Chapitre 2 : Les Genres Streptococcus & Enterococcus PDF

Camille MOUCHART 2024 CHAPITRE 2: LES GENRES STREPTOCOCCUS & ENTEROCOCCUS Les Streptococcus et Enterococcus sont des genres de bactéries Gram + et donc mauve lors de la coloration de Gram. Ils ont des morphol...

Camille MOUCHART 2024 CHAPITRE 2: LES GENRES STREPTOCOCCUS & ENTEROCOCCUS Les Streptococcus et Enterococcus sont des genres de bactéries Gram + et donc mauve lors de la coloration de Gram. Ils ont des morphologies (coques) et d’association plus différentes que les Staphylococcus. Leurs culture sur gélose au sang ne fait pas de colonie bien évidente en blanc mais des colonies plus petites et grisâtre. Les Streptococcus et Enterococcus on de la catalase. 1. ESPÈCES ET PATHOLOGIES STREPTOCOCCUS - Les Streptococcus agalactiae, Streptococcus dysgalactiae et Streptococcus uberis donnant lieu à des mammites. - Les Streptococcus bovis peut provoquer des septicémie généralement chez les bovins mais peut aussi être observer chez d’autres espèces. Il est plus virulent que les autres. - Les Streptococcus canis peut provoquer des dermatite principalement chez le chat et aussi des VRH 1 généralement chez les canidés mais peut aussi être observer chez d’autres espèces. - Les Streptococcus equi peut provoquer des gourme2 principalement chez le cheval mais aussi d’autres infection respiratoires. On l’observe généralement chez les équidés mais peut aussi être observer chez d’autres espèces. - Les Streptococcus pneumoniae peut provoquer des infections VRB 3qui peut basculer en septicémies. Ils sont naturellement présentes dans la bouches. - Les Streptococcus Viridans4 peut provoquer des plaque dentaire et des endocardite (cœur). ENTEROCOCCUS - Enterococcus cecorum est responsable d’ostéomyélite principalement chez le poulet. - Enterococcus faecalis est responsable de mammites et d’infections urinaires. 1 Voie respiratoire haute 2 Infection des voies respiratoires et peut former des abcès 3 Voie respiratoire basse 4 Viridans a une majuscules car il désigne un groupe de bactéries qui ce ressembles dont la bactéries Streptococcus viridans. 1 Camille MOUCHART 2024 2. RÉSERVOIRS ET TRANSMISSION - Les Streptococcus agalactiae, Streptococcus dysgalactiae et Streptococcus uberis mais aussi le Streptococcus bovis, l’Enterococcus cecorum et l’Enterococcus faecalis ce trouvent dans le tractus intestinal. Mais attention que la transmission des Streptococcus agalactiae, Streptococcus dysgalactiae, Streptococcus uberis et l’Enterococcus faecali se font à proximité du tractus tandis que les Streptococcus bovis et l’Enterococcus cecorum sont transmis par les voies sanguin. Ce qui est logique car l’Enterococcus cecorum dois arriver au os pour afin de pouvoir y faire une infection. - Les Streptococcus canis se trouvant sur la peau et les muqueuses. A nouveau c’est logique vue qu’il sont responsable de dermatite. Comme les Staphylococcus, ils ont besoins d’une lésions pour s’insérer et infecter. - Les Streptococcus equi, Streptococcus pneumoniae et Streptococcus Viridans sont à proximité des VRB puis rentrant dans le système sanguin. Rappelons-nous que les Streptococcus pneumoniae sont naturellement présente dans la bouche donc n’y sont pas infectieux. Ils deviennent infectieux lorsqu’il montent ou descendant les voies. Il y auras dès lors des risque de pneumonie ou otite, méningite ou septicémie dépendant de l’endroit où la bactéries est. En résumer : Tractus intestinal Peau et musueuses VRB Streptococcus agalactiae, Streptococcus canis Streptococcus equi, Streptococcus dysgalactiae Streptococcus pneumonie et Streptococcus uberis, Streptococcus Viridans. l’Enterococcus faecalis, => proximité du tractus Streptococcus bovis et Enterococcus cecorum => voies sanguins 3. DÉFINITION ET CLASSIFICATION STREPTOCOCCUS Famille : Streptococcaceae Genre : Streptococcus ENTEROCOCCUS Famille : Enterococcaceae Genre : Enterococcus CARACTÈRES MORPHOLOGIQUES ET BIOCHIMIQUES COMMUNS - Coques (ovoïde) Gram+, en chaîne voire diplocoque ou amas au sein de la même espèce - Petite colonies grises/incolore, rondes - Aéro-anaérobies (ils poussant sans oxygène mais ce sentent mieux avec) - Catalase – Le Streptococcus pneumonie à une association en diplocoque mais ils ont une face plus aplatie quand les cellules et une face plus fusel de l’autre côté. On parle de flamme de bougie. 2 Camille MOUCHART 2024 Caractères morphologiques et biochimiques : Hémolyses, R/S optochine, esculine, PYRR et groupes. CARACTÉRISTIQUES α-hémolytiques Streptococcus pneumonie Sensible à l’optochine Streptococcus Viridans Resistant à l’optochine Streptococcus uberis Esculine + PYRR - Enterococcus cecorum Esculine + PYRR + b-hémolytiques Streptococcus agalactiae Groupe B Streptococcus canis Groupe G Streptococcus dysgalactiae Groupe C/G Enterococcus equi Groupe C g-hémolytiques Streptococcus bovis Esculine + PYRR - Enterococcus féacalis Esculine + PYRR + HÉMOLYSE L’hémolyse est la dégradation des globules rouges par hémolysine(s). En fiassent pousser des bactéries dans un milieu de gélose au sang on peut déterminer si la bactéries est β-hémolytique ou g-hémolytique ou α-hémolytiques. Composition de la gélose au sang : Hydrolysat de caséine Peptone de soja NaCl Agar 5% de sang à dégradation des GR Une fois l’isolement du prélèvement, il y à incubation (24h/37°C/aéro.). Lecture : Hémolyse a : hémolyse partielle (dégradation de globule rouge mais jusqu'au stade biliverdine). à couleur verdâtre autours des colonies blanches Hémolyse β: hémolyse complète (dégradation complète de globule rouge) à couleur jaunâtre/blanche autours des colonies blanches Hémolyse g: pas d’hémolyse à couleur rouge du milieu mais colonies blanches 3 Camille MOUCHART 2024 RÉSISTANCE/SENSIBILITÉ À L’OPTOCHINE On regarde la résistance/sensibilité à l’optochine sur les α-hémolytiques et selon l’origine de prélévement. Dans ce cas si, ce seras lorsque l’on a une prise de sang. Comment ? : Sur gélose au sang 1. Ensemencement massif (on mets beaucoup de bactéries) 2. Dépôt du comprimé 3. 24h/37°C/aérobiose 4. Lecture : Si diamètre de la D5 ≥ 14mm à S (sensible) à Streptococcus pneumonie Si diamètre de la D < 14mm à R (résistant) à Streptococcus Viridans ESCULINE On regarde la présence d’esculine sur les α-hémolytiques et g-hémolytique et selon l’origine de prélévement. Dans ce cas si ce seras principalement urinaire ou intestinal. L’esculine est un sucre complexe ou tout le monde n’est pas capable de la dégrader. C’est une bonne source d’énergie vue que c’est un sucre si et seulement si on est capable de la dégrader. La bactérie dois donc posséder l’enzyme elsulinase pour transformer l’esculine en glucose et esculetine. Ils ne font rien de l’esculetine mais c’est ce qu’on va observer dans le milieu. L’esculetine est donc encore toujours dans le milieu et devient brun/noire grâce au cictrate de fer. Les colonies restent grisâtre. Les selle biliaire sont synthétiser dans le foie et stocker dans la vésicule biliaire et sont relâcher lors de la digestion. La bile inhiber tous ce qui ne lui résiste pas / tous ce qui n’’est pas censé être dans l’intestin. « La bile inhibe tout ce qui n’est pas intestinale ». Les bactéries poussant sur la bile esculine sont les bactéries résistant a cette bile et donc en font partie, les bactérie intestinale. Les bactéries poussant sur la bile sont les bactéries résistant a cette bile et donc en font partie les bactérie intestinale. Composition de la bile esculine : Éléments du milieu Fonction Tryptone Nutritif Extrait de levure Nutritif Chlorure de sodium Élément osmotique Esculine Nutritif (sucre) Citrate de fer Indicateur Bile Inhibiteur Agar Gélifiant Procéder : 1. Isolement d’une colonie typique 2. 24h/37°C/aérobiose 3. Lecture - Si croissance à Résistant au sels biliaires - Si dégradation de l’esculine (esculinase) à esculétine à esculétine + citrate de Fe à précipité marron à noir à Streptococcus bovis, Streptococcus uberis, Enterococcus féacalis ou Enterococcus cecorum. 5 diametre 4 Camille MOUCHART 2024 PYRR = PYRROLIDONYL ARYLAMIDASE Le PYRR (pyrrolidonyl arylamidase) est une peptidase. Cà.d. une enzyme qui s’attaque un peptide spécifique (substrat spécifique) qui donnera un produis spécifique (acides aminées) intéressant pour le métabolisme des bactéries. On observe le PYRR sur les les α-hémolytiques et g-hémolytique qui sont esculine+. Procéder : En tube de 0,25 ml de sérum physiologique 1. Ensemencement « milky » 2. Dépôt du comprimé 3. 4h/37°C/aérobiose 4. Ajout du réactif - Si rose à PYRR + à Enterococcus féacalis ou Enterococcus cecorum GROUPE à TYPAGE Le typage ce fait sur β-hémolytique et ce classifie en groupe par la classification de Lancefield basée sur les polysaccharide C dans la paroi des bactéries. La polysaccharide C est propre à chaque groupes et est donc différent chimiquement selon les groupes. Une espèce peut avoir plusieurs groupes et au seins d’un groupe il peuvent y avoir plusieurs espèces. Procédés : 1. Suspension dans 300 μl enzyme de Maxted à 37°C/15’ à Aglutination décelables Attention que comme les polysaccharide C sont a l’interieur de la paroi de la bactéries il ne sont pas à disposition des billes de latex. Il fait donc grignoter l’exterieur/la paroi afin de mettre les polysaccharide a nue. 2. Suspension de billes de latex avec anticorps (Ac) spécifiques du groupe suspecté / carton ad hoc 3. Ajout suspension de Maxted 4. Mélanger 1 min à agglutination si correspondance Ac/Ag 5 Camille MOUCHART 2024 6 Camille MOUCHART 2024 4. IDENTIFICATION PRÉLÈVEMENT POLYMICROBIEN 1. Isolement du prélèvement / gélose au sang (+ANC) + incubation 2. Hémolyse sur gélose au sang (+ANC) à α, β ou Υ 3. Coloration de Gram à CG+ en chaîne,... 4. Catalase à - 5. A. Typage si β-hémolytique B. Origine de prélèvement sanguin : BEA si α- ou Υ-hémolytique Origine de prélèvement urinaire : R/S optochine si α - hémolytique C. PYRR si esculine + ou MALDI-TOF après 2 MALDI-TOF : Le MALDI-TOF ou Matrix Assisted Laser Desorption Ionization - Time of Flight, est une technique rapide d’identification. Elle ce fait a partir d’une colonie isolée et fraîche ! 1. Analyte (colonie) associé à une matrice protectrice 2. Ionisation des protéines bactériennes par rayon laser à émissions d'ions +/- lourds 3. Ions accélérés dans un champ électrique à migration La vitesse de migration est en fonction de m/z (m = masse ; z = charge) à Temps de vol propre à chacun 4. Détection du passage des ions en fin de parcours par un spectromètre de masse à mesure du temps de vol à spectre spécifique INFECTIONS CUTANÉES, URINAIRES, VRB,... 1. Isolement sur gélose au sang (+ANC) + incubation (24h/37°C/aéro) à obtention de petites colonies grisses 2. Hémolyse sur gélose au sang (+ANC) à α, β ou Υ 3. Coloration de Gram à CG+ en chaîne,... 4. Catalase à - 5. A. Typage si β-hémolytique B. Origine de prélèvement sanguin : BEA si α- ou Υ-hémolytique Origine de prélèvement urinaire : R/S optochine si α - hémolytique 6. PYRR si esculine + ou MALDI-TOF après 2 PRÉLÈVEMENT MONOMICROBIEN SEPTICÉMIE (HÉMOCULTURE, LCR) 1. Isolement sur gélose au sang (+ANC) + incubation (24h/37°C/aéro) à obtention de petites colonies grisses 2. Hémolyse sur gélose au sang (+ANC) à α, β ou Υ 3. Coloration de Gram à CG+ en chaîne,... 4. Catalase à - 5. A. Typage si β-hémolytique B. Origine de prélèvement sanguin : BEA si α- ou Υ-hémolytique Origine de prélèvement urinaire : R/S optochine si α - hémolytique 6. PYRR si esculine + ou MALDI-TOF après 2 7 Camille MOUCHART 2024 5. DANS LE DOMAINE AGROALIMENTAIRE ENTEROCOCCUS SP. L’Enterococcus sp. sont des indicateur de contamination fécale dans l’eau. Ils ne sont pas pathogène par ingestion mais attention que dans excréments il y a toutes sorte de bactérie pathogènes associé au monde intestinale (ex: salmonella,..). C’est un critère microbiologique/ eaux de distribution à absence / 100 ml. Ca veut dire qu’il en faut zéro et donc ne pas avoir de matières fécales dans 100 mL d'eau. L’analyse d'eau ce fait par filtration. On fait passer 100mL d'eau dans lequel on va retrouver/repéré les bactéries. En d’autre mots, on stop les bactéries par le filtre que l'on va récupérer pour l'analyser. Ils seront mis sur un milieu de culture pour voir si ils y a des entérocoques. EXEMPLE Recherche des bactéries par microfiltration 8