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Questions and Answers
Quel rôle les kinases jouent-elles dans la modification des protéines?
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Quel acide aminé forme une configuration rigide dans une protéine et crée un 'coude'?
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Quel est le rôle du groupe sulfhydryl de la cystéine?
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Comment se caractérise la chaîne latérale de la glycine?
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Quel est le pKa approximatif de l'acide aspartique?
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Quelle charge nette porterait un peptide à un pH supérieur au pKa de l'acide glutamique?
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Quel acide aminé aurait une chaîne latérale ionisable donnant une charge négative?
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Quelle fonction est essentielle pour la formation de la structure quaternaire des anticorps?
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Quelle est la définition correcte d'un peptide ?
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Quel est le poids moléculaire moyen d'un acide aminé en Daltons ?
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Quelle affirmation est correcte concernant les polypeptides ?
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Quel est le poids moléculaire théorique de la protéase Caspase-1, qui est composée de 404 acides aminés ?
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Quel terme désigne l'ensemble des protéines exprimées dans un organisme ?
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Combien de protéines environ compose le protéome de l'homme ?
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Quel type d'assemblage est nécessaire pour former une protéine ?
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Quel est un exemple d'un groupe non polypeptidique pouvant être présent dans une protéine ?
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Quel est le principal rôle des motifs comme le 'Helix-loop-helix' dans les protéines?
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Quel élément se trouve dans les motifs de type 'EF hand'?
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Quelle affirmation est vraie concernant la relation entre motifs et domaines?
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Dans quel type de protéines trouve-t-on souvent le motif 'Helix-loop-helix'?
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Quel terme décrit le niveau d'organisation intermédiaire entre la structure secondaire et la structure tertiaire d'une protéine?
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Quel type de motif est souvent impliqué dans la liaison d'ADN?
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Pourquoi les motifs et domaines ne lient-ils pas toujours la fonction d'une protéine?
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Quel des caractères suivants n'est PAS associé à un motif comme l'EF hand?
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Quel type de structure est principalement présent dans chaque polypeptide selon l'information donnée ?
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Quels résidus se trouvent souvent en position 5 et 7 dans la structure des hélices ?
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Quels types d'interactions favorisent la stabilité des hélices alpha ?
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Qu'est-ce qu'une 'répétition heptad' dans une hélice alpha ?
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Quel est le rôle des résidus hydrophobes en position 1 des hélices alpha ?
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Quel type de chaîne latérale favorise l'interaction dans les hélices alpha ?
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Quelle est la caractéristique d'une hélice alpha mentionnée dans le contenu ?
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Comment les résidus amphipathiques se comportent-ils dans une hélice alpha ?
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Quel est le rôle principal de la calmoduline dans les cellules ?
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Comment la calmoduline se lie-t-elle au calcium ?
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Quel est un exemple de protéine cible que la calmoduline peut activer ?
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Quels types de facteurs de transcription utilisent le motif hélice-boucle-hélice ?
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Quelle caractéristique distingue le motif EF-hand des autres motifs protéiques ?
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Quel est l'emplacement typique de la concentration de calcium dans les cellules en relation avec la calmoduline ?
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Quelle est la définition du motif bHLH ?
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Pourquoi la concentration de calcium doit-elle être régulée dans les cellules ?
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Quel est le principe structurel de l'EF-hand ?
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Quel énoncé est vrai concernant la relation entre le pH et le pKa d'un acide?
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Quel type de liaison covalente est formé entre des atomes de différentes électronégativités?
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Quels acides aminés peuvent être définis comme hydrophobes?
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Quelle condition est nécessaire pour qu'un acide aminé soit considéré comme hydrophile?
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Quelle est l'expression correcte du pH selon l'équation de Henderson-Hasselbalch?
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Study Notes
B1.2 Cellules et tissus
- Sujet: Structure et fonction des protéines.
- Période: Novembre - Décembre 2024
- Enseignant: Prof. Petr Broz
Structure du cours
-
Sections et unités d'enseignement:
- Cellule, gènes et information génétique (20.11.24)
- Structure et fonction des protéines (21-26.11.24)
- Membranes (28-29.11.24)
- Organelles et trafic vésiculaire
- Cycle cellulaire et différenciation cellulaire
- Transduction du signal (13+16-18.12.24)
- Structure et fonction des protéines (2-3 heures)
- Synthèse des protéines (2-3 heures)
- Lipides et structure des membranes (2 heures)
- Les enzymes et le travail chimique des cellules (4 heures)
- Transduction du signal (8 heures)
Où trouver les présentations
- Consulter l'espace Moodle pour les documents de cours.
Comment poser des questions
- Pendant la pause ou avant/après le cours
- Utiliser la plateforme Moodle.
Autres points importants
-
Rappel : Protéines - produits de l'expression des gènes:
- Les protéines sont les principaux agents des fonctions cellulaires.
- Résultant de la traduction de l'information contenue dans l'ADN.
-
Rappel : Les protéines sont composées d'acides aminés (1 & 2)
- Les macromolécules principales dans une cellule sont des polymères résultant de liaisons covalentes.
- Pour les protéines, ce sont les acides aminés. (n=1: acide aminé; n=2-30: oligopeptide; n>30: polypeptide).
- Les liaisons covalentes entre unités monométriques résultent d'une réaction de déshydratation.
-
1.1 Structure des acides aminés:
- Les acides aminés sont les blocs de construction des protéines. Ils ont un carbone central lié à quatre groupes différents: un groupe amine (NH2), un groupe carboxyle (COOH), un hydrogène (H) et une chaîne latérale variable (R).
-
1. Structure et fonction des protéines:
- Structure des acides aminés
- Structure primaire des protéines
- Structure secondaire : hélice α et feuillet β
- Structure tertiaire : Domaines protéiques et motifs de structure
- Structure quaternaire : Les globines
- Structures multimériques et assemblages macromoléculaires
-
Les 20 acides aminés qui composent nos protéines:
- Liste desabréviations des acides aminés (3 lettres et 1 lettre).
- Acides aminés essentiels.
-
Rappel : La constante de dissociation acide, Ka:
- Définition de pKa par rapport au pH et aux concentrations de l'acide et de son anion conjugué.
-
Acide aminés hydrophobes (avec les chaînes latérales):
- Aliphatiques (Ala - Val - Leu - Ile - Met)
- Aromatiques (Phe - Trp)
-
Acides aminés hydrophiles:
- Chargés positivement (Arg, Lys, His)
- Chargés négativement (Asp, Glu)
- Non chargés (Asn, Gln, Ser, Thr, Tyr)
-
3 acides aminés particuliers:
- Cystéine (Cys ou C)
- Glycine (Gly ou G)
- Proline (Pro ou P)
-
La glycine et la proline:
- Caractéristiques structurelles
- Rôle dans les structures protéiques, la stabilité.
-
Les coudes (angl. "b-turn/hairpin turn"):
- Définition des "coudes" en termes de résidus.
-
Les boucles (angl. "omega loops"):
- Caractéristiques, localisation sur les protéines.
-
Prévisions Structurelles:
- Possibilité de prédire la structure secondaire d'une protéine.
- Facteurs comme la fréquence relative des AA.
-
AlphaFold:
- Logiciel d'IA pour la prédiction de structures protéiques.
- Utilisation d'une base de données de structures protéiques expérimentales (PDB) pour la formation et la prédiction du modèle.
-
Détermination expérimentale des structures des protéines:
- Cristallographie aux rayons X
- Résonance magnétique nucléaire (RMN)
- Cryomicroscopie à électroniqueaux cryo-EM
-
Domaines protéiques et motifs structurels:
- Importance des domaines et des motifs comme éléments de structure super-secondaire
- Des exemples de protéines ayant différents domaines
- Les motifs "hélice-boucle-hélice"
-
La structure quaternaire:
- Associations non covalentes de polypeptide monomériques.
- Exemple: anticorps et globines
-
L'hémoglobine:
- Structure quaternaire
- Compositions (chaines a et b)
- La structure du groupe hème.
-
Liaison oxygène – hème:
- L'état ferreux du fer
- Changement conformationnel dans l'hémoglobine après la liaison de l'oxygène
-
Coopération de Liaison de l'oxygène:
- Augmentation de l'affinité de liaison
- Courbe de liaison sigmoïdale(importante)
-
Différences entre myoglobine et hémoglobine:
- Spécificité de liaison de l'oxygène aux hélices.
-
Assemblages macromoléculaires:
- Structures complexes, composées de nombreuses protéines autres molécules
- Exemple : Flagelle des bactéries.
-
Les motifs à doigt de zinc (Zinc finger)
- Structure, fonctions
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Description
Ce quiz explore la structure et la fonction des protéines, essentiel pour comprendre les tissus et les cellules. Concentrez-vous sur la synthèse et l'importance des protéines dans le fonctionnement cellulaire. Préparez-vous avec les ressources disponibles sur Moodle.
