Anotación de Secuencias y Homología
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Questions and Answers

¿Cuál es la principal finalidad de la herramienta BLAST?

  • Hallazgo de nuevas secuencias de proteínas desconocidas.
  • Eliminar secuencias mal anotadas de las bases de datos.
  • Buscar secuencias en bases de datos que sean similares a una secuencia de interés. (correct)
  • Analisar la estructura tridimensional de las proteínas.

    • Cuando hablamos de secuencias homólogas, nos referimos a:

  • Secuencias que comparten un mismo número de residuos.
  • Secuencias que tienen un origen evolutivo común. (correct)
  • Secuencias que son completamente diferentes pero cumplen una función similar.
  • Secuencias que tienen una función idéntica.

    • La similitud entre secuencias se determina generalmente por:

  • Las funciones biológicas que cumplen las secuencias.
  • La comparación visual de secuencias nucleotídicas.
  • La estructura tridimensional de las proteínas.
  • El número significativo de residuos iguales entre las secuencias. (correct)

    • ¿Qué implica un alineamiento de secuencias en bioinformática?

    <p>La comparación de secuencias para detectar niveles de similitud.</p> Signup and view all the answers

    Cuando se encuentra una secuencia con función desconocida, el primer paso es:

    <p>Compararla con secuencias mejor anotadas para deducir su función.</p> Signup and view all the answers

    Las secuencias que tienen un número significativo de residuos iguales se consideran:

    <p>Similares.</p> Signup and view all the answers

    La función de una proteína se puede deducir con precisión si:

    <p>Se compara con secuencias de función conocida y tiene un alto grado de similitud.</p> Signup and view all the answers

    Una secuencia con funciones completamente diferentes aunque altamente similar se considera:

    <p>Análoga.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué determina la relación de homología entre dos secuencias?

    <p>La ascendencia común de las secuencias</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es la característica de las secuencias ortólogas?

    <p>Comparten funciones comunes</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué ocurre con las secuencias parálogas tras un evento de duplicación?

    <p>Generalmente divergen en función</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es un ejemplo de alineamiento local?

    <p>Un alineamiento que se extiende solo a una parte de las secuencias</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué tipo de secuencias están relacionadas por un evento de especiación?

    <p>Secuencias ortólogas</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué se entiende por homología cualitativa?

    <p>Determina si las secuencias están o no relacionadas</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál de las siguientes afirmaciones es incorrecta sobre las secuencias homólogas?

    <p>Siempre tienen un porcentaje de similitud del 100%</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué tipo de secuencia es la que se busca utilizando BLAST?

    <p>Secuencia consulta</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué es el alineamiento global?

    <p>Un alineamiento de secuencias que se extiende de extremo a extremo.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es la función de la secuencia de mRNA en el contexto de la búsqueda de secuencias de nucleótidos?

    <p>Actuar como la secuencia de consulta para la búsqueda.</p> Signup and view all the answers

    ¿Por qué la secuencia de mRNA es generalmente más larga que la secuencia codificante (CDS)?

    <p>Porque contiene regiones no codificantes (UTR).</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué representa el número NM_001336190.1 en el contexto de NCBI?

    <p>Un número único para un transcrito de ARN mensajero.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué se necesita para realizar la búsqueda de secuencias de nucleótidos?

    <p>Una secuencia de consulta (Query sequence) correcta.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué información se encuentra tras hacer clic en el enlace 'RefSeq RNAs' en NCBI?

    <p>La secuencia de nucleótidos correspondiente a una proteína.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuáles son las regiones que pueden encontrarse en la secuencia de mRNA, pero no en la CDS?

    <p>Intrones y regiones UTR.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué acción se debe realizar al encontrar el número de acceso en NCBI?

    <p>Abrir el enlace 'RefSeq RNAs' en una nueva pestaña.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué indica un valor E bajo en un alineamiento BLAST?

    <p>Mayor probabilidad de relación biológica significativa.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué efecto tendría disminuir el 'Expect threshold' en un análisis BLAST?

    <p>Aumentar el número de alineamientos potencialmente significativos.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es la principal ventaja de usar la puntuación de bits (Max Score) en un alineamiento?

    <p>Refleja la similitud de secuencias alineadas con precisión.</p> Signup and view all the answers

    ¿Por qué se recomienda mantener activado el filtro de regiones de baja complejidad?

    <p>Para evitar alineamientos que no aportan información significativa.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué se analiza al incrementar el tamaño de la palabra (Word size) en un análisis BLAST?

    <p>Se reduce el número de alineamientos generados.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué mide la 'Query Coverage' en un análisis BLAST?

    <p>El porcentaje de la secuencia consulta que se alinea con la secuencia objeto.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál de las siguientes opciones es una desventaja de utilizar la identidad como métrica en alineamientos?

    <p>No considera las sutilezas en relaciones entre secuencias.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué determina el valor E en el contexto de una búsqueda BLAST?

    <p>El tamaño de la base de datos y la longitud de la secuencia consulta.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué se puede deducir de una secuencia desconocida cuando hay homología con otra secuencia conocida?

    <p>Se puede deducir su función.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál es la principal diferencia entre homología y similitud?

    <p>La homología implica un ancestro común, la similitud no necesariamente.</p> Signup and view all the answers

    ¿Cuál de las siguientes afirmaciones sobre BLASTn es correcta?

    <p>BLASTn permite buscar secuencias homólogas a partir de una secuencia CDS.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué parámetros son importantes para analizar en los resultados de BLASTn?

    <p>Max Score y Query Cover.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué sucede si se encuentran secuencias no homólogas pero similares?

    <p>No se puede deducir funcionalmente su relación.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué tipo de visualización se puede generar en los resultados de BLASTn?

    <p>Visualización de alineamientos y puntuaciones.</p> Signup and view all the answers

    ¿Qué es el valor de E en los resultados de BLASTn?

    <p>Es una medida de la significancia estadística de un resultado.</p> Signup and view all the answers

    Al utilizar BLASTn, ¿qué implicaciones tiene modificar el valor de E?

    <p>Puede cambiar el número de secuencias coincidentes reportadas.</p> Signup and view all the answers

    Study Notes

    Anotación de Secuencias

    • Se utiliza para determinar la función de secuencias de nucleótidos (genes) o aminoácidos (proteínas).
    • Se basa en la comparación de una secuencia de interés con otras secuencias de función conocida.

    BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)

    • Es una herramienta para encontrar secuencias en bases de datos que sean similares a una secuencia de interés.
    • Los alineamientos se utilizan para comparar dos secuencias y detectar su nivel de similitud.
    • Un alineamiento local se centra en una parte específica de las secuencias, mientras que un alineamiento global abarca las secuencias completas.

    Homología y Similitud

    • Las secuencias similares comparten un número significativo de residuos (nucleótidos o aminoácidos).
    • La similitud no siempre indica homología, ya que puede deberse al azar.
    • Las secuencias homólogas están relacionadas por ascendencia común.
    • La homología es cualitativa: dos secuencias son o no son homólogas.
    • Las secuencias homólogas pueden tener diferentes niveles de similitud, desde el 100% hasta el 0%.

    Tipos de Homología

    • Secuencias ortólogas: Relacionadas a través de un evento de especiación pasado. Presumiblemente comparten funciones comunes.
    • Secuencias parálogas: Relacionadas a través de un evento de duplicación de genes en el pasado. Suelen divergir en función después de la duplicación.

    Búsqueda de Secuencias Homólogas con BLAST

    • La secuencia de interés se llama "secuencia de consulta".
    • La secuencia encontrada en la base de datos con similitud se llama "secuencia encontrada" o "secuencia objetivo".
    • Para encontrar secuencias homólogas, se realiza una búsqueda en una base de datos utilizando BLAST.

    Parámetros de BLAST

    • Identidad: Grado de invariabilidad entre dos secuencias. Es una medida poco precisa.
    • Puntuación de bits (Max Score): Puntuación del alineamiento. Es una medida precisa que considera la similitud entre las secuencias alineadas. Depende de la longitud de la consulta.
    • Valor E: Indica la probabilidad de que la secuencia encontrada se deba al azar. Cuanto más bajo sea el valor E, más significativa es la relación entre las secuencias.

    Búsqueda de Secuencias Codificantes (CDS) en NCBI

    • Se puede utilizar el número de acceso o la secuencia CDS para realizar la búsqueda.
    • Se puede utilizar BLASTn para buscar secuencias homólogas a partir de una secuencia codificante (CDS).

    Resultados de BLAST

    • La pestaña "Descriptions" muestra información sobre los resultados alineados, incluyendo:
      • Descripción: hipervínculo a los nombres de los resultados alineados.
      • Max Score: puntuación de bits del alineamiento.
      • Query Coverage: porcentaje de la secuencia consulta que se alinea con la secuencia objetivo.

    Conclusiones

    • Se puede deducir la función de una secuencia desconocida por homología y similitud con otra secuencia de función conocida, siempre y cuando sean homólogas.
    • El valor E y el Max Score son parámetros importantes para evaluar la homología y la similitud entre dos secuencias.

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    Description

    Este cuestionario explora conceptos clave en la anotación de secuencias de nucleótidos y proteínas. También se abordan herramientas como BLAST y la diferencia entre homología y similitud en secuencias. Ideal para estudiantes de biología molecular que buscan fortalecer su comprensión del análisis de secuencias.

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