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Questions and Answers
¿Cuál es la primera etapa en la extracción de ácidos nucleicos?
¿Cuál es la primera etapa en la extracción de ácidos nucleicos?
- Purificación de los ácidos nucleicos
- Extracción de los ácidos nucleicos
- Pretratamiento de la muestra (correct)
- Lisis de los hematíes
¿Qué proceso se utiliza para eliminar la hemoglobina en el pretratamiento de sangre?
¿Qué proceso se utiliza para eliminar la hemoglobina en el pretratamiento de sangre?
- Purificación del sobrenadante
- Agitación manual
- Centrifugado de la muestra
- Lisis de los hematíes (correct)
¿Qué se debe evitar para mantener la integridad del ADN en la sangre?
¿Qué se debe evitar para mantener la integridad del ADN en la sangre?
- Almacenarla a temperaturas superiores a 4ºC
- Realizar la extracción más de 48 horas después de la recolección (correct)
- Almacenar la sangre con EDTA
- Congelarla durante más de 7 días
¿Qué es necesario para el pretratamiento de tejidos fijados en formol?
¿Qué es necesario para el pretratamiento de tejidos fijados en formol?
¿Cuál es el objetivo principal del pretratamiento de la sangre?
¿Cuál es el objetivo principal del pretratamiento de la sangre?
¿Qué tipo de muestra no se debe almacenar más de 3 días si se requiere ADN íntegro?
¿Qué tipo de muestra no se debe almacenar más de 3 días si se requiere ADN íntegro?
¿Qué se obtiene tras el centrifugado de la muestra en el pretratamiento de sangre?
¿Qué se obtiene tras el centrifugado de la muestra en el pretratamiento de sangre?
¿Cuál de las siguientes afirmaciones sobre la extracción de ácidos nucleicos es correcta?
¿Cuál de las siguientes afirmaciones sobre la extracción de ácidos nucleicos es correcta?
¿Cuál es el primer paso en el proceso de desparafinización de tejidos FFPE?
¿Cuál es el primer paso en el proceso de desparafinización de tejidos FFPE?
En el pretratamiento de cultivos de bacterias y levaduras en medio líquido, ¿qué es lo que se hace después de centrifugar el tubo?
En el pretratamiento de cultivos de bacterias y levaduras en medio líquido, ¿qué es lo que se hace después de centrifugar el tubo?
¿Cuál de los siguientes métodos se puede usar para recolectar células de la mucosa oral?
¿Cuál de los siguientes métodos se puede usar para recolectar células de la mucosa oral?
¿Qué tipo de agente se utiliza para la fluidificación del esputo?
¿Qué tipo de agente se utiliza para la fluidificación del esputo?
Al recolectar colonias aisladas sobre un medio sólido, ¿cómo se procede a su resuspensión?
Al recolectar colonias aisladas sobre un medio sólido, ¿cómo se procede a su resuspensión?
¿Qué sucede con el sobrenadante en el pretratamiento de células de la mucosa oral?
¿Qué sucede con el sobrenadante en el pretratamiento de células de la mucosa oral?
¿Qué compuestos se utilizan para realizar la desparafinización en tejidos FFPE?
¿Qué compuestos se utilizan para realizar la desparafinización en tejidos FFPE?
¿Qué se añade al esputo para descontaminar la muestra si se desea detectar micobacterias?
¿Qué se añade al esputo para descontaminar la muestra si se desea detectar micobacterias?
¿Cuál es el principal componente que se utiliza para desestructurar la bicapa lipídica de las membranas durante el proceso de lisis celular?
¿Cuál es el principal componente que se utiliza para desestructurar la bicapa lipídica de las membranas durante el proceso de lisis celular?
¿Qué función cumple el EDTA en el proceso de lisis celular?
¿Qué función cumple el EDTA en el proceso de lisis celular?
¿Cuál de los siguientes tratamientos se utiliza para liberar el contenido celular en células con pared celular?
¿Cuál de los siguientes tratamientos se utiliza para liberar el contenido celular en células con pared celular?
¿Qué tipo de tratamiento es el bromuro de cetril-trimetril-amonio (CTAB) en el proceso de lisis celular?
¿Qué tipo de tratamiento es el bromuro de cetril-trimetril-amonio (CTAB) en el proceso de lisis celular?
¿Cuál es el efecto del isotiocionato de guanidinio en la purificación de ARN?
¿Cuál es el efecto del isotiocionato de guanidinio en la purificación de ARN?
¿Qué tipo de tratamiento se realiza para degradar las paredes celulares de bacterias gram positivas?
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¿Qué se debe verificar tras el proceso de lisis para asegurar resultados exitosos?
¿Qué se debe verificar tras el proceso de lisis para asegurar resultados exitosos?
¿Cuál es el papel de las ADN-asas en la lisis celular?
¿Cuál es el papel de las ADN-asas en la lisis celular?
¿Cuál es el primer paso necesario para eliminar el ARN presente en el lisado durante la extracción de ADN?
¿Cuál es el primer paso necesario para eliminar el ARN presente en el lisado durante la extracción de ADN?
¿Por qué no es necesario eliminar el ARN en las muestras de sangre periférica?
¿Por qué no es necesario eliminar el ARN en las muestras de sangre periférica?
¿Cuál es la función del acetato sódico durante la precipitación del ADN?
¿Cuál es la función del acetato sódico durante la precipitación del ADN?
Durante la purificación de ácidos nucleicos, ¿qué se utiliza para retirar los compuestos solubles en solventes orgánicos?
Durante la purificación de ácidos nucleicos, ¿qué se utiliza para retirar los compuestos solubles en solventes orgánicos?
¿Qué sucede con el ADN cuando se añade alcohol durante el proceso de precipitación?
¿Qué sucede con el ADN cuando se añade alcohol durante el proceso de precipitación?
¿Cuál de las siguientes afirmaciones es correcta sobre la fase acuosa y la fase orgánica después de centrifugar el lisado?
¿Cuál de las siguientes afirmaciones es correcta sobre la fase acuosa y la fase orgánica después de centrifugar el lisado?
¿A qué temperatura se debe incubar la muestra después de añadir ARNasa A?
¿A qué temperatura se debe incubar la muestra después de añadir ARNasa A?
¿Cuál es el objetivo de la purificación de ácidos nucleicos?
¿Cuál es el objetivo de la purificación de ácidos nucleicos?
¿Qué sucede con el ADN después de eliminarlo completamente del tubo?
¿Qué sucede con el ADN después de eliminarlo completamente del tubo?
¿Cuál es el propósito de la incubación inicial a 55-95ºC durante la rehidratación del ADN?
¿Cuál es el propósito de la incubación inicial a 55-95ºC durante la rehidratación del ADN?
¿Cuál es la función principal de la precipitación con sales (salting out)?
¿Cuál es la función principal de la precipitación con sales (salting out)?
¿Qué tipo de intercambiadores se utilizan para la purificación de ácidos nucleicos?
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¿Qué se hace con el sobrenadante después de precipitar proteínas en el proceso de salting out?
¿Qué se hace con el sobrenadante después de precipitar proteínas en el proceso de salting out?
¿Qué componente se añade al sobrenadante para precipitar el ADN?
¿Qué componente se añade al sobrenadante para precipitar el ADN?
¿Cuál es la temperatura ideal para la incubación final en la rehidratación del ADN?
¿Cuál es la temperatura ideal para la incubación final en la rehidratación del ADN?
Al lavar el ADN después de su precipitación, ¿qué tipo de solvente se utiliza?
Al lavar el ADN después de su precipitación, ¿qué tipo de solvente se utiliza?
¿Cuál es la función principal de los plásmidos en el contexto de la biología molecular?
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¿Cuál es la función del detergente aniónico SDS en la lisis alcalina?
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¿Qué sucede durante la neutralización rápida en el proceso de purificación de plásmidos?
¿Qué sucede durante la neutralización rápida en el proceso de purificación de plásmidos?
¿Por qué se debe trabajar en condiciones especiales para la purificación del ARN?
¿Por qué se debe trabajar en condiciones especiales para la purificación del ARN?
¿Qué agente se menciona como el más utilizado para inactivar ARNasas en la solución de lisis?
¿Qué agente se menciona como el más utilizado para inactivar ARNasas en la solución de lisis?
¿Cuál es el primer paso del procedimiento de purificación de plásmidos?
¿Cuál es el primer paso del procedimiento de purificación de plásmidos?
¿Qué efecto tiene la alta concentración salina durante la neutralización en el proceso de purificación de plásmidos?
¿Qué efecto tiene la alta concentración salina durante la neutralización en el proceso de purificación de plásmidos?
¿Qué es necesario certificar antes de realizar la purificación para evitar la contaminación con ARNasas?
¿Qué es necesario certificar antes de realizar la purificación para evitar la contaminación con ARNasas?
Flashcards
Extracción de ácidos nucleicos
Extracción de ácidos nucleicos
Proceso de aislar y obtener ácidos nucleicos (ADN y ARN) de una muestra biológica, como sangre, tejidos o cultivos celulares
Purificación de ácidos nucleicos
Purificación de ácidos nucleicos
Eliminación de impurezas o contaminantes no deseados y no requeridos en la muestra de ácidos nucleicos, permitiendo su aislamiento puro.
Pretratamiento de muestras
Pretratamiento de muestras
Paso inicial y necesario para la extracción de ácidos nucleicos, que depende del tipo de muestra (sangre, tejido, etc.).
Lisis de eritrocitos
Lisis de eritrocitos
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Sangre anticoagulada
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Extracción en 24h
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Hemoglobina
Hemoglobina
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Desparafinización
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Extracción de ácidos nucleicos
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Tejidos FFPE
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Homogeneización química
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Cultivos bacterianos/levaduras
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Solución GTE
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Células mucosa oral
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Esputo
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N-acetil-L-cisteína
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Hidróxido sódico
Hidróxido sódico
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Homogeneizar muestra
Homogeneizar muestra
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Lisis celular
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ARNasa A
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Purificación de ácidos nucleicos
Purificación de ácidos nucleicos
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Solventes orgánicos (fenol/cloroformo)
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Fase acuosa (superior)
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Fase orgánica (inferior)
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Precipitación con alcohol
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Acetato sódico
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Etanol al 70%
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Lisis alcalina
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Neutralización rápida
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ADN plasmídico
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ARNasa
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Purificación de plásmidos
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Solución de Lisis alcalina
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Agentes caotrópicos
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Contaminantes solubles en etanol
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Resuspensión de ADN
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Secado de pellet ADN
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Precipitación de proteínas
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Precipitación del ADN
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Lavado de ADN
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Cromatrografía de intercambio iónico
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Intercambiadores aniónicos
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Intercambiadores catiónicos
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Cromatrografía de ác. nucleicos
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Lisis celular
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Inactivación de nucleasas
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Detergentes (lisis)
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SDS
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EDTA
EDTA
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Proteasas (lisis)
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Proteinasa K
Proteinasa K
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Agentes caotrópicos
Agentes caotrópicos
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Tratamiento enzimático (pared celular)
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Lisozima/Lisostafina
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Liticasa/Zymlasa
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Tratamiento mecánico (pared celular)
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CTAB
CTAB
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Verificación de lisis
Verificación de lisis
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Study Notes
Extracción y Purificación de Ácidos Nucleicos
- Los ácidos nucleicos se encuentran en el núcleo, citoplasma, mitocondrias y cloroplastos.
- Están aislados del exterior celular por membranas y paredes celulares.
- Las membranas celulares permiten la interacción con el exterior y regulan el transporte de sustancias mediante la bicapa lipídica.
- La pared celular protege y da rigidez a la célula.
- La primera etapa de extracción hace accesibles los ácidos nucleicos a los reactivos y enzimas.
- La segunda etapa de purificación elimina las sustancias que interfieren en la extracción de los ácidos nucleicos.
Pretratamiento de Muestras Biológicas
- El pretratamiento depende del tipo de muestra.
- Las suspensiones celulares están formadas por células individuales y agregados que flotan en un medio líquido.
- Los pretratamientos más comunes incluyen: sangre, cultivos celulares, tejidos animales o vegetales frescos, tejidos fijados en formol e incluidos en parafina y otras muestras como esputos, células de la mucosa oral, bacterias y levaduras.
Pretratamiento de Sangre
- El objetivo es eliminar la hemoglobina mediante lisis de los hematíes para estudiar los ácidos nucleicos a partir de leucocitos.
- Se debe usar sangre anticoagulada con EDTA, heparina o citrato de sodio, y la muestra debe procesarse dentro de las 24 horas de su extracción.
- El pretratamiento de la sangre implica lisis de los hematíes (rotura de eritrocitos).
- Se centrifuga la muestra para obtener el sedimento (pellet) de leucocitos y eliminar el sobrenadante con los componentes del plasma sanguíneo y la hemoglobina.
- El sedimento se conserva para continuar el proceso de extracción.
Obtención de Células Mononucleadas de Sangre Periférica
- Para aislar células mononucleadas de sangre periférica (PBMC), que incluyen linfocitos y monocitos, se usa la técnica de centrifugación en gradiente de densidad, utilizando un medio de extracción específico (PBMC).
- Esto permite la obtención de PBMC antes de la extracción de los ácidos nucleicos.
Cultivos Celulares
- Es un método de obtención de células in vitro.
- Existen dos tipos de cultivos: en suspensión y en monocapa.
- Las células en suspensión crecen libremente en el medio cultivo
- Las células en monocapa crecen adheridas a las paredes del frasco.
Pretratamiento de Tejidos Animales o Vegetales Frescos
- Para liberar las células de tejido requiere un pretratamiento de homogeneización, química o mecánica, para procesar la muestra.
- La cantidad de tejido dependerá del método de homogeneización y del procedimiento de extracción de los ácidos nucleicos.
- La homogeneización mecánica rompe el tejido.
- La homogeneización automatizada utiliza máquinas o elementos mecánicos; la manual se realiza con mortero.
Pretratamiento de Tejidos Fijos en Formaldehído e Incluidos en Parafina (FFPE)
- Necesita desparafinización del tejido.
- Se realiza con microtomo para cortes finos.
- Se incuba con xilol, solventes desparafinantes, etanoles de concentraciones decrecientes y agua destilada.
Cultivos de Bacterias y Levaduras
- Se ubican en una solución tampón (Solución GTE: TRIS 25mM, pH 8, EDTA 10mM y glucosa 50 mM).
- Métodos de obtención: en medio líquido o en colonias aisladas sobre medio sólido (Placa de agar).
Pretratamiento de Esputo
- Se fluidifica con un agente mucolítico (N-acetil-L-cisteína)
- Si la muestra es de micobacteria, se adiciona hidróxido de sodio para descontaminarla.
Extracción de Ácidos Nucleicos (Etapa 2)
- Este proceso implica la liberación de los ácidos nucleicos de las estructuras celulares.
- Dos procesos clave: lisis celular (para liberar los ácidos nucleicos) e inactivación de ADN-asas y ARN-asas (para prevenir la degradación de los ácidos nucleicos).
- La composición de la solución de lisis depende del tipo de célula.
Detergentes
- Desestructuran la bicapa lipídica de las membranas y desnaturalizan las proteínas.
EDTA
- Es un quelante de cationes divalentes (como calcio y magnesio) que inhibe la actividad de las ADN-asas.
Proteínas
- La proteinasa K digiere las proteínas de la membrana celular.
Agentes caotrópicos (Guanidinio)
- Desnaturalizan macromoléculas, evitando la degradación de componentes celulares.
Tratamiento de Células con Pared Celular
- Requiere métodos enzimáticos (ej. lisozima) o mecánicos (ej. ciclos de congelación-descongelación, sonicación) para romper la pared celular.
- (ej. cetyltrimethylammonium bromide o CTAB) es útil para eliminar polisacáridos y otros componentes que interfieren con los procesos enzimáticos.
Purificación con Solventes Orgánicos
- Se basa en la solubilidad de los ácidos nucleicos en solventes orgánicos.
- ADN es soluble en agua porque presenta carga negativa.
- El procedimiento implica la extracción de los compuestos solubles utilizando una combinación de fenol, cloroformo y alcohol isoamílico.
- Se separa el ADN del resto de contaminantes, con agitación suave
Purificación Mediante Esferas Magnéticas
- Método para extraer y purificar ácidos nucleicos de una muestra, uniéndolos a microesferas magnéticas.
- Se usa para separar de contaminantes.
- Se puede utilizar para aislar ARNm, mediante el uso de oligo-T.
Ultrafiltración
- Se basa en la retención por tamaño de las moléculas.
- Se utilizan membranas de tamaño de poro definido.
Purificación de Plásmidos (Lisis Alcalina)
- Usa lisis alcalina para separar ADN cromosómico de ARN bacteriano.
- Se basa en diferentes procesos desnaturalización-renaturalización de ambos tipos de moléculas.
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