Virus à Tropisme Respiratoire PDF

Pr Jacques IZOPET Virologie - n°6 Gorli Lilou 22/01/2025 - 9-10h Ronéo n°3 Mazeau Thaïs VIRUS À TROPISME RESPIRATOIRE VRS : virus respiratoire syncytial...

Pr Jacques IZOPET Virologie - n°6 Gorli Lilou 22/01/2025 - 9-10h Ronéo n°3 Mazeau Thaïs VIRUS À TROPISME RESPIRATOIRE VRS : virus respiratoire syncytial HSV : herpes simplex virus EBV : virus d'Epstein-Barr ADV : adénovirus IFN : interféron I.​ Généralités Les virus à tropisme respiratoire sont des infections très fréquentes en hiver. Chaque saison, on retrouve le même cortège de virus. Ce sont les épidémies saisonnières. La transmission s'effectue principalement par voie aérienne, via les gouttelettes de salive expulsées lors de la parole, de la toux ou des éternuements. C'est pourquoi les mesures de prévention mettent l'accent sur l'importance des gestes barrières et sur l'aération régulière des espaces clos. Bien qu'enveloppés, les virus peuvent persister quelques heures sur des surfaces telles que les vêtements ou les mains, ce qui peut favoriser la transmission et provoquer des infections. 1)​ Pouvoir pathogène Le pouvoir pathogène de ces infections respiratoires est important aux âges extrêmes de la vie. On retrouve donc des formes sévères chez les nourrissons, chez les sujets âgés, mais aussi chez les personnes immunodéprimés. Ces virus provoquent des infections des voies respiratoires supérieures ou inférieures. Les infections des voies respiratoires inférieures, qui sont les formes les plus graves, peuvent entraîner des bronchites ou des pneumonies. On retrouve une atteinte des cellules cylindriques ciliées de la muqueuse respiratoire et/ou des cellules épithéliales alvéolaires. Ce sont les cellules cibles. Sur le plan physiopathologique, les manifestations cliniques sont initialement liées à la réplication du virus, souvent à un stade précoce de l'infection. Par la suite, ce sont principalement les mécanismes immunologiques qui contribuent à l'expression du pouvoir pathogène. On peut citer le cas de l’infection par le VRS : les IgE spécifiques jouent un rôle important par mécanisme indirect dans les manifestations des bronchiolites. 2)​ Tropisme Certains virus possèdent un tropisme quasi-exclusif pour les muqueuses respiratoires : -​ Influenza (virus de la grippe), -​ Le virus respiratoire syncytial (VRS), Page 1 sur 13  -​ Le métapneumovirus (moins fréquent mais également responsable de bronchiolites), -​ Les virus parainfluenza, -​ Les rhinovirus, -​ Les adénovirus (ADV), -​ Les coronavirus (incluant différentes catégories, notamment le SARS-CoV-2). Certains virus présentent un tropisme plus large, pouvant affecter l’ensemble de l’arbre respiratoire. Ils provoquent également des manifestations respiratoires générales en raison de leur tropisme extra-pulmonaire : -​ Virus de la rougeole -​ Enterovirus -​ Herpesviridae 3)​ Voies aériennes supérieures Syndromes Étiologies fréquentes Autres étiologies virales Rhinite Rhinovirus, Coronavirus VRS, PIV, adénovirus Rhino-pharyngite ADV, influenzavirus Coronavirus Pharyngite HSV, EBV, entérovirus HIV Laryngite Parainfluenzavirus 1 et 2 VRS, adénovirus, virus de la Trachéite Influenza virus rougeole, coronavirus Bronchite 4)​ Voies aériennes inférieures Syndromes Étiologies fréquentes Autres étiologies Bronchiolite VRS, parainfluenzavirus 3 Métapneumovirus Pneumopathie Influenzavirus Parainfluenza virus, Rhinovirus, Adénovirus Métapneumovirus, virus de la VRS Rougeole, VZV, CMV, SARS-CoV-2 Coronavirus, Hantavirus Grippe Influenzavirus Quelques précisions : Pour le VRS, il y a des moyens préventifs et thérapeutiques : -​ Un vaccin : nouvellement proposé, utilisé pour les femmes enceintes -​ Les anticorps monoclonaux : proposés chez les enfants de moins de 6 mois et pour les enfants immunodéprimés afin de les protéger contre la bronchiolite. Page 2 sur 11  II.​ Diagnostic Il repose sur des circonstances cliniques et épidémiologiques à l’aide de la symptomatologie (atteinte haute ou basse) et du caractère hivernal (Hiver : grippe ; etc) et épidémique des virus. Le diagnostic repose sur les circonstances cliniques et épidémiologiques, en tenant compte de la symptomatologie (atteinte des voies respiratoires hautes ou basses), ainsi que du caractère saisonnier (par exemple, grippe en hiver) et épidémique des virus. Actuellement, on est en pleine épidémie de grippe. On sait que quelqu’un qui a des manifestations respiratoires aux urgences est plus susceptible d’être atteint de la grippe que du SARS-CoV-2. Les examens virologiques ne sont pas systématiques, mais ils sont principalement réalisés pour les personnes à risque de formes graves, telles que les nourrissons, les personnes âgées et les patients hospitalisés. L’examen permet un diagnostic de certitude, facilitant la mise en œuvre d’un traitement spécifique adapté au virus. Le diagnostic de certitude repose principalement sur le diagnostic direct. -​ Moyen de détection : ​ De tests rapides : tests antigéniques par immunofluorescence ou immuno-chromatographie (utilisé pour détecter les nouveaux variants) ​ De tests moléculaires : ce sont les plus utilisés en raison de leur bonne capacité diagnostique. Ils détectent les génomes viraux de manière individuelle par PCR ou plusieurs virus simultanément via des systèmes multiplex. -​ Lieu de prélèvements : ​ Recueil des sécrétions nasales par aspiration ou écouvillonnage (réalisé le plus souvent) ​ Recueil de liquide broncho-alvéolaire (LBA) III.​ SARS-CoV-2 1)​ Généralités Il s’agit d’un virus enveloppé (ARN à polarité positive) qui se multiplie dans le cytoplasme. Il possède des homologies de séquences de : -​ 98% d’identité nucléotidique avec le virus bat RaTG13, qui est un coronavirus de chauve-souris. -​ 79% d’identité nucléotidique avec le virus SARS-CoV, , qui, bien qu'étant beaucoup moins infectieux que le SARS-CoV-2, a été responsable d'une épidémie assez sévère en 2002. Page 3 sur 11 7 coronavirus peuvent infecter l’homme : -​ 4 infectant le tractus respiratoire supérieur : HKU1 - OC43 - NL63 - 229E (ne pas retenir les noms des virus). Ils sont responsables de rhinopharyngites, rhume. -​ 3 pouvant se répliquer dans le tractus respiratoire inférieur (à retenir) et conduire à des Pneumopathies : ​ SARS-CoV : Il a provoqué une épidémie en 2002-2003. L'hôte intermédiaire était la civette. Aujourd’hui ce virus à disparu. Il possédait une mortalité de 10%. ​ MERS-CoV : Il est apparu en 2012. Son hôte intermédiaire est le dromadaire. On retrouve une infection localisée au moyen orient et il possède une mortalité de 37%. ​ SARS-CoV-2 : Il est apparu en 2019. L'hôte intermédiaire pourrait être le pangolin. Aujourd’hui, il possède une mortalité de 1%. 2)​ Génome du SARS-CoV-2 Le prof n’a pas détaillé précisément le génome mais il faut retenir que : Le gène S code pour la protéine de surface du virus, appelée la protéine spike. Cette protéine est une cible antigénique majeure.Des vaccins ont été développés contre cette protéine afin de générer des anticorps neutralisants protecteurs contre le SARS-CoV-2. Ils ne sont cependant plus utilisés depuis que le virus a muté. 3)​ Cycle de réplication La structure permettant l’entrée du virus dans les cellules cibles est le récepteur ACE2. Celui-ci reconnaît la protéine spike, il s'y attache, puis une endocytose se produit. La protéine TMPRSS2 intervient également, car elle possède une activité protéase impliquée dans les mécanismes initiaux permettant l’infection des cellules cibles. Page 4 sur 11 Enfin, le virus se multiplie grâce à la machinerie cellulaire, ce qui entraîne la production d'autres particules virales. 4)​ Physiopathologie Il est maintenant important de savoir à quel stade d’infection on se trouve : On distingue deux phases : ​ La phase d'invasion virale (précoce) : Une des particularités du SARS-CoV-2 est qu'il peut provoquer, chez des personnes sans facteurs de risque apparents, des anomalies de la réponse immunitaire innée, notamment dans la voie de l'interféron, ce qui entraîne une mortalité élevée. ​ La phase immunopathologique (tardive) : les lésions sont liées aux défenses de l'organisme, contribuant aux formes plus sévères de la maladie, notamment à cause d'un fort syndrome inflammatoire. Cela se traduit par un orage cytokinique (IL6, IL1, IL8, TNFa). Lors de cette phase, on observe également une atteinte des cellules endothéliales, conduisant à des endothélites et des thromboses, ce qui peut conduire au décès des patients. L’ensemble de ces deux phases conduit aux manifestations sévères du covid. 5)​ Marqueurs viraux Le schéma revient sur cette notion de stade. Il y a d'abord une phase liée à la réplication importante du virus : la période d'incubation. C'est durant cette phase que les anticorps monoclonaux et les traitements antiviraux sont importants. Ensuite, dans les phases suivantes, les manifestations cliniques sont davantage liées à des perturbations du système immunitaire, ce qui évoque une approche immunomodulatrice. Le prof Page 5 sur 11 précise d’ailleurs qu’à ce moment-là, le traitement par glucocorticoïde peut être très efficace contre le Covid. 6)​ Traitements et préventions Pour les formes sévères : l’oxygénothérapie et les corticoïdes jouent un rôle majeur dans le traitement. Pour les formes modérées : à un stade précoce, on retrouve les anticorps monoclonaux dirigés contre Spike. Il existe différents types de vaccins anti-Spike : les vaccins à ARN (les plus utilisés mondialement) et les vaccins à Adénovirus. La prophylaxie pré- et post-exposition aux anticorps monoclonaux est aussi une approche intéressante, mais elle s’est heurté à une grande difficulté face à l'évolution permanente du virus. La protéine spike ayant subi des modifications, les anticorps susceptibles de la neutraliser n’agissent plus sur les variants suivants. Il existe actuellement des recherches sur des épitopes non localisés sur la protéine spike, qui pourraient contribuer à améliorer la durabilité des anticorps. IV.​ Virus influenza C’est le virus de la grippe. Il sera revu en détail dans le cours de la semaine prochaine. 1)​ Généralités Il se caractérise lui aussi par une variabilité génétique importante, et chaque année il est nécessaire d’adapter le vaccin en fonction de l’évolution du virus. Parfois, il est à l'origine de pandémies, car le vaccin n'est pas suffisamment efficace et le virus se propage à l'échelle globale. 2)​ Structure À sa surface, on retrouve deux types de structures : hémagglutinine et neuraminidase. Elles constituent la carte d’identité génétique du virus : selon les variations, différents variants de l'influenza peuvent apparaître. Elles peuvent être identifiées par séroneutralisation ou séquençage nucléotidique. Actuellement, le risque majeur est l’émergence du virus aviaire H5N1, car on estime qu'il est en train de s’adapter aux mammifères. En effet, ce virus avait un tropisme pour le tissu pulmonaire des oiseaux, mais des cas ont été retrouvés aux États-Unis chez les bovins. Si le virus s'adapte aux mammifères, il existe un risque qu’il s’adapte également à l’Homme. Si cela se produisait, il pourrait alors se transmettre entre humains. Page 6 sur 11  3)​ Les antiviraux : Certains médicaments permettent de bloquer la réplication des virus. Bien qu'ils soient efficaces, leur positionnement n’est pas clairement établi, car il existe un risque majeur de développement de résistances. Par exemple, le virus H1N1, responsable de la 4e pandémie en 2009, a montré des résistances à l’oseltamivir. Actuellement, 1% des souches possèdent également des mutations à cet antiviral. Il faut donc utiliser ces médicaments de manière adéquate. V.​ Paramyxoviridae Il existe 2 sous familles et 5 genres (ne pas apprendre par coeur) : ​ Pneumovirinae : ○​ Pneumovirus : VRS. Agent pathogène de la bronchiolite. ○​ Métapneumovirus humain : Agent pathogène de la bronchiolite. ​ Paramyxoviridae : ○​ Respirovirus : Agent pathogène de la parainfluenzae 1 et 3 ○​ Rubulavirus : Agent pathogène des Oreillons, et de la parainfluenzae 2 et 4 ○​ Morbillivirus : Agent pathogène de la rougeole 1)​ Le VRS a.​ Caractéristiques C’est un virus de grande taille, mesurant entre 100 et 300 nm. Il possède une nucléocapside hélicoïdale et, surtout, il s'agit d'un virus enveloppé. b.​ Epidémiologie Ce virus est responsable d’épidémies hivernales avec un pic de contamination en décembre ou janvier. Il précède souvent la grippe. Donc en fait chaque année il y a le même cycle : -​ Septembre - octobre : rhinovirus -​ Novembre : bronchiolite -​ Décembre - Janvier : grippe Pendant la pandémie de COVID-19, tout ce cycle a été interrompu, et en 2021, il n’y a eu aucun cas de grippe, selon le professeur. C’est un véritable problème chez les nourrissons, car il est très fréquent et contagieux. En effet, 95 % des enfants sont immunisés à 5 ans, ce qui signifie qu’ils ont déjà été exposés à ce virus. Page 7 sur 11  En général, en cas de réinfection chez les adultes, cela reste asymptomatique, sauf chez les sujets âgés, où cela peut entraîner des pneumopathies. La transmission peut se faire de manière directe par les sécrétions respiratoires et de manière indirecte par les mains. c.​ Bronchiolite du nourrisson Chez le nourrisson, il peut être responsable d’une bronchiolite, appelée broncho-pneumonie aiguë, qui peut parfois conduire à une détresse respiratoire. On estime que 2 % des enfants doivent être hospitalisés pour cette condition. Il existe des facteurs favorisant l’infection : les enfants atteints de pathologie cardiaque congénitale ou de mucoviscidose. d.​ Clinique On retrouve des manifestations non respiratoires : ​ Otite moyenne ​ Myocardite ​ Arythmie ​ Sécrétion inappropriée de l’hormone ​ Anti-diurétique Le prof n’a rien cité mais c’est sur la diapo, donc je met :) Il y a aussi un retentissement à long terme (allergies, asthmes et anomalies fonctionnelles respiratoires). D’où l’importance d’avoir des moyens de lutte spécifique : le vaccin et les anticorps monoclonaux. 2)​ Métapneumovirus Il est responsable de 6% des infections respiratoires graves mais très peu de tests PCR permettent de le détecter. Il possède un temps d’incubation de 3 à 5 jours. Il est responsable de bronchiolites ou d’infections respiratoires hautes et peut être associé à de l’asthme. Page 8 sur 11 VI.​ Le virus de la rougeole 1)​ Généralités Il s’agit d’une maladie éruptive virale du genre Morbillivirus. Elle est redoutable par ses complications neurologiques et pulmonaires. Malgré la grande politique d’éradication de ce virus, on a encore enregistré 80 000 décès. L’OMS aurait pensé évoluer vers une éradication dans les pays industrialisés. Or, dans les pays d’Europe, on retrouve toujours des cas de rougeole. 2)​ Caractéristiques C’est un virus à ARN de polarité négative, mesurant 200 nm et doté d’une nucléocapside hélicoïdale. Il présente également des spicules ayant une activité hémagglutinine, capables d’agglutiner les globules rouges. Ce virus ne possède qu’un seul sérotype, ce qui le rend relativement stable. Cependant, il est très fragile en milieu extérieur, rendant la transmission de la rougeole dépendante d’un contact direct et d’une proximité étroite. 3)​ Génome Il existe différents gènes qui codent pour différentes protéines, et un suivi de surveillance génétique du virus a montré que le taux de substitutions est de 1,8 par an. Le professeur n’a pas davantage détaillé volontairement cette partie 4)​ Epidémiologie Comme on vient de le voir, l’OMS espère obtenir une éradication de ce virus car son réservoir est strictement humain. Le seul cas où l’on a éradiqué une infection virale de la planète est la variole et ce dernier avait lui aussi un réservoir strictement humain. Il se transmet par voie aérienne. Il est ensuite excrété dans les urines et dans les sécrétions oro-pharyngée. Il est à l’origine d’épidémies hivernales en collectivité dans les pays qui n’ont pas accès à la vaccination. Néanmoins, depuis 2008, on a une recrudescence en France et en Europe de ce virus (>10 000 cas/an) car notre couverture vaccinale est loin d'être suffisante. En effet, parmi les personnes infectées, on retrouve 70% de non vaccinés, 20% de vaccinés avec 1/ 2 doses et 10% de vaccinés avec deux doses. Page 9 sur 11  5)​ Physiopathologie Ce graphique montre les marqueurs virologiques par rapport aux symptômes cliniques. Ici, c’est surtout un diagnostic indirect qui est réalisé car la sérologie est suffisante. On retrouve : ​ Une virémie pendant la période d’incubation ​ IgM (d’après le prof le schéma est trompeur car les IgM sont détectables au moment de la phase aiguë) suffisant pour expliquer le diagnostic de la rougeole 6)​ Clinique Il y a deux phases : ​ La phase d’invasion. On y retrouve : ○​ Le signe de Koplick (photo) : petites tâches blanches sur la face intérieure des joues ○​ Manifestations respiratoire : catarrhe oculo-respiratoire ○​ Syndrome pseudo-grippal ○​ Fièvre ​ La phase éruptive qui caractérise la rougeole ○​ Elle est maculo-papuleuse (contrairement à la variole où l’irruption est vésiculeuse) sans prurit ○​ Fièvre décroissante durant 3-4 jours 7)​ Complications ​ La rougeole maligne (reste exceptionnelle en France) : elle se traduit par une insuffisance respiratoire aiguë, des atteintes neurologiques et des troubles de l’hémostase. ​ Surinfection bactérienne : des otites, des laryngites ou des pneumonies ​ Pneumonie rougeoleuse interstitielle à cellule géante : survient chez les personnes immunodéprimées et ne possèdent pas de phase d’éruption. ​ Au niveau des complications neurologiques, on retrouve 3 types : ○​ L’encéphalite aiguë post éruptives : elle survient 5 à 6 jours après l’éruption. Elle est assez fréquente : 1 cas sur 1000 chez l'adulte. Elle est dite précoce. ○​ L’encéphalite à inclusion : survient chez les immunodéprimés, 2 à 6 mois après l'infection. ○​ Panencéphalite sclérosante subaiguë (tardive) : C’est une encéphalopathie dégénérative, rare, associée à la persistance du virus dans le SNC par des mécanismes mal connus, qui survient des années après l’infection par la rougeole. Page 10 sur 11  8)​ Diagnostic différentiel -​ La rubéole -​ La primo-infection EBV responsable de la mononucléose -​ L’entérovirus -​ L’exanthème subit ou roséole infantile : c’est l’herpès 6 liée au HHV6. -​ Le mégalérythème épidémique -​ La primo-infection VIH -​ Maladie de Kawasaki 9)​ Traitement Il n’existe pas de traitement antiviral spécifique de la rougeole. On privilégie un traitement symptomatique (hydratation, repos, antibiotiques si surinfection bactérienne) et une hospitalisation pour les cas graves. 10)​ Prévention Au niveau de la prévention collective : c’est grâce à elle qu’on espère arriver à l’éradication -​ C’est une maladie à déclaration obligatoire, qui peut être déclarée par le médecin ou le laboratoire, avec une éviction scolaire de 5 jours après le début de l’éruption. -​ Pour les hospitalisations, des mesures d'hygiène sont mises en place. Au niveau individuelle : -​ Des Ig polyvalentes par voie IV sont utilisées par l’entourage d’une femme enceinte si elle n’est pas immunisée. -​ Il existe un vaccin (contre-indiqué chez la femme enceinte et chez les immunodéprimés), dont la couverture vaccinale souhaitable est de 95 %, mais qui est actuellement de seulement 86 % chez les enfants de 2 ans." 11)​ Vaccin Il s'agit d'un vaccin vivant atténué, souvent trivalent : le ROR (rougeole, oreillons, rubéole). Il consiste en l'administration de 2 doses : une première dose à l'âge de 12 mois et un rappel dans les 6 mois suivants. On peut éventuellement administrer une dose vaccinale en cas d’urgence, dans les 72 heures suivant le contact avec un cas chez un sujet non immunisé. Les contre-indications liées au fait que ce soit un vaccin vivant atténué sont la grossesse, l’immunodépression, ainsi que les personnes ayant reçu des y-globulines dans les 3 mois précédant le contact. En effet, cela rendrait le vaccin inactivé et donc inefficace.. Page 11 sur 11