Esercitazione Totale di Bioinformatica

Esercitazione Totale

• La classificazione prevede l'esito di un evento futuro e assegna le unità a categorie predefinite.
• Le matrici BLOSUM allineano proteine con diversi gradi di similarità evolutiva.
• I database primari archiviano i risultati sperimentali, mentre i secondari contengono dati analizzati.
• Un VIP score inferiore a 1 indica variabili meno influenti per la classificazione.
• La bioinformatica è un campo interdisciplinare che integra biologia, informatica e ingegneria.
• Gli indici locali in HISAT2 gestiscono varianti genomiche e determinano lo splicing alternativo.
• I t-test con varianza sconosciuta ma uguale o dissimile considerano deviazioni standard diverse a seconda dei gruppi.
• I linguaggi di programmazione di alto livello sono più vicini al linguaggio umano rispetto a quelli di basso livello.
• L'indice FM in HISAT2 sequenzia trascritti non noti, normalizza reads allineate e ottimizza la ricerca di pattern nel genoma.
• Le tabelle di contingenza sono rappresentate graficamente meglio da diagrammi a barre o colonne in pila, non da grafici a dispersione.
• La bioinformatica è la scienza che si occupa dell'archiviazione e dell'analisi di grandi quantità di dati biologici.

Memoria Cache

• La funzione della memoria cache in un computer è quella di accelerare l'accesso ai dati utilizzati di frequente.
• Il coefficiente di probabilità in una distribuzione normale standardizzata rappresenta l'area sotto la curva per un dato intervallo.
• Il p-value è un parametro essenziale per determinare la significatività statistica.
• La deviazione standard è la radice quadrata della varianza e la media delle differenze assolute rispetto alla media delle osservazioni della distribuzione.
• La distanza euclidea è utile per misurare l'entità delle differenze tra oggetti della stessa categoria, quando le variabili sono correlate.
• L'autovettore in PCA rappresenta una direzione che rappresenta una componente principale.
• Il codice ASCII associa caratteri alfanumerici a valori numerici.
• Una variabile in un algoritmo può contenere diversi valori durante l'esecuzione.
• Il coefficiente di determinazione può assumere valori compresi tra 0 e 1.

Altro

• L'algoritmo di allineamento Needleman-Wunsch allinea sequenze globalmente.
• In un dendrogramma, l'altezza di ogni nodo rappresenta la somiglianza o distanza tra i cluster fusi.
• L'asse Y in un Volcano Plot rappresenta il logaritmo negativo del p-value.
• I grafici 'Per base N content' in FastQC misurano la distribuzione del contenuto di GC.
• L'OPLS-DA migliorata la separazione di classi rimuovendo variabilità ortogonale.
• Un array è un insieme ordinato di valori.
• Un'unità di misura di velocità di trasmissione dati in rete è il bit al secondo.
• Il valore p in un test statistico è la probabilità di ottenere un risultato uguale o più estremo rispetto all'osservato, se l'ipotesi nulla fosse vera.
• Una curva ROC mostra la relazione tra il tasso di veri positivi e il tasso di falsi positivi in un test diagnostico.
• Un sistema operativo gestisce le risorse hardware e software di un computer.

Questa esercitazione totale esplora vari aspetti della bioinformatica, dalla classificazione degli eventi futuri all'analisi dei database proteici. Viene approfondita l'influenza delle variabili nel VIP score e l'uso di matrici BLOSUM per allineare proteine. Gli argomenti includono anche l'importanza dei test statistici e delle tecniche di sequenziamento come HISAT2.