STAPHYLOCOQUES_240605_150515 PDF

IV- Interactions Hôte- Bactérie Les bactérie qui concerne l'homme: 1. les bactérie saprophytes: vivent dans l'environnement immédiat (air, sol). saprophytisme; c'est une forme de nutrition permettant à un organisme d’utiliser des matière organiques en décomposition. une bactéries saprophyte...

IV- Interactions Hôte- Bactérie Les bactérie qui concerne l'homme: 1. les bactérie saprophytes: vivent dans l'environnement immédiat (air, sol). saprophytisme; c'est une forme de nutrition permettant à un organisme d’utiliser des matière organiques en décomposition. une bactéries saprophyte lorsqu'elle vit et se nourrit dans l'environnement (sol eau et surfaces). Flore de passage : présence transitoire de bactérie de l’environnement Pas de danger  IV- Interactions Hôte- Bactérie Les bactérie qui concerne l'homme: 2. Les bactéries commensales; les bactéries vivent au contact de l’homme, colonisent la peau et les muqueuse (digestive, respiratoire, génitale), en parfaite harmonie. Soit dans l’indifférence : Commensalisme (bactéries intestinale). Soit en jouant un rôle : Symbiose Soit en jouant le rôle de flore de barrière : proto-coopération (limitent l’implantation de nouvelles bactéries).  IV- Interactions Hôte- Bactérie 3. Bactéries pathogènes = Responsables de maladies infectieuses à coté de cette réaction paisible il peut exister une relation conflictuelle entre une bactérie et l'organisme humain. les espèces bactériennes capable d'induire ce conflit ont un pouvoir pathogène dont le mécanisme est appelé la pathogénicité. N.B: Pathogène = Notion qualitative = être capable d'induire ou non une maladie. Virulence= Notion quantitative. un fort inoculum bactérien qui induit une simple fièvre! un faible inoculum létal dans 100% des cas.  IV- Interactions Hôte- Bactérie Deux catégories de pathogènes Pathogènes spécifiques = stricts à maladie clairement identifiée; - La présence de ce pathogène signe obligatoirement une infection car n'a jamais de relation de commensalisme avec l'organisme humain. - Une bactérie qui entrainent une maladie cliniquement définie et physio-pathologiquement spécifique. Ex: Salmonella typhi et fièvre typhoide; Mycobacterium tuberculosis et tuberculose  IV- Interactions Hôte- Bactérie Deux catégories de pathogènes Pathogènes opportunistes = pathogènes “facultatifs” à maladie non spécifique - Certaines bactéries peuvent devenir pathogènes lorsque les défenses de l’hôte sont affaiblies (diabète, SIDA, cancer....) mais ne donne pas de maladie chez les sujet sain. - Ces bactéries sont : Souvent des bactéries commensales Ex: Satphylococcus epidermidis parfois des bactérie saprophytes de l'environnement Ex: Pseudomonas sp. V- Facteurs de pathogénicité et Physiopathologie de l’infection L’agent pathogène doit pouvoir: 1. Être transmise à l’hôte: Mode de transmission; Direct /Indirect Mode de contamination: Digestive, Respiratoire, Cutané , Transcutané, Sexuelle 2. D’adhérer coloniser et envahir l’ hôte Adhésion des bactéries aux cellules= Adhésines: Protéines aui assurent l’adhésion des bactéries aux cellules (de surface sur la bactérie à récepteurs sur la cellule hôte) : Interaction spécifique = début du processus de colonisation. Il y a deux types d’adhésines bactérienne: Fimbriae et l’adhésines non fimbriales Fimbriae: structure filiforme distinctes des flagelles et des pilis utilisé lors de la conjugaison Non fimbriales: structure non filiformes à l’extérieur de la cellule. V- Facteurs de pathogénicité et Physiopathologie de l’infection 3. Se multiplier sur ou dans l’hôte nécessite de nourrir: il existe une lutte acharnée entre bactéries et les cellules eucaryotes pour acquérir un métal précieux; le fer. le fer libre est quasi inexistant dans l'organisme et est tjr lié à des molécules de transport ( transferrine, lactoferrine) ou de réserve (ferritine). les bactéries présente un arsenal important de systèmes de capture du fer: Sidérophores de haute affinité M. tuberculosis, Yersinia sp (yersiniabactin). Fixation spécifique de transferrine/lactoferrine par des protéines de la membrane externe (TbpA,TbpB) Neisseria sp. Utilisation du hème/hémoglobine: Yersinia sp, P. aeruginosa, Vibrio cholerae  V- Facteurs de pathogénicité et Physiopathologie de l’infection 4. Echapper aux défenses de l’hôte Eviter la phagocytose : Capsule: enveloppe polysaccharidique externe masque les constituants de la paroi, vis à vis du complément ou des anticorps---- haute capacité a disséminer dans le sang Certaines capsules ont de plus: une capacité à inhiber l'activation du complément ou une ressemblance avec les antigène du soi et donc n’induise pas la synthèse d'anticorps Ex: S pneumoniae, N. meningitidis, H. influenzae. Survivre à l'intérieure des phagocytes: échapper au phagolysosome: L. monocytogènes, Rickettsiae sp. survivre à l'intérieur du phagolysosome: M. tuberculosis, Salmonella sp  V- Facteurs de pathogénicité et Physiopathologie de l’infection 5. Nuire à l’hôte Produire des enzymes hydrolytiques: altération des tissus ou des éléments de défenses avancés favorisant la dissémination des bactéries Collagénase: clostridium sp. Hyalurodinase: staphylococcus sp. streptococcus sp. Coagulase: Staphylococcus aureus. Dnase: staphylococcus sp. streptococcus sp. V- Facteurs de pathogénicité et Physiopathologie de l’infection Produire des toxines Certaines espèces bactériennes exercent leur pouvoir pathogène grâce à la sécrétion d’une toxine. Le pouvoir pathogène peut être liée uniquement aux effets de la toxine sans intervention du germe c’est le cas du botulisme où le germe contamine un aliment, y sécrète sa toxine. Il existe deux grands types de toxines : - Exotoxine: produite à l’intérieur puis libérés par les Gram+ et Gram- (protéines). - Endotoxines: dans la membrane externe des Gram- (Lipide A), libérer après la lyse de la bactéries. V- Facteurs de pathogénicité et Physiopathologie de l’infection Produire des toxines Exotoxines Cytotoxines: Détruit des parties de la cellule hôte ou inhibe les fonction s métaboliques. Ex: toxine diphtérique Neurotoxine: perturbent la transmisssion de l’influx nerveux. Ex: toxine tétanique Entérotoxines; attaquent les cellules du tube digestif. Ex: toxine choléra de Comparaison endotoxine et exotoxine  Chapitre 2 : Systématique bactérienne Systématique: science de la classification des êtres vivants. elle étudie leur diversité biologique et les relations qui existent entre eux. elle comprend trois disciplines distinctes: La classification : taxonomie ou taxinomie, du grec taxis : arrangement et nomos : loi). Etablis des groupes taxonomiques qui sont des ensembles d’organismes vivants apparentés sur des critères (selon leur similitude) et distincts des autres groupes. La nomenclature : affecte à chaque groupe (taxon), une dénomination conventionnelle. Les noms scientifiques sont des mots latins. La nomenclature désigne l’espèce par deux noms latins. La première partie du nom est le nom du Genre, la seconde partie (épithète) est celui de l’espèce. L’identification (détermination) : permet d’intégrer des souches bactériennes inconnues à l’un des taxons préalablement définis.  Chapitre 2 : Systématique bactérienne Identification L’identification des bactéries implique l’utilisation d’un protocole méthodologique de plusieurs étapes, afin d’assimiler une souche inconnue à une espèce déjà définie et classée. Pour cela, il sera retenu : des observations microscopiques, avec ou sans colorations spécifiques qui permettent de déterminer des caractères morphologiques ou structuraux (forme cellulaire, type de regroupement, présence ou absence de spores, GRAM, capsule, mobilité…), des tests déterminants (type respiratoires, recherche de la catalase, recherche de l’oxydase…), profils métabolique (mise en évidence des produits ou les métabolites intermédiaires de leur métabolisme par l’utilisation de galeries multi-tests.  Chapitre 2 : Systématique bactérienne Unités de Classification La classification des microorganismes consiste à les placer dans des niveaux taxonomiques hiérarchiques (rangs taxonomiques). Unité du base de la classification = l’espèce Le rang le plus élevé est le domaine, dans chaque domaine, chaque microorganisme est placé dans un phylum, une classe, un ordre, une famille, un genre et une espèce. Certains microorganismes sont aussi attribués à une sous espèce. Les groupes microbiens de chaque niveau ont des noms avec un suffixe spécifique, indicatif du rang ou niveau. Ainsi les noms de famille se terminent par aceae et les noms des ordres par ales. Parfois les ordres sont subdivisés en sous ordres dont les noms se terminent par ineae.  Chapitre 2 : Systématique bactérienne Classification La Taxonomie ou classification des microorganismes repose sur un ensemble de caractères: Génétiques Biochimiques Immunologiques Pathogéniques Enzymatiques Tinctoriaux Morphologiques Ecologiques: La mobilité Capacité à sporuler Capacité à réaliser la fermentation  Chapitre 2 : Systématique bactérienne Importance de la taxonomie Il y a quatre intérêts majeurs pour classer les microorganismes: le classement organise « une banque de données » sur les microorganismes, permet la description de groupes d'organismes distincts et reconnaissables "permet d'identifier les microorganisme pour mieux les utiliser ou les exploiter (ceux qui sont bénéfiques) ou bien pour mieux s'en protéger et de les contrôler (ceux qui sont pathogènes). indispensable pour identifier un nouvel isolement, donne accès à la phylogénie; science de l'évolution génétique dans le temps d'une bactérie parmi toutes les autres. elle permet de regrouper les organismes selon leurs lien de parenté.  Classification phénétiques : taxonomie phénétique = caractères anatomiques et physiologiques mis en évidence par des test simples elle est essentiellement basée sur la morphologie et le métabolisme principal des espèces. les bactéries dans cette classification peuvent être classées selon: la coloration de gram la morphologie, la mobilité la capacité à sporuler la température de croissance les besoins nutritionnels le mode respiratoire, la capacité de photosynthèse, l'utilisation des différentes sources de carbone  Classification phénétiques : taxonomie phénétique limites de la classification phénotypique: la forme peut varier en fonction du milieu de culture et peut être parfois difficile à définir. caractères utilisés peu nombreux (une centaine au maximum) par rapport au nombre de gènes habituellement présents chez les bactéries (5000 environ). elle ne reflète qu'un nombre réduit d'information. les caractères étudiés peuvent être absents notamment chez les bactéries mutantes: ex: existence de souches d'E.coli lactose négatif. Les technique phénotypiques ne sont pas adaptées au diagnostique des bactéries viables main non cultivables. expression différente des carctères phénotypique selon la température, la composition du milieu de culture. Ex: les bactéries Gram positif âgées prennent l'aspect des Gram négatif (bacillus subtilis).  Classification phénétiques : taxonomie phénétique limites de la classification phénotypique: La taxonomie classique basée sur l'étude des caractères morphologiques et structuraux des bactéries ainsi que sur le profil métabolique. Insuffisante car ces caractères phénotypiques ne traduisent qu’une faible portion du génome Technique d'analyse modernes basées sur différent composés moléculaire génomiques (ADN,ARN) ou dérivant du génome (protéine) permettent d'établir des parentés génétiques Chapitre 2 : Systématique bactérienne  Chapitre 2 : Systématique bactérienne 1. Cocci à Gram positif Sous cette nomination sont regroupés des espèces bactériennes constituées par des cellules de forme arrondie (Cocci ou coques) immobiles, à gram positif, aérobies facultative, dont l'importance médicale est très grande. nous distinguons: Staphylocoques appartenant au genre staphylococcus Streptocoques appartenant au genre streptococcus Entérocoques  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus a. Bactériologie Cocci à Gram positif Groupés en amas (grappe de raisin) Aérobie, anaérobies facultatifs Extrêmement répandus dans la nature: eau, sol, air, aliment, surface, objets Résistants à des environnement hostiles: chaleur, sècheresse, acidité, sel…… Résistance très fréquente à la pénicilline (90%) Immobiles, non sporulés, catalase positif Il est habituellement capable de fermenter le mannitol, il est utilisé dans le milieu de CHAPMAN. La fermentation se traduit par le virage au jaune du milieu de culture.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus Test catalase ❖ Principe Cette enzyme est produite en abondance par les bactéries à métabolisme respiratoire (AS et AAF) qui peuvent détruire les peroxydes. La catalase est une enzyme qui catalyse : La plupart des micro-organismes aérobies possèdent une catalase, en particulier les bacilles Gram négatifs aérobies. Son absence est donc un critère d'identification intéressant. Par exemple, parmi les coques Gram positif aérobies, seuls les Streptococcaceae sont catalase négative. Lactobacillus et Erysipelothrix sont les seuls groupes de bacilles Gram positif, aérobies non sporulés dépourvus de catalase.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus Test catalase Technique Sur une lame propre et sèche déposer une goutte eau oxygénée à 10 volumes, à l’aide d’une pipette Pasteur boutonnée, ajouter l’inoculum bactérien Observer immédiatement.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus a. Bactériologie Le genre Staphyloccoccus regroupe 44 espèces et sous espèces: Staphylocoque coagulase positif : = Staphylococcus aureus On distingue 2 grandes espèces: Facilement identifiable par des kits d’agglutination ( Proteine A,..) Virulence Sécrétion d ’enzymes et de Toxines responsable d’infections communautaires ou nosocomiale Staphylocoque coagulase négatif : = nombreuses espèces Beaucoup moins virulent, responsable d’infections nosocomiales. Identification biochimique si rôle possible dans une infection.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus Test coagulase Coagulase protéine extracellulaire, thermostable. elle a la propriété de former un complexe avec la prothrombine entrainant la coagulation du plasma humain. cette coagulase est antigénique. Rôle : elle catalyse la conversion de fibrinogène en fibrine et entrainant l'agglutination des staphylocoques et inhibe la phagocytose.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus Test coagulase Le test mettant en évidence l’aptitude des bactéries à coaguler le plasma est le principal test caractérisant S. aureus. Le test de détection consiste à incuber pendant 4 heures à 37°C un mélange de plasma de lapin et de la souche à tester. L’apparition d’un caillot est observée en inclinant le tube à 90°C. Le test de la coagulase permet l’identification de 99% des souches de S. aureus  A/ Staphylococcus 1. Cocci à Gram positif b. Habitat Réservoir naturel: Bactérie ubiquitaire, il appartient à la flore commensale normale de la peau et des muqueuses. Il peut survivre longtemps dans l’environnement sur les surfaces inertes (poignées de porte, téléphone,…) Portage: 30% des adultes hébergent Staphylococcus aureus de façon permanente, 50% de façon intermittente. Staphylocoques à coagulase positif - Fosses nasales++++ - Zones de la peau humides: aisselles, creux de l’aine, le périnée, les mains……… Staphylocoques à coagulase négative Commensale de la peau – Zones sèches :103 UFC/cm2 – Zones humides : 106 UFC/cm2 Transmission: -Directe : manuportage (Transmission de germes d’un individu à un autre par l’intermédiaire des mains) - Indirecte : matériels hospitaliers; etc. -Alimentaire  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus c. Facteurs de virulence S. aureus : très virulent lourdement armé en enzymes et toxines Facteurs d’adhésion Protéines de surface (adhésines) Capacité a adhérer aux épithéliums et structures inertes (corps étranger, prothèse), et former biofilm sur matériaux. Colonisation et invasion des tissus. Bactérie a des polysaccharides à la surface, et une Protéine A qui est antiphagocytaire et fixe le fragment Fc des IgG. Capsule résistance à la phagocytose Adhérence  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus c. Facteurs de virulence Enzymes Coagulase: rôle dans la formation de thrombus (caillot protégeant ainsi la bactérie de la phagocytose). Lipase et Estérases : métabolisent les graisses cutanées. Staphylokinase (fibrinolysine) exerce un effet inverse à celui de la coagulase, dislocation d'un caillot de et formation de micro emboles suppurés responsables de métastases septiques « emboles septiques ». désoxyribonucléases: hydrolyse l’ADN, intervient dans la formation de lésion tissulaire. Hyaluronidase: hydrolyse l'acide hyaluronique du tissu conjonctif diffusion du germe. Béta lactamases: dénature les béta lactamines. Résistance aux antibiotiques betalactames  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus c. Facteurs de virulence Toxines responsables de syndromes spécifiques: Leucocidine= Toxine de panton et valentine (tue les leucocytes) : pneumonie nécrosantes staphylococciques, suppurations cutanées. TSST-1: choc toxique staphylococcique Exfoliatines: toxines épidermolytiques, décollement intra-épidermique, lésions bulleuses impétigo bulleux, maladie exfoliante généralisée Entérotoxines: (TIAC, Diarrhées) Hémolysines β (Staphylolysines): favorisent la pénétration de la barrière cutanéo-muqueuse.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus c. Facteurs de virulence  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus c. Facteurs de virulence Antibiorésistance S. aureus Communauté - SA sensible à la méticillines (SASM) - Apparition de SA résistant à la méticilline (SARM) et sans aucun lien avec le secteur de soins Hopital: - SA résistant à la méticilline, SARM  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus d. Infection par S. aureus les infections a staphylocoque sont très polymorphes allant de l'infection tégumentaire banale à l'atteinte polyviscérale grave. le staphylococcus aureus est le plus pathogènes, généralement responsable d'infection cutanées banale, mais aussi d'infection plus graves ( pneumonies, endocardites, infections osseuses...). C’est le type de la bactérie pyogène « qui élève la température, donne de la fièvre ». Responsable des infection suppurative, les infections cutanées de S. aureus s'accompagnent donc d'une production abondante et localisée de pus résultant de la destruction des cellules phagocytaires et des cellules environnantes. il est l'un des principaux bactéries responsable d'infection nosocomiales 1. Staphylococcies cutanéo-muqueuse Épidermiques: Bulles en nombre variable groupés en amas à éléments d'âge différents à contenu clair sur une base inflammatoire Le contenu se trouble en quelque heures La bulle se dessèche pour donner une croute jaunâtre Siègent volontiers à la face , mbs  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus d. Infection par S. aureus 1. Staphylococcies cutanéo-muqueuse follicule pilo-sébacé: L'anthrax est une infection staphylococcique de l'appareil glandulaire pilosébacé, caractérisée par l'agglomération de plusieurs furoncles à tendance nécrosante. L'ensemble rouge vif est violacé à son sommet. L'anthrax siège généralement à la nuque.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus d. Infection par S. aureus 1. Staphylococcies cutanéo-muqueuse Sous cutané: Cellulite: inflammation des tissus dermiques et sous cutanée due a l'invasion bactérienne non suppurée. Panaris: infection avec inflammation des parties molles de la main ou des doigts  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus d. Infection par S. aureus 2. Bactériémie à Staphylocoques les bactériémie à staphylocoque sont des états infectieux caractérisés par le passage de staphylocoques dans la circulation générale à partir d'un foyer septique: il sont toujours grave en raison des métastases septique polyviscérales. myosites: elle réalisent des abcès dans les loges musculaires. Arthrite touchent surtout les grosse articulation. la ponction articulaire permet d'en faire le diagnostic et affirmer le caractère suppuré.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus d. Infection par S. aureus 2. Bactériémie à Staphylocoques les ostéomyélites aigues. Pulmonaire: la formation de bulles est caractéristique du poumon staphylococcique. Urogénitales; les pyélonéphrite caractérisé par une nécrose papillaire du rein. Neuro-méningées : elles sont dominées par : les méningites purulentes ‘atteinte à partir d'un foyer septique ), l’abcès du cerveau L'endocardite est une infection de l'endocarde (couche interne du cœur),  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus d. Infection par S. aureus 3. Syndrome toxinique staphylococcique Syndrome d'exfoliation généralisée: Syndrome de Ritter ou de la peau ébouillantée Provoqué par la diffusion d'exfoliatines. érythrodermie douloureuse, rapidement suivie d'un décollement bulleux généralisé.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus d. Infection par S. aureus 3. Syndrome toxinique staphylococcique Choc toxique staphylococcique "toxic shock syndrome": Provoqué par la diffusion dans l'organisme de la toxine TSST-1 ( 2 bact en cause: S. aureus, Streptococcus pyogenes). Complication d'infections postopératoires ou encore chez des femmes en période menstruelle lors de l'utilisation de tampons vaginaux. Début très brutal: Fière, état de choc avec éruption scarlatiniforme généralisée suivie d'une desquamation intense et d'une atteinte multi- viscérale (mortalité 10%).  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus d. Infection par S. aureus 3. Syndrome toxinique staphylococcique Toxi-infection alimentaire staphylococcique: Les intoxication alimentaires à S. aureus représenteraient 15 à 30% des toxiinfections alimentaires. provoquées par l'ingestion d'entérotoxines (toxines thermostables produites par S. aureus contaminant l'aliment). Incubation courte ( ≤3h): crampes abdominales douloureuses, vomissements, diarrhées, déshydratation, absence de fièvre. Evolution bénigne sauf chez le nourrisson et le sujet âgé (déshydratation). A/ Staphylococcus d. Infection par S. aureus  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus e. Infections à Coagulase (SCN) les SCN sont des bactéries opportunistes responsables d'infection nosocomiales. S. epidermidis est l'espèce la plus fréquemment isolée en milieu hospitalier. facteur favorisent: l'immunodépression- présence de cathéter veineux ou de de matériaux prothétique- multirésistance des SCN aux ATB. Infection sur matériel étranger (nosocomiales): Sondes de tous types, cathéter veineux, sonde vasculaire,..... Prothèse vasculaire (valve, pontage endocardite). Prothèse osseuses (hanche, de genou....) S. saprophyticus par ses capacité à adhérer à l’épithélium vésical provoque des cystites chez les jeunes femmes. infection urinaire de la jeune femme  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus f. Le diagnostic biologique Staphylocoques Le diagnostic bactériologique de l'infection staphylococcique est le plus souvent direct (mise en évidence de la bactérie). Le diagnostic repose sur les principales étapes suivantes : Le prélèvement : aseptique (pour être certain que le staphylocoque que l'on va isoler n'est pas un simple commensal de la peau ou des muqueuses) et avant le début du traitement antibiotique.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus f. Le diagnostic biologique Staphylocoques L’Examen macroscopique: Observation de l’échantillon: Aspect: clair, légèrement trouble, trouble, purulent, hématique.... transport: plus rapide possible 30 min pour le LCR, liquide de ponction. Sinon utilisation de milieux de transport. Conservation: Dépend de la nature du prélèvement et la nature du germe suspecté  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus f. Le diagnostic biologique Staphylocoques L'examen microscopique d'orientation à la recherche de Cocci réguliers, à Gram positif, groupés en amas. Etat frais: -Entre lame et lamelle: morphologie et mobilité des germes (En cellule de Malassez: numération des éléments et hématies pour liquides de ponction, et urines. Examen après Coloration: GRAM (Bactéries Gram positif et Gram négatif), MGG (formule leucocytaire), Ziehl-Neelsen (BAAR)....  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus f. Le diagnostic biologique Staphylocoques L'identification de la bactérie repose sur la mise en évidence des principaux caractères bactériologiques: catalase (différence avec le streptocoque), Aéro-anaérobie facultatif, non exigeant fermentation du glucose en anaérobiose (différence avec le microcoque), Coagulase, beta-hymolysine et Dnase (qui signe l'espèce S. aureus). Il est habituellement capable de fermenter le mannitol, il est utilisé dans le milieu de CHAPMAN.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus f. Le diagnostic biologique Staphylocoques ❖ Test DNase la gélose à l'acide désoxyribonucléique (ADN) permet la recherche de la désoxyribonucléase (DNase), une exoenzyme qui décompose l’ADN, des bactéries et particulièrement des Staphylococcus aureus Il est un milieu différentiel qui teste la capacité d'un organisme à fabriquer DNase. Il contient de la nourriture pour les bactéries, de l'ADN et un indicateur appelé vert de méthyle. Le vert de méthyle est un cation qui se colle à l'ADN, qui a une charge négative. Lorsque l'ADN est décomposé, il ne se lie plus au vert de méthyle et un halo clair apparaît autour de l'endroit où l'organisme producteur de DNase s'est développé.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus f. Le diagnostic biologique Staphylocoques Identification biochimique: bien que les tests biochimiques constituent une approche classique pour l’identification des bactéries, il sont particulièrement utiles pour la détermination de certaines espèces et sous espèces de bactéries pathogènes. Grâce à ces tests, il est possible de connaitre certaines caractéristiques du métabolisme des bactéries isolées. les test biochimiques permettent donc de vérifier si la bactéries a un métabolisme oxydatif ou fermentatif, s'il y a formation d'un acide à la suite de l'utilisation d'un hydrate de carbone (ex; glucose, arabinose, sorbitol....), si un composé particulier est utilisé comme seule source de carbone (ex: citrate, malonate...); si un acide aminé peut être transformé (ex: arginine, lysine, tryptophane...., si un enzyme particulier est présent 'ex: oxydase, pectianse...) ou si des molécules complexes sont dégradées (ex: gélatine, amidon...).  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus f. Le diagnostic biologique Staphylocoques Identification biochimique: Système API La galerie Api est une version miniaturisée des tests biochimiques classiques destinés à l'identification des Staphylococcus sp. ce système regroupe 20 tests biochimiques, des substrats déshydratés sont contenus dans des micro tubes. ces substrats sont mis en solution grâce à l'addition d'une suspension de la bactérie à identifiée. a la suite d'une période d'incubation (24h à37%C), permettant à la bactérie de réagir avec les substrats , les diverses réaction sont notées afin de déterminer le code d'identification composé de 7 chiffres.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus f. Le diagnostic biologique Staphylocoques Identification biochimique: Système API  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus f. Le diagnostic biologique Staphylocoques Le diagnostic sera toujours complété par la mesure de la sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme) étant donné la fréquence de la résistance de S. aureus aux bêta-lactamines (ex. : pénicilline, gentamicine…). Tests de sensibilité : Novobiocine sensible S.aureus et S.epidermidis Résistant à la novobiocine S. saprophyticus  ❖ Antibiogramme L'antibiogramme, également appelé test de sensibilité aux antibiotiques, est un test de laboratoire réalisé pour évaluer la réponse des bactéries aux antibiotiques. L’antibiogramme standard est un test in vitro de sensibilité d’un germe à un ou plusieurs antibiotiques par la technique de diffusion sur milieux gélosé. Il est réalisé en exposant le micro-organisme à différents antibiotiques dans un environnement de laboratoire contrôlé pour évaluer leur efficacité à inhiber ou à tuer les bactéries Il a pour but de : Guider le clinicien dans le choix d’un ATB pour traiter une infection bactérienne, Exploiter les données pour la surveillance des résistances bactériennes aux ATBs Une indication supplémentaire pour l’identification du germe par la mise en évidence de résistances naturelles. ❖ Antibiogramme Il est notamment réalisé en cas: D’infections graves, récidivantes D’échec thérapeutique avec un premier antibiotique D’infection chez une personne immunodéprimée ou d’infection nosocomiale dans certains cas d’infections graves où on sait que le taux de résistance aux antibiotiques est élevé  ❖ Antibiogramme Les techniques de standardisation de l’antibiogramme sont préconisées par le CLSI (Clinical Laboratory Standards Institute) recommandées par l’OMS et agrées par de nombreux pays. Le CLSI et l’EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing) sont en concertation pour tenter d’unifier les techniques, les milieux, les charges des disques et les valeurs critiques. But de la standardisation: Dépister rapidement et correctement les souches bactériennes résistantes aux antibiotiques. Surveiller l’évolution de la résistance aux antibiotiques dans un pays. Echanger des données sur la résistance des bactéries aux ATB entre laboratoires d’un même pays, d’un même continent puis avec les autres continents. Orienter la prescription d’antibiotique. Contrôler la qualité de l’antibiogramme pour éviter les erreurs de lecture et d’interprétation.  ❖ Antibiogramme Les disques d'antibiotiques Les disques d'antibiotiques sont fabriqués à partir de papier absorbant de qualité supérieure imprégnés d'agents antimicrobiens à des concentrations précises. Ils sont clairement identifiés par un sigle, comportant 1 à 3 lettres, imprimé de chaque côté du disque. Les cartouches de disques doivent être conservées dans leur container entre +2 et +8°C au sec. Pour toute manipulation les disques doivent être amenés à température ambiante. ❖ Antibiogramme Le milieu de culture Le milieu de culture retenu pour la majorité des espèces bactériennes est celui de Mueller Hinton (plus 5% de sang pour les germes exigeants). Il doit être coulé en boîtes de Petri sur une épaisseur de 4 mm. L'antibiotique contenu dans le disque se solubilise dans l'eau de la gélose. ❖ Antibiogramme Ensemencement de germe et application des disques L'ensemencement doit se faire dans les 15 minutes qui suivent la préparation de l'inoculum. 1. Appliquer des disques sur la surface du milieu gélosé avec un distributeur ou manuellement avec une pince stérile. 2. Appliquer une légère pression avec une pince ou une aiguille stérile pour assurer un contact complet du disque avec la gélose (certains distributeurs le font automatiquement). 3. Déposer les disques d'antibiotique sur la gélose (maximun 6 disques sur boîte de pétri de 9 cm de diamètre) 4. Incubation 16-24 heures à 35±2°C en aérobiose (sauf les germes anaérobies ou micro-aérobiose).  ❖ Antibiogramme Lecture des résultats Après l’incubation, l’éxamination de chaque boite de Petri sera réalisée: -Si la boite a été striée de manière satisfaisante et que la concentration d'inoculum est correcte, les zones d'inhibition ou auréole d'inhibition résultantes seront uniformément circulaires - Si des colonies individuelles sont apparentes, la concentration de l'inoculum était trop légère et le test doit être répété.  ❖ Antibiogramme Lecture des résultats Mesurer les diamètres des zones d'inhibition complète y compris le diamètre du disque. Mesurer les zones au millimètre entier le plus proche, à l'aide d'étriers coulissants ou d'une règle. Comparer le diamètre d'inhibition mesuré (∅ mesuré) et les diamètres critiques d(CCsup) et D(CCinf) selon CLSI "Clinical & Laboratory Standards Institute" ou EUCAST  ❖ Antibiogramme Lecture des résultats  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus f. Le diagnostic biologique Staphylocoques la réalisation d'un antibiogramme exige une standardisation rigoureuse des méthodes pour être reproductible et utilisable (recommandations précises par les organisations normatives type CLSI ou EUCAST) et il est impossible d'utiliser les normes interprétatives d'un organisme normatif comme le CLSI si l'antibiogramme n'est pas réalisée selon les recommandations de cet organisme  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus f. Le diagnostic biologique Staphylocoques Test sérologique: Etude des antigènes de groupe ou de type portés par la bactérie à l'aide de sérums spécifiques connus par des réaction immunologiques d'agglutination ou de précipitation de l'antigène bactérien par l'antisérum spécifique connu. ✓ Recherche de la protéine A; détectable chez plus de 90% des souches de S. aureus. (fixe le fragment FC des Ig de l’homme et du lapin).  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus f. Le diagnostic biologique Staphylocoques ❖ Test d'agglutination au latex Le latex test d'agglutination est une technique de diagnostic qui utilise l'agglutination de particules en présence d'anticorps spécifiques. Il s'agit d'une méthode rapide et fiable couramment utilisée dans les laboratoires cliniques pour détecter une large gamme d'analytes. Il peut être utilisé pour la détection des antigènes et des anticorps. Il est classé comme un test d'agglutination passive, dans lequel l'antigène ou l'anticorps est appliqué sur des particules porteuses artificielles appelées billes de latex.  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus Test sérologique: ❖ Test d'agglutination au latex  1. Cocci à Gram positif A/ Staphylococcus f. Le diagnostic biologique Staphylocoques Diagnostic indirect: Recherche dans le sérum des anticorps antistaphylolysine alpha. L’anti-staphylolysine est un anticorps dirigé contre la staphylolysine, encore appelée α-hémolysine ou α- toxine, élaborée par 80 à 90%des souches de Staphylococcus aureus. L'hémolysine α ou staphylolysine α est synthétisé par les Staphylococcus aureus. Elle est cytotoxique et cytolytique. Elle a un effet nécrotique sur la peau. La staphylolysine α entraîne la production d'anticorps appelés anti-staphylolysines α (ASTA) recherchés dans le sérodiagnostic.