Evolution of Analytical Methods in OMICS

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Questions and Answers

Quel événement s'est produit en 1957 dans le contexte de l'évolution des connaissances et des techniques?

Premier manuel

Développements méthodologiques

Premier journal AEM

Premier symposium EM (correct)

Quelles méthodes sont associées à l'isolement sur milieux de culture?

Microscopie confocale

Microscopie électronique

Epifluorescence

PCR (correct)

Quel domaine est associé à la metatranscriptomique?

ARN environnemental (correct)

Protéines environnementales

ADN environnemental

Biologie moléculaire

Quel groupe bactérien est associé au soufre?

Thermus/Deinococcus Signup and view all the answers

Quelle méthode est associée à la biologie génomique informatique?

Bio-informatique Signup and view all the answers

Quel événement s'est produit en 1998 dans le contexte de l'évolution des connaissances et des techniques?

'1st ISME' Signup and view all the answers

Quel domaine est associé à la protéomique environnementale?

Protéines environnementales Signup and view all the answers

'Metagenomics' est principalement associé à l'étude de:

'ADN environnemental' Signup and view all the answers

'Populations cultivables' est principalement associé à:

'Relation diversité génétique - fonction' Signup and view all the answers

Qu'est-ce que l'analyse des acides gras phospholipidiques (PLFA) permet de mesurer?

Les biomarqueurs lipidiques Signup and view all the answers

Quelle méthode est utilisée pour mesurer la minéralisation du carbone et de l'azote apporté dans un substrat?

Mesures isotopiques du carbone 13C Signup and view all the answers

Quel est l'objectif de la mesure du rapport 13C/12C en IRMS?

Connaître la source de carbone utilisée par les microorganismes Signup and view all the answers

Quelle technique permet l'estimation microbienne de la biodiversité en mesurant le Carbone microbien?

Analyse des acides gras phospholipidiques (PLFA) Signup and view all the answers

Qu'est-ce que la technique DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis) permet d'étudier?

La structure des communautés microbiennes Signup and view all the answers

Quels puits sont inoculés dans la méthode Biolog® Ecoplate?

Puits contenant des substrats carbonés différents Signup and view all the answers

Qu'est-ce que l'empreinte moléculaire permet d'étudier?

La structure des communautés microbiennes Signup and view all the answers

Quelle est la phase où le nombre de copies d'ADN double à chaque cycle dans la qPCR?

Phase exponentielle Signup and view all the answers

Qu'est-ce que la mesure du supplément de carbone ou d'azote minéralisé permet d'estimer?

L'activité métabolique des microorganismes Signup and view all the answers

Quelle méthode est utilisée pour l'extraction de l'ADN du sol dans les études sur les communautés microbiennes du sol?

PCR avec des amorces ciblant Mycobacterium Signup and view all the answers

Quelle technique est utilisée pour l'analyse des plasmides dans les études sur les communautés microbiennes du sol?

Whole genome shotgun Signup and view all the answers

Quelle méthode est utilisée pour relier la diversité et la fonction dans les études sur les communautés microbiennes du sol?

Stable-Isotope Probing (SIP) Signup and view all the answers

Quelle méthode est utilisée pour l'identification in situ des bactéries dans les études sur les communautés microbiennes du sol?

FISH (fluorescent in situ hybridization) Signup and view all the answers

Quelle technique est utilisée pour l'analyse comparative des méthodes omiques dans les études sur les communautés microbiennes du sol?

Metabarcoding Signup and view all the answers

Quelle méthode est utilisée pour l'analyse de la diversité des plantes dans les études sur les communautés microbiennes du sol?

Metabarcoding Signup and view all the answers

Quelle méthode est utilisée pour la comparaison des propriétés de diverses classes de phylum dans les sols traités dans les études sur les communautés microbiennes du sol?

Comparaison des effets de différents traitements de sols Signup and view all the answers

Quelle méthode est utilisée pour l'étude de l'impact de la diversité des plantes sur les communautés mycorhiziennes dans les études sur les communautés microbiennes du sol ?

Analyse par TRFLP (terminal restriction fragment length polymorphism) Signup and view all the answers

Quelle méthode est utilisée pour l'étude de l'impact des vers de terre sur les communautés microbiennes dans le sol ?

Etude de l'impact de diversité des plantes et des vers de terre sur le sol nu et le sol cultivé Signup and view all the answers

Study Notes

Extraits d'articles relatifs à l'étude des communautés microbiennes du sol par des méthodes omiques : Cheung et al, 2005 ; Johnston et al, 2003 ; Kersanté et al, 2006 ; Lerch, 2010.
Extraction de l'ADN du sol par PCR avec des amorces ciblant Mycobacterium (Cheung et al, 2005) ou mycorrhizes (Johnson et al, 2003) et analyse par TRFLP (terminal restriction fragment length polymorphism) ou RISA (ribosomal intergenic spacer analysis).
Étude de l'impact de la diversité des plantes sur les communautés mycorhiziennes et des vers de terre sur les communautés microbiennes.
Analyse des plasmides, séquençage, comparaison avec des bases de données et construction d'arbres phylogénétiques.
Quantification des microorganismes par PCR quantitative (qPCR) ou reverse transcription PCR (RT-PCR), mesure de l'abondance d'ARN synthétisé par des bactéries actives dans le sol.
Techniques de transcription reverse ADN complémentaire, PCR et qPCR visant des gènes fonctionnels.
Identification in situ des bactéries par fluorescent in situ hybridization (FISH).
Nouvelle approche Stable-Isotope Probing (SIP) pour relier la diversité et la fonction.
Utilisation de méthodes omiques telles que metabarcoding, RNA seq, whole genome shotgun, microarray et comparaison entre méthodes.
Étude des propriétés physico-chimiques des sols et comparaison des effets de différents traitements de sols : nitrate de calcium, paille, engrais vert, fumier, boues, tourbe, sewage sludge.
Propriétés physico-chimiques des sols : sol nu, sol cultivé, pH, total C, total N, C/N.
Comparaison des propriétés de diverses classes de phylum dans les sols traités.

Les études ci-dessus présentent des recherches menées sur l'utilisation de méthodes omiques pour étudier les communautés microbiennes du sol. Elles comprennent l'extraction de l'ADN du sol par PCR et les analyses TRFLP ou RISA, l'étude de l'impact de diversité des plantes et des vers de terre, l'analyse des plasmides, la quantification des microorganismes par PCR quantitative et reverse transcription PCR, la transcription reverse ADN complémentaire, l'identification in situ par FISH, la nouvelle approche SIP pour relier la diversité et la fonction, et la comparaison des méthodes omiques telles que metabarcoding, RNA seq, whole genome shotgun et microarray. Les études comparent également les effets de différents traitements de sols sur les propriétés physico-chimiques et les communautés microbiennes des sols.

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Description

This quiz covers the evolution of analytical methods in OMICS, focusing on techniques and advancements from the past to the present. Topics include 1st symposium EM, 'omic era', methodological developments, and isolation techniques.