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Structure et classification virale

• Les virus sont définis par leur structure, composition, et mode de réplication unique.
• Ils sont classifiés selon le système de Lwopp, Horne, et Tournier (LHT).
• Cette classification se base sur trois critères principaux : la nature de l'acide nucléique, la symétrie de la nucléocapside et la présence ou l'absence d'une enveloppe.
• La nomenclature virale suit une hiérarchie spécifique, famille (Viridae), sous-famille (Virimae), genre (virus) et espèce (virus individuel).

Définition des Virus

• Un virus est constitué d'un seul type d'acide nucléique, ADN ou ARN, formant son génome viral.
• Il se reproduit par réplication de son génome, sans croissance ni fission.
• C'est un parasite intracellulaire absolu, car il ne possède pas d'enzymes métaboliques ou de machinerie de traduction.

Composants Viraux

• Les éléments obligatoires : génome (ADN ou ARN) et capside (coque de nature protéique).
• Éléments inconstants : enveloppe (avec protéines internes).
• Virus enveloppé : contient protéines internes, acide nucléique/nucléoïde, capside et nucléocapside.
• Le tégument est une structure intermédiaire entre la nucléocapside et l'enveloppe, présente chez certaines familles virales.

Différences entre Virus et Bactéries

• Taille : les bactéries sont visibles au microscope optique, alors que les virus nécessitent un microscope électronique.
• Acide nucléique : les bactéries contiennent ADN et ARN, tandis que les virus ne contiennent que l'un des deux.
• Enzymes de biosynthèse : présentes chez les bactéries, absentes chez les virus.
• Croissance : les bactéries peuvent croître, contrairement aux virus.

Génome Viral

• Le génome viral peut être ADN ou ARN, avec différentes structures.
• Virus à ADN : mono caténaire (linéaire ou circulaire), bicaténaire (linéaire, partiellement bicaténaire ou circulaire).
• Virus à ARN : mono caténaire (linéaire, segmenté, diploïde) ou bicaténaire (segmenté).

Capside Virale

• La capside est formée par assemblage/polymérisation d'une seule ou d'un petit nombre de sous-unités protéiques.
• Capside tubulaire à symétrie hélicoïdale : sous-unités protéiques (bâtonnets allongés, rigides et creux) enroulées en spirale.
• Exemple : virus de la grippe (orthomyxoviridae), virus de la rage (rhabdoviridae).
• Capside icosaédrique à symétrie cubique : les capsomères s'assemblent pour former la capside.
• Exemples : rotavirus, picornavirus, papillomavirus, adénovirus.

Multiplication Virale

• Les virus sont des parasites intracellulaires absolus qui utilisent la machinerie de la cellule hôte pour se répliquer.
• Le cycle de multiplication est dit productif lorsqu'il est complet, mais il n'est pas toujours effectif.
• La vie des virus est cyclique, comprenant des étapes intra- et extracellulaires.
• La durée d'un cycle dépend de la taille et de la complexité du virus.

Étapes du Cycle de Multiplication

• Étapes initiales : attachement, pénétration (par translocation directe, endocytose ou fusion des membranes) et décapsidation.
• Expression et réplication du génome viral.
• Étapes tardives : maturation (protéolyse + glycosylation), assemblage (dans le noyau ou le cytoplasme) et libération (lyse cellulaire ou bourgeonnement).

Interactions Virus-Cellule

• Cycle productif : infection de la cellule sensible, réplication virale et lyse cellulaire.
• Cycle abortif : la cellule n'est pas permissive à la réplication virale.
• Transformation : intégration du génome viral dans la cellule hôte, conduisant à une cellule cancéreuse.
• Cycle inductible : le génome viral persiste sous forme circulaire (épisome) sans être intégré, et peut être induit à produire une infection.

Vaccins

• Préparations antigéniques dérivées d'un agent pathogène, capables d'induire une réponse immunitaire.
• L'immunoprophylaxie active induit une protection différée et durable.
• Types de vaccins : vivants atténués, inactivés complets ou fractions antigéniques.

Méthodes d'Obtention des Virus Atténués

• Passages cellulaires en série, thermosensibilité, réassortiment génétique.
• Utilisation de virus non pathogènes pour vacciner contre un virus pathogène de la même famille (ex : virus de la vaccine).

Réponse Immunitaire aux Vaccinations

• Réponse cellulaire et humorale impliquant les phagocytes/macrophages (CPA), les lymphocytes T (immunité à médiation humorale) et B (production d'IgM, IgA, IgG).
• Réponse primaire (différée et lente) et secondaire/anamnestique (rapide, importante et durable).
• Facteurs influençant la réponse : âge, déficits immunitaires, facteurs génétiques.

Nouvelles Approches Vaccinales

• Vaccins à base de peptides synthétiques, virus recombinants, ADN nu ou plantes transgéniques.

Mécanismes Généraux des Infections Virales

• L'environnement joue un rôle important dans les conditions climatiques, influençant la transmission des infections virales (hiver : infections respiratoires, été : entérovirus).
• Pathogénèse de l'infection virale : voies de pénétration (tractus respiratoire, digestif, peau).

Virulence et Réponse de l'Hôte

• La virulence dépend de la quantité de virus, de la voie d'entrée et de la vitesse de multiplication.
• La réponse de l'hôte dépend de l'âge, de l'état nutritionnel, de la race et de l'état immunitaire.

Réservoir et Transmission

• Les virus fragiles sont transmis par contact direct, tandis que les virus résistants peuvent être transmis par l'eau, les rivières ou l'air.

Dissémination Virale dans l'Organisme

• Pénétration et multiplication locale, suivie d'une virémie (courte durée) ou diffusion lymphatique, atteignant l'organe cible.
• Possibilité d'atteinte méningée (rare).

Instrumentation d'infection virale

• Conjonctives (instruments d'ophtalmologie)
• Tractus Génitaux (infection locale, transmission par voie sexuelle)
• Voie transplacentaire de la mère à ses l'enfants

Période d'Incubation

• La période d'incubation est le temps entre l'exposition et les premiers signes cliniques.
• Elle peut être courte (1-5 jours) pour les infections localisées ou longue (10-20 jours) pour les infections généralisées.
• Exceptions : verrues (infection localisée longue), arboviroses (infection généralisée courte).

Excrétion Virale

• Excrétion par le tractus respiratoire (toux), la peau (éruption vésiculaire), le tractus intestinal, l'urine, le sperme ou le lait.

Techniques de Diagnostic Virologique

• Diagnostic virologique : détection, quantification et identification des virus.
• Le choix de la technique dépend du virus recherché.
• Les indications pour le diagnostic direct incluent la confirmation d'une infection, l'identification d'une épidémie, la mesure de la gravité et le suivi du risque de transmission.

Étapes Préanalytiques

• Nature et chronologie du prélèvement : site riche en cellules infectées, prélèvement précoce.
• Conservation et transport des échantillons : qualité du prélèvement, milieu de transport approprié, sécurité des manipulateurs.

Méthodes de Diagnostic Direct

• Culture cellulaire : technique de référence nécessitant inoculation du prélèvement sur des cellules.

###Origine et Réalisation de la Culture

• Origine : animaux, œufs embryonnés ou cultures cellulaires in vitro (cellules VERO, MRC5, Hep2).
• Réalisation : inoculation du prélèvement, milieu nutritif, conditions optimales (37°C, 95% humidité, 5% CO2), durée d'un mois.
• Lecture des résultats : mise en évidence de l'effet cytopathique (ECP), réplication avec ou sans modification cellulaire.

Autres Techniques Réalisées

• Séro neutralisation, inhibition de l'hémagglutination, techniques immunologiques (ELISA).

Microscopie Électronique

• Visualiser morphologie du virus.

RT-PCR

• Précédée d'une rétro-transcription des virus d'ARN.

Méthodes de Diagnostic Indirect

• MEE des AC spécifiques à un type viral.