve Déclara6on obligatoire à l’ARS B) Sources et voies de transmission Contamina/on d’aliments contaminés par : - Certaines bactéries ou - Leurs toxines Aliments principalement en cause : - Volaille ; - Aliments à base d’œufs ; - Fruits de mer … Facteurs favorisants : - Rupture chaîne du froid - Délai de prépara/on excessif avant la consomma/on 5 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 1. Processus toxinique – incubation courte (1-12 heures) Staphylococcus aureus Bacillus cereus (toxine thermostable) Toxinogénèse dans l’aliment Clostridium botulinum (« intoxina/on ») Clostridium perfringens Toxinogénèse dans la lumière diges6ve Bacillus cereus (toxine thermostable) 2. Processus invasif – incubation prolongée (12-72 heures) Salmonella enterica sérotypes non typhi Campylobacter spp. c.f. par9e Infec9ons Diges9ves 3. Gravité - En général, infec/ons bénignes (5% d’hospitalisa/on en 2018) - Facteurs de gravité : âges extrêmes et terrains débilités C)Manifestations cliniques 1. TIAC d’expression digestive (majorité des cas) Salmonella enterica sérotype non typhi, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Clostridium perfringens, Campylobacter spp. 2. TIAC d’expression neurologique Clostridium botulinum, Listeria monocytogenes D)Diagnostic microbiologique 1. Coproculture (processus invasif) 2. Recherche de l’entérotoxine (processus toxinique) Sur selles, vomissement, source alimentaire présumée de contamina/on E) Principes de prévention 1. Hygiène - Hygiène des cuisines - Respect strict de la chaine du froid - Educa/on sanitaire 2. Surveillance et contrôles - Surveillance médicale du personnel - Analyses microbiologiques des aliments 6 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 F) TIAC digestive : bactéries principalement impliquées Agents bactériens confirmés de TIAC (Santé Publique France, 2018) : 1. Salmonella enterica sérotype non typhi (Enteritidis, Typhimurium) 1ère cause de TIAC confirmée en France Incuba/on : 12-24 heures Clinique : diarrhée non sanglante, aiguë et fébrile Aliments incriminés : œufs, volaille, viande, fruits de mer … peu ou pas cuits Processus invasif c.f. par9e Infec9ons Diges9ves 2. Staphylococcus aureus Incuba/on très courte : 2-4 heures Clinique : vomissements, douleurs abdominales, diarrhées liquide non sanglante, pas de fièvre Aliments incriminés : produits lai/ers, plats cuisinés la veille, réfrigéra/on insuffisante Restaura/on collec/ve ++ Contamina6on des aliments lors de leur prépara6on par - Porteur asymptoma/que - Plaie infectée Processus toxinique : entérotoxine thermostable produite dans l’aliment avant inges/on 3. Clostridium perfrigens Incuba/on : 8-24 heures Clinique : douleurs abdominales, diarrhée liquide sans fièvre Aliments incriminés : plats de viande en sauce, plats cuisinés la veille, réfrigéra/on insuffisante Restaura/on collec/ve ++ Processus toxinique : 1) Contamina/on des aliments par spores thermorésistantes lors de leur prépara/on 2) Produc/on de l’entérotoxine dans la lumière diges/ve au cours de la sporula/on 7 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 4. Bacillus cereus Incuba/on : variable (1-12 heures) Aliments incriminés (nombreux car bactérie ubiquitaire) : riz, purée, légumes germés Clinique : Deux formes de toxi-infec/on alimentaire : Inges/on de l’entérotoxine thermostable préformée produite dans l’aliment par Bacillus cereus Intoxina6on Clinique : Incuba/on de 1 à 6 heures puis vomissements Inges/on de spores de Bacillus cereus, suivie de la produc/on d’entérotoxine thermolabile dans l’intes/n TIA Clinique : Incuba/on de 6 à 12 heures puis diarrhées aqueuses non sanglantes 5. Campylobacter spp. Incuba/on : 1-3 jours Clinique : diarrhées sanglantes, douleurs abdominales, fièvre Aliments incriminés : volaille ++ (cuisson insuffisante) Processus invasif c.f. par9e Infec9ons Diges9ves 6. Escherichia coli entérotoxinogènes (ETEC) Principale cause de diarrhées de voyageurs Incuba/on : courte Clinique : Diarrhée non fébrile peu sévère très liquide, douleurs abdominales Régression spontanée, sans ATB Processus toxinique : entérotoxine sécrétée dans la lumière diges/ve c.f. par9e Infec9ons Diges9ves 8 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 7. Aeromonas hydrophila Contamina/on hydrique Clinique : diarrhée liquide avec fièvre modérée Processus toxinique : entérotoxine sécrétée dans la lumière diges/ve c.f. par9e Infec9ons Diges9ves G)TIAC neurologique : bactéries principalement impliquées 1. Clostridium botulinum Maladie : botulisme (rare +++ en France) Incuba/on : 12-36 heures Clinique : - Absence de fièvre - Troubles diges6fs (nausées, vomissements, diarrhées) - Troubles neurologiques (oculaires paralysies descendante, troubles de la déglu//on, défaillance respiratoire) Evolu/on favorable en général Traitement symptoma/que seul Habitat : sol, eau sous forme de spores - Spores retrouvées sur les fruits et légumes, dans les intes6ns des animaux - Contamina6on des conserves familiales insuffisamment stérilisées (spores très résistantes) Processus toxinique - Inges6on de la toxine préformée dans l’aliment contaminé +++ - Possible inges/on de spores et forma/on endogène de toxine après germina/on dans l’intes/n - Contamina/on de plaies suite à une blessure Neurotoxine puissante - 7 types de toxines (A-G), différant par leurs propriétés an/géniques - Thermolabiles (détruites par chauffage > 85°C pendant 5 mins) 9 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 2. Listeria monocytogenes Maladie : listériose Manifesta6ons cliniques diverse : - Listériose materno-fœtale (avortements précoces, accouchements prématurés) ; - Listériose néo-natale (état sep/que sévère, apeinte mul/viscérale) ; - Gastroentérites ; - Apeinte neuroméningée ; - Fièvre ; - Endocardite. Facteurs de risque : - Immunodépression - Personnes âgées - Femmes enceintes Aliments incriminés : fromages au lait cru, charcuteries, poissons fumés, coquillages crus Traitement : amoxicilline (résistance naturelle aux C3G) Partie 2 : Infections Digestives UE6 – N°172 : diarrhées infec/euses de l’adulte et de l’enfant A) Généralités : Écosystème digestif Établissement à la naissance (voie haute/basse), modifica/on chez le nourrisson et l’enfant de 1-4 ans (nourriture+++) Biomasse +++ : 10^14 bactéries (1-1,5 kg !) Grande diversité : 500-1000 espèces bact Rôles de la flore intes6nale humaine : Rela6on symbio6que+++ - Effets diges6fs : (motricité du transit) - Effets nutri6onnels - Protec6on contre les infec6ons : effet barrière+++ exercé par la flore résidente vis à vis des bactéries exogènes; s/mula/on de l’immunité locale. si dispari/on, proliféra/on d’espèces pathogènes (dysbiose) Ex. Gastro-entérites aiguës : E. coli remplacé par des souches entéropathogènes, diarrhées à Clostridium difficile post- an/biothérapie, etc... Grande diversité de répar//on des bactéries le long du tube diges/f : Estomac : - pH acide 10 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 - Flore bactérienne quasi inexistante Intes6n grêle : - Péristal/sme important, sécré/ons abondantes - Flore bactérienne faible. Varia/ons qualita/ve et quan/ta/ve dans l’intes/n : diminu/on bactéries aérobies au profit des anaérobies et augmenta/on quan/ta/ve (103 dans le duodénum vs 106 à 108 dans l’iléon) Colon : - Transit ralen/ favorise la pullula/on bactérienne - Siège de la biotransforma/on des aliments non assimilés au niveau du grêle - Flore dominante, 109 à 1011 bactéries, essen/ellement anaérobies : Bacteroides +++, Bifidobacterium, Clostridium, Prevotella … - Flore sous dominante,106 à 108 bactéries aérobies: E.coli, Enterococcus, Streptococcus, Lactobacillus - Flore en transit, 105 à 106 : Staphylococcus, Pseudomonas, Klebsiella, Proteus B) Définitions Diarrhée = élimina/on de ≥ 3 selles non moulées par jour. Selon l’évolu/on: - Diarrhée aiguë : évolu/on < 2 semaines —> infec/euse +++ - Diarrhée prolongée : 2 à 4 semaines ) - Diarrhée chronique : > 4 semaines ) → Généralement non infec/euse ou parasitose pour les diarrhées prolongées et chroniques Diarrhées autochtones ou liées à un voyage Isolées ou dans le cadre d’une toxi-infec/on alimentaire collec/ve (TIAC : voir cours dédié) Généralement bénignes, mais poten/ellement graves chez sujet fragilisé (nourrisson, personne âgée) ou immunodéprimé C) Physiopathologie Deux mécanismes sont possibles : 11 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Mécanisme sécrétoire (ou toxinique) : libéra/on d’une toxine par la bactérie qui vas/muler la sécré/on d’eau et d’électrolytes par les cellules intes/nales Mécanisme invasif : invasion des entérocytes ou diffusion lympha/que sousmuqueuse ou ac/on cytotoxique de toxines sur la muqueuse avec destruc/on des villosités —> trouble de la fonc/on d’absorp/on Mécanisme sécrétoire = Tableau de syndrome cholériforme Entérotoxine (préformée dans l’aliment ingéré ou sécrétée par l’agent infec/eux fixé sur les entérocytes) Ni invasion, ni destruc/on de l’épithélium diges/f. Fuite liquidienne et électrolytes par les cellules épithéliales Clinique : - Selles aqueuses +++ - Absence de fièvre en général - Absence de sang et de leucocytes - Incuba/on courte Principales bactéries responsables : S.aureus, E.coli entéro-toxinogène et entéro-agréga6f (TIAC et diarrhée du voyageur), Vibrio cholerae (contexte sanitaire), B.cereus (TIAC), C.perfingens (TIAC) Mécanisme entéro-invasif Tableau de syndrome dysentérique - Invasion et destruc/on de l’épithélium diges/f - Inflamma/on loco-régionale ++ - Clinique : Selles glairo-sanglantes, Fièvre - Principales bactéries responsables : Shigella spp, E. coli entéro-hémorragique, E. coli entéro-invasif Tableau de syndrome gastroentéri6que - Traversé des entérocytes et de la muqueuse sans destruc/on. pénétra/on dans le/ssus lymphoïde sous muqueux et mésentérique puis mul/plica/on - Clinique : fièvre fréquente - Principales bactéries : Campylobacter spp, Salmonella, Yersinia, E. coli entéro- pathogène Infec6on à Clostridioides difficile - Destruc/on par les toxines des jonc/ons serrées des entérocytes- Nosocomiale ++, émergence de formes communautaires 12 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 D) Clinique Syndrome cholériforme - Diarrhée aqueuse, profuse, « eau de riz » - Signes de déshydrata/on fréquents sur terrains à risque (nourrisson, personnesâgées) - Pas de fièvre Syndrome dysentérique - Selles nombreuses, afécales, glairo-sanglantes, ± mucopurulentes - Douleurs abdo diffuses ou coliques en cadre - Épreinte, tenesme - fièvre Syndrome gastroentéri6que - Diarrhée banale aspécifique - Douleurs abdominales diffuses - Vomissements - ±fièvre E) Diagnostic bactériologique Coproculture : Indica6ons - Diarrhée aiguë fébrile - TIAC fébrile - Retour des tropiques - Signes de gravité- Immunodéprimé Prélèvement : - Selles fraichement émises ou écouvillonnage rectal (nourrisson, SHUpost-diarrhéique) : selle molle ou liquide+++ - Acheminement rapide ( 14 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 - Bacille Gram néga/f - oxydase - - Aéroanaérobie - Examen direct : Nombreux leucocytes, déséquilibre de flore au profit des bacilles à Gram néga/f - 4 espèces incriminées : - Shigella dysenteriae +++ (+ fréquente et + virulente) - S. sonnei - S. flexneri - S. boydii - Iden/fica/on : échec de la spectrométrie de masse (trop proche de E. coli) —> agglu/na/on Clinique et traitement Incuba6on 2 à 5 jours Syndrome dysentérique Complica6ons extra-diges6ves : - Bactériémie rare (nouveau né, ID, malnutri/on) - Signes neurologiques (convulsions, troubles de conscience) - Syndrome Hémoly/que et Urémique (SHU) : Anémie hémoly/que, Thrombopénie,Insuffisance rénale Traitement : - Symptoma/que : réhydrata/on- An/-péristal/ques contre-indiqués ! - An/bio/ques : Azithromycine ou Fluoroquinolones - Diminu/on portage et contagion - Diminu/on des complica/ons Prophylaxie : Hygiène de l’eau, de l’alimenta/on, des mains II- Salmonellose 15 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Épidémiologie Salmonellose diges/ve : Salmonella enterica non typhi 1e cause d’infec6ons diges6ves bactériennes en France TIAC ou voyage en zone tropicale Distribu/on cosmopolite : - Réservoir naturel animal (oiseaux, volailles, ruminants...) - Réservoir humain secondaire : porteurs asymptoma/ques Transmission alimentaire la plus fréquente (œuf, laitage ou viande crue/peu cuite : rupture chaine du froid), ou via eau contaminée Saisonnalité es6vale marquée (25% des souches transmises d'août à septembre) Dose infectante : 10^3 bactéries chez sujet sain Fièvre typhoïde : Salmonella enterica typhi +++, paratyphi A, B et C (Salmonelles majeures) Adénite avec bactériémie et manifesta/ons intes/nales et générales (endotoxines) Incuba6on 14j puis phase d’état : fièvre 40°C, diarrhée, sep/cémie, tuphos possible Rare en France, cas importés Physiopathologie : franchissement sans effrac6on de la muqueuse intes/nale, phagocytose et dissémina/on par voie lympha/que Acquisi/on d’une immunité cellulaire et humorale Bactériologie Famille des Enterobacteriaceae —> Bacilles à Gram néga/f oxydase -, aéroanaérobie Genre Salmonella, 1 espèce principale: S.enterica - Divisée en 6 sous-espèces puis en sérovars- Sous-espèce 1 = 99% des salmonelles médicales - 2400 sérovars : S.Paratyphi A, S.Typhimurium... Prélèvements : coproculture (Hémoculture [fièvre typhoide]) Culture : milieu d’enrichissement et gélose sélec/ve Iden/fica/on : détermina/on des sérovars +++ - Ag O : paroi (chiffre) - Ag H : flagellaire - Ag Vi : capsulaire Clinique : Salmonellose digestive Incuba/on: 12-24h Syndrome gastroentéri6que Évolu/on résolu6ve spontanée en général Formes extra-diges/ves : rechercher prédisposi/on - Bactériémie - Ostéoarthrite, spondylodiscite (hémoglobinopathie, prothèse) - Arthrite réac/onnelle (HLA B27) - Apeinte neuroméningée - Abcès de la rate 16 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Traitement Formes diges/ves : - Symptoma/que : réhydrata/on - An6bio6ques si forme sévère, sujet ID, splenectomisé, Diminu/on portage et contagion -> Diminu/on des complica/ons - An/péristal/ques contre-indiqués ! - Mesures de prophylaxie classiques : - Hygiène de l’eau, de l’alimenta/on - Hygiène des mains Déclara6on obligatoire si TIAC ! III- E.Coli Épidémiologie Pathovars responsables de diarrhées sécrétoires - ETEC: E. coli entéro-toxinogène - EAEC : E. coli entéro-agréga/f TIAC et diarrhée du voyageur Pathovars responsables de diarrhées invasives : - EPEC: E. coli entéropathogènes : nourrisson Bacille Gram néga/f, oxydase -, Aéroanaérobie Genre Yersinia : Trois espèces pathogènes pour l’homme et les animaux : - Yersinia pes/s : peste - Yersinia pseudotuberculosis : adénite - Yersinia enterocoli/ca : Diarrhée infec/euse Culture sur gélose sélec/ve Clinique et traitement Incuba6on longue : 4-10jours + évolu/on lente (2-3 semaines) Syndrome gastro-entéri/que 18 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Évolu/on généralement spontanée et bénigne Manifesta/ons extra-diges/ves: - Arthrites réac/onnelles et pathologies dysimmunitaires (HLA B27) - Érythème noueux Traitement: - Si forme sévère et sujets à risques - Fluoroquinolones 7 jours (ou Doxy ou SXT) V- Campylobacter Épidémiologie 2e cause d’infec/ons diges/ves bactériennes en France Réservoir animal (oiseaux, volailles C.jejuni ; porc C.coli) Transmission orofécale mais surtout alimentaire via portage animal et insuffisance de cuisson : - Volailles+++ Pic en périodes es/vale et automnale Bactériologie Famille: Campylobacteraceae, Genre Campylobacter Trois espèces principales : - Campylobacter jejuni +++ - Campylobacter coli + - Campylobacter fetus - Examen direct +++ : - Bacille Gram néga9f incurvé - Mobilité en « vol de moue\e » - Culture : - gélose sélec9ve, - microaérophile, 41°C 19 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Clinique et traitement Incuba6on : 1-3jours Syndrome gastro-entéri/que Évolu/on généralement spontanée et bénigne Complica/on: Syndrome de Guillain Barré : rare,1/1 000. diagnos/c rétrospec/f par sérologie Campylobacter Traitement : - Si forme sévère et sujets à risques : Azithromycine 1 à 3 jours VI- Vibrio Cholerae Épidémiologie Choléra = maladie diarrhéique très contagieuse Maladie tropicale, endémique en Inde, épidémique en Afrique Réservoir = homme malade ou porteur sain ; Vibrions retrouvés dans eaux saumâtres des estuaires Grande tolérance au sel (eau de mer survie 50j) Transmission féco-orale via eau de boisson et aliments contaminés Souches épidémiques : - Sérovar O1 (biotype classique et El Tor) - Sérovar O139 Bactériologie Famille des Vibrionaceae, Genre Vibrio : - Bacille Gram néga6f incurvé - Aéroanaérobie, mobile Coproculture: ED+++: Bacille à Gram néga/f incurvés mobiles Culture : gélose sélec/ve Clinique et traitement Incuba6on courte : qq heures à 5 jours Syndrome cholériforme typique (1%) 20 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Formes bénignes + fréquentes : diarrhée banale Pronos6c : condi/onné par la prise en charge symptoma/que : réhydrata/on+++ risque de collapsus, voire choc et mort (1% sous pmt) Traitement : - Doxycycline DU - Vaccin an/ O1 pour personnel en zone d’épidémie Isolement et déclara6on obligatoire ! VII- Clostridium difficile Épidémiologie 1ere cause de diarrhées infec6euses nosocomiales et post an6bio6que Réservoir : environnement contaminé par les spores Transmission féco-orale et manuportée Portage très fréquent chez l’enfant 65 ans), ID, hospitalisa6on (Soins intensifs >7 jours), sonde nasogastrique, Infec6ons sous - jacentes sévères - Prise d’an9bio9ques : Durée, nombre, classe. (Péni A, C2/3G, Clinda, FQ) —> sélec6on de C. difficile Souches sécrétrices de toxines = pathogènes ! Famille des Clostridiaceae, Genre Clostridium : - Bacille Gram posi/f - Anaérobie stricte - Capable de sporuler (spore = forme de résistance) - Culture : gélose sélec/ve : colonies à bord irrégulier, odeurcaractéris6que de croun de cheval ! Les spores résistent à la SHA ! Lavage des mains au savon ! Clinique 10 à 25% des diarrhées simples post-an6bio6que (pendant le traitement, jusqu’à 4 à 6 semaines après). 10% des diarrhées associées aux soins 95% des colite pseudo-membraneuse : diarrhées liquides abondantes non sanglantes + douleurs abdo + fièvre +- déshydrata/on 21 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Complica/ons : mégacôlon toxique (dilata/on), perfora/on colique, choc sep/que,récidives 20% Diarrhée aiguë communautaire Diagnostic bactériologique Recherche spécifique : non réalisée dans les copro standard : demande spécifique ! Ag spécifique de C. difficile (Ag GDH) (présence de C. difficile dans les selles sans prédire le caractère toxinogène [méthode ou immunochromatographie, ELISA]) —> associé à la recherche des toxines A et B sur la selle (méthode ou immunochromatographie, ELISA] Gènes codant pour les toxines A et B par PCR Indica6on : - Diarrhée ou iléus sous an/biothérapie ou dans les 3 mois après une an/biothérapie - Diarrhée associée au soin survenant après le 3e jour d’hospitalisa/on - Diarrhée communautaire sévère ou sans cause retrouvée Traitement Arrêt de l’an6biothérapie en cause (si possible) Traitement spécifique : - Métronidazole (forme non sévères sans facteurs de risques de récidives), - Vancomycine (PO), - Fidaxomycine, - greffe fécale 22 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Partie 3 : Infections Sexuellement Transmissibles (IST) Item n°88 (ECN) : infec/ons génitales de la femme. Leucorrhées. Item n°89 (ECN) : infec/ons génitales de l’homme. Ecoulement urétral. Objec6fs Diagnos/quer et traiter une gonococcie, une chlamydiose, une syphilis précoce et tardive. Connaitre les stratégies de la préven6on et de dépistage des partenaires. A) Généralité sur les IST 1. Définition Maladies vénériennes Maladies sexuellement transmissibles Infec6ons sexuellement transmissibles : maladies infec6euses qui se transmepent entre partenaires au cours de différentes formes de rapports sexuels. La plupart de formes sont asymptoma6ques, d’où le changement de vocabulaire en faveur d’IST. Conséquences : - Fonc/onnelles (stérilité, hypofer/lité) - Vitales (SIDA, hépa/tes …) - Transmission materno-foetale 2. Problématique Les IST passent souvent inaperçues du fait de l’absence de symptômes en par/culier chez la femme. Cepe phase silencieuse entre/ent la transmission des pathogènes et favorise les complica6ons (ex. hypofer/lité). 23 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 3. Epidémiologie Dans le monde : 357 000 000 nouveaux cas d’IST curables (CT, NG, TV, Syphilis) par an (OMS- 2019) En France (voir schéma diapo suivante) : - 2001 : résurgence de la syphilis - 2003 : émergence de la lymphogranulomatose vénérienne (LGV) - Depuis : augmenta/on du nombre de cas déclarés de syphilis et de LGV - En // : les indicateurs des gonococcies con/nuent d’augmenter Lien étroit entre les IST et le VIH (pénétra/on facilitée du VIH) Popula/on touchée : hommes homosexuels (comportement à risque) (HSH) 24 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 4. Classification 5. Etiologies De nombreux pathogènes : 25 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 B) Etiologies bactériennes 1. Neisseria gonorrhoeae (gonocoque) a. Epidémiologie 26 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 b. Clinique Exclusivement humain contact direct Chez l’homme ♂ : Urétrite aiguë (gonorrhée, blennorragie, « chaude-pisse », « chtouille ») o 10-15% des urétrites o Symptoma/que (douleurs mic/onnelles, dysurie, écoulement purulent +++) o Incuba/on courte (2-5 j post-coït) Epididymite, ano-rec6te Portage pharyngé, rarement pharyngite réservoir Complica/ons : o Prosta/te, orchi-épididymite o Syndrome de Fiessinger-Leroy-Reiter o Gonoccoccie disséminée (polyarthrite, fièvre, signes cutanés) Chez la femme ♀ : Asymptoma/que le plus souvent (50% des cas) Cervicite (leucorrhées verdâtres, jaunes ou blanches) +/- urétrite Complica/ons : fréquentes o Salpingite Pyosalpinx, abcès tubo-ovarien Stérilité tubaire, GEU (grossesse extra utérine) Chez le nourrisson : Risque de conjonc/vite néonatale purulente Administra/on d’un collyre an/sep/que ou an/bio/que en préven/on c. Diagnostic bactériologique Bactérie fragile : prélèvements au laboratoire (écouvillon) - ♂ : Méat urinaire (goupe ma/nale) et urètre - ♀ : Urètre, endocol, orifices glandulaires - + si contexte : pharynx, anus, LA, biopsie cutanée, hémocultures … 1) Examen direct : a. Diplocoques Gram – en grain de café b. Souvent, intra-polynucléaires 2) Culture : bactérie exigeante a. Gélose chocolat sélec6ve (an/bio/ques sélec/fs) b. Aérobiose, CO2, 37°C, gardée 5 jours c. En 24h-48h : colonies grises, brillantes, pe/tes, à bords nets d. Aérobie strict, oxydase +, Glucose +, Maltose – (+ pour méningo) 27 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 3) PCR spécifique (PCR mul/plexe couplant NG et CT) 4) An/biogramme (gélose chocolat Polyvitex®, 37°C, CO2) : 2020 = tout en CMI a. CMI de la PG, AMX, Ce‰riaxone et Céfixime i. β-lactamase : 15% b. CMI ciprofloxacine i. Fluoroquinolone : 40% résistance d. Traitement Traitement de l’urétrite : « minute » : o Ceyriaxone : 500 mg IM (ou IV) dose unique o Cefixime : 400 mg PO dose unique (si refus voie injectable) o Spec/nomycine : 2 g IM dose unique (si allergie β-lactamines) o Ciprofloxacine : A PROSCRIRE en probabiliste Associer systéma/quement un traitement an6-Chlamydia Traiter systéma/quement le(s) partenaire(s) Faire le point à 7 j Traitement de la prosta/te et autres sites : Ce‰riaxone, 1g IV, 7 à 10j (la CMI doit être < 0,125 mg/L) 28 sur 54  UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 2. Chlamydia trachomatis a. Généralités A chaque pathologie, ses sérovars (sérotypes) : A, B, C Trachome (kérato-conjonc/vite courante dans les PVD) photo montre un entropion-trichiasis trachomateux D-K IST, infec/ons oculaires L1, L2, L3 Lymphogranulomatose vénérienne Agent des IST le plus fréquent Incuba/on : 10-15 j (3 à 60 j) Bactérie à développement intracellulaire obligatoire Hôtes des Chlamydia spp. : Hommes + animaux b. Clinique Le plus souvent asymptoma6que 29 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 c. Complications Diffusion loco-régionale 30 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 d. Qui dépister/diagnostiquer ? Dépistages dans les Centres gratuits d’informa/on, de dépistage et de diagnos/c (CeGIDD) Dépistage systéma6que de toutes les femmes sexuellement ac6ves de 15 à 25 ans, y compris femmes enceintes Homme avec facteurs de risque quel que soit âge Femmes avec facteurs de risque > 25 ans Femmes enceintes consultant pour une IVG Quel que soit l’âge si FR : o Mul/ partenariat : si > 1 partenaire dans l’année o Changement de partenaire récent o Partenaire(s) avec une autre IST diagnos/quée o ATCD IST o HSH o Pros/tu/on o Après un viol Bilan d’hypofer/lité Personne symptoma/que 31 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 e. Pourquoi dépister ? f. Epidémiologie récente Chiffres 2016-2018 (Santé publique France) La lymphogranulomatose vénérienne (LGV) Chlamydia trachoma9s sérovars L1, L2 et L3 = Maladie de Nicolas-Favre : anorec/te Ini/alement dans les pays tropicaux mais a émergé en France et en Europe : épidémie dans la communauté homosexuelle masculine (HSH). g. Diagnostic bactériologique - Prélèvement doit contenir des cellules (développement intracellulaire) - Diagnos/c é/ologique d’une IST et/ou des complica/ons - Dépistage des IST asymptoma/ques 32 sur 54  UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Chez la femme (HAS, juillet 2010 + oct 2018) Chez l’homme (HAS, juillet 2010) 33 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Test de biologie moléculaire avec amplifica/on par PCR : - Technique la plus sensible - Au CHRU de Brest h. Traitement - U/liser des ATB à diffusion intracellulaire - 1ère inten/on : Doxycycline : 200 mg/jours pendant 7 jours - Traitement des partenaires des 2 mois précédents 3. Mycoplasmes uro-génitaux (pas au programme de l’ECN) a. Généralités Bactéries dépourvues de paroi Espèces opportunistes : appar/ennent à la flore commensale des voies génitales Hôtes : Homme et animaux (hôte-spécifique) Espèces chez l’Homme : 34 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 - Mycoplasma genitalium - Mycoplasma hominis - Ureaplasma urealy9cum - … b. Clinique Femme : endométrite, salpingite, hypofer/lité, vaginose M. genitalium >> M. hominis > U. urealy9cum Femme enceinte : chorioamnio/te Nouveau-né : pneumopathies Homme : urétrites aiguës et chroniques ; rec/tes (HSH) M. genitalium >> U. urealy9cum c. Diagnostic Prélèvement : doit contenir des cellules (adhérence des mycoplasmes) + milieu de transport (bactérie fragile) o Urétral o Sperme o Cervico-vaginaux o Urines (1er jet) o Brossage tubaire o Liquides de ponc/on (ar/culaire, péritonéal, amnio/que, …) PCR : M. genitalium (non cul/vable) Culture (sur milieux spéciaux) : évalua/on quan/ta/ve o (M. hominis et U. urealy/cum sont des bactéries commensales) o Seuil : ≥ 104 UCC/mL (≥ 103 UCC/mL pour les urines) Traitement : cyclines ou fluoroquinolones ou macrolides d. Résistances Traitement : macrolides > cyclines, fluoroquinolones « highly S to macrolides (azithromycin), reduced S to tetracyclines and older fluoroquinolones » Résistance acquise : - macrolides (azithro : 17% en France ; par modifica/on de la cible ARN23S) - FQ (moxifloxacine : 6% en France; muta/ons parC et gyrA) 35 sur 54  UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 4. Treponema pallidum (syphilis) a. Le retour ! - Maladie strictement humaine - Agent infec/eux : spirochète Treponema pallidum subsp. pallidum Forme spiralée caractéris/que Bactérie fine, mobile, hélicoïdale « Tréponème pâle » Transmission vénérienne - Grande contagiosité - Polymorphisme clinique - Longue évolu/on avec complica/ons graves - Diagnos/c difficile - Transmission au fœtus par voie transplacentaire b. Stades cliniques Incuba/on : longue = 3 semaines (10j-60j) Syphilis primaire : Chancre indolore, unique, contour net, fond propre ADP indolore qui ne fistule pas 36 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Syphilis secondaire : dissémina/on systémique ; 6 semaines après le chancre Roséole (tronc ++) Plaques muqueuses et cutanées (syphilides) papuleuses (paumes ++, génitales à contagiosité +++) Syphilis latente : cliniquement mue{e Syphilis ter6aire : Lésions cardiovasculaires Apeintes neurologiques : neurosyphilis Apeintes cutanées (gommes), osseuses Syphilis congénitale : c. Clinique de la syphilis congénitale Mort fœtale ; Avortement Formes précoces : Signes cutanés Signes osseux 37 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Apeintes viscérales 5 ans : anomalies dentaires, surdité… Transmission : - 2e et 3e trimestre de grossesse : passage transplacentaire - Ou lors de l’accouchement à par/r d’un chancre maternel Dépistage par sérodiagnos6c (c.f. Diagnos/c biologique de la syphilis congénitale) d. Dépistage de la syphilis congénitale (HAS 2017) À réaliser lors du premier examen prénatal, idéalement lors du premier trimestre de la grossesse. NB : Il doit être renforcé chez les femmes à risque (celles ayant des rapports sexuels non protégés avec un nouveau partenaire après le premier dépistage ou celles dont le conjoint est dans cepe situa/on) par la réalisa/on d’un deuxième test au troisième trimestre, idéalement avant la 28ème semaine de grossesse. e. Diagnostic direct Prélèvement : des sérosités, à la curepe, avant ATBie - chancre (phase I) - syphilides (phase II) Examen direct : microscopie op/que - à fond noir mobilité et forme - à fluorescence - Colora/on de Vago, de Fontana-Tribondeau Bactérie non cul/vable PCR spécifique (neurosyphilis : LCR) f. Diagnostic indirect Mise en évidence des Ac induits pendant l’infec/on dans le sang ou le LCR Deux sérums prélevés à 15 jours d’intervalle sont nécessaires Pas de différencia/on avec les Ac générés par les autres tréponèmatoses (non vénériennes ; pian, bejel, pinta) et ceux dus à la syphilis 2 types de test pour la syphilis 38 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 1) Test tréponémique (TT) : détec/on des an/corps dirigés contre des an/gènes du tréponème. a. Basé sur des techniques d’agglu/na/on : TPHA, FTA, ELISA, EIA automa/sé 2) Test non tréponémique (TNT) : détec/on des an/corps dirigés contre des an/gènes cardio-lipidiques suivi quan/ta/f : u/le pour faire la différence entre cicatrice sérologique et syphilis ac/ve a. Test manuel : VDRL 1ère inten/on : TT par technique automa/que ELISA (IgG) Si TT+ : suivi itéra/f (3, 6 et 12 mois) par TNT avec /trage : Une néga/va/on, sinon une diminu/on du /tre de 4x des an/corps (Ac) du TNT confirme une guérison. Une augmenta/on par 4 du /tre des Ac du TNT permet de poser le diagnos/c d’une recontamina/on. g. Situations Deux types de réac/ons sérologiques sont pra/quées en fonc/on selon l’Ag u/lisé : TT et TNT Stratégie : 1° Test tréponémiques (TT) : ELISA qualita6f (avant TPHA) 2° Si TT+ TNonT : VDRL quan6ta6f VDRL (Veneral Disease Research Laboratory) : - An/gène cardiolipidique 39 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 - Test non spécifique (faux posi/fs avec MAI, grossesse, VIH...) - Posi/vité au 15e j après le chancre ; très sensible au traitement h. Diagnostic biologique de la syphilis congénitale Sérologie de la syphilis pra/quée avant le 3e mois de grossesse (examen prénatal obligatoire). Lors d’une syphilis maternelle, transfert passif des IgG à l’enfant. A la naissance, la mère et l’enfant ont une sérologie posi6ve. Rechercher des IgM spécifiques chez l’enfant (FTA-IgM, ELISA). Suivi quan6ta6f : o Baisse progressive du taux d’Ac chez l’enfant non contaminé (en 6-12 mois). o Si enfant contaminé, sérologie sta/onnaire ou en augmenta/on. i. Interprétation de la sérologie j. Traitement Syphilis précoce < 1 an Extencilline® (benzathine benzylpénicilline) 2.4 M UI, IM : 1 injec/on Si allergie : Doxycycline : 100 mg X 2/j pendant 14 j Syphilis tardive > 1an Extencilline® 2.4 M UI, IM : 1 injec/on/semaine pendant 28 j A{einte neurologique 40 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Pénicilline G : 20 M UI/j pendant 14 j 5. IST tropicales (pas au programme de l’ECN) Le chancre mou - Haemophilus ducreyi : pe/ts bacilles visibles au MGG - Chancre : ulcéra/on à bords très inflammatoires, à fond non induré, douloureux chez l’homme - Pays tropicaux et sub-tropicaux La donovanose - Klebsiella granuloma9s (Calymmatobacterium granuloma/s) - Granulome inguinal 2-3 mois après contage - Colora/on au Giemsa : corps de Donovan intracellulaires 6. Conclusion / take-home message Le nombre d’infec/ons à gonocoque con/nue d’augmenter ; La baisse de la sensibilité des souches de gonocoque aux an/bio/ques de première inten/on (céphalosporines à large spectre) nécessite de garder une apen/on soutenue ; Le nombre de dépistages et de diagnos/cs d’infec/ons urogénitales à Chlamydia con/nue d’augmenter ; La rela/ve stabilité du nombre de cas de syphilis récente et de lymphogranulomatose vénérienne (LGV) rectale nécessite d’être confirmée dans les années à venir ; Il persiste un niveau élevé de co-infec/ons VIH avec la LGV et la syphilis, et dans une moindre mesure avec la gonococcie. Partie 4 : Infections Urinaires (IU) Item UE6 n°157 : Infec/ons urinaires de l’adulte (dont les par/cularités au cours de la grossesse) I- Généralités 1- Épidémiologie Infec6ons très fréquentes : - 2e cause d’infec/ons bactériennes communautaires après les infec/ons respiratoires - 1ère cause d’infec/ons nosocomiales Incidence plus élevée chez la femme +++ - 1/3 des femmes a une IU au cours de leur vie - La fréquence augmente avec l’âge avec 2 pics : - Début d’ac/vité sexuelle - Après la ménopause Homme : augmenta/on de l’incidence après 50 ans (pathologie prosta/que) 41 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Rare chez l’enfant : malforma/on urinaire 2- Physiopathologie Facteurs favorisants : - Sexe féminin : urètre court - Modifica/on du microbiote vaginal - Ménopause - Grossesse - Ac/vité sexuelle - Manœuvres instrumentales (sondage, endoscopie) - Stase urinaire: uropathie obstruc/ve, médicaments - Diabète (glycosurie, trouble de la mic/on) voie ascendante+++ - Bactéries d’origine diges/ve dotées de capacité d’adhésion : entérobactéries voie hématogène (plus rare) (S.aureus) 3- Agents causals Infec6ons communautaires : - E. coli : 90% toutes formes d’IU confondues - S. saprophy/cus ~ 5% cys/tes simples (femme jeune) - Proteus ~ 5% des autres formes - Klebsiella, Enterobacter, Serra/a, Enterococcus An6biorésistance croissante préoccupante : - E.coli: - 40-50% de résistance à l’Amoxicilline (AMX) - 20-30% de résistance au Cotrimoxazole - 10-20% de résistance aux fluoroquinolones - 5% de résistance aux C3G (BLSE) → voir cours “bases thérapeu/ques” Infec6ons nosocomiales : diminu/on de la propor/on des IU à E. coli - E.coli: 50% - P. aeruginosa, K. pneumoniae : 7% - E. faecalis : 6%- Proteus mirabilis : 5% - S. aureus, E. cloacae... 42 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 4- définitions Cys6te : inflamma/on de la vessie Pyélonéphrite : infec/on des voies urinaires hautes Prosta6te : inflamma/on de la prostate Colonisa6on urinaire = Bactériurie asymptoma6que - Bactériurie sans manifesta/on clinique quelque soit la leucocyturie - Très fréquente chez le sujet âgé - = Situa/on ou l’ECBU ne doit pas être demandé SAUF : - Femme enceinte - Avant une interven/on sur les voies urinaires Leucocyturie asep6que = Leucocyturie sans bactériurie - E/ologies : IU décapitée par une an/biothérapie, Cys/te non bactérienne (tumeur,corps étranger dont lithiase, médicaments...), Vaginite, bactéries exigentes 5- Terminologie Infec6on urinaire simple : Jeune femme sans facteur de risque de complica/on Infec6on urinaire à risque de complica6on: - Pa/ent ayant au moins un facteur de risque pouvant rendre l’infec/on plusgrave et le traitement plus complexe Infec6ons urinaires graves : - Pyélonéphrites aiguës ou IU masculines avec signes de gravité : Eléments de gravité : - sepsis sévère (Quick SOFA > 2) - choc sep/que - indica/on de geste urologique (hors sondage simple) Cys6tes récidivantes : Au moins 4 épisodes pendant 12 mois consécu/fs 6- Signes cliniques Cys6te: Signes fonc/onnels urinaires (SFU): - Pollakiurie - Brûlures et douleurs à la mic/on - Mic/ons impérieuses - ± hématurie macroscopique (30% des cas, pas un signe de gravité) Pas de fièvre ni frisson, ni lombalgie Pyélonéphrite aigüe (PNA): 43 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 Lombalgie fébrile : - Fièvre, frissons - Douleur abdo et/ou lombaire - ± Signes diges/fs (peuvent être au 1e plan) - ± SFU (présent dans 1⁄2 des cas, souvent discrets, quelques jours avant) IU masculines / prosta6te aigüe : - Fièvre + SFU (Forme typique) - Douleurs pelviennes indépendantes des mic/ons - Douleur de la prostate au toucher rectal Toujours classé « à risque de complica/on » (anomalies sous-jacentes fréquentes) la prostate est considérée comme infectée Toute fièvre inexpliquée chez l’homme doit faire rechercher une IU II- Diagnostic bactériologique Principes généraux BU + ECBU = examens diagnos6c clés ! 1- Bandelette urinaire Indica6ons : - Cys6te aiguë simple : se suffit à elle même - Très bonne valeur prédic6ve néga6ve (>95%) - En l’absence d’immunodépression grave : BU néga/ve = Absence d’IU Autres situa6ons : Aide au diagnos6c - Femme : Bonne VPN : BU- : évoquer un autre diagnos/c - Homme : Bonne valeur prédic6ve posi6ve (>90%) —> BU + : En faveur IU mais BU – ne permet pas d’éliminer une IU - Si BU+ : ECBU systéma6que Non indiqués : - Pa/ents sondés (leucocyturie fréquente sans IU) - Nourrissons Pureté -> Quan/fica/on -> Orienta/on de l’espèce Substrats chromogéniques spécifiques de l'ac6vité enzyma6que recherchée : béta-glucuronidase (b GUR) et produc/on d’indole pour E. coli : Rose tryptophane désaminase (TDA) pour Proteus sp: Jaune-Marron béta-glucosidase (b GLU) pour Enterococcus sp et KESC: Bleu - ± autres géloses (Géloses au sang...) - Quan6fica6on : 10μL ensemencé —> 1 colonie = 10^2 UFC/mL - Iden6fica6on (spectrométrie de masse) + an6biogramme pour toute bactérie isolée suspectée d’être à l’origine de l’IU Interpréta6on : Chez un pa6ent symptoma6que - Seuil de leucocyturie significa6f ≥ 10^4 UFC/ml sauf sonde, neutropénie, nourrisson 1/mois Pyélonéphrite - An6biothérapie probabiliste dès l’ECBU prélevé puis adaptée (dès que l’an/biogramme est disponible) Spectre le plus étroit possible, Ordre de choix selon l’impact écologique : dans les reco ! - Bonne diffusion dans le parenchyme rénal Pyélonéphrite aiguë simple et à risque de complica6on : - C3G parentérale ou Fluoroquinolones per os - Contre indica/on des FQ : traitement par FQ ≤ 6 mois Pyélonéphrite aiguë grave - C3G parentérale + amikacine ou carbapenem + amikacine - En fonc/on de la gravité et des antécédents du pa/ent 3- IU masculines = à risque de complications IU masculine - Idem PNA à risque de complica/on ou PNA grave selon clinique - Relai dès que l’an/biogramme est disponible mais avec ATB à bonne diffusion prosta/que - Fluoroquinolones = molécules de référence - Sulfaméthoxazole – triméthoprime : alterna/ve 48 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 IV- Enfant - Grossesse 1- IU de l’enfant BU en dépistage: - Sauf si 3 ans : o Céfixime per os, ou Sulfaméthoxazole – triméthoprime ou amoxicilline + acide clav PNA : o C3G parentérale + amikacine si < 3 moins 2- IU de la femme enceinte Dis/nguer la colonisa/on urinaire de l’infec/on urinaire Colonisa6on urinaire gravidique = bactériurie asymptoma6que : - Bactériurie ≥105 UFC/ml quelque soit la leucocyturie - Dépistage mensuel dès 4e mois de grossesse : BU ± ECBU- Traitement car risque élevé d’évolu/on vers PNA - An/biothérapie d’emblée adaptée à l’ATBg. Cys6te gravidique : - Diagnos/c et pt : idem cys/te à risque de complica/on PNA gravidique : - Hospitalisa6on - T{ : ± Idem PNA à risque de complica6on ou PNA grave (fonc/on de la clinique) Différence : FQ contre indiqué Dans tous les cas: ECBU de Contrôle 49 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 50 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 51 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 52 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 53 sur 54 UE 20 Agents Infec/eux Bactériologie 13/10/2023 IU de la femme enceinte Pyélonéphrite aiguë gravidique : - ECBU en urgence, + écho des voies urinaires - Hospitalisa/on - Traitement probabiliste : - C3G - Sauf si signes de gravité ET antécédent de BLSE ou choc et FDR de BLSE : carbapenem + amikacine Relai adapté à l’an/biogramme à 48h Durée 10-14 jours Contrôle 8-10 jours après arrêt du traitement Surveillance foetale 54 sur 54