RSA Histograms: Shotgun vs 16S at Phylum Level
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Questions and Answers

Quelle est l'explication donnée par Preston pour les formes asymétriques à gauche de l'ARS en séquençage shotgun?

  • Petite taille de l'échantillon original (correct)
  • Grande taille de l'échantillon original
  • Absence de corrélation avec le nombre total de lectures
  • Manque de précision de l'équipement de séquençage
  • Quel critère est lié à la skewness de l'ARS au niveau du genre dans les échantillons shotgun?

  • Le nombre total de lectures (correct)
  • La température de l'environnement
  • Le temps de séquençage
  • Le volume de l'échantillon
  • Qu'indique la Figure S5 supplémentaire concernant les échantillons shotgun collectés?

  • Ils se regroupent en fonction du moment de la collecte
  • Ils ne montrent aucune caractéristique particulière
  • Ils se regroupent en fonction du lieu de collecte
  • Ils se regroupent en deux groupes basés sur le nombre total de lectures (correct)
  • Quelles sont les caractéristiques du groupe présentant une skewness élevée de l'ARS selon les données fournies?

    <p>Nombre de lectures faible et ARS plus skewée</p> Signup and view all the answers

    Pourquoi les échantillons avec moins de 500 000 lectures ont été exclus de l'analyse comparative selon le texte?

    <p>Ils étaient caractérisés par une faible qualité</p> Signup and view all the answers

    Quelle conclusion a été tirée des courbes de raréfaction concernant les échantillons shotgun avec moins de 500 000 lectures?

    <p>Ils ne permettent pas d'identifier les genres</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la principale différence observée entre le séquençage par shotgun et le séquençage 16S au niveau des genres ?

    <p>Les distributions de shotgun sont plus symétriques que celles du 16S.</p> Signup and view all the answers

    Pourquoi les distributions de shotgun sont-elles plus symétriques que celles du 16S au niveau des genres ?

    <p>Les données de shotgun ont une taille d'échantillonnage plus élevée.</p> Signup and view all the answers

    Quelle affirmation est vraie concernant les distributions au niveau du phylum ?

    <p>Les distributions de shotgun et de 16S sont toutes deux asymétriques positives, sauf pour quelques valeurs aberrantes du 16S.</p> Signup and view all the answers

    Quelle est la raison pour laquelle les distributions au niveau du phylum sont asymétriques positives ?

    <p>Aucun des phylums n'est significativement rare.</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode statistique a été utilisée pour comparer l'asymétrie des distributions au niveau des genres ?

    <p>Un test t de Student apparié</p> Signup and view all the answers

    Selon les résultats présentés, quelle méthode de séquençage serait préférable pour identifier les genres bactériens rares ?

    <p>Le séquençage 16S</p> Signup and view all the answers

    Quelle base de données a été utilisée pour l'assignation taxonomique des lectures de séquençage de l'ARNr 16S ?

    <p>Silva SSU</p> Signup and view all the answers

    Pourquoi l'analyse des communautés bactériennes a-t-elle été effectuée uniquement jusqu'au niveau du genre ?

    <p>MG-RAST déconseille l'identification au niveau de l'espèce, en particulier pour les données de séquençage shotgun</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode a été utilisée pour visualiser la distribution de l'abondance relative des espèces (RSA) ?

    <p>Diagrammes de Preston</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode a été utilisée pour la normalisation des comptes et l'analyse différentielle de l'abondance des genres ?

    <p>DESeq2</p> Signup and view all the answers

    Comment la variabilité élevée dans la dispersion des comptes a-t-elle été ajustée ?

    <p>En utilisant une procédure de lissage par DESeq2</p> Signup and view all the answers

    Quelle méthode a été utilisée pour calculer les courbes de raréfaction ?

    <p>Une extension du package phyloseq implémentant le package vegan</p> Signup and view all the answers

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