analisi dei promotori e analisi dei fattori di trascrizione
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Questions and Answers

Qual è il ruolo delle sequenze consenso nei siti per i fattori di trascrizione?

  • Hanno sequenze ben definite e fisse.
  • Non influenzano il funzionamento degli enzimi di restrizione.
  • Possono variare ma alcune basi sono conservate. (correct)
  • Interagiscono direttamente con la proteina in ogni caso.

    • Qual è il ruolo principale dei fattori di trascrizione nel processo di attivazione della trascrizione?

  • Modificare permanentemente il DNA.
  • Legarsi esclusivamente ai promotori.
  • Interagire con le proteine del mediatore. (correct)
  • Inibire l'attività degli enhancer.

    • Cosa deve considerare il software quando identifica le sequenze di nucleotidi?

  • Solo la lunghezza della sequenza.
  • La temperatura di denaturazione del DNA.
  • Il colore delle basi nucleotidiche.
  • Il peso e la probabilità di apparizione delle basi. (correct)

    • Cosa caratterizza i domini di attivazione trascrizionale?

    <p>Sono costituiti da piccole unità ripetute con debole capacità di attivazione.</p> Signup and view all the answers

    Quale delle seguenti affermazioni è vera riguardo il T iniziale in una sequenza consenso?

    <p>Può non essere presente, ma il suo peso deve essere considerato.</p> Signup and view all the answers

    Quale affermazione riguardo all'interazione tra Gcn4 e Gal11 è corretta?

    <p>Gcn4 permette un'interazione dinamica con diversi orientamenti.</p> Signup and view all the answers

    Come viene aggiornato il software utilizzato per identificare i fattori di trascrizione?

    <p>In base alle nuove informazioni sui fattori di trascrizione.</p> Signup and view all the answers

    Qual è la relazione tra pesi e basi conservate in una sequenza consenso?

    <p>Le basi più conservate hanno sempre un peso maggiore.</p> Signup and view all the answers

    Perché i complessi proteici come il mediatore sono considerati non specifici nel loro funzionamento?

    <p>Perché interagiscono con molteplici proteine e non solo con una specifica.</p> Signup and view all the answers

    Qual è l'effetto di un aumento nel numero di unità di attivazione in un dominio?

    <p>Aumenta la capacità di attivazione.</p> Signup and view all the answers

    Quali sono le caratteristiche principali dei domini proteici menzionati?

    <p>Sono spesso formati da aminoacidi acidi alternati a idrofobici.</p> Signup and view all the answers

    Cosa implica il termine 'complesso indistinto' (fuzzy) in riferimento all'interazione tra Gcn4 e Gal11?

    <p>Permette vari orientamenti e flessibilità nelle interazioni.</p> Signup and view all the answers

    Quale affermazione riguardo alla cromatina è corretta?

    <p>Si ripiega per permettere l'interazione con fattori di trascrizione lontani.</p> Signup and view all the answers

    Qual è la funzione della nucleasi S1 nell'esperimento descritto?

    <p>Tagliare il cDNA a DNA a singolo filamento</p> Signup and view all the answers

    Qual è il ruolo del promotore minimo nell'esperimento?

    <p>Attivare la trascrizione del gene reporter</p> Signup and view all the answers

    Quali enzimi possono essere tradotti dai geni reporter?

    <p>CAT e luciferasi</p> Signup and view all the answers

    Cosa indica la lunghezza del probe osservata dopo la digestione?

    <p>Il numero di paia di basi residue</p> Signup and view all the answers

    Dove avviene la produzione del messaggero e del peptide dopo l'inserimento del plasmide nella cellula?

    <p>Nel nucleo della cellula</p> Signup and view all the answers

    Qual è il primo passo per identificare il promotore minimo?

    <p>Clonare la regione a monte del gene reporter</p> Signup and view all the answers

    Qual è la caratteristica principale della sonda marcata con fosforo radioattivo?

    <p>Consente l'identificazione di specifiche sequenze di RNA</p> Signup and view all the answers

    Qual è lo scopo di utilizzare un plasmide nel processo descritto?

    <p>Clonare sequenze di DNA per la sperimentazione</p> Signup and view all the answers

    Che tipo di cellule vengono utilizzate per l'inserimento del plasmide?

    <p>Cellule eucariotiche</p> Signup and view all the answers

    Quale isotopo radioattivo è utilizzato per marcare il DNA sintetico nella metodologie descritte?

    <p>Fosforo 32</p> Signup and view all the answers

    Cosa viene utilizzato per separare i frammenti di DNA generati dopo il trattamento con DNAsi?

    <p>Elettroforesi</p> Signup and view all the answers

    Qual è il primo passo nella mappatura delle regioni ad attività promotoriale per identificare i siti di legame dei fattori di trascrizione?

    <p>Analisi bioinformatica</p> Signup and view all the answers

    Quale strumento software è comunemente utilizzato per studi promotoriali?

    <p>TRANSFACT</p> Signup and view all the answers

    Cosa si intende per 'fattori di trascrizione' nelle metodologie discusse?

    <p>Proteine che facilitano la trascrizione del DNA in RNA</p> Signup and view all the answers

    Qual è la funzione della DNAsi nel processo descritto?

    <p>Degradare il DNA non protetto</p> Signup and view all the answers

    In quale fase si osserva la protezione del DNA durante la sperimentazione?

    <p>Dopo il trattamento con DNAsi</p> Signup and view all the answers

    Quale componente non è direttamente coinvolto nell'usare il DNA sinteticamente marcato?

    <p>Centrifugazione</p> Signup and view all the answers

    Qual è l'importanza dell'analisi bioinformatica nella ricerca promozionale?

    <p>Interpreta le sequenze per dedurre interazioni</p> Signup and view all the answers

    Quale passaggio viene fatto dopo che le proteine si legano al DNA marcato?

    <p>Elettroforesi dei frammenti di DNA</p> Signup and view all the answers

    Quale fattore di trascrizione è caratterizzato dalla presenza di glutammine?

    <p>SP1</p> Signup and view all the answers

    Qual è il principale ruolo dei reprimitori nella trascrizione?

    <p>Competere per il legame con gli attivatori su siti di legame condivisi</p> Signup and view all the answers

    Cosa regolano principalmente i reprimitori secondo il contenuto fornito?

    <p>Rimodellatori della cromatina</p> Signup and view all the answers

    Cosa bisogna analizzare per dimostrare le funzioni promotoriali di una regione genomica clonalizzata?

    <p>La regione di regolazione dell'espressione del gene</p> Signup and view all the answers

    Quale dei seguenti è un esempio di fattore di trascrizione inducibile?

    <p>Fattore ormonale</p> Signup and view all the answers

    Qual è la funzione chiave degli enhancer rispetto ai gene specifici?

    <p>Aumentare l'affinità per i fattori di trascrizione</p> Signup and view all the answers

    Qual è uno dei principali fattori che influenzano l'efficienza del legame con l'apparato basale della trascrizione?

    <p>La forza del legame di fattori specifici come SP1</p> Signup and view all the answers

    Cosa determina la lunghezza della regione che regola l'espressione di un gene?

    <p>La presenza di elementi regolatori come silencer ed enhancer</p> Signup and view all the answers

    Quale affermazione descrive meglio i fattori di trascrizione inducibili?

    <p>Richiedono legami specifici per esporre il dominio di attivazione</p> Signup and view all the answers

    Quale descrizione si applica ai silencer nel contesto della trascrizione?

    <p>Inibiscono l'attività degli attivatori e possono regolare variabili di trascrizione</p> Signup and view all the answers

    Study Notes

    Interazione tra Fattori di Trascrizione e Mediatori

    • Elementi regolatori possono trovarsi anche a notevole distanza dal promotore basale.
    • I GTF (fattori generali di trascrizione) si legano alla parte blu, mentre la parte verde contiene domini che interagiscono con il mediatore o le TAF (proteine associati al fattore di trascrizione).
    • Il mediatore è un complesso costituito da diverse proteine e la sua interazione avviene tramite domini proteici non specifici.

    Domini di Attivazione Trascrizionale

    • I domini di attivazione sono formati da unità ripetute dotate di debole capacità di attivazione.
    • L’aumento nel numero di unità ripetute intensifica la forza di attivazione.
    • Fattori di trascrizione inducibili espongono il dominio di attivazione solo in presenza di piccole molecole, come ormoni.

    Meccanismo d'Azione dei Represori

    • I represori non reprimono direttamente l’apparato della trascrizione, ma competono con attivatori per i siti di legame.
    • Possono anche modulare l'attività dei rimodellatori della cromatina.

    Analisi dei Promotori

    • Per dimostrare le funzioni promotoriali, occorre clonare una regione genomica a monte del primo esone di un gene.
    • L'analisi della regione regolatrice implica esperimenti per identificare il sito di inizio trascrizione e le interazioni con GTF, enhancer e silencer.

    Metodologia di Mappatura Promotoriale

    • Utilizzazione di cDNA marcato con fosforo radioattivo per identificare binding sites di fattori di trascrizione.
    • Impiego della nucleasi S1 per generare frammenti di DNA a singolo filamento e valutare la lunghezza dei prodotti tramite elettroforesi.

    Identificazione del Promotore Minimo

    • Clonazione della regione del sito di inizio trascrizione in un plasmide associato a geni reporter.
    • I geni reporter, come luciferasi o CAT, producono proteine facilmente rilevabili.

    Analisi Bioinformatica

    • Studio delle sequenze con software come TRANSFACT per identificare siti di legame dei fattori di trascrizione.
    • Le sequenze di consenso sono variabili, ma determinati nucleotidi sono più conservati rispetto ad altri all'interno della sequenza.
    • Il software considera anche il peso probabilistico di ciascun nucleotide per identificare la presenza di fattori di trascrizione.

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