FC11-GRATTARD-Les-infections-digestives-10.10-1.pdf Infections digestives PDF

10/10/2023 Pr. GRATTARD UE1 Agents infectieux Léonie PERIN Claudia FRANCE LES INFECTIONS DIGESTIVES Objectifs du cours : - Physiopathogénie et diagnostic microbiologique des infections à Helicobacter pylori - Connaitre les principaux agents responsables de TIAC - Connaitre les différents mécanismes à l’origine de diarrhées bactériennes - Connaitre les principaux agents responsables de diarrhées toxinogènes - Connaitre les principaux agents responsables de diarrhées invasives - Diagnostic et prise en charge d’une diarrhée à Clostridium difficile Site utile pour la bactério et l’externat : http://www.microbes-edu.org/etudiant/etudiants.html I. Les principales bactéries responsables d’infections digestives : A noter : Il y a très peu de flore au niveau de l’estomac car il a un PH très acide (on trouve un peu de lactobacille), cependant on retrouve beaucoup de flore au niveau tu tube digestif et de l’intestin (flore aérobie = entérobactérie) Mais pourquoi certaines d’entre elles entrainent des infections ? En particulier des diarrhées infectieuses Entérobactéries (Réservoir naturel = tube digestif) Bacille à Gram négatif Helicobacter pylori Campylobacter jejuni Vibrio cholerae (diarrhée infectieuse) Bacille à Gram positif Cocci à Gram positif Escherichia coli +++ Salmonella spp. Shigella Yersinia enterocolitica Y. pseudotuberculosis 1ère cause de diarrhée chez le jeune en France Exceptionnelle Bactérie aérobie Bacillus cereus → TIAC Bactérie anaérobie Responsable plutôt d’infections nosocomiales Clostridium perfringens Clostridium botulinum Clostridium difficile Staphylococcus aureus (Production de toxines) 🡪 TIAC II. Infections à Helicobacter pylori Important de savoir d’où vient la bactérie et sa pathogénicité en fonction du statut de l’hôte. C’est la première bactérie directement impliquée dans l’étiologie d’un cancer mais aussi à l’origine d’ulcère. Méthode de culture particulière par Warren et Marshall en 1982 (prix Nobel) → Première cause de cancer gastrique → Gélose par coloration à l’argent / de Gram) Page 1 sur 18 Structure : Bacille à Gram négatif de forme spiralée (famille des Campylobacter) bactérie flagellée qui lui permet de se déplacer dans le mucus et de se fixer aux cellules épithéliales. Conditions de culture particulières : nécessite un milieu en microaérophilie (soit un taux d’O2 inférieur à l’O2 retrouvé dans l’air-> mixte entre aérobie et anaérobie) caractéristique de la famille des Campylobacter. Habitat : colonise le mucus digestif -> possède des facteurs de résistance aux pH acides 1. Physiopathogénie des infections à H. pylori : a. Colonisation C’est une bactérie flagellée ; elle possède un flagelle qui permet la mobilité. Elle colonise la muqueuse du tube digestif grâce à la sécrétion d’enzyme uréases, lui permettant de créer un microenvironnement neutre (alcalinisation du milieu gastrique) favorable pour l’implantation bactéries. NB autre bactérie capable de sécréter des uréases = proteus (infection urinaire dû à une modification de PH qui favorise la formation calcul) On a aussi une sécrétion d’adhésines à la surface de la paroi bactérienne leur permettant de s’implanter dans la muqueuse. b. Persistance Une fois qu’elle a coloniser le TD, la bactérie doit y persister. Elle possède un métabolisme proche de celui des anaérobies (microaérophilie) -> c’est très particulier des Campylobacter = milieu intermédiaire entre aérobiose et anaérobiose. Elle possède également un système de captation et de stockage du fer dans des sidérophores. De plus, elle sécrète des enzymes détoxifiantes (catalases, SOD). Grâce à sa capacité de mimétisme moléculaire (présence d’antigènes sur sa paroi), elle résiste aux mécanismes de défense : elle n’est pas reconnue comme quelque chose d’exogène donc pas éliminée par le système immunitaire. c. Pouvoir pathogène Infection qui évolue le plus souvent de manière chronique  Capacité à causer une réaction inflammatoire persistante au niveau de la muqueuse gastrique -> elle peut modifier au fil du temps la structure des cellules  Capacité à synthétiser des toxines qui vont endommager directement ou indirectement la muqueuse digestive (ex : ulcération)  Aptitude à perturber le contrôle de sécrétion acide par les cellules pariétales (favorise persistance) Destruction de l’épithélium avec prolifération cellulaire compensatrice  métaplasie  cancer L’ulcère est une lésion circoncise de la muqueuse (petit trou) favorisée par l’acidité gastrique ou par des traitements (AINS -> donc on donne un inhibiteur de pompe à proton en contre balance). Peu évoluer et se creuser de plus en plus. Ulcère au niveau du duodénum. La bactérie détourne l’inflammation à son avantage en suivant 5 étapes : − Adhésion épithéliale − Cytotoxicité − Réaction inflammatoire − Destruction de l’épithélium (observée dans les ulcères) − Transformation des cellules : métaplasie aboutissant à l’apparition de cancer au niveau gastrique ou duodénal Page 2 sur 18 2. Conséquences cliniques Une infection à H. pylori entraine : − Gastrite chronique (dans 100 % des cas) − Atrophie des cellules de la paroi (25 %) − Métaplasie intestinale (8 %) − Cancer dysplasique (0,5 – 2 %) 3. Epidémiologie : - Réservoir : estomac humain Contamination : dès l’enfance Transmission : salive, fèces ou fibroscopes (si matériel pas correctement désinfecté) 4. Manifestations cliniques : Tout cela entraine des lésions destructrices qui vont soit être résolues, soit devenir chroniques. La chronicité va s’associer à une modification de la muqueuse qui peut aboutir à une métaplasie. Le risque de cancer digestif est de 2,5% chez les patients contaminés. Le TTT et la PEC de ces cancers sont très difficile, la survie est faible. En résumé : Inflammation de la muqueuse gastrique→ évolution vers ulcère duodénal ou gastrique → (phénomènes potentiels secondaires de) métaplasie → évolution possible délétère vers le cancer gastrique. 5. Diagnostic biologique (important) : Direct : à privilégier (identification de l’agent ou de ses composants dans le prélèvement -> DGN de l’infection) − Sur biopsie après endoscopie o Anapath : seulement une description mais pas d’indication de la sensibilité des souches o Culture en microaérophilie : délicate mais ++ pour tester la sensibilité aux ATB (chlarithromycine, tetracyclines, quinolones et rifampicines) et tester la récidive aux infections o PCR + détection gènes de résistance à clarithromycine qui est une macrolide, les Hélicobacter sont sensibles aux macrolides L’endoscopie permet de repérer les lésions et de biopsier dessus, particulièrement intéressant chez les patients récidivants. − Sur selles (chez l’enfant) : détection d’antigènes Attention, les germes responsables d’infections chroniques prolifèrent plus lentement et donc la pousse en culture et le traitement est plus long Indirect : − Test respiratoire à l’urée marquée → permet de vérifier l’efficacité du traitement ++ (test de détection de l’uréase sécrétée par H. pylori) − Sérologie (mais pas trop d’intérêt) 6. Prise en charge thérapeutique Trithérapie associée à des inhibiteurs de la pompe a protons − Ampicilline (1) : bonne sensibilité (amoxicilline) o Clarithromycine (2) (famille des macrolides) o Et/ou Fluoroquinolones (3) o Et/ou Métronidazole (4) o Et/ou Sels de bismuth (5) Association de plusieurs antibiotiques pour éviter le risque de récidive - Ampicilline + autres antibiotiques (ex : pendant longtemps (1) + (2) était le traitement de référence mais beaucoup d’échec) car émergence de souches résistantes Les recommandations évoluent selon la sensibilité des souches. Page 3 sur 18 À l’heure actuelle : In vivo : − 1ère et 2ème ligne : association de 3 antibiotiques au minimum (dont Ampicilline) plus des antisécrétoires (IPP) : traitement probabiliste − Si échec des 2 premières lignes : réalisation d’un antibiogramme (par réalisation d’une biopsie) et on passe à 2 antibiotiques + IPP Il y a de nombreuses rechutes possibles d’où l’adaptation en fonction de la résistance des isolats nécessaire. Recommandations HAS : III. Diarrhées infectieuses 1. Définition Diarrhée aigue : Emission de plus de 3 selles par jours de consistance molle ou liquide d’apparition brutale ou évoluant depuis moins de 14j Syndrome dysentérique : selles glairo-sanglante. Souvent associé avec fièvre, syndrome rectal (ténesme, épreinte)  Processus invasif (atteinte muqueuse) 2. Flore normale Bactéroïdes : bacilles à Gram 2/3 bactéries anaérobies 1/3 bactéries aérobies ++ Bifidobacterium / Clostridium : bacilles à Gram + Peptostreptococcus : Cocci à Gram + Entérobactéries : bacilles à Gram –  Majorité Entérocoques, streptocoques : Cocci à Gram + Sa composition est variable selon la localisation anatomique. Au niveau de l’estomac, on n’est pas censé avoir de bactéries (dû au pH acide). Au niveau de la partie distale du colon, on trouve 1010 à 1011 bactéries viables par gramme de selles fraiches. 3. Physiologie − 9 litres d’eau d’apport quotidien (2 L de l’alimentation et 7 litres de sécrétion) − 7 – 8 litres absorbés par l’intestin et 1 - 3 litres par le colon − 200 ml d’eau éliminés par jour dans les selles (tout le reste : échanges ioniques, équilibre normal) Page 4 sur 18 4. Incidence des diarrhées aigue Touche 5% population par an Diarrhée du voyageur (turista) : 50 – 200 millions d’individus : la diarrhée la plus fréquente La plupart des gastroentérites sont spontanément résolutive : le traitement est surtout symptomatique, la diarrhée est un moyen d’élimination des toxines. Devant toute diarrhée aigue on recherche des signes de complications et de déshydratation surtout chez l’enfant, le nourrisson et la personne âgée. Importance de l’interrogatoire et de l’examen clinique pour s’orienter vers les mécanismes de diarrhée (toxique ou invasive). De différentes origines : - Virale : contexte saisonnier épidémique (rotavirus, Astrovirus, Adénovirus) - Bactérienne avec germe entéro invasif -> complication -> syndrome dysentérique (Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia, EIEC = E Coli enteroinvasifs) - Toxi-infection alimentaire collective (TIAC) -> dès que 2 cas sont concerné par le même aliment - Parasitaire : séjour en zone endémique (Entamoeba, hystolytica) - Diarrhée du voyageur : E coli entérotoxicogène = ETEC - Diarrhée post traitement ATB (clostridium difficile +++, Klebsiella oxytoca) 5. Physiopathologie des diarrhées Processus Toxique = trouble de la fonction de sécrétion Processus invasif = trouble de la fonction d’absorption Adhésion à l’épithélium sans pénétration Attachement et pénétration (au niveau plaque de Peyer) Production d’entérotoxine (LT : thermolabile, ST : thermostable) activant l’adénylcyclase Transformation d’ATP en AMPc à l’origine du transfert d’eau et d’ions chlore Diarrhée aqueuse, afécale Pas de destruction cellulaire ni villositaire Absence de leucocyte et de sang dans les selles Le risque majeur est le phénomène de déshydratation Invasion multiple de la bactérie à l’intérieur des cellules Destruction cellulaire, effraction de l’axe conjonctivovasculaire (hémorragie) d’où ulcération de la muqueuse intestinale Afflux de polynucléaire dans les selles Selles glaireuses, purulente Riche en polynucléaire Parfois sanglante Accompagné de fièvre Vibrio cholerae, E coli entérotoxinogène, S. aureus (TIAC), Bacillus cereus Shigella spp, Campylobacter, Yersinia, Clostridium difficile . 6. Indications de la coproculture On fait des coprocultures pour rechercher la présence de germes dans les selles. La majorité́ des diarrhées sont spontanément résolutives donc la coproculture peut être totalement inutile ... Faire coproculture standard avec recherche éventuelle de Yersinia dans les indications suivantes (diarrhées invasives) : − Diarrhée hémorragique ou syndrome dysentérique (= selles glaireuses) − Signes cliniques de gravité (ex : déshydratation) − Terrain fragile (ex : personne âgée) − Diarrhée aigüe persistant plus de 3 jours (malgré un traitement symptomatique) − Forte probabilité́ d’une étiologie bactérienne (aspect, contexte...) − Toxi-infection alimentaire collective = TIAC ⇨ Coproculture standard = recherche Salmonella + Shigella + Campylobacter Page 5 sur 18 ⇨ Selle doit être liquide ou molle sinon pas de prise en charge par le labo Faire coproculture orientée ou recherche spécifique de toxine de C. difficile : − Retour de pays tropical − Syndrome cholériforme → recherche de Vibrio (préciser la demande dans la prescription) − Diarrhée liquide puis hémorragique avec coproculture standard négative − Diarrhée post traitement ATB = recherche exclusive de C. difficile − Diarrhée acquise à l’hôpital après une hospitalisation de + de 3J La coproculture prend du temps donc importance de la clinique. 7. Examen bactériologique des selles  Si diarrhée post ttt ATB ou après 3 jours d’hospitalisation (nosocomiale) -> recherche exclusive de C.difficile toxinogène  Si diarrhée communautaire o Examen à l’état frais  Rarement fait, en cas de diarrhée eau de riz : pour repérer germes de type Vibrio. o Coproculture  Sur des nombreux milieux gélosés sélectif avec plus ou moins de bouillons d’enrichissement o Hémoculture  si fièvre (Salmonella Typhi) o Recherche de toxines par PCR  Technique directe  Technique immunoenzymatique pour C. difficile (+/PCR)  PCR pour toxines d’E. coli : entérohémorragique responsable de SHU (= syndrome hémolytique urémique)  Pas pour tester la sensibilité des germes o Endoscopie  uniquement si signes de gravité (colite) On commence à effectuer des recherches syndromiques pour tous les germes pathogènes par PCR directes sur les selles : permet d’être plus rapide mais pas encore inscrit dans la nomenclature. Tous ces tests prennent un délai de réalisation, parfois plusieurs jours. C’est pourquoi il faut les prescrire à bon escient. (rarement de résultat avant 48/72h) 8. Mode de contamination − Les bactéries envahissent la muqueuse et sont responsables de gastro-entérites, diarrhées, dysenteries, colites pseudomembraneuses − Exemple de bactéries pathogènes spécifiques : Shigella, Salmonella, Vibrio cholerae, Yersinia, Campylobacter a. Processus toxique Escherichia coli entérotoxinogènes = ETEC - 1ère cause de diarrhée dans les pays en voie de développement après les rotavirus - Responsable de la « diarrhée du voyageur » - Contamination par de l’eau souillée - Responsable de diarrhée aqueuse sans lésion de la muqueuse - Evolue bien sans traitements particulier - Mesure de prévention : mesures d’hygiène Page 6 sur 18 Production : - de facteur d’adhésion (colonization factor antigens CFA) - d’une ou deux entérotoxines Pathogénicité Vibrio cholerae (peu fréquent en France) Structure Pathogénie Epidémiologie Diagnostic Traitement Bacille à Gram négatif très mobile Production de toxine de type A-B = entérotoxines (TL et ST) - Bactérie aquatique présente dans eaux douces et salées Endémique en Inde depuis l’antiquité́ Endémique ou épidémique dans pays avec hygiène défectueuse : contamination par contact direct interhumain avec les mains souillées ou par ingestion d’eau ou d’aliments contaminés → très contagieux ++ Maladie à déclaration obligatoire - Signes cliniques : diarrhée profuse aspect eau de riz (sécrétion eau et électrolyte) -> l’individu se vide ! -> diarrhée afécale - Coproculture (ex : direct ++ car aspect eau de riz, culture après bouillon d’enrichissement) - Réhydratation ++ par voie parentérale au départ puis per os (car élimination de plusieurs litres de selles par jour) - Antibiothérapie pour diminuer le risque de transmission (tétracyclines ou cotrimoxazole ou fluoroquinolones) b. Processus invasif Campylobacter (1ère cause de diarrhée communautaires en France) - Bacille à Gram négatif de forme spiralée - Conditions de culture particulières en microaérophilie Structure - Principales espèces : Campylobacter jejuni, C. coli, C. fetus Epidémiologie Manifestations cliniques Après incubation 23j Diagnostic biologique = direct Indirect seulement si complication - Réservoir : estomac des animaux - Contamination de l’homme par voie digestive (volailles insuffisamment cuites) - Fréquente cause de l’entérite chez l’enfant ++ - Complications post-infectieuses par mimétisme moléculaire : arthrite, syndrome de GuillainBarré́ (manifestation neurologique qui se traduit par des paralysies extensibles qui vont régresser spontanément) NB : seule indication de sérologie car manifestation arrive après la diarrhée - Septicémies chez la femme enceinte avec C. fetus - Coproculture en atmosphère de microaérophilie - Détection d’antigènes sur selles - PCR sur selles (futur) Page 7 sur 18 Sensibilité aux antibiotiques Structure - Traitement des formes autres que digestives ++ : amoxicilline + acide clavulanique (Augmentin), aminosides, imipenème, tétracyclines - Si traitement d’une entérite : macrolides à libération prolongé (azithromycine) Salmonella - Entérobactéries = bacille Gram négatif avec flagelles polaires (mobilité́) / ne fermentent pas le lactose - Classification des salmonelles : Classification sérologique de Kaufmann-White basée sur l’étude des différents antigènes de la paroi : o Antigène somatique de paroi O o Antigènes flagellaires (2 types) o Antigène capsulaire de virulence Vi (chez certaines souches) - 99,5% infections humaines : S. enterica subspecies enterica sérotype X o Sérotype ou serovar Typhi (Salmonella Typhi) -> fièvre typhoïde o Serovars Typhimurium Enteritidis Dublin ...-> gastroentérites, TIAC S. enterica : « enterica » désigne l’espèce (sans majuscule) S. Typhi : « Typhi » désigne le sérotype (avec majuscule) -Infection invasive mais pas d’interruption des limites épithéliales et pas de destruction des muqueuses - Réaction inflammatoire dans la lamina propria o De type mononuclées pour les salmonelles typhiques : les germes sont viables à l’intérieur des macrophages et transportés dans la circulation -> Bactériémie et symptomatologie systémique o De type polynucléé pour les salmonelles non typhiques : rétention des germes dans la lamina propria -> Gastro-entérites « banales » Physiopathogénie Page 8 sur 18 1) Colonisation des cellules du tractus digestif par des adhésines 2) Survie dans le tube digestif car possibilité́ de multiplication des salmonelles dans les macrophages 3) Invasion des cellules épithéliales de l’intestin grêle et gros intestin : les salmonelles secrètent par le biais de gènes réunis dans un ilot de pathogénicité des protéines (cytotoxines) à l’origine d’un remaniement du cytosquelette et d’une “phagocytose” des bactéries par la cellule épithéliale 4) Réaction inflammatoire majeure ++ 5) Dissémination systémique secondaire possible (au niveau sanguin) à point de départ lymphatique -> bactériémies secondaires possibles Epidémiologie - Souches strictement humaines (Salmonella serovar Typhi)  fièvre typhoïde - Souches non typhiques ont réservoir mixte humain-animal  gastroentérites, TIAC - Existence de porteurs sains  explique pourquoi on a un réservoir humain (portage pendant plusieurs mois) Typhoïde et TIAC : maladies à déclaration obligatoire faisant l’objet d’une enquête épidémiologique pour trouver le réservoir potentiel. 1) Fièvre typhoïde et paratyphoïde (septicémie) Maladie à déclaration obligatoire - Sérovars Typhi et Paratyphi A, B et C - Rare dans pays industrialisés - Syndrome infectieux sévère avec troubles digestifs (symptômes des diarrhées invasives) et atteinte neurologique (tuphos : personne dans un état semi-comateux) - Mortalité = 10 à 20% même avec TTT Pouvoir pathogène 2) Infections intestinales (gastroentérites) - Sérovars Typhimurium et Enteritidis les + fréquents - Diarrhée et vomissements 12 à 18 heures (important) après ingestion de l’aliment contaminé, possibilité d’épidémie (TIAC), on en trouve dans les œufs aussi, avec rappel de lots contaminés - Gravité en fonction du terrain (sujets âgés et nourrisson se méfier : problème rapide de déshydratation ! éventuellement proposer un traitement antibiotique) 3) Infections extra-intestinales (os, méninges, bile, urinaires...) Suite à bactériémie chez patient ID Thyphoïde et TIAC : maladies à déclaration obligatoire faisant l’objet d’une enquête épidémiologique Page 9 sur 18 Diagnostic Évolution Traitement - Hémoculture si fièvre typhoïde - Coproculture avec antibiogramme ++, PCR sur selles - Souvent gastroentérite bénigne - Evolution plus grave possible en fonction du terrain ou de la souche en cause - Gravité chez le nourrisson et le vieillard ++ - Possibilité́ de portage chronique pendant plus de 6 mois (sans aucun signe clinique) 1) Essentiellement symptomatique sauf dans les formes graves o Fièvre typho-paratyphoidique : chloramphénicol, ampicilline qui sont des molécules capables de passer la barrière hémato-méningée o TIAC, gastro-entérites : C3G, ampicilline, fluoroquinolones (pour adulte), cotrimoxazole (pour enfant) 2) Préventif par maintien de la chaine du froid Shigella Structure Manifestations cliniques Pathogénie Epidémiologie - Entérobactéries = bacille Gram négatif - 4 sérogroupes avec de nombreux sérotypes (connaître leur nom) :  A = S. dysenteriae (12 sérotypes)  B = S. flexneri (6 sérotypes)  C = S. boydii (18 sérotypes)  D = S. sonnei (1 sérotype) - Douleurs abdominales, diarrhée aqueuse ou dysentérique - Fièvre - Fréquentes manifestations neurologiques associées - Contamination fécale-orale - Invasion des cellules épithéliales du colon (avec remaniement du cytosquelette et “phagocytose” des bactéries) accompagnée d’une réaction inflammatoire ++ (colite) - Endémique dans pays avec hygiène défectueuse o Responsable de : 10-20% des gastroentérites, 50% des diarrhées sanglantes de l’enfant Diagnostic - Coproculture (sang + leucocytes) ou PCR sur selles (dans le futur) Traitement - Réhydratation - Antibiotiques : cotrimoxazole (enfant) ou fluoroquinolones (adulte) Savoir si débris cellulaires dans les selles du patient Physiopathologie des diarrhées à shigelles Page 10 sur 18 Classification Manifestations cliniques Epidémiologie Pathogénie Diagnostic Sensibilité aux antibiotiques Structure Contexte Clinique Épidémiologie Facteurs de pathogénicité́ Yersinia - entérobactéries = bacille à Gram négatif - 3 espèces : Y. pestis (responsable de la peste) Y. pseudotuberculosis Y. enterocolitica 1) Y. pseudotuberculosis  Adénite mésentérique (diagnostic différentiel : appendicite aigüe avec douleurs de la fosse iliaque droite  Septicémie d’allure typhoïdique  Érythème noueux 2) Y. enterocolitica  Gastroentérite aigue de l’enfant  Manifestations articulaires  Érythème noueux - Portage d’origine animale - Contamination d’origine digestive (jeune garçon ++) - Invasion de l’iléon et nécrose des plaques de Peyer avec inflammation associée des ganglions mésentériques - Coproculture (sang + leucocytes) À noter : incubation initiale à 4°C pour favoriser la croissance de la bactérie : réponse après 48h → demande à spécifier au laboratoire - Hémoculture (en cas de fièvre) - Résistance naturelle à l’ampicilline et aux céphalosporines de 1è re génération (C1G) - Sensibles aux C3G et aux fluoroquinolones Clostridium difficile (évolution récente des recommandations) - Bacille à Gram positif anaérobie - Survie sous forme de spores dans environnement extérieur Se retrouve surtout à l’hôpital après des TTT ATB : jusqu’à 2 mois après l’arrêt - Colites pseudomembraneuses après dégradation de la flore commensale par une antibiothérapie (clindamycine, amoxicilline + acide clavulanique = Augmentin qui est largement prescrit, céphalosporines) - Problèmes des infections nosocomiales +++ : éviter la diffusion entre patients ! mettre les patients en isolement pour éviter leur diffusion (inefficace SHA) - Bactérie anaérobie survivant dans le milieu extérieur sous forme de spores : o Réservoir environnemental, animal ou humain! -Apres adhésion aux cellules de la muqueuse, reprise de la forme végétative de multiplication o Bactérie devient capable de produire des exotoxines - Bactérie anaérobie pouvant produire 2 cytotoxines (à action séquentielle) : Toxine A = entérotoxine / toxine B = cytotoxique Pathogénie très agressive : toxines qui détruisent les cellules Elimination dans l’estomac, réactivation dans la grêle puis sporulation dans le colon Page 11 sur 18 En 2 temps ++ : 1. Recherche directe de clostridium difficile : détection de GDH (Glutamate DésHydrogénase) o Produite par tous les clostridiums (Se = 100%) o Par test immuno-enzymatique (détecte la présence de C. difficile) o Si positif : patient en isolement le temps du résultat du 2e test 2. Si GDH positive : confirmation des souches toxinogènes par test PCR (Se = 100 %) En 1 temps (Recherche directe de C. difficile toxinogène par PCR) 3. Coproculture sur milieu sélectif en anaérobie (fait sur selles positives en toxines) : à visée épidémiologique (certaines souches de ribotype O27 ou O78 plus virulentes) Diagnostic Recommandations HAS : nouvelles recommandations de 2019 : - Dans le cadre d’une diarrhée chez un patient de 3 ans et plus - En établissement de soins : o À l’admission de manière systématique si les critères précédents sont retrouvés o Après 3 jours d’hospitalisation, seule la recherche de C. difficile toxinogène est demandé On effectuera dans l’ordre : o Test de dépistage de GDH (produite par toutes les souches de clostridium) (1) ou détection des gènes de toxine par PCR (2) o En cas de GDH positive, on recherchera les toxines (1) ou leurs gènes (1) Traitement Après un résultat positif, on ne refait pas le test dans les 7 jours suivants. Pas de contrôle biologique à l’issue du traitement.  Arrêt de l’antibiothérapie à l’origine de la symptomatologie  Vancomycine per os ++ ou metronidazole (Flagyl) pendant 7 à 10 jours o Pas de contrôle à faire après traitement  Mesure d’hygiène : prévention de la transmission par hygiène des mains o Décontamination à la javel de l’environnement +++ car SHA non efficace sur spores mais uniquement sur formes végétatives de C.difficile et sur autres entérobactéries  Prise en charge des colites gravissimes et problème des réchutes +++ o Vancomycine per os ou nouveau TTT disponible en milieu hospitalier : fidaxomycine (Deficlir) o Transplantation fécale après 2eme échec de traitement  Noter dans le dossier médical du patient que TTT ATB a causé le problème pour ne pas le redonner et éviter une rechute Escherichia Coli entérohémorragiques : EHEC Leur rôle pathogène peut être très grave ! - Certains sérotypes sont plus impliqués comme E. coli O 157 +++ ou O26 dans la région Auvergne - Survient parfois sous forme d’épidémies - Source potentielle de contamination : viande hachée car les bactéries sont présentes dans le tube digestif des animaux) → problème de l’industrialisation des aliments notamment aux Etats-Unis avec de la viande pas assez cuite à cœur Manifestations cliniques - Diarrhée aqueuse parfois suivie de colite hémorragique - Possède un tropisme pour rein et vaisseaux donc évolution possible et grave vers un SHU = syndrome hémolytique et urémique (insuffisance rénale aigue, purpura thrombotique thrombocytopénique) = choc septique qui associe atteintes rénale, cutanée, leucocytaire et qui amène rapidement en réa. - IRA lésion telle que peut évoluer vers IR chez des enfants Page 12 sur 18 Diagnostic - Recherche des Shiga-like toxines ou verotoxines dans les selles (techniques d’hybridation ou de PCR, non réalisé́ en routine dans tous les laboratoires) Traitement -Traitement de l’état de choc, réa éventuellement si IRA - Ne pas utiliser d’ATB en cas de SHU de manière systématique → risque d’aggravation de la symptomatologie, parfois utilisé en réa mais c’est eux qui jugent de la pertinence - Dans contexte SHU le bouillon de coproculture permet de confirmer la présence de Shiga toxique et après on recherche la souche Escherichia coli entéroinvasifs = EIEC Très proche de Schigella Escherichia Coli entéropathogènes = EPEC - Cas sporadiques et petites épidémies chez le nourrisson - Adhésion par le biais de fimbriae : phénomène d’attachement-effacement avec effacement des microvillosités intestinales Pathogénie Clinique Diagnostic - Diarrhée liquide, muqueuse +/- sang, fièvre, vomissements, douleurs abdominales, déshydratation - Recherche d’E. coli dans les selles et caractérisation par seroagglutination : 14 sérotypes connus d’EPEC 9. Modes de contamination a. Toxi-infections alimentaires collectives = TIAC Maladie à déclaration obligatoire -> absorption d’aliments contaminés (par bactéries ou toxines) On différencie les germes selon la période d’incubation : − Incubation courte (1 à 4 h) : Staphylococcus aureus, Bacillus cereus − Incubation longue (12 à 76 h) : Salmonella non typhiques, Clostridium perfringens ou Clostridium botulinum 1ère cause : infections à S. aureus producteurs d’entérotoxines (16 % des foyers confirmés en France) − Consommation d’aliments mal conservés (souvent hygiène défectueuse) contaminés par une souche de S. aureus productrice d’entérotoxines (ex : mayonnaise préparée à l’avance et mal conservée) − Diarrhée brutale 2 à 6 heures après ingestion de l’aliment qui peut s’associer à des vomissements -> ne pas donner de ttt qui ralentisse transit car le but est d’éliminer la toxine Page 13 sur 18 Tous les staphylocoques ne sont pas producteurs d’entérotoxines 2ème cause : infection à Clostridium perfringens (7 % des cas confirmés) Les clostridiums sont des germes anaérobies, avec des spores thermorésistantes à la chaleur, on les retrouve donc dans des plats préparés la veille, des viandes en sauce avec une réfrigération insuffisante … 1) Diarrhée isolée sans fièvre − Spores thermorésistantes − Principaux aliments à l’origine de cette TIAC : plats cuisinés la veille, viandes en sauce  TIAC suite à réfrigération insuffisante 2) Entérites nécrosantes chez le nourrisson − Diarrhée sanglante 3) Autres formes cliniques : − Gangrène gazeuse − Suppurations profondes du fait de la capacité de cette bactérie à se multiplier dans des tissus lésés Coloration de Gram de Clostridium : bactéries anaérobies sporulées (les spores ne prennent pas la coloration : c’est la forme de résistance dans le milieu extérieur) 3ème cause : Infections à Bacillus cereus producteur d’une entérotoxine et d’une toxine émétisante (4,5 % des cas confirmés) − − − Bacille à Gram positif aérobie sporulé Résistance des spores à une cuisson insuffisante avec reprise de la multiplication des formes végétatives À l’origine de diarrhée et vomissements, 1 à 5 heures après repas contaminant du fait de la présence des deux toxines (toxine émétisante) − Principal aliment à l’origine de cette TIAC : riz vapeur, crèmes pasteurisées ... Émétisante = donne envie de vomir 4ème cause : Infection à Clostridium botulinum (très rare) − Structure : famille des Clostridium : bactéries anaérobies strictes, sporulées − Habitat : sol − Mode de contamination : ingestion d’un aliment dans lequel la bactérie a pu produire sa toxine o Aliments concernés : conserves (couvercle bombé car bactéries produisent des gaz), charcuterie, poisson fumé o Existence de cas de botulisme néonatal par ingestion de spores chez l’enfant (aliment pouvant être incriminé : miel) (ex : utilisation de miel sur tétine de biberon qui peut contaminer l’enfant  on ne donne pas de miel aux nourrissons) − Pathogénicité : dans un environnement propice d’anaérobiose, la bactérie reprend sa forme de multiplication et secrète une neurotoxine très puissante : blocage de la libération d’acétylcholine au niveau de la jonction neuromusculaire : diplopie, paralysie flasque -> arrêt respiratoire − Traitement : sérum anti botulique Quand on est face à une infection toxique, il faut lutter contre la diffusion de la toxine, en inhibant l’action de la toxine. L’antibiotique détruit la bactérie et favorise la libération de la toxine, donc le seul moyen est d’administrer un sérum antibotulique. Page 14 sur 18 IV. Principaux germes responsables de diarrhées Deux tableaux de synthèse à connaître pour le contexte à l’origine des diarrhées PROCESSUS TOXIQUE Germes Contexte épidémiologique Facteurs favorisants Incubation Diarrhée Signe cliniques associés Autres signes Traitement antibiotique Vibrio cholerae Staphylococcus aureus Voyage récent dans pays tropical Eaux et aliments contaminés (légumes, fruit) Porteurs sains 6-72 heurs Cholériforme (abondante, liquide, profuse, afécale, odeur de poisson, couleurs eau de riz) Vomissements incoercibles Douleurs abdominales Pas de fièvre Déshydratation +++ Choc Tétracycline ou Cotrimoxazole 3jours Toxi-infection alimentaire collective Aliments contaminés (glace, gâteaux, plats cuisinés) 1-6 heures Profuse, Liquide, Douloureuse Nausées Vomissements +++ Pas de fièvre Déshydratation +++ Collapsus Guérison spontanée sans traitement Escherichia coli entérotoxinogène Voyage récent dans un pays tropical Eaux et aliments contaminés 12-36 heurs « Turista » modérée, cholériforme, (liquide, afécale, odeur de poisson, couleurs eau de riz) Pas de fièvre Douleurs abdominales Déshydratation +++ Fluoroquinolones tétracycline 5 jours ou ● Vibrio cholerae : diarrhée jusqu’à plusieurs litres par jours associées à des vomissements -> déshydratation sévère qui peut mener à la mort. ● Diarrhée avec S. aureus : guérison spontanée car diarrhée sert à évacuer les bactéries. ● Fluoroquinolones ne doivent pas être donnés aux enfants : contre indication. ● Première cause de DGC différentiel de l’appendicite : infection à Yersinia. Page 15 sur 18 Germes Shigella Contexte épidémiologique Voyage récent dans un pays tropical Facteurs favorisants Incubation Diarrhée Signes cliniques associés Autres signes TTT antibiotiques Eau et aliments contaminés Interhumaine 36-72H Afécale, glaireuse, mucosanglante Polynucléaires fécaux +++ Vomissements, Colique abdominal, Epreinte, ténesme, Fièvre 40°C PROCESSUS INVASIF Salmonella Campylobacter non typhique TIAC, 1ère cause de gastro Voyage récent dans pays tropical Aliments contaminés (volailles, œufs, aliments crus) Porteurs sains 8-48H Liquide, abondante, parfois glaireuse PN fécaux +++ TIAC, 2e cause de gastro Aliments contaminés (volailles, porc) Porteurs sains 48-120H Mucosanglante, glaireuse PN fécaux +++ Fièvre Douleurs abdominales Fièvre élevée Colite ulcérée Déshydratation, Choc Déshydratation Cholécystite Arthrite réactionnelle FQ3 ou Cotrimoxazole 5J FQ3 5 jours Macrolides 14 J Yersinia enterocolitica Clostridium difficile TIAC Secondaire à un Voyage récent TTT dans pays tropical Eau et aliments souilles (animaux de boucherie) Petits-enfants et enfants 24-36H Afécale, glaireuse, mucosanglante Fièvre à 38°C Douleurs FID ++ Antibiotiques (clindamycine, lincosamide, céphalosporines…) Modérée, mucosanglante Emission de fausses membranes Colite pseudomembraneuse Fièvre élevée Douleurs abdominales Altération de l’état général Arthrite réactionnelle Eruption cutanée (érythème noueux) FQ3 ou Vancomycine ou tétracycline métronidazole 10J 10J Page 16 sur 18 Germe Contexte Clinique Physiopathologie 4 PRINCIPAUX TYPES D’E. COLI IMPLIQUES DANS LES DIARRHEES E. coli EPEC E. coli EHEC E. coli EIEC Entéro-pathogène Entérohémorragique Entéro-invasif Enfants <10ans Nourrisson, jeune Aliments contaminés : enfant de moins de 2 produits d’origine bovine Enfant – Adulte ans en collectivité (hamburger, lait non pasteurisé) Diarrhée aqueuse puis hémorragique sans pus Diarrhée liquide, Fièvre modérée muqueuse +/- sang Douleurs et crampes Syndrome Fièvre abdominales dysentérique (cf. Vomissements Colites hémorragiques Shigella) Douleurs abdominales Risque de SHU et Purpura Déshydratation Thrombotique Thrombopénique Adhésion Adhésion et Phénomène Pouvoir pathogène destruction des cellules d’attachementidentique à Shigella en brosse de la effacement (diarrhée par muqueuse intestinale Cytotoxines (ou invasion des (phénomène vérotoxine) cellules d’attachementSLT (ou VT) : inhibition de épithéliales) effacement) la synthèse protéique et destruction cellulaire E. coli ETEC Entéro-toxinogène Voyage (« turista ») Syndrome cholériforme (cf. V. Cholerae) Facteurs d’adhésion Entérotoxines ST et LT Pas de pénétration des bactéries dans les cellules épithéliales À l’heure actuelle il n’existe pas beaucoup de possibilité pour les diagnostiquer, des tests moléculaires pourront peut-être exister dans le futur. On fait seulement le diagnostic d’E. coli entérohémorragique qui est responsable d’un syndrome hémolytique et urémique et qui est donc une urgence médicale. QCM d’entraînements (on vous a laissé ceux de l’année dernière) : QCM 1 (Année dernière) : A propos d’Helicobacter pilori (cochez la ou les proposition(s) exacte(s)) : A – Elle a des capacités à modifier son environnement pour s’implanter de manière chronique B – Il y a très souvent une évolution en cancer C – Le diagnostic direct est à privilégier D – Le diagnostic par sérologie est à privilégier E – Il existe de nombreuses résistances rapides aux antibiotiques Réponses : A – Vrai B – Faux seulement 0,5 à 2 % C – Vrai D – Faux E – Vrai QCM 2 (Année dernière) : Concernant les infections digestives (cochez la ou les proposition(s) exacte(s)) : A – Le germe Shigella est secondaire à un traitement antibiotique B – Le réservoir du Campylobacter est l’estomac des animaux C – La classification de Kaufmann-White est basée sur l’étude des différents anticorps de la paroi D – La première cause de TIAC est l’infections à Clostridium perfringens E – L’infection à Vibrio cholerae entraîne une diarrhée jusqu’à plusieurs litres par jours Page 17 sur 18 Réponses : A – Faux : c’est le Clostridium difficile B – Vrai C – Faux : c’est en fonction des antigènes de la paroi D – Faux : c’est l’infection à S. aureus producteurs d’entérotoxines E – Vrai QCM 3 : Concernant les infections digestives : A – Une diarrhée aigue est définie par l’émission de plus de 3 selles molles ou liquides par jour, d’apparition brutale et évoluant depuis plus de 14 jours B – La flore normale est composée de 1/3 de bactéries anaérobies et d’2/3 de bactéries aérobies FAUX inverse C – La plupart des gastroentérites ont besoin d’un traitement pour évoluer favorablement FAUX => la majorité sont spontanément résolutives D – Une diarrhée à processus toxique décrit un trouble de la fonction de sécrétion VRAI E – La colite à Clostridium Difficile peut survenir jusqu’à 2 mois après un traitement antibiotique VRAI Correction : A - FAUX : Une diarrhée aigue est définie par l’émission de plus de 3 selles molles ou liquides par jour, d’apparition brutale et évoluant depuis moins de 14 jours B - FAUX : La flore normale est composée de 2/3 de bactéries anaérobies et d’1/3 de bactéries aérobies C - Faux : La plupart des gastroentérites sont spontanément résolutives D - VRAI E - VRAI QCM 4 : Concernant les infections digestives : A - Une Infection à Clostridium botulinum est très rare. B - Les physiopathologies des diarrhées sont de 3 types. C - Le processus toxique correspond au trouble de la fonction d’absorption D - Le processus invasif correspond au trouble de la fonction de sécrétion E - Le processus toxique correspond à une adhésion à l’épithélium sans pénétration Correction : A - VRAI B - FAUX : 2 types C - FAUX : c’est la définition du processus invasif D - FAUX : c’est la définition du processus toxique E - VRAI Page 18 sur 18

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