Cours Protéines 3 .pptx

assification des acides aminés 2 - D, E 5 chargés (sur la chaîne laterales) 2 0 15 non chargés 3 +K, R, H 5 polaires non chargés N, Q S, T, C 7 Apolaires aliphatiques G, A, V, L, I, M, P F, Y, 3 aromatiques W Rappel sur Equilibres d’ionisation Etat de charge d’une protéine assificati...

assification des acides aminés 2 - D, E 5 chargés (sur la chaîne laterales) 2 0 15 non chargés 3 +K, R, H 5 polaires non chargés N, Q S, T, C 7 Apolaires aliphatiques G, A, V, L, I, M, P F, Y, 3 aromatiques W Rappel sur Equilibres d’ionisation Etat de charge d’une protéine assification des acides aminés 2 - D, E 5 chargés (sur la chaîne laterales) 2 0 15 non chargés 3 +K, R, H 5 polaires non chargés N, Q S, T, C 7 Apolaires aliphatiques G, A, V, L, I, M, P F, Y, 3 aromatiques W 3 aromatiques Phenylalanine F Tyrosine, Y Tryptophane W Propriétés optiques : Spectre d’absorption d’une protéine en UV Propriétés optiques : Fluorescence • • Fluorescein Le tryptophane est fluorescent La fluorescence est très sensible à l’environnement des tryptophanes reen Fluorescent Protein (GFP) : un outil en biologie cellulaire Deux cystéines peuvent former un ponts disulfure Dans une protéine : c’est la structure tertiaire qui impose que la cystéine x soit liée avec la cystéine y, proche dans la structure plutôt qu’avec la cystéine z. Ponts disulfures 1. Toutes les protéines n’ont pas de pont S-S, même si elles ont des cystéines 2. Les protéines qui restent dans le cytosol n’ont en général pas de ponts S-S. Les protéines secrétées peuvent en comporter, mais pas systématiquement 3. Lorsqu’une protéine comporte des ponts disulfures, ils sont en général important pour sa stabilité 4. On peut utiliser des réducteurs pour réduire les ponts disulfures (déplacer l’équilibre dans le sens R-S-S-R -> R-SH +R-SH). On les utilise aussi pour conserver les protéines et éviter la formation de Ponts SS illégitimes 5. Deux réducteurs classiques sont le b-Mercaptoethanol (b-Me) ou le Dithiothréitol (DTT) Attention: ne pas confondre réducteur et dénaturant (b-Me) DTT Interactions non covalentes Forces de van der Waals Interactions électrostatiques  Entre charges L’energie potentielle de l’interaction dépends - Du signe des charges De leur distance De la constante diélectrique du « milieu environnant »  Entre Dipoles Liaisons hydrogène et molécules d’eau L’eau est une molécule comportant des liaisons polaires Chaque molécule d’eau donne et accepte des liaisons Hydrogène L’eau est un excellent solvant des solutés polaires (et chargés) Polaire (Chargé)=> Hydrophile Effet (ou « interaction ») hydrophobe Modélisation des structures on connait la physique des interactions non covalentes, mais peut on modéliser la structure d’une protéine ? Ses mouvements ?ses interactions ? - pour prédire quelles pourraient être les conséquences d’une mutation ponctuelle sur la stabilité d’une protéine ou ses interactions - pour prédire quelles autres molécules pourraient se fixer sur le site actif (drug design) - pour calculer la structure tertiaire en ne connaissant que la séquence (structure prédiction) - pour calculer quelle séquence il faudrait pour conduire à une structure donnée (protein design) Problemes à résoudre - La stabilité d’une protéine est la différence d’énergie entre l’état replié et l’état dénaturé - Chaque calcul d’énergie d’une conformation implique un grand nombre d’interactions favorables et défavorables - Essentiel de prendre en compte, la flexibilité de la chaîne polypeptidique - Essentiel de prendre en compte l’entropie de l’état dénaturé, le rôle du solvant - Structure prediction: le nombre de conformations possibles pour une longue chaîne est très grand - Protein design : Le nombre de séquences possible est très grand https://scienceetonnante.com/2020/12/09/le-repliement-desproteines/ https://deepmind.com/blog/article/AlphaFold-Using-AI-for-scientific- discovery tps://www.youtube.com/watch?v=nGVFbPKrRWQ