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Questions and Answers
Quelle est l'importance de la coiffe ajoutée à l'ARN mature?
Quelle est l'importance de la coiffe ajoutée à l'ARN mature?
La coiffe protège l'ARN des endonucléases et est essentielle pour l'initiation de la traduction.
Comment la TBP de TFIID influence-t-elle l'initiation de la transcription?
Comment la TBP de TFIID influence-t-elle l'initiation de la transcription?
La TBP se lie à la TATA box pour positionner le site d’initiation de la transcription et recrute d'autres complexes nécessaires.
Qu'est-ce qu'un promoteur étendu et comment impacte-t-il la transcription?
Qu'est-ce qu'un promoteur étendu et comment impacte-t-il la transcription?
Un promoteur étendu permet plusieurs sites d'initiation de la transcription, entraînant une diversité de transcrits.
Quel est le rôle des enhancers dans l'initiation de la transcription?
Quel est le rôle des enhancers dans l'initiation de la transcription?
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Qu'est-ce que la technique CAGE et à quoi sert-elle?
Qu'est-ce que la technique CAGE et à quoi sert-elle?
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Quels facteurs sont nécessaires pour que la Pol II passe de l'arrêt à l'élongation productive?
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En quoi consiste le phénomène pulsatif de la transcription?
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Comment RNAseq contribue-t-il à notre compréhension de l'expression des gènes?
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Quel est le rôle du splicéosome dans l’épissage de l'ARN?
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Quels critères influencent l’efficacité de l’épissage?
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Quelle est la fonction des séquences auxiliaires dans l’épissage?
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Quel est l'impact de l’épissage alternatif sur le transcriptome?
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Quel est le rôle de la queue polyA dans l'ARNm?
Quel est le rôle de la queue polyA dans l'ARNm?
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Comment la polyadénylation alternative affecte-t-elle les ARNm?
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Quelles sont les conséquences des mécanismes diminuant la stabilité des ARNm?
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Quel rôle joue le complexe CCR4 dans la dégradation des ARNs?
Quel rôle joue le complexe CCR4 dans la dégradation des ARNs?
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Quel est le rôle de la phosphorylation de la sérine 2 par P-TEFb dans la transcription?
Quel est le rôle de la phosphorylation de la sérine 2 par P-TEFb dans la transcription?
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Comment se traduit la bidirectionnalité des promoteurs eucaryotes dans la complexité des transcriptomes?
Comment se traduit la bidirectionnalité des promoteurs eucaryotes dans la complexité des transcriptomes?
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Quel est le processus et l'importance de l'ajout de la coiffe 5' sur l'ARNm?
Quel est le processus et l'importance de l'ajout de la coiffe 5' sur l'ARNm?
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Décrivez brièvement le phénomène d'épissage et son importance dans la maturation des ARNs.
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Qu'est-ce qu'un promoteur alternatif et quel impact a-t-il sur l'expression génique?
Qu'est-ce qu'un promoteur alternatif et quel impact a-t-il sur l'expression génique?
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Comment les petits ARNs associés aux enhancers influencent-ils la transcription?
Comment les petits ARNs associés aux enhancers influencent-ils la transcription?
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Quel est le rôle des résidus phosphorylables dans le domaine CTD de la Pol II?
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Quel est le mécanisme sous-jacent à la formation de lariats lors de l'épissage des introns?
Quel est le mécanisme sous-jacent à la formation de lariats lors de l'épissage des introns?
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Study Notes
Régulation de l'expression des gènes : Transcription, Synthèse et Maturation de l'ARN
- L'ARN s'associe à des protéines dès sa transcription, étant protégé des endonucléases.
- Le contrôle de l'initiation de la transcription implique le complexe pré-initiation (PIC) composé de l'ARN polymérase II et de facteurs généraux de transcription (TFIID se lie à la TATA box).
- Le site d'initiation de la transcription (TSS) n'est pas toujours la TATA box, d'autres promoteurs comme les îles CpG (CGI) existent.
- Le premier nucléotide de l'ARN mature est la coiffe.
- La technique CAGE (capture d'analyse de l'expression génique) capture la coiffe pour déterminer le TSS.
- La lecture des séquences exoniques s'effectue par RNAseq.
- Une marque H3K4Me3 sur 500 paires de bases suggère un promoteur étendu avec plusieurs sites d'initiation possibles.
Elongation de la transcription et contrôle de l'ARN polymérase
- La formation du PIC et le recrutement de l'ARN polymérase II (Pol II) impliquent des régions enhancers et des co-facteurs.
- La Pol II peut démarrer puis s'arrêter rapidement, potentiellement par un enhancer.
- La pause de la Pol II au site proximal, nécessitent des co-facteurs (P-TEFB) pour la phosphorylation et l'élongation.
- La transcription est un phénomène pulsatif avec des bursts de libération de la Pol II.
- L'affinité du promoteur influe sur la force des bursts et la fréquence des bursts est déterminée par les co-facteurs.
- Le domaine CTD de la Pol II contient des résidus phosphorylables (séquences consensus), la phosphorylation de la sérine 2 par P-TEFB est clé pour la libération.
Production de petits ARNs associés aux enhancers et recrutement de Pol II
- La production de petits ARNs associés aux enhancers stabilise la liaison des facteurs de transcription et le recrutement de la Pol II.
- La majorité des promoteurs eucaryotes sont bidirectionnels, ce qui augmente la complexité des transcriptomes.
Cycle de la transcription
- L'ouverture de la chromatine, la fixation de facteurs de transcription généraux, l'initiation productive ou abortive, la libération de la Pol II du site de pause et l'élongation constituent le cycle.
Synthèse, maturation et diversification des ARNs
- Les promoteurs alternatifs permettent la production de transcrits différents à partir d'un même gène avec une spécificité tissulaire.
- La synthèse de transcrits codant pour des protéines semblables mais avec des extrémités non codantes différentes est possible.
- Les régions 5'UTR et 3'UTR influencent l'efficacité de la maturation et de la traduction.
- L'ajout de modifications aux ARN (coiffe, épissage, polyadénylation) est important pour leur stabilité et leur fonction.
La coiffe en 5' et l'épissage du transcrit primaire
- La coiffe en 5' est ajoutée en parallèle de la transcription par méthylation d'une guanosine.
- Rôles : stabilité, reconnaissance par les protéines CBC et les sous-unités du ribosome.
- L'épissage est un processus nucléaire impliquant la reconnaissance des séquences GT (donneur) et AG (accepteur) à la jonction intron-exon.
- Des réactions de trans-estérification permettent la liaison des exons.
Epissage alternatif
- Des éléments cis-activateurs et répresseurs (dans les introns et les exons) influencent l'épissage alternatif.
- L'épissage alternatif produit des transcrits différents, augmentant ainsi la diversité du transcriptome.
La polyadénylation en 3'
- La queue poly(A) protège des exonucléases et se lie à des protéines, renforçant la stabilité de l'ARNm.
- L'enzyme poly(A) polymérase ajoute la queue poly(A) en aval du signal AAUAAA.
- L'ARNm peut ne pas avoir de queue poly(A) ou avoir une polyadenylation alternative.
Contrôle post-transcriptionnel : Stabilité des ARNs
- La demi-vie des ARNm se trouve dans la dizaine d'heures dans une cellule.
- Des mécanismes dé-adénylation, dé-capping et dégradation diminuent la stabilité des ARNm.
- Le complexe CCR4 stimule les mécanismes de dégradation de l'ARNm.
Nonsense-mediated Decay (NMD)
- Le système NMD assure la dégradation des ARNm prématurés avec un codon stop prématuré.
- Le ribosome, après avoir rencontré un codon stop, déclenche la dégradation de l'ARNm si les protéines de jonctions sont encore présentes.
RNA editing
- Des modifications sur les nucléotides des ARN mènent à des changements de conformation, permettant ainsi des interactions différentes et une diversité protéique.
- La déamination (catalysée par ADAR) modifie les bases de l'ARN.
Les ARNs non codants
- Divers ARNs non codants régulent l'expression génique (miARNs, siARNs, etc.).
- Les longs ARNs non codants agissent de plusieurs manières, tels que la modulation de la traduction, de l'épissage, et le recrutement de modificateurs de la chromatine.
Production des siARNs
- La production des siARNs peut impliquer de l'ARNdb, des vecteurs d'expression, ou l'utilisation des méthodes de transfection, ainsi que d'autres procédés.
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Description
Ce quiz aborde les différentes étapes de la transcription et de l'épissage de l'ARN, y compris l'importance des coiffe, des promoteurs étendus, et des enhancers. Il explore également les techniques modernes comme CAGE et RNAseq, ainsi que le rôle des splicesomes et des séquences auxiliaires dans l'épissage. Testez vos connaissances sur ces mécanismes essentiels à l'expression génique.