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Questions and Answers
Quel est l'élément fondamental à retenir concernant le séquençage Sanger ?
Quel est l'élément fondamental à retenir concernant le séquençage Sanger ?
Quel est le rôle des désoxynucléotides dans le séquençage de Sanger ?
Quel est le rôle des désoxynucléotides dans le séquençage de Sanger ?
Quelle affirmation décrit le mieux le séquençage Haut Débit ?
Quelle affirmation décrit le mieux le séquençage Haut Débit ?
Quel type de séquençage est spécifiquement différencié selon les tissus ?
Quel type de séquençage est spécifiquement différencié selon les tissus ?
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Comment sont marqués les didésoxynucléotides dans le séquençage de Sanger ?
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Que se passe-t-il lorsque qu'un didésoxynucléotide se fixe sur une chaîne d'ADN en cours d'élongation ?
Que se passe-t-il lorsque qu'un didésoxynucléotide se fixe sur une chaîne d'ADN en cours d'élongation ?
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Lorsqu'aucune sélection n'est faite dans le séquençage Haut Débit, quel type de données est généré ?
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Quel type d'information est obtenu à partir des profils de fluorescence dans le séquençage de Sanger ?
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Quel est le principal but d'analyser les variations du génome ?
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Quel aspect est crucial dans l'interprétation des résultats de séquençage ?
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Quel est l'effet de l'hétérozygotie sur les résultats du séquençage dans l'exemple donné ?
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Qu'est-ce qui détermine le passage de l'ADN au séquençage ARN ?
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Quelle est l'étape préalable nécessaire avant de procéder au séquençage de Sanger ?
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Comment les séquences sont-elles séparées dans le processus de séquençage de Sanger ?
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Quelles séquences sont analysées dans le cadre d'un séquençage Haut Débit centré sur les régions codantes ?
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Qu'est-ce qui caractérise un nucléotide interrupteur dans le séquençage de Sanger ?
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Quelle est la principale finalité du séquençage?
Quelle est la principale finalité du séquençage?
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Combien de variations ponctuelles peut-on espérer détecter par individu à partir du séquençage?
Combien de variations ponctuelles peut-on espérer détecter par individu à partir du séquençage?
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Quel type de prélèvement est le plus simple à étudier par séquençage?
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Quelle est la particularité de la conservation de l'ADN par rapport à l'ARN?
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Pourquoi est-il important de prendre en compte l'origine des prélèvements étudiés par séquençage?
Pourquoi est-il important de prendre en compte l'origine des prélèvements étudiés par séquençage?
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Quel est le nombre de variations de structure détectables par individu par rapport aux variations ponctuelles?
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Quel plan s'inscrit dans le déploiement du génome en première intention en France d'ici 2025?
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Quel est le principal objectif du Human Genome Project ?
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Qu’est-ce qui est extrait lors du prélèvement par frottis jugaux pour le séquençage?
Qu’est-ce qui est extrait lors du prélèvement par frottis jugaux pour le séquençage?
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Comment une mutation familiale connue peut-elle être utilisée dans le diagnostic prénatal ?
Comment une mutation familiale connue peut-elle être utilisée dans le diagnostic prénatal ?
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Pourquoi le génome de référence est-il considéré comme imparfait ?
Pourquoi le génome de référence est-il considéré comme imparfait ?
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Quel type de variation peut être confirmé par séquençage de Sanger ?
Quel type de variation peut être confirmé par séquençage de Sanger ?
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Quel est un exemple de mutation connue liée à une maladie génétique ?
Quel est un exemple de mutation connue liée à une maladie génétique ?
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Quel est le rôle du séquençage dans l'étude de la ségrégation familiale des mutations ?
Quel est le rôle du séquençage dans l'étude de la ségrégation familiale des mutations ?
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Quel est un risque associé à l'utilisation d'une référence génomique basée sur un individu ?
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Pour quelles raisons est-il crucial de définir une référence avant d'identifier une variation ?
Pour quelles raisons est-il crucial de définir une référence avant d'identifier une variation ?
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Quel est le principal but de l'établissement d'un génome de référence ?
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Quelles types de variations sont évoquées concernant le génome ?
Quelles types de variations sont évoquées concernant le génome ?
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Combien de variations ponctuelles (SNV) sont en moyenne présentes dans le génome humain ?
Combien de variations ponctuelles (SNV) sont en moyenne présentes dans le génome humain ?
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Quel est l'objectif final du recensement des variations génétiques par séquençage ?
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Quelles types de variations peuvent être héritées ?
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Quelle technologie est mentionnée comme essentielle pour mettre en évidence les variations génétiques ?
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Quelle estimation du nombre de variations associées aux pathologies récessives possèdent en moyenne les individus ?
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Quel type de mutation est souvent liée à des variations de structure dans le génome ?
Quel type de mutation est souvent liée à des variations de structure dans le génome ?
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Quel est l'aspect négatif associé au séquençage complet du génome dans le passé ?
Quel est l'aspect négatif associé au séquençage complet du génome dans le passé ?
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Quelle technologie est exclue du terme séquençage Haut-Débit ?
Quelle technologie est exclue du terme séquençage Haut-Débit ?
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Quel est le nombre approximatif de paires de bases dans l'exome d'un individu ?
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Quelle étape suit l'amplification clonale dans une approche de séquençage ?
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Dans une approche ciblant des gènes associés à la surdité, quelle est la technique utilisée ?
Dans une approche ciblant des gènes associés à la surdité, quelle est la technique utilisée ?
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Quel facteur n'est pas mentionné comme un indice de qualité important dans l'analyse du séquençage ?
Quel facteur n'est pas mentionné comme un indice de qualité important dans l'analyse du séquençage ?
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Quel type d'approche consiste à identifier spécifiquement les régions d'intérêt dans le génome ?
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Quelle étape est effectuée après l'alignement des fragments d'ADN avec le génome de référence ?
Quelle étape est effectuée après l'alignement des fragments d'ADN avec le génome de référence ?
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Study Notes
Génétique - Méthodes de séquençage
- Cours n°11: 18/11/2024, 11h-12h
- Enseignant: Dr T. SMOL, Correcteur: Julie Wojciechowski
- Binôme: Fontana Adam/ Flodrops Steven
Plan du Cours
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Partie 1: Éléments clés du séquençage
- Le séquençage ADN concerne tous les tissus, contrairement au séquençage ARN qui est spécifique à chaque tissu.
- Le séquençage Sanger est ciblé, nécessite une hypothèse diagnostique pour étudier des ségrégations familiales.
- Le séquençage Haut Débit utilise l'ADN fragmenté, potentiellement l'exome ou le génome entier.
- Le séquençage Haut Débit permet l'identification des mosaïques.
- La comparaison au génome de référence est la finalité du séquençage pour identifier les variations.
- Nombreuses variations entre individus (variations ponctuelles : 5x106 ; variations de structure : 103) impliquent la mise en place de filtres spécifiques pour l'étude.
- Le plan France Médecine Génomique vise le déploiement du séquençage génomique comme diagnostic routine d'ici 2025.
-
Partie 2: Généralités sur les prélèvements étudiés par séquençage
- L'origine des prélèvements est cruciale, car l'étude peut échouer si le tissu/ l'ADN n'est pas adapté à la démarche.
- L'étude peut se faire à partir d'ADN ou ARN.
-
Partie 3: Le séquençage Sanger
- Méthode historique, ciblée sur une région spécifique (500-1000 paires de bases).
- Utilisation de la PCR pour l'amplification avant le séquençage.
- L'ajout de didésoxynucléotides (interrupteurs) marque les séquences et détermine leurs longueurs
- Une réaction de séquençage classique permet de connaître le dernier nucléotide d'un fragment.
- Permet de vérifier des variations prédites par un autre séquençage plus large (haut-débit).
-
Partie 4: Le séquençage Sanger : pour qui ?
- Utile pour confirmer une variation détectée par séquençage haut-débit.
- Très utile pour le cas de ségrégations familiales.
- Utile pour le diagnostic prénatal pour recherche d'une mutation familiale connue.
-
Partie 5: Comment définir qu'un événement est une variation ?
- On se réfère au génome de référence pour comparer la séquence étudiée.
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Partie 6: Le génome de référence
- Constitué suite à une étude de 15 ans (1990-2003), impliquant une vingtaine d'individus pour une comparaison aux génomes individuels.
- Contient des biais de populations, principalement européennes et afro-américaines.
- Diffère d'un génome individuel par des SNV (variations ponctuelles), INDELs (insertions-délétions), et CNV (variations de structure).
-
Partie 7: Le séquençage Haut Débit
- Approche complète d'une région d'intérêt ou du génome entier.
- Fragments d'ADN, clonage et séquençage de ces fragments.
- Utilisation dans le cadre de tests de diagnostic ou recherches.
- Importante collaboration entre le domaine bio-informatique et la génétique.
-
Partie 8: Indices qualité pour le séquençage haut-débit
- Profondeur (nombre de fois qu'une position est lue) et couverture (pourcentage de la région couverte).
- Plus la profondeur et la couverture sont élevées, plus les résultats sont précis.
-
Partie 9: Analyses positives ou négatives
- Vérifier correspondance au phénotype.
- Évaluer si la mutation est présente sur un autre prélèvement.
- Extension de la ségrégation familiale si nécessaire.
- Analyser si la variation est impliquée dans la maladie (si le résultat est non-conclusif).
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Partie 10: Sélection entre le panel, l'exome et le génome
- Choisir la bonne technique en fonction de la recherche ou du diagnostic.
- L'analyse du génome est ciblé en fonction du diagnostic.
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Partie 11: Filtres
- Mise à l'écart de variations courantes qui ne sont pas en lien avec le phénotype.
- Analyse des variantes d'intérêt.
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Partie 12: Au final que faire?
- Choix de technique (panel, exome/ génome).
- Analyse positive ou négative.
- Encadrements législatifs. (Consentement, raisons médicales/science).
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Description
Ce quiz porte sur les méthodes de séquençage en génétique, abordées lors du cours n°11. Il couvre des concepts clés tels que le séquençage ADN, le séquençage Haut Débit, et les variations génétiques. Testez vos connaissances sur ces techniques essentielles dans la recherche génomique.
