DNA Sequencing Techniques
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Questions and Answers

Perché le reazioni di sequenza e di incorporazione del nucleotide terminatore avvengono in vitro?

  • Perché richiedono la formazione di ioni sphere particle
  • Perché richiedono la presenza di enzimi e reazioni chimiche specifiche (correct)
  • Perché richiedono la separazione dei frammenti da sequenziare
  • Perché richiedono la presenza di un micro-gel di agarosio

    • Cosa rappresenta l'ione sphere particle?

  • Un biglia ricoperta da tante copie del frammento di interesse (correct)
  • Un micro-gel di agarosio
  • Un nucleotide terminatore
  • Un frammento di DNA

    • Quale è il resultado della separazione dei frammenti da sequenziare?

  • La separazione dei frammenti da sequenziare (correct)
  • La formazione di ioni sphere particle
  • La rilevazione del segnale successivo
  • La selezione di solo alcune particelle

    • Perché non si forma l'ione sphere particle se non c'è la biglia?

    <p>Perché la biglia non è ricoperta da frammenti di DNA</p> Signup and view all the answers

    Cosa avviene dopo la rilevazione del segnale?

    <p>Il blocco e il fluorocromo vengono allontanati</p> Signup and view all the answers

    Cosa si ottiene dopo la fase successiva?

    <p>L'arricchimento di particelle ricoperte dallo stesso frammento o da due frammenti diversi di DNA</p> Signup and view all the answers

    Come vengono fissate le molecole circolari SMRT BELL?

    <p>Sul fondo del pozzetto del chip</p> Signup and view all the answers

    Che tipo di sequenze vengono definite HiFi?

    <p>Sequenze ad alta fedeltà</p> Signup and view all the answers

    Qual è il vantaggio delle molecole circolari?

    <p>Permettono alla polimerasi di girare più volte</p> Signup and view all the answers

    Che cosa succede alle sequenze adattatrici durante il metodo bioinformatico?

    <p>Vengono completamente eliminate</p> Signup and view all the answers

    Cosa accade quando il gruppo OH del nucleotide già attaccato reagisce col gruppo fosfato?

    <p>Il legame fosfodiesterico si forma e il pirofosfato si allontana</p> Signup and view all the answers

    Che cosa rappresentano le sequenze HiFi?

    <p>Sequenze ad alta fedeltà</p> Signup and view all the answers

    Cosa porta con sé il pirofosfato quando si allontana?

    <p>Il fluorocromo</p> Signup and view all the answers

    Quale è la differenza principale tra le piattaforme di nuova generazione?

    <p>La capacità di dati che possono generare</p> Signup and view all the answers

    Quale è il limite principale delle prime piattaforme di sequenziamento?

    <p>Lunghezza delle sequenze limitata</p> Signup and view all the answers

    Cosa può essere sequenziato con questa piattaforma?

    <p>Il genoma, l'RNA, sequenze mirate o sequenze di microrganismi</p> Signup and view all the answers

    Cosa si può fare con le sequenze ottenute con questa piattaforma?

    <p>Fare la metagenomica o analizzare sequenze mirate</p> Signup and view all the answers

    Cos'è un microarray a oligonucleotidi ad alta densità?

    <p>Un tipo di microarray in cui vengono sintetizzati direttamente oligonucleotidi sul supporto solido</p> Signup and view all the answers

    Come funziona la sintesi fotolitografica?

    <p>Attraverso l'uso di raggi UV per rimuovere i blocchi fotolabili</p> Signup and view all the answers

    Cosa sono i linker sulla superficie solida dell'array?

    <p>I gruppi che legano il blocchi fotolabili ai nucleotidi</p> Signup and view all the answers

    Quale è il vantaggio dell'uso di oligonucleotidi ad alta densità?

    <p>Permette di studiare più geni contemporaneamente</p> Signup and view all the answers

    Cosa rappresenta la maschera fotolitografica?

    <p>La strumentazione utilizzata per indirizzare la luce sulla superficie solida dell'array</p> Signup and view all the answers

    Quanti geni possono essere studiati contemporaneamente con gli oligonucleotidi ad alta densità?

    <p>Centinaia di geni</p> Signup and view all the answers

    Perché può rimanere una contaminazione delle sequenze intergeniche?

    <p>Perché non si può rimuovere completamente il genomico con il trattamento con la DNasi</p> Signup and view all the answers

    Cosa accade arricchendo in poly-A?

    <p>Si perde il genomico e si concentra sui geni espressi</p> Signup and view all the answers

    Qual è il principio della cattura a cDNA?

    <p>Utilizzare delle sonde specifiche per i geni d'interesse</p> Signup and view all the answers

    Quale è il limite della cattura a cDNA?

    <p>Non riuscire a sequenziare tutto quello che c'è nella cellula</p> Signup and view all the answers

    Qual è il primo passo nella procedura di arricchimento?

    <p>Estrae l'RNA dalle cellule</p> Signup and view all the answers

    Che cosa si utilizza per la cattura a cDNA?

    <p>Sonde specifiche per i geni d'interesse</p> Signup and view all the answers

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