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Questions and Answers
In quali frammenti possono essere divisi i genomi durante la preparazione della libreria?
In quali frammenti possono essere divisi i genomi durante la preparazione della libreria?
Qual è lo scopo dell'amplificazione clonale?
Qual è lo scopo dell'amplificazione clonale?
Quale tecnica viene utilizzata dalle prime tre piattaforme per generare la libreria?
Quale tecnica viene utilizzata dalle prime tre piattaforme per generare la libreria?
Che cosa viene utilizzato per etichettare i frammenti durante la preparazione della libreria?
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Quale piattaforma utilizza il cluster per generare la libreria?
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Qual è il principio chimico alla base del pirosequenziamento?
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Quale è il risultato sulla quantità di sequenze generate quando si hanno due frammenti invece di uno?
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Perché il blocco in posizione 3' viene rimosso nel metodo di sequenziamento?
Perché il blocco in posizione 3' viene rimosso nel metodo di sequenziamento?
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Che cosa vengono definite le biglie con solo un tipo di frammento sulla superficie?
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Cosa si verifica dopo che il nucleotide è stato incorporato?
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Quale è il compito della polimerasi all'interno del pozzetto?
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Perché bisogna lavare tutto via in seguito all'incorporazione del nucleotide?
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Perché la resa della reazione viene penalizzata?
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Quale è il ruolo del blocco in posizione 3'?
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Che cosa contiene la piastra picotiter?
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Cosa avviene dopo la recezione del segnale di fluorescenza?
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Quale è il risultato della reazione all'interno del pozzetto?
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Cosa viene sequenziato dopo l'ibridazione e l'amplificazione dei frammenti?
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Quanti frammenti di DNA erano presenti nel metodo Shotgun di Celera?
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Qual è il nome del metodo di sequenziamento utilizzato nel sequenziatore rappresentato in alto a sx?
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Cosa si trova all'interno di ogni capillare nel sequenziatore?
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Quale processo avviene all'interno di ogni capillare?
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A cosa serve la micro-elettroforesi?
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In quali occasioni viene utilizzata anche la micro-elettroforesi?
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Perché vengono scartate le micelle o le biglie che non servono?
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Qual è il problema della fase di arricchimento?
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Cosa si utilizza per legare la biotina alle biglie?
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Quale è il requisito per considerare una corsa efficiente?
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Cosa viene aggiunto all'estremità del frammento di DNA sulla biglia?
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Qual è lo scopo della reazione biotina-streptavidina?
Qual è lo scopo della reazione biotina-streptavidina?
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Study Notes
Sequenziamento del DNA
- La PCR ad emulsione viene utilizzata per amplificare i frammenti di DNA e preparare la libreria per il sequenziamento.
- Le piattaforme di sequenziamento utilizzano diverse tecniche per rilevare il segnale, come la luminescenza, la fluorescenza e la variazione di pH.
Preparazione delle biglie
- Le biglie vengono ricoperte da frammenti di DNA identici mediante la PCR ad emulsione.
- Le biglie possono essere monoclonali (con un solo tipo di frammento) o policlonali (con due o più tipi di frammenti).
- La preparazione delle biglie viene fatta per ottenere una reazione omogenea e uguale per tutti.
Sequenziamento
- Il sequenziamento viene fatto mediante la sintesi di un filamento complementare sulla biglia ricoperta da frammenti di DNA.
- La polimerasi sintetizza il filamento complementare e rilascia un segnale di fluorescenza per ogni nucleotide incorporato.
- Il blocco in posizione 3' viene rimosso dopo ogni ciclo di sequenza per evitare la continuazione della reazione.
- La reazione viene ripetuta per coprire la lunghezza totale del frammento.
Differenze con il metodo Sanger
- Nel metodo Sanger, il blocco in posizione 3' non viene rimosso, e la reazione continua fino a quando non viene rilevato il segnale.
- Nel sequenziamento di nuova generazione, il blocco viene eliminato dopo ogni ciclo, consentendo di discriminare i segnali.
Fase di arricchimento
- La fase di arricchimento segue la PCR ad emulsione e consente di selezionare solo le biglie ricoperte da frammenti di DNA.
- La reazione biotina-streptavidina viene utilizzata per scartare le biglie vuote o le micelle contenenti solo DNA.
- La percentuale di policlonali alla fine del processo deve essere inferiore al 20-30% per considerare la corsa efficiente.
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Description
Scopri il processo di sequenziamento del genoma umano e il metodo Sanger utilizzato per la sua comprensione. Questo quiz ti porterà alla scoperta della storia del sequenziamento del genoma umano.
