SANGER SEQUENCING

Choose a study mode

Play Quiz
Study Flashcards
Spaced Repetition
Chat to Lesson

Podcast

Play an AI-generated podcast conversation about this lesson

Questions and Answers

Wat is het doel van DNA-sequenceren?

  • Een kopie van het DNA te maken
  • De opeenvolging van basen in de DNA-keten te bepalen (correct)
  • Het DNAmoleculaire gewicht te berekenen
  • Het DNA te reproduceren

Wie ontwikkelde de Sanger-sequencingmethode?

  • Rosalind Franklin
  • Francis Crick
  • James Watson
  • Frederick Sanger (correct)

Wat is het verschil tussen dNTPs en ddNTPs?

  • dNTPs zijn noodzakelijk voor DNA-synthese, ddNTPs zijn noodzakelijk voor DNA-sequenceren
  • dNTPs zijn radio-actief gelabeld, ddNTPs zijn niet gelabeld
  • dNTPs zijn chemisch gemodificeerde nucleotide-analogen, ddNTPs zijn de standaard bouwstenen voor DNA-synthese
  • dNTPs hebben een hydroxylgroep, ddNTPs hebben geen hydroxylgroep (correct)

Waarvoor wordt het ddNTP gebruikt?

<p>Om de DNA-synthese te stoppen (D)</p> Signup and view all the answers

Hoeveel reacties worden gebruikt in het originele Sanger-sequencingprotocol?

<p>4 (C)</p> Signup and view all the answers

Wat gebeurt er tijdens de denaturatie?

<p>Het DNA wordt enkelstrengs gemaakt (D)</p> Signup and view all the answers

Wat is het resultaat van het binden van de gelabelde primer?

<p>De primer bindt aan het DNA (C)</p> Signup and view all the answers

Wat gebeurt er met de fragmenten in de elektrokinetische injectie?

<p>Ze migreren door het polymeer naar de anode (A)</p> Signup and view all the answers

Waarom vindt er een frame shift plaats bij een insertie of deletie?

<p>Omdat het mRNA niet in de correcte combinatie van 3 nucleotiden vertaald wordt (B)</p> Signup and view all the answers

Wat is het gevolg van een incorrect leesraam?

<p>Een eiwit dat vaak veel korter is dan het oorspronkelijke eiwit (C)</p> Signup and view all the answers

Wat is het doel van DNA-sequencing?

<p>Om genetische variaties te identificeren (D)</p> Signup and view all the answers

Wat is één type van mutatie?

<p>Substitutie (A)</p> Signup and view all the answers

Wat is de functie van de ‘Standard Mutation Nomenclature in Molecular Diagnostics’?

<p>Om duidelijk te communiceren over mutaties (A)</p> Signup and view all the answers

Wat wordt gebruikt in het forensisch onderzoek om verdachten aan sporenstalen te linken?

<p>STRs (A)</p> Signup and view all the answers

Wat is de notatie die verwijst naar de positie in het ORF van het gen?

<p>c. (D)</p> Signup and view all the answers

Waar kan een mutatie voorkomen?

<p>Alles bovenstaande (A)</p> Signup and view all the answers

Welke ziekte wordt veroorzaakt door mutaties in het CFTR-gen?

<p>Mucoviscidosis (B)</p> Signup and view all the answers

Wat is het effect van een stille mutatie?

<p>Het resulterende eiwit is ongewijzigd (C)</p> Signup and view all the answers

Wat is een missense mutatie?

<p>Een substitutie die een aminozuur vervangt door een ander aminozuur (A)</p> Signup and view all the answers

Wat is het effect van een insertie of deletie van 3 baseparen of een veelvoud daarvan?

<p>Het resulterende mRNA wordt na de insertie of deletie vertaald in correcte aminozuursequentie (A)</p> Signup and view all the answers

Wat is een nonsense mutatie?

<p>Een substitutie die een stopcodon creëert (D)</p> Signup and view all the answers

Wat is een repeats?

<p>Een reeks nucleotiden die verschillende keren herhaald wordt (B)</p> Signup and view all the answers

Wat gebeurt er wanneer het polymerase een nucleotide G moet inbouwen in een eppendorftube met ddGTP?

<p>Ofwel een dGTP ofwel een ddGTP wordt ingebouwd (B)</p> Signup and view all the answers

Wat is het resultaat van de synthese in een eppendorftube met ddGTP?

<p>Een mengsel van DNA-strengen van verschillende lengte (D)</p> Signup and view all the answers

Hoe worden de fragmenten van elke eppendorftube gescheiden?

<p>Op basis van hun grootte door middel van polyacrylamidegelelektroforese (B)</p> Signup and view all the answers

Waarom migreren de langere fragmenten minder ver dan de kortere fragmenten?

<p>Omdat de langere fragmenten het lastiger hebben om zich door de gel te bewegen (C)</p> Signup and view all the answers

Hoe kan men de sequentie achterhalen?

<p>Door het bekomen bandenpatroon van de 4 reacties te analyseren (C)</p> Signup and view all the answers

Wat is het voordeel van cyclisch sequencen?

<p>Men heeft minder matrijs-DNA nodig (A)</p> Signup and view all the answers

Hoe worden de ddNTPs gelabeld in de moderne Sangersequencing?

<p>Met een verschillend fluorochroom voor elk type ddNTP (C)</p> Signup and view all the answers

Wat is het voordeel van het gebruik van fluorescente ddNTPs?

<p>Men heeft minder eppendorftubes nodig (D)</p> Signup and view all the answers

Hoe worden de fluorescente fragmenten gescheiden?

<p>Door capillaire gelelekroforese (A)</p> Signup and view all the answers

Wat is het resultaat van de sequentieanalyse?

<p>De sequentie van de matrijsketen (B)</p> Signup and view all the answers

Wat is het gevolg van een frame shift als gevolg van een insertie of deletie in het mRNA?

<p>Een incorrect leesraam en vaak een voortijdig stopcodon.</p> Signup and view all the answers

Wat is de notatie die verwijst naar de positie in het ORF van het gen?

<p>c.</p> Signup and view all the answers

Welke ziekte wordt veroorzaakt door mutaties in het CFTR-gen?

<p>Mucoviscidosis.</p> Signup and view all the answers

Wat is het effect van een insertie of deletie van 3 baseparen of een veelvoud daarvan?

<p>Een frame shift.</p> Signup and view all the answers

Wat is de relatie tussen een incorrect leesraam en een voortijdig stopcodon?

<p>Een incorrect leesraam bevat vaak een voortijdig stopcodon.</p> Signup and view all the answers

Hoe worden mutaties in het CFTR-gen genoteerd?

<p>Met behulp van de ‘Standard Mutation Nomenclature in Molecular Diagnostics’.</p> Signup and view all the answers

Wat is het gevolg van een frame shift voor het eiwit?

<p>Een eiwit dat vaak veel korter is dan het oorspronkelijke eiwit.</p> Signup and view all the answers

Wat is de functie van de notatie ‘p.’?

<p>Om de positie in het eiwit aan te duiden.</p> Signup and view all the answers

Wat is de relatie tussen een frame shift en het leesraam?

<p>Een frame shift leidt tot een incorrect leesraam.</p> Signup and view all the answers

Flashcards are hidden until you start studying

Study Notes

Sanger Sequencing

  • Frederick Sanger ontwikkelde in de jaren '70 een methode om DNA te sequeneren, genaamd Sanger sequencing.
  • Sanger kreeg in 1980 de Nobelprijs voor het uitwerken van deze methode.

Originele Sangermethode

  • De oorspronkelijke Sangermethode gebruikt het principe van de ddNTP (dideoxynucleotidetrifosfaat) keten terminatiemethode.
  • dNTPs (deoxynucleotidetrifosfaat) zijn de standaard bouwstenen voor de DNA synthese.
  • ddNTPs (dideoxynucleotides) zijn chemisch gemodificeerde nucleotide-analogen.
  • Het 3' koolstofatoom van de ribose van een ddNTP bevat geen hydroxylgroep, maar slechts een H-atoom.
  • Door de afwezigheid van de 3' hydroxylgroep kan er geen fosfodiësterbinding met een volgend nucleotide tot stand komen.
  • Het ddNTP is een 'dead end' of stopnucleotide voor de DNA streng.

Procedures

  • Het te sequeneren DNA (matrijsketen) is in hoge concentratie aanwezig en wordt verdeeld over 4 eppendorftubes.
  • In elke eppendorftube wordt één van de vier types stopnucleotiden aangebracht (ddATP, ddTTP, ddCTP, ddGTP).
  • De temperatuur wordt zodanig gewijzigd dat achtereenvolgens:
    • het DNA enkelstrengs wordt gemaakt (denaturatie),
    • de gelabelde primer kan binden (annealing),
    • en tenslotte het DNA polymerase kan starten (extensie).

Resultaat

  • Het resultaat is dat sommige nieuw gevormde DNA-strengen kort zullen zijn, omdat al redelijk snel een stopnucleotide werd ingebouwd.
  • Het globaal resultaat is dat de eppendorftube gelabelde fragmenten van verschillende lengte bevat die complementair zijn aan de oorspronkelijke matrijsstreng en allemaal eindigen met ddGTP.
  • De fragmenten van elke eppendorftube worden nu opnieuw enkelstrengs gemaakt en van elkaar gescheiden op basis van hun grootte door middel van polyacrylamidegelelektroforese.

Hedendaagse Sanger Sequencing

  • Er zijn verschillende aanpassingen gebeurd aan het oorspronkelijke protocol.
  • Cyclisch sequencen wordt gebruikt, waarbij opeenvolgende cycli van denaturatie, annealing en extensie worden toegepast.
  • Fluorescente ddNTPs worden gebruikt in plaats van radiolabeling.
  • Capillaire elektroforese wordt gebruikt om de fragmenten te scheiden.

Mutaties

  • DNA-sequencing is het proces waarbij de volgorde van nucleotiden van een DNA-fragment wordt bepaald.
  • Mutaties kunnen voorkomen in:
    • Coderende sequenties van een gen (ORF)
    • Regulerende sequenties van een gen, zoals de promoter
    • Sequenties die betrokken zijn bij de processing van het mRNA
  • Mutaties kunnen verschillende effecten hebben op het resulterende eiwit.
  • Er bestaan verschillende soorten polymorfismen/mutaties:
    • Substitutie
    • Insertie
    • Deletie
    • Duplicatie
    • Inversie
    • Repeats

Sanger Sequencing

  • Frederick Sanger ontwikkelde in de jaren '70 een methode om DNA te sequeneren, genaamd Sanger sequencing.
  • Sanger kreeg in 1980 de Nobelprijs voor het uitwerken van deze methode.

Originele Sangermethode

  • De oorspronkelijke Sangermethode gebruikt het principe van de ddNTP (dideoxynucleotidetrifosfaat) keten terminatiemethode.
  • dNTPs (deoxynucleotidetrifosfaat) zijn de standaard bouwstenen voor de DNA synthese.
  • ddNTPs (dideoxynucleotides) zijn chemisch gemodificeerde nucleotide-analogen.
  • Het 3' koolstofatoom van de ribose van een ddNTP bevat geen hydroxylgroep, maar slechts een H-atoom.
  • Door de afwezigheid van de 3' hydroxylgroep kan er geen fosfodiësterbinding met een volgend nucleotide tot stand komen.
  • Het ddNTP is een 'dead end' of stopnucleotide voor de DNA streng.

Procedures

  • Het te sequeneren DNA (matrijsketen) is in hoge concentratie aanwezig en wordt verdeeld over 4 eppendorftubes.
  • In elke eppendorftube wordt één van de vier types stopnucleotiden aangebracht (ddATP, ddTTP, ddCTP, ddGTP).
  • De temperatuur wordt zodanig gewijzigd dat achtereenvolgens:
    • het DNA enkelstrengs wordt gemaakt (denaturatie),
    • de gelabelde primer kan binden (annealing),
    • en tenslotte het DNA polymerase kan starten (extensie).

Resultaat

  • Het resultaat is dat sommige nieuw gevormde DNA-strengen kort zullen zijn, omdat al redelijk snel een stopnucleotide werd ingebouwd.
  • Het globaal resultaat is dat de eppendorftube gelabelde fragmenten van verschillende lengte bevat die complementair zijn aan de oorspronkelijke matrijsstreng en allemaal eindigen met ddGTP.
  • De fragmenten van elke eppendorftube worden nu opnieuw enkelstrengs gemaakt en van elkaar gescheiden op basis van hun grootte door middel van polyacrylamidegelelektroforese.

Hedendaagse Sanger Sequencing

  • Er zijn verschillende aanpassingen gebeurd aan het oorspronkelijke protocol.
  • Cyclisch sequencen wordt gebruikt, waarbij opeenvolgende cycli van denaturatie, annealing en extensie worden toegepast.
  • Fluorescente ddNTPs worden gebruikt in plaats van radiolabeling.
  • Capillaire elektroforese wordt gebruikt om de fragmenten te scheiden.

Mutaties

  • DNA-sequencing is het proces waarbij de volgorde van nucleotiden van een DNA-fragment wordt bepaald.
  • Mutaties kunnen voorkomen in:
    • Coderende sequenties van een gen (ORF)
    • Regulerende sequenties van een gen, zoals de promoter
    • Sequenties die betrokken zijn bij de processing van het mRNA
  • Mutaties kunnen verschillende effecten hebben op het resulterende eiwit.
  • Er bestaan verschillende soorten polymorfismen/mutaties:
    • Substitutie
    • Insertie
    • Deletie
    • Duplicatie
    • Inversie
    • Repeats

Studying That Suits You

Use AI to generate personalized quizzes and flashcards to suit your learning preferences.

Quiz Team

More Like This

Use Quizgecko on...
Browser
Browser