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Questions and Answers
Qual è il prodotto finale dopo il taglio dell'enzima che lascia un'estremità protrudente in 5'?
Qual è il prodotto finale dopo il taglio dell'enzima che lascia un'estremità protrudente in 5'?
- Un'estremità protrudente in 5' con fosfato attaccato al carbonio 5' (correct)
- Un legame fosfodiesterico intatto
- Un'estremità coesiva protrudente in 3'
- Un'attività STAR non specifica
Quale affermazione sui metilazion è corretta?
Quale affermazione sui metilazion è corretta?
- Rende il DNA batterico incapace di replicarsi
- Inhibisce solo l'attività di taglio degli enzimi
- Interferisce con l'azione delle endonucleasi (correct)
- È presente solo nel DNA eucariotico
Che cosa caratterizza gli isoschizomeri rispetto ai neoschizomeri?
Che cosa caratterizza gli isoschizomeri rispetto ai neoschizomeri?
- Hanno una specificità di riconoscimento diversa
- Tagliano in posizioni casuali
- Riconoscono un numero maggiore di sequenze
- Condividono la medesima specificità di riconoscimento e di taglio (correct)
Quale impostazione ionica potrebbe causare attività STAR negli enzimi?
Quale impostazione ionica potrebbe causare attività STAR negli enzimi?
Quale enzima è un esempio di neoschizomero?
Quale enzima è un esempio di neoschizomero?
Cosa avviene durante la reazione di idrolisi in presenza di magnesio?
Cosa avviene durante la reazione di idrolisi in presenza di magnesio?
Quale delle seguenti affermazioni riguardo la complementarietà delle estremità protrudenti è vera?
Quale delle seguenti affermazioni riguardo la complementarietà delle estremità protrudenti è vera?
Quale enzima taglia tra la penultima e l'ultima base lasciando un'estremità 3' protrudente?
Quale enzima taglia tra la penultima e l'ultima base lasciando un'estremità 3' protrudente?
Qual è la principale differenza tra ribosio e desossiribosio?
Qual è la principale differenza tra ribosio e desossiribosio?
Dove avviene il legame glicolisidico in un nucleoside?
Dove avviene il legame glicolisidico in un nucleoside?
Quale dei seguenti legami è più debole e frequente tra le macromolecole?
Quale dei seguenti legami è più debole e frequente tra le macromolecole?
Che nome si dà al nucleotide con tre gruppi fosfato?
Che nome si dà al nucleotide con tre gruppi fosfato?
Qual è la posizione dell'azoto che si lega nelle purine?
Qual è la posizione dell'azoto che si lega nelle purine?
Quale delle seguenti affermazioni è corretta riguardo al legame fosfodiesterico?
Quale delle seguenti affermazioni è corretta riguardo al legame fosfodiesterico?
Cosa rappresenta il termine 'nucleotide monofosfato'?
Cosa rappresenta il termine 'nucleotide monofosfato'?
In che modo il gruppo chetonico della timina interagisce con l'adenina?
In che modo il gruppo chetonico della timina interagisce con l'adenina?
Qual è la funzione della DNA polimerasi nel contesto dei nucleotidi?
Qual è la funzione della DNA polimerasi nel contesto dei nucleotidi?
Qual è il ruolo del dominio esonucleasico nella DNA polimerasi?
Qual è il ruolo del dominio esonucleasico nella DNA polimerasi?
Qual è la funzione della primasi nei procarioti durante la replicazione del DNA?
Qual è la funzione della primasi nei procarioti durante la replicazione del DNA?
Cosa avviene quando l'ossidrile (OH) è posizionato in modo scorretto?
Cosa avviene quando l'ossidrile (OH) è posizionato in modo scorretto?
Che cosa definisce la forcella replicativa (RF) durante la replicazione del DNA?
Che cosa definisce la forcella replicativa (RF) durante la replicazione del DNA?
Quale affermazione riguardo alla replicazione del DNA negli eucarioti è vera?
Quale affermazione riguardo alla replicazione del DNA negli eucarioti è vera?
Quale delle seguenti affermazioni riguardo l'aciclovir è corretta?
Quale delle seguenti affermazioni riguardo l'aciclovir è corretta?
In quale modalità può essere somministrato l'aciclovir?
In quale modalità può essere somministrato l'aciclovir?
Qual è il ruolo della HVS-1 timina chinasi nel meccanismo di azione dell'aciclovir?
Qual è il ruolo della HVS-1 timina chinasi nel meccanismo di azione dell'aciclovir?
Perché la sintesi del DNA viene bloccata dall'aciclovir?
Perché la sintesi del DNA viene bloccata dall'aciclovir?
Quale descrizione si associa meglio alla struttura dell'aciclovir?
Quale descrizione si associa meglio alla struttura dell'aciclovir?
Quali di queste affermazioni sono veri riguardo gli enzimi virali?
Quali di queste affermazioni sono veri riguardo gli enzimi virali?
Qual è l'effetto delle metilasi su una sequenza di riconoscimento di un enzima di restrizione?
Qual è l'effetto delle metilasi su una sequenza di riconoscimento di un enzima di restrizione?
Quale è il risultato dell'inserimento dell'aciclovir nel DNA virale?
Quale è il risultato dell'inserimento dell'aciclovir nel DNA virale?
Quale combinazione di sequenze consente l'enzima StuI di tagliare senza subire effetti dovuti alla metilazione?
Quale combinazione di sequenze consente l'enzima StuI di tagliare senza subire effetti dovuti alla metilazione?
Quale dei seguenti è vero riguardo al palmo della 'mano destra' in relazione alla polimerizzazione?
Quale dei seguenti è vero riguardo al palmo della 'mano destra' in relazione alla polimerizzazione?
Perché il DNA isolato da E.coli Dam+ non viene tagliato da MboI?
Perché il DNA isolato da E.coli Dam+ non viene tagliato da MboI?
Cosa accade alle cellule infettate quando l'aciclovir viene utilizzato?
Cosa accade alle cellule infettate quando l'aciclovir viene utilizzato?
Quale affermazione è corretta riguardo agli enzimi per la biologia molecolare?
Quale affermazione è corretta riguardo agli enzimi per la biologia molecolare?
Qual è la conseguenza della metilazione del DNA plasmidico in un ceppo E.coli Dam-?
Qual è la conseguenza della metilazione del DNA plasmidico in un ceppo E.coli Dam-?
Che cosa è consigliato fare in caso di utilizzo di enzimi sensibili alla metilazione?
Che cosa è consigliato fare in caso di utilizzo di enzimi sensibili alla metilazione?
In quale condizione un enzima di restrizione può non riconoscere una sequenza di DNA?
In quale condizione un enzima di restrizione può non riconoscere una sequenza di DNA?
Quale descrizione definisce correttamente le unità di un enzima vendute in commercio?
Quale descrizione definisce correttamente le unità di un enzima vendute in commercio?
Qual è il motivo per cui gli enzimi vengono venduti in glicerolo?
Qual è il motivo per cui gli enzimi vengono venduti in glicerolo?
Cosa deve essere fatto per controllare se un enzima di restrizione sta funzionando correttamente?
Cosa deve essere fatto per controllare se un enzima di restrizione sta funzionando correttamente?
Study Notes
Enzimi di restrizione
- Riconoscono sequenze di 6 nucleotidi e tagliano tra le prime due basi, generando estremità coesive protrudenti (sticky ends).
- L'enzima BamHI è un dimero che esegue tagli simmetrici su entrambi i filamenti.
- Il processo di idrolisi coinvolge l'acqua, che attacca il fosfato, permettendo al magnesio di rompere i legami fosfodiesterici.
- L'enzima di Escherichia coli genera un'estremità protrudente in 5'.
Attività STAR
- EcoRI e BamHI possono agire su sequenze non specifiche in condizioni ioniche inappropriate, causando tagli casuali.
- EcoRI riconosce G^AATTC e può operare su N^AATTN e R^RAYY.
- BamHI riconosce G^GATCC e agisce anche su G^GATCN e G^RATCC in situazioni sbagliate.
Isoschizomeri e Neoschizomeri
- Isoschizomeri: enzimi con la stessa specificità di riconoscimento e taglio, come Sph I e Bbu I.
- Neoschizomeri: enzimi con la stessa specificità di riconoscimento ma con modalità di taglio diverse, come SmaI e XmaI.
Metilazione
- La metilazione della sequenza di riconoscimento interferisce con l'azione delle endonucleasi.
- Il DNA batterico è sempre metilato e non viene immediatamente replicato dopo la metilazione.
- È possibile ottenere DNA non metilato tramite PCR in vitro.
Controllo e Purezza degli Enzimi
- Gli enzimi devono essere altamente puri e privi di contaminazioni da esonucleasi e fosfatasi.
- La quantità di enzima è espressa in Unità/ml, necessario per digerire 1 µg di DNA in 1 ora.
- Gli enzimi venduti in glicerolo per prevenire il congelamento, devono essere diluiti.
Struttura del DNA
- Nucleoside è formato da zucchero e base azotata, con legame glicolisidico e fosfato collegato tramite legame fosfoesterico.
- Le basi azotate sono anelli eterociclici, con uracile che sostituisce la timina nell'RNA.
Legami nel DNA
- Legame fosfodiesterico: formato tra il fosfato di un nucleotide e l'ossidrile di un altro, procedendo in direzione 5’ a 3’.
- Legami covalenti sono ad alta energia, mentre i legami a idrogeno, più deboli, garantiscono stabilità strutturale.
Aciclovir
- Farmaco antivirale che inibisce la DNA polimerasi, efficace contro herpes simplex e zoster.
- Attività antivirale legata alla mancanza di zucchero nella guanina, causando un blocco nella sintesi del DNA.
Proofreading e Formazione del Primer
- La DNA polimerasi ha attività proofreading, correggendo errori durante la sintesi del DNA.
- In procarioti, la primasi produce un primer di RNA che crea un -OH libero; negli eucarioti, la polimerasi α è responsabile della primasi.
- La replicazione del DNA avviene simultaneamente sui due filamenti, creando una forcella replicativa.
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Description
Questo quiz esplora il funzionamento degli enzimi che riconoscono e tagliano sequenze di sei nucleotidi. Saranno trattati i concetti di estremità coesive, oltre alla ricostruzione tridimensionale dell'enzima BamHI e il processo di idrolisi. Metti alla prova le tue conoscenze su come gli enzimi interagiscono con il DNA.
