DNA Sequencing Techniques
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Questions and Answers

Perché le reazioni di sequenza e di incorporazione del nucleotide terminatore avvengono in vitro?

  • Perché richiedono la formazione di ioni sphere particle
  • Perché richiedono la presenza di enzimi e reazioni chimiche specifiche (correct)
  • Perché richiedono la separazione dei frammenti da sequenziare
  • Perché richiedono la presenza di un micro-gel di agarosio

Cosa rappresenta l'ione sphere particle?

  • Un biglia ricoperta da tante copie del frammento di interesse (correct)
  • Un micro-gel di agarosio
  • Un nucleotide terminatore
  • Un frammento di DNA

Quale è il resultado della separazione dei frammenti da sequenziare?

  • La separazione dei frammenti da sequenziare (correct)
  • La formazione di ioni sphere particle
  • La rilevazione del segnale successivo
  • La selezione di solo alcune particelle

Perché non si forma l'ione sphere particle se non c'è la biglia?

<p>Perché la biglia non è ricoperta da frammenti di DNA (C)</p> Signup and view all the answers

Cosa avviene dopo la rilevazione del segnale?

<p>Il blocco e il fluorocromo vengono allontanati (C)</p> Signup and view all the answers

Cosa si ottiene dopo la fase successiva?

<p>L'arricchimento di particelle ricoperte dallo stesso frammento o da due frammenti diversi di DNA (D)</p> Signup and view all the answers

Come vengono fissate le molecole circolari SMRT BELL?

<p>Sul fondo del pozzetto del chip (A)</p> Signup and view all the answers

Che tipo di sequenze vengono definite HiFi?

<p>Sequenze ad alta fedeltà (A)</p> Signup and view all the answers

Qual è il vantaggio delle molecole circolari?

<p>Permettono alla polimerasi di girare più volte (B)</p> Signup and view all the answers

Che cosa succede alle sequenze adattatrici durante il metodo bioinformatico?

<p>Vengono completamente eliminate (A)</p> Signup and view all the answers

Cosa accade quando il gruppo OH del nucleotide già attaccato reagisce col gruppo fosfato?

<p>Il legame fosfodiesterico si forma e il pirofosfato si allontana (B)</p> Signup and view all the answers

Che cosa rappresentano le sequenze HiFi?

<p>Sequenze ad alta fedeltà (B)</p> Signup and view all the answers

Cosa porta con sé il pirofosfato quando si allontana?

<p>Il fluorocromo (A)</p> Signup and view all the answers

Quale è la differenza principale tra le piattaforme di nuova generazione?

<p>La capacità di dati che possono generare (C)</p> Signup and view all the answers

Quale è il limite principale delle prime piattaforme di sequenziamento?

<p>Lunghezza delle sequenze limitata (D)</p> Signup and view all the answers

Cosa può essere sequenziato con questa piattaforma?

<p>Il genoma, l'RNA, sequenze mirate o sequenze di microrganismi (D)</p> Signup and view all the answers

Cosa si può fare con le sequenze ottenute con questa piattaforma?

<p>Fare la metagenomica o analizzare sequenze mirate (D)</p> Signup and view all the answers

Cos'è un microarray a oligonucleotidi ad alta densità?

<p>Un tipo di microarray in cui vengono sintetizzati direttamente oligonucleotidi sul supporto solido (D)</p> Signup and view all the answers

Come funziona la sintesi fotolitografica?

<p>Attraverso l'uso di raggi UV per rimuovere i blocchi fotolabili (C)</p> Signup and view all the answers

Cosa sono i linker sulla superficie solida dell'array?

<p>I gruppi che legano il blocchi fotolabili ai nucleotidi (C)</p> Signup and view all the answers

Quale è il vantaggio dell'uso di oligonucleotidi ad alta densità?

<p>Permette di studiare più geni contemporaneamente (B)</p> Signup and view all the answers

Cosa rappresenta la maschera fotolitografica?

<p>La strumentazione utilizzata per indirizzare la luce sulla superficie solida dell'array (C)</p> Signup and view all the answers

Quanti geni possono essere studiati contemporaneamente con gli oligonucleotidi ad alta densità?

<p>Centinaia di geni (C)</p> Signup and view all the answers

Perché può rimanere una contaminazione delle sequenze intergeniche?

<p>Perché non si può rimuovere completamente il genomico con il trattamento con la DNasi (C)</p> Signup and view all the answers

Cosa accade arricchendo in poly-A?

<p>Si perde il genomico e si concentra sui geni espressi (C)</p> Signup and view all the answers

Qual è il principio della cattura a cDNA?

<p>Utilizzare delle sonde specifiche per i geni d'interesse (B)</p> Signup and view all the answers

Quale è il limite della cattura a cDNA?

<p>Non riuscire a sequenziare tutto quello che c'è nella cellula (A)</p> Signup and view all the answers

Qual è il primo passo nella procedura di arricchimento?

<p>Estrae l'RNA dalle cellule (B)</p> Signup and view all the answers

Che cosa si utilizza per la cattura a cDNA?

<p>Sonde specifiche per i geni d'interesse (B)</p> Signup and view all the answers

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