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Questions and Answers
Quel est l'élément fondamental à retenir concernant le séquençage Sanger ?
Quel est l'élément fondamental à retenir concernant le séquençage Sanger ?
- Il permet d'analyser tous les types d'ADN sans hypothèse préalable.
- Il nécessite une hypothèse diagnostique pour être utilisé. (correct)
- Il est plus rapide que le séquençage Haut Débit.
- Il est utilisé pour le séquençage des gonosomes uniquement.
Quel est le rôle des désoxynucléotides dans le séquençage de Sanger ?
Quel est le rôle des désoxynucléotides dans le séquençage de Sanger ?
- Ils sont des nucléotides non marqués utilisés pour l'élongation. (correct)
- Ils ajoutent des groupes fluorochromes aux nucléotides.
- Ils sont les nucléotides qui s'interrompent lors de l'addition.
- Ils permettent l'élargissement de la séquence d'ADN.
Quelle affirmation décrit le mieux le séquençage Haut Débit ?
Quelle affirmation décrit le mieux le séquençage Haut Débit ?
- Il est exclusivement destiné aux maladies génétiques rares.
- Il ne peut être effectué qu'avec des échantillons d'ADN non fragmentés.
- Il nécessite l'hypothèse d'un scénario de ségrégation familiale.
- Il implique une analyse bioinformatique approfondie des séquences. (correct)
Quel type de séquençage est spécifiquement différencié selon les tissus ?
Quel type de séquençage est spécifiquement différencié selon les tissus ?
Comment sont marqués les didésoxynucléotides dans le séquençage de Sanger ?
Comment sont marqués les didésoxynucléotides dans le séquençage de Sanger ?
Que se passe-t-il lorsque qu'un didésoxynucléotide se fixe sur une chaîne d'ADN en cours d'élongation ?
Que se passe-t-il lorsque qu'un didésoxynucléotide se fixe sur une chaîne d'ADN en cours d'élongation ?
Lorsqu'aucune sélection n'est faite dans le séquençage Haut Débit, quel type de données est généré ?
Lorsqu'aucune sélection n'est faite dans le séquençage Haut Débit, quel type de données est généré ?
Quel type d'information est obtenu à partir des profils de fluorescence dans le séquençage de Sanger ?
Quel type d'information est obtenu à partir des profils de fluorescence dans le séquençage de Sanger ?
Quel est le principal but d'analyser les variations du génome ?
Quel est le principal but d'analyser les variations du génome ?
Quel aspect est crucial dans l'interprétation des résultats de séquençage ?
Quel aspect est crucial dans l'interprétation des résultats de séquençage ?
Quel est l'effet de l'hétérozygotie sur les résultats du séquençage dans l'exemple donné ?
Quel est l'effet de l'hétérozygotie sur les résultats du séquençage dans l'exemple donné ?
Qu'est-ce qui détermine le passage de l'ADN au séquençage ARN ?
Qu'est-ce qui détermine le passage de l'ADN au séquençage ARN ?
Quelle est l'étape préalable nécessaire avant de procéder au séquençage de Sanger ?
Quelle est l'étape préalable nécessaire avant de procéder au séquençage de Sanger ?
Comment les séquences sont-elles séparées dans le processus de séquençage de Sanger ?
Comment les séquences sont-elles séparées dans le processus de séquençage de Sanger ?
Quelles séquences sont analysées dans le cadre d'un séquençage Haut Débit centré sur les régions codantes ?
Quelles séquences sont analysées dans le cadre d'un séquençage Haut Débit centré sur les régions codantes ?
Qu'est-ce qui caractérise un nucléotide interrupteur dans le séquençage de Sanger ?
Qu'est-ce qui caractérise un nucléotide interrupteur dans le séquençage de Sanger ?
Quelle est la principale finalité du séquençage?
Quelle est la principale finalité du séquençage?
Combien de variations ponctuelles peut-on espérer détecter par individu à partir du séquençage?
Combien de variations ponctuelles peut-on espérer détecter par individu à partir du séquençage?
Quel type de prélèvement est le plus simple à étudier par séquençage?
Quel type de prélèvement est le plus simple à étudier par séquençage?
Quelle est la particularité de la conservation de l'ADN par rapport à l'ARN?
Quelle est la particularité de la conservation de l'ADN par rapport à l'ARN?
Pourquoi est-il important de prendre en compte l'origine des prélèvements étudiés par séquençage?
Pourquoi est-il important de prendre en compte l'origine des prélèvements étudiés par séquençage?
Quel est le nombre de variations de structure détectables par individu par rapport aux variations ponctuelles?
Quel est le nombre de variations de structure détectables par individu par rapport aux variations ponctuelles?
Quel plan s'inscrit dans le déploiement du génome en première intention en France d'ici 2025?
Quel plan s'inscrit dans le déploiement du génome en première intention en France d'ici 2025?
Quel est le principal objectif du Human Genome Project ?
Quel est le principal objectif du Human Genome Project ?
Qu’est-ce qui est extrait lors du prélèvement par frottis jugaux pour le séquençage?
Qu’est-ce qui est extrait lors du prélèvement par frottis jugaux pour le séquençage?
Comment une mutation familiale connue peut-elle être utilisée dans le diagnostic prénatal ?
Comment une mutation familiale connue peut-elle être utilisée dans le diagnostic prénatal ?
Pourquoi le génome de référence est-il considéré comme imparfait ?
Pourquoi le génome de référence est-il considéré comme imparfait ?
Quel type de variation peut être confirmé par séquençage de Sanger ?
Quel type de variation peut être confirmé par séquençage de Sanger ?
Quel est un exemple de mutation connue liée à une maladie génétique ?
Quel est un exemple de mutation connue liée à une maladie génétique ?
Quel est le rôle du séquençage dans l'étude de la ségrégation familiale des mutations ?
Quel est le rôle du séquençage dans l'étude de la ségrégation familiale des mutations ?
Quel est un risque associé à l'utilisation d'une référence génomique basée sur un individu ?
Quel est un risque associé à l'utilisation d'une référence génomique basée sur un individu ?
Pour quelles raisons est-il crucial de définir une référence avant d'identifier une variation ?
Pour quelles raisons est-il crucial de définir une référence avant d'identifier une variation ?
Quel est le principal but de l'établissement d'un génome de référence ?
Quel est le principal but de l'établissement d'un génome de référence ?
Quelles types de variations sont évoquées concernant le génome ?
Quelles types de variations sont évoquées concernant le génome ?
Combien de variations ponctuelles (SNV) sont en moyenne présentes dans le génome humain ?
Combien de variations ponctuelles (SNV) sont en moyenne présentes dans le génome humain ?
Quel est l'objectif final du recensement des variations génétiques par séquençage ?
Quel est l'objectif final du recensement des variations génétiques par séquençage ?
Quelles types de variations peuvent être héritées ?
Quelles types de variations peuvent être héritées ?
Quelle technologie est mentionnée comme essentielle pour mettre en évidence les variations génétiques ?
Quelle technologie est mentionnée comme essentielle pour mettre en évidence les variations génétiques ?
Quelle estimation du nombre de variations associées aux pathologies récessives possèdent en moyenne les individus ?
Quelle estimation du nombre de variations associées aux pathologies récessives possèdent en moyenne les individus ?
Quel type de mutation est souvent liée à des variations de structure dans le génome ?
Quel type de mutation est souvent liée à des variations de structure dans le génome ?
Quel est l'aspect négatif associé au séquençage complet du génome dans le passé ?
Quel est l'aspect négatif associé au séquençage complet du génome dans le passé ?
Quelle technologie est exclue du terme séquençage Haut-Débit ?
Quelle technologie est exclue du terme séquençage Haut-Débit ?
Quel est le nombre approximatif de paires de bases dans l'exome d'un individu ?
Quel est le nombre approximatif de paires de bases dans l'exome d'un individu ?
Quelle étape suit l'amplification clonale dans une approche de séquençage ?
Quelle étape suit l'amplification clonale dans une approche de séquençage ?
Dans une approche ciblant des gènes associés à la surdité, quelle est la technique utilisée ?
Dans une approche ciblant des gènes associés à la surdité, quelle est la technique utilisée ?
Quel facteur n'est pas mentionné comme un indice de qualité important dans l'analyse du séquençage ?
Quel facteur n'est pas mentionné comme un indice de qualité important dans l'analyse du séquençage ?
Quel type d'approche consiste à identifier spécifiquement les régions d'intérêt dans le génome ?
Quel type d'approche consiste à identifier spécifiquement les régions d'intérêt dans le génome ?
Quelle étape est effectuée après l'alignement des fragments d'ADN avec le génome de référence ?
Quelle étape est effectuée après l'alignement des fragments d'ADN avec le génome de référence ?
Flashcards
Séquençage ADN
Séquençage ADN
Technique pour déterminer la séquence de bases d'un ADN. Concerne tous les tissus.
Séquençage ARN
Séquençage ARN
Détermine la séquence de bases d'un ARN. Différencié selon les tissus.
Séquençage Sanger
Séquençage Sanger
Méthode ciblée de séquençage nécessitant une hypothèse diagnostique. Utilisé dans les études de ségrégation familiale.
Séquençage Haut Débit
Séquençage Haut Débit
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Génome de référence
Génome de référence
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Variations génomiques
Variations génomiques
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Mosaïques (génétiques)
Mosaïques (génétiques)
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Bio-informatique
Bio-informatique
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Finalité du séquençage
Finalité du séquençage
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Variations ponctuelles
Variations ponctuelles
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Variations de structure
Variations de structure
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Filtrage des variations
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Plan France Médecine Génomique
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ADN
ADN
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ARN
ARN
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Sources de prélèvements (ADN)
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Didésoxynucléotides
Didésoxynucléotides
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Amorces
Amorces
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Hétérozygote
Hétérozygote
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Profil de fluorescence
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Mutation
Mutation
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Séquençage pour une région donnée
Séquençage pour une région donnée
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Diagnostic prénatal
Diagnostic prénatal
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Mutation familiale
Mutation familiale
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Étude de ségrégation familiale
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Biais de population
Biais de population
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Human Genome Project
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SNV (Single Nucleotide Variation)
SNV (Single Nucleotide Variation)
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INDEL
INDEL
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CNV (Copy Number Variation)
CNV (Copy Number Variation)
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Mutations pathogènes
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Approche par génome complet
Approche par génome complet
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Approche par régions d'intérêt
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Exome
Exome
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Alignement des fragments
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Appel des différences
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Annotation des variations
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Indices de qualité
Indices de qualité
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Study Notes
Génétique - Méthodes de séquençage
- Cours n°11: 18/11/2024, 11h-12h
- Enseignant: Dr T. SMOL, Correcteur: Julie Wojciechowski
- Binôme: Fontana Adam/ Flodrops Steven
Plan du Cours
-
Partie 1: Éléments clés du séquençage
- Le séquençage ADN concerne tous les tissus, contrairement au séquençage ARN qui est spécifique à chaque tissu.
- Le séquençage Sanger est ciblé, nécessite une hypothèse diagnostique pour étudier des ségrégations familiales.
- Le séquençage Haut Débit utilise l'ADN fragmenté, potentiellement l'exome ou le génome entier.
- Le séquençage Haut Débit permet l'identification des mosaïques.
- La comparaison au génome de référence est la finalité du séquençage pour identifier les variations.
- Nombreuses variations entre individus (variations ponctuelles : 5x106 ; variations de structure : 103) impliquent la mise en place de filtres spécifiques pour l'étude.
- Le plan France Médecine Génomique vise le déploiement du séquençage génomique comme diagnostic routine d'ici 2025.
-
Partie 2: Généralités sur les prélèvements étudiés par séquençage
- L'origine des prélèvements est cruciale, car l'étude peut échouer si le tissu/ l'ADN n'est pas adapté à la démarche.
- L'étude peut se faire à partir d'ADN ou ARN.
-
Partie 3: Le séquençage Sanger
- Méthode historique, ciblée sur une région spécifique (500-1000 paires de bases).
- Utilisation de la PCR pour l'amplification avant le séquençage.
- L'ajout de didésoxynucléotides (interrupteurs) marque les séquences et détermine leurs longueurs
- Une réaction de séquençage classique permet de connaître le dernier nucléotide d'un fragment.
- Permet de vérifier des variations prédites par un autre séquençage plus large (haut-débit).
-
Partie 4: Le séquençage Sanger : pour qui ?
- Utile pour confirmer une variation détectée par séquençage haut-débit.
- Très utile pour le cas de ségrégations familiales.
- Utile pour le diagnostic prénatal pour recherche d'une mutation familiale connue.
-
Partie 5: Comment définir qu'un événement est une variation ?
- On se réfère au génome de référence pour comparer la séquence étudiée.
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Partie 6: Le génome de référence
- Constitué suite à une étude de 15 ans (1990-2003), impliquant une vingtaine d'individus pour une comparaison aux génomes individuels.
- Contient des biais de populations, principalement européennes et afro-américaines.
- Diffère d'un génome individuel par des SNV (variations ponctuelles), INDELs (insertions-délétions), et CNV (variations de structure).
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Partie 7: Le séquençage Haut Débit
- Approche complète d'une région d'intérêt ou du génome entier.
- Fragments d'ADN, clonage et séquençage de ces fragments.
- Utilisation dans le cadre de tests de diagnostic ou recherches.
- Importante collaboration entre le domaine bio-informatique et la génétique.
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Partie 8: Indices qualité pour le séquençage haut-débit
- Profondeur (nombre de fois qu'une position est lue) et couverture (pourcentage de la région couverte).
- Plus la profondeur et la couverture sont élevées, plus les résultats sont précis.
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Partie 9: Analyses positives ou négatives
- Vérifier correspondance au phénotype.
- Évaluer si la mutation est présente sur un autre prélèvement.
- Extension de la ségrégation familiale si nécessaire.
- Analyser si la variation est impliquée dans la maladie (si le résultat est non-conclusif).
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Partie 10: Sélection entre le panel, l'exome et le génome
- Choisir la bonne technique en fonction de la recherche ou du diagnostic.
- L'analyse du génome est ciblé en fonction du diagnostic.
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Partie 11: Filtres
- Mise à l'écart de variations courantes qui ne sont pas en lien avec le phénotype.
- Analyse des variantes d'intérêt.
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Partie 12: Au final que faire?
- Choix de technique (panel, exome/ génome).
- Analyse positive ou négative.
- Encadrements législatifs. (Consentement, raisons médicales/science).
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