Medische microbiologie: bacteriologie theorie BL 2 PDF

Medische microbiologie: bacteriologie theorie BL 2 Oxidase positieve fermenterende Gramnegatieve bacillen  Op basis van deze oriënterende test: bespreking van Gramnegatieve micro-organismen in verschillende groepen  Enterobacterales (vroeger Enterobacteriaceae) (oxidase negatief)  Oxidase posit...

Medische microbiologie: bacteriologie theorie BL 2 Oxidase positieve fermenterende Gramnegatieve bacillen  Op basis van deze oriënterende test: bespreking van Gramnegatieve micro-organismen in verschillende groepen  Enterobacterales (vroeger Enterobacteriaceae) (oxidase negatief)  Oxidase positieve fermenterende Gramnegatieven  Strict aërobe niet-vergistende Gramnegatieven  Moeilijk kweekbare Gramnegatieven (Haemophilus sp.)  (Micro-organismen met speciale isolatieomstandigheden)  (Strikt anaëroben)  (Gramnegatieve diplokokken) 3 Inhoud 8. Oxidase positieve fermenterende Gramnegatieve bacillen 8.1 Vibrio 8.2 Aeromonas en Plesiomonas 8.3 Pasteurella 4 FERMENTATIEF 5  Gramnegatieve bacillen  Vergisten glucose en reduceren nitraat tot nitriet  cytochroomoxidase positief  4 Genera:  Vibrio  Aeromonas  Plesiomonas  Pasteurella 6 8.1. Vibrio  Gramnegatieve, kommavormige gebogen staafjes  Beweeglijk door polaire flagel  Katalase en oxidase positief  Aëroob of facultatief anaëroob  Vergisten glucose zonder gas 7 Pathogeen vermogen  Enteropathogeen (Vibrio cholerae en andere vibriosoorten)  Andere vibriosoorten:  wond-longinfecties, bacteriëmie → contact met besmet zeewater, vissen, schaal-en schelpdieren 8 8.1.1. Vibrio Cholerae  > 200 serotypes  serotype O:1 en O:139 (NAG-vibrio’s = niet agglutineerbaar)  produceren enterotoxine → “cholera”  andere serotypes → talrijk in water → geen toxine  op basis biochemische eigenschappen wordt O:1 ingedeeld in 2 biotypen:  biotype cholerae (subtype Ogawa) = Vibrio cholerae cholerae Ogawa  biotype El Tor : afgezonderd in 1905 in Egyptische havenplaats (El Tor) uit faeces bedevaartgangers Vibrio cholerae El Tor Inaba  sinds 1961: Vibrio cholerae El Tor Inaba = dominant epidemisch type 9  besmetting: besmet water / voedsel  infectiedosis zeer hoog (1010 tot 1011): zure maag moet gepasseerd worden (zelden besmetting mens tot mens)  vermenigvuldiging in dunne darm + enterotoxine → cholera  cellen scheiden massaal grote hoeveelheden isotonische vloeistof af  stoelgang lijkt op rijstwater (verlies tot 12 liter vocht / dag) → dehydratatie → zonder behandeling: 60% mortaliteit 10  behandeling: toediening vocht + elektrolyten  immuniteit: ziekte verschaft immuniteit gedurende vele jaren  epidemiologie: grote rivierdelta’s in tropische gebieden met lage faecale hygiëne  in België: laatste geval in 1980 (importgeval uit NoordMarokko), daarvoor moet men teruggaan tot in 1894 11 8.1.2. Vibrio parahaemolyticus, Vibrio alginolyticus, Vibrio vulnificus  Warm (tropisch, subtropisch) zeewater  Zout nodig → halofiele vibrio’s  Vibrio parahaemolyticus → enteritis (rauwe zeevruchten) of wondinfecties (zelden)  Vibrio alginolyticus en Vibrio vulnificus → lokaal pathogeen → wondinfecties, otitis  Vibrio vulnificus → soms bacteriëmie 12 Isolatie en identificatie  Mac Conkey en SS  Lactose negatief → kleurloze kolonies  Gerichte isolatie: selectieve TCBS-agar  Thiosulphate-Citrate-Bile-Sucrose  zeer basisch (pH 8,6)  sucrose en broomthymolblauw 13 V.cholerae en V.alginolyticus V.vulnificus V.parahaemolyticus Sucrose positief Sucrose negatief 14  Verdere identificatie:  Kligler, TSI, SIM, ureum (met ten minste 1% zout voor andere Vibrio’s) Vibrio Cholerae  Beweeglijk  Oxidase positief  DNase positief  Gelatinase positief oxidase KIA TSI SIM citraat ureum 15 vibriostaticum O-129 16 8.2. Aeromonas en Plesiomonas  Vroeger: familie van Vibrionaceae  Nu:  Aeromonas tot familie van Aeromonadaceae  Plesiomonas shigelloides tot familie van Enterobacterales ondanks oxidase +  Aërobe of facultatief anaëroben  Katalase positief  Oxidase positief  Polaire flagellen  Vergisten glucose met/zonder gas 18 Aeromonas sp.  >25 species  3 belangrijkste:  Aeromonas hydrophila complex  Aeromonas cavia complex  Aeromonas veronii complex KIA TSI oxidase 19 Aeromonas sp. en Plesiomonas shigelloides  Watersaprofieten en commensalen van waterdieren  Potentieel pathogeen: enteritis en diarree  A.cavia complex: ontwikkelingslanden → waterige enteritis  Aeromonas sp.→ soms uit sputum, wondetter, bloed 20 Isolatie en identificatie  Mac Conkey en SS  Lactose negatief → kleurloze kolonies  Op bloedagar: β-hemolyse bij A.hydrophila complex en A.veronii complex  Plesiomonas shigelloides:  Kligler en TSI: uitzicht van Shigella sp.  Lactose en sucrose negatief  Beweeglijk en oxidase positief KIA TSI oxidase 21 vibriostaticum 22 8.3. Pasteurella  Facultatief anaërobe Gramnegatieve coccobacillen  Katalase positief  Oxidase positief  Reduceren nitraat tot nitriet  Gramkleuring: coccobacillair (bipolaire kleuring)  Onbeweeglijk  Groeien NIET op Mac Conckey 24  4 soorten geïsoleerd uit menselijke specimens  Pasteurella multocida (enige pathogene soort)  Pasteurella canis  Pasteurella stomatis  Pasteurella dagmatis 25 Pathogeen vermogen  Pasteurella multocida: potentieel pathogeen bij zoogdieren en vogels  Mens → bijten of krabben honden of katten → wondinfectie  Uit purulent sputum (chronische bronchitis)  zeldzaam bacteriëmie en secundaire infectie op afstand 26 Isolatie en identificatie  Kleine coccobacillen, onbeweeglijk, solitair, per 2 of ketens  Bloedagar en ↑ CO2  Pasteurella multocida:  op bloedagar: doorschijnend en niet-hemolytisch  groeit goed op Kligler en selectieve Haemophilus agar (+bacitracine en vancomycine)  groeit niet op Mac Conkey  vergisten glucose op KIA → vermoeden van Pasteurella → bevestigen met oxidase test (van BA) verdere differentiatie: klassieke testen 27 Pasteurella multocida op bloedagar 28 KIA TSI SIM oxidase 29 FERMENTATIEF 31 Niet-vergistende strikt aërobe Gramnegatieve bacillen  Op basis van deze oriënterende test: bespreking van Gramnegatieve micro-organismen in verschillende groepen  Enterobacterales (oxidase negatief)  Oxidase positieve fermenterende Gramnegatieven  Strict aërobe niet-vergistende Gramnegatieven  Moeilijk kweekbare Gramnegatieven (Haemophilus sp.)  (Micro-organismen met speciale isolatieomstandigheden)  (Strikt anaëroben)  (Gramnegatieve diplokokken) 33 Inhoud 9. Niet-vergistende strict aërobe Gramnegatieve bacillen 9.1 Beschrijving van de genera 9.1.1 Pseudomonas 9.1.2 Burkholderia 9.1.4 Stenotrophomonas 9.1.5 Acinetobacter 9.1.6 Shewanella 9.2 Differentiatie van de verschillende species 9.3 Antibiogram 34 OXIDATIEF 35  Gramnegatieve staven  niet-vergisters/non-fermenters:  groei op Kligler (TSI)  inerte kligler (kunnen geen glucose vergisten)  groeien goed op McC, (oxidase – of +), beweeglijk  weinig voedingseisen  heterogene groep saprofieten  grootste familie: Pseudomonas sp.  aanverwante genera: Stenotrophomonas, Comamonas, Burkholderia, ….  Andere genera: Acinetobacter en Achromobacter 36 Snelle voorlopige identificatie kan volgens onderstaande tabel 37  Oxidase: commercieel teststrookje  Oxidatief verzuren van glucose: Aerobe Low Protein-agar ALP-agar (Aerobe Low Protein) Doel:  Veel gevoeliger dan Oxidatie-Fermentatie test om suiker-oxidatie te bepalen voor niet-fermenters  Geeft sneller resultaat (2 tot 6 u) Samenstelling:  Schuine agar, geënt vanaf gegroeide Kligler  Basismedium + suiker (1%) + fenolroodindicator + pepton (0,2%) 38  Meest geïsoleerde species  Pseudomonas aeruginosa: oxidase positief, blauw- groen pigment, zoet-aromatische geur  Stenotrophomonas maltophilia: oxidase negatief, beweeglijk, ammoniakgeur  Acinetobacter baumannii: oxidase negatief, onbeweeglijke coccobacil 39 9.1. Beschrijving van de genera 9.1.1. Pseudomonas  Middelgrote Gramnegatieve bacillen  Beweeglijk → polaire flagellen  Strikt aëroob  Oxidase en katalase positief  Glucose verbruik door oxidatie  Groei op Mac Conkey (lactose negatieve kolonies)  gepigmenteerd 40 oxidase 41  Saprofieten, zeer verspreid in de natuur  Pseudomonas: 11 species  Meestal Pseudomonas aeruginosa  transiënte flora bij de mens  typische hospitaalpathogenen (natuurlijke en verworven resistentie) → kruisinfecties bij vatbare personen  weinig pathogeen tenzij bij ↓ weerstand (ziekte, behandeling, lokale factoren)  meest frequente en pathogene van alle Pseudomonas sp. 42  wondinfecties: brandwonde, decubitus, …  luchtweginfecties: mucoviscidose (gekapselde stammen), tracheotomie  urologische infecties: cystitis, prostatitis, …  folliculitis en otitis externa (of media) bij zwemmers  sepsis bij zware immuundeficiëntie  meningitis na neurochirurgie of lumbaalpunctie 43 Pseudomonas aeruginosa  Groeit goed op alle bodems  in bouillon: vlies aan oppervlakte  Lactose negatief op McC en SS  β-hemolyse op bloedagar met groene schijn (metaalglans)  Blauw-groen pigment (pyocyanine) → (Variante pigmenten: pyorubine (rood) en pyomelanine (zwart-bruin)) → Bevorderd op King A bodem → 2 verwante soorten: P.fluorescens en P.putida → fluorescerend pigment (pyoverdine) → King B bodem  Laatste groeien goed op 4°C en niet op 42°C 44 Kweek op King A Kweek op King B pyocyanine pyoverdine 45 9.1.2. Burkholderia  2 humane pathogenen!: B.pseudomallei en B.cepacia Burkholderia pseudomallei  Melioidosis: ernstige respiratoire infectie  hoge prevalentie in Zuidoost-Azië  chronisch verloop, intracellulair met granulomateuze letsels in ≠ organen  Bacteriëmie → hoge mortaliteit  manipulaties → P3-ruimte 46  Typische identificatiekenmerken  mucoïde kolonies (gerimpeld → ouder)  muffe geur  (oxidase positief, N2 bij nitraatreductie en gelatinase positief) 47 Burkholderia cepacia complex  Vroeger Pseudomonas cepacia  Verschillende genomovars? P 103  Nosocomiale infecties – gevreesde ziekenhuispathogeen  Bron: besmette instrumenten/medicaties/ ontsmettingsmiddelen → kruisinfecties  Mucoviscidose 48  Identificatie:  trage groei op McC  roze-rode kolonies na verlengde incubatie  laattijdige oxidatie van lactose: ONPG positief!  zwak oxidase positief 49 9.1.3. Ralstonia en Cupiavidus 9.1.4. Stenotrophomonas maltophilia  Vroeger Xanthomonas maltophilia  Saprofyt in de natuur  Transiënte flora bij gehospitaliseerde patiënten (nosocomiaal)  Oorzaak van  pneumonie (beademde patiënten)  endocarditis  bacteriëmie  urineweg-en wondinfecties  Vaak fataal bij IC- en immuungecompromitteerde patiënten 50  Typische identificatiekenmerken  groei op Mac Conckey, NIET op SS  ammoniakgeur, geel-bruinpigment  op bloedagar: platte, droge, onregelmatige kolonies, geen hemolyse rond confluente groei → vergroening  oxidase negatief  beweeglijk 51  Typische identificatiekenmerken  gelatinase positief  lysine decarboxylase positief  Dnase positief  oxidatie van glucose  natuurlijke resistentie tegen carbapenem 52 Stenotrophomonas maltophilia Mac Conkey Bloedagar 53 9.1.5. Acinetobacter  Onbeweeglijke Gramnegatieve coccobacillen  Verspreid in de natuur en normale flora  Opportunistische pathogenen  25 ≠ genomospecies → fenotypisch niet differentieerbaar  3 groepen:  sacharolytische niet-hemolytische (A.baumannii)  asacharolytische niet-hemolytische (A.lwoffii)  sacharolytische hemolytische (A.haemolyticus) 54  Typische identificatiekenmerken  groei op McConkey  oxidase negatief  katalase positief  lysinedecarboxylase negatief  eskulinehydrolyse negatief  geen oxidatie van mannitol en sucrose  jonge cultuur: diplokok of diplococcobacillair  oudere culturen: pleomorf met ook lange staafjes 55 9.1.6. Shewanella  Vroeger Pseudomonas putrefaciens  Produceert H2S op Kligler en TSI  Groei op McConkey, slecht op SS  Roos-bruin pigment  Oxidase en H2S positief → steeds Shewanella  (Ornithine decarboxylase, DNase en nitraatreductie positief)  Soms hospitaalpathogeen → geringe pathogeniciteit 56 9.1.7. Brevundimonas, Comamonas en Delfia 9.1.8. Alcaligenes en Achromobacter 9.1.9. Ochrobactrum, Rhizobium en Sphingomonas 9.1.10. Sphinogobacterium en Myroides 9.1.11. Chryseobacterium en Elisabethkingia 9.1.12. Moraxella, Oligella en Psychrobacter 57 9.2. Differentiatie van de verschillende species 9.3. Antibiogram 58 OXIDATIEF 59 Vragen?