Méthodes de séparation de bactéries

10 Questions

Qu'est-ce que la PCR?

La PCR est une technique de biologie moléculaire permettant d'amplifier un fragment spécifique d'ADN.

Quel est le rôle des amorces dans la PCR?

Les amorces sont des courts fragments d'ADN complémentaires aux séquences d'ADN flanquant la région à amplifier. Elles servent à amorcer la réaction de PCR.

Pourquoi utilise-t-on des amorces dans la PCR?

Les amorces sont utilisées dans la PCR pour permettre l'amplification spécifique d'une séquence cible d'ADN.

Quel est le but de la réaction de PCR?

Le but de la réaction de PCR est d'amplifier un fragment spécifique d'ADN, augmentant ainsi le nombre de copies de ce fragment.

Quelle est l'utilité du séquençage de la région variable de l'ARN 16S?

Le séquençage de la région variable de l'ARN 16S permet d'identifier la séquence spécifique de l'ARN 16S, ce qui peut aider à identifier la bactérie correspondante.

Comment peut-on solutionner le problème de chromatogramme obtenu lorsqu'on ne sépare pas les cultures bactériennes?

Ce problème peut être solutionné grâce au séquençage à haut débit qui peut séquencer un mélange PCR, permettant ainsi de distinguer les séquences provenant de différentes bactéries.

Qu'est-ce que le séquençage à haut débit?

Le séquençage à haut débit est une technologie de séquençage qui permet de séquencer de grandes quantités d'ADN ou d'ARN de manière rapide et efficace.

Quelles sont les autres machines permettant de séquencer à haut débit?

Il existe d'autres machines permettant de séquencer à haut débit, telles que les séquenceurs nouvelle génération (NGS) comme l'Illumina HiSeq, le Ion Torrent PGM, etc.

Pourquoi est-il important de savoir à quelle bactérie on a à faire?

Il est important de savoir à quelle bactérie on a à faire pour pouvoir mettre en place un traitement approprié en cas d'infection ou pour mener des études épidémiologiques.

Quel est l'intérêt des séquenceurs dans le domaine de la microbiologie?

Les séquenceurs sont très utiles dans le domaine de la microbiologie car ils permettent d'identifier et de caractériser les micro-organismes présents dans un échantillon, ce qui est crucial pour de nombreuses applications médicales et environnementales.

Study Notes

Méthodes de séparation et d'isolement des bactéries

Ensemencement part striation : méthode pour séparer les bactéries d'un mélange, en utilisant la gélose et la stérilisation
Ensemencement en profondeur par dilutions successives : autre méthode pour isoler les bactéries

Culture des bactéries

Culture en système fermé : croissance des bactéries avec une phase de latence, phase de croissance exponentielle et phase de décroissance
Culture continue : système ouvert où les nutriments sont fournis en continu et les déchets sont éliminés en continu

Mesure de la taille de la population microbienne

Chambre de comptage : méthode pour dénombrer les bactéries
Compteur électronique et cytomètre en flux : autres méthodes pour dénombrer les bactéries
Mesure de la turbidité : méthode pour estimer la quantité de bactéries dans un échantillon

Problème des bactéries non cultivables

La grande majorité des bactéries ne peuvent pas être cultivées par les techniques actuelles
Il est important de cultiver des bactéries non cultivables pour obtenir de nouveaux antibiotiques

Identification des bactéries

Coloration simple et coloration différentielle (Gram) : méthodes pour identifier les bactéries
Tests biochimiques : méthodes pour évaluer les capacités métaboliques des bactéries
Tests moléculaires : méthodes pour identifier les bactéries en analysant leur composition génomique

Facteurs influençant la croissance des bactéries

Concentration en solutés et activité de l'eau : pression osmotique, pression cytocolastique et activité de l'eau influencent la croissance des bactéries
pH : bactéries acidophiles, neutrophiles et alcaliphiles
Température : psychrophiles, mésophiles et hyperthermophiles
Concentration en oxygène : aérobies, anaérobies facultatives, anaérobies aérotolérantes et anaérobies obligées### Effet des Radiations sur les Bactéries
Les bactéries sont sensibles aux UVs car elles vivent dans un milieu sans lumière et n'ont pas l'équipement pour survivre à la présence d'UVs.
Les radiations influencent la croissance des bactéries.
Les rayons ionisants (RX et Rɣ) et UV ont une haute intensité énergétique qui abime le génome de la molécule et crée un stress oxydatif.

Irradiation des Aliments

L'irradiation des aliments permet de détruire le génome des bactéries se trouvant sur l'aliment.
Exemple : Deinococcus radiodurans, une bactérie qui résiste à 5000x la dose mortelle de radiation pour un homme.

Caractéristiques des Bactéries

Osmotolérant, osmophile, halophile, acidophile, neutrophile, alcalophile/basophile
Psychrophile, psychrotrophe, mésophile, thermophile, hyperthermophile
Aérobe obligé, microaérophile, anaérobe facultatif ≠ aérotolérant ≠ obligé, ROS, catalase, SOD
Barotolérant, barophile = piézophile

Conservation des Aliments

Basse T, absence d'O2, pH acide, π elevée, activité de l'eau basse

Culture des Bactéries

Milieu de culture : fournit des nutriments qui fournissent de l'énergie à ces bactéries
Nutriments : macroéléments (C, H, O, N, P, et S), cations (K+, Ca2+, Mg2+, Fe2+, Fe3+), microéléments (Zn, Co, Mo, Ni, Cu, Mn)
Types de milieux de culture : définis (synthétiques), complexes (extrait de levures, peptones), non-sélectif, sélectif, différentiel

Isolement de Cultures Pures

Choix du milieu en fonction du type d'échantillon de départ (fèces, urine, eau de distribution…)
Isolement de cultures pures : souvent, lorsqu'on collecte un échantillon, il y a de bonne chance que ce que cet échantillon contienne essentiellement le pathogène que l'on souhaite observer