biomol 1/3

Questions and Answers

Qual è il prodotto finale dopo il taglio dell'enzima che lascia un'estremità protrudente in 5'?

Un'estremità protrudente in 5' con fosfato attaccato al carbonio 5' (correct)

Un legame fosfodiesterico intatto

Un'estremità coesiva protrudente in 3'

Un'attività STAR non specifica

Quale affermazione sui metilazion è corretta?

Rende il DNA batterico incapace di replicarsi

Inhibisce solo l'attività di taglio degli enzimi

Interferisce con l'azione delle endonucleasi (correct)

È presente solo nel DNA eucariotico

Che cosa caratterizza gli isoschizomeri rispetto ai neoschizomeri?

Hanno una specificità di riconoscimento diversa

Tagliano in posizioni casuali

Riconoscono un numero maggiore di sequenze

Condividono la medesima specificità di riconoscimento e di taglio (correct)

Quale impostazione ionica potrebbe causare attività STAR negli enzimi?

Condizioni ioniche troppo basse Signup and view all the answers

Quale enzima è un esempio di neoschizomero?

SmaI Signup and view all the answers

Cosa avviene durante la reazione di idrolisi in presenza di magnesio?

Si rompe il legame tra l'ossigeno e il fosfato Signup and view all the answers

Quale delle seguenti affermazioni riguardo la complementarietà delle estremità protrudenti è vera?

Le estremità protrudenti possono appaiarsi se sono complementari Signup and view all the answers

Quale enzima taglia tra la penultima e l'ultima base lasciando un'estremità 3' protrudente?

Sph I Signup and view all the answers

Qual è la principale differenza tra ribosio e desossiribosio?

Il ribosio contiene un gruppo ossidrile in 2’ mentre il desossiribosio no. Signup and view all the answers

Dove avviene il legame glicolisidico in un nucleoside?

Tra zucchero e base azotata. Signup and view all the answers

Quale dei seguenti legami è più debole e frequente tra le macromolecole?

Legame a idrogeno. Signup and view all the answers

Che nome si dà al nucleotide con tre gruppi fosfato?

Nucleotide trifosfato. Signup and view all the answers

Qual è la posizione dell'azoto che si lega nelle purine?

Posizione 9. Signup and view all the answers

Quale delle seguenti affermazioni è corretta riguardo al legame fosfodiesterico?

Collega il fosfato in 5’ con l’ossidrile in 3’ di un'altra catena. Signup and view all the answers

Cosa rappresenta il termine 'nucleotide monofosfato'?

Un nucleotide con un solo gruppo fosfato. Signup and view all the answers

In che modo il gruppo chetonico della timina interagisce con l'adenina?

Forma legami a idrogeno. Signup and view all the answers

Qual è la funzione della DNA polimerasi nel contesto dei nucleotidi?

Mutila nucleotidi trifosfato. Signup and view all the answers

Qual è il ruolo del dominio esonucleasico nella DNA polimerasi?

Rimuove nucleotidi non correttamente appaiati. Signup and view all the answers

Qual è la funzione della primasi nei procarioti durante la replicazione del DNA?

Produce un primer di RNA per avviare la sintesi del DNA. Signup and view all the answers

Cosa avviene quando l'ossidrile (OH) è posizionato in modo scorretto?

Il nucleotide viene rimosso e la sintesi riprende. Signup and view all the answers

Che cosa definisce la forcella replicativa (RF) durante la replicazione del DNA?

La zona di separazione dei filamenti parentali. Signup and view all the answers

Quale affermazione riguardo alla replicazione del DNA negli eucarioti è vera?

La polimerasi alpha ha un'attività primasi, ma non può completare l'innesco con RNA. Signup and view all the answers

Quale delle seguenti affermazioni riguardo l'aciclovir è corretta?

Inibisce l'attività della DNA polimerasi. Signup and view all the answers

In quale modalità può essere somministrato l'aciclovir?

Oralmente o tramite pomata. Signup and view all the answers

Qual è il ruolo della HVS-1 timina chinasi nel meccanismo di azione dell'aciclovir?

Fosforila l'ossidrile per attivare l'aciclovir. Signup and view all the answers

Perché la sintesi del DNA viene bloccata dall'aciclovir?

Perché non presenta ossidrile in 3'. Signup and view all the answers

Quale descrizione si associa meglio alla struttura dell'aciclovir?

Rappresentata come una mano destra. Signup and view all the answers

Quali di queste affermazioni sono veri riguardo gli enzimi virali?

Fosforilano molecole per la sintesi del DNA. Signup and view all the answers

Qual è l'effetto delle metilasi su una sequenza di riconoscimento di un enzima di restrizione?

Le metilasi possono inibire l'enzima quando la loro sequenza è sovrapposta Signup and view all the answers

Quale è il risultato dell'inserimento dell'aciclovir nel DNA virale?

Il DNA virale perde la sua struttura completa. Signup and view all the answers

Quale combinazione di sequenze consente l'enzima StuI di tagliare senza subire effetti dovuti alla metilazione?

AGGCCTAA Signup and view all the answers

Quale dei seguenti è vero riguardo al palmo della 'mano destra' in relazione alla polimerizzazione?

È un sito catalitico per i nucleotidi. Signup and view all the answers

Perché il DNA isolato da E.coli Dam+ non viene tagliato da MboI?

Perché MboI è sensibile alla metilazione Signup and view all the answers

Cosa accade alle cellule infettate quando l'aciclovir viene utilizzato?

Si blocca la sintesi del DNA e muoiono. Signup and view all the answers

Quale affermazione è corretta riguardo agli enzimi per la biologia molecolare?

Devono essere altamente puri e privi di contaminanti Signup and view all the answers

Qual è la conseguenza della metilazione del DNA plasmidico in un ceppo E.coli Dam-?

Riduce in rare circostanze l'efficienza di trasformazione Signup and view all the answers

Che cosa è consigliato fare in caso di utilizzo di enzimi sensibili alla metilazione?

Iniziare da plasmidi prodotti in E.coli Dam- e Dcm- Signup and view all the answers

In quale condizione un enzima di restrizione può non riconoscere una sequenza di DNA?

Se il sito di riconoscimento è metilato Signup and view all the answers

Quale descrizione definisce correttamente le unità di un enzima vendute in commercio?

Una unità corrisponde alla quantità necessaria per digerire 1 µg di DNA in 1 ora Signup and view all the answers

Qual è il motivo per cui gli enzimi vengono venduti in glicerolo?

Per stabilizzarli dai cambiamenti di temperatura Signup and view all the answers

Cosa deve essere fatto per controllare se un enzima di restrizione sta funzionando correttamente?

Digestione del DNA con un eccesso di enzima e successiva analisi dei frammenti Signup and view all the answers

Study Notes

Enzimi di restrizione

Riconoscono sequenze di 6 nucleotidi e tagliano tra le prime due basi, generando estremità coesive protrudenti (sticky ends).
L'enzima BamHI è un dimero che esegue tagli simmetrici su entrambi i filamenti.
Il processo di idrolisi coinvolge l'acqua, che attacca il fosfato, permettendo al magnesio di rompere i legami fosfodiesterici.
L'enzima di Escherichia coli genera un'estremità protrudente in 5'.

Attività STAR

EcoRI e BamHI possono agire su sequenze non specifiche in condizioni ioniche inappropriate, causando tagli casuali.
EcoRI riconosce G^AATTC e può operare su N^AATTN e R^RAYY.
BamHI riconosce G^GATCC e agisce anche su G^GATCN e G^RATCC in situazioni sbagliate.

Isoschizomeri e Neoschizomeri

Isoschizomeri: enzimi con la stessa specificità di riconoscimento e taglio, come Sph I e Bbu I.
Neoschizomeri: enzimi con la stessa specificità di riconoscimento ma con modalità di taglio diverse, come SmaI e XmaI.

Metilazione

La metilazione della sequenza di riconoscimento interferisce con l'azione delle endonucleasi.
Il DNA batterico è sempre metilato e non viene immediatamente replicato dopo la metilazione.
È possibile ottenere DNA non metilato tramite PCR in vitro.

Controllo e Purezza degli Enzimi

Gli enzimi devono essere altamente puri e privi di contaminazioni da esonucleasi e fosfatasi.
La quantità di enzima è espressa in Unità/ml, necessario per digerire 1 µg di DNA in 1 ora.
Gli enzimi venduti in glicerolo per prevenire il congelamento, devono essere diluiti.

Struttura del DNA

Nucleoside è formato da zucchero e base azotata, con legame glicolisidico e fosfato collegato tramite legame fosfoesterico.
Le basi azotate sono anelli eterociclici, con uracile che sostituisce la timina nell'RNA.

Legami nel DNA

Legame fosfodiesterico: formato tra il fosfato di un nucleotide e l'ossidrile di un altro, procedendo in direzione 5’ a 3’.
Legami covalenti sono ad alta energia, mentre i legami a idrogeno, più deboli, garantiscono stabilità strutturale.

Aciclovir

Farmaco antivirale che inibisce la DNA polimerasi, efficace contro herpes simplex e zoster.
Attività antivirale legata alla mancanza di zucchero nella guanina, causando un blocco nella sintesi del DNA.

Proofreading e Formazione del Primer

La DNA polimerasi ha attività proofreading, correggendo errori durante la sintesi del DNA.
In procarioti, la primasi produce un primer di RNA che crea un -OH libero; negli eucarioti, la polimerasi α è responsabile della primasi.
La replicazione del DNA avviene simultaneamente sui due filamenti, creando una forcella replicativa.

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Description

Questo quiz esplora il funzionamento degli enzimi che riconoscono e tagliano sequenze di sei nucleotidi. Saranno trattati i concetti di estremità coesive, oltre alla ricostruzione tridimensionale dell'enzima BamHI e il processo di idrolisi. Metti alla prova le tue conoscenze su come gli enzimi interagiscono con il DNA.