Phages et Infections Bactérielles

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Questions and Answers

Quel est le rôle principal des bactériophages?

  • Infecter les bactéries (correct)
  • Produire des enzymes de restriction
  • Infecter les virus
  • Multiplier les cellules bactériennes

Quelle est la différence entre une infection lytique et lysogénique?

  • L'infection lytique n'implique pas de lyse
  • L'infection lysogénique ne provoque pas la lyse immédiatement (correct)
  • L'infection lytique entraîne la lyse après une période prolongée
  • L'infection lysogénique provoque la lyse immédiatement

Quel est le mécanisme de défense des bactéries contre les bactériophages?

  • La méthylation de l'ADN (correct)
  • La détoxification de l'ARN
  • La réplication de l'ADN phagique
  • L'absorption de l'ADN phagique

Quelles enzymes bactériennes sont impliquées dans la protection contre l'ADN étranger?

<p>Les endonucléases de restriction (B)</p> Signup and view all the answers

Comment l'ADN du phage est-il intégré dans l'ADN bactérien?

<p>Par lysogénie (C)</p> Signup and view all the answers

Quel est le produit de la digestion par les enzymes de restriction?

<p>Des fragments de restriction (D)</p> Signup and view all the answers

Quelle caractéristique les fragments de restriction partagent-ils?

<p>Ils ont toujours la même longueur pour un ADN donné (A)</p> Signup and view all the answers

Quel facteur peut réveiller le phage intégré dans le génome bactérien?

<p>L'agression physique (A)</p> Signup and view all the answers

Quel type d'enzyme de restriction est le plus couramment utilisé dans la manipulation de l'ADN ?

<p>Enzyme de type II (A)</p> Signup and view all the answers

Quel type de coupure produit des extrémités non cohésives ?

<p>Coupure à bouts francs (C)</p> Signup and view all the answers

Quel est le rôle principal des enzymes de méthylation dans l'ADN bactérien ?

<p>Éviter l'auto-destruction de la bactérie (C)</p> Signup and view all the answers

Les isoschizomères sont définis par quelle caractéristique principale ?

<p>Ils coupent au même site de restriction (A)</p> Signup and view all the answers

Quel marqueur indique que l'enzyme de restriction EcoRI coupe entre quelles bases spécifiques ?

<p>Entre G et A (C)</p> Signup and view all the answers

Quel type de coupure permet des associations spontanées entre les fragments d'ADN ?

<p>Coupure à bouts collants (C)</p> Signup and view all the answers

Quelle base est spécifiquement méthylée par les méthylases dans l'ADN bactérien ?

<p>Cytosine (B), Adénine (D)</p> Signup and view all the answers

Quelle caractéristique ne décrit pas les enzymes de restriction de type III ?

<p>Elles coupent au milieu de la séquence (D)</p> Signup and view all the answers

Quel est le rôle principal de la méthylase dans l'ADN bactérien?

<p>De modifier les nucléotides pour éviter leur reconnaissance par les enzymes de restriction (B)</p> Signup and view all the answers

Quelle est la caractéristique des enzymes de restriction?

<p>Elles reconnaissent des séquences spécifiques de nucléotides (C)</p> Signup and view all the answers

Que signifie une séquence palindromique dans le contexte des enzymes de restriction?

<p>C'est une séquence où les nucléotides sont identiques sur les deux brins (D)</p> Signup and view all the answers

Comment est déterminée la nomenclature des enzymes de restriction?

<p>Elle est basée sur le nom de la bactérie d'où l'enzyme est isolée (C)</p> Signup and view all the answers

Quelle est la distinction entre les endonucléases et les exonucléases?

<p>Les endonucléases coupent à l'intérieur des acides nucléiques, les exonucléases à l'extérieur (C)</p> Signup and view all the answers

Quel type d'enzymes de restriction coupe loin de la séquence de reconnaissance?

<p>Les enzymes de type I (C)</p> Signup and view all the answers

Quel est un effet de la méthylation de l'ADN sur un ADN étranger?

<p>Elle permet à l'ADN étranger de se cliver par l'enzyme de restriction (A)</p> Signup and view all the answers

Quelle est la longueur typique des séquences de nucléotides reconnues par les enzymes de restriction?

<p>4 à 10 nucléotides (A)</p> Signup and view all the answers

Flashcards

Bactériophages

Des virus qui infectent les bactéries. Ils sont composés d'un génome d'acide nucléique entouré d'une couverture protéique protectrice.

Infection lytique

Une infection des bactéries par les phages qui provoque la lyse de la cellule hôte après son injection.

Infection lysogénique

Une infection des bactéries par les phages qui ne provoque pas la lyse immédiatement, mais après une longue période pendant laquelle le phage se développe en même temps que le génome bactérien.

Système de restriction-méthylation

Un système de protection présent dans les bactéries qui dégrade l'ADN des phages en le coupant à des endroits spécifiques.

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Enzymes de restriction

Des enzymes bactériennes qui dégradent l'ADN des phages en reconnaissant des séquences spécifiques de nucléotides.

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Sites de restriction

Des séquences spécifiques de nucléotides reconnues par les enzymes de restriction.

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Méthylation de l'ADN bactérien

L'ADN de la bactérie est méthylé à des endroits spécifiques reconnus par les enzymes de restriction, ce qui le protège de la dégradation.

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Fragments de restriction

Les fragments d'ADN produits par la coupure de l'ADN par les enzymes de restriction.

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Séquences palindromiques

Une séquence d'ADN qui se lit de la même manière dans les deux sens, sur les deux brins, mais en sens inverse. Elles sont souvent reconnues par les enzymes de restriction.

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Endonucléases

Une classe d'enzymes qui clivent les liaisons phosphodiesters à l'intérieur d'un acide nucléique, comme l'ADN. Elles sont responsables de la fragmentation de l'ADN.

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Exonucléases

Une classe d'enzymes qui dégradent l'ADN à partir de l'une de ses extrémités. Elles sont différentes des endonucléases qui coupent l'ADN à l'intérieur de la chaîne.

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Système de restriction-modification

Un système composé d'un gène de restriction et d'un gène de méthylation qui constitue une défense contre les phages. L'enzyme de restriction clive l'ADN étranger non méthylé, tandis que l'ADN bactérien méthylé est protégé.

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Nomenclature des enzymes de restriction

Une nomenclature pour les enzymes de restriction, basée sur l'espèce bactérienne d'où elle est extraite. Exemple : EcoRI provient d'Escherichia coli.

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Enzymes de restriction de type II

Les enzymes de restriction de type II coupent l'ADN à l'intérieur de la séquence de reconnaissance, appelée site palindromique. Ce type d'enzyme est largement utilisé dans la manipulation et l'analyse de l'ADN.

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Enzymes de restriction de type III

Les enzymes de restriction de type III reconnaissent une séquence d'ADN spécifique, mais effectuent la coupure à une vingtaine de nucléotides en aval de ce site.

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Coupure à bouts francs

Certaines enzymes de restriction coupent l'ADN en son centre, ce qui produit des extrémités à bouts francs. Ces bouts ne peuvent pas s'apparier naturellement.

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Coupure à bouts collants

D'autres enzymes de restriction coupent l'ADN de manière asymétrique, créant des extrémités collantes. Ces bouts, qui sont simples brins complémentaires, peuvent s'apparier spontanément.

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Exemple : EcoRI

L'enzyme de restriction EcoRI coupe l'ADN au niveau de la séquence GAATTC et produit des extrémités 5' cohésives.

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Méthylases bactériennes

Les enzymes de méthylation, parfois appelées méthylases bactériennes, modifient l'ADN en ajoutant un groupe méthyle à certaines bases. Cela empêche les enzymes de restriction de couper l'ADN.

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Isoschizomères

Des enzymes de restriction provenant de différentes sources bactériennes peuvent avoir les mêmes sites de reconnaissance et couper l'ADN au même endroit. Ce sont des isoschizomères.

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Study Notes

Bacteriophages

  • Bacteriophages are viruses that infect bacteria.
  • Their structure consists of a nucleic acid genome (single-stranded or double-stranded DNA or RNA) surrounded by a protective protein coat.
  • They can only reproduce using the host bacteria's machinery.
  • Bacteriophages can follow a lytic or lysogenic cycle after infecting a bacterial cell.

Lytic Infection

  • In a lytic infection, the phage causes the host cell to lyse (burst) after injecting its genetic material.
  • This cycle results in the release of new phages.

Lysogenic Infection

  • In a lysogenic infection, the phage DNA integrates into the host bacterium's DNA.
  • The phage DNA (prophage) replicates along with the host DNA.
  • The phage is latent (dormant) during this phase.
  • Certain triggers (like UV radiation) can activate the phage DNA to enter the lytic cycle, causing the infection to progress.

Restriction Enzymes

  • Restriction enzymes are bacterial enzymes that protect bacterial DNA from invading phages.
  • They are endonucleases that cut DNA at specific recognition sequences, called restriction sites.
  • These sites are usually palindromic sequences (reads the same backward as forward).
  • The lengths of the restriction fragments are determined by the DNA sequence, and they are always the same length for the same DNA sequence.

Types of Restriction Enzymes

  • Type I enzymes cut the DNA at a site different from the recognition site.
  • Type II enzymes cut the DNA within the recognition sequence.
  • Type III enzymes cut the DNA about 25 base pairs away from the recognition sequence.

Restriction Sites

  • Restriction sites are specific DNA sequences that restriction enzymes recognize and cut.
  • The sequences are usually 4-6 base pairs long.
  • Palindromic sequences are common restriction sites.

Isoschizomers

  • Isoschizomers are restriction enzymes from different sources/organisms that have identical recognition sequences and cut at the same site. (although their physical constants can be different)

Endonucleases and Exonucleases

  • Endonucleases cleave DNA within the molecule.
  • Exonucleases remove nucleotides from the end of a DNA molecule.

Nomenclature of Restriction Enzymes

  • Names are based on bacteria from which they are isolated; the names include the Genus and Species of the bacteria. (e.g. EcoRI for Escherichia coli)

Methylation

  • Bacteria protect their own DNA from restriction enzymes by methylation.
  • Methylation adds a methyl group to the recognition site, preventing the restriction enzyme from cutting.

Isoschizomers/Compatibility

  • DNA fragments with compatible ends can join.
  • Restriction enzymes with similar recognition sites are "compatible." (even if the enzyme names are different)

Types of Cuts

  • Blunt ends: The DNA is cut straight across both strands.
  • Sticky/cohesive ends: The DNA is cut in a staggered fashion, leaving complementary single-stranded overhangs that can base pair with each other.

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