BIOCHEMISTRY PDF - Functional Groups
Document Details
Uploaded by Deleted User
Tags
Summary
This document discusses key functional groups in biochemistry, including alcohols, carbonyl compounds, carboxylic acids, amines, ethers, esters, amides, anhydrides, and epoxides. It also covers chemical bonds, focusing on the importance of hydrogen bonding and ionic bonds in biological systems. The document likely serves as study material for those learning biochemistry.
Full Transcript
BIOCHEMISTRY BIOCHEMISTRY 1 BIOCHEMISTRY...
BIOCHEMISTRY BIOCHEMISTRY 1 BIOCHEMISTRY آب و بافر Functional Groups گروه های عاملی یا functional groupsبه چینشی از اتم یا اتم های خاصی در یک مولکول گفته می شود که در واکنش های شیمیایی ویژه آن مولکول شرکت می کند و به مولکول مدنظر ویژگی های شیمیایی ( و بعضا فیزیکی) منحصر به فردی می دهد.اکنون به معرفی گروه های عاملی مهم می پردازیم. Alcohol در گروه عاملی الکلی زنجیره کربنی ( )R chainبه OHمتصل می باشد .با توجه به اینکه کربن الکلیک به چند زنجیره دیگر متصل باشد سه نوع ( درجه) الکل خواهیم داشت : درجه اول :چون کربنی که هیدروکسیل به آن متصل است دو تا هیدروژن دارد و به قول معروف ظریفیتش تکمیل شده است . درجه دوم :الکل درجه ۲حالتی است که کربنی که به آن هیدروکسیل متصل است فقط یکی از هیدروژن هایش باقیمانده باشد و پیوند دیگر آن با گروه دیگر ( )Rاست . درجه سوم :حالتی که هیچکدام از هیدروژن های کربن متصل به هیدروکسیل برایش باقی نمانده باشد و از هر دو طرف به گروه های جانبی متصل شده باشد نکته :اگر به جای اتم اکسیژن در عامل الکلی اتم گوگرد وجود داشته باشد یک تیول( )(thiolخواهیم داشت BIOCHEMISTRY 2 BIOCHEMISTRY )Carbonyl (Aldehyde & Ketone نوع دیگر ترکیبات آلدهید ها و کتون ها هستند که در زیرمجموعه کربونیل ها قرار میگیرند .اگر ساختار گروه C=Oدر وسط بین دو گروه باشد به آن کتون یا سیتون گویند(سیتون تلفظ فرانسوی است و کیتون ketone هم برای زبان انگلیسی) .ولی اگر گروه مذکور از یک طرف به گروه جانبی متصل و از یک طرف به هیدروژن متصل باشد به آن الدهید Aldehydeمی گویند. Carboxylic acid حالت دیگر این است که گروه کربوکسیلیک باشد که با یونیزاسیون ایجاد کربوکسیلیک اسید در اب میکند . چون در حقیقت هیدروژن متصل به گروه COOشل است (در اصطالح بیوشیمیایی) و میتواند به شکل یون هیدرونیوم ازاد شود و محیط اسیدی تولید کند .در تعریف برونشتد و لوری ترکیبی که در آب هیدروژن تولید کند اسید است. 3 BIOCHEMISTRY Amine گروه آمین گروه دیگری است که بسیار مهم است و به آن خواهیم پرداخت .که به این حالت است که به یک گروه Rیک عامل NH2چسبیده باشد که مانند الکل های مذکور از درجه 1یا ۲یا (3و یا حتی )4است. بنیان همه آمین ها از آمونیاک می باشد. درجه اول :در صورتی که هردو پیوند دیگر اتم نیتروژن با گروه های هیدروژن باشد و اشباع شده باشد درجه دوم :در صورتی که یکی از هیدروژن های مذکور فقط با اتم نیتروژن پیوند داده شده باشد و گروه جانبی دیگر مانند CH3یا CH2-CH3باشد. درجه سوم :در صورتی که هردو پیوند دیگر نیتروژن با گروه های جانبی مذکور باشد و اصال هیدورژن نداشته باشد. حالت چهارم :در آن اتم نیتروژن یکی از الکترون ها در جفت غیرپیوندی خود را از دست داده و الکترون باقیمانده با یک زنجیره دیگر پیوند ایجاد می کند. عالوه بر خود گروه های عاملی مجزا در بیوشیمی پیوند ها و اتصاالت مهمی هم داریم که بررسی خواهیم کرد . :Ether مثال اول پیوندی بین ۲کربن و اکسیژن بین آنها است C-O-Cکه پیوند اتری نام دارد.در ترکیبات حاوی آن بوی معطر ایجاد میکند (مانند گالب)پیوند اتری در واکنش کربونیل (اکثر موارد آلدهید) با الکل و با خروج یک مولکول آب می تواند تولید شود. BIOCHEMISTRY 4 BIOCHEMISTRY نکته :در ساختاری مشابه ممکن است به جای اتم اکسیژن در گروه عاملی اتر اتم گوگرد قرار گیرد که باعث به وجود آمدن تیواتر خواهد شد. :Ester & Amides پیوند بسیار بسیار مهم دیگر پیوند استری است که وقتی بوجود میاید که یک کربوسیلیک اسید با گروه هیدروکسیل واکنش آبدهی انجام میدهد و با خروج مولکول آب دو ترکیب به هم متصل میشوند .همانند همین واکنش ممکن است که گروه کربوکسیل با یک گروه آمین واکنش آبدهی انجام بدهد و در این صورت یک آمید ایجاد میشود (یا پیوند آمیدی که همان پیوند بین ۲آمینواسید مجاور است در یک پپتید است) نکته :1عموما در پیوند آمیدی اتم هیدورژن از از گروه آمینی و اتم اکسیژن گروه کربوکسیل با هم زاویه 1۸۰درجه میسازند که به این حالت ترانس میگوییم .مخالف ترانس حالت سیس است که هردو اتم اکسیژن و هیدروژن در یک سمت قرار میگیرند و زاویه صفر درجه خواهد شد. نکته :2اگر به جای الکل یک تیول با کربوکسیلیک اسید وارد واکنش شود در نهایت گروه عاملی تیواستر تولید خواهد شد نکته :3اگر به جای کربن در پیوند استری فسفر باعث اتصال اتم های اکسیژن به هم شود گروه عاملی فسفواستر را خواهیم داشت 5 BIOCHEMISTRY :Anhydride پیوند دیگر پیوند آنهیدریدی است anhydrideچیزی شبیه به این که دو تا گروه کربونیلی (معموال آلدهید) با یک پیوند اتری به هم متصل شوند اگر هر دو مولکول اکسیژن در گروه عاملی آنیدرید با فسفر جایگزین شوند گروه عاملی فسفوآنیدرید را خواهیم داشت.که مثال بارز آن بین گروه های فسفات در مولکول پر انرژی آدونوزین تری فسفات( )ATPاست .تنها تفاوت فسفوانهیدرید با بقیه آنهیدرید ها (که کربوانهیدرید نام دارند) این است که به جای اتم های کربن اتم های فسفر نشسته است .در نظر داشته باشید که آنهیدرید ها در کل پیوند های پر انرژی هستند به همین دلیل با شکستن (تبدیل ATPبه ADPیا حتی تبدیل ADPبه )AMPمی توانند انرژی عظیمی ازاد کنند. نکته :چرا AMPنمی تواند به اندازه دو نوکلئوتید قبلی انرژی آزاد کند؟ چون پیوند فسفات آخر با قند نوعی پیوند فسفواستر است نه فسفوآنیدریدی و پیوند استری انرژی بسیار کمتری از پیوند آنیدریدی دارد :Epoxide آخرین گروه عاملی مهم گروه آپوکساید یا اپوکسید نام دارد.این گروه در شیمی آلی از یک گروه اتری در یک حلقه شامل دو اتم کربن و یک اتم اکسیژن تشکیل شده است که در فضا این ساختار تشکیل یک مثلث متساوی االضالع را میدهد .دقت داشته باشید این ساختار نسبت به ساختار معمول اتر واکنش پذیری بیشتری دارد و در اغلب موارد از اکسید شدن ناکامل ملکول های دارای پیوند دوگانه مانند اسید های چرب سیر نشده به وجود می آید. اکنون که با گروه های عاملی مهم در بیوشیمی آشنا شدیم میتوانیم به کمک آن ها به بررسی خواص فیزیکی و شیمیایی مولکول های مختلف بپردازیم.در واقع مهم ترین مبحث آزمونی گروه های عاملی همین بحث میباشد. BIOCHEMISTRY 6 BIOCHEMISTRY :Structure of some pharmaceutical molecules سه نوع مسکن ( )pain killerداریم آسپرین ؛ استامینوفن ( ) Tylenolو ایبوبروفن ( ) advilکه هر سه گروه یک حلقه بنزنی دارند ولی آسپرین یک پیوند استری و گروه کربوکسیل دارد.در استامینوفن گروه هیدروکسیل داریم به همراه پیوند آمیدی .در نهایت در ایبوبروفن یک گروه کربوکسیل و یک بخش غیر قطبی داریم. در واقع همه این مولکول ها در بدن بدلیل ساختار گروه های عاملی خاصشان علمکرد های خود را میکنند. به این اصل اصل تطبیق ساختار با عملکرد میگویند که یکی از ویژگی های اصلی حیات است . Chemical Bonds تا االن همه پیوند هایی که ایجاد شده اند از نوع کوواالن بودند که در هرکدام هر یک از دو اتم دخیل الکترون را به اشتراک میگذاشته است بنابرین به آنها strong chemical bondمیگویند .ولی یک سری پیوند های شیمیایی ضعیف هم داریم که حضور آن ها در ارگانیسم های زنده مهم است و شاید بدون آن حیات امکان پذیر نبود . Ionic Bond یک مثال پیوند یونی است (.احتماال در دبیرستان پیوند یونی را به دلیل جاذبه زیاد جزء پیوند های بسیار قوی در نظر میگرفتیم اما) در آب به دلیل شکسته شدن راحت این پیوند در محیط مایع جزء پیوند های ضعیف در نظر گرفته می شوند. 7 BIOCHEMISTRY این نوع پیوند(بین یون های آب پوشیده)که در محلول های مایع ))Aqueous solutionsدر بدن تمام موجودات زنده دیده میشود؛پیوند یا نیروی الکتروستاتیک مینامند .که برخالف پیوند یونی در جامدات ضعیف است . Hydrogen Bonding میدانیم که پیوند بین اتم های هیدروژن و اکسیژن در مولکول آب بدلیل الکترون خواهی زیادتر اتم اکسیژن نوعی پیوند قطبی است و بنابرین الکترون های اشتراکی بیشتر وقت خود را حول اتم اکسیژن میگذارنند و بنابرین اتم اکسیژن بار جزیی منفی در حدود -0.8۲و اتم های هیدروژن هرکدام نصف این مقدار باز جزیی مثبت پیدا میکنند یعنی +0.41بنابرین همدیگر را خنثی میکنند . با توجه به پاراگراف باال ؛ نوعی پیوند ضعیف به نام پیوند هیدورژنی بین مولکول های آب برقرار میشود.هر مولکول اب می تواند با حداکثر 4مولکول آب اطراف خود پیوند هیدورژنی برقرار میکند( که این اتفاق با طور منظم در یخ انجام میشود) .در حالت مایع به طور میانگین تعداد پیوند ها 3.3تا هست و مولکول ها روی هم میلغزند و پیوند های هیدروژنی دائما شکسته و دوباره تشکیل می شوند.پیوند هیدروژنی بسیار ضعیف است(قدرت پیوند هیدروژنی تنها 5درصد قدرت پیوند کوواالن است)و عمر کمی(در حد پیکو ثانیه) در آب دارد و دائما در حال شکستن و بازتولید اند اما تعداد زیادی از این پیوند ها در نهایت یک نیروی بزرگ می سازد. Hydrophobic Forces پیوند دیگر با به عبارت بهتر نیروی دیگر نیروی هیدروفوب است است که هنگامی که دو مولکول با توزیع برابر الکترون و قطبی در محلول قطبی مانند آب در کنار هم قرار میگیرند بین آنها رخ میدهد چون در آب حل نمیشوند مانند قطرات روغن که در آب در کنار هم قرار میگیرند مثال بین دم زنجیری اسید های چرب شامل CH2-CH2های گوناگون.به این اتفاق اندرکنش هیدروفوب( )hydrophobic interactionsنیز می گویند . Van der Waals Forces BIOCHEMISTRY 8 BIOCHEMISTRY و اما نیرو های واندروالس .میدانیم که H2مولکولی است که الکترونها در قسمت های مختلف آن به صورت یکسانی پخش شده اند وقتی دو مولکول H2در کنار هم قرار میگیرند هسته های یکی الکترون های دیگری را جذب میکند بنابرین ابر الکترونی به شکل غیر متقارنی قرار میگیرند یعنی الکترون های مولکول جذب پروتون های مولکول دیگر میشوند که این جاذبه را واندروالس گویند .به دلیل این برهمکنش جاذبه ای دو مولکول هر مولکول مشابه یک آهن ربا دوقطبی شده و این دو قطبی ها یکدیگر را جذب میکنند(.( dipole attractionاین دو قطبی ها گذرا هستند یعنی فقط وقتی به وجود می آیند که دو موکول در یک فاصله نزدیک معین در کنار هم قرار گیرند دور و نزدیک شدن بیشتر از این حد معین باعث تضعیف نیروی واندروالس خواهد شد. Water آب در همه جای بدن وجود دارد .در مردان 60درصد وزن بدن و در زنان 50درصد وزن بدن را آب تشکیل می دهد(بدلیل ذخیره بیشتر چربی در جنس ماده در انسان ها) .به طور کلی هر زمان درصد چربی فردی باالترباشد درصدآب ویکمتر می باشد مثال در افزایش سن درصدچربی افزایش و درصد آب کاهش پیدا میکند :Solubility حالل ()Solventو مواد موجود در حالل Soluteنامیده می شوند. 9 BIOCHEMISTRY به طور مثال اگر حالل آب باشد بعضی از Soluteها در آب حل می شوند و محلول در آب هستند) (WaterSolubleو بعضی دیگر ممکن است نامحلول در آب باشند). (Water Insolubleاگر چیزی در آب حل نشود در اغلب موارد محلول در چربی است(.( Lipid Soluble\ Fat Soluble با توجه به قانون شبیه شبیه را حل می کند ( )like dissolve likeمولکول های محلول در آب ) (WaterSolubleباید ویژگی هایی داشته باشند که باعث انحالل آن ها در آب شود.اگر ماده حل شونده یونی باشد (یا مولکولی باشد که در هنگام ورود به آب یونیزه شود مانند )H2SO4یون ها بعد از تفکیک در بین مولکول های آب قرار گرفته ،در آب پخش شده ،و در نهایت حل می شوند.اگر ماده حل شوند مولکولی بوده و یونیزه هم نشود ،برای حل شدن در آب باید قطبی یا به بیانی دیگر آبدوست باشد(. )Hydrophil با ورود یک ماده Water Solubeبه آب موکول های آب با توجه به نوع بار سطحی ماده به شکل خاصی اطراف این ماده قرار خواهند گرفت.به طور مثال با ورود نمک خوراکی به آب موکول های آب ابتدا به واحد سازنده یونی نمک نزدیک شده و به دلیل جاذبه قوی تر باعث از بین رفتن شبکه بلوری نمک و پخش شدن هر یک از یون ها در آب می شوند.بعد از پخش شدن یون ها در آب اطراف هر یک از یون ها یک الیه آب هیدراسیون پوششی ) (Hydration shellقرار خواهد گرفت.این الیه ها به دلیل برهمکنش حل شونده و مولکول های آب شکل میگیرد.به طور مثال یون کلر بارمنفی دارد پس مولکول های آب را از سمت قسمت مثبت آن ها یعنی از سمت اتم هیدروژن جذب میکند.به دلیل فاصله کم مولکولی این جاذبه الکترواستاتیک بسیار قوی بوده و اجازه نمی دهد موکول های آب جا به جا شوند.به این قسمت الیه آب هیدراسیون داخلی گفته میشود ).(Inner Hydration shellطبیعتا با کمی دور شدن از یون همچنان جاذبه بین مولکول آب و یون برقرار است اما چون فاصله بیشتر شده مولکول های آب می تواند در جای خود چرخش کنند یا با هم جا به جا شوند.به این قسمت الیه آب هیدراسیون خارجی می گویند).(Outer Hydration shellمشخصا بعد از الیه آب هیدراسیون خارجی یون حل شده تاثیر مشهودی بر مولکول ها آب نخواهد گذاشت به مولکول های آبی که حل شونده تاثیر مشهودی روی آن ها ندارد به طور تصادفی آرایش یافته اند Bulk Waterگفته می شود. باتوجه به مطالب باال می توان بیان کرد که مولکول های نامحلول در آب Water Insolubleبه این دلیل نمیتوانند در آب حل شوند چون نمی توانند برهمکنش مناسبی با مولکول BIOCHEMISTRY 10 BIOCHEMISTRY های آب برقرارکنند.البته همین ویژگی نامحلول بودن در آب در واقع باعث اغاز حیات تمام جانداران شده است : مولکول های اسید چرب در ساختار کلی از یک گروه کربوکسیلیک اسید در کربن یک (یا آلفا) و تعداد بسیاری اتم کربن و هیدروژن در یک زنجیره طویل تشکیل شده است.یعنی این مولکول ها از یک سر قطبی و یک دم ناقطبی تشکیل شده اند .در واقع این مولکول ها دوگانه دوست )(amphiphilic or amphipathicهستند. هنگامی که این مولکول ها وارد آب شوند برهمکنش های آبگریز باعث می شود مولکول های دوگانه دوست به هم نزدیک شده و ساختار های متفاوتی را تشکیل دهند. Micelles هنگامی تشکیل که می شود که تعداد مولکول های دوگانه دوست کم باشند.دم های قطبی این مولکول ها به هم نزدیک شده و تالش میکنند تا حد ممکن حالل قطبی را از بین خود خارج کنند .در نهایت سرهای قطبی در کنار هم پوششی را تشکیل می دهند که از برهمکنش مستقیم دم ناقطبی و حالل قطبی جلوگیری شود.در نتیجه نوعی کره تک الیه به نام میسل ساخته خواهد شد. Bilayer sheet & Liposome با افزایش تعداد لیپید های دوگانه دوست در میسل برخی از مولکول های درونی در جای خود لغزیده و برمیگردند تا در نهایت باعث شوند قطعه ای از میسل دو الیه شود به این ساختار دوالیه Bilayer sheet گفته می شود Bilayer sheet.در صورت وجود لیپید کافی می تواند گسترش یابد و در نهایت Liposomeرا بسازد.ساختار لیپوزوم بسیار شبیه به سلول های نخستین می باشد و طبق نظراتی می تواند شروع کننده حیات باشد. اکثر دارو های تزریقی به علت تخریب در حین گوارش قابلیت مصرف خوراکی ندارند.اما محققان با کمک ایجاد لیپوزوم در اطراف برخی ازآن ها توانسته اند از اثر آنزیم های گوارشی بر دارو مدنظر جلوگیری کرده و کاربرد های خوراکی این دارو ها را اغاز کردند به طور مثال انسولین خوراکی هم اکنون در حال تولید به همین روش است. طبیعتا بسیاری از مولکول های موجود در بدن همانند لیپید های نامحلول در آب هستند ،پس در سامانه های زیستی باید به کمک راه های متفاوتی برای جذب ،ذخیره و حمل و نقل آن ها تدابیری اندیشید به طور 11 BIOCHEMISTRY مثال حمل CO2به صورت بیکربنات در خون یا ذخیره ویتامین ها محلول در چربی در سلول های چربی) (adipocytesنمونه هایی از این تدابیر است که در آینده با آن ها آشنا خواهید شد. یونیزاسیون آب: در واحد زمان تعدادی از مولکول های آب به یون های هیدرونیوم و هیدورکسید تقسیم میشوند که مانند هر واکنش تعادلی دیگری دارای ثابت تعادل هست به آن Kwگویند. BIOCHEMISTRY 12 BIOCHEMISTRY چون که از تجزیه آب همزمان اسید و باز تولید می شود می توان گفتکه مولکول آب نوعی آمفوتر است ! به طور کلی به مولکول هایی که از اسید و قلیا ساخته شده باشند آمفوتر گفته می شود ( همانند آمینواسید ها) واکنش یونش آب از چند جهت برای ما مهم است: -1مقدار یون H+و OH-را در یک نمونه آب خالص را نشان میدهد پس هر تغییر در مقادیر غلظت آن ها می تواند نشان دهنده ورود اسید یا باز باشد(بسیاری از موادی که در روز مصرف میکنیم اسیدی یا بازی هستند) -۲بدن به طور کلی به مقداری یون( حتی در محلول های خالص) برای انجام فعالیت هایش نیاز دارد -3واکنش یونش آب مبنای اصلی عملکرد بافر هاست )Buffer(tampons Definition کمی باالتر بیان شد بسیاری از محلول های که روزانه مصرف میکنیم و طبیعتا بسیاری از محلول های بدن ما خنثی نبوده و pHهای متفاوتی دارند.عالوه بر آن هر بافت موجودات زنده دارای آنزیم هایی است که در یک pHبهینه عملکرد خود را اجرا میکنند پس برای بقا و حیات حفظ pHدر یک محدوده خاص بسیار مهم است. بافر ها سیستم هایی هستند که در حفظ این pHبهینه نقش بخصوصی دارند.سیستم بافری در بیان کلی از تغییرات شدید pHدر اثر عوامل خارجی جلوگیری می کند.سیستم بافری به دو شکل ایجادمیشود: -1اسید ضعیف +باز مزدوج -۲باز ضعیف +اسید مزدوج به اسید مزدوج ،نمک باز و به باز مزدوج نمک اسید هم گفته می شود عملکرد سیستم بافری بر تعادل واکنش ها استوار است.به طور مثال فرض میکنیم که استیک اسید که اسید ضعیف است را به طور تعادلی وارد واکنش می کنیم و اکنون این اسید ضعیف به اضافه باز مزدوجش ( یعنی نمک اسید یا همان استات) را در محلول داریم ،پس طبق تعریف یک سیستم بافری تولید کرده ایم.با ورود مقدار کمی از یک اسید قوی مثل HClتمام مولکول های آن یونیده شده و در نتیجه غلظت H+باال می رود در نتیجه تعادل در جهت برگشت پیش رفته و مقداری استیک اسید تولید خواهد شد.همین واکنش برگشت از کاهش ناگهانی pHبه وسیله HClجلوگیری می کند.در مثال دیگر اگر به همین سیستم بافری باز اضافه شود به علت تولید OH-تعداد از H+خنثی خواهند شد در نتیجه واکنش در جهت رفت حرکت کرده و باعث تولید بیشتر هیدرونیوم می شود تا از افزایش شدید pHجلوگیری کند.سیستم های بافری گوناگون مشابه همین روش عمل می کنند.پرواضح است که سیستم بافری زمانی بهترین عملکرد را دارد که مقدار اسید و 13 BIOCHEMISTRY نمک آن به اندازه کافی در محلول باشد و در صورتی که اسید یا نمک آن ( یا در مواردی باز و نمک آن) در محلول خیلی کم شوند سیستم بافری عملکرد بهینه نخواهد داشت.کمی جلوتر به کمک روابط ریاضی pHدقیق این عملکرد را میابیم اما صرفا باید بدانید که هر محلولموجود در بدن با توجه به pHخود تعدادی بافرمخصوص را دارد.جدول صفحه بعدبه معرفی تعدادی از این محلول ها و بافر های مختص به آن ها پرداخته. BIOCHEMISTRY 14 BIOCHEMISTRY جدول مایعات درون بدن و بافر های مربوط به آنها.دقت کنید بافر های هر مایع به ترتیب اثر گذاری نوشته شده اند و این ترتیب برای امتحان دارای اهمیت است! Henderson – Hasselbach equation باالتر بیان شد که هر بافر در یک pHمعین بهترین عملکرد بافری را دارد همچنین می دانیم که این عملکرد بهینه تنها در یک محدوده ای خاصی از pHثابت می ماند و بعد از کم شدن مقدار اسید یا نمک آن خاصیت بافری کم خواهد اکنون به کمک رابطه هندرسون هاسلباخ به پیدا کردن این pHبهینه می پردازیم : اکنون با توجه به رابطه باال می توان pHمحلول را به کمک داشتن pKaو غلظت اسید و نمک آن به دست آورد.معادله هندرسون هاسلباخ از اصلی ترین معادالت به دست آوردن pHدر سیستم های بافری است. توجه کنید معادله هندرسون هاسلباخ پای ثابت هر ساله سواالت بلوک سلول مولکول است زمانی سیستم بافری بهترین عملکرد خود را دارد که اسید و نمک آن دارای مقدار برابر باشند زیرا در این شرایط به محض تغییرات اندکی در مقدار یون هیدرونیوم سریع ترین تبدیل این دو ماده را به هم شاهد 15 BIOCHEMISTRY هستیم.و طبق فرمول زمان که غلظت اسید و نمک برابر باشند کسر برابر 1خواهد شد و لگاریتم آن صفر . میشود هر چند که این معادله هنوز نکات پنهانی دارد که در تیتراسیون پدیدار می شوند. :Titration تیتراسیون در معنای علمی شامل افزودن اسید یا قلیای قوی به صورت تدریجی (بوسیله دستگاهی به نام بورت ) به محلول بافری به ترتیب قلیایی یا اسید ضعیف است . باز قوی مثال :سود سوزآور اسید قوی مثال :اسید هیدروکلریک حال فرض کنید که بشری داریم حاوی آب و نوعی اسید ضعیف مثال سرکه .در صورتی که در ابتدا محلول مقداری اسیدی باشد برای اینکه مقداری هیدرونیوم در محیط باشد .بنابرین اسید کونژوگه دیگر تجزیه نمیشود به باز و هیدرونیوم .از این قسمت به تدریج با بورت یون هیدروکسید باز قوی را اضافه میکنیم .فرض کنید در ابتدا 100مول اسید تفکیک نشده داریم ؛ پس مقدار باز جفت صفر است .در این حالت با phمتر شیشه ای phرا نمایش و میخوانیم .و یا میتوانیم با معادله هندرسون هاسلباخ مثال نسبت 99اسید به 1باز را که شبیه حالت باال است مقدار پی اچ را حساب کنیم. در ادامه با تیتر کردن مثال 10 مول هیدروکسید اضافه و بنابرین از مقدار اسید ها 10تا کم و به باز 10تا اضافه میشود و دوباره با معادله پی اچ را حساب میکنیم .... در ادامه 50تا یون هیدورکسید به صورت تجمیعی اضافه میکنیم و در این حالت اتفاق جالبی میافتد :چون 50تا از BIOCHEMISTRY 16 BIOCHEMISTRY اسید کم و به باز 50تا اضافه میشود و در نتیجه کسر لگاریتمی برابر 1و خود عدد لگاریتم 1برابر صقر میشود پس PH=PKa به طور کلی هر وقت مقدار اسید و باز ضعیف در محلول برابر شود این حالت برقرار است. و در ادامه اگر 90یون هیدرونیوم بریزیم 90تا از تعداد اسید کم و به باز اضافه میشود و با معادله پی اچ را حساب میکنیم .... در این حالت با دیتا های داده شده میتوان نمودار میزان PHبراساس مقدار یون هیدروکسید اضافه شده در تیتراسیون را رسم کردTitration curve. نکته مهم نمودار این است که در نقاط نزدیک پایان و ابتدای نمودار در پی اچ های دورتر از pkaدر تیتراسیون مقدار پی اچ به طور شدید تری تغییر میکند و در نقاط نزدیک به نقطه ( pKaبه طور قراردادی یک واحد باالتر و پایین تر از pkaکه ناحیه بافری ) buffering zoneتغییرات پی اچ کمتر است و بنابر تعریف بافر در آنجا بیشترین قدرت بافری را دارد و به عنوان بافر مناسب عمل میکند بنابرین یک بافر در تمام مقیاس های پی اچ الزاما قدرت مناسب نخواهد داشت. مثال اگر pkaبرای سرکه برابر 4.۷باشد ناحیه بهترین عملکرد آن به عنوان بافر آن از پی اچ 3.۷تا 5.۷ است ولی در مثال ناحیه پی اچ ۲نمیتواند به خوبی بافرینگ انجام بدهد چون مقدار کافی از هردو اسید و باز کونژوگه برای بافرینگ نیاز هست 17 BIOCHEMISTRY بنابرین از روی منحنی تیتراسیون pkaیک اسید ناشناخته را پیدا کنیم ....... (به عبارتی میزان قدرت بافرینگ نسبت عکس با شیب نمودار منحنی تیتراسیون دارد پس هرجا شیب نمودار کمتر باشد اسید قدرت بافرینگ بیشتر دارد و بالعکس ) دانستیم هرچه pkaاسید کمتر باشد قوی تر است بنابرین ؛ در حالت ریاضی اگر نمودارتیتراسیون یک اسید نسبت به اسید دیگر به سمت منفی محور ایگرگ شیفت پیدا کرده باشد باید اسید قوی تر باشد .....و نکته :اگر اسید بتواند یک هیدرونیوم آزاد کند به آن مونوپروتیک اسید میگوییم مانند هیدروکلریک اسید اگر اسید بتواند دو تا هیدرونیوم ازاد کند به آن دیپروتیک گویند مانند سولفوریک اسید که ابتدا تمام مولکول ها یک هیدرونیوم آزاد و سپس همه هیدرونیوم دوم را آزاد می کنند. اگر سه عدد هیدرونیوم آزاد کند به همین منوال با توالی باال به آن تری پروتیک اسید میگویند مانند اسید فسفریک. علت جدا بودن تفکیک یون های هیدرونیوم در اسید های دی و تری پروتیک تفاوت در pkaاست. برای تمایز این نوع اسید ها میتوانیم از شکل منحنی تیتراسیون استفاده کنیم. اگر منحنی یک طبقه باشد اسید مونوپروتیک است.اگر منحنی دو طبقه باشد اسید دی پروتیک است. اگر منحنی سه طبقه داشته باشد تریپروتیک است. BIOCHEMISTRY 18 BIOCHEMISTRY مثال فسفات در یکی از نواحی بافری خود از 5.8تا ۷.8میتواند برای خون ما بافر باشد چون پی اچ خون حدود ۷.4است . پیوند های هیدروژنی بین مولکول های آب باعث میشود بتوانند شکل های جذاب تولید کنند که حساس به زبان و لحن و احساسات ما هستند مثال آب درون بدن ما بستگی به حالت روانی بدن دارد .....پس بیایید به هم احترم بگذاریم.آب حتی به آهنگ و حتی مکان عبور مانند چشمه یا جوب آب حساس است ........ 19 BIOCHEMISTRY کربوهیدرات ها Sugars دانستیم که انواع و اقسام موجودات زنده از 4گروه اصلی مولکول های زیستی تشکیل شده اند :کربوهیدرات ها – نوکلئیک اسید ها ـ پروتئین ها ـ لیپید ها و در این جلسه به کربوهیدرات ها میپردازیم . ابتدا دید کلی از کربوهیدرات .مثال گلوکز در میتوکندری تولید ATPتولید میکند و منبع انرژی است یا مثال گلوکز در کبد یا عضالت دخیره شده تا در مواقع بین وعده های غذایی و در هنگام ورزش به عنوان منبع انرژی عمل کند .عالوه بر آن در ساختار نوکلئیک اسید ها هم قند ریبوز داریم .در واقع در پایه نردبان backboneریبوز و فسفات به طور متوالی تکرار میشود .در گفتگوی بین سلول های مجاور و تشخیص سلول همسایه ( گروه خونی مثال ) نیز میتوانیم قند ها را مشاهده کنیم ....سلول ها از روی قند روی غشا یکدیگر را میشناسند مثال سیستم ایمنی بدن برای تشخیص خودی از غیر خودی از قند استفاده میکند . ولی در صورتی که باکتری وارد بدن شود سلول های Bو Tسیستم ایمنی با نگاه به قند غیر خودی به آن محل حمله و آن را از بین میبرند. N- دانستیم که 6اتم 4 CHNOPSدسته اصلی مواد را میسازند :برای قند ها به CHOنیاز داریم .گرچه مشتقات قندی با P-Sهم داریم .ولی برای تولید اولیه قند ها همان 3عنصر اولی کافی است .اول عناصر تشکیل بیومولکول ساده به نام مونومر میدهند و بعد مونومر ها تبدیل به پلیمر میشوند .در اینجا مونوساکارید همان مونومر است .مونومر کلمه کلی برای هر گروه است .مونوساکارید یعنی واحد تکراری قندی . چیز هایی که در ادامه باید راجب قند ها بلد باشیم : -1تعریف قند ها -۲ساختار( مثال CHOچگونه بهم بچسبند تا انواع قند ها ایجاد بشوند ؟ ) -3نامگذاری -4طبقه بندی در علم متد های طبقه بندی انواع و اقسام مونومر ها وجود دارد -5انواع مختلف ایزومر های مولکول -6واکنش های شیمیایی که مونومر ها انجام میدهند مانند مشتقاتی که اتم های S-P-Nدارند . BIOCHEMISTRY 20 BIOCHEMISTRY -۷ساخته شدن پلیمر ها بوسیله کنار هم قرار گرفتن مونومر ها مثال در دیساکارید از کنار هم قرار گرفتن دو مونومر ؛ در تریساکارید از کنار هم قرار گرفتن 3مونومر ؛ در تتراساکارید از کنار هم قرار گرفتن 4مونومر و همین طور به صورت سلسه مراتب زیاد شده در این سلسله مراتب اگر تعداد کمتر از 9باشد به این زینجیره الیگوساکارید گوییم ولی اگر تعداد 9یا 10یا حتی مانند گلیکوژن 50هزار واحد باشد به آن پلی ساکارید .یعنی اول دی ساکارید تشکیل بعد الیگو و بعد پلیمر تشکیل میشود ..... -8بررسی احیا و اکسایش قند ها .... Homo & Hetro polysaccharides در کل از لحاظ زیر واحد ها ۲نوع پلی ساکارید وجود دارد؛ هوموپلی ساکارید و هترو پلی ساکارید هوموپلی ساکارید Homo polysaccharideهمه واحد ها یکسان هستند مثال میتوانند گلوکز باشند که در این صورت بتوانند سلولز و نشاسته (آمیلوز و آمیلوپکتین) و گلیکوژن تولید کنند .. هتروپلی ساکارید ها Hetro polysaccharideواحد های مجاور هم متفاوت هستند به طور مثال ممکن است یک واحد دیساکاریدی با مونومر های متفاوت هزاران هزار بار تکرار شود .خود این واحد نیز هترودیساکارید نام میگیرد ...که البته زیاد بکار نمیرود ......مثال معروفی از این دسته GAGیا گلیکوز آمینوگلیکان ها هستند که موکوپلی ساکارید نیز نام گرفتند بعد از اینکه اولین بار در غشای سلول های مخاطی یافت شدند ولی به تدریج در نواحی دیگر بدن نیز یافت شدند . در ادامه به ویژگی های مختلف مونوساکارید ها خواهیم پرداخت Definition & Structure of carbohydrates برای تولید قند نیاز به CHOداریم .کربوهیدرات از اسمش معلوم است کربن و در کنار آن یک مولکول آب به ازای هر کربن دارد ولی هیدروکربن یعنی هیدروژن و کربن.مثال CH2-CH2-CH3که ناقطبی و هیدروفوب بود .در ساختمان کربوهیدرات به ازای هر کربن یک مولکول H2Oوجود دارد که میتوانیم به شکل فرمول بسته شرح بدهیم یعنی .(CH2O)n شرط اول قند بودن :باید فرمول بسته مولکول به صورت )CH2O (nیا CnH2nOnیا Cn(H2O)nباشد. مثال C6H12O6را میتوانیم به صورت (CH2O)6نشان بدهیم . شرط دوم :این است که تعداد گروه های OHدر ساختار مولکول بیشتر از یک عدد باشد.مونوساکارید ها با وجود این شرط یک ol ( polyolپسوند برای گروه هیدروکسیل است)محسوب میشوند چون چندین گروه هیدروکسیل دارند . شرط سوم :گروه کربونیل(آلدهید یا کتون) داشته باشد. مثال :بررسی کنید هر یک از مولکول های زیرقند هستند یا خیر؟ مولکول با یک کربن و یک مولکول آب یعنی CH2Oکه فرمالدهید نام دارد و چون گروه هیدروکسیل ندارد ( نقض شرط )1مونوساکارید نیست 21 BIOCHEMISTRY مولکول بعدی ۲اتم کربن با ۲مولکول آب (CH2O) 2که هیدروکسی استالدهید ( استالدهید +هیدروکسیل در کربن فاقد گروه کربونیل) نام دارد .این مولکول صرفا یک گروه هیدروکسیل دارد.بنابرین بوسیله نقض شرط دوم مونوساکارید نیست . ولی مولکول بعدی (CH2O)3هم گروه های هیدروکسیل دارد و هم گروه کربونیلی دارد پس اولین مونوساکارید است که برحسب اینکه کتون با آلدهید باشد ؛ به ترتیب دهیدروکسی استون و گلیسرآلدهید نام میگیرد ... بنابرین کوچکترین قند 3کربنه است . شرط اول بررسی مولکول اول پیروی از فرمول (CH2O) n (CH2O)1 *همان فرمالدهید شرط دوم بدلیل نداشتن OHقند نیست داشتن چند گروه) (-OH polyol بررسی مولکول دوم شرط سوم (CH2O)2 داشتن عامل کربونیلی :هیدروکسی آلدهید آلدهید به دلیل نداشتن چند گروه هیدروکسیل قند نیست کتون بررسی مولکول سوم (CH2O)3 دارای چند گروه هیدروکسیل دارای چند گروه کربونیل بنابراین قند است: کتونی :دهیدروکسی کتون آلدهیدی :گلیسرآلدهید نامگذاری کربوهیدرات ها برای نامگذاری باید ابتدا پسوند – وز به آخر اضافه بشود که نشان دهنده قند است (.اما گلیسرالدهید قبل از سیستم نامگذاری نامگذاری شده ولی در سیستم به آن گلیسروز هم میگویند ).قند های زیادی به خصوص قند های آلدهیدی غالبا در انتهای اسم خود –oseدارند .برخی اوقات در اخر کتون ها هم –uloseهست .اگر در اخر نام چیزی –وز باشد حتما قند است و اگر اخر BIOCHEMISTRY 22 BIOCHEMISTRY آن –ولوز باشد حتما کتون است .برخی قند های کتونی که قبال نامگذاری شده بودند هم پسوند –وز دارند ولی در زمان کنونی ترجیح بر این است که به انتهای آنها پسوند –ولوز اضافه شود . بنابرین دو خانواده قندی داریم آلدوز ها ) (aldosesوکتوز ها ) (ketosesکه ریشه آن ها به ترتیب گلیسرالدهید و دهیدروکسی استون هست . که هر کدام بر اساس تعداد کربن باز دوباره تقسیم میشوند مثال آلدوتتروز داریم و کتوتتروز و آلدوتریوز و کتوتریوز و الی اخر . براساس عددگذاری علمی تا 6عدد کربن در بدن مرسوم هست ولی ۷تایی هم در بدن کمتر مرسوم هست و حتی تا 9کربن که نانوز نام میگرید داریم که مثال معروف آن اسید سیالیک است که در ) ECM (extracellular matrixمهم است . برای رسم این قند ها باید سمت گروه کربونیل به سمت باال باشد و شماره گذاری کربن ها از عامل آلدهیدی درآلدوز ها و یک کربن باالتر از گروه کتونی در کتون ها باشد پس در کتون ها ( معموال در بدن) کربن دوم کتونی است.این نوع از رسم جای کمتری میگرید و راحت تر است . در ادامه به تشریح ساختار های آلدهید ها و کتون ها میپردازیم . در ابتدای بررسی مولکوا گلیسرآلدهید متوجه میشویم که کربن شماره ۲از ۲کربن دیگر متفاوت است و تفاوت آن این است که این کربن یک کربن کایرال )(chiralیا نامتقارن هست چون 4گروه مختلف از نظر چینش اتم ها به آن متصل هستند و بنابرین در فضا این 4گروه به صورت 4خط نمایش داده میشوند که در ساختار 3بعدی هرم قرار میگیرند .که برای هر کربن نامتقارن در قند ها ۲حالت وجود دارد که قرینه آینه ای هم هستند و بر هم منطبق نمیشوند یکی اینکه گروه هیدروکسیل در ساختار صفحه سمت چپ باشد و دیگری اینکه گروه هیدروکسیل در ساختار صفحه سمت راست باشد. ممکن است به نظر برسد که دومین کربن از سمت باال ؛ به ۲کربن از سمت باال و پایین متصل شده است بنابرین کایرال نیست ولی خود این ۲کربن با اتم های متفاوتی نسبت به هم پیوند داده اند و بنابرین ۲کربن متمایز محسوب میشوند ؛ پس کربن در نهایت کایرال است. 23 BIOCHEMISTRY برای سادگی کار ؛ گروه آلدهیدی و الکلی انتهای قند در نظر گرفته نمیشود و فقط به هیدروکسیل های کربن های کایرال توجه میشود D-glyceraldehydeو به تصاویر آینه ای حاصل انانتیومر هم میگویند و به حالت های مختلف حاصل از آن کربن L-glyceraldehydeمیگویند BIOCHEMISTRY 24 BIOCHEMISTRY این انانتیومر ها نوعی ایزومر فضایی )(stereoisomersاز مولکول گلیسر آلدهید هستند.در مقابل ایزومر های فضای ؛ ایزومر های ساختاری قند ها قرار دارند که آلدهید بودن و کتون بودن قند ها مثال ۲مورد از ایزومر های ساختاری برای قند ها میتواند باشد. مثال گلیسرآلدهید و دی هیدروکسی استون ایزومر ساختاری هستند. علت نامگذاری Lو Dبه این دلیل است که علیرغم اینکه از لحاظ فیزیکی و شیمیایی با هم یکسانند فقط در یک ویژگی به نام فعالیت نوری( )optical activityبا هم تفاوت دارند که این به این معناست که نور گذر کننده از فلیتر یکسوکننده باعث ایجاد نور پالریزه ) (polarized lightمیشود را هر کدام به سمت چپ و راست از محل عبور از محلول منحرف میکنند با زاویه ای که مثال اگر برای مولکول Dبرابر مثبت 30درجه ( ساعتگرد-راست گردان)باشد برای Lمیشود منفی 30درجه ( پادساعتگرد- چپ گردان) نکته :دی هیدروکسی استون به دلیل نداشتن کربن کایرال ایزومر فضایی نخواهد داشت! آنزیم های بدن همین تفاوت فضایی را تشخیص میدهند و بنابرین مولکول های قند Lدر بدن متابولیزه نمیشوند در طبیعت و همچنین دربدن ما ؛ بیشتر مونومر های قندی به شکل Dو بیشتر آمینواسید ها به شکل Lهستند . نکته :با توجه به L &Dبودن مولکول نمیتوانیم مشخص کنیم چگونه نور را منحرف میکند؛ اما اگر بدانیم انانتیومر Dمولکول الف نور را 8.3+درجه منحرف میکند ؛ انانتیومر Lآن قطعا نور را 8.3-درجه منحرف میکند. نکته :اگر محلولی با غلظت های برابر از ایزومر های L&Dیک مولکول داشته باشیم ؛ یک محلول راسمیک (racemic ) solutionخواهیم داشت که نور را منحرف نمیکند. فرمول محاسبه تعداد استریو ایزومر ها در مولکول قندی 25 BIOCHEMISTRY 2n تعداد کربن کایرال=n در قند های آلدهیدی برابر است با تعداد کربن ها منهای ۲ n در قند های کتونی برابر است با تعداد کربن های منهای 3 n ۲برای این است که هر کربن دو حالت چپ و راست دارد! *هر کدام از کربن ها حالت Dو Lدارند کربن های ستاره دار همان کربن های کایرال هستند! نکته:برای رسم قند ها گروه های آلدهیدی و کتونی و هیدروکسیلی انتها و ابتدا را رسم می کنیم و از کربن های کایرال اگر کربن کایرال Dبود هیدروکسیل سمت راست و اگر کربن کایرال Lبود هیدروکسیل سمت چپ! نکته:رای کل مولکول در نامگذاری باید دورترین کربن از عامل آلدهیدی یا کتونی را مشخص کنیم و DوLرا نسبت به راست یا چپ بودن هیدروکسیل آن بسنجیم توضیحات بیشتر :علت اینکه در فرمول محاسبه تعداد استریوایزومر های آلدهید ؛ ۲به توان تعداد کربن ها منهای ۲رسید این است که در آلدهید ها کربن آنومری و کربن انتهای زنجیره کایرال نیستند ؛ زیرا کربن آنومری به 3اتم متصل است و کربن انتهای زنجیره نیز به دو اتم هیدروژن متصل است.برای محاسبه فرمول تعداد استریوایزومر های کتون ها نیز عالوه بر کربن آنومری و کربن انتهای زنجیره ؛ اولین کربن در ابتدای زنجیره نیز کایرال نیست ؛ چراکه به دو اتم هیدروژن متصل است.بنابرین در فرمول کتون ها ۲به توان تعداد کربن ها منهای 3 میرسد. مثال در بررسی تتروز ها: در مولکول 4کربنه ار یتروز هر دو گروه هیدروکسیل در یک جهت هستند بنابراین براساس دورترین کربن (کایرال)از کربن آلدهیدی DیاLبودن آن را مشخص میکنیم و مثال در ترئوز گروه های هیدروکسیل در جهت مخالف هم هستند و مثل اریتروز براساس کربن کایرال دورتر دسته بندی میشوند)(D,L نکته:دقت کنیدDوLانانتیومر هم هستند و دقیقا عکس هم در آینه هستند بنابراین از تعداد استریوایزومر ها ( 2n-1 )2nتا Lو 2n-1تا Dاست.یعنی در واقع نصف آنها Dو نصف آنها Lاست BIOCHEMISTRY 26 BIOCHEMISTRY برای 5کربن هم همین تکرار می شود!تعداد استریوایزومر ها 2nیعنی 8تاست که 4تای آن Lو 4تای آن Dهستند. در واقع تعداد کربن های کایرال برای قند های آلدهیدی 3تا است :کربن 2و 3و .4 5-2=3 n-2 مدل های رسم ساده تر قند ها: مدل فیشر: .1ابتدا گروه آلدهیدی را در باالی قند رسم میکنیم .۲خطی به امتداد آن رسم میکنیم و به ازای تعداد کربن کایرال در آن خط های افقی صلیب ایجاد میکنیم! OH .3در یک طرف خط افقی Hو در طرف دیگر آن قرار می دهیم .4در طرف دیگر خط عمودی گروه الکلی CH2OHرا رسم میکنیم! نکته :اگر در قند ریبوز عامل آلدهیدی به کربن ۲برود و گروه کتونی ایجاد کند ؛ ریبولوز خواهیم داشت. مدل روزانف: مدلی ساده تر که در آن عامل کربنی به صورت دایره قرار گرفته و خطی از آن ممتد می شود که شاخه های جانبی OHاز آن امتداد می یابد(کربن ها به صورت نقطه) 27 BIOCHEMISTRY نکته مهم :زیلوز که قند 5کربنه است .ایزومری از ریبوز است ولی انانتیومر آن نیست .در آدامس های بودن قند استفاده میشود که به علت شیرین کننده مصنوعی بودن قند را باال نمیبرد. نکته مهم :در غذاهای دیابتی ها به جای D-Glucoseاز L-Glucoseاستفاده میشود که قند خون را باال نمیبرد و برای آنان مفید است ولی چون در طبیعت یاف ت نمیشود و باید با هزینه فراوان در صنعت تولید شود Classification of Isomers طبقه بندی ایزومر ها دانستیم که انانتیومر ها تنها نوع ایزومر های فضایی نیستند .نوع دیگر فضایی ها اپیمر نام دارد .اپیمر های نسبت به هم فقط در یک اتم کربن در جای هیدروکسیل تفاوت دارند .که به اصطالح Cnاپیمر تعریف میشوند برای هم که nشماره کربن است .مثال دی -گاالکتوز C4اپیمر برای دی گلوکز هست یعنی در کربن چهارم فقط با هم فرق دارند .یا دی مانوز C2اپیمر برای دی گلوکز است .استروایزومر هایی که نه اپمیر هستند و نه انانتیومر ؛ دیاسترومر نام دارند C2 epimer C4 epimer enantiomer در ایزومری های فضایی نوعی دیگر داریم به نام آنومری ها که هنگامی وجود میاید که ساختار های زیجیری حلقوی شوند در واقع عامل کربونیلی میتواند با گروه هیدروکسیل ترکیب و پیوند اتری بوجود بیاورد(.اصطالحا به آن حمله گروه کربونیل هم گفته میشود) در قند هم میتوانیم بین عامل های کربونیلی و هیدروکسیلی دور از هم شاهد تشکیل پیوند اتری باشیم که ساختار های 5یا 6ضلعی تشکیل میدهد. BIOCHEMISTRY 28 BIOCHEMISTRY Ring forming reactions واکنش های حلقوی شدن در مولکول های آلدوز به دلیل وجود آلدهید و الکل به صورت همزمان میل حمله از سمت کربن های الکل دار به عامل آلدهیدی و تولید پیوند اتری بسیار باال میباشد.به طور کلی واکنش الکل در قند با گروه آلدهیدی به صورت زیر میتواند نمایش داده شود. در یک آلدوهگزوز در صورتی که قرار باشد پیوند اتری درون مولکولی تشکیل شود ؛ میتوان چند حالت را متصور شد : پیوند مونوساکارید ها با هم : مراحل واکنش آلدهید با الکل: است ممکن همچنین یک الکل با یک الکل دیگر یا با یک آمین واکنش بدهد که تولید پیوند گلیکوزیدی میکند اگر با یک آمین پیوند بدهد پیوند N-glycosideاست اگر با یک الکل دیگر پیوند بدهد پیوند O-glycosideاست اگر این مولکول الکل از یک مونو ساکارید دیگر تامین شود یک دی ساکارید خواهیم داشت: 29 BIOCHEMISTRY مالتوز: سلوبیوز: پیوند گلیکوزیدی بتا (1به)4 پیوند گلیکوزیدی آلفا (1به)4 از پیوند گلیکوزیدی آلفا (1به )4چندین گلوکز ،پلی ساکاریدی به نام آمیلوز ساخته میشود حلقه 3 اگر - ضلعی باشد ( حمل ه کربن دوم به کربن آنومریک) در طبیعت پایدار نیست چون زاویه بین اتم ها 60درجه است و چون در کربن در حالت آزاد زاویه بین اتم های متصل به هم 109.5درجه است این شکل هم قابل تحمل نیست -اگر حلقه 4ضلعی باشد (حمله کربن سوم به کربن آنومریک )در طبیعت پایدار نیست چون زاویه بین اتم ها 90درجه است . -اگر حلقه 5ضلعی باشد (حمله کربن چهارم به کربن آنومریک ) قابل تحمل در پایدار در طبیعت است ولی پایداری و فراوانی از 6تایی کمتر است -ولی در حلقه 6ضلعی ( حمله کربن پنجم به کربن آنومریک)چون زاویه 1۲0درجه است بیشترین تحمل را دارد و پایداری ولی ترجیح اصلی کربن با 109.5درجه است . -اگر حلقه ۷ضلعی باشد ( حمله کربن ششم به کربن آنومریک ) زاویه ها زیادی بزرگ شده و ناپایدار میشود . نکته مهم :اگر گروه هیدرکسیل در مدل زنجیری رو به راست باشد در حالت حلقوی رو به پایین و اگر رو به چپ باشد در زنجیری در حلقوی رو به باال است. BIOCHEMISTRY 30 BIOCHEMISTRY nomenclature of cycle carbohydrates نامگذاری کربوهیدرات های حلقوی برای سادگی نامگذاری قند حلقوی ؛ اگر 5ضلعی بود ابتدا پسوند – وز را از انتها برداشته سپس پسوند فورانوز را اضافه میکنیم .و برای 6ضلعی ها پسوند پیرانوز .این دو اسم از ترکیب هایی به ترتیب 5و 6ضلعی با همین نام یعنی فوران و پیران گرفته شده اند . نکته :کربن کربونیلی قبل از حلقوی شدن کایرال نبود ( چون به 3اتم اتصال داشت ) و اکنون کایرال شده پس میتواند ایزومر های فضایی آنومری آلفا و بتا را ای جاد کند .اگر گروه هیدروکسیل هم جهت با کربن بیرون حلقه نباشد ؛ آلفا است و اگر هم جهت کربن بیرون حلقه باشد بتا است .این پسوند را نیزدر ابتدای نام اضافه میکنیم . alpha-D-glucopyranose—beta-D-glucofuranose مشخص کننده تعداد alpha - D - glucopyranose اضالع حلقه مشخص کننده نوع مشخص کننده جهت آنومری ایزومر مشخص کننده نوع قند قبل از حلقوی شدن و کربن بیرون حلقه در پی آن نوع قرار گیری گروه OHدرون حلقه نکته :به کربن کایرال جدید تولید شده در حلقه ؛ کربن آنومریک نیز گفته میشود. 31 BIOCHEMISTRY Carbohydrate reactions دانستیم که هر آلدهید از اکسید شدن الکل بوجود میاید و خود با اکسید شدن میتواند کربوکسیلیک اسید تولید کند.بنابرین میتوانیم برای قند ها واکنش اکسایش و کاهش عامل آلدهیدی و کتونی داشته باشیم .بنابرین 3حالت داریم ... -اکسایش عامل آلدهیدی ب ه عامل کربوکسیل و تولید اسید هایی که اخر آنها با حذف –وز پسوند –ونیک میگیرد مانند گلوکونیک اسید . -اکسایش عامل هیدروکسیلی در انتهای مولکول به آلدهید و سپس اسید و تولید اسید های با پسوند –ورونیک مانند گلوکورونیک اسید اکسایش عامل هیدروکسیلی و آلدهیدی با هم توسط اکسنده قوی و تولید اسید هایی با پسوند –آریک .مانند گلوکاریک اسید گلوکاریک اسید یا ساکاریک اسید یک ماده کارسینوژن و سرطان زا و بسیار خطرناک است . نکته :اکسیداسیون در عامل کتونی منجر به گسستگی و از هم پاشیدگی مولکول میشود . oxidation D-glucose gluconic acid oxidation glucuronic acid oxidation BIOCHEMISTRY 32 BIOCHEMISTRY glucaric acid oxidation oxidation واکنش های اح یا شدن هم به این صورت هستند که عامل آلدهیدی یا کتونی به الکل تبدیل شود .در این حالت پسوند –وز برداشته و به آن پسوند –یتول اضافه میکنیم .مثال گلوسیتول یا سوربیتول شیرین کننده ای است که در مقادیر زیاد ضرر دارد و در افراد به قند خون باال گلوکز تبدیل به سو ربیتول شده و با رسوب در لنز چشم باعث آب مروارید شده .در صورتی که فروکتوز احیا بشود چون عامل کتونی در وسط مولکول است و تولید کربن کایرال میکند بنابربن میتواند تولید ۲مولکول گلوسیتول ( حاصل از احیا شدن گلوکز ) یا مانیتول ( حاصل از احیا شدن مانوز) را با احتمال برابر وابسته به اینکه گروه هیدروکسیل در کجا باشد تولید کند. D-mannitol---D-glucitol reduction D-glucitol reduction D-glucitol 33 BIOCHEMISTRY reduction D-manni t ol در دئوکسی ریبونوکئیک اسید ها در قند احیا شدگی با حذف یکی از اکسیژن ها دیده میشود و تولید قند دزوکسی به اسم دزوکسی ریبوز میکند .این کربن که اکسیژن آن در واکنش ها حذف میشود معموال کربن شماره ۲است ؛ که گاهی اوقات دچار آمیناسیون شده و قند آمینی تولید میکند .گاهی اوقات به جای هیدرکسیل گروه فسفات هم مینشیند تا قند فسفاته تولید کند مانند آدنوزین تری فسات . BIOCHEMISTRY 34 BIOCHEMISTRY نکته تکمیلی :به علت ای نکه هیدروژن گروه آلدهیدی قند ها به اتم الکترون خواه ( نیتروژن یا اکسیژن ) متصل نیست نمیتواند بوسیله این سر با اب پیوند هیدروژنی برقرار کند ؛ ولی بواسطه قطبیت گروه کربونیل و همچنین گروه های هیدروکسیلش که پیوند هیدروژنی میدهند میتواند در آب حل بشوند. برای تش کیل پیوند هیدروژنی هیدورژن باید بین دو اتم با الکترونگاتیویته باال قرار بگیرد.از یک طرف به یک اتم با کووالنسی متصل و از طرف دیگر با پیوند هیدروژنی با اتم دیگر متصل است. نکته تکمیلی :اساس نام گذاری ایزومر های انومری براساس هم جهت یا غیر هم جهت بودن گروه هیدروکسیل کربن شماره 1با کربن های خارج از حلقه است.اگر گروه هیدروکسیل با ان غیر هم جهت باشد نام انومر الفا و اگر هم جهت باشد نام انومر بتا است. نکته تکمیلی:گلوکزی که جامد است همان D-glucopyranoseیا گلوکز حلقوی است.هنگامی که این قند و قند های حلقوی و جامد دیگر در محلول آبی حل میشوند؛ با شکسته شدن پیوند اتری به حالت خطی در میایند.چون در حالت خطی کربن انومری ( کربن شماره ) 1هم قابلیت پیوند اتری با کربن 4و 5را دارد؛ میتوانیم یک محلول واکنش تعادلی بین ساختار خطی و ساختار حلقه 6ضلعی ( بتا و الفا دی گلوکوپیرانوز ) و ساختار های 5ضلعی ( بتا و الفا دی گلوکوفو