Cours de Microbiologie Agroalimentaire (PDF)

République Algérienne Démocratique et Populaire Ministère de l’Enseignement Supérieur et de laRecherche Scientifique UNIVERSITE MOUSTAFA BEN BOULAID-BATNA 2- FACULTE DES SCIENCES DE LA NATURE ET DE LA VIE DEPARTEMENT DE MICROBIOLOGIE ET DE BIOCHIMIE M...

République Algérienne Démocratique et Populaire Ministère de l’Enseignement Supérieur et de laRecherche Scientifique UNIVERSITE MOUSTAFA BEN BOULAID-BATNA 2- FACULTE DES SCIENCES DE LA NATURE ET DE LA VIE DEPARTEMENT DE MICROBIOLOGIE ET DE BIOCHIMIE Microbiologie agroalimentaire Présenté par: Dr. KERBAB Souhila Le module est centré sur le rôle des microorganismes dans les aliments et la microbiologie des principaux produits alimentaires.  Programme du module: I. Rôle et action des microorganismes dans les aliments.  Généralités.  Modifications microbiennes des aliments.  Incidences sanitaires de la présence de microorganismes. II. Microbiologie des principaux produits alimentaires  Microbiologie de l’eau.  Microbiologie du lait.  Microbiologie des laits fermentés et des fromages.  Microbiologie du beurre et des matières grasses.  Microbiologie de la viande et des produits carnés.  Microbiologie des poissons et des produits aquatiques.  Microbiologie des boissons.  Microbiologie des produits végétaux.  Microbiologie des conserves. I. Rôle et action des microorganismes dans les aliments. 1/ Généralités  1.1 Origine et nature de la flore microbienne des aliments La présence de microorganismes dans les aliments n’ayant pas subi de traitement antimicrobien est tout à fait normal. La matière alimentaire brute contient des microorganismes, la charge microbienne pouvant être relativement élevé, de l’ordre de 102 à 106 /g.  La matière alimentaire brute est d’origine végétale ou animale et la flore qui lui est associée est donc respectivement celle naturellement présente sur les plantes et les animaux.  La flore originelle est constituée la plupart du temps de MO commensaux saprophytes; cependant on peut y rencontrer des germes effectivement ou potentiellement pathogènes (plantes ou animaux malades ou porteur sains). Les aliments sont confrontés à différents sources de contaminations microbiennes. Par exemples, les végétaux sont contaminés par l’air, le sol, l’eau, les engrais, etc.  Les manipulations et les traitements technologiques sont également impliqués (contamination de contact ou contamination indirectes). 1.1.1 Flore issue des animaux et des végétaux  On peut distinguer la flore normale, rencontrée chez les sujets sains (flore commensale) et la flore pathogène rencontrée chez les sujets malades.  Les flores commensales des animaux et des végétaux sont de type sensiblement différent. Cependant, la flore de surface peut présenter des similitudes car elle provient de contamination de l’environnement : air, eau, sol, etc.  La flore pathogène est totalement différente: la flore végétale a un métabolisme plutôt orienté vers les glucides, alors que celle des animaux l’est vers les protéines.  Les végétaux ont une flore microbienne riche en levures (Sacchromyces, Candida, etc) et en moisissures (Mucor, Rhizopus, Fusarium, Aspergillus, Penicillium, etc.).  Les bactéries qu’ils contiennent appartiennent essentiellement au groupe des bacilles Gram – (Pseudomonas, Acetobacter, Enterobacter, etc.) et à celui des bacilles Gram+ asporulés (Corynebacterium, Lactobacillus, Streptococcus, etc.)  Les animaux possèdent différents types de flores commensales. Les plus importantes sont la flore de surface (microcoques, corynebactéries, Listeria, bactéries sporulées aérobies, etc.) et la flore intestinale (coliformes, entérocoques, les bactéries lactiques comme Bifidobacterium, Lactobacillus, etc.). L’intestin de l’homme ou des animaux contient jusqu’à 1011 germes/g. Les voies respiratoires et génitales et la mamelle contiennent aussi une flore abondante (bactérie lactiques).  Les flores phytopathogènes sont souvent de type fongique, mais quelques genres bactériens jouent un rôle important (Pseudomonas, Erwinia, etc.). La flore pathogène des animaux est composée de bactéries (Mycobacterium, Listeria, Staphylococcus aureus etc.).  1.1.2 Contamination par les manipulateur  Les flores commensales et pathogènes de l’homme sont proches de celles des animaux. La contamination peut provenir aussi bien de personnes saines que malades ou guéries (porteurs sains). L a peau en général, les cheveux sont très riches en MO (102 à 104 germes/cm2 pour la peau).  Les contaminations par manipulation sont d’abord des contaminations de contact, essentiellement au niveau des mains. Les germes incriminés sont surtout Staphylococcus, Streptococcus, etc. qui sont véhiculés par une peau saines ou par des plaies ou abcès.  Le manque d’hygiène peut entrainer la présence sur la peau de bactéries intestinales (contamination fécale: Salmonella) et contamination par aérosols (toux, éternuement et même la respiration ) peuvent avoir lieu: germes d’angines, de sinusites, aussi bien bactéries (streptocoques, staphylocoques, etc.) que viraux.  1.1.3. Contaminations par l’environnement  L'air et surtout l’environnement sont riches en microorganismes.  L’air contient des poussières chargées de spores et conidies fongiques, de spores bactériennes non sporulées (microcoques). Le sol et en particulier la terre végétale contiennent un très grand nombre d’espèces microbiennes de types très divers (Bacillus, Clostridium, Streptomyces, Aspergillus, etc.).  L’eau douce et l’eau salée contiennent un nombre variable de M.O en fonction de l’intensité de la pollution. Leur flore naturelle est constituée de bactéries aérobies Gram – dont des Pseudomonas, Vibrio, Aeromonas, Zooglea, etc. L’eau et utiliser abondamment dans l'industrie alimentaire cette eau peut contenir des micro-organismes varié et être à l’ origine de contamination.  Les micro-organismes rencontrer dans l'eau en plus de la flore hydrique normale peuvent avoir des origines diverses sol (Streptomyces, Bacillus, etc.), matières fécales (Entérobactéries, Streptocoques, etc.), plantes (spores et conidies fongiques), animaux etc. L’eau peut être le vecteur de micro-organismes pathogènes : Salmonella, Shigella, Yersinia, Vibrio. 1.1.4 Contaminations industriels Le matériel industriel est une source De contamination en particulier les surfaces poreuses (Plan de travail) , Les outils et machines, Les tissus (torchons, etc.) De même que le sol et les murs. Lors De la préparation de produits A partir de matière diverses certaines de celles-ci constitue un apport privilégié de micro- organismes : certains trouvent dans le mélange réalisé des conditions favorables qu'ils ne rencontraient pas auparavant.  Les conditions de fabrication vont également sélectionner diverses catégories de microorganismes : thermophiles, thermorésistants, psychrophiles, acidophiles, etc. Les conditions de stockage et de la conservation influent par Les conditions physico-chimique et parla possibilité de contamination nouvelles.  1.2 Activité des microorganismes Le développement d'un microorganisme va affecter la qualité intrinsèque de l’aliment et donc sa valeur commerciale. Les modifications ne sont pas toujours néfastes, elles ne sont pas nécessairement dangereuses pour la santé du consommateur.  Le nombre de microorganismes dans un aliment ne peut pas être considéré obligatoirement comme un indice de mauvaise qualité sanitaire. Un développement abondant a parfois des conséquences intéressantes.  Certains microorganismes sont utiles et même indispensables: ils participent à l’élaboration ou à la transformation de l’aliment, assurent le développement de qualité organoleptiques particulières ou participent à la conservation et favorisent la qualité hygiénique en empêchant le développement de germes dangereux.  D’autres germes sont néfastes pour la qualité propre de l’aliment au niveau de la fabrication ou de la conservation. Ce sont des germes de contamination qui peuvent poser de graves problèmes dans l’industrie. Les germes utiles, levures et bactéries lactiques essentiellement, mais aussi bactéries acétiques, propioniques et certaines moisissures, sont très rarement impliqués dans des accidents sanitaires.  Les germes banaux, ne participant pas aux fermentations utiles, peuvent avoir des actions néfastes variées qui affectent la valeur alimentaire et commerciale des produits (modifications de texture et d’aspect, altération de la valeur alimentaire, altération des qualités organoleptiques).  Ces germes peuvent aussi dans certaines conditions se révéler dangereux pour la santé en étant responsables d’intoxications dues à la formation de substances toxiques ou même d’infections ou toxi-infections intestinales bénignes.  Certains microorganismes sont très dangereux du point de vue sanitaire et peuvent causer des troubles graves chez le consommateur: ces germes strictement pathogènes sont dangereux même en faible quantité.