Podcast
Questions and Answers
Quina és una de les característiques dels mètodes de seqüenciació de segona generació (NGS) en comparació amb la seqüenciació de Sanger?
Quina és una de les característiques dels mètodes de seqüenciació de segona generació (NGS) en comparació amb la seqüenciació de Sanger?
Quin és el principal avantatge de permetre 'multiplexar' les mostres de DNA durant la seqüenciació NGS?
Quin és el principal avantatge de permetre 'multiplexar' les mostres de DNA durant la seqüenciació NGS?
Quina plataforma NGS és considerada la més estesa actualment?
Quina plataforma NGS és considerada la més estesa actualment?
Com es realitza la seqüenciació en la tecnologia HiSeq/MiSeq d'Illumina?
Com es realitza la seqüenciació en la tecnologia HiSeq/MiSeq d'Illumina?
Signup and view all the answers
Quina és la longitud màxima dels fragments de DNA que poden ser seqüenciats amb les tècniques NGS d'Illumina?
Quina és la longitud màxima dels fragments de DNA que poden ser seqüenciats amb les tècniques NGS d'Illumina?
Signup and view all the answers
Quina és la funció dels fluoròfors en la seqüenciació per síntesi?
Quina és la funció dels fluoròfors en la seqüenciació per síntesi?
Signup and view all the answers
Quin problema important s'ha de considerar en la seqüenciació NGS?
Quin problema important s'ha de considerar en la seqüenciació NGS?
Signup and view all the answers
Quin tipus de sistema es fa servir per amplificar els fragments de DNA en la seqüenciació NGS?
Quin tipus de sistema es fa servir per amplificar els fragments de DNA en la seqüenciació NGS?
Signup and view all the answers
Quines són les aplicacions de la seqüenciació de segona generació (NGS)?
Quines són les aplicacions de la seqüenciació de segona generació (NGS)?
Signup and view all the answers
Quina és una característica distintiva de la seqüenciació d'una sola molècula (SMRT)?
Quina és una característica distintiva de la seqüenciació d'una sola molècula (SMRT)?
Signup and view all the answers
Quina és la finalitat principal de la 1a PCR en el procés d'anàlisi metagenòmica?
Quina és la finalitat principal de la 1a PCR en el procés d'anàlisi metagenòmica?
Signup and view all the answers
Quin és l'objectiu del 'codi de barres' en el procés de PCR?
Quin és l'objectiu del 'codi de barres' en el procés de PCR?
Signup and view all the answers
Quina limitació té la seqüenciació d'una sola molècula (PacBio) en comparació amb la segona generació?
Quina limitació té la seqüenciació d'una sola molècula (PacBio) en comparació amb la segona generació?
Signup and view all the answers
Quina tècnica és utilitzada per seqüenciar metagenomes?
Quina tècnica és utilitzada per seqüenciar metagenomes?
Signup and view all the answers
Quina tècnica s'utilitza per validar els productes de PCR?
Quina tècnica s'utilitza per validar els productes de PCR?
Signup and view all the answers
Quina fase del procés implica la neteja dels productes de PCR?
Quina fase del procés implica la neteja dels productes de PCR?
Signup and view all the answers
Quina de les següents tecnologies és considerada de tercera generació?
Quina de les següents tecnologies és considerada de tercera generació?
Signup and view all the answers
Quina de les següents característiques és veritable sobre la seqüenciació basada en porus (Oxford Nanopore)?
Quina de les següents característiques és veritable sobre la seqüenciació basada en porus (Oxford Nanopore)?
Signup and view all the answers
Quina és la funció de la 2a PCR coneguda com a Index PCR?
Quina és la funció de la 2a PCR coneguda com a Index PCR?
Signup and view all the answers
Quin pas segueix immediatament després de la neteja dels productes de PCR?
Quin pas segueix immediatament després de la neteja dels productes de PCR?
Signup and view all the answers
Quina tècnica pot ser utilitzada per estudiar la variabilitat genètica en els organismes?
Quina tècnica pot ser utilitzada per estudiar la variabilitat genètica en els organismes?
Signup and view all the answers
Quina és una de les preocupacions amb la seqüenciació de tercera generació?
Quina és una de les preocupacions amb la seqüenciació de tercera generació?
Signup and view all the answers
Quina tècnica es fa servir per a la quantificació dels productes de PCR?
Quina tècnica es fa servir per a la quantificació dels productes de PCR?
Signup and view all the answers
Quins criteris s'utilitzen durant la normalització dels productes de PCR?
Quins criteris s'utilitzen durant la normalització dels productes de PCR?
Signup and view all the answers
Quina fases finalitzen el procés d'anàlisi abans de l'next gen sequencing?
Quina fases finalitzen el procés d'anàlisi abans de l'next gen sequencing?
Signup and view all the answers
Quina tècnica és utilitzada per analitzar différents amplicons relacionats amb malalties humanes?
Quina tècnica és utilitzada per analitzar différents amplicons relacionats amb malalties humanes?
Signup and view all the answers
Quina és la longitud típica dels reads obtinguts amb la tècnica MiSeq mencionada?
Quina és la longitud típica dels reads obtinguts amb la tècnica MiSeq mencionada?
Signup and view all the answers
Quin és l'objectiu principal de l'anàlisi bioinformàtica en aquest context?
Quin és l'objectiu principal de l'anàlisi bioinformàtica en aquest context?
Signup and view all the answers
Quina informació s'obté en analitzar els reads alineats amb genomes de referència?
Quina informació s'obté en analitzar els reads alineats amb genomes de referència?
Signup and view all the answers
Quina tècnica de seqüenciació es caracteritza per una mida d'amplificació mitjana de 30.000 pb?
Quina tècnica de seqüenciació es caracteritza per una mida d'amplificació mitjana de 30.000 pb?
Signup and view all the answers
Quins tipus de bacteris es poden identificar gràcies a les seqüències 16S?
Quins tipus de bacteris es poden identificar gràcies a les seqüències 16S?
Signup and view all the answers
Quina afirmació sobre la tercera generació de tècniques de seqüenciació és correcta?
Quina afirmació sobre la tercera generació de tècniques de seqüenciació és correcta?
Signup and view all the answers
Quina tècnica es va desenvolupar abans que la HiSeq i la Miseq d'Illumina?
Quina tècnica es va desenvolupar abans que la HiSeq i la Miseq d'Illumina?
Signup and view all the answers
Quin és un dels avantatges de la tècnica de seqüenciació MinION?
Quin és un dels avantatges de la tècnica de seqüenciació MinION?
Signup and view all the answers
Quina és la principal aplicació de les tècniques de tercera generació?
Quina és la principal aplicació de les tècniques de tercera generació?
Signup and view all the answers
Quina afirmació és falsa sobre la seqüenciació d'RNA en la tercera generació?
Quina afirmació és falsa sobre la seqüenciació d'RNA en la tercera generació?
Signup and view all the answers
Quina és la taxa d'error típica de les tècniques de tercera generació?
Quina és la taxa d'error típica de les tècniques de tercera generació?
Signup and view all the answers
Quina és la primera etapa que es necessita en el procés de seqüenciació?
Quina és la primera etapa que es necessita en el procés de seqüenciació?
Signup and view all the answers
Quina és la finalitat de l'anotació del genoma?
Quina és la finalitat de l'anotació del genoma?
Signup and view all the answers
Quina informació es pot obtenir d'un genome browser?
Quina informació es pot obtenir d'un genome browser?
Signup and view all the answers
En l'anàlisi metagenòmica, quina és la principal finalitat?
En l'anàlisi metagenòmica, quina és la principal finalitat?
Signup and view all the answers
Quina tècnica es pot utilitzar per investigar genomes de diferents organismes?
Quina tècnica es pot utilitzar per investigar genomes de diferents organismes?
Signup and view all the answers
Quin organisme no té un genome browser conegut segons els exemples?
Quin organisme no té un genome browser conegut segons els exemples?
Signup and view all the answers
Quin procés es realitza després d'assemblar el genoma?
Quin procés es realitza després d'assemblar el genoma?
Signup and view all the answers
Què implica la construcció de biblioteques en el context metagenòmic?
Què implica la construcció de biblioteques en el context metagenòmic?
Signup and view all the answers
Quina és una manera de buscar genome browsers per a diferents organismes?
Quina és una manera de buscar genome browsers per a diferents organismes?
Signup and view all the answers
Study Notes
Tècniques de seqüenciació
- La genòmica i la millora genètica estan relacionades amb la seqüenciació.
- La informació genètica es guarda al DNA i RNA com a seqüència de nucleòtids.
- La seqüenciació és el procés de lectura del codi genètic a partir de mostres biològiques.
- El motlle és una mostra de DNA que es vol seqüenciar.
- Els encebadors (primers) són fragments curts de DNA complementaris a una part del DNA motlle. Són necessaris per iniciar la seqüenciació.
- La biblioteca és una barreja de diferents DNA motlles preparats per a seqüenciar.
- La seqüència és l'ordre dels nucleòtids en una molècula de DNA.
- La seqüenciació és determinar l'ordre dels nucleòtids en una mostra.
- Una ronda de funcionament de la màquina de seqüenciació és un run.
- La lectura (read) és el resultat d'un únic run, part o total del DNA motlle, i pot contenir errors.
- L'error de seqüenciació és la diferència entre la seqüència obtinguda i la del DNA motlle.
- El muntatge o ensamblatge (assembly) és agrupar la informació de totes les lectures per reconstruir la seqüència del genoma.
- Hi ha tres generacions de seqüenciació, cadascuna amb característiques diferents.
- La primera generació o seqüenciació de Sanger és la que té una menor taxa d'error. Sequenceja fragments de 1000 nucleòtids (bp) i s'acostuma a usar per seqüenciar 1 o 2 gens.
- Necessa amplificar el DNA en bacteris o per PCR.
- La segona generació o NGS (Next Generation Sequencing) és més ràpida i de menor cost per nucleòtid. Sequenceja fragments més curts de 150-300 bp i utilitza una tècnica de síntesi per determinar la seqüència.
- La tercera generació o single molecule sequencing (SMRT) permet llegir fragments molt llargs (30.000 pb o 30 kb) i no necessita amplificació prèvia del DNA.
- PacBio i MinION són exemples de tècniques de la tercera generació.
- Per a la seqüenciació de genomes sencers o per reconstruir la informació de moltes seqüències es necessita un sistema d'alineament.
- Per a obtenir el genoma complet, es construeix el muntatge o assembly, que connecta els fragments de la seqüència.
- Un cop assemblat el genoma necessite identificar els gens.
- Hi ha una sèrie de bases de dades de genomes (ex. Arabidopsis, Meló, etc.).
- Podem analitzar espècies de microorganismes complexos mitjançant la construció de llibreries.
Studying That Suits You
Use AI to generate personalized quizzes and flashcards to suit your learning preferences.
Related Documents
Description
Descobreix les bases de les tècniques de seqüenciació genètica en aquest qüestionari. Aprendràs sobre la importància de la seqüenciació del DNA i RNA, com es preparen les mostres i el procés de lectura del codi genètic. Prova els teus coneixements sobre els encebadors, biblioteques i errors de seqüenciació.
