Clonaggio molecolare: Vettori, PCR e RNAi

Qual è lo svantaggio principale del clonaggio tramite vettore T?

Qual è il principale vantaggio dell'utilizzo di polimerasi proofreading (come Pfx/Pfu) rispetto alla Taq polimerasi nella PCR?

Perché è necessario purificare il prodotto di PCR prima della digestione con enzimi di restrizione?

In cosa consiste la tecnica dell'A-tailing?

Quale caratteristica specifica della Taq polimerasi è sfruttata nel T/A cloning?

Quale caratteristica principale distingue un vettore creato con tecnologia Gateway per la creazione di un costrutto per RNAi?

Qual è il meccanismo d'azione principale dell'RNAi (interferenza dell'RNA) nel silenziamento genico?

Perché si utilizzano nucleotidi extra all'estremità 5' dei primer durante la progettazione per il clonaggio?

Quale delle seguenti opzioni descrive correttamente un vantaggio del clonaggio tramite vettore T rispetto al clonaggio con enzimi di restrizione?

Nel contesto della creazione di un costrutto per RNAi, cosa si intende per 'trigger' e qual è la sua funzione?

Qual è il ruolo del vettore pENTRY nel processo di creazione di un costrutto per RNAi utilizzando la tecnologia Gateway?

Cosa si intende quando si afferma che il clonaggio tramite enzimi di restrizione permette un 'clonaggio direzionale'?

Come viene ottenuto l'RNA a doppio filamento necessario per l'RNA interference nel contesto descritto?

Nella reazione BP del sistema GATEWAY, quale delle seguenti affermazioni descrive accuratamente il ruolo del gene ccdB?

Qual è la conseguenza principale della ricombinazione tra i siti attL1 e attR1 nella reazione LR del sistema GATEWAY?

In che modo le sequenze di primer M13 contribuiscono al processo di clonaggio GATEWAY?

Qual è lo scopo principale dell'utilizzo di ceppi di E. coli con una mutazione nella DNA girasi quando si lavora con il vettore pDONR 221?

Cosa succede se il gene ccdB ricombina con un altro elemento genetico durante l'amplificazione del plasmide pDONR 221?

In che modo i terminatori di trascrizione T1 e T2 contribuiscono alla stabilità dell'espressione genica nel sistema GATEWAY?

Nel sistema GATEWAY, cosa determina la specificità della ricombinazione tra i siti att?

Qual è il vantaggio principale di utilizzare vettori pDONR con diversa resistenza antibiotica (es. Kanamicina e Zeocin) nel sistema GATEWAY?

Qual è il principale vantaggio dell'utilizzo di vettori TOPO-TA cloning rispetto ad altri metodi di clonaggio?

Quale caratteristica della Taq polimerasi è sfruttata nel TOPO-TA cloning?

Qual è uno svantaggio del TOPO-TA cloning che può essere mitigato utilizzando miscele enzimatiche specifiche?

In cosa differisce lo Zero Blunt TOPO vector dal TOPO-TA cloning vector?

Quale limitazione è comune sia al TOPO-TA cloning che allo Zero Blunt TOPO vector?

Cos'è il D-TOPO cloning vector e quale vantaggio offre rispetto agli altri vettori TOPO?

Come si ottiene la direzionalità nel D-TOPO cloning vector?

Qual è il tempo di reazione tipico per la ligazione nel D-TOPO cloning?

Qual è il risultato fenotipico delle cellule ricombinanti nel contesto del clonaggio con X-gal?

Qual è la funzione dell'IPTG nel contesto dello screening di colonie ricombinanti?

Qual è uno svantaggio del clonaggio blunt end rispetto al clonaggio sticky end?

Cosa indica una banda di dimensioni inferiori a quelle previste in un gel di agarosio dopo PCR, eseguita per verificare l'orientamento di un inserto in un clonaggio blunt end?

Perché si esegue la defosforilazione del vettore nel clonaggio blunt end?

In un esperimento di clonaggio, dopo aver eseguito la PCR per amplificare il tuo gene di interesse e averlo inserito in un plasmide, noti che le colonie crescono ma nessuna di esse presenta l'inserto corretto. Quale potrebbe essere una possibile causa, considerando che hai utilizzato il clonaggio blunt end?

Stai clonando un frammento di DNA in un plasmide utilizzando il metodo blunt end. Dopo aver trasformato le cellule competenti, esegui una PCR su diverse colonie per verificare la presenza dell'inserto. Ottieni i seguenti risultati:

• Colonia 1: Banda della dimensione corretta
• Colonia 2: Nessuna banda
• Colonia 3: Banda di dimensione inferiore al previsto

Quale colonia ha maggiori probabilità di contenere il tuo inserto correttamente orientato?

Quale delle seguenti affermazioni descrive meglio la versatilità e l'efficienza del clonaggio blunt end rispetto al clonaggio sticky end?

Quale dei seguenti processi rappresenta la sequenza di eventi che porta al silenziamento genico mediante l'appaiamento di un filamento di DNA non degradato con la sequenza complementare all'interno della cellula?

In quale scenario l'induzione di una mutazione in un gene clonato sarebbe più vantaggiosa?

Quale applicazione del clonaggio del DNA è specificamente mirata all'identificazione di regioni regolatorie, come promotori, enhancer e silencer?

Un ricercatore desidera produrre grandi quantità di una specifica proteina umana in batteri. Quale tipo di vettore sarebbe più appropriato utilizzare?

In un esperimento, un ricercatore ha bisogno di studiare l'interazione fisica tra una proteina e una specifica sequenza di DNA. Quale approccio che coinvolge il DNA clonato sarebbe più appropriato?

Quale tipo di vettore sarebbe più utile se l'obiettivo fosse quello di garantire che una proteina ricombinante espressa in un batterio si pieghi correttamente e rimanga solubile?

Se un ricercatore volesse isolare un gene specifico da un organismo il cui genoma è completamente sconosciuto, quale approccio di clonazione sarebbe il più appropriato?

Un ricercatore sta lavorando con una proteina che, una volta sintetizzata in E. coli, tende ad accumularsi all'interno della cellula formando corpi inclusi. Quale tipo di vettore potrebbe essere utilizzato per migliorare la produzione di questa proteina in forma solubile?