Sequenziamento del DNA
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Questions and Answers

Che cosa si può studiare grazie alle piattaforme di nuova generazione?

  • Le isoforme di espressione dei geni
  • Le modificazioni epigenetiche sull'RNA (correct)
  • Le proteine esprimibili
  • La struttura del DNA

    • Quale tecnica molecolare è stata una delle prime applicazioni per studiare l'espressione genica?

  • La tecnica di sequenziamento
  • La PCR real-time
  • La trasformazione genica
  • Il Northern blot (correct)

    • Che cosa vengono utilizzati per rilevare il prodotto di amplificazione nella PCR real-time?

  • Anticorpi monoclonali
  • Marcatrici radioattive
  • Sonde marcate con fluorocromi (correct)
  • Enzimi di restrizione

    • Come vengono studiate le differenze nell'espressione genica tra cellule diverse?

    <p>Confrontando l'espressione di geni in cellule trattate con farmaci rispetto alle cellule di controllo</p> Signup and view all the answers

    Che cosa possono essere utilizzati per studiare le isoforme di espressione delle proteine?

    <p>Le piattaforme di nuova generazione</p> Signup and view all the answers

    Che cosa si possono studiare grazie alle piattaforme di nuova generazione per esprimere i geni di fusione?

    <p>I geni di fusione</p> Signup and view all the answers

    Perché le grandi piattaforme di terza e quarta generazione hanno un'accuratezza inferiore rispetto alle piattaforme di sequenziamento di ultima generazione?

    <p>Perché il segnale che si accumula è troppo intenso per discriminare a quante basi uguali è associato</p> Signup and view all the answers

    Cosa avviene nella fase di preparazione dei campioni per la sequenziamento?

    <p>La miscela di frammenti da sequenziare si carica nel capillare</p> Signup and view all the answers

    Cosa rappresenta la ione sphere particle?

    <p>Le biglie ricoperte che si generano durante la PCR ad emulsione</p> Signup and view all the answers

    Che cosa avviene durante la fase di incorporazione del nucleotide terminatore?

    <p>Si forma il segnale che si accumula</p> Signup and view all the answers

    Che cosa permette la fase successiva dopo la PCR ad emulsione?

    <p>La selezione delle biglie che sono ricoperte dallo stesso frammento di DNA</p> Signup and view all the answers

    Che cosa fa il Pirosequenziatore?

    <p>L'amplificazione clonale mediante la PCR ad emulsione</p> Signup and view all the answers

    In cosa consiste il segnale rilevato nella piattaforma Ion Torrent?

    <p>Una variazione di pH</p> Signup and view all the answers

    Come avviene l'amplificazione clonale nella piattaforma Illumina?

    <p>Con la PCR a ponte</p> Signup and view all the answers

    Perché il costo e la manutenzione delle piattaforme Illumina è più elevato?

    <p>Perché hanno bisogno di laser capaci di rilevare la fluorescenza</p> Signup and view all the answers

    Cosa significa l'acronimo SMRT nella piattaforma PACBIO?

    <p>Single Molecule Real Time</p> Signup and view all the answers

    Qual è la caratteristica principale della piattaforma SMRT di PACBIO?

    <p>Consente di sequenziare le singole molecole in maniera diretta e immediata</p> Signup and view all the answers

    Quale è la principale differenza tra la piattaforma Ion Torrent e la piattaforma Illumina?

    <p>La piattaforma Ion Torrent utilizza una variazione di pH come segnale, mentre la piattaforma Illumina utilizza un segnale fluorescente</p> Signup and view all the answers

    Che cosa determina il colore dell'emissione fluorescente?

    <p>La differenza nell'espressione del gene tra cellula normale e cellula tumorale</p> Signup and view all the answers

    Che cosa viene aggiunto ai frammenti generati dal materiale di partenza?

    <p>Adattatori</p> Signup and view all the answers

    Perché è utile avere sequenze paired end?

    <p>Per aumentare la qualità del dato</p> Signup and view all the answers

    Cos'è l'obiettivo finale del processo di sequenziamento?

    <p>Raggiungere la quantizzazione dell'espressione dei geni</p> Signup and view all the answers

    Che cosa viene utilizzato per allineare le sequenze generate?

    <p>I trascritti di riferimento</p> Signup and view all the answers

    Che cosa accade alla procedura sperimentale con le piattaforme di nuova generazione?

    <p>Cambia, perché si deve passare attraverso una trascrizione inversa</p> Signup and view all the answers

    Perché l'estrazione sequenziale del DNA non è considerata unvero replicato biologico?

    <p>Perché non è più rappresentativa dello stato iniziale dopo un giorno</p> Signup and view all the answers

    Quale tipo di replicato è più facile da ottenere nei pazienti?

    <p>Replicato tecnico</p> Signup and view all the answers

    Perché è importante avere un gruppo numeroso di pazienti per valutare la significatività di un risultato?

    <p>Perché alcuni pazienti possono non rispondere come previsto</p> Signup and view all the answers

    Cosa si ottiene attraverso l'estrazione del DNA da una biopsia o un campione di sangue?

    <p>Un campione di DNA</p> Signup and view all the answers

    Quale è il problema principale dell'estrazione sequenziale del DNA?

    <p>Non rappresenta più lo stato iniziale del campione</p> Signup and view all the answers

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