Biologie Moléculaire: Quiz sur l'ADN et la PCR

L'ADN est composé de deux chaînes de nucléotides qui s'apparient entre elles. Ces chaînes sont antiparallèles, ce qui signifie qu'elles s'orientent dans des directions opposées.

Les nucléotides de l'ADN sont liés entre eux par une liaison phosphodiester, qui relie le groupe phosphate d'un nucléotide au sucre du nucléotide suivant.

Les bases azotées de l'ADN sont composées de deux types : les purines (adénine et guanine) et les pyrimidines (cytosine et thymine).

L'adénine (A) s'apparie toujours avec la thymine (T) via deux liaisons hydrogène. La cytosine (C) s'apparie toujours avec la guanine (G) via trois liaisons hydrogène.

La transcription est le processus par lequel l'ADN est utilisé comme modèle pour synthétiser une molécule d'ARN.

La traduction est le processus par lequel l'ARN est utilisé comme modèle pour synthétiser une protéine.

Le code génétique est l'ensemble des règles qui déterminent comment les séquences de nucléotides dans l'ADN sont traduites en séquences d'acides aminés dans les protéines.

L'ADN mitochondrial est un ADN circulaire situé dans les mitochondries. Il est transmis exclusivement par la mère.

Le brin d'ADN qui est lu par l'ADN polymérase lors de la réplication.

Le brin d'ADN qui code pour la séquence d'ARN.

Des petits fragments d'ADN créés sur le brin retardé lors de la réplication.

Une enzyme qui déroule l'ADN en deux brins lors de la réplication.

Enzyme qui ajoute une coiffe de méthylguanosine au 5' de l'ARNm.

L'ajout d'une queue de polyadénine au 3' de l'ARNm.

Processus qui retire les introns de l'ARN pré-messager.

Un complexe qui permet l'épissage de l'ARN pré-messager.

Un type de contrôle qualité qui vise à prévenir la contamination environnementale, par exemple la contamination des locaux.

Un type de contrôle qualité qui vise à prévenir la contamination interne, par exemple la contamination des hottes.

Technique d'amplification de plusieurs régions d'ADN simultanément dans la même réaction de PCR.

Des amorces qui ciblent des régions conservées dans différentes espèces.

Des amorces consensus qui peuvent s'hybrider à de petites séquences différentes grâce à l'utilisation de bases alternatives.

Des amorces conçues pour identifier une espèce spécifique parmi un groupe d'espèces étroitement apparentées.

Molécule d'ADN formée par l'association non spécifique de deux amorces.

Technique d'amplification en deux étapes utilisant des amorces différentes pour augmenter la sensibilité et la spécificité de la détection.

Technique utilisée pour identifier et caractériser des séquences d'ADN spécifiques. Elle implique la fragmentation de l'ADN, la séparation des fragments par taille, le transfert sur une membrane et l'hybridation avec une sonde marquée pour détecter les séquences d'intérêt.

Technique similaire au Southern blot, mais utilisée pour étudier l'ARN. Elle implique l'extraction et la dénaturation de l'ARN, la séparation des fragments par taille, le transfert sur une membrane et l'hybridation avec une sonde spécifique pour détecter l'ARN d'intérêt.

Conversion de la quantité d'ADN détectée en nombre de copies de génome bactérien. Cela permet de mieux comprendre la quantité d'ADN présente dans un échantillon par rapport à la quantité de bactéries.

Le seuil de détection d'un test, c'est la plus faible concentration d'une substance qui peut être détectée de manière fiable. En qPCR, le LOD est déterminé par une dilution sériée de l'ADN.

L'efficacité de la qPCR est la capacité du processus à amplifier l'ADN. Elle est généralement mesurée en pourcentage et vise à atteindre 100% (E=1). Une efficacité de 100% signifie que le nombre de copies d'ADN double à chaque cycle.

La quantité de réactifs utilisés diminue au fur et à mesure que la PCR progresse, ce qui réduit l'efficacité de la réaction.

La présence de substances qui interfèrent avec l'activité de la polymérase peut réduire l'efficacité de la PCR.

Des amorces ou des sondes mal conçues, avec un mauvais Tm (température de fusion), peuvent rendre la PCR moins spécifique et moins efficace.

Des erreurs de pipetage ou des dégradations des sondes peuvent affecter la précision et l'efficacité de la PCR.

La formation de molécules d'ADN double brin (dimères) à partir des amorces consomme des réactifs, ce qui diminue l'efficacité de la PCR.

Cette technique permet de déterminer le nombre exact de copies d'ADN ou d'ARN dans un échantillon.

Cette technique permet de comparer l'expression d'un gène dans différents échantillons par rapport à un échantillon de référence.

Le gène de ménage est un gène exprimé de façon constante dans toutes les cellules, ce qui permet de normaliser les variations entre les échantillons.

La PCR en temps réel (qPCR) avec sonde TaqMan spécifique au virus de la varicelle permet de détecter la présence du virus dans un échantillon. Des contrôles positif et négatif sont utilisés pour valider le test.

La qPCR triplex avec trois sondes TaqMan distinctes permet de différencier les infections par Toxocara canis, Toxocara cati, et d'autres Ascaridiacae. Chaque sonde est marquée avec un fluorophore différent, permettant une identification spécifique.

La qPCR avec SybrGreen permet de détecter la présence d'une infection fongique. Pour identifier l'espèce du champignon, les fragments d'ADN amplifiés sont séquencés et comparés à une base de données.

La drépanocytose est une maladie génétique causée par une mutation d'un seul nucléotide dans le gène de la bêta-globine. La qPCR avec sonde MGB permet de détecter cette mutation en utilisant deux sondes spécifiques : une pour l'allèle muté et une pour l'allèle normal.

L'hybridation moléculaire est une technique qui utilise des sondes d'ADN ou d'ARN complémentaires pour détecter la présence d'une séquence cible. Cette technique est moins utilisée aujourd'hui car elle a été remplacée par des techniques plus modernes.

Le Southern blot est une technique d'hybridation moléculaire utilisée pour l'étude de l'ADN génomique. Cette technique nécessite plusieurs étapes et a été largement remplacée par des méthodes plus modernes.

La qPCR permet de détecter la présence d'une séquence d'ADN spécifique et de quantifier sa quantité. Les sondes TaqMan sont utilisées pour détecter les séquences cibles.

La séquence d'ADN est lue pour identifier les mutations ponctuelles. Le pyroséquençage est une méthode automatisée qui permet de lire la séquence d'ADN de manière rapide et précise.