Mycobacterium tuberculosis BK 2024-2025 - Pr Kettani - PDF

AGENTS DE L’APPAREIL RESPIRATOIRE Pr M. KETTANI HALABI Bactériologie – Virologie Systématique Chapitre 10: Mycobacterium tuberculosis...

AGENTS DE L’APPAREIL RESPIRATOIRE Pr M. KETTANI HALABI Bactériologie – Virologie Systématique Chapitre 10: Mycobacterium tuberculosis (Tuberculose) Semestre 5 www.um6ss.ma  Mycobacterium sp. Mycobacterium sp. Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct Diagnos(c indirect Sensibilité aux an(bio(ques  O/ Ac"nomycétales F/ Mycobacteriaceae G/ Mycobacterium > plus de 140 espèces Responsables de maladies chez l'homme et chez les animaux. Mycobactéries tuberculeuses (tuberculose) Mycobactéries non tuberculeuses, Agents de mycobactérioses survenant sur des terrains fragilisés.  Bacille Acido-Alcoolo-Résistant (BAAR) due aux lipides de leur paroi. A Membrane plasmique B Peptidoglycane C Arabinogalactane D Lipoarabinomannane E Protéines F Acide mycolique G Glycolipidie  Bacille Acido-Alcoolo-Résistant (BAAR) due aux lipides de leur paroi. Bacilles minces, légèrement incurvées ou droites, Aérobies stricts ou Microaérophile Immobiles Non ramifiés et non sporulés Mul(plica(on lente (toutes 20H) Mutants naturellement résistants (D’ où associa+on de plusieurs an+ bacillaires) 0,2 à 0,6 μm × 1 à 10 μm  Les contraintes techniques d'études des mycobactéries Structure pariétale complexe Croissance lente : 2 à 6 semaines d'incuba9on sur des milieux complexes. *les milieux liquides et la BM ont permis une diminu9on des délais d'obten9on des souches et des an9biogrammes. M. leprae, est non cul9vables in vitro. Les mycobactéries de la tuberculose appartiennent à la classe 3 et doivent être manipulées dans une zone de confinement de type 3 (niveau de sécurité biologique de niveau 3 [NSB3 / P3]).  Habitat et Pouvoir pathogène MTB décrite par Robert Koch en 1882 – Bacille de Koch (BK) La tuberculose (TB) est une maladie des voies respiratoires. Se transmet par l'inhala(on de gouWeleWes en suspension dans l'air qui ont été rejetés, lors d'épisodes de toux, par des personnes infectées. MTB sont phagocytées par les macrophages alvéolaires et elles sont capables de se mul(plier à l’intérieur de ces cellules.  Habitat et Pouvoir pathogène La tuberculose primaire (primo-infection), localisée dans les segments supérieurs des lobes pulmonaires inférieurs. > se guérit spontanément d'elle-même (4 à 6 semaines)  Habitat et Pouvoir pathogène La dissémina9on par voie sanguine et lympha9que, provoque le développement de lésions secondaires: Pulmonaires (nodules, tuberculomes et cavernes) ou Extra pulmonaires (ganglionnaires, ostéoar9culaires, rénales, péricardiques, péritonites, méningites, organes hématopoïé9ques). Diagnos(c bactériologique Prélèvements Expectora;on Tubage gastrique 85 % ont une origine broncho-pulmonaire Aspira;on bronchique Si le pa2ent ne crache pas: Tubage gastrique le ma;n à jeun avant le lever (donc en hospitalisa;on) Diagnos(c bactériologique Prélèvements Expectora;on Tubage gastrique 85 % ont une origine broncho-pulmonaire Aspira;on bronchique Les autres prélèvements sont essen9ellement: ECBU Hémocultures Produits de ponc;on (LCR, liquides pleuraux, abcès, ganglions) Histologie : Biopsies lésion périphérique Diagnos(c bactériologique Prélèvements Expectora;on Tubage gastrique 85 % ont une origine broncho-pulmonaire Aspira;on bronchique En cas de tuberculose extra-pulmonaire: Ponc;on ou biopsie-exérèse d’une adénopathie accessible Ponc;on lombaire Prélèvements des urines 3 jours de suite urocultures Diagnos(c bactériologique Prélèvements Les prélèvements respiratoires sont recueillis dans du matériel stérile, tubes à centrifuger à vis de 50 ml. Les prélèvements extra pulmonaires (Urines, sang, LCR et liquides d'épanchements (ascites, pleuraux, ar9culaires), ponc9ons d'abcès, biopsies et pièces opératoires sont recueillis dans des pots stériles. Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct Produit pathologique Décontamina+on/Fluidifica+on Concentra+on Examen direct : 2 H Culture : Colora+ons : Milieux solides : − Ziehl-Neelsen − Loewenstein-Jensen, Coletsos − Auramine Milieux liquides : Résultats : − MGIT® (BD), MB Bact® (bioMérieux) − Présence ou absence de BAAR Si + Si + Différencia6on mycobactéries Détec6on directe par amplifica6on: tuberculeuses – non tuberculeuses - Par amplifica+on génique PCR, PCR en - Par sonde ARN16S Complex tuberculosis (2 H) - Par iden?fica?on Ag MPT64 (30 min) temps réel (2-6 H) Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct Produit pathologique Décontamina+on/Fluidifica+on Eliminer la flore commensale des échan9llons qui envahirait les milieux de culture avant la détec9on des mycobactéries. - Tubages, - Expectora+ons, - Liquides d'aspira+on bronchique, - Urines, - abcès fistulisés, etc.) Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct Étape 1 : Décontamina6on Ac+on décontaminante d'une solu+on de soude à l'ac+on mucoly+que de la N-acétyl-L-cystéine en présence de citrate de sodium. Étape 2: Neutralisa6on Neutralisa+on à l'aide d'un tampon phosphate (pH 6,8). Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct Réac+fs commercialisés afin de standardiser les procédures MycoPrep® , BD, MycoProSafe® , J2L Elitech, NacPacRed® ; AlphaTec Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct Produit pathologique Décontamina+on/Fluidifica+on Concentra+on Examen direct : 2 H Culture : Colora+ons : Milieux solides : − Ziehl-Neelsen − Loewenstein-Jensen, Coletsos − Auramine Milieux liquides : Résultats : − MGIT® (BD), MB Bact® (bioMérieux) − Présence ou absence de BAAR Si + Si + Différencia6on mycobactéries Détec6on directe par amplifica6on: tuberculeuses – non tuberculeuses - Par amplifica+on génique PCR, PCR en - Par sonde ARN16S Complex tuberculosis (2 H) - Par iden?fica?on Ag MPT64 (30 min) temps réel (2-6 H) Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct Produit pathologique Décontamina+on/Fluidifica+on Concentra+on Examen direct : 2 H Culture : Colora+ons : Milieux solides : − Ziehl-Neelsen − Loewenstein-Jensen, Coletsos − Auramine Milieux liquides : Résultats : − MGIT® (BD), MB Bact® (bioMérieux) − Présence ou absence de BAAR Si + Si + Différencia6on mycobactéries Détec6on directe par amplifica6on: tuberculeuses – non tuberculeuses - Par amplifica+on génique PCR, PCR en - Par sonde ARN16S Complex tuberculosis (2 H) - Par iden?fica?on Ag MPT64 (30 min) temps réel (2-6 H) Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct Produit pathologique Décontamina+on/Fluidifica+on Concentra+on Examen direct : 2 H Colora+ons : − Ziehl-Neelsen − Auramine Résultats : − Présence ou absence de BAAR Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct - Examen microscopique Colora6on de Ziehl-Neelsen, auramine (acide sulfurique à 25 % dans l'alcool à 90°), 3% Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct – Examen microscopique Ziehl-Neelsen (X1000) Fro$s d'expectora/on démontrant la présence d'espèces de Mycobacterium acido-résistantes (flèche) Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct - Mise en culture Ziehl-Neelsen X1000 d'une culture en milieu liquide BD MGIT™ (Mycobacteria Growth Indicator Tube) Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct – Examen microscopique Colora(on à l’auramine-rhodamine X 1000 X 400 Présence de bacilles colorés en jaune-vert fluorescent Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct Produit pathologique Décontamina+on/Fluidifica+on Concentra+on Examen direct : 2 H Culture : Colora+ons : Milieux solides : − Ziehl-Neelsen − Loewenstein-Jensen, Coletsos − Auramine Milieux liquides : Résultats : − MGIT® (BD), MB Bact® (bioMérieux) − Présence ou absence de BAAR Si + Si + Différencia6on mycobactéries Détec6on directe par amplifica6on: tuberculeuses – non tuberculeuses - Par amplifica+on génique PCR, PCR en - Par sonde ARN16S Complex tuberculosis (2 H) - Par iden?fica?on Ag MPT64 (30 min) temps réel (2-6 H) Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct - Mise en culture Sur milieu de Löwenstein-Jensen, les colonies de M.tuberculosis apparaissent après 2 à 3 Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium chelonae semaines d'incubaCon. Mycobacterium szulgai Les colonies sont lisses et crèmes sur les cultures jeunes, puis aFeignent plus de 5 mm de diamètre et deviennent beiges, rugueuses, à bords irréguliers en chou-fleur dites «eugoniques ». Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium szulgai Mycobacterium chelonae Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct - Mise en culture Diagnos(c bactériologique Milieux liquides Diagnos(c direct - Mise en culture 5 – 10J Méthode MGIT - Mycobacteria Growth Indicator Tube milieu liquide Middlebrook 7H9 supplémenté + Indicateur de fluorescence + ATB Diagnos(c bactériologique Milieux liquides Diagnos(c direct - Mise en culture Méthode MGIT - Mycobacteria Growth Indicator Tube milieu liquide Middlebrook 7H9 supplémenté + Indicateur de fluorescence + ATB Transilluminateur UV de 365 mm Diagnos(c bactériologique Milieux liquides Diagnos(c direct - Mise en culture Méthode MGIT - Mycobacteria Growth Indicator Tube milieu liquide Middlebrook 7H9 supplémenté + Indicateur de fluorescence + ATB BacT/Alert 3D® indicateur colorimétrique sensible à l'augmenta+on du pH (présence de CO2 ) reconnue par l'automate (BacT/Alert 3D® ). Versatrek® fondé sur la surveillance de la diminu+on de pression intervenant dans le flacon de culture due à la consomma+on d'O2 lors de la croissance bactérienne. Bio FM® milieu liquide Middlebrook 7H9 enrichi en OADC contenant un substrat chromogène. Les cultures posi+ves présentent une colora+on bleue virant parfois au violet. Diagnos(c bactériologique Hémocultures Diagnos(c direct - Mise en culture Des milieux pour hémocultures disponibles pour les systèmes automa9sés de détec9on (Bactec FX Myco/F ly(c® , BacT/Alert MB Blood® , VersaTREK Myco® ) con9ennent de la saponine qui permet la lyse des cellules et du SPS comme an9coagulant. Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct Produit pathologique Décontamina+on/Fluidifica+on Concentra+on Examen direct : 2 H Culture : Colora+ons : Milieux solides : − Ziehl-Neelsen − Loewenstein-Jensen, Coletsos − Auramine Milieux liquides : Résultats : − MGIT® (BD), MB Bact® (bioMérieux) − Présence ou absence de BAAR Si + Si + Différencia6on mycobactéries Détec6on directe par amplifica6on: tuberculeuses – non tuberculeuses - Par amplifica+on génique PCR, PCR en - Par sonde ARN16S Complex tuberculosis (2 H) - Par iden?fica?on Ag MPT64 (30 min) temps réel (2-6 H) Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct PCR - GenXpert MTB/RIF TMA (TranscripIon Mediated AmplificaIon) SDA (Strand Displacement Amplifica2on) Les régions de l'ADN ciblées par ces techniques sont : les gènes codant les ARN 16S (TMA) les séquences intergéniques 16-23S, ARNr 23S, recA , gyrB , hsp65 et rpoB. Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct: RT- PCR GenXpert MTB/RIF Résultat en 2H Diagnos(c bactériologique GenXpert MTB/RIF Diagnos(c direct Résultat en 2H Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct - Iden(fica(on Seuls certains tests phénotypiques (niacine, nitrate réductase) sont encore u9lisés couramment. C 1+ 3+ 5+ - + Niacin test. Nitrate reduc+on test. Diagnos(c bactériologique Diagnos(c direct - Iden(fica(on the addi+on of Tween 80 C - + + C 45mm Catalase test. Semi quan+ta+ve catalase test. La plupart MTB ne produisent pas la catalase stable à la chaleur (68° C for 20 min); A l’excep+on de certaines souches résistantes à l’Isoniazide. Diagnos(c bactériologique Diagnos(c indirect - L'intradermo-réac(on (IDR) à la tuberculine Le diagnos9c de l’Infec(on Tuberculeuse Latente (ITL) – phase asymptomaCque - reposait sur l'étude de l'hypersensibilité cutanée à la tuberculine après injec9on intradermique (IDR). Test Mantoux Diagnos(c bactériologique Diagnos(c indirect - L'intradermo-réac(on (IDR) à la tuberculine* Lecture 48h à 72h après injec+on *Tuberculine = purified protein deriva+ve (PPD) Diagnos(c bactériologique Tests Immunologiques Nouveau Les tests de libéraIon de l’interféron Ils détectent la produc;on in vitro d’IFN gamma après s;mula;on spécifique des lymphocytes T du sang périphérique par des an;gènes spécifiques du BK. Sensibilité et une spécificité supérieures à l’IDR à la tuberculine et n’est pas affecté par la vaccina;on BCG. Diagnos(c bactériologique Tests Immunologiques (IFN-γ). Nouveau Deux tests sont approuvés au niveau interna9onal – QuanIFERON TB Gold Plus ® >0,34 UI/mL – T-SPOT TB® (ELISPOT) Un résultat néga,f n’exclut pas totalement la possibilité d’une infec,on latente ou ac,ve à Mycobacterium tuberculosis. Diagnos(c bactériologique Tests Immunologiques (IFN-γ). Nouveau Deux tests sont approuvés au niveau interna9onal – QuanIFERON TB Gold Plus ® >0,34 UI/mL – T-SPOT TB® (ELISPOT) Ne sont pas quan(ta(fs Ne donnent pas d’informa9on sur l’ancienneté de l’infec9on Ne prédisent pas le risque de passage éventuel à la maladie Ne peuvent se subs9tuer à l’imagerie et la microbiologie.  Sensibilité aux anIbioIques et traitement Sensible Aminosides (Streptomycine, Amikacine) Rifamycines (Rifampicine) Fluoroquinolones Ils sont naturellement sensibles à un certain nombre d'an9bio9ques dits an(tuberculeux : Isoniazide Pyrazinamide Ethambutol Thioamides (éthionamide et proIonamide). Selon l’OMS - AnItuberculeux Selon l’OMS - AnItuberculeux Selon l’OMS - AnItuberculeux Au Maroc = ATB associés à doses fixes  Sensibilité aux anIbioIques et traitement La vaccina9on des nourrissons contre TB est réalisée par le vaccin Bilié de Calmeee et Guérin (BCG). *Injec+ons des la naissance (avant la fin du premier mois).