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Introduction aux microorganism e...

Introduction aux microorganism es Les grands groupes de microorganismes Le concept de microorganisme Microbiote L’organisme humain comme environnement Cette photo par Auteur inconnu est soumise à la licence CC BY-SA Salut ! Moi c’est Jonathan et j’espère que tu vas bien ! Jonathan Pierron M.Sc. Originaire de France Étude de médecine puis reconversion en biologie 7 ans au Québec 3 ans de Baccalauréat en biologie à l’UQAR (rimouski) Ma Travail de recherche sur la diète du goélands bourgmestre en Arctique petite canadien passion Bénévolat à la volière de l’UQAR pour la récolte de données 2 ans de maîtrise : Étude d’alternatives naturelles à l’utilisation d’anticoccidien dans le cas de la coccidiose aviaire. (Maîtrise en microbiologie appliquée à l’université Laval à Québec. Présentation internationale en Colombie et aux USA Présentation nationale à l’université laval. 6 mois de formation en enseignement collégial (à temps pleins en même temps que la maîtrise) 2ème année d’enseignement Plan de cours Environnement d’apprentissage Le cours sera donné en utilisant les ressources de Moodle. Pour rejoindre moodle, il vous suffit de vous connecter sur le site : https://rdl.moodle.decclic.qc.ca/ Utiliser vos identifiants @cegeprdl.ca et mot de passe. Des activités pendant et hors de la classe seront proposées : Quizz, exercices formatifs entre autres. Catégorie : Glossaire collaboratif  Pendant le cours vous verrez dans certaines diapos ceci : il vous sera demander de trouver une définition de certains termes de la diapositive et d’aller les référencer dans le glossaire. Chaque module aura son glossaire et à la fin les 3 glossaires seront utilisables pour créer des mots croisés afin de réviser le cours. Kahoot – Évaluation diagnostique Sortez vos cellulaires ! On vote ! Pause ou pas pause ? Si on prend la pause maintenant, on n'en prend pas après ! Mais au moins on a une chance de finir plus tôt. Introduction Ok, let’s go ! Ça part ! Historique : avant l’émergence de la microbiologie jusqu’à l’époque contemporaine Pandémies historiques ; confrontation entre les microorganismes et la civilisation, qui manque d’outils scientifiques pour les expliquer et les prévenir. Par exemple : Peste Antonine (Empire Romain, ~180) : les soldats attribuent cette grave maladie au pillage d’un temple dans un territoire conquis. (Variole ou rougeole, 2 virus) Épidémies de variole (virus) au Japon (~ 735+) : on explique la transmission de cette maladie par l’action d’un démon, qu’on tente parfois… d’attaquer! Peste noire (Europe, ~1347) : des médecins français blâment la conjonction de 3 planètes en 1345, tandis que d’autres refusent de traiter une maladie qui est clairement un châtiment de Dieu. (Infection à Yersinia pestis, une bactérie mortelle)  La révolution microscopique d’Antoni van Leeuwenhoek Un marchand de tissu hollandais du XVIIe siècle qui a développé un microscope plus puissant pour étudier ses tissus. Réalise des observations révolutionnaires sur du sperme, des fibres musculaires, des capillaires et surtout des bactéries et autres microorganismes. Ne s’est jamais considéré comme un scientifique, mais on le surnomme «le père de la microbiologie». Louis Pasteur avance deux nouvelles sciences : la microbiologie et la biochimie La génération spontanée est une hypothèse empirique datant des philosophes grecs de l’antiquité; On remarque que la vie apparaît «toujours» lorsqu’on laisse des choses entreposées assez longtemps (fruits moisis, mites dans les vêtements, etc.) Pasteur montre que lorsqu’un bouillon nutritif est maintenu stérile, la vie n’apparaît jamais dedans. Il part de cette hypothèse pour démarrer ses recherches sur un sujet très important aux yeux des Français : les altérations du vin! Germes, microbes ou microorganismes ? Traduction libre de la Microbiology society : La microbiologie est la science qui étudie tous les organismes vivants (et partiellement vivants) qui sont trop petits pour être étudiés à l’œil nu. Collectivement, ces organismes portent le nom de microorganismes; Vous avez sans doute déjà entendu parlé de ‘’Microbes’’ mais c’est un terme plutôt has been. Ce groupe inclue, certes, les bactéries et virus, mais également les champignons microscopiques et les moisissures, les archées, les prions, les microalgues et les protozoaires Attends Jonathan… C’est quoi la théorie de la génération spontanée ? https://www.youtube.com/watch?v=BiMuBv453YE Germes, microbes ou microorganismes ? Microorganisme : Organisme microscopique (que l’on ne voit pas à l’œil nu). Ce terme concerne plusieurs espèces différentes. Les microorganismes sont-ils tous pathogènes ? Si pathogène, on aura tendance à l’appeler agent pathogène  Microbiotes Les microorganismes sont présents presque partout ! Par contre leur diversité varie d’un lieu à l’autre, ainsi que leur abondance. Microbiote : L’ensemble des microorganismes qui caractérisent un lieu donné - L’oreille, la peau, l’estomac, le côlon, l’urètre, l’œil, le nez, la bouche et l’œsophage, l’intestin grêle et le vagin. Oreille : Staphylocoques, Corynébactérie, Pseudomonas spp., Candida spp. Intestin grêle : Bacteriodes spp., Clostridium spp., Streptocoques, Entérocoques, Entérobactériacées (E. coli) Microbiote normal et transitoire Microbiote normal : Si les espèces présentent dans le lieu sont les espèces normalement présentes en tout temps alors il s’agit du microbiote normal. Microbiote transitoire : Si les microorganismes présents dans le lieu n’y sont que temporairement. Par exemple : E.coli est normalement retrouvé dans le côlon mais parfois on peut le retrouver dans l’urètre. Invasion des microbiotes par les agents pathogènes Agents pathogènes : Microbiotes normal ou transitoire ? Humain peut devenir un environnement possible pour les microorganismes pathogènes et l’environnement interne favorise la prolifération des microorganismes. En général il s’agit d’un microbiote transitoire mais ce n’est pas impossible que les pathogènes soient du microbiote normal Leur prolifération est tenue en échec par les mécanismes de défenses de l’organisme Les conditions physicochimiques de la région où ils se trouvent sont à peine suffisantes pour assurer leur survie et ne permettent pas leur prolifération Ils sont en compétition avec d’autres microorganismes, non pathogènes, mieux adaptés et plus abondant, c’est l’effet barrière du microbiote. Variation des microbiotes en fonction de l’environnement Microbiote de l’air : Le microbiote de l’air est considéré comme transitoire, les microorganismes du sol et de l’eau y sont transportés. Capacité de déshydratation de l’air et présence d’ultraviolet L’humain est un microbiote également, les animaux et les végétaux aussi. De quoi promouvoir énormément d’hôtes potentiels pour des infections. Anecdote, on considère que seulement 40 à 50% des cellules qu’un corps humain transporte sont d’origine humaine. Les grands groupes de microorganismes – Les branches de la microbiologie Les microorganismes et les maladies Robert Koch (1843-1910) : Médecin allemand en étudiant la tuberculose et son agent Mycobacterium tuberculosis découvre la relation directe entre maladie et bactérie. Il met en évidence plusieurs critères permettant d’affirmer cette causalité : Les Postulats de Koch. Germes, microbes ou microorganismes ? Microorganisme : Organisme microscopique (que l’on ne voit pas à l’œil nu). Ce terme concerne plusieurs espèces différentes. Les microorganismes sont-ils tous pathogènes ? Si pathogène, on aura tendance à l’appeler agent pathogène  Le contrôle médical des microorganismes; une arme secrète des Alliés! Le premier antibiotique (molécule antibactérienne) connu a été isolé en 1928 par Alexander Fleming, un microbiologiste écossais La substance est découverte à la suite d’une contamination accidentelle d’une culture bactérienne par un champignon microscopique, une sorte de Penicillium. C’est la première fois qu’une substance isolable (et reproductible) permet constamment de guérir plusieurs infections. Malgré des succès exploratoires notables, ce sont des scientifiques américains qui réussissent enfin la production de masse de l’antibiotique (par fermentation dans une liqueur d’extrait de maïs)… juste à temps pour le débarquement de Normandie, en 1944! Il est estimé que l’antibiotique aurait permis de réduire de 12 à 15% la mortalité des soldats alliés blessés au combat… et de traiter leurs ITSS!  Un « vieil » enjeu moderne : la résistance aux antimicrobiens Fleming publiait en 1945 sa crainte de voir apparaître des résistances à la pénicilline si on surutilisait celle-ci (moins d’un an après sa commercialisation!) Malgré cela, et surtout après le succès retentissant des antibiotiques dans la 2 e guerre mondiale, se déclare «l’âge d’or de l’antibiotique» et on investit massivement pour la découverte de nouveaux antibiotiques, qu’on surutilise également pour rentabiliser le processus le plus possible. D’autres facteurs, que nous verrons dans ce cours, vont faire en sorte que les microorganismes deviendront (et deviennent toujours) de plus en plus résistants aux antimicrobiens. Il y a donc de plus en plus d’efforts pour développer la recherche de nouveaux antimicrobiens et, surtout, de nouvelles classes de molécules antimicrobiennes.  La microbiologie à l’ère moderne Les technologies actuelles ont permis de grandes enjambées dans l’avancement de la microbiologie et de la biochimie. Des mesures de protection avancées sont disponible pour étudier des pathogènes graves. La génomique a émergé comme une grande alliée de la santé. Nous avons désormais tous les outils pour faire face aux pandémies.