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Questions and Answers
Quel rôle les kinases jouent-elles dans la modification des protéines?
Quel rôle les kinases jouent-elles dans la modification des protéines?
- Elles inhibent l'interaction des protéines avec d'autres molécules.
- Elles dégradent les protéines en acides aminés.
- Elles ajoutent un groupe phosphate et contrôlent l'activité des protéines. (correct)
- Elles ajoutent un groupement hydroxyle.
Quel acide aminé forme une configuration rigide dans une protéine et crée un 'coude'?
Quel acide aminé forme une configuration rigide dans une protéine et crée un 'coude'?
- La valine
- La proline (correct)
- La sérine
- La leucine
Quel est le rôle du groupe sulfhydryl de la cystéine?
Quel est le rôle du groupe sulfhydryl de la cystéine?
- Il forme des liaisons hydrogène.
- Il s'oxyde pour former un pont disulfure. (correct)
- Il participe à la dégradation des peptides.
- Il interagit avec les groupes hydroxyles.
Comment se caractérise la chaîne latérale de la glycine?
Comment se caractérise la chaîne latérale de la glycine?
Quel est le pKa approximatif de l'acide aspartique?
Quel est le pKa approximatif de l'acide aspartique?
Quelle charge nette porterait un peptide à un pH supérieur au pKa de l'acide glutamique?
Quelle charge nette porterait un peptide à un pH supérieur au pKa de l'acide glutamique?
Quel acide aminé aurait une chaîne latérale ionisable donnant une charge négative?
Quel acide aminé aurait une chaîne latérale ionisable donnant une charge négative?
Quelle fonction est essentielle pour la formation de la structure quaternaire des anticorps?
Quelle fonction est essentielle pour la formation de la structure quaternaire des anticorps?
Quelle est la définition correcte d'un peptide ?
Quelle est la définition correcte d'un peptide ?
Quel est le poids moléculaire moyen d'un acide aminé en Daltons ?
Quel est le poids moléculaire moyen d'un acide aminé en Daltons ?
Quelle affirmation est correcte concernant les polypeptides ?
Quelle affirmation est correcte concernant les polypeptides ?
Quel est le poids moléculaire théorique de la protéase Caspase-1, qui est composée de 404 acides aminés ?
Quel est le poids moléculaire théorique de la protéase Caspase-1, qui est composée de 404 acides aminés ?
Quel terme désigne l'ensemble des protéines exprimées dans un organisme ?
Quel terme désigne l'ensemble des protéines exprimées dans un organisme ?
Combien de protéines environ compose le protéome de l'homme ?
Combien de protéines environ compose le protéome de l'homme ?
Quel type d'assemblage est nécessaire pour former une protéine ?
Quel type d'assemblage est nécessaire pour former une protéine ?
Quel est un exemple d'un groupe non polypeptidique pouvant être présent dans une protéine ?
Quel est un exemple d'un groupe non polypeptidique pouvant être présent dans une protéine ?
Quel est le principal rôle des motifs comme le 'Helix-loop-helix' dans les protéines?
Quel est le principal rôle des motifs comme le 'Helix-loop-helix' dans les protéines?
Quel élément se trouve dans les motifs de type 'EF hand'?
Quel élément se trouve dans les motifs de type 'EF hand'?
Quelle affirmation est vraie concernant la relation entre motifs et domaines?
Quelle affirmation est vraie concernant la relation entre motifs et domaines?
Dans quel type de protéines trouve-t-on souvent le motif 'Helix-loop-helix'?
Dans quel type de protéines trouve-t-on souvent le motif 'Helix-loop-helix'?
Quel terme décrit le niveau d'organisation intermédiaire entre la structure secondaire et la structure tertiaire d'une protéine?
Quel terme décrit le niveau d'organisation intermédiaire entre la structure secondaire et la structure tertiaire d'une protéine?
Quel type de motif est souvent impliqué dans la liaison d'ADN?
Quel type de motif est souvent impliqué dans la liaison d'ADN?
Pourquoi les motifs et domaines ne lient-ils pas toujours la fonction d'une protéine?
Pourquoi les motifs et domaines ne lient-ils pas toujours la fonction d'une protéine?
Quel des caractères suivants n'est PAS associé à un motif comme l'EF hand?
Quel des caractères suivants n'est PAS associé à un motif comme l'EF hand?
Quel type de structure est principalement présent dans chaque polypeptide selon l'information donnée ?
Quel type de structure est principalement présent dans chaque polypeptide selon l'information donnée ?
Quels résidus se trouvent souvent en position 5 et 7 dans la structure des hélices ?
Quels résidus se trouvent souvent en position 5 et 7 dans la structure des hélices ?
Quels types d'interactions favorisent la stabilité des hélices alpha ?
Quels types d'interactions favorisent la stabilité des hélices alpha ?
Qu'est-ce qu'une 'répétition heptad' dans une hélice alpha ?
Qu'est-ce qu'une 'répétition heptad' dans une hélice alpha ?
Quel est le rôle des résidus hydrophobes en position 1 des hélices alpha ?
Quel est le rôle des résidus hydrophobes en position 1 des hélices alpha ?
Quel type de chaîne latérale favorise l'interaction dans les hélices alpha ?
Quel type de chaîne latérale favorise l'interaction dans les hélices alpha ?
Quelle est la caractéristique d'une hélice alpha mentionnée dans le contenu ?
Quelle est la caractéristique d'une hélice alpha mentionnée dans le contenu ?
Comment les résidus amphipathiques se comportent-ils dans une hélice alpha ?
Comment les résidus amphipathiques se comportent-ils dans une hélice alpha ?
Quel est le rôle principal de la calmoduline dans les cellules ?
Quel est le rôle principal de la calmoduline dans les cellules ?
Comment la calmoduline se lie-t-elle au calcium ?
Comment la calmoduline se lie-t-elle au calcium ?
Quel est un exemple de protéine cible que la calmoduline peut activer ?
Quel est un exemple de protéine cible que la calmoduline peut activer ?
Quels types de facteurs de transcription utilisent le motif hélice-boucle-hélice ?
Quels types de facteurs de transcription utilisent le motif hélice-boucle-hélice ?
Quelle caractéristique distingue le motif EF-hand des autres motifs protéiques ?
Quelle caractéristique distingue le motif EF-hand des autres motifs protéiques ?
Quel est l'emplacement typique de la concentration de calcium dans les cellules en relation avec la calmoduline ?
Quel est l'emplacement typique de la concentration de calcium dans les cellules en relation avec la calmoduline ?
Quelle est la définition du motif bHLH ?
Quelle est la définition du motif bHLH ?
Pourquoi la concentration de calcium doit-elle être régulée dans les cellules ?
Pourquoi la concentration de calcium doit-elle être régulée dans les cellules ?
Quel est le principe structurel de l'EF-hand ?
Quel est le principe structurel de l'EF-hand ?
Quel énoncé est vrai concernant la relation entre le pH et le pKa d'un acide?
Quel énoncé est vrai concernant la relation entre le pH et le pKa d'un acide?
Quel type de liaison covalente est formé entre des atomes de différentes électronégativités?
Quel type de liaison covalente est formé entre des atomes de différentes électronégativités?
Quels acides aminés peuvent être définis comme hydrophobes?
Quels acides aminés peuvent être définis comme hydrophobes?
Quelle condition est nécessaire pour qu'un acide aminé soit considéré comme hydrophile?
Quelle condition est nécessaire pour qu'un acide aminé soit considéré comme hydrophile?
Quelle est l'expression correcte du pH selon l'équation de Henderson-Hasselbalch?
Quelle est l'expression correcte du pH selon l'équation de Henderson-Hasselbalch?
Flashcards
Équation de Henderson-Hasselbalch
Équation de Henderson-Hasselbalch
L'équation de Henderson-Hasselbalch décrit la relation entre le pH d'une solution tampon et le pKa de l'acide faible dans la solution. Elle montre comment le pH varie en fonction du rapport des concentrations de la base conjuguée (A-) et de l'acide faible (HA).
pKa
pKa
Le pKa d'un acide représente la valeur du pH pour laquelle les concentrations de l'acide faible (HA) et de sa base conjuguée (A-) sont égales. Il indique la force de l'acide : un pKa faible signifie un acide fort.
Acides aminés hydrophiles
Acides aminés hydrophiles
Les acides aminés hydrophiles possèdent des chaînes latérales polaires qui interagissent fortement avec l'eau, formant des liaisons hydrogène. Ils sont généralement localisés à la surface des protéines, exposés au milieu aqueux.
Acides aminés hydrophobes
Acides aminés hydrophobes
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Liaisons polaires
Liaisons polaires
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Kinases
Kinases
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Groupe Phosphate
Groupe Phosphate
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Phosphorylation
Phosphorylation
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Glycine et Proline
Glycine et Proline
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Cystéine
Cystéine
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Acides Aminés Ionisables
Acides Aminés Ionisables
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Charge Nette d'un Peptide
Charge Nette d'un Peptide
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Peptide
Peptide
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Polypeptide
Polypeptide
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Protéine
Protéine
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Daltons (Da)
Daltons (Da)
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Calcul du nombre d'acides aminés
Calcul du nombre d'acides aminés
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Protéome
Protéome
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Protéomique
Protéomique
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Combien de protéines contient le protéome humain?
Combien de protéines contient le protéome humain?
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Qu'est-ce qu'un motif ?
Qu'est-ce qu'un motif ?
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Qu'est-ce qu'un domaine ?
Qu'est-ce qu'un domaine ?
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Quel est le lien entre motifs, domaines et fonction ?
Quel est le lien entre motifs, domaines et fonction ?
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Décrivez le motif "hélice-boucle-hélice".
Décrivez le motif "hélice-boucle-hélice".
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Qu'est-ce que le motif "EF Hand" ?
Qu'est-ce que le motif "EF Hand" ?
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Quels acides aminés sont importants dans le motif EF Hand ?
Quels acides aminés sont importants dans le motif EF Hand ?
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Quels sont les "basic HLH" ?
Quels sont les "basic HLH" ?
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Qu'elle est la présence du motif EF Hand dans les protéines ?
Qu'elle est la présence du motif EF Hand dans les protéines ?
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Motif EF-hand
Motif EF-hand
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Calmoduline
Calmoduline
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Protéine cible de la calmoduline
Protéine cible de la calmoduline
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Différences de concentration en calcium
Différences de concentration en calcium
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Signalisation du calcium
Signalisation du calcium
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Basic Helix-Loop-Helix (bHLH)
Basic Helix-Loop-Helix (bHLH)
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Facteurs de transcription bHLH
Facteurs de transcription bHLH
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Activation de protéines cibles par la calmoduline
Activation de protéines cibles par la calmoduline
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Adenylate cyclase
Adenylate cyclase
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CaMKII
CaMKII
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Hélice alpha dans les protéines
Hélice alpha dans les protéines
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Stabilisation de l'hélice alpha
Stabilisation de l'hélice alpha
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Amphipathie des hélices alpha
Amphipathie des hélices alpha
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Résidus chargés dans l'hélice alpha
Résidus chargés dans l'hélice alpha
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Assemblage de structures protéiques
Assemblage de structures protéiques
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Interactions hydrophobes de l'hélice
Interactions hydrophobes de l'hélice
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Structure secondaire des protéines
Structure secondaire des protéines
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Importance des hélices alpha
Importance des hélices alpha
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Study Notes
B1.2 Cellules et tissus
- Sujet: Structure et fonction des protéines.
- Période: Novembre - Décembre 2024
- Enseignant: Prof. Petr Broz
Structure du cours
- Sections et unités d'enseignement:
- Cellule, gènes et information génétique (20.11.24)
- Structure et fonction des protéines (21-26.11.24)
- Membranes (28-29.11.24)
- Organelles et trafic vésiculaire
- Cycle cellulaire et différenciation cellulaire
- Transduction du signal (13+16-18.12.24)
- Structure et fonction des protéines (2-3 heures)
- Synthèse des protéines (2-3 heures)
- Lipides et structure des membranes (2 heures)
- Les enzymes et le travail chimique des cellules (4 heures)
- Transduction du signal (8 heures)
Où trouver les présentations
- Consulter l'espace Moodle pour les documents de cours.
Comment poser des questions
- Pendant la pause ou avant/après le cours
- Utiliser la plateforme Moodle.
Autres points importants
- Rappel : Protéines - produits de l'expression des gènes:
- Les protéines sont les principaux agents des fonctions cellulaires.
- Résultant de la traduction de l'information contenue dans l'ADN.
- Rappel : Les protéines sont composées d'acides aminés (1 & 2)
- Les macromolécules principales dans une cellule sont des polymères résultant de liaisons covalentes.
- Pour les protéines, ce sont les acides aminés. (n=1: acide aminé; n=2-30: oligopeptide; n>30: polypeptide).
- Les liaisons covalentes entre unités monométriques résultent d'une réaction de déshydratation.
- 1.1 Structure des acides aminés:
- Les acides aminés sont les blocs de construction des protéines. Ils ont un carbone central lié à quatre groupes différents: un groupe amine (NH2), un groupe carboxyle (COOH), un hydrogène (H) et une chaîne latérale variable (R).
- 1. Structure et fonction des protéines:
- Structure des acides aminés
- Structure primaire des protéines
- Structure secondaire : hélice α et feuillet β
- Structure tertiaire : Domaines protéiques et motifs de structure
- Structure quaternaire : Les globines
- Structures multimériques et assemblages macromoléculaires
- Les 20 acides aminés qui composent nos protéines:
- Liste desabréviations des acides aminés (3 lettres et 1 lettre).
- Acides aminés essentiels.
- Rappel : La constante de dissociation acide, Ka:
- Définition de pKa par rapport au pH et aux concentrations de l'acide et de son anion conjugué.
- Acide aminés hydrophobes (avec les chaînes latérales):
- Aliphatiques (Ala - Val - Leu - Ile - Met)
- Aromatiques (Phe - Trp)
- Acides aminés hydrophiles:
- Chargés positivement (Arg, Lys, His)
- Chargés négativement (Asp, Glu)
- Non chargés (Asn, Gln, Ser, Thr, Tyr)
- 3 acides aminés particuliers:
- Cystéine (Cys ou C)
- Glycine (Gly ou G)
- Proline (Pro ou P)
- La glycine et la proline:
- Caractéristiques structurelles
- Rôle dans les structures protéiques, la stabilité.
- Les coudes (angl. "b-turn/hairpin turn"):
- Définition des "coudes" en termes de résidus.
- Les boucles (angl. "omega loops"):
- Caractéristiques, localisation sur les protéines.
- Prévisions Structurelles:
- Possibilité de prédire la structure secondaire d'une protéine.
- Facteurs comme la fréquence relative des AA.
- AlphaFold:
- Logiciel d'IA pour la prédiction de structures protéiques.
- Utilisation d'une base de données de structures protéiques expérimentales (PDB) pour la formation et la prédiction du modèle.
- Détermination expérimentale des structures des protéines:
- Cristallographie aux rayons X
- Résonance magnétique nucléaire (RMN)
- Cryomicroscopie à électroniqueaux cryo-EM
- Domaines protéiques et motifs structurels:
- Importance des domaines et des motifs comme éléments de structure super-secondaire
- Des exemples de protéines ayant différents domaines
- Les motifs "hélice-boucle-hélice"
- La structure quaternaire:
- Associations non covalentes de polypeptide monomériques.
- Exemple: anticorps et globines
- L'hémoglobine:
- Structure quaternaire
- Compositions (chaines a et b)
- La structure du groupe hème.
- Liaison oxygène – hème:
- L'état ferreux du fer
- Changement conformationnel dans l'hémoglobine après la liaison de l'oxygène
- Coopération de Liaison de l'oxygène:
- Augmentation de l'affinité de liaison
- Courbe de liaison sigmoïdale(importante)
- Différences entre myoglobine et hémoglobine:
- Spécificité de liaison de l'oxygène aux hélices.
- Assemblages macromoléculaires:
- Structures complexes, composées de nombreuses protéines autres molécules
- Exemple : Flagelle des bactéries.
- Les motifs à doigt de zinc (Zinc finger)
- Structure, fonctions
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Description
Ce quiz explore la structure et la fonction des protéines, essentiel pour comprendre les tissus et les cellules. Concentrez-vous sur la synthèse et l'importance des protéines dans le fonctionnement cellulaire. Préparez-vous avec les ressources disponibles sur Moodle.
