Evolution of Analytical Methods in OMICS

• Extraits d'articles relatifs à l'étude des communautés microbiennes du sol par des méthodes omiques : Cheung et al, 2005 ; Johnston et al, 2003 ; Kersanté et al, 2006 ; Lerch, 2010.
• Extraction de l'ADN du sol par PCR avec des amorces ciblant Mycobacterium (Cheung et al, 2005) ou mycorrhizes (Johnson et al, 2003) et analyse par TRFLP (terminal restriction fragment length polymorphism) ou RISA (ribosomal intergenic spacer analysis).
• Étude de l'impact de la diversité des plantes sur les communautés mycorhiziennes et des vers de terre sur les communautés microbiennes.
• Analyse des plasmides, séquençage, comparaison avec des bases de données et construction d'arbres phylogénétiques.
• Quantification des microorganismes par PCR quantitative (qPCR) ou reverse transcription PCR (RT-PCR), mesure de l'abondance d'ARN synthétisé par des bactéries actives dans le sol.
• Techniques de transcription reverse ADN complémentaire, PCR et qPCR visant des gènes fonctionnels.
• Identification in situ des bactéries par fluorescent in situ hybridization (FISH).
• Nouvelle approche Stable-Isotope Probing (SIP) pour relier la diversité et la fonction.
• Utilisation de méthodes omiques telles que metabarcoding, RNA seq, whole genome shotgun, microarray et comparaison entre méthodes.
• Étude des propriétés physico-chimiques des sols et comparaison des effets de différents traitements de sols : nitrate de calcium, paille, engrais vert, fumier, boues, tourbe, sewage sludge.
• Propriétés physico-chimiques des sols : sol nu, sol cultivé, pH, total C, total N, C/N.
• Comparaison des propriétés de diverses classes de phylum dans les sols traités.

Les études ci-dessus présentent des recherches menées sur l'utilisation de méthodes omiques pour étudier les communautés microbiennes du sol. Elles comprennent l'extraction de l'ADN du sol par PCR et les analyses TRFLP ou RISA, l'étude de l'impact de diversité des plantes et des vers de terre, l'analyse des plasmides, la quantification des microorganismes par PCR quantitative et reverse transcription PCR, la transcription reverse ADN complémentaire, l'identification in situ par FISH, la nouvelle approche SIP pour relier la diversité et la fonction, et la comparaison des méthodes omiques telles que metabarcoding, RNA seq, whole genome shotgun et microarray. Les études comparent également les effets de différents traitements de sols sur les propriétés physico-chimiques et les communautés microbiennes des sols.

This quiz covers the evolution of analytical methods in OMICS, focusing on techniques and advancements from the past to the present. Topics include 1st symposium EM, 'omic era', methodological developments, and isolation techniques.