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Questions and Answers
Quelles sous-unités de l'ARN polymérase d' E. coli forment un canal pour l'ADN modèle?
Quelles sous-unités de l'ARN polymérase d' E. coli forment un canal pour l'ADN modèle?
- σ et ω
- α et α'
- β et β' (correct)
- α et β
Quel est le rôle du facteur sigma (σ) dans l'initiation de la transcription chez les bactéries ?
Quel est le rôle du facteur sigma (σ) dans l'initiation de la transcription chez les bactéries ?
- Corriger les erreurs durant la transcription
- Catalyser la synthèse d'ARN
- Terminer la transcription
- Reconnaître des séquences promotrices spécifiques (correct)
Quelle région de l'holoenzyme bloque partiellement le canal d'entrée de l'ADN?
Quelle région de l'holoenzyme bloque partiellement le canal d'entrée de l'ADN?
- σ 2.3
- σ 1.1 (correct)
- σ 3.2
- σ 4
Quel est le but de la dénaturation de l'ADN pendant la formation du complexe ouvert lors de la transcription bactérienne ?
Quel est le but de la dénaturation de l'ADN pendant la formation du complexe ouvert lors de la transcription bactérienne ?
Quel domaine est lié au canal de sortie de l'ARN?
Quel domaine est lié au canal de sortie de l'ARN?
Quel est le rôle principal du Facteur GRE dans la correction d'erreurs de transcription?
Quel est le rôle principal du Facteur GRE dans la correction d'erreurs de transcription?
Quel est le mécanisme d'action de la protéine TRCF, qui est impliquée dans la réparation de l'ADN lors de la transcription chez les bactéries?
Quel est le mécanisme d'action de la protéine TRCF, qui est impliquée dans la réparation de l'ADN lors de la transcription chez les bactéries?
Quelle est la fonction des facteurs d'élongation Rho, NusA et NusG pendant la transcription bactérienne?
Quelle est la fonction des facteurs d'élongation Rho, NusA et NusG pendant la transcription bactérienne?
Qu'est-ce qu'un site rut ?
Qu'est-ce qu'un site rut ?
Selon le modèle allostérique, quel événement mène à la terminaison de la transcription Rho-dépendante?
Selon le modèle allostérique, quel événement mène à la terminaison de la transcription Rho-dépendante?
Lequel des éléments suivants n'est pas une caractéristique généralement associée aux promoteurs eucaryotes ?
Lequel des éléments suivants n'est pas une caractéristique généralement associée aux promoteurs eucaryotes ?
Contrairement aux bactéries, quels facteurs eucaryotes remplacent collectivement la sous-unité sigma pour l'initiation de la transcription?
Contrairement aux bactéries, quels facteurs eucaryotes remplacent collectivement la sous-unité sigma pour l'initiation de la transcription?
Quel est le rôle du complexe TFIID dans l'initiation de la transcription eucaryote?
Quel est le rôle du complexe TFIID dans l'initiation de la transcription eucaryote?
Quelle est la fonction de TFIIH dans l'initiation de la transcription eucaryote?
Quelle est la fonction de TFIIH dans l'initiation de la transcription eucaryote?
Associé à la phosphorylation en S5, quel est le résultat de la phosphorylation de Serine 5 dans le CTD?
Associé à la phosphorylation en S5, quel est le résultat de la phosphorylation de Serine 5 dans le CTD?
Quel est l'effet de la présence de la coiffe en $5'$ sur l'ARNm eucaryote?
Quel est l'effet de la présence de la coiffe en $5'$ sur l'ARNm eucaryote?
Lequel des énoncés suivants décrit le mieux le torpillage impliqué dans l'achèvement de la transcription eucaryote?
Lequel des énoncés suivants décrit le mieux le torpillage impliqué dans l'achèvement de la transcription eucaryote?
Quel processus est affecté par la phosphorylation du domaine CTD de l'ARN polymérase II?
Quel processus est affecté par la phosphorylation du domaine CTD de l'ARN polymérase II?
Le complexe FACT facilie l'élongation de la transcription en :
Le complexe FACT facilie l'élongation de la transcription en :
Quel processus est lié à la terminaison de la transcription chez les eucaryotes?
Quel processus est lié à la terminaison de la transcription chez les eucaryotes?
Quel facteur est unique aux trois ARN polymérases eucaryotes?
Quel facteur est unique aux trois ARN polymérases eucaryotes?
Quelle ARN polymérase ne produit qu'un seul transcrit?
Quelle ARN polymérase ne produit qu'un seul transcrit?
Quel est le résultat d'ARN sans bouchon?
Quel est le résultat d'ARN sans bouchon?
Une caractéristique spéciale de cette ARN polymérase consiste en quoi: inhbituel riche en GC?
Une caractéristique spéciale de cette ARN polymérase consiste en quoi: inhbituel riche en GC?
Quel nom a l'addition a l'extrémité $3'$ du transcript?
Quel nom a l'addition a l'extrémité $3'$ du transcript?
Lequel des éléments suivants décrit le mieux la fonction de l’élément de liaison TATA au cours de l’initiation de la transcription eucaryote?
Lequel des éléments suivants décrit le mieux la fonction de l’élément de liaison TATA au cours de l’initiation de la transcription eucaryote?
Pendant la correction, quel rôle a le facteur d'élongation TFIIS?
Pendant la correction, quel rôle a le facteur d'élongation TFIIS?
Quels exemples de structures ou fonction sont incluses dans les mécanimes de la transcription. Les ARN polymérases $I$ et $III$ ?
Quels exemples de structures ou fonction sont incluses dans les mécanimes de la transcription. Les ARN polymérases $I$ et $III$ ?
Qu’arrive t-il quand la queue CTD est phosphorylée?
Qu’arrive t-il quand la queue CTD est phosphorylée?
Quels processus les ARN I et III n’ont pas besoin?
Quels processus les ARN I et III n’ont pas besoin?
Quel ARN est sensible à causes des exonucléase (Rat1/XRN2)?
Quel ARN est sensible à causes des exonucléase (Rat1/XRN2)?
Laquelle des affirmation suivantes au sujet du complexe FACT est vraie?
Laquelle des affirmation suivantes au sujet du complexe FACT est vraie?
Qu'elles sont les caractéristiques essentielles a terminer la transcription eucaryote?
Qu'elles sont les caractéristiques essentielles a terminer la transcription eucaryote?
La quelle des ARN suivantes le sous unites de TBP sont utilisé dans les 3 ARN polymérase?
La quelle des ARN suivantes le sous unites de TBP sont utilisé dans les 3 ARN polymérase?
La quelle de ses ARN polymérases ne produit qu'une transcripte?
La quelle de ses ARN polymérases ne produit qu'une transcripte?
Quel type de molécule a besoin d"être ajouté à la fin d'une transcription?
Quel type de molécule a besoin d"être ajouté à la fin d'une transcription?
Dans des organismes qui font de la torpille, le quel modèle décrit l’épuisement des ARNt eucaryotes?
Dans des organismes qui font de la torpille, le quel modèle décrit l’épuisement des ARNt eucaryotes?
Quelle est la mécanisme d'action pour la terminaison Rho-Dépendance ?
Quelle est la mécanisme d'action pour la terminaison Rho-Dépendance ?
Quand le processus de facteur d’élongation TFII (Similaire a GRE) arrive pour correction, quel est c’est fonction?
Quand le processus de facteur d’élongation TFII (Similaire a GRE) arrive pour correction, quel est c’est fonction?
Quel est l'impact du déplacement de la région σ1.1 lors de la formation du complexe ouvert?
Quel est l'impact du déplacement de la région σ1.1 lors de la formation du complexe ouvert?
Comment la protéine TRCF aide-t-elle en cas d'arrêt accidentel de l'élongation lors de la transcription?
Comment la protéine TRCF aide-t-elle en cas d'arrêt accidentel de l'élongation lors de la transcription?
Quel rôle jouent les facteurs d'élongation Rho, NusA et NusG dans la transcription bactérienne?
Quel rôle jouent les facteurs d'élongation Rho, NusA et NusG dans la transcription bactérienne?
Comment la position des domaines σ2 et σ4 influence-t-elle l'efficacité de la transcription?
Comment la position des domaines σ2 et σ4 influence-t-elle l'efficacité de la transcription?
Quelle est la conséquence d'une phosphorylation en S5 (sérine 5) dans le domaine CTD de l'ARN polymérase II eucaryote?
Quelle est la conséquence d'une phosphorylation en S5 (sérine 5) dans le domaine CTD de l'ARN polymérase II eucaryote?
Flashcards
Reconnaissance du promoteur
Reconnaissance du promoteur
L'ARN polymérase reconnaît le promoteur par l'holoenzyme.
Formation du complexe fermé
Formation du complexe fermé
L'ARN polymérase forme un complexe stable avec le promoteur.
Ouverture de la bulle de transcription
Ouverture de la bulle de transcription
L'ADN s'ouvre pour permettre la transcription.
Formation du complexe ouvert
Formation du complexe ouvert
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Formation complexe initial de transcription
Formation complexe initial de transcription
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Évasion du promoteur
Évasion du promoteur
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Région -10
Région -10
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Domaines σ2 et σ4
Domaines σ2 et σ4
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Région σ1.1
Région σ1.1
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Région σ3.2
Région σ3.2
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ARN polymérase
ARN polymérase
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Brin matrice
Brin matrice
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Brin non-matrice
Brin non-matrice
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Linker / facteur σ3.2
Linker / facteur σ3.2
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Pauses transcriptionnelles
Pauses transcriptionnelles
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Édition pyrophosphorolytique
Édition pyrophosphorolytique
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Édition hydrolytique
Édition hydrolytique
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Facteur GRE
Facteur GRE
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Endonucléase
Endonucléase
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Exonucléase
Exonucléase
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Protéine TRCF
Protéine TRCF
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Rho, NusA et NusG
Rho, NusA et NusG
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Moduler les pauses transcriptionnelles
Moduler les pauses transcriptionnelles
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Site terminateur
Site terminateur
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Rho-indépendant
Rho-indépendant
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Rho-dépendant
Rho-dépendant
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Site rut
Site rut
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Épingle à cheveux
Épingle à cheveux
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Terminaison de la transcription
Terminaison de la transcription
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GTFs
GTFs
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Promoteur des éléments centraux
Promoteur des éléments centraux
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Facteur TBP
Facteur TBP
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TFIIF
TFIIF
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TFIIH Entraine
TFIIH Entraine
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Study Notes
Mécanismes de la transcription
- Les notes de cours portent sur les mécanismes de la transcription, incluant les ARN polymérases, la transcription chez les bactéries et les eucaryotes, et la transcription par les ARN polymérases I, II et III.
Rappel : ARN Polymérase d'E. coli
- Le cœur de l'ARN polymérase d'E. coli est constitué de cinq sous-unités.
- Sa masse moléculaire est d'environ 400 kDa.
Étapes de l'initiation de la transcription
- L'holoenzyme reconnaît le promoteur.
- Formation d'un complexe fermé.
- Ouverture de la bulle de transcription.
- Formation d'un complexe ouvert.
- Formation du complexe initial de transcription.
- Possibilité d'transcriptions avortées.
- Évasion du promoteur.
Structure de l'holoenzyme chez les bactéries
- Le facteur sigma s'enroule autour de l'une des deux pinces de l'enzyme.
- Le facteur sigma se lie aux domaines 3 et 4.
- La structure de l'holoenzyme comporte 5 canaux distincts.
- Un canal d'entrée pour l'ADN double brin (db).
- Des canaux T et NT maintiennent les brins d'ADN séparés.
- Un canal de sortie pour l'ARN.
- Un canal pour l'absorption des NTPs.
- Canal T (brin matrice).
- Canal NT (brin non-matrice).
Transcription chez les bactéries : Structure de l'holoenzyme
- Les domaines σ2 et σ4 se positionnent pour contacter les éléments -10 et -35 du promoteur.
- Le domaine σ4 se trouve près des canaux de sortie de l'ADN.
- La région σ1.1 s'insère dans la pince et bloque l'ouverture du canal d'entrée de l'ADN.
- La région σ3.2 crée un lien entre les domaines σ3 et σ4.
- Elle bloque également le canal de sortie de l'ARN.
- Une boucle en épingle à cheveux atteint la poche catalytique ainsi que le site actif.
Formation Complexe Ouvert - Isomérisation
- Ce procécé est aussi appelé fusion ou dénaturation du promoteur.
- L'interaction de l'holoenzyme et de l'ADN, en particulier la région σ2.3 et l'élément -10 entraîne la formation du complexe ouvert.
- Un changement structurel (isomérisation) à l'échelle globale permet l'ouverture du duplex d'ADN entre les positions -11 à +2 formant une bulle de 14 nucléotides contenant le site d'initiation.
- Le brin matrice devient disponible.
- Ce processus ne nécessite pas d'ATP, contrairement à ce qui se passe chez les eucaryotes.
Formation du complexe ouvert : Isomérisation
- La région -10 est le site de dénaturation de l'ADN et est essentielle à la transcription.
- Elle est présente dans tous les promoteurs bactériens de type σ70.
- La séquence consensus de l'élément -10 est TATAAT, riche en liaisons A-T, plus faciles à séparer.
- Déplacement de σ1.1.
- Ouverture de la fente et positionnement de l’ADN.
- Resserre la pince.
Les sous-étapes de l'initiation
- Reconnaissance du promoteur par l'holoenzyme.
- Formation d'un complexe fermé.
- Ouverture de la bulle de transcription.
- Formation d'un complexe ouvert.
- Formation d'un complexe initial de transcription.
- Transcriptions avortées.
- Évasion du promoteur.
Transcription chez les bactéries : Formation du complexe initial
- Les premiers liens phosphodiesters sont difficiles à former.
- Il y a peu de liens H pour stabiliser les ribonucléotides en place.
- Linker ¼, ou σ3.2, maintient les nucléotides orientés correctement au début de la polymérisation.
- Accumulation de 24 nucleotides due au "doigt" qui bloque.
Transcriptions Avortées
- Le linker 4 bloque le canal de la sortie de l'ARN.
- La bulle de transcription passe de 14 à 24 nucleotides puis revient à 14.
Évasion du promoteur
- Le rembobinage de l'ADN fournit l'énergie pour l'évasion du promoteur.
- Le facteur de sigma est libéré quand la polymérase entre dans l'étape d'élongation.
Rappel - ARN Polymérases et Transcription
- Initiation
- Élongation
- Terminaison
Transcription chez les bactéries : Étape 2, l'élongation
- L'hybride ARN-ADN est constitué de 8 à 9 nucléotides de l'ARN associés au brin matrice.
- La taille de la bulle de transcription est d'environ 14 nucléotides.
- Translocation inverse.
- Edition (Correction).
Étape 2 : L'élongation et rôles des facteurs d'élongation
- Vitesse non uniforme.
- Les pauses transcriptionnelles sont fréquentes, causées par la structure secondaire ou une séquence particulière ou une erreur.
- La pause peut-être volontaire (correction ou terminaison).
- Arrêt transcriptionnel involontaire.
- Un facteur d’élongation peut ↑ ou ↓ les pauses.
- Vitesse selon les auteurs: 50 à 90 nucléotides/sec.
Correction pendant l'élongation - Relecture (Proofreading)
- Une erreur cause une pause.
- L'ARN polymérase peut reculer.
- L'ARN pol corrige les erreurs de transcription avec deux mécanismes.
- Édition pyrophosphorolytique (réaction inverse de l'ARN pol, mouvement de -1 nucléotide, coupure du lien phosphodiester, libération d'un NTP).
- Édition hydrolytique (recule sur plusieurs nucléotides, hydrolyse d'un lien phosphodiester, activité endonucléase).
Parenthèse : Exonucléase vs Endonucléase
- Nucléase: enzyme qui coupe l'ARN ou ADN (RNase ou DNase).
- Exonucléase: coupe à partir d'une extrémité et ne reconnaît pas de séquence spécifique.
- Endonucléase: coupe à l'intérieur d'un brin, reconnais une séquence ou structure spécifique.
Arrêt Accidentel de l’Élongation
- La polymerase s'arrête et ne peut plus transcrire (brin endommagé de l'ADN).
- Dans ce cas, un système de réparation de l'ADN associé à la transcription est appelé (Génétique II).
- Utilisation la protéine TRCF (transcription-repair coupling factor) (moteur utilisant de l’ATP pour décrocher la polymérase!)
La transcription chez les bactéries : Formation du complexe de pré-terminaison
- Au début de l'élongation, un complexe de pré-terminaison se forme, impliquant Rho, NusA et NusG.
- NusA est près du canal de sortie de l'ARN, NusG pénètre dans le canal NT, et Rho interagit avec NusA.
- Leur tâche principale est de moduler les pauses transcriptionnelles, participant à l'élongation et la terminaison.
Rappel: LesARN polymérases et la transcription
- Initiation
- Élongation
- Terminaison
Transcription chez les Procaryotes: La Terminaison
- Les séquences de terminaison sont très spécifiques.
- Arrêt volontaire de la synthèse: terminaison.
- Terminaison Rho-indépendante ou Rho-dépendante.
Particularités de la terminaison chez E. coli
- Distribution moitié moitié.
- Mécanisme précis de la terminaison encore un peu nébuleux.
Transcription, Etape 3: Terminaison
- Ne fas se fiér aux livres de référence.
- Mécanisme Cryo-EM est plus récents disponibles.
Mécanisme Terminaison, RHo indépendant (terminateur intrinséque)
- L'épingle à cheveux.
- La région riche en G:C favorise une pause de l'ARN polymérase.
- Les région de poly A sure le brin matrice.
- Hybride ADN/ARN moins stable.
- Facilie lé décrochage de plus facile.
Rho, NusA, et NusG
- Chez les Bacillus, 88% des terminateurs intrinsèques n'étaient pas reconnus efficacement en absence de ces 2 facteurs.
- NUsA aide à la formation de l'épingle à cheveux de l'ARN, et change allostérique (élargissement du canal).
- NUsG lie une séquence spécifique sur le brin codant, qui correspond aux poly U de l'ARN facilite la pause vers la terminaison intrinsèque.
Transcription chez les Bactéries: Le Mécanisme Rho-dépendant
- Ce processus nécessite la facteur Rho, hexamère qui lie l'ARN.
- Sites rut (environs 40 nts).
- Riches en cytosine, avec peu de structure secondaire.
Modèle allostérique de terminaison Rho-dépendante:
- Rho lie au site rut.
- Entraîne un changement conformationnel de Rho (modèle allostérique).
- Ce changement se répercute sur le reste du complexe.
- Libération de NusG.
- Ouverture de la pince.
- La polymérase perd sa emprise sure l’hybride ARN-ADN.
- Inhibition irréversible de la complexe de l’élongation.
- Facteur d'inititation: sous-unité σ.
- Facteurs d'élongation Gre, TRCF, Nus et Rho.
Pause et Vue d'ensemble
- La transcription chez les bactéries et les eucaryotes comporte trois étapes distinctes : initiation, élongation et terminaison.
Mécanismes de la transcription : Les eucaryotes
- Transcription par l'ARN polymérase II, responsable de la transcription des ARNm.
- La transcription par ARN polymérase I et III sont résumés.
Transcription Eucaryote: Différences
- Similarité au procaryotes, mais avec des differences.
- Au moins, il y a 3 différents ARN polymérases chez le eucaryotes.
- Promenadeur est constitué des différents éléments.
- Plusieurs facteurs d'initiation supplementaires nécessaires in vitro (labo/ADN purifiée) et in vivo (dans les cellule).
ADN polymérase des procaryotes et des eucaryotes
- Les homologies structurelles sont présentes en particulier pour les portions internes, et les pinces formées son identiques.
Procaryotes vs Eucaryotes pour l'initiation:
- Procaryotes: un seul facteur d'initiation requis.
- Eucaryotes: plusieurs facteurs d'initiation requis.
- Eucaryotes aussi utilisent le des facteurs supplémentaires pour la transcription in vivo, donc le contexte particulier de la chromatine, ou le complexe médiateur
Les promoteurs centraux de l'ARN Pol II
- Les éléments sont Inr (le plus souvent - Jamais en même temps!)
- La composition la plus courante est DPE ou à la boîte TATA
- Sinon DCE ou BRE qui n'est (non représenté sur cette diapo).
- Sinon Une boîte TATA ou un élément DPE, jamais les deux.
Transcription chez les Eucaryotes: Les Facteurs GTFs
- Les facteurs généraux de transcription (GTFs) remplacent collectivement la sous-unité σ bactérienne pour l'initiation de la transcription et aident ARN polymérase à lier au promoteur
- Les lettres qui suivent distinguent les facteurs (A, B, C, etc...)
La Formation de Complexe de pré-initiation (CPI)
- Dans les eucaryotes ça implique plusieurs étapes qui sont construite « sur » le promenadeur.
- La première étape et la liaison de le complexe TFIID ce qui fournie un plate-forme pour les autres facteurs de GTPs.
ComplexTFIID
- Ce plate-formes aide a l'association de L’Unité TBP (TATA Liaison protéine)
Fonction et Structure de TFIIB
- Similaire au linker σ chez les procaryotes.
- Aussi l'TFIIA stabilise le complexe.
Recrutement de complexe RNAP- TFIIF
- TFIIF Recrutement de ARN pol-TFII.
Fin de la Formatio du CPI & Tailles
- Rajout des TFIH et TFIH.
- A cause de ceci, ils sont 4x plus gros que l’holoenzyme bactérienne.
Fusion Promotrice et L'évasion
- La transcription a deux activités enymatique différents, qui on TFIIH Helicase et kinase impliquée les parties dans l'addition qui sont hydrolise de l’ATP requise ou le role de L'échappatoire ou plusieur kinases se rajoute.
Protéines requis pour de la transcription "in vitro"
- TFIIe recrute le promoteur et fonctionne comme TFII B.
Les Protéines sont Requis a l'initation "in vitro"
- Plusieurs facteurs sont requis pour l'initation in vitro.
- ARH POL II: catalysée la synthèse d'ARN Coeur of the enzyme ,complex TAF-TPB et la sous-untiés TBP:Reconnaît la boite TATA (courbure importante de l'ADN).
Transcription chez les Eucaryotes Les Requis “"in vivo"" et Le domaine CTD
- Les requs "in vivio"
- Au contraire d'un systhème ' in vitro" a besoin plusieurs éléments de conséquence qui peuvent être très loin en amont
- La Queue CTD (C-terminale)
- Il y YSPsTSPS qui peut aussi être phosphorylés; aussi La phosphorylation du domaine CTD coordonne la transcription ce qui est importante libérer l’ARN polymérase des.
Phosphorylation et les Protéines (facteurs) de L`élongation
- Il favorise au processus de la terminaison (TFII S, DSIF, NTFT et P-TEFb)
Terminaison de chaine poly par CstF pour la transcription des eucaryote
- Le signal poly-A est reconnu et est de coordonne grace a la phosphorylation.
- Il a des coupures.
- Les protéines de transmission sont coupés lors lors des terminaisons de chaine
L`addition Poly-A
- Le CPSF recrute Poly-Am polymérase (PAP).
- N'a pas besoin de matrice.
- Nucléotide précurseur---Utilise seulement ATP.
- Fixation de proteines avec laisons.
- Facilte translation.
L’Élontation dans les Chromatine
- Est facilité par une histones chaperonne - ce est un FACt qui desassemble les nucléasomes ce qui permet les lisons entre les deux polymérases de ARN ce qui facilite au final la fixation les translocases et ADN
Liens de l`ARN et Terminaison
- C'est liée a adénylation.
- Les liens et facteurs, facilite ARN POLY II qui est à la fin faciliter sont transport à la fois
Transcription eucaryote : facteurs supplémentaires
- Nombreux signaux régulateurs à distance.
- Liaison à des domaines d'ADN spécifiques.
- Recrutement de protéines (médiateur, remodelage de la chromatine).
- Influence sur l'initiation et le taux de relecture.
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