ژنتیک جلسه اول PDF
Document Details
Uploaded by Deleted User
دانشگاه علوم پزشکی اصفهان
2021
زینلیان
Tags
Summary
This document is part of a medical genetics course, specifically the first lecture. It's about Mendelian genetics, inheritance, and the role of the environment in determining phenotypes. The notes cover topics like Mendel's experiments, genes, genotype, phenotype, and epigenetic.
Full Transcript
ژنتیک پزشکی استاد زینلیان دندان پزشکی 1401 دانشگاه علوم پزشکی اصفهان 1 ژنتیک...
ژنتیک پزشکی استاد زینلیان دندان پزشکی 1401 دانشگاه علوم پزشکی اصفهان 1 ژنتیک تاریخچه ژنتیک پدر علم ژنتیک گریگور مندل است.در قرن 19این دانشمند یک کشیش بود که در آزمایشگاه کلیسا آزمایشاتی را روی نخود فرنگی انجام داد7(.ویژگی این گیاه را مورد بررسی قرار داد) در این ازمایش گیاه ساقه بلند و ساقه کوتاه را باهم آمیزش داد و مشاهده کرد که در نسل اول ،همه گیاهان ساقه بلند شدند و در مرحله بعد ساقه بلند هارا باهم آمیزش داد و مشاهده کرد که در نسل بعد سه چهارم ساقه بلند و یک چهارم ساقه کوتاه شدند. در نتیجه این ازمایش گریگور مندل صفات غالب و مغلوب را تعریف کرد : یک سری از صفات غالب هستند که معموال اثر خود را نشان می دهند؛ ولی یک سری از صفات مغلوب هستند و در نسل های بعد ویژگی های خود را نشان می دهند.الل صفت غالب را با حرف بزرگ و الل مغلوب را با حرف کوچک نشان می داد. نکتــــه :در آن زمان که نه کرومزوم و نه ماده وراثتی شناخته شده بود یافته های گریگور مندل اهمیت زیادی داشت.اوایل قرن 19 تصور می شد انتقال صفات از طریق پروتئین انجام می شود و در دهه 30مشخص شد که اسید های نوکلئیک عامل انتقال صفات هستند. نکتــــه :امروزه به احترام گریگور مندل کلیه صفات و بیماری های تک ژنی را به عنوان صفات و بیماری های مندلی میشناسند. مندل ژنوتیپ و فنوتیپ را ابداع کرد.به ویژگی یا صفت ظاهری که در موجود زنده تظاهر پیدا می کند فنوتیپ گفته می شود. ومنظوراز ژنوتیپ ترکیب ژنتیکی موجود زنده است. 1 1 ژنتیک نکتــــه :هر فنوتیپ ناشی از یک ژنوتیپ است ،اما در تشکیل فنوتیپ ،تنها عامل مؤثر ژنوتیپ نیست و محیط هم اثر گذار است.در واقع محیط روی ژنوتیپ اثر می گذارد و نقش ژن را modifyکرده و مجموعه تعامل محیط و ژن ها است که فنوتیپ را ایجاد میکند. به اثر محیط روی ژنتیکEpigeneticsگفته می شود.محیط برای ایجاد اثر خود روی رونویسی ژن ها اثر می گذارد ،مثال می تواند متیلیشن یا هایپر متیلیشن ناحیه پروموتر ژنها (ناحیه باال دست ژن ها) اثر بگذارد.آنزیم DNAمتیل ترانسفراز فعال شده و ناحیه مورد نظر را متیله می کند در نتیجه ژن مربوطه خاموش می شود یا فعالیت آن کاهش می یابد.روش دیگر تاثیر محیط روی ژن ها این است که می تواند باعث استیلیشن یا د استیلسشن پروتئین های هیستون ساختمان کروماتین ها شود و در نتیجه کروماتین باز یا بسته می شود.اگر کروماتین باز شو بیان ژن افزایش می یابد ولی اگر متراکم( )denseشود ،بیان ژن کاهش می یابد(.به علت این که exposeنیستند). نظریه کروموزومی وراثت را توماس مورگان مطرح کرد.این مطالعات بر روی مگس سرکه صورت گرفت.او کشف کرد مگس های سرکه به دو صورت دیده می شوند :چشم قرمز و چشم سفید که مگس های چشم سفید نر بودند.نر با چشم قرمز وجود داشت ولی ماده ها معموال چشم سفید نیستند.سپس مورگان چشم قرمز های ماده را با نر های چشم سفید لقاح داد و مشاهده کرد نسل اول (چه نر چه ماده ) همگی چشم قرمز شدند ولی در نسل بعد نصف نر ها چشم سفید و نصف آن ها چشم قرمز بودند. مورگان از این آزمایش ها به این نتیجه رسید که بعضی از صفات از طریق ژن های وابسته به جنس منتقل می شوند ولی چون در آن زمان مفهوم ژن مشخص نشده بود ،متوجه شد که انتقال بعضی از صفات به جنسیت مربوط است.پس ویزگی چشم سفیدی مربوط به جنسیت نر است.بعد ها که کرومزوم xو yشناسایی شد ،مشخص شد که صفاتی که فقط در نرها تظاهر پیدا می کند ،الل آنها روی کرومزوم xاست چون فقط یک xدارند و نسخه غالب دیگری وجود ندارد که تاثیر دیگری بگذارد (شبیه به صفات غالب و مغلوب) چون در جنس نر یک کرومزوم xداریم ،اگر این کرومزوم یک ژن مغلوب داشته باشد اثر خود را می گذارد ولی ژن مغلوب در کرومزوم xماده ها نهفته باقی می ماند. در نیمه قرن 20واتسون و کریک توانستند ساختار دورشته ای DNAرا شناسایی کنند.تعریف واتسون و کریک از DNAاین گونه بود که DNAمارپیچ دو رشته ای راست گردی است که توسط پیوند های هیدروژنی به هم متصل شده اند و از نوکلئوتید ها ساخته شده است. نکتــــه :بعد از واتسون و کریک علم ژنتیک به سرعت گسترش پیدا کرد.قبل از آنها علم ژنتیک و بیولوژی در هم ادغام بودند ولی پس از آن ژنتیک مستقل شد. از طریق توالی ژنتیکی افراد میتوان بیماری هایی که در آینده دچار خواهند شد را پیش بینی کنیم. 2 1 ژنتیک ژنوم کل ماده ژنتیکی (پسوند omeبه معنای کل است) که شامل ژنوم هسته ای و میتوکندریایی است.ژنوم هسته ای طول بیشتری از ژنوم میتوکندریایی دارد.طول ژنوم هسته ای 3/2 Gbpاستgigabase (. :pairمیلیارد جفت باز) و شامل 30هزار ژن است ولی ژنوم میتوکندریایی (سیتوپالسمی) که منشا مادری دارد 16 ،هزار نوکلئوتید و 37ژن را شامل می شود. نکتــــه :هر سلول کبدی بیش از هزار میتوکندری دارد پس حجم ژنوم میتوکندریایی این سلول ها زیاد است. ژنوم انسان سلول ها از نظر ژنوم هسته ای به دو گروه تقسیم می شوند : سلول های هاپلوئید (جنسی) که nکروموزومی هستند دیپلوئید (پیکری یا سوماتیک) که 2 nکروموزومی اند ،در واقع 23 جفت کروموزوم دارند که 22جفت اتوزومال(غیر جنسی) و یک جفت xیا yهستند. نوکلئوتید نوکلئوتید ها به اسم باز های آلی خود شناسایی می شوند.در ترکیب نوکلئوتید ها عالوه بر بازآلی ،گروه فسفات و قند هم داریم.قند ها در نوکلئوتید ها دو نوع هستند :ریبوز در RNAو دئوکسی ریبوز در . DNA بازهای آلی شامل آدنینن ،تیمین ،سیتوزین ،گوانین و یوراسیل است که Aو Gدو حلقه ای بوده و به آنها پورین گفته می شود و بقیه تک حلقه ای بوده و پیریمیدین نام دارند. 3 1 ژنتیک نکتــــه :در DNAباز ها به صورت اختصاصی جفت می شوند (سیتوزین و گوانین باهم آدنین و تیمین هم باهم) A.و Tیک جفت پیوند هیدروژنی ولی Cو 3 Gپیوند هیدروژنی تشکیل می دهند.در نتیجه پیوند بین سیتوزین و گوانین محکم تر است.اگر یک توالی DNAداشته باشیم که در آن تراکم سیتوزین و گوانین باال باشد این DNAساختار پایدار تری دارد.اگر بخواهیم این DNAرا (PCRروشی برای تکثیر و شناسایی توالی DNA )کنیم ،نیاز به انرژی بیشتری داریم پس باید دمارا باالتر ببریم. نکتــــه :به علت جفت بودن باز ها در DNAاگر توالی یک رشته را داشته باشیم ،توالی رشته مقابل را میتوانیم پیش بینی کنیم. تفاوت های DNAوRNA RNAتک رشته ای و DNAدو رشته ای است ،در RNAبه جای تیمین یوراسیل داریم ،قند RNAریبوز و قند DNAدئوکسی ریبوز است DNA ،پایدار تر از RNAاست( به علت دو رشته ای بودن) نکتــــه :برای بررسی ژن های یک سلول باید mRNAرا بررسی کنیم ولی چون mRNAناپایدار است باید توسط آنزیم تبدیل کنیم که به این CDNA ،DNA DNA RNA،Reverse transcrptaseتک رشته ای را به ( )complementary DNAگفته می شود.این DNAرا میتوانیم تا ساله ها در دمای -70درجه سانتی گراد هم نگهداری کنیم. 4 1 ژنتیک ساختار کروموزوم توجه شود که قطر هسته سلول 2میکرو متر و طول DNAسلول2 ،متر است؛ که این 2متر باید در فضای کوچک هسته ساکن شود لذا باید DNAفشرده گردد.برای این کار DNAبه دور Nucleosome هیستون ها می چرخد و یک اوکتامر را در برمی گیرد.یک هیستون غیر کروی نیز موجود است که اوکتامر را نگه می دارد.به مجموعه همه این موارد ،نوکلئوزوم گفته می شود.نوکلئوزوم ها به صورت چرخشی قرار گرفته و کروماتین را تشکیل می دهند.کروماتین نیز کرومزوم را تشکیل می دهد. به حالت باز کروماتین ،یوکروماتین گفته می شود که ژن ها بیان بیشتری دارند و نواحی تنظیم کننده بیان ژن exposeهستند و transcription factorها میتوانند به آن متصل شوند؛ اما به حالت فشرده کروماتین، هترو کروماتین گفته می شود که در این حالت بیان ژن کمتر است. نکتــــه :تغییرحالت از یوکروماتین به هتروکروماتین و برعکس ،توسط استیلیشن و د استیلیشن هیستون ها انجام می شود ،این تغییر Epigeneticاست و به جهت تغییرات محیط رخ می دهد. سازماندهی ژن ها ژن ها به صورت تصادفی روی کرومزوم ها قرار نگرفته اند ،چون اگر تصادفی قرار گرفته بودند انتظار داشتیم چگالی ژن ها روی کرومزوم ها یکسان باشد در حالی که اینطور نیست و بعضی از نواحی کرومزوم ها gene richهستند در حالی که بعضی فقیر هستند.از طرفی نیز ژن هایی که عملکرد مشابه دارند ،تمایل دارند کنار یکدیگر قرار بگیرند که به آنها خانواده ژنی گفته می شود. نکتــــه :کرومزوم 19از نظرژنی غنی ولی کرومزوم yو 21از نظر ژنی فقیر هستند. اهمیت سازماندهی تصادفی ژن ها در تغییراتی است که در ژن ایجاد می شود؛ به تغییر بخشی از ژن نکتــــه: polymorphismگفته می شود که گاهی بیماری زا است و گاهی خیر.اگر polymorphismدر ناحیه ای باشد که gene richاست که به احتمال زیاد بیماری زا است اما اگر در ناحیه ای باشد که gene richنباشد ،این تغییر احتماال بیماری زا نیست. 5 1 ژنتیک چرخه سلولی هر سلول بدن در یکی از مراحل چرخه سلولی قرار دارد که سلول ها معموال در فاز G1هستند ولی می تواند در فاز G0 هم بروند که مخصوص سلول هایی است که اصال تقسیم نمیشوند مثل ،RBCبعضی از سلول های عصبی ،سلول های ماهیچه ای ،سلول های قرنیه و ... اگر سلولی بخواهد تقسیم شود از فاز G1خارج و وارد فاز S می شود که ماده ژنتیکی آن دو برابر می شود که به این مرحله DNA synthesisگفته می شود و بعد وارد فاز G2 می شود( مرحله آماده شدن برای تقسیم) به G2،S،G1اینترفاز گفته می شود(از یک میتوز تا میتوز بعدی) در اینترفاز ماده ژنتیکی در هسته پخش است و تمایزی ندارد و کرومزوم ها را نمیتوان مشاهده کرد (تنها در میتوز کرومزوم ها فشرده می شوند و می توان آنها را مشاهده کرد). اصل مرکزی DNAهمواره رو نویسی( )transcriptمی شود و mRNAتولید می گردد؛ mRNA وارد سیتوپالسم شده و سپس به ریبوزوم ها متصل می شود و در نهایت به اسید های آمینه ترجمه می شود. نکتــــه 90% :ژنوم انسان رو نویسی می شود ولی فقط 1%آن به پروتئین کد می شود.به این Junk genome 90%گفته می شود که رو نویسی می شوند اما به پروتئین کد نمیشوند بلکه به RNAهای تنظیم کننده تبدیل می شوند (.)none coding RNA 6 1 ژنتیک بخش مهمی از RNAهای تنظیم کننده میکروRNAها ()miRNA هستند که 22نوکلئوتید طول دارند و به mRNAها متصل شده و آن را blockکرده تا آن mRNAترجمه نشود.امروز دنبال miRNA هایی هستیم که بتوانیم توسط آنها ترجمه بعضی mRNAها را کاهش یا افزایش دهیم و برای درمان از آنها استفاده کنیم()gene therapy بعضی از RNAهای تنظیم کننده ،برعکس miRNAها می توانند بیان بعضی از ژن هارا افزایش دهند و نقش inhansaryدارند. ژن واحدی از DNAکه با بیان آن یک پروتئین یا یک RNAتنظیم کننده ژن تولید می شود.دقت شود که در همه جای DNAژن نداریم. هر ژن یک ناحیه promoterدر باال دست خود دارد که ناحیه اصلی بیان ژن است و عوامل رونویسی به این ناحیه متصل می شوند و قسمت دیگر ژن یک ناحیه بدون ترجمه است که به آن )untranslated region( UTRگفته می شود؛ بخش دیگر ژن کدون شروع کننده است (در واقع شروع کننده ترجمه است).به قطعات کد کننده exonو قطعات غیر کد کننده intronمیگویند. کدون خاتمه هم بخشی از آن است. نکتــــه :قطعات واسطه exonها intronها هستند که طوالنی تر بوده(ممکن است تا 10برابر بزرگتر باشند) و ترجمه نمیشوند. (رونویسی می شوند) و تعداد آنها در ژن معموال یکی کمتر از exonها است. 7 1 ژنتیک نکتــــه :دقت کنید که برای ژن وجود intronالزامی نیست و بعضی ژن ها فاقد intronهستند؛ ولی وجود exonالزامی است. ژن هایی که باید به سرعت بیان شوند ،نیازی به intronندارند؛ این ژن ها یک محصول ثابت داشته که به این ژن ها house keeping genesگفته می شود(.ژن های خانه داری) این ژن های خانه داری در همه سلول ها کد می شوند و محصوالت ثابتی همچون برخی آنزیم های ضروری سلول را تولید می کنند. از تغییرات RNAقبل از ترجمه ،جدا شدن intronها است.حال سوال اینجاست که اگر intronها جدا می شوند پس چه فایده ای دارند؟ علت آن این است که جدا شدن intronها از نواحی به نام spliceانجام می شود که بسته به این که ژن مورد نظر چه پروتئینی را می خواهد تولید کند ،این محل برش متفاوت می شود و محصول متنوع می شود (پروتئین ها 10برابر ژن ها هستند پس یک ژن با این روش یعنی وجود intronها می تواند محصول را کد کند). مراحل بیان ژن ژن برای تبدیل شدن به پروتئین مراحلی را طی می کند که به این مراحل ،مراحل بیان ژن گفته می شود که شامل رونویسی ( RNA splicing ،)transcriptionیا ،RNA processingترجمه و پردازش بعد از ترجمه است. -1رونویسی توسط آنزیم RNAپلیمراز انجام می شود که یک کمپلکس آنزیمی و متشکل از چند پروتئین است.این آنزیم ازسمت` 5به سمت ` 3می رود و دو رشته DNAرا باز کرده و از رشتهtemplateرونویسی می کند. -2پردازش و پیرایش :سپس محصول حاصل از رونویسی پردازش یا پیرایش می شود که به آن RNA splicingیا RNA processingگفته می شود. نکتــــه :علت RNA splicingاین است که intronها جدا شوند و در پایداری RNAهم مؤثر است. 8 1 ژنتیک اولین مرحله RNA processingکالهک گذاری `5 است( )5` end cappingبدین صورت که در قسمت` 5که یک کَپ از متیل گوانوزین تشکیل شده است ،به واسطه سه گروه فسفات متصل می شود و به ناحیه `150 ،3تا 200آدنوزین متصل می گردد که به آن دم poly Aگفته می شود.همه مراحل RNA splicingدر هسته انجام می شود و mature RNAاز هسته خارج میشود. نکتــــه :هم از 5` UTRو هم از 3`UTRرونویسی انجام می شود ولی در نهایت ترجمه نمی شوند.رونویسی از 5` UTRشروع می شود. -3ترجمه :در ترجمه ،کدون هایی که روی mRNAهستند توسط tRNAها( )transfer RNAشناسایی می شوندtRNA. ها در سیتوپالسم شناور هستند و از سمت بازوی آنتی کدون خود ،کدون را شناسایی می کنند و آمینو اسید مورد نیاز را به رشته در حال سنتز تحویل می دهند. نکتــــه :کدون ها توالی های سه تایی هستند که در سطح ،DNA کد نام دارند و در سطح mRNAکدون نام گذاری می شوند که تعداد آنها 64تا است.این در حالی است که فقط 20آمینو اسید داریم؛ علت آن هم این است که بعضی از آمینو اسید ها چند کدون دارند و کدون های خاتمه هم که هیچ آمینو اسیدی را رمز نمی کنند. نکتــــه :کدون آغاز مربوط به آمینو اسید متیونین است ()AUG که چهارچوب خواندن mRNAرا مشخص می کند. هر کدون سه تا positionدارد ،اول ،دوم و سوم که اهمیت نوکلئوتید اول بیشتر است و در صورت تغییر ،جهش پاتوژن داریم و کال آمینو اسید تغییر می کند. -4تغییرات پس از ترجمه یا در رتیکولوم اندوپالسمیک سلول یا دردستگاه گلژی انجام می شود ،که از مهم ترین این تغییرات، تاخوردن ( )foldingاست.توجه شود که پروتئین برای فعالیت ،باید شکل فضایی خود را پیدا کند وگرنه اصال functionalنخواهد بود (مثال اگر هیستون است باید کروی شود ).پروتئین های چند واحدی مثل هموگلوبین هم در این مرحله چند واحدی می شوند.در این مرحله بعضی از گروه ها مثل متیل ،فسفات و...به پروتئین اضافه می شوند ،مثال اکثر پروتئین های غشا که نقش channelیا receptorدارند باید گلیکولیزه بشوند. 9 1 ژنتیک ممکن هم است که در این مرحله پروتئین cutشود مثل انسولین.زنجیره Cکه بعدا از انسولین برای پایدارکردن حذف می شود ،به همین دلیل در آزمایشگاه برای ساخت انسولین هایی که طول زیادی دارند و پایدار ترند، چند زنجیره به مولکول اصلی اضافه می کند. نکتــــه :ژن ها چون عملکرد های مختلفی دارند ،به روش های مختلفی بیان می شوند ،حتی یک سلول هم در شرایط مختلف بیان متفاوتی دارد. نکتــــه :در همه مراحل تولید پروتئین ،تنظیم بیان رخ می دهد. مرحله اول در سطح ، DNAمرحله دوم هنگام رونویسی ،مرحله سوم در مرحله RNA processingتوسط miRNAها ،مرحله چهارم در مرحله ترجمه(عدم اجازه اتصال به ریبوزوم)و مرحله پنجم در مراحل بعد از ترجمه و تغییرات است. 10