Tècniques de Seqüenciació

Un procés bioinformàtic que analitza la qualitat de les seqüències obtingudes, alineant-les amb genomes de referència o seqüències 16S conegudes.

És el procediment que permet identificar els bacteris presents en una mostra complexa, a partir de l'anàlisi bioinformàtica de les seqüències del gen 16S.

És una seqüència d'ADN amb una longitud aproximada de 450 parells de bases, que s'utilitza per identificar bacteris.

Són fragments curts d'ADN que s'obtenen a partir de la seqüenciació de l'ADN, amb una longitud de 2x250 parells de bases.

S'utilitza per analitzar mostres que provenen de diferents individus, per exemple, en estudis de malalties humanes.

Mètodes de seqüenciació d'alt rendiment que seqüencien més ràpid i amb un cost menor per nuclèotid que Sanger.

Una tècnica de NGS on la seqüenciació es realitza per síntesi, usant nucleòtids marcats amb fluoròfors que inhibeixen temporalment la síntesi del DNA.

Un suport sòlid on es realitza l'amplificació dels fragments de DNA en la seqüenciació d'Illumina.

Un fragment de DNA curt i conegut que s'afegeix a les mostres de DNA abans de ser barrejat en una seqüenciació NGS per a identificar l'origen de cada seqüència.

Fragments curts de DNA que es seqüencien amb NGS.

La tècnica de seqüenciació que va ser utilitzada abans de l'aparició de la seqüenciació de nova generació (NGS).

És la capacitat de seqüenciar diverses mostres de DNA al mateix temps en una seqüenciació.

Una tecnologia de seqüenciació que s'utilitza per a caracteritzar els genomes complets.

El procés d'alinear seqüències d'ADN per identificar zones similars i diferents, i per obtenir informació sobre la relació entre les seqüències.

Després d'assemblar el genoma, cal identificar els gens i assignar-los funcions basades en similituds amb bases de dades conegudes. Aquest procés s'anomena anotació de genoma.

Un tipus de seqüenciació d'àcid nucleic que fa servir la tecnologia de seqüenciació de la següent generació (NGS). Aquesta tecnologia permet seqüenciar genomes sencers, exomes, transcriptomes i epigenomes, tant en organismes individuals com en mostres complexes com ara metagenomes.

Bases de dades que contenen informació completa sobre els genomes d'organismes, permetent la visualització i anàlisi de les seqüències.

Un conjunt de seqüències d'ADN que representen el conjunt de gens o fragments d'ADN d'un organisme o d'una comunitat d'organismes. S'utilitzen en metagenòmica

Una tècnica de seqüenciació de l'ADN que utilitza molècules d'ADN individuals per evitar la necessitat d'amplificar la mostra d'ADN.

L'estudi de la composició genètica d'un conjunt de microorganismes en un entorn concret (com el sòl o l'aigua), permetent identificar els diferents tipus de microorganismes presents.

Una tècnica de seqüenciació d'una sola molècula que usa una polimerasa per sintetitzar una nova cadena d'ADN, mentre es detecten els nucleòtids afegits.

L'ús de la genòmica per millorar els cultius, per exemple, incrementant el rendiment o la resistència a les malalties.

Una tècnica de seqüenciació d'una sola molècula basada en la detecció dels ions que flueixen a través d'un porus en una membrana.

Procés d'assemblar fragments d'ADN de petites mides en segments més grans, reconstruint un genoma complet.

Un tipus de seqüenciació d'una sola molècula que consisteix en col·locar molècules d'ADN preparades en nanocavitats, on una polimerasa sintetitza la cadena d'ADN a mesura que es detecten els nucleòtids afegits.

Una tècnica de seqüenciació d'una sola molècula que fa servir un nanoporus per detectar els ions que flueixen a través d'un porus en una membrana quan una cadena d'ADN passa per ell.

Tècnica que permet seqüenciar l'ADN de forma ràpida i econòmica, usant nanopors, obrint noves possibilitats per a la investigació biològica .

La seqüenciació d'una mostra d'ADN per identificar i quantificar els microorganismes presents, sense necessitat de cultivar-los.

L'estudi de l'expressió gènica a través de la seqüenciació d'ARN.

Sequenciació que es realitza en un interval de temps real, en un temps curt.

Tècnica de seqüenciació que permet detectar canvis epigenètics en el DNA.

Tècnica de seqüenciació que permet seqüenciar directament l'RNA sense necessitat de convertir-lo en DNA.

Tècnica de seqüenciació que té una mida petita, per tant, és fàcil de transportar.

Tècnica de seqüenciació que es pot utilitzar per sequenciar genomes complets. Això significa que pot seqüenciar tot el material genètic d'un organisme.

Tècnica de seqüenciació que es pot utilitzar per sequenciar metagenomes. Això significa que pot sequenciar el DNA de diverses espècies que es troben en un mateix entorn.

Tècnica de seqüenciació que es pot utilitzar per estudiar epigenomes. Això significa que pot examinar les modificacions en el DNA que no afecten la seqüència de bases, però que sí que influeixen en l'expressió dels gens.

Tècnica de seqüenciació que es pot utilitzar per fer anàlisis transcriptòmiques. Això significa que pot analitzar l'abundància de cada molècula d'RNA en una mostra.

Un procés de PCR que amplifica una regió específica de l'ADN, en aquest cas, les regions V3 i V4 del gen 16S rRNA. Aquesta PCR s'aplica a cada mostra individual que volem analitzar.

Una reacció de PCR que afegeix un

Una ampliació de l'ADN d'una mostra, on s'usa un codi de barres únic per identificar a cada mostra. Després d'aquest procés, les mostres es poden barrejar.

Un procés per separar i purificar els productes de PCR, per exemple, amb un gel d'agarosa o un sistema de purificació d'ADN.

Es fa servir un 'Bioanalyzer' per a validar la qualitat i quantitat dels productes de PCR. Aquesta validació garanteix que l'ADN està preparat per a la seqüenciació.

Els productes de PCR es quantifiquen per determinar-ne la concentració. Després, s'ajusten les concentracions a un nivell uniforme en un procés de normalització, i les mostres es combinen en un grup de mostres total.

Aquest procés es basa en l'anàlisi dels genomes de microorganismes presents en una mostra, com el sòl, el fetge o la microbiota intestinal.

Aquest procés és un mètode per a amplificar i seqüenciar l'ADN d'un grup de mostres. L'objectiu és identificar i quantificar els microorganismes presents en cada mostra.

Un procés per a sequenciar l'ADN d'un organisme, generalment seguint una sèrie d'etapes predefinides.