4- Techniques diagnostiques microbio.docx

**[Techniques Diagnostiques en microbiologie ]** I. **Techniques [directes]** ⇒ mise en évidence de l'agent infectieux ou la **bactérie** **[Antigéniques]** - À partir de la **[culture]** - Déterminer le **sérotype** ([ex] : **méningocoque**, PAR avec un sérotype plutôt épidémi...

**[Techniques Diagnostiques en microbiologie ]** I. **Techniques [directes]** ⇒ mise en évidence de l'agent infectieux ou la **bactérie** **[Antigéniques]** - À partir de la **[culture]** - Déterminer le **sérotype** ([ex] : **méningocoque**, PAR avec un sérotype plutôt épidémiologique) - Test [d'agglutination] sur lame (positif) - Visée épidémiologique - À partir du **[prélèvement]** (selles, nasopharyngé, urines) - Rapide (15-30 mins) - Mais [pas d'isolement] de la bactérie (dans le sens d'obtenir une culture) - Utilisées +++ pour les **virus**, + pour les **bactéries** - [Ex] : grippe, VRS, Rotavirus, Adénovirus, Norovirus, **Pneumocoque**, **Legionelle**, **Clostridium** **Difficile** - **[Principe]** : La bandelette avec zone **témoin/contrôle** (extrémité) permet de [valider] que la **migration s'est bien passée**. Cette zone contrôle doit être toujours présente pour montrer que le témoin s'est bien déroulé. Si bande témoin absente, on ne peut pas conclure résultat test Anticorps spécifique à l'antigène recherché. *Zone où sont fixés des AC spécifiques de l'AG recherché. L'important est qu'on ait des AC spé des AG au départ de la bandelette. Le prélèvement migre et les AG se fixe aux AC spé. Plus loin, dans la zone test, on a un 2^e^ AC spé qui se fixe sur l'AG déjà fixé. Sur la zone contrôle, on aura une zone de capture pour récupérer les AC non fixés.* **Bande contrôle doit toujours être positive***. 1 test par virus sauf grippe A et B.* **[Mise en culture]** - [Objectif] : Identifier le ou les pathogènes - Surtout les **bactéries** / les **levures** - Permet la réalisation de l'antibiogramme (bact') / antifongigramme (levure) - Mise **[en culture]** de **prélèvements** réalisés chez le patient pour identifier les bactéries/levures responsables de **l'infection** - **[Connaître]** les pathogènes recherchés pour mettre en œuvre les bonnes conditions de mise en culture [Différentes étapes de l'examen bactériologiques] - **prélèvement**: - **Examen direct (J0)** - Étalement du **prélèvement** sur une [lame] - Coloration de **Gram** (automatique) - Observation de la lame au **microscope** optique - Donne une [orientation] sur le type de **bactérie** observée *(gram +, -, bacille, cocci)* - 24h de culture entre J0 et J1 - **Ensemencement** - Sur gélose le plus souvent (étalé echant'), différentes couleurs (sang) - Milieu **d'enrichissement** = milieu liquide (bouillon), clair, se trouble quand bact' - Milieux [plus ou moins riches], spécifiques (certains contiennent des AB pour inhiber la croissance de certaines bact'), **chromogènes** (certains milieux sélectifs) - [Objectif] : Choisir les **bons milieux** en fonction de ce que l'on recherche - Travail sous **PSM** : Post de Sécurité Microbiologique ("hotte") - **Incubation** - [≠ conditions] - Durée (24h standard) - Température (37°C) / *levure à 30°* - Atmosphère (Aérobie/ Anaérobie Taux de **CO2** [important]) - Si on recherche des bactéries [anaérobies strictes] - Milieux de culture dans des conditions particulière ⇒ **[Absence d'O]** - [Jarre pour anaérobie] : Générateur d'hydrogène + Boîte de Pétri ensemencées + Indicateur d'oxygène (pas pratique car on doit tout le temps ouvrir et donc rompre l'atmosphère) - [Station anaérobiose] : permet de stocker plus de boites et observer les géloses sans les sortir et donc sans rompre l'atmosphère (bombe de gaz permanente pour neutraliser l'oxygène) - Quand on fait un **[isolement]**, on étale le prélèvement ce qui fait que les colonies sont de plus en plus isolées (au début chargé puis bactéries s'isolent) - Chaque bactérie a donné naissance à une "*[colonie]*" - **CFU** = colony forming unit - [Numération] des colonies (puissance de 10) - Prélèvement urinaire : méthode d'ensemencement [particulière] (étalement de haut en bas) - Prélèvement respiratoire : [Dilution] de l'échantillon - **Identification (J1)** - Identification par **[spectrométrie de masse]** (=**MALDITOF**) =\> Cf. Cours MALDITOF permet de déterminer la bactérie et [trouver son nom] en quelques secondes (+ identifier un nb important de bact') - **Antibiogramme (J2) → 48h (**long donc met en place antibiothérapie probabiliste) - Utilisation d'une gélose spécifique où l'on va déposer une culture puis on dépose des **disques** **d'AB** (la présence de certains AB inhibe la croissance) ⇒ attendre 24h à 37°C - On va voir apparaître un diamètre qui est la **zone d'inhibition** des bactéries (autour du disque, zone où la bact' ne s'est pas développée) - Certains disques n'auront aucun diamètre ⇒ **[Bactérie Résistante]** - *Mesure du diamètre par des règles métalliques ou par des automates avec des caméras (on met la gélose dans l'automate et il mesure)* - [Courbe de concordance] : Diamètre d'inhibition et **CMI** (Concentration Minimale Inhibitrice) + le diamètre est grand, + la CMI est petite ([inversement proportionnel]). - CMI capacité de l'AB à empêcher la croissance de bact' - CMI = la [plus faible] concentration **d'AB** empêchant la **croissance** d'une bactérie. Mais si le diamètre est petit, CMI élevé et nécessité de beaucoup d'AB pour agir. - Des experts ont mesuré les diamètres obtenus pour un grand nombre de souches dont on connaît la CMI (qui a été déterminée en milieu liquide) - Pour chaque **AB** et **bactéries** on a des abaques de lecture qui nous permettent de connaître la [correspondance] entre les diamètres et CMI, mise à jour chaque année (CASFM) - Antibiogramme [standard] - [Lecture] : comparer la CMI à c et C - c et C : concentrations obtenues *in vivo* avec des doses **normales** (c) ou **fortes** (C) **d'AB** - CMI : déterminée pour chaque AB par des experts  SI CMI \> C, elle est au-dessus des doses fortes de l'AB qu'on pourrait donner et donc inutile de donner l'AB. Mais si CMI\