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Questions and Answers
Qual è il ruolo delle sequenze consenso nei siti per i fattori di trascrizione?
Qual è il ruolo delle sequenze consenso nei siti per i fattori di trascrizione?
- Hanno sequenze ben definite e fisse.
- Non influenzano il funzionamento degli enzimi di restrizione.
- Possono variare ma alcune basi sono conservate. (correct)
- Interagiscono direttamente con la proteina in ogni caso.
Qual è il ruolo principale dei fattori di trascrizione nel processo di attivazione della trascrizione?
Qual è il ruolo principale dei fattori di trascrizione nel processo di attivazione della trascrizione?
- Modificare permanentemente il DNA.
- Legarsi esclusivamente ai promotori.
- Interagire con le proteine del mediatore. (correct)
- Inibire l'attività degli enhancer.
Cosa deve considerare il software quando identifica le sequenze di nucleotidi?
Cosa deve considerare il software quando identifica le sequenze di nucleotidi?
- Solo la lunghezza della sequenza.
- La temperatura di denaturazione del DNA.
- Il colore delle basi nucleotidiche.
- Il peso e la probabilità di apparizione delle basi. (correct)
Cosa caratterizza i domini di attivazione trascrizionale?
Cosa caratterizza i domini di attivazione trascrizionale?
Quale delle seguenti affermazioni è vera riguardo il T iniziale in una sequenza consenso?
Quale delle seguenti affermazioni è vera riguardo il T iniziale in una sequenza consenso?
Quale affermazione riguardo all'interazione tra Gcn4 e Gal11 è corretta?
Quale affermazione riguardo all'interazione tra Gcn4 e Gal11 è corretta?
Come viene aggiornato il software utilizzato per identificare i fattori di trascrizione?
Come viene aggiornato il software utilizzato per identificare i fattori di trascrizione?
Qual è la relazione tra pesi e basi conservate in una sequenza consenso?
Qual è la relazione tra pesi e basi conservate in una sequenza consenso?
Perché i complessi proteici come il mediatore sono considerati non specifici nel loro funzionamento?
Perché i complessi proteici come il mediatore sono considerati non specifici nel loro funzionamento?
Qual è l'effetto di un aumento nel numero di unità di attivazione in un dominio?
Qual è l'effetto di un aumento nel numero di unità di attivazione in un dominio?
Quali sono le caratteristiche principali dei domini proteici menzionati?
Quali sono le caratteristiche principali dei domini proteici menzionati?
Cosa implica il termine 'complesso indistinto' (fuzzy) in riferimento all'interazione tra Gcn4 e Gal11?
Cosa implica il termine 'complesso indistinto' (fuzzy) in riferimento all'interazione tra Gcn4 e Gal11?
Quale affermazione riguardo alla cromatina è corretta?
Quale affermazione riguardo alla cromatina è corretta?
Qual è la funzione della nucleasi S1 nell'esperimento descritto?
Qual è la funzione della nucleasi S1 nell'esperimento descritto?
Qual è il ruolo del promotore minimo nell'esperimento?
Qual è il ruolo del promotore minimo nell'esperimento?
Quali enzimi possono essere tradotti dai geni reporter?
Quali enzimi possono essere tradotti dai geni reporter?
Cosa indica la lunghezza del probe osservata dopo la digestione?
Cosa indica la lunghezza del probe osservata dopo la digestione?
Dove avviene la produzione del messaggero e del peptide dopo l'inserimento del plasmide nella cellula?
Dove avviene la produzione del messaggero e del peptide dopo l'inserimento del plasmide nella cellula?
Qual è il primo passo per identificare il promotore minimo?
Qual è il primo passo per identificare il promotore minimo?
Qual è la caratteristica principale della sonda marcata con fosforo radioattivo?
Qual è la caratteristica principale della sonda marcata con fosforo radioattivo?
Qual è lo scopo di utilizzare un plasmide nel processo descritto?
Qual è lo scopo di utilizzare un plasmide nel processo descritto?
Che tipo di cellule vengono utilizzate per l'inserimento del plasmide?
Che tipo di cellule vengono utilizzate per l'inserimento del plasmide?
Quale isotopo radioattivo è utilizzato per marcare il DNA sintetico nella metodologie descritte?
Quale isotopo radioattivo è utilizzato per marcare il DNA sintetico nella metodologie descritte?
Cosa viene utilizzato per separare i frammenti di DNA generati dopo il trattamento con DNAsi?
Cosa viene utilizzato per separare i frammenti di DNA generati dopo il trattamento con DNAsi?
Qual è il primo passo nella mappatura delle regioni ad attività promotoriale per identificare i siti di legame dei fattori di trascrizione?
Qual è il primo passo nella mappatura delle regioni ad attività promotoriale per identificare i siti di legame dei fattori di trascrizione?
Quale strumento software è comunemente utilizzato per studi promotoriali?
Quale strumento software è comunemente utilizzato per studi promotoriali?
Cosa si intende per 'fattori di trascrizione' nelle metodologie discusse?
Cosa si intende per 'fattori di trascrizione' nelle metodologie discusse?
Qual è la funzione della DNAsi nel processo descritto?
Qual è la funzione della DNAsi nel processo descritto?
In quale fase si osserva la protezione del DNA durante la sperimentazione?
In quale fase si osserva la protezione del DNA durante la sperimentazione?
Quale componente non è direttamente coinvolto nell'usare il DNA sinteticamente marcato?
Quale componente non è direttamente coinvolto nell'usare il DNA sinteticamente marcato?
Qual è l'importanza dell'analisi bioinformatica nella ricerca promozionale?
Qual è l'importanza dell'analisi bioinformatica nella ricerca promozionale?
Quale passaggio viene fatto dopo che le proteine si legano al DNA marcato?
Quale passaggio viene fatto dopo che le proteine si legano al DNA marcato?
Quale fattore di trascrizione è caratterizzato dalla presenza di glutammine?
Quale fattore di trascrizione è caratterizzato dalla presenza di glutammine?
Qual è il principale ruolo dei reprimitori nella trascrizione?
Qual è il principale ruolo dei reprimitori nella trascrizione?
Cosa regolano principalmente i reprimitori secondo il contenuto fornito?
Cosa regolano principalmente i reprimitori secondo il contenuto fornito?
Cosa bisogna analizzare per dimostrare le funzioni promotoriali di una regione genomica clonalizzata?
Cosa bisogna analizzare per dimostrare le funzioni promotoriali di una regione genomica clonalizzata?
Quale dei seguenti è un esempio di fattore di trascrizione inducibile?
Quale dei seguenti è un esempio di fattore di trascrizione inducibile?
Qual è la funzione chiave degli enhancer rispetto ai gene specifici?
Qual è la funzione chiave degli enhancer rispetto ai gene specifici?
Qual è uno dei principali fattori che influenzano l'efficienza del legame con l'apparato basale della trascrizione?
Qual è uno dei principali fattori che influenzano l'efficienza del legame con l'apparato basale della trascrizione?
Cosa determina la lunghezza della regione che regola l'espressione di un gene?
Cosa determina la lunghezza della regione che regola l'espressione di un gene?
Quale affermazione descrive meglio i fattori di trascrizione inducibili?
Quale affermazione descrive meglio i fattori di trascrizione inducibili?
Quale descrizione si applica ai silencer nel contesto della trascrizione?
Quale descrizione si applica ai silencer nel contesto della trascrizione?
Study Notes
Interazione tra Fattori di Trascrizione e Mediatori
- Elementi regolatori possono trovarsi anche a notevole distanza dal promotore basale.
- I GTF (fattori generali di trascrizione) si legano alla parte blu, mentre la parte verde contiene domini che interagiscono con il mediatore o le TAF (proteine associati al fattore di trascrizione).
- Il mediatore è un complesso costituito da diverse proteine e la sua interazione avviene tramite domini proteici non specifici.
Domini di Attivazione Trascrizionale
- I domini di attivazione sono formati da unità ripetute dotate di debole capacità di attivazione.
- L’aumento nel numero di unità ripetute intensifica la forza di attivazione.
- Fattori di trascrizione inducibili espongono il dominio di attivazione solo in presenza di piccole molecole, come ormoni.
Meccanismo d'Azione dei Represori
- I represori non reprimono direttamente l’apparato della trascrizione, ma competono con attivatori per i siti di legame.
- Possono anche modulare l'attività dei rimodellatori della cromatina.
Analisi dei Promotori
- Per dimostrare le funzioni promotoriali, occorre clonare una regione genomica a monte del primo esone di un gene.
- L'analisi della regione regolatrice implica esperimenti per identificare il sito di inizio trascrizione e le interazioni con GTF, enhancer e silencer.
Metodologia di Mappatura Promotoriale
- Utilizzazione di cDNA marcato con fosforo radioattivo per identificare binding sites di fattori di trascrizione.
- Impiego della nucleasi S1 per generare frammenti di DNA a singolo filamento e valutare la lunghezza dei prodotti tramite elettroforesi.
Identificazione del Promotore Minimo
- Clonazione della regione del sito di inizio trascrizione in un plasmide associato a geni reporter.
- I geni reporter, come luciferasi o CAT, producono proteine facilmente rilevabili.
Analisi Bioinformatica
- Studio delle sequenze con software come TRANSFACT per identificare siti di legame dei fattori di trascrizione.
- Le sequenze di consenso sono variabili, ma determinati nucleotidi sono più conservati rispetto ad altri all'interno della sequenza.
- Il software considera anche il peso probabilistico di ciascun nucleotide per identificare la presenza di fattori di trascrizione.
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Description
Questo quiz esplora i concetti di regolazione genica e l'organizzazione della cromatina. Si approfondisce il ruolo dei fattori di trascrizione e degli elementi regolatori, evidenziando come la distanza dal promotore influisce su questi processi. Ideale per studenti di biologia avanzata.
