Eukaryotic Cells: Assembling the Cell PDF

# Eukaryotic Cells: Assembling the Cell ## Eukaryotic Cells Select the name of the cell part that matches the definition. **2. Processes and sorts protein products** * Smooth endoplasmic reticulum * Rough endoplasmic reticulum * Cytoplasm ## Eukaryotic Cells: Assembling the Cell By Kristine Sn...

# Eukaryotic Cells: Assembling the Cell ## Eukaryotic Cells Select the name of the cell part that matches the definition. **2. Processes and sorts protein products** * Smooth endoplasmic reticulum * Rough endoplasmic reticulum * Cytoplasm ## Eukaryotic Cells: Assembling the Cell By Kristine Snow In this interactive object, learners read the definitions of the parts of a cell and assemble a basic eukaryotic cell in a drag and drop exercise. A matching quiz involving cell terms and their definitions completes the activity. **Related:** * Questions * Feedback * Phagocyte Chemotaxis * The Regulation of Inducible Operons * The Cell Cycle * The Zyg ## Eukaryotic Cells Select the name of the cell part that matches the definition **2. Processes and sorts protein products** * Smooth endoplasmic reticulum * Rough endoplasmic reticulum * Cytoplasm ## Eukaryotic Cell * Smooth endoplasmic reticulum * Rough endoplasmic reticulum * Cytoplasm * Plasma membrane * Nuclear membrane * Nucleus * Nucleolus * Golgi Complex * Ribosomes ## Hipótesis endosimbiótica **2. El núcleo eucariota contiene genes derivados de bacterias.** A diagram is shown. * In the diagram, an ancestor eucarionte is shown. * In the diagram, an ancestor mitocondrial is shown. * In the diagram, Myxococcal is shown. * In the diagram, a transference of genes is shown. * Genes are shown as a legend. * An Eucarionte is shown. * A nucleus is shown. * A Mitochondria is shown. **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Hipótesis endosimbiótica **2. El núcleo eucariota contiene genes derivados de bacterias.** * In the diagram, an ancestor eucarionte is shown. * In the diagram, an ancestor mitocondrial is shown. * In the diagram, Myxococcal is shown. * In the diagram, a transference of genes is shown. * Genes are shown as a legend. * An Eucarionte is shown. * A nucleus is shown. * A Mitochondria is shown. **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Hipótesis endosimbiótica **1. Las mitocondrias y los cloroplastos contienen DNA.** A diagram is shown. * In the diagram, an ancestor eucarionte is shown. * In the diagram, an ancestor mitocondrial is shown. * In the diagram, Myxococcal is shown. * In the diagram, a transference of genes is shown. * Genes are shown as a legend. * An Eucarionte is shown. * A nucleus is shown. * A Mitochondria is shown. **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Organellar DNA **Figure 17.1** Organellar DNA. Cells of the yeast Saccharomyces cerevisiae have been stained with the fluorescent dye DAPI that binds to DNA. Each mitochondrion has two to four circular chromosomes that stain blue with the dye. * In the diagram, a nucleus is shown. * In the diagram, a Mitochondria is shown. **Fuente: Buckley et al., 2015** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Origen de las células eucarióticas * Las primeras células que aparecieron fueron las procariotas (antes del núcleo). * 1500 a 2000 millones de años. * Transición evolutiva * Complejidad morfológica * Incorporaron genomas * Descubrieron reproducción sexual * Organismos pluricelulares **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Hipótesis endosimbiótica **2. El núcleo eucariota contiene genes derivados de bacterias.** * In the diagram, an ancestor eucarionte is shown. * In the diagram, an ancestor mitocondrial is shown. * In the diagram, Myxococcal is shown. * In the diagram, a transference of genes is shown. * Genes are shown as a legend. * An Eucarionte is shown. * A nucleus is shown. * A Mitochondria is shown. **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Hipótesis endosimbiótica **3. Ribosomas orgánulos y su filogenia.** * In the diagram, ribosome eucariota is shown. * In the diagram, ribosome procariota is shown. * In the diagram, subunidad menor 40s is shown. * In the diagram, subunidad mayor 60s is shown. * In the diagram, subunidad menor 30s is shown. * In the diagram, subunidad mayor 50s is shown. * In the diagram, proteins ~33 and ~49 are shown. * In the diagram, proteins ~21 and ~34 are shown. * In the diagram, ARNr18s and ARNr 28s, 5,8s, 5s are shown. * In the diagram, ARNr 23s and ARNr 16s, 5s are shown. **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Hipótesis endosimbiótica **4. Especificidad antibiótica.** > Nat Commun. 2024 Jun 28:15(1):5481. doi: 10.1038/s41467-024-49797-7. **Structural basis for differential inhibition of eukaryotic ribosomes by tigecycline** Xiang Li 1, Mengjiao Wang * 1, Timo * Denk 2, Robert Buschauer 2, Yi Li 1, Roland * Beckmann 3, Jingdong Cheng 4 * **Affiliations**: + expand * **PMID**: 38942792 * **PMCID**: PMC11213857 * **DOI**: 10.1038/s41467-024-49797-7 **Abstract** Tigecycline is widely used for treating complicated bacterial infections for which there are no effective drugs. It inhibits bacterial protein translation by blocking the ribosomal A-site. However, even though it is also cytotoxic for human cells, the molecular mechanism of its inhibition remains unclear. Here. we present cryo-EM structures of tigecycline-bound human mitochondrial 55S, 39S, cytoplasmic 80S and yeast cytoplasmic 80S ribosomes. We find that at clinically relevant concentrations, tigecycline effectively targets human 55S mitoribosomes, potentially, by hindering A-site tRNA accommodation and by blocking the peptidyl transfer center. In contrast, tigecycline does not bind to human 80S ribosomes under physiological concentrations. However, at high tigecycline concentrations, in **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Hipótesis endosimbiótica **5. Hidrogenosomas.** Análisis filogenéticos también los asocian con procariotas. **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Hipótesis endosimbiótica **Primary Endosymbiosis:** * Cell of Eukarya * Mitochondrion * Nucleus **Secondary Endosymbioses:** * Cell from cyanobacterial lineage of Bacteria * Red Algae * Chloroplast from red algae * Dinoflagellates * Apicomplexans * Stramenopiles * Chloroplast from green algae * Green algae * Euglenida * Chlorarachniophytes **Red and Green Algae diverge as separate lineages.** **Fuente: Buckley et al., 2015** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Eucariogenesis * **Procariota** * **Primer ancestro común eucariótico (FECA)** * **Último ancestro común eucariótico (LECA)** **Fuente: Karp. Janet Iwasa, Wallace Marshall: Biología celular y molecular. Conceptos y experimentos, 8e** **Copyright © McGraw Hill Education. Todos los derechos reservados.** **Citación:** CAPÍTULO 1 Introducción al estudio de la biología celular y molecular, Iwasa J, Marshall W. Biologia celular y molecular. Conceptos y experimentos, 8e: 2020. En: https://accessmedicina.mhmedical.com/content.aspx?bookid=2817&sectionid=239337405 Recuperado: December 23, 2020 **Copyright 2020 McGraw-Hill Education. All rights reserved** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Eucariogenesis * **Origen de los eucariotas** * **Eucariota** * **LECA Last eukaryotic common ancestor** * **Bacteria o Arquea?** * **monofilética** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Eucariogenesis A comparison of 3D and 2D phylogenic trees is shown. * **Bacteria, Archaea, Eucariota** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Brock Biología de los Microorganismos 14 ed. P. 5 Capítulo 1 A phylogenetic tree is shown of Bacteria, Archaea and Eukarya * **Bacteria:** * Green Sulfur bacteria * Green nonsulfur bacteria * Mitochondrion * Gram-positive bacteria * Proteobacteria * Chloroplast * Cyanobacteria * Thermotoga * Thermodesulfobacterium * Aquifex * **Archaea:** * Crenarchaeota * Thermoproteus * Pyrodictium * Thermococcus * Thermoplasma * Nitrosopumilus * Pyrolobus * Methanopyrus * Euryarchaeota * Methanosarcina * Methano-bacterium * Extreme halophiles * Thermoplasma * * **Eukarya:** * Entamoebae * Slime molds * Animals * Fungi * Plants * Ciliates * Flagellates * Trichomonads * Microsporidia * Diplomonads * Macroorganisms **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Protists **Protists** * Cercozoans * Chlorarachniophytes * Foraminiferans * Stramenopiles * Oomycetes * Diatoms * Brown Algae * Golden Algae * Alveolates * Dinoflagellates * Apicomplexans * Parabasalids * Diplomonads * Kinetoplastids * Euglenids * Euglenozoa * Cellular Slime molds * Plasmodial Slime molds * Entamoebas * Gymnamoebas * Amoebozoa * Animals * Fungi * Fungi * Microsporidia * **Chloroplast ancestor (primary endosymbiosis)** * **Mitochondrial ancestor (primary endosymbiosis)** * **Bacteria** _codifican para la proteína tubulina, RNA polimerasa, ATPasa y proteínas de choque térmico_ **Brock Biología de los Microorganismos 14 ed. P. 546 Capítulo 17** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Protistas * Eucariotas microbianos fototróficos y no fototróficos. * Ampliamente distribuidos en la naturaleza * Morfología diversa * Diversidad filogenética **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Diplomónadas y Parabasálidos * Unicelulares * Flagelados * Sin mitocondria, ni cloroplastos * Habitan el intestino de los animales * Simbiontes o parásitos * Obtienen energía por *fermentación* **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Diplomónadas y Parabasálidos **Brock Biología de los Microorganismos 14 ed. P. 547 Capítulo 17** * **(a) Giardia** * **(b) Trichomonas** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Diplomónadas y Parabasálidos * **Diplomonadas** * Dos núcleos del mismo tamaño * Mitosomas * Genoma compacto, pocos intrones * Giardia intestinalis * Enfermedad diarreica transmitida por agua * **Parabasalidos** * Cuerpo parabasal, soporte al *complejo Golgi* * Hidrogenosomas * Tracto gastrointestinal y urogenital * Trichomonas vaginalis. * Móvil por penacho de flagelos * Enfermedad sexual **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Trichomonas A diagram of a Trichomonas cell is shown: * 1 = flagelo anterior * 2 = cinetosomas * 3 = *cuerpo parabasal* * 4 = costa * 5 = fibras *parabasales* * 6 = membrana ondulante * 7 = flagelo posterior * 8 = *hidrogenosomas* * 9 = axostilo * 10 = núcleo * 11 = pelta ## Euglenozoos * Un conjunto diverso de eucariotas flagelados unicelulares. * De vida libre o parásitos. * Cinetoplástidos algunos patógenos, presencia de cinetoplasto (DNA en la única *mitocondria*) * Euglénidos. Son móviles, no patógenos, fotótrofos o quimiótrofos * Compartieron un ancestro común muy reciente antes de divergir en linajes filogenéticos separados. **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Euglenozoos * **(a) Trypanosoma brucei** * **(b) Euglena** **Brock Biología de los Microorganismos 14 ed. P. 548 Capítulo 17** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Euglenozoos * **Cinetoplástidos** * Cinetoplasto * Mitocondria única * Ambientes acuáticos, algunos patógenos * Trypanosoma bucei, T. cruzi, Leishmania * **Euglénidos** * No son patógenos * Quimiótrofos o *fotótrofos* * Ambientes de agua dulce o salada * Pueden alimentarse de bacterias por *fagocitosis* **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Alveolados * Los alveolados como grupo se caracterizan por sus alvéolos, sacos citoplasmáticos ubicados justo debajo de la membrana citoplasmática. * La función del alvéolo es desconocida pero puede ayudar a mantener el balance osmótico. * Ciliados. Paramecium * Dinoflagelados. Fotosíntesis. Algunos tóxicos. Gonyaulax (marea roja) * Apicomplejos. Toxoplasma, Plasmodium y Eimeria **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Alveolados * **Dinoflagelado** **Paramecium** * **Toxoplasma** **Eimeria** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Alveolados | **Ciliados** | **Dinoflagelados** | **Apicomplejos** | |---|---|---| | Algún momento tienen cilios | Fotótroficos de agua dulce | No fotótrofos | | Los usan para moverse y alimentarse | Endosimbiosis secundaria | Parásitos obligados de animales | | Vacuola alimenticia | Flagelos con *movimiento de giro*. Dos flagelos | Producen esporozoitos, transmisores del parásito | | Micronúcleo. Reproducción | Vida libre o simbióticos | Apicomplejos proviene de la presencia de orgánulos localizados en un extremo de *esporozoito* | | Macronúcleo regulan funciones básicas | Los simbióticos se asocian con arrecifes de coral, intercambian hábitat protegido por carbono | Los apicomplejos son cloroplastos degenerados (ácidos grasos, *isoprenoides* y grupo hemo) | | Balantidium coli Paramecium | Gonyaulax *mareas rojas*. Neurotoxina altamente tóxica. Pfiesteria. Tóxica neurotoxina afecta el movimiento y destruyen la piel | Plasmodium Toxoplasma Eimeria (coccidia) | ## Paramecium * **Micronuclei function in genetic recombination.** * **Contractile vacuole** * **Anal pore** * **Pellicle** * **The macronucleus controls the cell's activities.** * **Oral groove** * **Digestive vacuole** * **Trichocyst** * **Fibrils** * **Alveolus** * **Cilium** * **Cilia** * **Alveoli** **FIGURE 20.6: Anatomy of a **Paramecium** A Paramecium, with its many specialized organelles, exemplifies the complex body form of ciliates.** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Alveolados * **Dinoflagelado** **Paramecium** * **Toxoplasma** **Eimeria** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Estramenópilos * Stramen: paja pilus: pelo * Incluye microorganismos quimiorganotróficos y fototróficos y macroorganismos. * Tienen flagelos con muchas extensiones cortas Stamen y Pilos. **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Estramenópilos * **Oomycete Phytophthora** * **Diatomea** * **Crisofitas** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Estramenópilos | **Diatomeas** | **Oomicetos** | **Crisofíceas** | **Algas pardas** | |---|---|---|---| | Fotótrofos unicelulares | Hongos acuáticos. Crecimiento filamentoso y cenocítico | Crisofitas o algas parda doradas. Marinas y de agua dulce | Marinas | | Fitoplancton agua dulce y marina | Pared celular de celulosa | Quimiorganotrofas | Macroscópicas | | Pared celular con sílice, polisacáridos y proteínas | Biflagelado | bifalageladas | | | Resistentes a la descomposición | Fitopatógenos | Unicelulares | Pluricelulares | | Nitzchia. Simetría pinada Thalassiosira y Asterolampra. Simetría radial | Phytophthora y Pythium | Pigmentos fucoxantina, clorofila c, carecen de *ficobilinas* | Marrones o marrón verdosas *carotenoide* *fucoxantina* | | | | Ochromonas. 1 o 2 cloroplastos Dinobryon. Colonial | Macrocystis. Alga gigante 50 m Fucus. 2 metros | **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Estramenópilos | **Diatomeas** | **Oomicetos** | **Crisofíceas** | **Algas pardas** | |---|---|---|---| | Fotótrofos unicelulares | Hongos acuáticos. Crecimiento filamentoso y cenocítico | Crisofitas o algas parda doradas. Marinas y de agua dulce | Marinas | | Fitoplancton agua dulce y marina | Pared celular de celulosa | Quimiorganotrofas | Macroscópicas | | Pared celular con sílice, polisacáridos y proteínas | Biflagelado | bifalageladas | | | Resistentes a la descomposición | Fitopatógenos | Unicelulares | Pluricelulares | | Nitzchia. Simetría pinada Thalassiosira y Asterolampra. Simetría radial | Phytophthora y Pythium | Pigmentos fucoxantina, clorofila c, carecen de *ficobilinas* | Marrones o marrón verdosas *carotenoide* *fucoxantina* | | | | Ochromonas. 1 o 2 cloroplastos Dinobryon. Colonial | Macrocystis. Alga gigante 50 m Fucus. 2 metros | **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Cercozoos y Radiolarios * Los pseudópodos o *extrusiones citoplasmáticas*, les favorecen el movimiento y la alimentación. * Cercozoos: * Cloraracnofitos. F*otótrofos* similares a amebas de ambientes marinos o de agua dulce * Foraminiferos Son exclusivamente marinos y forman testas (concha interna) tienen material orgánico reforzado con carbonato de calcio **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** **Brock Biología de los Microorganismos 14 ed. P. 553 Capítulo 17** ## Cercozoos y Radiolarios * **Fuente: https://colombia.inaturalist.org/taxa/151873-Cercozoa** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Cercozoos y Radiolarios * Radiolarios: en su mayoría eucariotas marinos planctónicos, *heterótrofos*, y residen principalmente en los 100 m superiores aproximadamente de las aguas del océano, donde consumen bacterias y materia orgánica *particulada*. **Zapata y Olivares, 2005** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## AmebozooS * Gimnamebas * Protistas de vida libre * Utilizan seudópodos para desplazarse * Amoeba * Entamebas * Parásitos de vertebrados e invertebrados * Cavidad oral o tracto gastrointestinal * *Entamoeba histolytica* * Hongos mucosos * Cuerpos fructíferos con esporas * Móviles se desplazan sobre superficies sólidas * Plasmodiales * celulares **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## AmebozooS * Gimnamebas * Protistas de vida libre * Utilizan seudópodos para desplazarse * Amoeba * Entamebas * Parásitos de vertebrados e invertebrados * Cavidad oral o tracto gastrointestinal * *Entamoeba histolytica* * Hongos mucosos * Cuerpos fructíferos con esporas * Móviles se desplazan sobre superficies sólidas * Plasmodiales * celulares **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Amoebozoa * **Amoeba** * **Hongos mucosos** * **Entamoeba** **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Algas rojas y verdes | **Algas rojas** | **Algas verdes** | **PROPIEDADES** | **ORGANISMOS** | |---|---|---|---| | Pluricelulares | | Fotótrofas, contienen clorofila a pero no b, contienen *ficobiliproteínas*, el color rojizo depende de *ficoeritrina* (tipo de *ficobiliproteína*). Carecen de flagelos. Se prepara el agar y el sushi | Polysiphonia, Cyanidium y Galdiera | | Unicelulares | | Viven en manantiales termales ácidos | Cyanidium, Cyanidioshyzon and Galdieria | | | | Clorofíceas, tienen cloroplastos con clorofila a y b, les confiere el color verde característico. Están filogenéticamente muy relacionadas con las plantas | Clorofitas (unicelulares): Chlamydomona, Dunaliella, Ostrococcus tauri (12,6 Mbp) Carofitas (macroscópicos): Chara, Volvox (organización colonial flageladas) | **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez** ## Algas rojas y verdes **Fuente:** * https://co.pinterest.com/pin/56506170308516336/ **Profesora Clara Inés Sánchez Suárez**