Chapitre 1: Le Genre Staphylococcus PDF

Camille MOUCHART 2024 CHAPITRE 1: LE GENRE STAPHYLOCOCCUS Un Staphylococcus un genre de bactéries coques en amas à Gram positif. LNR : laboratoire national de référence. SCP : Staphylocoque coagulase positi...

Camille MOUCHART 2024 CHAPITRE 1: LE GENRE STAPHYLOCOCCUS Un Staphylococcus un genre de bactéries coques en amas à Gram positif. LNR : laboratoire national de référence. SCP : Staphylocoque coagulase positive. SARM ou MRSA : Staphylococcus aureus multirésistant. 1. ESPÈCES ET PATHOGÉNICITÉ STAPHYLOCOCCUS AUREUS ET STAPHYLOCOCCUS INTERMEDIUS Le Staphylococcus aureus et le Staphylococcus intermedius survienne lors d’une rupture de la barrière cutanée (blessure, KT, chirurgie). Elles ne sont donc pas pathologique sur une peau intactes. En d’autres mots, il leurs faut une rupture de la barrière cutanée pour s'installer et se multiplier et enfin provoque une infection. Elles peuvent provoquer des infections 1diverses chez tous les animaux (dont l’Homme) : - Peau (folliculite, impetigo, abcès, cellulite) : Une folliculite = infection au niveau du follicule pileux. Un abcès = infection encore plus profonde que le follicule. - Système génital - Système urinaire (ex. sonde = acte iatrogène = intrusion médicale dans les voie urinaires) - Système respiratoire (VRB) : passe dans le sang, pneumonie - Bactériémie (infection passagère)/ septicémie (complication d’une infection) - Greffes et prothèses - TSS (exotoxine) : syndrome du choc toxique (positionnement au niveau vaginal de quelque chose par exemple un tampon). Le Staphylococcus aureus est souvent vue chez l’humain tandis que le Staphylococcus intermedius chez le chien. Elles possèdent comme caractéristiques : 1 Infection = prolifération de microorganisme qui non rien à faire là et déclenchent une réponse du système immunitaire (donc production de globule blanc) et d'autres symptômes négatif. 1 Camille MOUCHART 2024 - Adhésine (dont la protéine A) : une molécules qui intervient dans fixation de la bactérie a d’autre cellules. - Toxines et enzymes délétères - Capsule - Coagulase La protéine A à un rôle de virulence. Il permet à la bactérie de se multiplier et d'adhérer aux cellules qu'elles attaques. Les deux dernier ont pour fonction la protection du pathogène. La capsule et la coagulas permettent donc a la bactéries de résister à la défense immunitaire 2et aux antibiotiques. La coagulase est une enzyme entraînant la transformation du fibrinogène en fibrine. Cela permet la protection contre les neutrophiles, la propagation dans le flux sanguin sous forme de micro- thrombi et la capacité d’adhésion plus fort aux corps étrangers intravasculaires, autrement dis , le biofilms. Le micro-thrombi est la quantité de fibrine qui apairait. La coagulase va donner une couche de fibrine qui entoure le Staph pour se cacher au même titre que la capsule STAPHYLOCOCCUS EPIDERMIDIS Le Staphylococcus epidermidis sont peu virulant sauf au niveau d'un cathéter peu ou non désinfectée, mais il n'ira pas loin. C’est une bactérie qui reste sur la surface de la peau. STAPHYLOCOCCUS SAPROPHYTICUS Le Staphylococcus saprophyticus est peu virulent à part lors d’une infection urinaire mais, lui aussi, n'ira pas très loin. 2. RÉSERVOIRS ET TRANSMISSION RÉSERVOIRS Le réservoir des Staphylococcus aureus et le Staphylococcus intermedius on comme réservoir le rhino-pharynxe (entre la bouche et le nez) et la peau : Staphylococcus aureus : Homme - 30% en transitoire, porc,... Staphylococcus hyicus : porcs, bovins, chevaux,... Staphylococcus intermedius: chiens,... dont Staphylococcus pseudintermedius : chiens, chats,... Et pour le Staphylococcus epidermidis et le Staphylococcus saprophyticus le réservoir c’est surtout le peau. On les retrouve sur toutes animaux confondue. TRANSMISSION La transmission ce passe par contact direct animal/animal, un objets contaminés ou des gouttelettes de Flügge (goutellete dans l'environnement). 2 Phagocytose = certaines cellules du système immunitaire ont pour rôle de venir absorber/phagocyter les pathogène. 2 Camille MOUCHART 2024 3. DÉFINITION-CLASSIFICATION Famille : Staphylococcaceae Genre : Staphylococcus Espèces fréquentes : - Staphylococcus aureus - Staphylococcus hyicus - Groupe des Staphylococcus intermedius - Staphylococcus epidermidis - Staphylococcus saprophyticus Caractères morphologiques et biochimiques communs - Coques Gram+, en amas - Colonies blanches (voire jaunâtres), rondes, bombées - Aéro-anaérobies - Catalase + Caractères culturaux et biochimiques : Staphylococcus Staphylococcus Staphylococcus Staphylococcus aureus intermedius epidermidis saprophyticus Pigementation Jaunâtre - (blanche) - - Hémolyse β β g g Coagulase libre + + - - Coagulase liée + (masquée) + - - Protéine A + - - - Capsule v - - - R/S novobiocine 5μg S S S R 3 Camille MOUCHART 2024 CATALASE La catalase est une enzyme liée au métabolisme respiratoire aérobie. Attention, les bactéries n’ont pas de mitochondries. Ils respirent au niveau de leur membrane plasmique qui a un récepteur d'électron. H2O2 → H2O + 𝟏$𝟐 O2 Afin de savoir si la bactéries possède de la catalase on pose une colonies de bactéries, puis : 1. 1 goutte d’eau oxygénée 2. Emulsionner 1 colonie à Bulles d’ O2 si catalase HÉMOLYSE L’hémolyse est la dégradation des globules rouges par hémolysine(s). En fiassent pousser des bactéries dans un milieu de gélose au sang on peut déterminer si la bactéries est β- hémolytique ou g-hémolytique. Composition de la gélose au sang : Hydrolysat de caséine Peptone de soja NaCl Agar 5% de sang à dégradation des GR Une fois l’isolement du prélèvement, il y à incubation (24h/37°C/aéro.). Lecture : Hémolyse a : hémolyse partielle (dégradation de globule rouge mais jusqu'au stade biliverdine). à couleur verdâtre autours des colonies blanches Hémolyse β: hémolyse complète (dégradation complète de globule rouge) à couleur jaunâtre/blanche autours des colonies blanches Hémolyse g: pas d’hémolyse à couleur rouge du milieu mais colonies blanches 4 Camille MOUCHART 2024 COAGULASE LIBRE = STAPHYLOCOAGULASE La coagulase libre ou la staphylocoagulase est une enzyme entraînant la transformation du fibrinogène en fibrine. Ceci permet : - La protection contre les neutrophiles - La propagation dans le flux sanguin sous forme de micro-thrombi - Et la capacité d’adhésion plus forte aux corps étrangers intravasculaires. On parle de biofilms. Pour savoir si la bactéries a de la coagulase libres on mets les bactéries en tube de 0,5 ml de plasma de lapin : 1. Emulsionner 1 colonie 2. Incuber 2-4h à 37°C à si prise en masse ; coagulase + COAGULASE LIÉE = CLUMPING FACTOR La coagulase lié ou le clumping factor est un antigène d’affinité pour le fibrinogène, présent dans la paroi. Ce n’est pas une enzyme donc il n’y pas lieu de réaction biochimique. On l’observe grâce au triple test (voir plus loin). PROTÉINE A La protéine A est une protéine présente dans la paroi. C’est un facteur de virulence qui empêche la phagocytose. (Présente chez les Staphylococcus aureus). On l’observe grâce au triple test (voir plus loin). CAPSULE La capsule est une couche polysaccharidique extérieure à la paroi. C’est un facteur de virulence qui protège la bactéries du système immunitaire. (Présente chez certain Staphylococcus aureus). On l’observe grâce au triple test (voir plus loin). Corps de la bactéries Coagulase liée Protéine A Capsule 5 Camille MOUCHART 2024 LE TRIPLE TEST « STAPH – LATEX » : - Coagulase liée à fibrinogène sur des billes de latex - Protéine A à IgG sur les billes - Capsule à anticorps3 anti polysaccharides capsulaires sur les billes Billes de latex (micro) : Anticorps anti coagulase liée constituer de fibrinogène (affinité) Anticorps anti protéine A (agglutination quasi instantané des staph.) Anticorps anti capsule Procéder : 1. Vérifier l’absence d’autoagglutination. Pour cela on déposer une goutte de billes sans repère (contrôle négatif-CN) et emulsionner une colonie à identifier. 2. Si pas d’agglutination alors il faut déposer une goutte de billes avec repères (test) à Staphylococcus aureus ou Staphylococcus intermedius Dans un cercle, on met une colonie isolé de Staphylococcus avec une goutte de substance avec le capuchon rouge. Celui si contiens des micro billes qui possèdes des anticorps. On observera une agglutination si et seulement si la bactéries on une des trois caractéristique (capsule, prot A et/ou clumping factor). On ne sait donc pas distinguer quelles caractéristiques. On distingue les bactéries capable de s’autoagglutiner des Staphylococcus β-hémolytique en l’associant avec une gouttes du tube avec le capuchon blanc. Ce dernier contient des billes sans aucun repères afin de verifier si il y a une agglutination et que le test est éligible. Donc si et seulement si ça ne bouge pas avec la substance capuchon blanc, alors on peut interpréter le résultat du capuchon rouge. On touille la colonie et la gouttes ensemble puis on attend 30 sec. Donc le test ne prend qu’une min (avantage). 3 Anticorps : molécule produite par le patient quand une pathologie vient s’installer. Il est hautement spécifique au pathogène présent. On le retrouve dans le sang. Antigène : substance produite par le pathogène, il ne fait pas partie de soi (du patient). Il n’a rien a faire dans le corps ce qui engendre la production d’anticorps. 6 Camille MOUCHART 2024 RÉSISTANCE/SENSIBILITÉ À LA NOVOBIOCINE 5 MICROGRAMME On observe la R/S novobiocine 5μg pour différencier les Staphylococcus g-hémolytique. Comment ? : Sur gélose au sang 1. Ensemencement massif (on mets beaucoup de bactéries) 2. Dépôt du comprimé 3. 24h/37°C/aérobiose 4. Lecture : Si diamètre de la ZI4 ≥ 12mm à S (sensible) à Staphylococcus epidermidis Si diamètre de la ZI < 12mm à R (résistant) à Staphylococcus saprophyticus ENSEMENCEMENT MASSIF Comment ? : 2 étapes 1. Suspension standardisée - Souche pure/fraîche - Sérum physiologique - 1,5 * 10^8 UFC/ml (0,5 Mac Farland) Préparer une suspension homogène, uniforme, à partir des colonies isolé dans du sérum physiologique (pas d’eau, …) : 1,5. 10^8 UFC/ml (tout le monde dois avoir cette concentration précise). 2. Ensemencement - Ecouvillon stérile - Stries serrées ; 3 passages + contours Afin d’avoir une suspension standardiser on mesure avec un spectrophotomètre. On mesure la turbidité de la suspension et donc l’absorption de lumière part les matières en suspension. Le spectrophotomètre va nous donner un chifre dont l’unité est le Mac Farland et sur base d’une échelle on pourras déterminer la concentration de bactéries. Une concentration de 1,5. 10^8 UFC/ml correspond a 0,5 Mac Farland. Si on est trop haut on rajoutera du sérum physiologique et a l’inverse des bactéries. On insere ensuite un ecouvillon stérile (ET NON UNE ÖSE) dans la suspension et on passe 3 fois sur la boites sans reprelever dans le suspension. ATTENTION de paser sur tous le contour a la fin. à en étape la couleurs la plus foncé (1) jusqu’au plus claire. 4 Zone intermédiaire 7 Camille MOUCHART 2024 4. IDENTIFICATION Hômme -> Staph. au. Coagulase libre / β-hémolytique Staph-latex Chien, chat -> Staph. int. Coque Gram + Catalase + R -> Staph. sapro. S/R à la g-hémolytique novobiocine 5μg S -> Staph epi. SI PRÉLÈVEMENT POLYMICROBIEN : 0. A. Analyse macroscopique du prélèvement B. Coloration de Gram sur le prélèvement (seulement sur les monomicrobiens sinon l’urine se fait sur cytogenèse) 1. Isolement du prélèvement sur un milieu de culture approprié, puis sur une gélose au sang (+ANC). La gélose au sang est un milieu polyvalent ce qui veut dire que tout y pousse. Le ANC (acide nalidixique et colistine) permet de rendre le milieu sélectif. C’est-à-dire que ce dernier permet de sélectionner que les bactéries Gram +. C’est un anti Gram -. Attention que si je n’ai qu’une bactérie monomicribien on peut donc la cultiver sur la gélose au sang mais on feras attention à ne pas y ajouter de l’ACN au risque qu’elle ne pousse pas si elle est Gram -. Enfin on mets nos milieu de culture à l‘incubation. 2. Il est possible de déterminer le type d’hémolyse que la bactéries fait sur gélose au sang (+ANC) à α, β ou g ? 3. Coloration de Gram à CG+ en amas 4. Catalase à + Quand on pose 1 goutte d’eau oxygénée sur une colonies de bactéries (sur une lame) et qu’elle émulsionne/fait des bulles. 5. Si β-H : Coagulase libre ou Staph. latex Si g-H R/S novobiocine 5μg INFECTIONS CUTANÉES (PUS) (POLYMICROBIEN) 1. Isolement sur gélose au sang +ANC à 24h/37°C/aéro. à obtention de colonies blanches 2. Coloration de Gram à CG+, amas 3. β-hémolyse si Staphylococcus aureus et Staphylococcus intermedius g-hémolyse si Staphylococcus epidermidis et Staphylococcus saprophyticus 4. Catalase à + 5. Si β-H : Coagulase libre ou Staph. latex Si g-H R/S novobiocine 5μg 8 Camille MOUCHART 2024 SEPTICÉMIE (HÉMOCULTURE) (MONOMICROBIEN) 1. Isolement sur gélose au sang +ANC à 24h/37°C/aéro. à obtention de colonies blanches 2. Coloration de Gram à CG+, amas 3. Catalase à + 4. β-hémolyse si Staphylococcus aureus et Staphylococcus intermedius g-hémolyse si Staphylococcus epidermidis et Staphylococcus saprophyticus 5. Si β-H : Staph. latex Si g-H R/S novobiocine 5μg 5. DANS LE DOMAINE AGROALIMENTAIRE STAPHYLOCOCCUS AUREUS Staphylococcus aureus (Staphylococcus hyicus et Staphylococcus intermedius) Contamination d’origine humaine (ou mammite/lait). Surtout plats préparés / riches. Il provoque des Intoxination (Il n’y a pas de faute d’orthographe !), qui est une pathologie avec des symptômes de gastro due à l’ingestion d’une toxine former dans l’aliment synthétiser par la bactéries. Donc indirectement lié à la bactérie ! Entérotoxine (staphylococcique) thermostable Incubation courte : 30’ à 8 heures avec relation dose (20-144 ng) / sensibilité Temps de passage de la toxine est le temps entre l’ingestion et l’apparition des symptomes. Par exemple, la Salmonella est responsable d’infection et s’installe dans les intestin pour s’y multiplier. Une fois multiplier il y auras l’apparition des symptômes. Alors que la toxine du Staphylococcus rentre directement dans le sang. Cette toxine n’est PAS VIVANTE. La sensibilité est souvent dû au manque d’hydratation et les nouveau née sont plus sensible. Pas de fièvre Nausées, vomissements, crampes abdominales voire diarrhée Guérison à + 24h Etat de choc, déshydratation possible si cc++ et terrain ‘faible’ EXEMPLES Dénombrement des bactéries : Recherche de l’entérotoxine : On compte les Staphylococcus dans les aliments car c’est un indicateur de toxines. 9