18 Questions
Quelle est l'explication donnée par Preston pour les formes asymétriques à gauche de l'ARS en séquençage shotgun?
Petite taille de l'échantillon original
Quel critère est lié à la skewness de l'ARS au niveau du genre dans les échantillons shotgun?
Le nombre total de lectures
Qu'indique la Figure S5 supplémentaire concernant les échantillons shotgun collectés?
Ils se regroupent en deux groupes basés sur le nombre total de lectures
Quelles sont les caractéristiques du groupe présentant une skewness élevée de l'ARS selon les données fournies?
Nombre de lectures faible et ARS plus skewée
Pourquoi les échantillons avec moins de 500 000 lectures ont été exclus de l'analyse comparative selon le texte?
Ils étaient caractérisés par une faible qualité
Quelle conclusion a été tirée des courbes de raréfaction concernant les échantillons shotgun avec moins de 500 000 lectures?
Ils ne permettent pas d'identifier les genres
Quelle est la principale différence observée entre le séquençage par shotgun et le séquençage 16S au niveau des genres ?
Les distributions de shotgun sont plus symétriques que celles du 16S.
Pourquoi les distributions de shotgun sont-elles plus symétriques que celles du 16S au niveau des genres ?
Les données de shotgun ont une taille d'échantillonnage plus élevée.
Quelle affirmation est vraie concernant les distributions au niveau du phylum ?
Les distributions de shotgun et de 16S sont toutes deux asymétriques positives, sauf pour quelques valeurs aberrantes du 16S.
Quelle est la raison pour laquelle les distributions au niveau du phylum sont asymétriques positives ?
Aucun des phylums n'est significativement rare.
Quelle méthode statistique a été utilisée pour comparer l'asymétrie des distributions au niveau des genres ?
Un test t de Student apparié
Selon les résultats présentés, quelle méthode de séquençage serait préférable pour identifier les genres bactériens rares ?
Le séquençage 16S
Quelle base de données a été utilisée pour l'assignation taxonomique des lectures de séquençage de l'ARNr 16S ?
Silva SSU
Pourquoi l'analyse des communautés bactériennes a-t-elle été effectuée uniquement jusqu'au niveau du genre ?
MG-RAST déconseille l'identification au niveau de l'espèce, en particulier pour les données de séquençage shotgun
Quelle méthode a été utilisée pour visualiser la distribution de l'abondance relative des espèces (RSA) ?
Diagrammes de Preston
Quelle méthode a été utilisée pour la normalisation des comptes et l'analyse différentielle de l'abondance des genres ?
DESeq2
Comment la variabilité élevée dans la dispersion des comptes a-t-elle été ajustée ?
En utilisant une procédure de lissage par DESeq2
Quelle méthode a été utilisée pour calculer les courbes de raréfaction ?
Une extension du package phyloseq implémentant le package vegan
Explore the similarities and differences in shape between distributions obtained by shotgun and 16S sequencing methods at the phylum level. Analyze how the 16S sample shows a more patchy distribution with fewer identified phyla. Compare the RSA skewness of bacterial communities using box plots.
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