RNA regolatori, genomi e genoteche

Questions and Answers

Qual è il ruolo principale della nucleasi nel sistema di editing genetico?

Generare un taglio a doppio filamento nel DNA (correct)

Attivare fattori di trascrizione

Riconoscere sequenze specifiche nel DNA

Riparare il DNA danneggiato

Quale delle seguenti affermazioni riguardo i Fattori di Trascrizione e le Zinc Finger è corretta?

Possono legarsi solo a base singola nel DNA

Richiedono due moduli per funzionare come dimeri (correct)

Riconoscono sequenze a caso nel genoma

Non possono essere progettati per sequenze specifiche

Qual è il requisito fondamentale affinché l'RNA guida possa funzionare con Cas9?

Deve essere lungo almeno 50 nucleotidi

Deve legarsi a una sequenza PAM (correct)

Deve riconoscere sequenze a due vie

Deve trovarsi dopo il sito di taglio

Quale tecnologia di editing genetico è considerata la più semplice secondo il contenuto?

CRISPR Signup and view all the answers

Quale metodo di riparazione del DNA può essere attivato come risposta al DSB generato dalla nucleasi?

NHEJ Signup and view all the answers

Quale di queste affermazioni sui TALEN è vera?

Dipendono da un enzima di restrizione per il taglio Signup and view all the answers

Cosa succede quando si utilizza dCas9 nel sistema CRISPR?

Si perde l'attività endonucleasica Signup and view all the answers

Che tipo di mutazione può essere indotta dal sistema utilizzando la citidina deaminasi associata a dCas9?

Conversione della citosina in uracile Signup and view all the answers

Qual è la funzione principale della regione di nucleazione nei miRNA?

Stabilizza il legame tra miRNA e mRNA Signup and view all the answers

Cosa implica la difficoltà di identificare i bersagli dei miRNA dal punto di vista bioinformatico?

La mancanza di complementarità perfetta Signup and view all the answers

Cosa viene prodotto quando l'introne di un gene viene tagliato dallo spliceosoma?

pre-miRNA Signup and view all the answers

Qual è una delle caratteristiche dei mirtron?

Derivano da introni degli mRNA Signup and view all the answers

Qual è una conseguenza di un appaiamento non perfetto tra miRNA e bersaglio?

Attivazione dell'RNAsi Signup and view all the answers

Quanti nucleotidi di appaiamento quasi perfetto ci sono nella regione di nucleazione?

Otto Signup and view all the answers

Cosa caratterizza la variabilità dei miRNA nelle diverse cellule?

La diversità nei corredi di miRNA Signup and view all the answers

Perché è difficile per i miRNA trovare siti bersaglio nel genoma?

Per la difficoltà nel trovare complementarità perfetta Signup and view all the answers

Quale affermazione sui miRNA è corretta?

Possono avere un ruolo nella degradazione del RNA Signup and view all the answers

Cosa rappresenta un'appaiamento non perfetto tra miRNA e bersaglio?

Possibile blocco della sintesi proteica Signup and view all the answers

Qual è la principale differenza tra polimorfismi e mutazioni nel contesto del DNA?

I polimorfismi hanno una frequenza nella popolazione >1%, mentre le mutazioni sono più rare. Signup and view all the answers

Che tipo di sequenze rappresentano i microsatelliti?

Sequenze di DNA a lunghezza ridotta con unità ripetute di 2-4 nucleotidi. Signup and view all the answers

Qual è un potenziale motivo per cui i minisatelliti sono considerati 'punti caldi' nella ricombinazione omologa?

Per la loro lunghezza e distribuzione nel genoma umano. Signup and view all the answers

Come possono apparire le ripetizioni durante il crossing over ineguale nei gameti?

Le ripetizioni possono variare tra un numero maggiore e uno minore rispetto alla norma. Signup and view all the answers

Quale affermazione riguardo ai polimorfismi di singoli nucleotidi è vera?

Possono contribuire alla variazione fenotipica tra individui. Signup and view all the answers

Qual è la principale caratteristica di una genoteca genomica?

È formata da cloni di un organismo ospite con frammenti del genoma. Signup and view all the answers

Quale procedimento è necessario per generare una genoteca di cDNA?

Trascrizione inversa degli RNA messaggeri. Signup and view all the answers

Qual è il ruolo dei plasmidi nella creazione di una genoteca genomica?

Fungono da supporto per il legame di frammenti di DNA frammentati. Signup and view all the answers

Qual è uno degli scopi principali di una genoteca di espressione?

Studiare l'espressione dei geni e la produzione di proteine. Signup and view all the answers

Cosa rappresenta il termine 'trasferimenti funzionali' in riferimento alle genoteche?

Inserimento di geni per testarne la funzionalità. Signup and view all the answers

Qual è la dimensione massima di DNA che possono portare i BAC?

Fino a 300,000 bp Signup and view all the answers

Qual è la causa principale della varietà di plasmidi nei batteri quando si crea una genoteca?

Ogni batterio acquista diversi frammenti di DNA. Signup and view all the answers

Qual è la funzione principale dei batteriofagi nei BAC?

Facilitare l'inserimento di grandi frammenti di DNA Signup and view all the answers

Quale tecnologia è fondamentale per l'analisi delle sequenze nella genoteca?

Sequenziamento di nuova generazione. Signup and view all the answers

Quale vettore permette di accettare inserti di circa 45 kbp?

Cosmidi Signup and view all the answers

In che modo l'ampicillina è utilizzata durante la selezione delle genoteche?

Permette di selezionare solo i batteri con il plasmide giusto. Signup and view all the answers

Qual è uno dei problemi principali nella progettazione dei primers per la PCR multiplex?

Assicurarsi che abbiano temperature di melting identiche Signup and view all the answers

Qual è la principale differenza tra le genoteche di cDNA e quelle genomiche?

Le genoteche di cDNA sono create da RNA messaggero trascritto. Signup and view all the answers

Qual è la dimensione massima di DNA che un HAC può accettare?

Fino a 20,000,000 bp Signup and view all the answers

Quale tipo di genoteca è più adatta per studiare l'espressione genica?

Genoteca di espressione. Signup and view all the answers

Cosa è necessario per distinguere i diversi batteri patogeni durante la PCR?

Utilizzo di un gel di agarosio Signup and view all the answers

Quale dei seguenti vettori ha un basso numero di copie ed è facile da maneggiare?

BAC Signup and view all the answers

Quale delle seguenti affermazioni sui plasmidi è vera?

Accettano inserti di solito < 10,000 bp Signup and view all the answers

Quale delle seguenti opzioni è uno dei principali vantaggi dei BAC?

Supportano inserti molto grandi Signup and view all the answers

Quale delle seguenti non è una strategia comunemente utilizzata nella PCR multiplex?

Testare un solo agente patogeno alla volta Signup and view all the answers

Study Notes

Genomica e Editazione Genetica

Creazione di un unico RNA guida per semplificare la modifica genica, associato all'enzima CAS9.
Sistemi CRISPR non sono unici; esistono precedenti metodi di editing e riparazione.
Necessità fondamentale di sequenza di riconoscimento e nucleasi che generi un taglio a doppio filamento (DSB) nel DNA.
Attivazione di sistemi di riparazione del DNA (NHEJ o HDR) dopo il taglio.

Fattori di Trascrizione

ZINC FINGER: moduli proteici con eliche alfa e beta per riconoscere sequenze specifiche; utilizzano enzimi di restrizione come Fok1.
TALEN: derivati vegetali, riconoscono il DNA base per base, richiamando Fok1.
CRISPR: più semplice, utilizza RNA guida che deve essere posizionato prima della sequenza PAM, caratteristica di taglio di CAS9.

Meccanismo di Taglio e Riparazione

Riconoscimento PAM essenziale per la specificità del taglio.
RNA guida non associato a tutte le sequenze, ma solo a quelle precedenti la PAM.
Possibilità modifiche di singole basi nel genoma usando dCas9 e citidina deaminasi.

miRNA e Identificazione dei Siti Bersaglio

miRNA spesso non si appaiano perfettamente; nucleazione possibile grazie alla seed region.
Difficoltà nell'identificazione bioinformatica dei bersagli dei miRNA a causa della variabilità nella complementarità.
I mirtron sono miRNA derivati da introni, generati tramite taglio dello spliceosoma.

Genoteca e Tipi di Genoteche

Genoteca: collezione disordinata di cloni di microorganismi con segmenti di genome o trascrittoma.
Tipologie includono genoteche genomiche, di cDNA, di espressione e di clonaggi funzionali.
Creazione di genoteche di trascrittomi tramite la generazione di cDNA e clonazione.

Utilizzo dei Vettori

Vari tipi di vettori per clonaggio: plasmidi, fagi lambda, cosmidi, BACs e YACs.
Bacillus artificial chromosomes (BAC) possono contenere frammenti fino a 300 kb e sono utilizzati per grandi inserti nei progetti genomici.
YACs e HACs consentono l'inserimento di frammenti ancor più grandi, sebbene più complicati da maneggiare.

Tecniche di PCR e Polimorfismi

PCR multiplex: amplificazione di frammenti da diversi patogeni simultaneamente usando primers specifici.
Progetto di primers con temperature di melting simili per garantire un’amplificazione efficace.
Polimorfismi del DNA: variazioni di sequenza frequenti nella popolazione, distinte dalle mutazioni, raramente implicate in patologie.

DNA Ripetuto: Minisatelliti e Microsatelliti

Minisatelliti: segmenti di DNA ripetuti in tandem, lunghezza fino a 20 kb; ruolo nella ricombinazione omologa.
Microsatelliti: sequenze corte ripetute, da 2 a 4 nucleotidi ripetuti molte volte, importanti nei test di paternità e varianti patologiche.
Variabilità delle ripetizioni nei gameti, causata da crossing over irregolari nel processo di meiosi.

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Description

Questo quiz esplora il sistema di editing genomico CRISPR e il ruolo delle nucleasi nella modifica del DNA. Saranno trattati i principi fondamentali della modifica del genoma, incluso il riconoscimento del locus e i sistemi di riparazione del DNA. Testa le tue conoscenze su questo argomento innovativo!