Podcast
Questions and Answers
Wat is het doel van DNA-sequenceren?
Wat is het doel van DNA-sequenceren?
- Een kopie van het DNA te maken
- De opeenvolging van basen in de DNA-keten te bepalen (correct)
- Het DNAmoleculaire gewicht te berekenen
- Het DNA te reproduceren
Wie ontwikkelde de Sanger-sequencingmethode?
Wie ontwikkelde de Sanger-sequencingmethode?
- Rosalind Franklin
- Francis Crick
- James Watson
- Frederick Sanger (correct)
Wat is het verschil tussen dNTPs en ddNTPs?
Wat is het verschil tussen dNTPs en ddNTPs?
- dNTPs zijn noodzakelijk voor DNA-synthese, ddNTPs zijn noodzakelijk voor DNA-sequenceren
- dNTPs zijn radio-actief gelabeld, ddNTPs zijn niet gelabeld
- dNTPs zijn chemisch gemodificeerde nucleotide-analogen, ddNTPs zijn de standaard bouwstenen voor DNA-synthese
- dNTPs hebben een hydroxylgroep, ddNTPs hebben geen hydroxylgroep (correct)
Waarvoor wordt het ddNTP gebruikt?
Waarvoor wordt het ddNTP gebruikt?
Hoeveel reacties worden gebruikt in het originele Sanger-sequencingprotocol?
Hoeveel reacties worden gebruikt in het originele Sanger-sequencingprotocol?
Wat gebeurt er tijdens de denaturatie?
Wat gebeurt er tijdens de denaturatie?
Wat is het resultaat van het binden van de gelabelde primer?
Wat is het resultaat van het binden van de gelabelde primer?
Wat gebeurt er met de fragmenten in de elektrokinetische injectie?
Wat gebeurt er met de fragmenten in de elektrokinetische injectie?
Waarom vindt er een frame shift plaats bij een insertie of deletie?
Waarom vindt er een frame shift plaats bij een insertie of deletie?
Wat is het gevolg van een incorrect leesraam?
Wat is het gevolg van een incorrect leesraam?
Wat is het doel van DNA-sequencing?
Wat is het doel van DNA-sequencing?
Wat is één type van mutatie?
Wat is één type van mutatie?
Wat is de functie van de ‘Standard Mutation Nomenclature in Molecular Diagnostics’?
Wat is de functie van de ‘Standard Mutation Nomenclature in Molecular Diagnostics’?
Wat wordt gebruikt in het forensisch onderzoek om verdachten aan sporenstalen te linken?
Wat wordt gebruikt in het forensisch onderzoek om verdachten aan sporenstalen te linken?
Wat is de notatie die verwijst naar de positie in het ORF van het gen?
Wat is de notatie die verwijst naar de positie in het ORF van het gen?
Waar kan een mutatie voorkomen?
Waar kan een mutatie voorkomen?
Welke ziekte wordt veroorzaakt door mutaties in het CFTR-gen?
Welke ziekte wordt veroorzaakt door mutaties in het CFTR-gen?
Wat is het effect van een stille mutatie?
Wat is het effect van een stille mutatie?
Wat is een missense mutatie?
Wat is een missense mutatie?
Wat is het effect van een insertie of deletie van 3 baseparen of een veelvoud daarvan?
Wat is het effect van een insertie of deletie van 3 baseparen of een veelvoud daarvan?
Wat is een nonsense mutatie?
Wat is een nonsense mutatie?
Wat is een repeats?
Wat is een repeats?
Wat gebeurt er wanneer het polymerase een nucleotide G moet inbouwen in een eppendorftube met ddGTP?
Wat gebeurt er wanneer het polymerase een nucleotide G moet inbouwen in een eppendorftube met ddGTP?
Wat is het resultaat van de synthese in een eppendorftube met ddGTP?
Wat is het resultaat van de synthese in een eppendorftube met ddGTP?
Hoe worden de fragmenten van elke eppendorftube gescheiden?
Hoe worden de fragmenten van elke eppendorftube gescheiden?
Waarom migreren de langere fragmenten minder ver dan de kortere fragmenten?
Waarom migreren de langere fragmenten minder ver dan de kortere fragmenten?
Hoe kan men de sequentie achterhalen?
Hoe kan men de sequentie achterhalen?
Wat is het voordeel van cyclisch sequencen?
Wat is het voordeel van cyclisch sequencen?
Hoe worden de ddNTPs gelabeld in de moderne Sangersequencing?
Hoe worden de ddNTPs gelabeld in de moderne Sangersequencing?
Wat is het voordeel van het gebruik van fluorescente ddNTPs?
Wat is het voordeel van het gebruik van fluorescente ddNTPs?
Hoe worden de fluorescente fragmenten gescheiden?
Hoe worden de fluorescente fragmenten gescheiden?
Wat is het resultaat van de sequentieanalyse?
Wat is het resultaat van de sequentieanalyse?
Wat is het gevolg van een frame shift als gevolg van een insertie of deletie in het mRNA?
Wat is het gevolg van een frame shift als gevolg van een insertie of deletie in het mRNA?
Wat is de notatie die verwijst naar de positie in het ORF van het gen?
Wat is de notatie die verwijst naar de positie in het ORF van het gen?
Welke ziekte wordt veroorzaakt door mutaties in het CFTR-gen?
Welke ziekte wordt veroorzaakt door mutaties in het CFTR-gen?
Wat is het effect van een insertie of deletie van 3 baseparen of een veelvoud daarvan?
Wat is het effect van een insertie of deletie van 3 baseparen of een veelvoud daarvan?
Wat is de relatie tussen een incorrect leesraam en een voortijdig stopcodon?
Wat is de relatie tussen een incorrect leesraam en een voortijdig stopcodon?
Hoe worden mutaties in het CFTR-gen genoteerd?
Hoe worden mutaties in het CFTR-gen genoteerd?
Wat is het gevolg van een frame shift voor het eiwit?
Wat is het gevolg van een frame shift voor het eiwit?
Wat is de functie van de notatie ‘p.’?
Wat is de functie van de notatie ‘p.’?
Wat is de relatie tussen een frame shift en het leesraam?
Wat is de relatie tussen een frame shift en het leesraam?
Study Notes
Sanger Sequencing
- Frederick Sanger ontwikkelde in de jaren '70 een methode om DNA te sequeneren, genaamd Sanger sequencing.
- Sanger kreeg in 1980 de Nobelprijs voor het uitwerken van deze methode.
Originele Sangermethode
- De oorspronkelijke Sangermethode gebruikt het principe van de ddNTP (dideoxynucleotidetrifosfaat) keten terminatiemethode.
- dNTPs (deoxynucleotidetrifosfaat) zijn de standaard bouwstenen voor de DNA synthese.
- ddNTPs (dideoxynucleotides) zijn chemisch gemodificeerde nucleotide-analogen.
- Het 3' koolstofatoom van de ribose van een ddNTP bevat geen hydroxylgroep, maar slechts een H-atoom.
- Door de afwezigheid van de 3' hydroxylgroep kan er geen fosfodiësterbinding met een volgend nucleotide tot stand komen.
- Het ddNTP is een 'dead end' of stopnucleotide voor de DNA streng.
Procedures
- Het te sequeneren DNA (matrijsketen) is in hoge concentratie aanwezig en wordt verdeeld over 4 eppendorftubes.
- In elke eppendorftube wordt één van de vier types stopnucleotiden aangebracht (ddATP, ddTTP, ddCTP, ddGTP).
- De temperatuur wordt zodanig gewijzigd dat achtereenvolgens:
- het DNA enkelstrengs wordt gemaakt (denaturatie),
- de gelabelde primer kan binden (annealing),
- en tenslotte het DNA polymerase kan starten (extensie).
Resultaat
- Het resultaat is dat sommige nieuw gevormde DNA-strengen kort zullen zijn, omdat al redelijk snel een stopnucleotide werd ingebouwd.
- Het globaal resultaat is dat de eppendorftube gelabelde fragmenten van verschillende lengte bevat die complementair zijn aan de oorspronkelijke matrijsstreng en allemaal eindigen met ddGTP.
- De fragmenten van elke eppendorftube worden nu opnieuw enkelstrengs gemaakt en van elkaar gescheiden op basis van hun grootte door middel van polyacrylamidegelelektroforese.
Hedendaagse Sanger Sequencing
- Er zijn verschillende aanpassingen gebeurd aan het oorspronkelijke protocol.
- Cyclisch sequencen wordt gebruikt, waarbij opeenvolgende cycli van denaturatie, annealing en extensie worden toegepast.
- Fluorescente ddNTPs worden gebruikt in plaats van radiolabeling.
- Capillaire elektroforese wordt gebruikt om de fragmenten te scheiden.
Mutaties
- DNA-sequencing is het proces waarbij de volgorde van nucleotiden van een DNA-fragment wordt bepaald.
- Mutaties kunnen voorkomen in:
- Coderende sequenties van een gen (ORF)
- Regulerende sequenties van een gen, zoals de promoter
- Sequenties die betrokken zijn bij de processing van het mRNA
- Mutaties kunnen verschillende effecten hebben op het resulterende eiwit.
- Er bestaan verschillende soorten polymorfismen/mutaties:
- Substitutie
- Insertie
- Deletie
- Duplicatie
- Inversie
- Repeats
Sanger Sequencing
- Frederick Sanger ontwikkelde in de jaren '70 een methode om DNA te sequeneren, genaamd Sanger sequencing.
- Sanger kreeg in 1980 de Nobelprijs voor het uitwerken van deze methode.
Originele Sangermethode
- De oorspronkelijke Sangermethode gebruikt het principe van de ddNTP (dideoxynucleotidetrifosfaat) keten terminatiemethode.
- dNTPs (deoxynucleotidetrifosfaat) zijn de standaard bouwstenen voor de DNA synthese.
- ddNTPs (dideoxynucleotides) zijn chemisch gemodificeerde nucleotide-analogen.
- Het 3' koolstofatoom van de ribose van een ddNTP bevat geen hydroxylgroep, maar slechts een H-atoom.
- Door de afwezigheid van de 3' hydroxylgroep kan er geen fosfodiësterbinding met een volgend nucleotide tot stand komen.
- Het ddNTP is een 'dead end' of stopnucleotide voor de DNA streng.
Procedures
- Het te sequeneren DNA (matrijsketen) is in hoge concentratie aanwezig en wordt verdeeld over 4 eppendorftubes.
- In elke eppendorftube wordt één van de vier types stopnucleotiden aangebracht (ddATP, ddTTP, ddCTP, ddGTP).
- De temperatuur wordt zodanig gewijzigd dat achtereenvolgens:
- het DNA enkelstrengs wordt gemaakt (denaturatie),
- de gelabelde primer kan binden (annealing),
- en tenslotte het DNA polymerase kan starten (extensie).
Resultaat
- Het resultaat is dat sommige nieuw gevormde DNA-strengen kort zullen zijn, omdat al redelijk snel een stopnucleotide werd ingebouwd.
- Het globaal resultaat is dat de eppendorftube gelabelde fragmenten van verschillende lengte bevat die complementair zijn aan de oorspronkelijke matrijsstreng en allemaal eindigen met ddGTP.
- De fragmenten van elke eppendorftube worden nu opnieuw enkelstrengs gemaakt en van elkaar gescheiden op basis van hun grootte door middel van polyacrylamidegelelektroforese.
Hedendaagse Sanger Sequencing
- Er zijn verschillende aanpassingen gebeurd aan het oorspronkelijke protocol.
- Cyclisch sequencen wordt gebruikt, waarbij opeenvolgende cycli van denaturatie, annealing en extensie worden toegepast.
- Fluorescente ddNTPs worden gebruikt in plaats van radiolabeling.
- Capillaire elektroforese wordt gebruikt om de fragmenten te scheiden.
Mutaties
- DNA-sequencing is het proces waarbij de volgorde van nucleotiden van een DNA-fragment wordt bepaald.
- Mutaties kunnen voorkomen in:
- Coderende sequenties van een gen (ORF)
- Regulerende sequenties van een gen, zoals de promoter
- Sequenties die betrokken zijn bij de processing van het mRNA
- Mutaties kunnen verschillende effecten hebben op het resulterende eiwit.
- Er bestaan verschillende soorten polymorfismen/mutaties:
- Substitutie
- Insertie
- Deletie
- Duplicatie
- Inversie
- Repeats
Studying That Suits You
Use AI to generate personalized quizzes and flashcards to suit your learning preferences.
Description
Sanger sequencing is een methode om DNA te sequeneren. Deze methode is ontwikkeld door Frederick Sanger en is nog steeds de gouden standaard. Sanger kreeg twee Nobelprijzen voor zijn werk.
