Proteínas de Transcrição Activatoras em Xanthomonas

Study Notes

Proteínas de Transcrição Activatoras

As proteínas de transcrição activatoras, como as proteínas efectoras ou caudas, encontradas em bactérias patogénicas de plantas do gênero Xanthomonas, são uma classe de proteínas que se ligam ao DNA e atuam como fatores de transcrição.
Estas proteínas ativam genes específicos de plantas hospedeiras para apoiar a virulência de Xanthomonas.
Elas evoluíram devido à sua capacidade de mutar e adaptar rapidamente em resposta às mudanças nas sequências de promotoras de genes importantes de plantas.

Domínios de Repetição Variável (RVD)

As proteínas de transcrição activatoras contêm largas repetições chamadas domínios de repetição variável (RVD).
Cada RVD tem uma sequência de aminoácidos muito semelhante, com exceção de dois resíduos em posições 12 e 13.
Estes dois resíduos determinam a especificidade de ligação do domínio ao DNA.
A estrutura dos RVDs apresenta um motivo hélice-viragem-hélice.

Código RVD

O código RVD é uma ferramenta poderosa para a criação de proteínas com especificidade de ligação ao DNA.
Dependendo dos resíduos em posições 12 e 13, o domínio RVD pode se ligar a uma base específica do DNA.

Proteínas de Cauda (Talões)

As proteínas de cauda são uma classe de proteínas que se ligam ao DNA e atuam como fatores de transcrição.
Elas são compostas por uma série de RVDs assembling em uma sequência específica.
As proteínas de cauda são capazes de se ligar a uma sequência de DNA específica e criar uma quebra na dupla hélice.

Talonucleases

As talonucleases são uma classe de proteínas que se ligam ao DNA e atuam como fatores de transcrição e nucleases.
Elas são compostas por uma proteína de cauda e uma proteína de clivagem.
As talonucleases são capazes de criar quebras específicas no DNA e podem ser utilizadas para edição de genoma.

Características das Talonucleases

As talonucleases têm uma especificidade de ligação ao DNA de 30-40 bases.
Elas criam quebras com uma sobreposição de 5 bases 5' e 3' sobrepostas.
A maioria das talonucleases funcionam bem e são fáceis de montar em um laboratório padrão.

Vantagens e Desvantagens das Talonucleases

As talonucleases têm uma alta especificidade e podem ser utilizadas para edição de genoma.
No entanto, elas requerem a criação de proteínas engenheiradas e podem ter uma baixa eficiência de clivagem.
Além disso, elas podem criar quebras com uma sobreposição de 5 bases, o que pode ser mutagênico.

Evolução das Talonucleases

As talonucleases foram primeiramente utilizadas para edição de genoma em 2011.
Desde então, elas têm sido aprimoradas e melhoradas para reduzir a atividade off-target.
Novas RVDs foram desenvolvidas para melhorar a especificidade de ligação ao DNA.
Mudanças na arquitetura das talonucleases também foram feitas para melhorar a sua especificidade e eficiência.

Proteínas de Transcrição Activatoras

Proteínas de transcrição activatoras se ligam ao DNA e atuam como fatores de transcrição em bactérias patogénicas de plantas do gênero Xanthomonas.
Estas proteínas ativam genes específicos de plantas hospedeiras para apoiar a virulência de Xanthomonas.

Domínios de Repetição Variável (RVD)

Os RVDs são largas repetições presentes nas proteínas de transcrição activatoras.
Cada RVD tem uma sequência de aminoácidos muito semelhante, com exceção de dois resíduos em posições 12 e 13.
Os dois resíduos em posições 12 e 13 determinam a especificidade de ligação do domínio ao DNA.
A estrutura dos RVDs apresenta um motivo hélice-viragem-hélice.

Código RVD

O código RVD é uma ferramenta poderosa para a criação de proteínas com especificidade de ligação ao DNA.
Dependendo dos resíduos em posições 12 e 13, o domínio RVD pode se ligar a uma base específica do DNA.

Proteínas de Cauda (Talões)

As proteínas de cauda são compostas por uma série de RVDs assembling em uma sequência específica.
Elas são capazes de se ligar a uma sequência de DNA específica e criar uma quebra na dupla hélice.

Talonucleases

As talonucleases são compostas por uma proteína de cauda e uma proteína de clivagem.
Elas são capazes de criar quebras específicas no DNA e podem ser utilizadas para edição de genoma.

Características das Talonucleases

As talonucleases têm uma especificidade de ligação ao DNA de 30-40 bases.
Elas criam quebras com uma sobreposição de 5 bases 5' e 3' sobrepostas.

Vantagens e Desvantagens das Talonucleases

As talonucleases têm uma alta especificidade e podem ser utilizadas para edição de genoma.
No entanto, elas requerem a criação de proteínas engenheiradas e podem ter uma baixa eficiência de clivagem.
Além disso, elas podem criar quebras com uma sobreposição de 5 bases, o que pode ser mutagênico.

Evolução das Talonucleases

As talonucleases foram primeiramente utilizadas para edição de genoma em 2011.
Desde então, elas têm sido aprimoradas e melhoradas para reduzir a atividade off-target.
Novas RVDs foram desenvolvidas para melhorar a especificidade de ligação ao DNA.
Mudanças na arquitetura das talonucleases também foram feitas para melhorar a sua especificidade e eficiência.

Description

Proteínas que se ligam ao DNA e atuam como fatores de transcrição em bactérias patogénicas de plantas do gênero Xanthomonas. Elas ativam genes específicos de plantas hospedeiras para apoiar a virulência de Xanthomonas.