Conferencia PDF: Regulación de la expresión genética

Capítulo 3 Factores de Transcripción  Proteínas que regulan la transcripción  Reconocen secuencias promotoras  Tienen dominios con funciones específicas:  DBD: DNA Binding Domain  AD: Trans-Activation Domain  LBD: Ligand Binding Domain  DD: Dimerization Domain  DNA Bin...

Capítulo 3 Factores de Transcripción  Proteínas que regulan la transcripción  Reconocen secuencias promotoras  Tienen dominios con funciones específicas:  DBD: DNA Binding Domain  AD: Trans-Activation Domain  LBD: Ligand Binding Domain  DD: Dimerization Domain  DNA Binding Domains  Helix-turn-helix  Leucine zipper  Helix-loop-helix  Zinc finger Footprinting EMSA- Electrophoretic mobility shift assay Transactivation Domain  Se unen a otros componentes de la maquinaria de transcripción  RNA Pol II  Co-activadores  Estimulan la activación de la transcripción Ligand Binding Domains  Presentes en factores de transcripción que son controlados por un ‘ligando’  molécula que se une al factor:  Ej: estrógeno, vitamina D, ácido retinoico Dimerization Domain  Presentes en factores de transcripción que funcionan como dímeros  2 proteínas unidas  Homodímeros  Heterodímeros Regulación de FT  Síntesis solo en ciertos tipos de células: ‘differential gene expression”  Modificaciones covalentes: fosforilación, acetilación, metilación, otros  Enlace con el ligando  Localización celular  Intercambio de ‘protein partners’ si son diméricos PTM ERα PTM p53 Dos Ejemplos  AP1  Crecimiento  Diferenciación  Muerte  Receptores Nucleares  Superfamilia  Variedad de funciones AP-1 c-fos y c-jun = oncogénicos  Dímero de familia de proteínas  Jun  Fos 18 posibles combinaciones Nature Reviews Cancer 3, 859-868 Regulación  Factores de crecimiento  ROS  Radiación  La combinación de dímeros determina la respuesta Activado por TPA (12-O-tetradecanoylphorbol-13-acetate) Reconoce: cAMP Response Elementes (CRE) TPA Response Elements (TRE) Receptores Nucleares  Factores de transcripción dependientes de ligando Quimeras Demuestran la independencia de los dominios Drogas dirigidas a factores de transcripción  Estrategias  Inhibición de la expresión  Estimular su degradación  Estimular o evitar interacciones proteína-proteína  Evitar interacción con DNA  Activar o inhibir usando ligand binding pocket Receptor de estrógeno Drogas contra ER Cromatina Regulación Epigenética  Epigenética: información hereditaria codificada por modificacione sen el genoma y los componentes de la cromatina:  Modificación de histonas  Metilación del DNA Modificación de histonas Metilación del DNA Metilación del DNA CpG: Citosinas 5’ a una Guanina ‘CG under represented’ – Islas CpG: en promotores humanos (50%) – no metiladas CpGmet – en cromosomas/genes inactivos (X) DNA Methyl Transferases (DNMT) DNA Methyl Transferases (DNMT) Epigenética y carcinogénesis  Modificaciones a las histonas:  EP300 como supresor de tumores  Proteínas de fusión: PML-RAR  Reclutan HDACs, apagan promotores RAR  Metilación del DNA  Promotores de genes supresores de tumores apagados en células cancerosas  ER en cáncer uterino, BRCA-1 en cáncer mama  Carcinógenos no genotóxicos - epigenéticos  Nutrición – niveles de SAM en la célula  PML-RARα y la APL June 2, 2011; Blood: 117 (22)  lncRNA  Long non coding RNA (200nt +)  Se transcriben a partir de enhancers  No tienen ORF y son polyA  Controlan expresión de genes Cancer Cell. 2016 Apr 11; 29(4): 452–463. Cancer Cell. 2016 Apr 11; 29(4): 452–463. Micro RNAs (miRNA)  RNA cortos (18-25nt) no codificantes  Regulan procesos celulares de crecimiento, diferenciación y apoptosis. Algunos pueden ser oncomirs o supresores de tumores  Regulan expresión genética post transcripción  Complementarios al 3’UTR miRNA Oncomirs Volume 20, Issue 8, p460–469, August 2014 Trends in molecular medicine  Telómeros 90% tumores upregulated telomerase Expresión de telomerasa controlada por varios oncogenes, ej. c-myc DNA telomérico puede estar funcionando como sensor de daño al DNA – mecanismo de supresión de tumores (telómeros cortos = senescencia) Telomerasa hTERT hTR Drogas epigenómicas e histonómicas Inhibidores de metilación de DNA Inhibidores de HDACs Inhibidores de Telomerasa http://www.vidaza.com/patient/default.aspx Suberoylanilide Hydroxamic Acid (SAHA) lncRNA para diagnóstico