Chap 1- bactérie et antiobio.docx

**[Bactériologie : généralités sur les bactéries et les antibiotiques]** I. **[Bactéries ]** [Définition] : être vivant qui ne possède [qu'une seule cellule (**unicellulaire**)] et qui est [autonome], possédant un **noyau** [sans membrane] et 1 chromosome ⇒ ceux sont des cellules **procaryotes**....

**[Bactériologie : généralités sur les bactéries et les antibiotiques]** I. **[Bactéries ]** [Définition] : être vivant qui ne possède [qu'une seule cellule (**unicellulaire**)] et qui est [autonome], possédant un **noyau** [sans membrane] et 1 chromosome ⇒ ceux sont des cellules **procaryotes**. Il y a une membrane cytoplasmique mais **pas de membrane nucléaire.** La structure la [plus externe] d'une bactérie est la **paroi** (utilisée pour les classées), suivie de la **membrane** du cytoplasme, puis le **cytoplasme** avec les **ribosomes** et, [au centre], **noyau** [sans membrane] avec le **chromosome**. **Structures bactériennes** - **Parois** : donne la **forme** de la bactérie et permet de résister à la **pression osmotique**. Les bact' avec une paroi ne savent pas vivre sans. - **Capsule** : (structure [inconstante] : pas toutes les bact' ont une capsule) - Structure [plus externe] que la **paroi** (forme bactérie), - Facteur de virulence ⇒ permet à la bactérie de **résister** à la [phagocytose] par les GB (élimine bact') - **Flagelle:** (pas toutes) capacité de mobilité - **Pili communs** : favorise l'[adhésion] au niveau des muqueuses pour mieux pénétrer (facteur de virulence) - **Pili sexuels** : permettent la [transmission] de gènes, notamment des gènes de **résistance** aux antibiotiques ( mécanismes pour lutter contre AB), adaptabilité. Les bact' se transmettent entre elles du matériel génétique - **Chromosomes** (au centre) : gènes **Cellule eucaryote** : 15 microns Les **bactéries** peuvent être observées au **microscope optique** à l'aide d'une coloration particulière de la **paroi**. La **taille** moyenne d'une bactérie est de 2 µm. **Virus** : 150 nm (10 à 100 fois plus petit qu'une bact') **GR** : 7 microns Bact' 3-4 fois plus petite que GR **[Identification/Classification]** - **Forme** due à leur **paroi** ⇒ Formes variées (structure paroi) - [2 types] de morphologie - **Cocci** ⇒ Rond (coque) - Peuvent s'associer de ≠ façon : - En chaîne (= chainette) , caractéristique des *streptocoques* (les uns derrière les autres) - 2 par 2 = Diplocoque, caractéristique du *pneumocoque* (infection resp', otites) - En amas, caractéristique des *staphylocoques* (=grappe de raisin) - **Coccobacille** ⇒ Forme [intermédiaire] entre cocci et bacille - **Bacille** ⇒ Bâtonnet - Fusiforme = fin et long - Vibrion (on y retrouve l'agent du choléra) : aspect congongle, spirille, borrelia, treponema, leptospire ⇒ [non observable] en **microscopie optique** (pas courant, autres méthodes diagnostiques (pas d'exams direct et colorations spécifiques)) - **Type respiratoire** - Aéro-anaérobie (la plupart) - Anaérobie stricte (Clostridium), ⇒ culture en gélose [profonde] - Aérobie stricte (Gonocoque, méningocoque) ⇒ surface - Micro-aérophile (Campylobacter) ⇒ *ne tolère qu'un certain taux d'oxygène* - On utilise la coloration de Gram, développée par le médecin danois Christian Gram en 1884 - Colorant violet : colore toutes bact', **violet de gentiane** (1^e^ colorant utilisé colore [toutes] les bactéries présentes sur la lame) - Bactérie à **paroi** [épaisse] **retiennent** le violet **Gram +** - Bactéries à **paroi** [fine] **relâchent le violet** sous l'effet de **l'alcool** et sont **décolorées** en rouge par la [fuschine] **Gram -** - Colorant rose : (Fuschine) - [Classification] - Coques Gram + - Coques Gram - - Bacilles Gram + - Bacilles Gram - - Autres... **Spore** (facteur de virulence) *la virulence d'une bactérie, c'est sa capacité à envahir et franchir les barrières de l'hôte, à provoquer la maladie ou échapper au système immunitaire.* - Principalement pour les **bacilles** à **Gram +** : *bacillus* et *clostridium* - Développé dans des conditions [défavorables] de survie ⇒ **sporulation** de certaines bactéries (permet la survie), nécessite l'utilisation de produits sanitaires spé - Spores dans des conditions [favorables] ⇒ **Germination** - La forme de **résistance** des bactéries - *Clostridium tétani, Clostridium difficile (commensable de l'intestin, 3% portage asymptomatique)* **Capsule** - Structure **extérieure** [inconstante] - **Entoure** la bactérie - Le plus souvent polysaccharidique, parfois protéique - [Non colorable] par les techniques bactériologiques - Facteur de virulence car elle **protège** la bactérie de la [phagocytose] - [Antigénique] : les Ag capsulaires sont dénommés Ag K - *[Ex] : Streptococcus pneumoniae = pneumocoque (synthétise une capsule)* ++, *Klebsiella...* **Pouvoir pathogène** - **Pénétration** dans l'organisme cible - Flore bactérienne résidente - **Adhésines** et **récepteurs** correspondants - **Invasion** (bact' pénètre organisme et diffuse) - **Sécrétion** d'enzymes - Favorisant la **diffusion** : coagulase, streptokinase - **Bloque** l'activité des antibiotiques : Bêta lactamases ++ - **Sécrétion** de toxines - *Clostridium tetani*, *botulinum*, *difficile* - Bacille de la coqueluche, de la diphtérie **Division bactérienne** - Les bactéries ordinaires se divisent toutes les 20 mins par **scissiparité** (24h) - [Parmi les exceptions] : *Mycobacterium tuberculosis* (division toutes les **20 heures**) ⇒ délai de **3 à 6 semaines** pour observer la pousse de la bactérie **Infections bactériennes** - Bactéries peuvent toucher [tous les sites anatomiques] - Méningites : Infection du LCR - Infections oculaires - Sinusites, Otites - Pneumonie, Infections respiratoires supérieures - Ulcère gastrique : Helicobacter pylori - Infections digestives, cutanées, urinaires - IST - Ces infections peuvent se transformer en **septicémie** donc une infection du sang *[Existe-t-il de bons microbes ?]* - Les bactéries **savent tout faire** : fromage, vin, vinaigre, médicaments, vitamines (flore intestinale), produits chimiques, gaz... - [Lutte] contre la **pollution** (archéobactéries) et nettoie l'eau en transformant chimiquement les déchets - [Recyclage] de la **matière vivante** - 1 kg de terre = mille milliards de bactéries + 150 milliards de champignons et parasites +... **Moyens de défense de l'organisme** - [1ère ligne] : **peau** et **muqueuse** - Imperméables - Colonisées par la flore résidente - **Mucus** contient subst' [microbicides] - [2ème ligne] : immunité non spécifique (innée, immédiate) - [3ème ligne] : immunité spécifique / adaptative (acquise) **[Nombre de bactérie par rapport au nombre de cellules du corps humains]** - 10\^14 bactéries pour 10\^13 cellules = 100 milliards de bactéries - **10 fois plus** de bact' que de cellules - Les flores commensales : rôle important dans la **défense** de l'organisme - [Cutanées] : Peau - [Muqueuses] : Intestin, Poumon, Œil, Bouche, Vagin - 3 sites stériles - Sang - Urine - LCR - **Fœtus** - Tube digestif [stérile] - En 48h (après naissance), 1 à 10 milliards de bactéries par gramme de selles **Cocci** à **Gram +** - ***Staphylocoques*** - Gram + en amas ou [grappe de raisins] - ***Staphylocoques dorés*** = Staphylococcus aureus (jaune) *colagulase positif* - Responsable de : - Infections **cutanées** (panaris) - infections **osseuses** - Infections **nosocomiales** +++ (transmisent lors de soins) - Toxi-infections **alimentaires** - Se retrouve au niveau **nasale** et se [transmet] principalement par les **mains (= manuportage)**, porteurs sains - SARM = staphylococcus aureus résistant à la **méticilline** : très dangereux (bact' multirésistante) prélèvement nasal car source la + importante au niveau du nez - ***Staphylocoques blancs*** = staphylocoques *coagulase négatif* (groupe avec pleins de bact' dont la flore cutanée), normalement [pas pathogène] (protection) - Patients immunodéprimés : même la flore résidente **peut être pathogène** (syst' immun' défaillant etc) - ***Streptocoques*** - Cocci à Gram + en chaînes (collier de perles) - ***Streptocoque A*** = *S. pyogenes* - Responsable - Angine - Rhumatisme Articulaire Aigu (RAA) - ***Streptocoque B*** = *S. agalactiae* - **infection néonatale** - **Dépistage** [systématique] durant la grossesse au niveau vaginal (8ème mois) pour les porteuses de la bactérie, administration d'un AB pour réduire le risque d'infection du nouveau-né - **Entérocoque** (infection urinaire, endocardites) - ***Pneumocoque*** et sa capsule (fait partie des streptococques) - Diplocoques à Gram + - Infections respiratoires - Otites, sinusites (ORL) - Méningites... **Cocci** à **Gram --** (rose) - ***Méningocoques*** - Diplocoques à Gram - en **grains de café** (phase aplatie au centre) - Méningites (bact/ virus), recueil LCR - Déclaration obligatoire auprès des autorités sanitaires - ***Gonocoques*** - [Homme] : Urétrite aiguë - [Femme] : foyers multiples, **discrets** - [H/F] : formes anorectales, extra génitales - Ophtalmie purulente chez enfants - IST++ - Bactérie [très fragile] donc lors du prélèvement ⇒ écouvillon avec milieu de transport (pu), milieu gélosé dans le tube **Bacilles** à **Gram +** - ***Listeria monocytogenes*** - Transmise par **l'alimentation** ⇒ Survie dans les milieux frais (bact' des frigo) - [Chez l'animal] - Septicémies - Encéphalites - Avortements - [Chez l'Homme] - Infections néonatales - Infections digestives - Méningites *Illustration* - ***Listériose*** (Maladie à déclaration obligatoire) - *Depuis 1987, on compte en France chaque année autour de 800 cas de listériose (400 cas déclarés dont 200 de listériose foeto-maternelle). On note en 1994 une forte baisse des formes foeto-maternelles et néonatales.* - *De temps en temps apparaît une épidémie due à un produit alimentaire contaminé (fromage, vacherin du mont Dore, langue en gelée, rillettes, pâté).* - *En 1992, la France a subi une épidémie qui a touché 280 personnes entraînant une soixantaine de décès et une vingtaine d\'avortements (source : gelée d'un pâté en croûte).*  **Bacilles** à **Gram --** (nombreux en pathologie humaine) - ***Pseudomonas aeruginosa ou bacille pyocyanique*** (pus bleu), odeur , pigments - Bactéries **pathogènes** très répandues dans la [nature] : air, eau, sol, peau & muqueuses (TD, cavités naturelles) - [Pyocyanique] : germe hospitalier (eau : canalisations, lavabos,...) - **Infections nosocomiales** patients affaiblis avec des équipements de soins (lavage mains) - Germe de **[surinfection]** : (cutanée) - Plaies - Ulcères - Brûlures - Escarres - ***Entérobactéries*** ( *colibacilles* =*escherichia coli*, *proteus*, *klebsiella*, *enterobacter*, *salmonelles*,...) - Très retrouvées au niveau digestif - **Infections** digestives, urinaires, méningées, osseuses, bactériémies - Bactéries *[« des mains sales » ]* - « BLSE » (Bêta Lactamase à Spectre Élargi) ⇒ enzymes [très résistantes] aux antibiotiques hydrolyse les molécules AB (**BMR**: bact' multi resistante) (*Beta Lactamase*: enzyme inactive AB en coupant les chaînes moléculaires) (*Spectre Elarg*i: grande capacité à inactiver les AB) - [Ex] : *Salmonella enteritidis (*Salmonelle) - La + fréquemment responsable de **Toxi-Infection Alimentaire Collective** (TIAC) - Foyers parfois importants (nationaux) - Transmission - Viande, surtout volaille, et produits carnés - Œufs (mayonnaise !) - Produits laitiers - Incubation : 12 à 36h (entre contamination et symptômes) - Invasion : diarrhée fébrile, vomissements, douleurs abdominales - Complications : bactériémies, foyers secondaires (os) - ***Legionella pneumophila*** (Maladie à déclaration obligatoire), Legionelle - Contamination **respiratoire** par des micro-gouttelettes d'eau (air-eau) : clim, TAR, jacuzzi, douches... (aime eau chaude) - **Infections** [pulmonaires] : Gravité ++ chez immunodéprimés - **Aucune transmission humaine, uniquement à la source (contrôle de l'eau, etc...)** **[Autres non colorables par le Gram]** (colorations spéciales), pas de paroi, paroi différentes - ***Spirochètes*** - Colorations spéciales + **microscopie à fond noir** - Sérodiagnostic - **Borrelia** : fièvres (hymne) *maladie de Lyme (contient la borrelia)* - **Treponema** : syphilis (MST) - **Leptospira** : ictère (jaunisse)+ hémorragies Leptospirose (transmis par les rats, « maladie des égoutiers ») - ***Mycobactéries*** - Colorations spéciales mettent en évidence des **BAAR** (Bacille Acido-Alcoolo Résistant) - **BK** (*Mycobacterium tuberculosis*), Bacille de Kohr - **Résistance** au froid, aux désinfectants, aux détergents - **Sensible** à l'alcool à 70°C - Transmission [interhumaine] - Responsable de la tuberculose, contagieuse +++ et **infections** chez les immunodéprimés (SIDA ++) - ***Chlamydia trachomatis*** - [Petites] bactéries **intracellulaires** strictes - **IST** - [H]: urétrites/épididymites - [F]: cervicites/ salpingites (stérilité) - Transmission [nouveau-nés] (conjonctivite,...) - Technique de biologie moléculaire pour la détecter (cultivation de colonies trop compliqué) [Illustration] : - Le *bacille du tétanos* - [Spore] : « clou » tétanique - *Clostridium difficile* (bacille GRAM+ / anaérobie) - « Commensal » de l'intestin (3% portage asymptomatique) - CD est responsable de 20% des diarrhées [post-AB] et de plus de 95% des colites pseudo-membraneuses - À cause de sa **spore**, c'est une bactérie qui peut [très bien diffuser] - **Infection** à CD - [Une seule dose] **d'AB** suffit - [Mortalité] : 1% à 35-50% si complications **[Diarrhée simple post-AB]** Diarrhée modérée Etat général peu altéré Amélioration en 2-3 j après arrêt AB **[Colite pseudo-membraneuse (CPM)]** Diarrhée liquide abondante (\>7 selles/j) **[Diagnostic (selles) :]** Recherche Ag GDH (test immunochromatographique) Puis recherche toxine PCR Si positif = souche toxinogène **Antibiothérapie** : Bases bactériologiques **Antibiotiques** - Mécanisme d'action - **AB** doit : - **Pénétrer** - Au niveau du foyer infectieux - Dans la bactérie - N'être **ni modifié**, **ni détruit** - Dans l'organisme - Dans la bactérie - Se **fixer** à une cible - Propriétés - **Spectre** d'action (tel AB actif sur telle ou telle bactérie) - Pharmacocinétique - Diffusion - Élimination - Voie d'administration - Effets indésirables - Classement - Selon la **cible** dont ils perturbent le fonctionnement - **[Paroi]** - Bêta lactamines ++ (+ descend + AB efficace sur gd nbr bact') - Agit au niveau de la paroi - Pénicillines (amoxicilline), **perturbe** synthèse paroi - Céphalosporines (4 générations) : cefotaxine, Ceftriaxone, ceftazidime - Monobactam : aztreonam - Carbapénèmes : imipenem - Acide clavulanique : inhibiteur de penicillinase - Fosfomycine - Glycopeptides - **[Membranes bactériennes]** - Polymyxines - Lipopeptides - **[Ribosome]** (arrêt de la **synthèse** des protéines) - Aminosides - Tétracyclines - **[ARN]** (blocage de la RNA-polymérase) - Rifamycines - Blocage synthèse de **[l'ARN et de l'ADN]** gyrase et les **[topoisomérases]** - Quinolones et fluoroquinolones - Inhibition d'une **[enzyme]** de la voie métabolique de **l'acide folique** - Sulfamides et triméthoprime