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Questions and Answers
Welcher Faktor ist entscheidend für die gerichtete Übertragung von DNA bei der Konjugation?
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Was beschreibt einen Hfr-Stamm während der Konjugation?
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Wie erfolgt die DNA-Übertragung zwischen Bakterienzellen während der Konjugation?
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Welche Eigenschaft haben F+ Bakterien im Vergleich zu F- Bakterien?
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Was passiert zufällig während der Phagenvermehrung in einer Bakterienzelle?
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Welche Funktion haben Restriktionsenzyme innerhalb der Gentechnologie?
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Was ist die Rolle von Ligasen in der Gentechnologie?
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Warum sind Mikroorganismen ideale Klonierungswirte?
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Was beschreibt die Funktion von Vektoren oder Plasmid-DNA in der Gentechnologie?
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Welche Aussage zu den Typen von Restriktionsenzymen ist korrekt?
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In welchem Prozess sind Klonierungen hauptsächlich beteiligt?
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Welche Rolle spielen DNA-Transfermethoden in der Gentechnologie?
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Welches Merkmal ist nicht typisch für Restriktionsenzyme Typ II?
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Was geschieht mit der DNA der toten S-Zellen während der Transformation?
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Was ist eine Voraussetzung, um genetischen Austausch nachzuweisen?
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Welches ist der erste Schritt im Prozess der chemischen Transformation kompetenter Bakterien?
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Welche Beschreibung trifft auf eine kompetente Zelle zu?
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Wie lange sollte die Inkubation auf Eis während der chemischen Transformation dauern?
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Was ist der Effekt eines Hitzeschocks auf die kompetenten E.coli-Zellen?
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Was wird benötigt, nachdem die dabielle Zellen einem Hitzeschock ausgesetzt wurden?
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Was passiert mit der DNA, wenn die Zelle lysiert wird?
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Was ist die Hauptfunktion von Klonierungsplasmiden?
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Welche Elemente sind typischerweise in einem Klonierungsvektor enthalten?
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Was beschreibt den Prozess der Transformation in Bakterien?
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In Griffiths Experimenten, was geschah, als lebende R-Zellen mit toten S-Zellen kombiniert wurden?
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Was ist eines der Hauptmerkmale eines Expressionsplasmids?
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Welcher Mechanismus beschreibt die Genübertragung von einer Bakterienzelle zu einer anderen über Zellkontakte?
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Welches dieser Elemente hat nicht die Funktion eines Selektionmarkers?
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Was haben Resistenz-(R-)Plasmide gemeinsam?
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Was ist eine charakteristische Eigenschaft von Plasmiden im Vergleich zu Chromosomen?
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Welcher der folgenden Schritte ist kein Teil der Klonierung eines Gens?
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Was passiert bei der Verwendung von Taq-Polymerase während der PCR, wenn keine Restriktionsschnittstellen hinzugefügt werden?
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Welches der folgenden Elemente enthält kein Fruchtbarkeitsplasmid?
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Welche undurchsichtige DNA-Sequenz ist wahrscheinlich am besten geeignet, um eine Restriktionsschnittstelle zu erstellen?
Welche undurchsichtige DNA-Sequenz ist wahrscheinlich am besten geeignet, um eine Restriktionsschnittstelle zu erstellen?
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Wie nennt man die Technik des Einfügens von DNA-Fragmenten in Plasmide?
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Welches Enzym wird oft verwendet, um PCR-Produkte zu amplifieren?
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Welche Aussage beschreibt am besten Plasmide?
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Welche Funktion erfüllt ein Primer in der PCR?
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Bei welchem Schritt in der Klonierung wird das rekombinierte Plasmid erzeugt?
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Welche Funktion haben Primer in der PCR?
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Was ist ein Hauptkriterium für die Auswahl von Primern?
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Welche Temperatur wird beim Denaturierungsprozess der PCR verwendet?
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Wie viele Nukleotide sollten Primer idealerweise lang sein?
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Welches der folgenden Elemente ist kein Bestandteil eines typischen PCR-Reaktionsansatzes?
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Was geschieht in der Annealing-Phase der PCR?
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Was bewirkt eine hohe G-C-Basenpaarung in einem Primer?
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Was ist der Zweck der Ligation in einem Klonierungsprozess?
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Welche Eigenschaften sind wichtig für die Primer-Dimer-Bildung zu vermeiden?
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Welches Element ist während der Elongierungsphase in der PCR entscheidend?
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Was geschieht während der Denaturierung in der PCR?
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Wie lange sollte die annealing Temperatur im Verhältnis zur Schmelztemperatur liegen?
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Welche Funktion hat die Elektrophorese in der PCR?
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Study Notes
Gentechnik - Definition
- Gentechnik ist die Anwendung moderner molekularbiologischer Methoden zur Änderung der genetischen Eigenschaften von Organismen.
- "Rekombinante DNA-Technologie" ermöglicht gezielte Re- bzw. Neukombination von Erbinformation.
Gentechnik - Anwendungsbereiche
- Herstellung von Proteinen für medizinische und technische Anwendungen
- Herstellung von transgenen Pflanzen und Tieren
- Gendiagnostik
- Somatische Gentherapie
- CRISPR/Cas9 ist seit 2018 ebenfalls ein Bereich der Gentechnik.
CRISPR/Cas9
- CRISPR/Cas9 ist ein weit verbreitetes Immunsystem bei Bakterien und Archaeen, das diese vor Phagen und Plasmiden schützt.
- crRNAs (CRISPR-assoziierte kurze RNA) werden verwendet, um fremde Nukleinsäuren sequenzspezifisch zu deaktivieren.
- tracrRNA (trans-codierte kleine RNA) lenkt die Reifung von crRNAs durch die Aktivität der konservierten RNase III und dem CRISPR-assoziierten Cas-Protein.
- Diese Bestandteile sind essentiell für den Schutz vor fremden DNA.
- Zwei CRISPR/Cas-Lokalisierungen (CRISPR1, CRISPR2) in Streptococcus pyogenes wurden identifiziert.
CRISPR/Cas: Erworbene Immunität von Bakterien
- Spacer werden aus fremdem genetischem Material gewonnen und in den CRISPR-Array eingefügt.
- Transkription und Verarbeitung von pre-crRNA zu crRNA.
- Die Fremd-DNA wird gespalten und inaktiviert.
Werkzeuge der Gentechnologie
- Spender-DNA (z.B. ein Gen oder eine bestimmte Nukleotidsequenz)
- Vektor- oder Plasmid-DNA fungiert als Genfähren.
- Restriktionsenzyme schneiden DNA wie „genetische Scheren“.
- Ligasen kleben DNA wie „genetische Kleber“.
- DNA-Transfermethoden transferieren die DNA.
- Wirtsorganismen beherbergen den Vektor.
Klonieren
- Ein Verfahren zur Herstellung genetisch identischer Kopien von DNA-Fragmenten.
- DNA-Fragmente werden in Plasmide eingefügt, welche in Wirtszellen repliziert werden.
- Selektion von Zellen, die das rekombinierte Plasmid enthalten.
Mikroorganismen in der Gentechnik
- Ideale Mikroorganismen in der Gentechnik sind klein, vermehren sich schnell, ihr Genom ist manipulierbar, und sie sind leicht zu kultivieren.
Häufig verwendete Klonierungswirte
- Escherichia coli: gut untersuchte Prokaryoten
- Bacillus subtilis: einfach zu transformieren
- Saccharomyces cerevisiae: gut untersuchte eukaryotische Organismen
Restriktionsenzyme
- Typ I schneidet die DNA zufällig weit von der Erkennungssequenz entfernt (ATP erforderlich)
- Typ II schneidet die DNA innerhalb oder direkt an der Erkennungssequenz (kein ATP erforderlich)
- Typ III schneidet die DNA etwa 20-25 Basenpaare von der Erkennungssequenz entfernt (ATP erforderlich)
- Typ II Restriktionsendonukleasen erkennen spezifische, oft palindromische, Sequenzen auf der DNA.
- In der Praxis fungieren Restriktionsenzyme als genetische Scheren.
Nomenklatur der Restriktionsenzyme
- Die Nomenklatur von Restriktionsenzymen umfasst die Gattungs- und Artnamen des Bakteriums, dem das Enzym entstammt, den Stamm und eine Nummer, die die Reihenfolge ihrer Entdeckung angibt (z.B., EcoRI).
Herkunft der Restriktionsenzyme
- Bakterien verwenden Restriktionsenzyme, um sich gegen virale DNA zu verteidigen (Bakteriophagen).
- Das Enzym spaltet die fremde DNA.
Bakterielle Methylierung
- Bakterien schützen ihre eigene DNA durch Methylierung (Anfügen einer Methylgruppe).
- Methylierung erfolgt im Bereich, wo es zur Spaltung by Restriktionsenzymes kommt.
Restriktionsenzyme sind Dimere
- Restriktionsenzyme bestehen oft aus zwei Untereinheiten (Dimeren), die an die DNA angepasst sind.
Restriktion - Sticky Ends
- DNA-Abschnitte mit „klebrigen Enden“ ergeben sich durch Restriktionsenzyme.
- Diese Form der DNA hat komplementäre Einzelstrang-Aussparungen.
Restriktion - Glatte Enden
- DNA-abschnitte mit glatten Enden ergeben sich durch Restriktionsenzyme.
Isoschizomere
- Isoschizomere sind verschiedene Restriktionsenzyme, die dieselbe Erkennungs-Sequenz haben, aber unterschiedliche Spaltmuster erzeugen.
Klonieren eines Gens
- Verfahren, ein Gen zu klonieren, indem Restriktionsenzyme verwendet werden, um ein Gen von einem Vektor zu erhalten.
PCR (Polymerase-Kettenreaktion)
- Eine Methode zur Vervielfältigung spezifischer DNA-Sequenzen in vitro.
- Primer dienen als Startpunkte für die Polymerase.
- Desoxynukleotide (dNTPs) werden verwendet, um den neuen Strang zu bilden.
- DNA-Polymerase kopiert die DNA.
Schritte der PCR
- Denaturierung
- Hybridisierung
- Polymerisierung
Nachweis der PCR Reaktion
- Die resultierenden Fragmente können mittels Elektrophorese nach ihrer Größe und auf dem Gel visualisiert werden.
Elektrophorese
- Eine Methode zur Trennung von DNA-Fragmenten nach Größe durch ein elektrisches Feld in einem Gel.
- DNA-Fragmente wandern zu der Anode in dem Gel.
Primer
- Primer sind kurze, synthetische DNA-Sequenzen, die an die Zielsequenz binden, um die DNA-Polymerase den Beginn der Replikation zu signalisieren.
- Primer sollten eine geeignete Länge (18-30 Nukleotide), eine gleichmäßige Nukleotidverteilung, Basen G oder C am 3'-Ende, keine Hairpin-Loops und Primer-Dimer-Bildung vermeiden, und eine passende Schmelztemperatur aufweisen.
- Forward- und Reverse-Primer werden verwendet, um einen spezifischen Abschnitt zu vervielfältigen.
Plasmide zum Klonieren
- Plasmide sind ringförmige DNA-Moleküle, die sich unabhängig vom Chromosom replizieren.
- Plasmide enthalten oft Selektionsmarker für das Klonieren.
- Plasmide enthalten häufig eine Mehrfachklonierungstelle (MCS) mit verschiedenen Restriktionsschnittstellen für die Einfügung anderer DNA-Fragmente.
Bildung eines rekombinanten Vektors
- DNA-Fragmente werden durch Restriktionsenzyme geschnitten,
- Die entstehenden DNA-Fragmente werden an das Plasmid angehängt.
- Die offenen Enden der DNA werden durch die Ligase verschlossen.
Genetischer Austausch bei Prokaryoten
- Transformation: Aufnahme von freier DNA
- Konjugation: Übertragung von DNA zwischen zwei Zellen
- Transduktion: Übertragung von Genen durch einen Virus.
Transformation
- Aufnahme fremder DNA durch eine Zelle.
- Vorgehensweise zur chemischen Transformation.
- Identifizierung erfolgreicher Transformationen mittels Selektion mittels spezifischer Merkmale.
Blau-Weiß Selektion
- Ein Verfahren in der Molekularbiologie zur Selektion von Klonen, die ein bestimmtes Gen exprimieren.
- Das verwendete Gen, LacZ, spaltet ein Substrat, was ein Farbumschlag im Reaktionsmedium zeigt.
- Bei erfolgreicher Transformation ist der Klon farblos, da ein bestimmter Abschnitt im Gen fehlen.
Transduktion
- Übertragung von Genen durch einen Bakteriophagen (Virus).
Konjugation
- Übertragung von DNA zwischen zwei Bakterienzellen durch direkten Kontakt.
- Beteiligung von Plasmiden wie dem F-Plasmid, Resistenzplasmiden und Klonierungsplasmiden.
Kriterien der Wahl von Primern für die PCR.
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Description
Dieser Quiz behandelt grundlegende Aspekte der bakteriellen Konjugation, einschließlich der Schlüsselfaktoren, die die DNA-Übertragung beeinflussen. Es werden Details zu Hfr-Stämmen und den Eigenschaften von F+ und F- Bakterien erläutert. Teste dein Wissen über diesen wichtigen Übertragungsmechanismus in der Mikrobiologie.